2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (10-15)TVIII1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV3 (65-68)TIV1 (14-17)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)EMPTYS4 (42-49)S6 (69-77)S3 (32-33)TVIII2 (80-83)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
3OUCA 4ZE6A 3VSXA 1SP5A 2IQGA 3OXWA 4J0YA 3LZYA 4DQFA 4OBHA 4I0JA 2BKSA 4D85A 1DIFA 5P4TA 2QMDA 5IVSA 5P82A 3O99A 5P43A 5OZNA 3F9QA 4A6CA 1NPAA 4DUSA 2AOJA 4Y43A 4Y35A 3TPJA 4Y5EA 3IA9A 1SDUA 1ZAPA 3UDRA 3ZPTA 5P6NA 2IRZA 1BWAA 3LITA 3UPJA 3SAAA 4F73A 1HPVA 5P0UA 2FS4A 1DMPA 5P1UA 1EC1A 2G24A 2G1NA 2WJOA 5P85A 5IVQA 3Q6YA 2VNNA 3CMSA 3O9LA 5P3WA 2IKOA 2XFKA 1HOSA 4QGIA 4FRIA 3GGUA 4R8YA 4OC6B 4DJVA 1FEJC 3QBHA 5P3ZA 3LPKA 1W5VA 5P8SA 5P14A 2RMPA 5P2EA 5ENKA 1WBMA 1LEEA 1IZHA 5P0FA 4Y4GA 1MUIA 4CMSA 1W51A 3RU1A 3INDA 1APWE 2UXZA 2BPZA 3SQFA 5P2BA 1HIVA 5HCOA 4L7HA 5P62A 3EM6A 2A4FA 4K4QA 1MRXA 5P02A 5P03A 5P5SA 4PHVA 1MTRA 4Y5CA 3PLLA 1FMXA 2OHLA 4R92A 1D4LA 2VIJA 2PMAA 5P72A 3S45A 4GJAA 2JE4A 5P8VA 1GVXA 2NTRA 3H0BA 1BV7A 1LS5A 5P1DA 5P3PA 1UH9A 4Y3YA 4EJ8A 4TRWA 4TVGA 3U71A 4F74A 3VV8A 1ZP8A 4OC6A 2HB4A 2WKZA 3DV1A 1SGZA 3GW5A 3N4LA 1BV9A 1Z1RA 3PM4A 2JYSA 4EQ0A 2WECA 5C9BA 5P0NA 3OU3A 1BBSA 3SA8A 2AVSA 3NYGA 5P7SA 4Y5AA 2IGYA 5P2AA 3IAWA 3SA5A 4Y5BA 5OZLA 3QBFA 4Y50A 5OZ4A 3QP0A 2WEBA 2PWRA 5P75A 2G21A 5P29A 3R2FA 3PI5A 1E82E 1SDVA 2R38A 3TOFA 1TCWA 4I0GA 2Q64A 4K4RA 4ER1E 2FXEA 1LF3A 1HVSA 5P4IA 5P25A 1CMSA 1B11A 4GJ9A 3OGQA 4Y5LA 4QLHA 5P5HA 2APRA 4ER4E 2J9JB 3ER3E 5P22A 2BQVA 3TNEA 3LIQA 5DQ2A 3K1WA 5P1CA 4CKUA 1HSIA 5P42A 4YCTA 2VA5A 2BPWA 2Z4OA 5P6SA 1FQ7A 4N00A 3INFA 3U7SA 4U8WA 2WL0A 3EKTA 5P2CA 4Y3QA 4J54A 5OZ2A 1MT8A 1N49A 5P0KA 1GVVA 5P0OA 5P2IA 3VV7A 1ZJ7A 1ZBGA 5P8NA 2IS0A 2VJ9A 3IN3A 5HD0A 5AH8A 2I4XA 1IDBA 1XDHA 3O9DA 1BDRA 1AVFA 5P61A 4EXGA 3WB5A 4YBFA 4Y4WA 4GMIA 4HE9A 5P5NA 3HLOA 4FS4A 3ECGA 3IXJA 5KQFA 4B78A 5P6FA 4HEGA 4S1GA 2J9JA 3M9FA 5P7BA 2VS2A 4CPQA 4FRJA 5SZ9A 4LXKA 2G20A 3OTYA 3ST5A 1HXWA 1J71A 4J1CA 5P6MA 4ZIPA 5P1QA 1Z1HA 4JP9A 4J5JA 5P8PA 5P15A 5P3BA 1EPLE 2H6SA 4Y39A 3KDDA 4Y53A 5P0WA 5JG1A 1GKTA 3JW2A 1FQ8A 3Q5HA 3S7MA 4KUPA 2FXDA 5P33A 3EL1A 3LIYA 3KFSA 5P8RA 1ZSFA 4FRSA 4EWOA 3KFRA 3TPLA 4RRNA 4MC1A 1IVPA 4RYCA 4ER2E 4Z4XA 1ODYA 3BRAA 3L5DA 3IXOA 5P3TA 3SKGA 3SA6A 2FNSA 5P17A 4AZYA 3S7LA 1SIVA 3KN0A 3HW1A 2FDDA 3IXKA 4LAPA 5OYZA 4Y3SA 5P8QA 1AXAA 1FG8C 2OHPA 5P5PA 2I4UA 5P8HA 5P3HA 1IDAA 4I0DA 4PZXA 3CKRA 5P08A 5P0TA 2ER0E 5P1FA 3PLDA 3PVKA 1BDLA 5P44A 5COOA 3O9HA 3DK1A 2WF1A 5OYUA 4I12A 5P1YA 3OXVA 3EKWA 5P39A 5P6JA 5P18A 3NU4A 1K6CA 3ZKSA 1F34A 5P6EA 4AMTA 5IS4A 4KB9A 5P78A 4YOBA 3PB5A 4GJDA 5DQ4A 2G27A 3HZCA 2FDPA 3S43B 4BELA 3NUJA 1BXOA 5P1VA 2AVOA 1JLDA 2NXMA 4GJ5A 5P83A 2HS2A 5DPZA 5P1PA 1K1UA 1D4JA 1HRNA 3LIXA 5P01A 5KOSA 3INEA 5DGUA 5P2ZA 5P6PA 5P8EA 5OZOA 3GI4A 4L1AB 1XN3A 3PBDA 3VF3A 2ZHVA 1DPJA 9HVPA 2B8LA 1SDTA 5CONA 5PEPA 1A9MA 1RL8A 3OADA 3VLBA 7UPJA 3URLA 1GVWA 1B5FB 3SACA 5ISKA 1KZKA 1HVCA 3QRSA 4J55A 3NWXA 5OZHA 5P70A 3TKWA 2NMYA 1MT9A 4MC6A 2I0DA 2PC0A 3FKTA 4J0VA 3D1ZA 1WBKA 2QI1A 1VIKA 5P4QA 2R43A 2AZBA 3ZKIA 4RGHA 4GZFA 1NPWA 4R93A 4CP7A 3OQ7A 4ZPEA 5P7RA 5P8IA 4LHHA 2HM1A 5AH9A 1FQ4A 4FGXA 1CPIA 3UQRA 2AOHA 2VIYA 4YD7A 3ZLQA 4EJLA 4RCFA 3S43A 3T7PA 1K6VA 3TPPA 2O4SA 3PMUA 3KDBA 1A8KA 3RSXA 5SY2A 2O4PA 3ZOVA 1C70A 4Y51A 5P1MA 4GJCA 3MXDA 5OZ8A 4EP3A 3URIA 4L1AA 4B1EA 3OXXA 1XS7D 4CPWA 4I10A 5UPJA 4Q1YA 2R3TA 1QDMA 5P3JA 1B5FA 1D4HA 2P8HA 1AM5A 3BVAA 8HVPA 3KFNA 3OOZA 5P2RA 5P0MA 2QI4A 5KQYA 4DQGA 3QN8A 3BC4A 3TLHA 2ER6E 1GVUA 5OZGA 2WF2A 2XYEA 1BWBA 1D4SA 5P7WA 3CKPA 4AA8A 1EC3A 5OZKA 1HVIA 4J17A 2CENA 5P45A 4I0EA 1EPQE 2AOCA 5P5CA 2OAHA 3VSWA 5AGZA 5P8CA 1MVPA 3DUYA 3WZ7A 4GJ7A 5P0XA 1BVGA 4Y56A 4YOAA 3OU4B 1KJHA 3OY4A 2OHKA 5CLMA 5OZRA 3BXSA 2CEMA 4R95A 5P63A 5SY3A 1QS8A 2QMGA 1EAGA 5KQZA 4I8ZA 2HB2A 5OZ1A 4Y4TA 1K2CA 5P2SA 3SLZA 3UQWA 2R8NA 2MIPA 3CYXA 5P19A 3O9BA 2QK5A 5P20A 1K6TA 1KJ4A 3QRVA 1IZDA 3UDKA 5P04A 5OZTA 5P3AA 4CPSA 4IVSA 2FGUA 1ZPAA 5P1AA 3CKTA 1B6MA 5HDZA 2ZHTA 5COKA 4LL3A 1GVTA 5P28A 3BGBA 3L59A 1AAQA 5P3RA 4J1IA 3EMYA 4HDPA 4DJYA 2ASIA 2ZJIA 4Y5GA 5P4YA 1IBQA 5P4EA 2IENA 2R9BA 4NPUA 5OZEA 3BXRA 2PSGA 5P7DA 5P2MA 5P0BA 2QAKA 3OXCA 4EYRA 5I3VA 5P26A 3B7VA 5P48A 5DR4A 2BPYA 4I8WA 3OU4A 1W50A 4Y3EA 5P1RA 1FQ6A 5OZIA 7HVPA 5P7GA 5P5GA 1OEWA 5P3DA 4Z50A 4DJRA 3B80A 3NDXA 3H5BA 4BFDA 1EBKC 1AIDA 3WZ6A 4H3JA 3CYWA 5DQCA 1K6PA 5KQXA 4DJOA 1YTGA 4Y5PA 3TL9A 4J1EA 1G0VA 2QI7A 2QMPA 3PMYA 5P5YA 4DV9A 5P3YA 3NR6A 5OZWA 1LYBB 1HEFE 5KAOA 2AOIA 5P4KA 2Q5KA 5P5LA 1MESA 1EBYA 2QNQA 1T7IA 3T7XA 5OZ3A 5P0JA 1HPOA 1FQ5A 2I1AA 5J25A 2QZKA 1OHRA 4PYVA 5ISJA 4ZSQA 2OHMA 3KT5A 3UQXA 4Y58A 1UPJA 5P4XA 5BRYA 4GIDA 5P4HA 5P4FA 1F7AA 3OQKA 2QZLA 4LBTA 3R4BA 2PYNA 5P30A 3OWNA 2B8VA 5OZBA 1A30A 2ZDZA 3UDJA 5AH6A 4Y4ZA 1FMUA 5I3XA 5DQ5A 1YM2A 1MSMA 5P2WA 3VYDA 2I0AA 2V0ZC 3LZSA 5OYXA 2ZJNA 1RV7A 5P0DA 1T7KA 4YDGA 2QZWA 3EKVA 5P3SA 2NNKA 5P6IA 5P0RA 1EEDP 1MSNA 3MXEA 2QI0A 5P7EA 1GNOA 1W6HA 3HAUA 4B0QA 1HVRA 1RNEA 5P7HA 5P7FA 2WEDA 2OHUA 4FE6A 1LYBA 1OD1A 5P2HA 5P8AA 5P6BA 1APVE 3BVBA 3R0YA 3UTLA 3EXOA 4RZ1A 5TOLA 5P1XA 5P0ZA 1PPME 2PSUA 5P7PA 3PCWA 5HE5A 5P0AA 2V11C 5P4UA 1Q9PA 2NPHA 2QZXA 3SABA 4J1HA 5P12A 3UQPA 4YHQA 4H3GA 4RVJA 2HPFA 2V12C 1HSHA 5AHCA 4DPFA 5P87A 5P6TA 5P2KA 4X2LA 2PK6A 3INHA 1G6LA 4Y4XA 1NH0A 1KJGA 4NJVA 3UDHA 5P8TA 2PWCA 3DM6A 4NJUA 5P0PA 1VIJA 3NDWA 5P65A 4RVIA 1LF2A 5AHAA 5P6ZA 1T6GA 2Q11A 4Y44A 3ZMGA 1UH7A 5EZXA 5P56A 5P1ZA 1HHPA 5IE1A 4Y4JA 5P2XA 1ER8E 1ZPKA 4FM7A 3SA4A 2B60A 5P1OA 4PPHA 3QAAA 5OYTA 1T6EX 3ZKGA 3OUAA 3HDKA 3SPKA 3L5EA 4YA8A 3BGCA 1LZQA 2AODA 3UDNA 1RQ9A 5P4NA 1HVLA 5P27A 4XX4A 4Y3MA 2RKGA 4GJ6A 3PEPA 3K5CA 3L5FA 1B6PA 5P3IA 1META 2B7FA 2AVVA 1TW7A 3EL0A 4Y3NA 4LC7A 5P3UA 2OHTA 2R3WA 5P1LA 5P11A 3NDUA 5P5ZA 2JJJA 1YX9A 2V10C 4Y48A 5KR0A 1XE5A 5P4DA 3O9IA 1FFIC 3GI0A 5P6XA 5P4BA 4BEKA 1IIQA 5OZSA 3GI6A 3D91A 1C6XA 4FIVA 4ZEAA 3S2OA 3TKGA 1MPPA 3D1YA 4RLDA 5P4WA 1HXBA 3SO9A 3I7EA 1YG9A 3T3CA 5E5JA 2NMZA 2FGVA 4TVHA 5P6QA 3K5FA 3LPIA 4K8SA 5DR1A 4WY1A 5P5AA 1APTE 1D4YA 4FM6A 4Y36A 3URJA 4DJWA 2UPJA 2VNMA 2OHSA 3FIVA 5P4ZA 4CPUA 5P6AA 5P7XA 5P89A 1FGCC 4GB2A 5P7TA 2Q63A 2V16C 1HVHA 3IVHA 2NR6A 1ME6A 3KA2A 3SA7A 5P6YA 5HCTA 5P7AA 2ZJKA 5P4JA 5JFPA 3APPA 5OZMA 2V13A 2HB3A 5P2YA 1W5YA 5OZCA 5P05A 5P3OA 5P3VA 4H3IA 5P32A 3KYRA 2AOFA 4K9HA 3NU6A 3QIHA 5P68A 5P5FA 1SMRA 2XYFA 1TCXA 5OYWA 5P8GA 4B77A 4Y3LA 2AZ9A 2QD7A 2I4DA 2G69A 4CPRA 5I3YA 5P34A 1SH9A 5P09A 4A6BA 1B6LA 3EL4A 4Y4BA 4HZTA 3VF5A 2WF4A 2I4VA 2HPEA 3VYFA 3DV5A 2QP8A 4Y54A 3AIDA 2WEZA 2AVMA 5P35A 2BJUA 3DJKA 3VEUA 4Y3AA 1EC0A 2XFJA 4HA5A 3KDCA 4NPTA 5KR2A 3EM3A 2JXRA 4L6BA 4DPIA 5IVTA 2OHQA 2B42A 3ZL7A 5OZZA 5P7CA 4YCKA 5P3CA 3FNUA 3FSMA 5P57A 3NSHA 4RCEA 5P2DA 2SAMA 4Y37A 1EBWA 4I1CA 4MC9A 5P79A 1ZLFA 5P40A 2A1EA 5P38A 4DJQA 3UQUA 3L58A 4FM8A 1BIMA 1MRWA 4JOOA 4OBKA 1KJFA 5P13A 1FF0C 4FL8A 5P6WA 1T7JA 1MERA 4OBZB 5E5KA 5P24A 2IL2A 4Y6MA 4EJDA 5P4GA 4QJ7A 5JFUA 1NPVA 1HTGA 3EL9A 5BS4A 3ZPUA 4YD4A 5P5RA 5P2VA 5P53A 1HEGE 1QBTA 4APRE 3RVIA 1EPRE 4Z22A 1MTBA 4QJ2A 5P07A 5P1TA 1QBSA 4QJAA 2VKMA 5OZPA 2B7ZA 5OYSA 4NJSA 4D89A 4NKKA 3KFPA 4D83A 5P5WA 5P71A 5P4CA 2J9KA 1XL2A 2AOGA 3CICA 4KE1A 3VCMA 3LHGA 5OZAA 5P2TA 4HDFA 2WF3A 4B1CA 3PSYA 4PEPA 2H6TA 3OQAA 1FFFC 4Z2ZA 5P3KA 4U7VA 3MSLA 5OYYA 4B05A 5P84A 5P4VA 1MT7A 5P66A 4JPCA 5OZ6A 5P2GA 2F3KA 2QI5A 3EM4A 4Y4UA 2G26A 1ENTE 2NXLA 4B00A 5P8BA 4OBZA 5OZ7A 4B72A 3PWRA 4GJBA 4NJTA 3UFNA 2FMBA 2RSPA 5HTZA 3KMYA 1BXQA 2RENA 5P0QA 4Y47A 1HTEA 4GYEA 3VV6A 5P0YA 2F81A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OUC A;  4ZE6 A;  3VSX A;  1SP5 A;  2IQG A;  3OXW A;  4J0Y A;  3LZY A;  4DQF A;  4OBH A;  4I0J A;  2BKS A;  4D85 A;  1DIF A;  5P4T A;  2QMD A;  5IVS A;  5P82 A;  3O99 A;  5P43 A;  5OZN A;  3F9Q A;  4A6C A;  1NPA A;  4DUS A;  2AOJ A;  4Y43 A;  4Y35 A;  3TPJ A;  4Y5E A;  3IA9 A;  1SDU A;  1ZAP A;  3UDR A;  3ZPT A;  5P6N A;  2IRZ A;  1BWA A;  3LIT A;  3UPJ A;  3SAA A;  4F73 A;  1HPV A;  5P0U A;  2FS4 A;  1DMP A;  5P1U A;  1EC1 A;  2G24 A;  2G1N A;  2WJO A;  5P85 A;  5IVQ A;  3Q6Y A;  2VNN A;  3CMS A;  3O9L A;  5P3W A;  2IKO A;  2XFK A;  1HOS A;  4QGI A;  4FRI A;  3GGU A;  4R8Y A;  4OC6 B;  4DJV A;  1FEJ C;  3QBH A;  5P3Z A;  3LPK A;  1W5V A;  5P8S A;  5P14 A;  2RMP A;  5P2E A;  5ENK A;  1WBM A;  1LEE A;  1IZH A;  5P0F A;  4Y4G A;  1MUI A;  4CMS A;  1W51 A;  3RU1 A;  3IND A;  1APW E;  2UXZ A;  2BPZ A;  3SQF A;  5P2B A;  1HIV A;  5HCO A;  4L7H A;  5P62 A;  3EM6 A;  2A4F A;  4K4Q A;  1MRX A;  5P02 A;  5P03 A;  5P5S A;  4PHV A;  1MTR A;  4Y5C A;  3PLL A;  1FMX A;  2OHL A;  4R92 A;  1D4L A;  2VIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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