2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
3L38A 2I0DA 1MSMA 4Y5NA 4Q1XA 5HD0A 5P68A 2I4VA 5P6NA 2FMBA 3AUPA 3S53A 3QP0A 3TH9A 3KFSA 3ER5E 5P6IA 2G21A 3KDCA 2F8GA 5P26A 3KDDA 1HIHA 5P69A 4CPUA 2PC0A 4J17A 5P4SA 3MSJA 4QJ6A 1QRPE 4UPJA 1HSIA 1K6CA 4B77A 3OADB 5P0NA 3UDYA 1FQ6A 4ZSMA 3ZKMA 5P80A 5AH8A 1T6EX 3I25A 3T6IA 4FE6A 1Z1HA 4FSEA 5P7IA 5P51A 1HTFA 4B00A 3APRE 1APTE 4ZEAA 4Y3EA 1ZBGA 1DMPA 5P0CA 2P3DA 4LBTA 4Y5GA 1SMRA 5P5FA 4H3GA 5P2QA 5P6MA 4DQBA 5OZJA 5P1MA 5P2UA 5P1TA 2I4WA 5P3OA 5J25A 4OBKA 5P31A 5P3RA 1T6GA 1OHRA 5P29A 2IGXA 3UDHA 2AOCA 4FM7A 1BWBA 5P4TA 4GYEA 2R38A 3PJ6A 4X2LA 3LPJA 3SPKA 2Q63A 4CP7A 5P5EA 5P3CA 4DPIA 3C9XA 2WJOA 5P2KA 4I8ZA 2AOGA 4A4QA 3VYDA 2ER9E 3TKGA 2OHLA 5P7HA 3PI0A 3TL9A 5P19A 2IQGA 3NXNA 4OC6B 5I3WA 1GVTA 1TCWA 1KJFA 2G1SA 3HVGA 3KT2A 2VJ9A 2Z4OA 1FG8C 3INDA 5P1JA 4F74A 5P4DA 3VEUA 2F3KA 3CICA 5HCTA 2ASIA 5P3DA 4Y3RA 1KJ4A 3HDKA 5P86A 2VA7A 3BGCA 4IVSA 4Y9WA 2AOJA 3RTNA 3OQDA 1HVHA 4KB9A 3D91A 1YX9A 4Y5PA 4AA8A 5P0IA 4RZ1A 5P23A 3NUJA 1IZEA 5P0DA 4EJ8A 5P1KA 4U8WA 2QI6A 2O4NA 3OXWA 5OYTA 4YE3A 1XE5A 1AXAA 2QMGA 2QI0A 3D20A 3LNKA 3QBHA 4Z2ZA 4R5NA 4R92A 5HU0A 5P13A 1A30A 3PCWA 1UH9A 1ODYA 3EMYA 1RPIA 3OWNA 5P6WA 5OZ6A 5OZEA 4QJ8A 1CZIE 3OQAA 3CIDA 5P0FA 5DGUA 1K1UA 4NJUA 1LYBB 2H6TA 3LINA 4XKXA 5P54A 2NXLA 5P12A 2QHCA 1MPPA 5P88A 5P7AA 1FLHA 3TTPA 1GNNA 1SBGA 4HZTA 5P6FA 1A94A 2F3EA 5P8PA 5P5SA 4J1IA 1UH7A 3ZL7A 6APRE 4Y51A 1BDQA 5P8RA 4L7GA 3SKGA 5P2SA 3OXCA 1FFFC 5P76A 3T3CA 1HHPA 4J0ZA 5IVRA 3ZLQA 3OADA 4YOAA 3S85A 3GGXA 5OZNA 5KQZA 1GKTA 3BVAA 5AHCA 1DW6C 5P3MA 3UDRA 1M4HA 5P5HA 4XXSA 5P87A 4GJBA 1EEDP 2AIDA 6UPJA 2R9BA 2G20A 1EPPE 4ER4E 3VFAA 2VNNA 4QGIA 5APRE 3O9IA 1K2BA 1PROA 1OEXA 1B6PA 5P4UA 5P24A 3GGUA 5P79A 2VNMA 2PYMA 4B72A 5P8JA 2BBBA 3O9HA 5P5IA 4COEA 4EHCA 5P2LA 2IGYA 5P52A 4KE1A 5P2DA 3EL5A 5P42A 4ER2E 5P53A 1BDRA 4FAFA 5P6OA 1B5FB 1VIJA 2FNTA 1HOSA 5P4QA 5P8QA 3S7MA 4EXGA 2RKFA 4JPCA 9HVPA 5KR1A 4YHQA 4ZLSA 4OC6A 5P3EA 5P7FA 4Y5LA 4B0QA 3K5CA 5P1XA 4D85A 1BVGA 1M0BA 1HRNA 3INHA 1C6XA 5P5WA 1HVCA 2APRA 5P1IA 5HVPA 4Y57A 4LP9A 1IZIA 2PK5A 4OD9A 1MERA 2B7ZA 3SAAA 5HE7A 4FL8A 3OK9A 3PI5A 5P2CA 1SMEA 5P65A 5P5PA 5P4KA 2UY0A 3LPKA 4DV9A 1M43A 3SKFA 1PSOE 5P1VA 4ACXA 5P4NA 2WHHA 5P2OA 5P8SA 4DVFA 4EYRA 2FXEA 1PPME 3PSYA 4RLDA 5P1LA 5P3AA 3SM2A 4CMSA 5COKA 1EBKC 5P82A 5P57A 2V00A 4YBIA 1U8GA 3PCZA 5E5KA 2O4LA 5P0AA 2R43A 3BXSA 3RSXA 5COPA 4PEPA 5P4HA 2H6SA 5P7NA 4Y3PA 2QNQA 5P3SA 5OZWA 1LYBA 4FAEA 4RYGA 3UDMA 3UPJA 3MSLA 3I7EA 4DPFA 1FIVA 4BEKA 3SABA 1C70A 1E81E 5P61A 3PM4A 5OZTA 5P1OA 1A8GA 3FIVA 5P47A 3FNSA 4HVPA 3OXVA 2BPXA 2BPZA 5P3NA 4Y4UA 4CPRA 5P30A 1WBMA 5P3GA 3BUFA 5P1FA 2VJ7A 1MT7A 4K9HA 1B6KA 5P00A 1HPOA 1QBSA 3VYEA 2ER7E 5OZ7A 4LL3A 2RSPA 2ZJHA 2QI5A 3UQRA 5P1UA 5COOA 1HWRA 3DCRA 5P78A 5P74A 5P6RA 1WKRA 2PSVA 5HDVA 3PBDA 3PBZA 3G72A 1IIQA 4Y36A 4YD7A 5P0HA 5P8NA 5P4CA 1ER8E 4YCYA 2O40A 3H0BA 5P4AA 3N4LA 1W5WA 3LPIA 5P3VA 4LHHA 3K1WA 4RRNA 1BDLA 2UPJA 2OHMA 3SA9A 4YD6A 1W6HA 1MUIA 2FXDA 5P7GA 3Q70A 2HB2A 5DR7A 5JFPA 1A8KA 1B6MA 4Y3MA 4RCDA 5JFUA 2AZ9A 5ENMA 5DR0A 3TPLA 4CPQA 3GW5A 4NJSA 4Y4TA 3GGAA 3LZSA 2VIEA 1MT8A 1LZQA 5P2BA 5P2MA 4QJ9A 2QD8A 3NDXA 4OBZB 1EPRE 5P6YA 1SDTA 3O99A 5P7PA 5P3PA 3JVWA 3UDJA 3UDKA 1ZAPA 1ODXA 4JECA 3CKRA 5OZAA 2RMPA 5IE1A 1EPOE 3O9DA 4Q1WA 2BPYA 1LV1A 3MWSA 5P7YA 5P2HA 1TQFA 2AVSA 3IA9A 5OZKA 2V13A 5AGZA 4Y3HA 2PWRA 1UH8A 1LF2A 3KMXA 4GB2A 4Y4EA 2XYEA 3TPRA 5P7QA 4B70A 1NSOA 4DJRA 4QLHA 5P04A 5P8BA 3DOXA 5P0LA 1ZPAA 3O9AA 3TOFA 3ECGA 4Y3SA 5P1GA 1GNMA 1XL5A 2WEDA 5DQ4A 4J1CA 3FNTA 2QMDA 2NMZA 1QS8A 3LZYA 3S43B 3PVKA 4I0FA 4CPTA 2IKUA 4YDGA 4N00A 5P11A 3ZMGA 5P3XA 3O9CA 4H1EA 5P6JA 1RQ9A 3PSGA 1TCXA 3UQWA 2XFIA 4D8CA 4YD3A 3INFA 5P2VA 1HEFE 3UF3A 3I6OA 1MRWA 3SACA 4R93A 2Q3KA 3Q3TA 2HPFA 2WF1A 5P1SA 3EXOA 4LXMA 5OYSA 5P1CA 4H3FA 4FGXA 3VUCA 5P6ZA 5P33A 1K1TA 5P3KA 5P81A 2F80A 3O9EA 1NPAA 4MC6A 5OZIA 5P5JA 4PYVA 1IDAA 4QJ7A 2FGVA 2CEJA 2Q15A 3D1ZA 2IENA 2G1YA 2IDWA 4CKUA 5HE4A 4YCTA 2P8HA 4ZPGA 2G1NA 5P1DA 4JP9A 4CPXA 2WF4A 4XX3A 1SP5A 4Y43A 3CYXA 3U6AA 3BC4A 4U7VA 1HBVA 1BV7A 2R3WA 3R0YA 1HTRB 3T7XA 1BIMA 1IVPA 2BPWA 5P07A 3VV8A 5P0KA 5PEPA 4AMTA 3ER3E 1F7AA 4AZYA 5HDXA 2PWCA 2G1OA 1SGZA 1RNEA 3LIVA 4HE9A 1BVEA 4GJ7A 2HS1A 3ZKGA 1W5YA 1FB7A 5P2JA 2P3BB 4PPHA 3RTMA 5OZLA 5P8EA 4YD4A 2PK6A 3KFPA 3NXEA 4I0GA 3KN0A 5P0JA 4Y3FA 5P6LA 5P5ZA 5FIVA 3BGBA 5OZCA 5P2XA 4Y3JA 3U71A 4J0VA 4OBZA 3IAWA 5HCOA 1APWE 5DPZA 4I0HA 5ER2E 7HVPA 5P10A 1LEEA 4RROA 5P7OA 5OZ4A 5P5CA 3RSVA 5P4VA 4Y3DA 1G2KA 2QAKA 4EP3A 5P8GA 4RYCA 1GVXA 3NLSA 5P73A 4GMIA 2JYSA 2ZGAA 2SAMA 3ZPTA 2A1EA 4Y54A 2G69A 4J1EA 5P6KA 4Y6MA 5P39A 3CKTA 3DV1A 2ZHSA 2CENA 5P5RA 3UFNA 3DV5A 1W6IA 4FRJA 4Y4XA 2ZJLA 2PSUA 1HXBA 2OHUA 5ISJA 2P3CA 4Y4GA 5P3TA 5DQ2A 5P5GA 5P84A 4Y4JA 2NNKA 1MTRA 3NWQA 4OBHA 1IZDA 1HVLA 5P22A 1BXOA 2QD6A 4I0DA 4LXKA 4CPSA 5P8MA 5P4MA 3EL0A 1CPIA 2PYNA 4S1GA 3K5FA 4FM8A 1EBYA 2P4JA 3QVCA 1EC1A 2V16C 2ZHVA 5P66A 1EC2A 5OZ2A 3S43A 4K4RA 4Q1YA 3D1YA 5P2IA 5P1EA 5AH7A 5P89A 5P85A 3NU5A 3L58A 3OUAA 1K6VA 3F9QA 1QDMA 2IEOA 3EKTA 1EAGA 1SDUA 3L5DA 1DPJA 3O9BA 4A6CA 1PPKE 4J0PA 4ER1E 3OQ7A 4Y3XA 5P8CA 5P6DA 4NPTA 1KJHA 3QRVA 1SDVA 4APRE 1E5OE 5P4WA 5P2NA 4DUSA 2NMYA 1HIVA 4BFBA 4F76A 5P1RA 5SXNA 2NTRA 2OHQA 5P40A 1EC3A 4TVGA 1GVVA 3QS1A 3CMSA 1JLDA 2VS2A 2AQUA 1ZJ7A 1HIIA 2AVVA 1YT9A 2QZKA 5SZ9A 3LIYA 5T4SA 5DQ5A 1KJ7A 5P34A 5KQYA 5P16A 1EPME 4DQGA 3ST5A 1MRXA 1SGUA 4EXHA 2PH6A 3D1XA 1AIDA 4Y4ZA 3EM4A 1NH0A 3PWWA 5P0TA 3SA4A 2PMAA 2IRZA 3NSHA 2R5PA 5OZMA 1ZPKA 2FDPA 1G6LA 4DJOA 4Y58A 4CPWA 1C6YA 3FV3A 4YD5A 3T7QA 4GJ9A 4FRIA 4WY1A 2ER0E 1META 2P3BA 1YM4A 5P03A 3LIXA 1FMXA 3VLBA 5C9DA 5P5KA 2ZHRA 5P18A 2ER6E 1YTJA 5P50A 5P43A 1FMUA 5P6VA 3PGIA 3QI1A 3KFNA 4BFDA 4Y45A 5P6XA 2ZE1A 5P3ZA 5OZVA 2I4QA 5P3IA 3L5EA 2MIPA 5P8FA 5P0BA 5P0QA 1HPXA 3DK1A 1WBKA 2BQVA 2ZJMA 1DAZC 4U7QA 5P63A 3PSUA 4Y47A 5P38A 3URLA 2V11C 2NNPA 4J1KA 3KDBA 1OD1A 4Y50A 5JG1A 5P8LA 1PFZA 3CKPA 4EQJA 5P2EA 5P1PA 4Y48A 1QBTA 3CYWA 5I3VA 5P58A 3VG1A 2CEMA 5OYWA 1BBSA 3SA6A 3IVIA 1AZ5A 4RVJA 1LS5A 3BUHA 5P4IA 3PMUA 4Y38A 5P7DA 1ZSRA 3MXEA 5P3BA 5P5NA 4ACUA 2WKZA 5P7LA 3OTYA 2QI3A 2FDEA 5P8AA 5SY2A 1ZSFA 4J0YA 5OZXA 2B42A 5CONA 3JVYA 4B1EA 4GJCA 2OAHA 1FQ8A 4RCEA 3KYRA 4Y3ZA 3GI0A 2G22A 3WZ7A 3MXDA 2ZJKA 2QK5A 5P35A 4D83A 1GVUA 1W5VA 3EKWA 1D4KA 2QNNA 5P3JA 3HZCA 5P25A 2NXMA 4I8WA 1AJVA 1E82E 4FLGA 5P6QA 5KR8A 1APUE 4L7JA 3VLAA 5P0UA 2PSGA 3TPPA 2JJIA 5P7TA 4ZPEA 5F01A 3SQFA 5P1AA 1D4LA 5C9BA 4LAPA 4Y44A 5OZOA 1BWAA 3L5FA 4KUPA 4BELA 3NDTA 3NUOA 3IXKA 2G1RA 1J71A 3WZ6A 3UDPA 2G26A 2WECA 3EC0A 3VFBA 4J54A 4DH6A 4EQ0A 1YG9A 3B7VA 5P60A 5P6HA 4Y4AA 3R2FA 1LYWB 3VYFA 2Q64A 3OQFA 4FCOA 2ZJJA 5KOSA 3L5BA 3HAUA 5P5QA 5P0ZA 5P7SA 2VIJA 1B6LA 3WB5A 3OU3A 2BB9A 4RGHA 3NU4A 5P37A 1FFIC 1D4IA 3TKWA 5P8TA 2G27A 4EJKA 5P0WA 5OZPA 2OHPA 2Q54A 3UDNA 3VF3A 1EBWA 2ZYEA 1B5FA 4MC1A 1IBQA 1T7KA 5P7WA 3T7PA 3QRMA 3EBZA 4DJPA 2F3FA 2OHTA 5DR8A 3PHVA 3K5DA 4Y3WA 4Y5MA 1EC0A 3IN4A 3DJKA 5EZZA 5P4YA 1T3RA 1MIQA 1MTBA 3OGQA 1XN2A 4Y3NA 3KM4A 4HLAA 5IVTA 5P2FA 3OHHA 2HC0A 3UQXA 2AOIA 1ZLFA 4H3IA 5HE5A 4DI2A 2HM1A 4Y4DA 4ZSPA 5P2ZA 4I12A 5DR4A 1IZHA 2QMFA 5DR1A 4J5JA 3EKYA 4DJVA 1APVE 1K6TA 5P5XA 3U7SA 3EL1A 4TRZA 2VA6A 2PH8A 5P5DA 5P14A 3DCKA 5P0EA 2NPHA 5OZ8A 5P5LA 5P08A 5ISKA 3NU9A 1YTIA 5P2WA 3OAGB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L38 A;  2I0D A;  1MSM A;  4Y5N A;  4Q1X A;  5HD0 A;  5P68 A;  2I4V A;  5P6N A;  2FMB A;  3AUP A;  3S53 A;  3QP0 A;  3TH9 A;  3KFS A;  3ER5 E;  5P6I A;  2G21 A;  3KDC A;  2F8G A;  5P26 A;  3KDD A;  1HIH A;  5P69 A;  4CPU A;  2PC0 A;  4J17 A;  5P4S A;  3MSJ A;  4QJ6 A;  1QRP E;  4UPJ A;  1HSI A;  1K6C A;  4B77 A;  3OAD B;  5P0N A;  3UDY A;  1FQ6 A;  4ZSM A;  3ZKM A;  5P80 A;  5AH8 A;  1T6E X;  3I25 A;  3T6I A;  4FE6 A;  1Z1H A;  4FSE A;  5P7I A;  5P51 A;  1HTF A;  4B00 A;  3APR E;  1APT E;  4ZEA A;  4Y3E A;  1ZBG A;  1DMP A;  5P0C A;  2P3D A;  4LBT A;  4Y5G A;  1SMR A;  5P5F A;  4H3G A;  5P2Q A;  5P6M A;  4DQB A;  5OZJ A;  5P1M A;  5P2U A;  5P1T A;  2I4W A;  5P3O A;  5J25 A;  4OBK A;  5P31 A;  5P3R A;  1T6G A;  1OHR A;  5P29 A;  2IGX A;  3UDH A;  2AOC A;  4FM7 A;  1BWB A;  5P4T A;  4GYE A;  2R38 A;  3PJ6 A;  4X2L A;  3LPJ A;  3SPK A;  2Q63 A;  4CP7 A;  5P5E A;  5P3C A;  4DPI A;  3C9X A;  2WJO A;  5P2K A;  4I8Z A;  2AOG A;  4A4Q A;  3VYD A;  2ER9 E;  3TKG A;  2OHL A;  5P7H A;  3PI0 A;  3TL9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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