2NTRA

Crystal structure of human bace-1 bound to inhibitor
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta-secretase (BACE-1) inhibitors: accounting for 10s loop flexibility using rigid active sites.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-11-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ntrA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ntrA02
1BIMA 2BJUA 3DCKA 5P4PA 1HHPA 1ODXA 2ZHSA 5P0SA 4Z50A 1KJHA 2PWCA 4LHHA 5P6HA 4EJKA 2FDEA 4R93A 5P1KA 4RVJA 5P6MA 4J1FA 2FNTA 2PYMA 2ZE1A 4GMIA 5P3OA 3VUCA 1BV9A 2AZBA 1A9MA 3D1ZA 5P2KA 1CZIE 3LIZA 5P00A 1QDMA 3UQXA 2OF0A 5OZQA 2QI6A 1EBKC 4Y58A 4DQFA 5P0HA 5P2MA 5P02A 1XL5A 2AOHA 4EQ0A 1B11A 3T7XA 1NPWA 1DW6C 4B05A 1LZQA 1FLHA 5P16A 5ISJA 1HIHA 5P3MA 5P30A 3DOXA 4I0HA 5P09A 3PVKA 5OZMA 5P6JA 5P41A 4QJ8A 5P4GA 4DQBA 4H3FA 5P52A 2FS4A 1ZBGA 2PC0A 2R3TA 4U8WA 3T7QA 3SA3A 3LPIA 2WF0A 4ZIPA 3BUFA 4LAPA 5P3WA 3H0BA 3ECGA 1GNNA 3OTYA 3CKPA 2QMDA 4J0PA 4R95A 5P6AA 4JP9A 4Y3TA 5P2TA 1HOSA 2FXDA 1ZPAA 3NWXA 4DV9A 5P6WA 5OZJA 1IBQA 2QCIA 2ZGAA 4DJWA 4KE1A 1EPOE 1D4KA 3ZOVA 3VYEA 3AIDA 2G1OA 2FNSA 5P7OA 5P7DA 3OU3A 5OYZA 2HB2A 5P0TA 3HBOA 3HDKA 4XKXA 5ENKA 3OHFA 5P6FA 4WTUA 1MT7A 5IVQA 2OHPA 2PSUA 4YCTA 3UQPA 5P8UA 1XN2A 5P48A 1GVXA 3DV5A 5HE5A 1SH9A 3VSXA 3IAWA 3FKTA 1LYBA 5P8AA 4ZSRA 1ZSRA 3IN4A 4I0ZA 1EPPE 2QNNA 3PI0A 2ANLA 2VA6A 2Q11A 2ZJLA 5OZ2A 2QMPA 4MC9A 4OBHA 4DJYA 1T7IA 5P0CA 5P63A 5P7FA 3OUBA 5P0KA 3HD8A 4NJUA 3SKGA 5P40A 4YD3A 1QBTA 2QZXA 1SDVA 4GZFA 4COEA 5OZBA 5SY2A 2UY0A 3Q6YA 3BRAA 4Y4DA 3N4LA 2HPEA 2AOGA 2WL0A 2PK6A 5OYXA 4I0DA 3NU3A 2QI0A 3KMYA 4B70A 5OZDA 5P3UA 3QS1A 2ZHTA 2R9BA 4BFDA 3O9CA 4FM7A 4APEA 4PYVA 4ACXA 2P3BA 4CPTA 5P8PA 4J55A 5P0JA 3GGVA 1EPQE 3ZMGA 3O9LA 5P0UA 4J1KA 3UFLA 5P14A 2OHLA 5P25A 4L7HA 1HSIA 1APVE 3KA2A 5P6IA 4Q1WA 5P0GA 2QZWA 5P3CA 5P8MA 2G22A 2F8GA 5TOLA 2I4XA 4RVIA 1QBUA 5P2FA 4J1CA 1PROA 3PCWA 2AZ9A 1MT9A 1G6LA 2I0AA 1TCWA 1A30A 5P1UA 2ER0E 2NPHA 2O4KA 4GYEA 5P55A 2F3KA 3NDXA 1K6PA 5OYSA 5IVRA 3A2OA 2WEAA 2WF1A 5EZXA 3S7LA 3TKGA 5P7HA 3GI0A 3UHLA 5P54A 1TQFA 3OXWA 1PSOE 3CIBA 3JVYA 4Y5AA 5P5PA 5P8VA 4I0EA 1AJVA 3SQFA 1A94A 3NYGA 5AGZA 4CPUA 4DUSA 3PRSA 1HEFE 3LZYA 5OYVA 2FGUA 1EC0A 1D4JA 2OHMA 4FM8A 4ZSPA 5P5RA 5P6KA 5HVPA 3EC0A 3VF3A 2HS2A 5COKA 2VJ9A 3PWRA 3OK9A 5P6SA 3TL9A 1E81E 3INFA 1LYAB 4CMSA 5HTZA 1BAIA 3PSGA 2FLEA 5JFPA 4S1GA 5P19A 4I8WA 4Y4AA 4CPQA 1PSNA 1Z1HA 3VEUA 4Y5LA 5P1LA 3VFBA 3VG1A 3CKTA 5P7EA 1HPXA 4Q1XA 1ODWA 4FAEA 3KFSA 5ENMA 3S56A 5SY3A 2G1RA 4QJ7A 3UDKA 3NSHA 5P80A 3ZPUA 1FF0C 3OQAA 3WB5A 5ISKA 4GJ7A 2I4DA 3CIDA 5P3HA 5P7AA 5P89A 5P24A 4EJLA 2F80A 5OZ7A 3ZKMA 3BGBA 4EXGA 3T7PA 5P31A 1M4HA 2AOCA 1ER8E 5HU0A 5P3EA 4DI2A 1KJ7A 1UH7A 5P71A 3ZLQA 5OZHA 2P3BB 1K1TA 5P3PA 3QROA 3O9LB 2QD6A 1KJFA 5OZIA 5F01A 2WHHA 5P1FA 5DR3A 4EP2A 3D3TA 4ACUA 3BVBA 4DJOA 5P34A 3O9AA 4DVFA 5P0ZA 2AVMA 1W5YA 4Y4GA 3GI5A 4I1CA 4Y35A 4PEPA 4Z22A 3I2LA 5HCTA 2AOJA 5P7IA 5E5KA 5P15A 3NU4A 4JPEA 5P86A 5P3SA 4YD5A 3S7MA 5COPA 2PYNA 2IKUA 3KMXA 1MTRA 3OWNA 4F73A 4Y5MA 1D4LA 1K6TA 4QJAA 5P60A 5P6RA 1APTE 3L59A 4Y4BA 5P8IA 3ER3E 2QHZA 5P20A 2HB4A 1PPLE 2Q55A 4DQGA 5P8TA 2QD8A 4YD4A 1RPIA 5P5IA 3MXDA 2P3CA 3TTPA 3TKWA 5P87A 5P1CA 5P5ZA 4PZXA 4TRYA 2CEJA 1G2KA 2BB9A 1YTHA 5J25A 3ZL7A 5I70A 1MSNA 3SA8A 3OU1A 4RYGA 4AZYA 3S43A 2VJ7A 2PWRA 4Y3ZA 1T6GA 4J5JA 3IXJA 5P7XA 3OUCA 4FRKA 5P7RA 5P01A 3OQDA 5P1AA 2R5PA 5P35A 3BC4A 4J0TA 3ZKQA 1Z1RA 1ENTE 9HVPA 4Y3MA 3UQWA 4J1EA 1K6VA 1QRPE 4OC6A 5BWYA 4OBJA 5P0DA 3SM2A 5P59A 2AQUA 3U6AA 3IVHA 1XL2A 1W5VA 1YM4A 3LIVA 5P2XA 5P56A 2AZCA 2FDDA 1F7AA 1ZJ7A 1MERA 3G70A 5CONA 1EBWA 2PSGA 2Z4OA 2VA7A 5P2AA 2H6SA 5P4BA 5P85A 3UDPA 2AVVA 2WEDA 4Y3GA 5DR7A 2CEMA 2PMAA 5HE4A 2ZJIA 4YA8A 4GB2A 3DK1A 4DPFA 5KOSA 4Y5NA 1MVPA 2V0ZC 3EL4A 4H3JA 3OQFA 5P0BA 3LPJA 3S8IA 5P70A 5B18A 4OBDA 4ZPEA 5DQ2A 5P0IA 5P75A 3APRE 4Y3HA 1OEXA 5APRE 4WY6A 1HTFA 3KN0A 2H6TA 3UCBA 3FV3A 3G72A 4HEGA 4N00A 1IZEA 5P5WA 4DPIA 4FS4A 4FRJA 4PHVA 1W6HA 4RZ1A 5P84A 3Q3TA 1ODYA 5P18A 5P4MA 5P5SA 3NU6A 3VV8A 1SGUA 3KT2A 4Y3JA 2R5QA 5P4LA 2CENA 4Y43A 2VIEA 5OYWA 3PSUA 1B6JA 1DPJA 5DQCA 5OYRA 5P4JA 4EWOA 3OU1B 5P7UA 2AOFA 1MRWA 5P5QA 2APRA 1PSAA 4J1HA 5DR8A 2IEOA 3RVIA 3OTSA 1M0BA 1FQXA 4DJVA 3HZCA 1D4SA 5P3VA 1YT9A 4MC2A 4K4RA 4OBKA 2G21A 3EKPA 5P4CA 5P2CA 2OAHA 4WY1A 1ME6A 3N3IA 4HLAA 3R0YA 3LNKA 4RCDA 5HCOA 1XN3A 3EM6A 3KM4A 4Y3SA 4OC6B 1HVKA 5P78A 4D89A 3BXRA 6APRE 2I4QA 5P2JA 1MIQA 3QIHA 2RENA 3NU5A 5P3GA 5P6NA 3PWWA 3U7SA 3GW5A 2IGXA 3K5DA 1HWRA 1T7JA 5P4XA 1FMUA 4GJ5A 2O40A 4I10A 4QGIA 2QP8A 2VKMA 3RTMA 3VLAA 5P6ZA 3JVWA 1LEEA 3FSMA 5DQ4A 1DAZC 3S2OA 5P0AA 2BPXA 3L5CA 5KR2A 1B6LA 5P5LA 5P8SA 1IZHA 1SGZA 2IKOA 5P2GA 4HDPA 5DR0A 4J0VA 5BRYA 5P4UA 3OOTA 4NJSA 4TVHA 4Y3RA 5P58A 2XFIA 4ER1E 5OYUA 3PSYA 1VIJA 5P0VA 4BEKA 2QI4A 3EM3A 5P1NA 4ER4E 1BILA 7HVPA 4Z2ZA 1YM2A 2R43A 5P8KA 1W5WA 3I8WA 2BPYA 3F9QA 3OU4B 2I0DA 3KYRA 1AIDA 3OAGA 5P1JA 5BS4A 4Y9WA 5P37A 1PFZA 2B7ZA 4APRE 4HDBA 5P5AA 2P4JA 1BDRA 4FL8A 4ZPFA 3ER5E 5F00A 3K5CA 1EAGA 2IS0A 4HZTA 1T7KA 2G1NA 1TW7A 4YHQA 4Q1YA 5P1EA 3UTLA 5OZCA 2I4UA 3SA7A 2PQZA 2ZHUA 2AIDA 2OHRA 3QN8A 2WF2A 1HVHA 4OBGA 1MUIA 1FMXA 2IGYA 4EPJA 3ZKGA 4Y5PA 1MSMA 2UXZA 5CLMA 4DQEA 3VYFA 3OXXA 4ZLSA 5P1XA 2OHQA 4Y48A 4FRSA 3LZSA 5P6VA 4LXKA 4MC6A 5ER2E 5FIVA 2FXEA 4I0FA 5P6PA 4J0YA 2VA5A 3PHVA 5P28A 2UPJA 5DQ5A 3OQKA 1T3RA 5OZ1A 3CICA 3O9HA 3PMUA 5P62A 2QU2A 1T6EX 1SIVA 5E5JA 5P5HA 1GKTA 2P83A 3EKVA 3VV6A 5P83A 2QD7A 2G20A 4NJTA 4Y4TA 3HAUA 5KQXA 4LXAA 4HDFA 1HXBA 3MXEA 3QVIA 1Q9PA 5T4SA 3CKRA 4EXHA 4DQCA 1C6YA 5P7SA 5P8BA 7UPJA 5AH9A 2R38A 4B1EA 3M9FA 3TLHA 5P8NA 4JOOA 5P74A 3QBFA 3NDUA 2IRZA 1HSGA 2R8NA 3QPJA 5P2ZA 4J1IA 2NNPA 5P32A 1SDTA 2V16C 3GI4A 5P6GA 3EKTA 5P8FA 4UPJA 3KT5A 3UDYA 5P67A 4FGXA 4RCEA 4YE3A 2VNNA 3O9GA 5DGUA 5C9BA 1B6PA 1NH0A 3LPKA 1UH8A 3OAGB 4OBZA 5P2NA 3CYWA 5P77A 2XYFA 2FGVA 5DQ1A 3INEA 1VIKA 2WF3A 5P76A 3TPLA 5P4IA 1JLDA 4LXMA 4Y3AA 2Q3KA 2OHTA 2ZDZA 4Y38A 5IVTA 1APUE 2QHCA 4Y36A 4Y41A 5P7NA 2QI5A 5P23A 3I25A 3PI5A 6UPJA 3EKXA 5P3YA 1EPNE 3PCZA 4RYCA 3OGQA 4Y3WA 4YCYA 1RNEA 5OZOA 5P0WA 5P7QA 3K5FA 3SM1A 1LYBB 5P5KA 1NSOA 5C9DA 5P6DA 4KB9A 5AH7A 5I3YA 5P0PA 5HDUA 1BDQA 1DIFA 1K2BA 4I12A 4Y6MA 5P69A 2AOIA 5P7KA 5P3BA 3BUGA 5OZSA 4E43A 3RSXA 3UDJA 5P1DA 1HTEA 1WBMA 2R3WA 3O99A 5P68A 5P22A 2QHYA 3OQ7A 3TPJA 3TH9A 4GJ6A 4FM6A 1FQ6A 2OHKA 4RROA 5P6BA 3QVCA 3B80A 5P8OA 5P6UA 4Y44A 4L1AA 5OZNA 5P1IA 1RL8A 4CPSA 4B0QA 2VJ6A 2AOEA 1BXOA 2HB3A 5OZLA 2QNPA 4Y47A 3SA4A 1YG9A 3DV1A 5OZZA 1GVWA 2Q54A 2P3DA 4F75A 3GGUA 4LL3A 2WEBA 3URJA 1HTGA 4ZE6A 1IVQA 2HC0A 5I3XA 5P13A 1DP5A 1MPPA 1HIIA 5P2QA 1AZ5A 5P1RA 5P81A 3EM4A 1HBVA 3S85A 4Y4XA 2V11C 3VSWA 2V00A 1RV7A 1KZKA 5P65A 4ER2E 5P8DA 3K4VC 4HA5A 2QZLA 3QRMA 3Q70A 4Y50A 3S53A 2XFJA 4KE0A 5P26A 5P2HA 3UQRA 5OZ6A 3BVAA 3UDRA 5P4OA 5P7BA 2ZHRA 5DR4A 5P6XA 5DGWA 3SKFA 4Y4EA 5P1BA 1LS5A 5P7JA 3UF3A 4J54A 4BELA 3DM6A 4DJPA 4YDFA 5P3FA 5OZRA 2QNQA 2BKSA 4Q1NA 3MWSA 4Y4ZA 3C9XA 4JPCA 5P1HA 3LIXA 5P0LA 4Y3PA 4Y3LA 3NUJA 1FFIC 5C9FA 1E80E 5P6QA 5P2LA 3FNTA 1GNMA 4DFGA 3DCRA 3ST5A 5P2DA 2HAHA 4TRZA 4BFBA 5P36A 3EBZA 4Y3EA 1NPAA 4OD9A 2WECA 2HPFA 5P33A 1CMSA 4I11A 5P42A 1LF2A 4RRSA 1UPJA 2F3EA 2WJOA 5DR1A 5P2IA 5P7WA 1HEGE 5I3VA 3BUHA 1KJ4A 2QK5A 5OZUA 1NPVA 1LF3A 3I6OA 5P7LA 4F76A 1FMBA 1AVFA 3PBDA 4RRNA 1IDBA 3NWQA 1EBYA 5P43A 1C70A 1QS8A 5P4SA 5P6OA 5P1MA 2G94A 3LZUA 4YD6A 4Y51A 1BBSA 3SO9A 3B7VA 5P8CA 3HLOA 5P8QA 5OZ0A 5P2YA 4I0IA 4R91A 3FNSA 3TOFA 3ZKSA 5SZ9A 5P3IA 2QI7A 5JG1A 5P3NA 3LHGA 3BXSA 2RMPA 1BWAA 5P2EA 4F74A 4TRWA 1TSUA 3O9FA 5AH8A 4IVSA 4FSLA 3KDDA 4FSEA 1YTJA 5P4VA 3EL9A 5HDXA 5HDZA 2O4SA 1OEWA 5P7MA 5P5YA 2QMFA 4YBFA 4FCOA 3JW2A 3WZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIM A;  2BJU A;  3DCK A;  5P4P A;  1HHP A;  1ODX A;  2ZHS A;  5P0S A;  4Z50 A;  1KJH A;  2PWC A;  4LHH A;  5P6H A;  4EJK A;  2FDE A;  4R93 A;  5P1K A;  4RVJ A;  5P6M A;  4J1F A;  2FNT A;  2PYM A;  2ZE1 A;  4GMI A;  5P3O A;  3VUC A;  1BV9 A;  2AZB A;  1A9M A;  3D1Z A;  5P2K A;  1CZI E;  3LIZ A;  5P00 A;  1QDM A;  3UQX A;  2OF0 A;  5OZQ A;  2QI6 A;  1EBK C;  4Y58 A;  4DQF A;  5P0H A;  5P2M A;  5P02 A;  1XL5 A;  2AOH A;  4EQ0 A;  1B11 A;  3T7X A;  1NPW A;  1DW6 C;  4B05 A;  1LZQ A;  1FLH A;  5P16 A;  5ISJ A;  1HIH A;  5P3M A;  5P30 A;  3DOX A;  4I0H A;  5P09 A;  3PVK A;  5OZM A;  5P6J A;  5P41 A;  4QJ8 A;  5P4G A;  4DQB A;  4H3F A;  5P52 A;  2FS4 A;  1ZBG A;  2PC0 A;  2R3T A;  4U8W A;  3T7Q A;  3SA3 A;  3LPI A;  2WF0 A;  4ZIP A;  3BUF A;  4LAP A;  5P3W A;  3H0B A;  3ECG A;  1GNN A;  3OTY A;  3CKP A;  2QMD A;  4J0P A;  4R95 A;  5P6A A;  4JP9 A;  4Y3T A;  5P2T A;  1HOS A;  2FXD A;  1ZPA A;  3NWX A;  4DV9 A;  5P6W A;  5OZJ A;  1IBQ A;  2QCI A;  2ZGA A;  4DJW A;  4KE1 A;  1EPO E;  1D4K A;  3ZOV A;  3VYE A;  3AID A;  2G1O A;  2FNS A;  5P7O A;  5P7D A;  3OU3 A;  5OYZ A;  2HB2 A;  5P0T A;  3HBO A;  3HDK A;  4XKX A;  5ENK A;  3OHF A;  5P6F A;  4WTU A;  1MT7 A;  5IVQ A;  2OHP A;  2PSU A;  4YCT A;  3UQP A;  5P8U A;  1XN2 A;  5P48 A;  1GVX A;  3DV5 A;  5HE5 A;  1SH9 A;  3VSX A;  3IAW A;  3FKT A;  1LYB A;  5P8A A;  4ZSR A;  1ZSR A;  3IN4 A;  4I0Z A;  1EPP E;  2QNN A;  3PI0 A;  2ANL A;  2VA6 A;  2Q11 A;  2ZJL A;  5OZ2 A;  2QMP A;  4MC9 A;  4OBH A;  4DJY A;  1T7I A;  5P0C A;  5P63 A;  5P7F A;  3OUB A;  5P0K A;  3HD8 A;  4NJU A;  3SKG A;  5P40 A;  4YD3 A;  1QBT A;  2QZX A;  1SDV A;  4GZF A;  4COE A;  5OZB A;  5SY2 A;  2UY0 A;  3Q6Y A;  3BRA A;  4Y4D A;  3N4L A;  2HPE A;  2AOG A;  2WL0 A;  2PK6 A;  5OYX A;  4I0D A;  3NU3 A;  2QI0 A;  3KMY A;  4B70 A;  5OZD A;  5P3U A;  3QS1 A;  2ZHT A;  2R9B A;  4BFD A;  3O9C A;  4FM7 A;  4APE A;  4PYV A;  4ACX A;  2P3B A;  4CPT A;  5P8P A;  4J55 A;  5P0J A;  3GGV A;  1EPQ E;  3ZMG A;  3O9L A;  5P0U A;  4J1K A;  3UFL A;  5P14 A;  2OHL A;  5P25 A;  4L7H A;  1HSI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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