2NXLA

Structure of hiv-1 protease d25n complexed with the rt-rh analogue peptide gly-ala-glu-val-phe*tyr-val-asp-gly-ala
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
publication title Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2006-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2nxlA00
4DV9A 2VS2A 1AIDA 3FX5A 3SA3A 3Q70A 5P0OA 4K4PA 3AIDA 5P2JA 3PWWA 3HVPA 3BC4A 5P2IA 5EZZA 4H3FA 4GJ7A 4XX3A 5P2EA 2BPZA 5CONA 2OHTA 3NU4A 2AOFA 2R5PA 1SDVA 1BBSA 2PWRA 5P0TA 5I3XA 2ZHVA 5P6PA 5COOA 1GVWA 2XFJA 5C9BA 4KUPA 3BXRA 3ZOVA 5P12A 4Y5PA 4Q1NA 3PB5A 3D3TA 4GJ5A 5P1KA 2R8NA 4YD5A 3GI4A 2WECA 4HDFA 3RTMA 1MSNA 2WF2A 3KFSA 3S43B 1AAQA 3OU4A 1EC3A 1G35A 1EBYA 3DK1A 5P1FA 3VFBA 3VYFA 3KFRA 1LYAB 4CP7A 3O9EA 3SM1A 5P49A 4DFGA 4Z2ZA 3OU3A 3OHHA 4QJ9A 4QJ7A 4RVIA 4Y5AA 5DQCA 4NJSA 4OBKA 4L7HA 3CICA 1E82E 1FFFC 1HEGE 1BVGA 2OHSA 1HSIA 2O4PA 3OXCA 3RSXA 5OZSA 1SGZA 5OZYA 3U7SA 1SMEA 1MIQA 3NUOA 3IN3A 5OZZA 5OZGA 3O9FA 5P23A 3U71A 5P1GA 1YG9A 4Y3HA 3QI1A 1T6EX 4I0IA 2FDPA 4AA9A 5DGWA 1FMBA 5OYWA 3BGCA 1HVLA 5P6DA 3SAAA 3CYWA 5P8MA 4D88A 1W5XA 2HIZA 5P0WA 5P36A 3I6OA 3H5BA 4RYGA 5SY2A 3OQ7A 3SQFA 4ER1E 3KA2A 3Q6YA 1KJGA 5P4JA 3PRSA 2V16C 4COEA 4YBIA 5P5MA 3O99A 5HU0A 5IVQA 1T7IA 3VCMA 4DQCA 5P4AA 3DCKA 1PFZA 5P65A 3JW2A 1BDRA 4I0DA 5P8JA 2ZJMA 2R9BA 3MWSA 3SA6A 3VYEA 5P4SA 5OZVA 5P1CA 4B1EA 4EJDA 6UPJA 1HIVA 3IA9A 5P34A 5P05A 2OHQA 5OZJA 2VIJA 4Y3ZA 1EPLE 2R3TA 6APRE 2G1YA 1QBSA 5DR7A 5P8RA 5IS4A 4A6CA 2APRA 5P2CA 4DJRA 4GIDA 2BPVA 4J0VA 5P6OA 5P5AA 4YDGA 5P7OA 3D1XA 1MRWA 4FRJA 1K1TA 3O9IA 4M8YA 1FF0C 5P7AA 1IZEA 2V00A 3VEUA 1ENTE 5JFPA 5KR2A 2QHCA 4CPUA 5KAOA 3NUJA 2ZJJA 4Y3QA 4RGHA 3T7XA 4Y3RA 3UDYA 4NPUA 4EQ0A 3VG1A 3HW1A 1PSOE 5PEPA 1TSQA 1K6PA 1MPPA 1ZJ7A 5P6VA 4OC6B 1IZHA 4Y41A 2ER6E 2PMAA 5F00A 2AIDA 5P2NA 2OHKA 5P4UA 3G72A 3OQAA 5P4BA 4IVTA 2V11C 4Y6MA 1LF4A 2I4QA 3L5FA 4LC7A 3MSKA 3EKPA 1CZIE 3SA9A 1TSUA 1SH9A 2P4JA 3UFLA 5P5VA 2ZHSA 5P16A 3HLOA 1K2BA 5P3XA 5P4RA 2AZCA 3BUGA 5OZ6A 2CEJA 5P4HA 3QS1A 4GZFA 3TPRA 2AOGA 5P04A 3ZPSA 1HXWA 4L1AA 2ZJKA 4PPHA 1QBUA 1BAIA 4ZPGA 5P6JA 5C9DA 4OD9B 5P29A 5P7QA 3CIBA 4APEA 3IXOA 5OZHA 1MTBA 5P44A 1GNNA 5P3VA 4Y56A 3OADB 5P52A 5P7IA 5P8EA 5P6WA 4I8WA 1UH9A 4YD3A 5P02A 3QVCA 5OYYA 1FG6C 2QU2A 3ZKIA 5P6UA 3OQFA 5P3WA 3JVWA 2PYNA 5P7PA 5OYQA 5P2RA 5P57A 3NU6A 4QLHA 5EZXA 2NXMA 3JVYA 4BEKA 3PJ6A 5P33A 1RV7A 1HPSA 1EC0A 4ACXA 4Y4DA 3U6AA 3EKTA 3KFNA 2B8VA 5P3NA 5P6BA 1ME6A 3L5CA 5E5KA 5P35A 1XE5A 2QD7A 5P7LA 3SA4A 1FQXA 4D89A 3ZL7A 4ZSRA 1LV1A 1XN2A 4RYCA 4DQFA 3KYRA 3PCWA 3OOTA 2G22A 5P6GA 3SA7A 3DCRA 3G70A 3LITA 4Y44A 1HHPA 5P0YA 1TZSA 5P4TA 3UQRA 4I0EA 3PBZA 4JOOA 5KOSA 3OU4B 3CIDA 5P09A 4FCOA 1W51A 1FB7A 3NDUA 2AVSA 5P1HA 2I4XA 1YTJA 2RMPA 4FM6A 1D4IA 1T3RA 4Y38A 4HDPA 4DJXA 3PCZA 3O9LA 1C6YA 1HEFE 2WF1A 5P1MA 5HE5A 3DM6A 3PBDA 3INDA 5BS4A 5P6YA 4QJAA 1HOSA 1K6VA 2AVQA 3PWMA 3C9XA 4X2LA 2J9JB 1F7AA 4NJVA 5BRYA 3O9AA 4Q5MA 5OYSA 5P6RA 4GJBA 1BIMA 2AOCA 1B6LA 5HCTA 5P13A 5P1LA 1EPOE 2QAKA 3WSJA 5P2VA 2PQZA 3UDQA 2HS2A 4B78A 2PK5A 5P55A 2BKTA 2JYSA 5P79A 2V10C 1HTEA 6FIVA 5P72A 2ER0E 3PM4A 2QHYA 5P11A 4HZTA 1BWBA 4YD4A 2QMPA 2RENA 2XFIA 4CPRA 5P68A 4Q1WA 3HAWA 5P8LA 3NR6A 1QRPE 3GI5A 1LYBB 1HTFA 1BV7A 3EL5A 5P3RA 5OZRA 4Y45A 5I3YA 4XKXA 5P3CA 4DJOA 1HRNA 2AOEA 4AZYA 3TTPA 1BXOA 4OBGA 2VA7A 1TCWA 3EL0A 1NSOA 1B6PA 3B7VA 3BUFA 2F3KA 3L38A 5P37A 4GJCA 2BPXA 3K5CA 5AH8A 1M43A 5DR8A 2G69A 1W6IA 1GVTA 2VJ7A 4EP2A 5DQ4A 3QRSA 5OYTA 3Q4BA 3VV7A 1AJVA 4Y50A 5P2GA 4Y5LA 4J1IA 4J1KA 4Y3AA 1SIVA 1ZSFA 5P8UA 3BVAA 5P2BA 3EMYA 4DQEA 4Y57A 4CPWA 1SIPA 2G20A 2Q63A 2AZ8A 3NWQA 5P40A 4ZLSA 1B5FB 1LYWA 2WF4A 1BWAA 3ZPUA 4HA5A 1GVUA 1YM2A 5P8DA 4PZWA 4FM8A 4QJ6A 1DIFA 5P30A 5P4YA 5P17A 2Q54A 4Y4BA 4JECA 5P3SA 5P5EA 4GJDA 3OOZA 5P7MA 3LNKA 2QD8A 5P88A 1E81E 5P2SA 2G24A 3FIVA 2VIYA 2OHUA 4KE1A 1VIJA 5OYVA 3R1GB 1FGCC 2VNNA 4YCKA 4PYVA 4RZ1A 5P70A 2G1SA 4I0GA 3VLAA 5P45A 2VJ6A 4Y3EA 4MC9A 1LS5A 3O9GA 4I1CA 3TOFA 3LZSA 3LZVA 3L5EA 5P82A 1IIQA 4R5NA 3TLHA 5HVPA 4U8WA 3RTHA 5P6QA 4N00A 5P69A 1B6MA 1NPAA 2ZGAA 3M9FA 5P5HA 3LPKA 5P15A 2QNPA 4LAPA 5JG1A 1W6HA 3WZ7A 2F81A 3R2FA 2HB4A 3WB4A 1K2CA 2QMDA 3PLLA 1A9MA 5P4KA 1DMPA 1Z1HA 2RKFA 2Q11A 2R5QA 3N4LA 5P63A 3URJA 2J9KA 2WEZA 4M8XA 4Y43A 1SGUA 3SKGA 1QBRA 4X7IA 3IN4A 3K1WA 5P6XA 5OZ4A 5P0IA 2IGYA 1IBQA 4Y3WA 3QRMA 3UQWA 7HVPA 1KZKA 5AHAA 5ER1E 3CMSA 2P3BA 2P83A 4AA8A 1VIKA 5P6TA 5P8IA 2PH6A 3CKRA 5HDXA 4QJ2A 2NR6A 1HSGA 4Y4UA 2P3CA 3K4VC 1QS8A 1ZSRA 5OZFA 2ZJHA 3KDDA 4PZXA 3FSMA 2WHHA 4EYRA 5P8CA 2V13A 1MT9A 5P0UA 3SFCA 3HZCA 5P8KA 3ECGA 5P4OA 4FLGA 1FMXA 1EBZA 3R4BA 5P5DA 2VKMA 5JODA 3I25A 2IENA 3WB5A 2BBBA 1EPRE 4F75A 2OAHA 5OZTA 1PROA 5OZCA 3ZKNA 3NSHA 2OHNA 4B1CA 4J55A 4L6BA 4J0ZA 1XE6A 2ER7E 1A8GA 5BWYA 3OGPA 2FGVA 2B8LA 3BXSA 5B18A 5P0QA 1RL8A 5P7TA 5COPA 2PC0A 2IEOA 3AUPA 3Q3TA 4F73A 1J71A 3VSXA 3UQPA 4YBFA 5P6CA 4EJ8A 4I11A 5P1XA 3OUCA 5ER2E 3QN8A 5OZNA 3URLA 2AZ9A 5CLMA 2FNSA 1EEDP 1YTIA 4I0ZA 3UDMA 5P0AA 2NPHA 5AH9A 3EXOA 4Y3SA 3KT2A 5P3PA 1B6KA 1PSNA 4OBZA 5P0SA 5P7EA 1W50A 1XDHA 1YX9A 1YM4A 5DQ5A 5P2YA 4DI2A 4EXHA 1EAGA 3R0YA 4CPTA 4Y48A 5OZQA 2I1AA 5I3WA 3QAAA 5P75A 1NPVA 2QI4A 3B80A 3UHLA 5P0DA 4CMSA 3OUDA 1HVCA 5P01A 4QGIA 5OZAA 4FSLA 3CKPA 4ZPFA 5P3AA 1GVVA 4J0YA 1KJ7A 5P6FA 4DJVA 1G2KA 4Y3YA 3GGXA 4LXKA 5KR0A 1AVFA 2WEDA 3PI0A 2ZHTA 3PHVA 1SMRA 5P8GA 5OZPA 4HEGA 5P2XA 5P42A 1D4HA 3O9CA 3VYDA 2JXRA 5P56A 3UTLA 3QIHA 3PSGA 3GI0A 4OBHA 5P22A 3VF3A 1ODXA 5P3EA 4OBFA 1PPME 2Z54A 4Y4EA 3F9QA 5COKA 5P3YA 2AQUA 2IGXA 2WEAA 5P7ZA 5HTZA 5P3BA 5P8QA 4TRWA 5P67A 2F80A 5P3LA 3K5DA 5P6KA 4JP9A 5P3DA 5P4IA 1FEJC 4RLDA 1FLHA 2G94A 4LP9A 4TVHA 3N3IA 5P0LA 5P0VA 3VV8A 3L58A 5OYXA 5P7FA 2BB9A 4Y5GA 1HWRA 2FDEA 2NXDA 5P1NA 4K9HA 5P8NA 9HVPA 5P2MA 4Y3XA 1HTRB 1T7KA 3UQXA 1CMSA 2XYEA 3A2OA 1EC1A 5SY3A 5P85A 5FIVA 4HE9A 5P59A 5P6EA 1QBTA 2Q55A 2AOJA 4WY6A 1MEUA 2QZKA 2Z4OA 3SPKA 5P03A 3UDJA 2G1OA 3OAGA 1EBWA 3DUYA 4B1DA 1A30A 1D4LA 4Y3GA 5P7KA 5ISJA 5P0BA 5OZLA 1N49A 4Y58A 3L5BA 4FAFA 5P84A 1KJFA 2ER9E 1FG8C 2ZE1A 3SLZA 4J54A 1XL2A 4TRYA 4Y3NA 2PSUA 2XFKA 4I0HA 1HXBA 4Y3PA 3EKWA 5P5BA 3TKGA 5P1OA 4H1EA 3I7EA 5OYZA 5P39A 5P27A 3OUBA 5P76A 1DPJA 2FS4A 4Y37A 5TOLA 5P5YA 3VV6A 2IQGA 2O4SA 1TQFA 1IDAA 3DOXA 4HDBA 5P5WA 1RQ9A 5P5FA 2JE4A 5OZUA 5ENKA 3MSLA 4BFBA 2PH8A 2RKGA 1GVXA 5P1PA 2IRZA 4FRSA 4DJYA 1D4YA 3OTYA 2VJ9A 3GI6A 2HB2A 5P4MA 4DQBA 3S43A 2O4NA 3EBZA 4Y3MA 5P87A 3NXEA 2NMYA 4GJ9A 3NDTA 1ZLFA 4DJUA 3S85A 4EHCA 5P8FA 5IE1A 5P2HA 4DQHA 3PWRA 5UPJA 4CPSA 1Q9PA 5P0XA 3EKVA 3LIYA 1K1UA 5P64A 3VF7A 5T4SA 5P19A 1DW6C 4NJUA 3QROA 5P07A 2QI3A 3D20A 5P5KA 4ER4E 3L59A 1SP5A 5P8PA 5P4XA 4Q1XA 2BQVA 4Y4GA 3FV3A 5HE4A 3SA8A 4Z4XA 2QHZA 3NDXA 4NPTA 4UPJA 5OZEA 5P5PA 5P32A 2CENA 3HD8A 5P1AA 1TCXA 1DP5A 3HAUA 1IZDA 1D4SA 3TH9A 5P4LA 5OZIA 3DV1A 5P1WA 1WKRA 4FL8A 5AH7A 4XXSA 3IAWA 5P0FA 5P3TA 2WF3A 2AVVA 4PHVA 3T3CA 3SABA 4YD7A 3BHEA 3IVHA 3Q5HA 4LHHA 5P1BA 1B11A 5P1RA 1APVE 3OQKA 3NU9A 1JLDA 3ZKMA 5P6NA 4EJLA 2H6SA 5HCOA 1FFIC 5P14A 4K4QA 2I0DA 4Y35A 1FQ8A 2PSGA 3QVIA 5P78A 3GGAA 2Q3KA 4IVSA 5DPZA 1NH0A 5P6MA 1IZIA 3BRAA 2G26A 4Y4JA 4NJTA 3D1YA 2QZWA 2ZJIA 4Y51A 3UFNA 1HTGA 3OUDB 2AVMA 2VA6A 5P51A 3LPIA 5I70A 5P7BA 4RVJA 5P46A 4Y5MA 2OHRA 3OU1A 2QMGA 2PWCA 5P7VA 2JJIA 2QI5A 8HVPA 3S45A 1QDMA 3KN0A 2JJJA 2NTRA 2OHLA 5P50A 1BXQA 2ZHRA 3LIQA 5P8BA 3OY4A 1HPVA 2ZDZA 4EP3A 1T6GA 4B72A 3ZLQA 5P8SA 3ST5A 3SKFA 4Y4WA 5P0MA 3ZKXA 4YOBA 5C9FA 4OC6A 3PI5A 1MRXA 5KQFA 2PSVA 5DR1A 2R43A 4HVPA 2G1NA 2B60A 5OYUA 4YHQA 5P73A 1GKTA 3OWNA 2IS0A 5P0NA 3KMYA 1HVSA 1MESA 3PVKA 4J0TA 1ZP8A 1ODYA 3NU5A 5P0EA 5P61A 4Y5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DV9 A;  2VS2 A;  1AID A;  3FX5 A;  3SA3 A;  3Q70 A;  5P0O A;  4K4P A;  3AID A;  5P2J A;  3PWW A;  3HVP A;  3BC4 A;  5P2I A;  5EZZ A;  4H3F A;  4GJ7 A;  4XX3 A;  5P2E A;  2BPZ A;  5CON A;  2OHT A;  3NU4 A;  2AOF A;  2R5P A;  1SDV A;  1BBS A;  2PWR A;  5P0T A;  5I3X A;  2ZHV A;  5P6P A;  5COO A;  1GVW A;  2XFJ A;  5C9B A;  4KUP A;  3BXR A;  3ZOV A;  5P12 A;  4Y5P A;  4Q1N A;  3PB5 A;  3D3T A;  4GJ5 A;  5P1K A;  2R8N A;  4YD5 A;  3GI4 A;  2WEC A;  4HDF A;  3RTM A;  1MSN A;  2WF2 A;  3KFS A;  3S43 B;  1AAQ A;  3OU4 A;  1EC3 A;  1G35 A;  1EBY A;  3DK1 A;  5P1F A;  3VFB A;  3VYF A;  3KFR A;  1LYA B;  4CP7 A;  3O9E A;  3SM1 A;  5P49 A;  4DFG A;  4Z2Z A;  3OU3 A;  3OHH A;  4QJ9 A;  4QJ7 A;  4RVI A;  4Y5A A;  5DQC A;  4NJS A;  4OBK A;  4L7H A;  3CIC A;  1E82 E;  1FFF C;  1HEG E;  1BVG A;  2OHS A;  1HSI A;  2O4P A;  3OXC A;  3RSX A;  5OZS A;  1SGZ A;  5OZY A;  3U7S A;  1SME A;  1MIQ A;  3NUO A;  3IN3 A;  5OZZ A;  5OZG A;  3O9F A;  5P23 A;  3U71 A;  5P1G A;  1YG9 A;  4Y3H A;  3QI1 A;  1T6E X;  4I0I A;  2FDP A;  4AA9 A;  5DGW A;  1FMB A;  5OYW A;  3BGC A;  1HVL A;  5P6D A;  3SAA A;  3CYW A;  5P8M A;  4D88 A;  1W5X A;  2HIZ A;  5P0W A;  5P36 A;  3I6O A;  3H5B A;  4RYG A;  5SY2 A;  3OQ7 A;  3SQF A;  4ER1 E;  3KA2 A;  3Q6Y A;  1KJG A;  5P4J A;  3PRS A;  2V16 C;  4COE A;  4YBI A;  5P5M A;  3O99 A;  5HU0 A;  5IVQ A;  1T7I A;  3VCM A;  4DQC A;  5P4A A;  3DCK A;  1PFZ A;  5P65 A;  3JW2 A;  1BDR A;  4I0D A;  5P8J A;  2ZJM A;  2R9B A;  3MWS A;  3SA6 A;  3VYE A;  5P4S A;  5OZV A;  5P1C A;  4B1E A;  4EJD A;  6UPJ A;  1HIV A;  3IA9 A;  5P34 A;  5P05 A;  2OHQ A;  5OZJ A;  2VIJ A;  4Y3Z A;  1EPL E;  2R3T A;  6APR E;  2G1Y A;  1QBS A;  5DR7 A;  5P8R A;  5IS4 A;  4A6C A;  2APR A;  5P2C A;  4DJR A;  4GID A;  2BPV A;  4J0V A;  5P6O A;  5P5A A;  4YDG A;  5P7O A;  3D1X A;  1MRW A;  4FRJ A;  1K1T A;  3O9I A;  4M8Y A;  1FF0 C;  5P7A A;  1IZE A;  2V00 A;  3VEU A;  1ENT E;  5JFP A;  5KR2 A;  2QHC A;  4CPU A;  5KAO A;  3NUJ A;  2ZJJ A;  4Y3Q A;  4RGH A;  3T7X A;  4Y3R A;  3UDY A;  4NPU A;  4EQ0 A;  3VG1 A;  3HW1 A;  1PSO E;  5PEP A;  1TSQ A;  1K6P A;  1MPP A;  1ZJ7 A;  5P6V A;  4OC6 B;  1IZH A;  4Y41 A;  2ER6 E;  2PMA A;  5F00 A;  2AID A;  5P2N A;  2OHK A;  5P4U A;  3G72 A;  3OQA A;  5P4B A;  4IVT A;  2V11 C;  4Y6M A;  1LF4 A;  2I4Q A;  3L5F A;  4LC7 A;  3MSK A;  3EKP A;  1CZI E;  3SA9 A;  1TSU A;  1SH9 A;  2P4J A;  3UFL A;  5P5V A;  2ZHS A;  5P16 A;  3HLO A;  1K2B A;  5P3X A;  5P4R A;  2AZC A;  3BUG A;  5OZ6 A;  2CEJ A;  5P4H A;  3QS1 A;  4GZF A;  3TPR A;  2AOG A;  5P04 A;  3ZPS A;  1HXW A;  4L1A A;  2ZJK A;  4PPH A;  1QBU A;  1BAI A;  4ZPG A;  5P6J A;  5C9D A;  4OD9 B;  5P29 A;  5P7Q A;  3CIB A;  4APE A;  3IXO A;  5OZH A;  1MTB A;  5P44 A;  1GNN A;  5P3V A;  4Y56 A;  3OAD B;  5P52 A;  5P7I A;  5P8E A;  5P6W A;  4I8W A;  1UH9 A;  4YD3 A;  5P02 A;  3QVC A;  5OYY A;  1FG6 C;  2QU2 A;  3ZKI A;  5P6U A;  3OQF A;  5P3W A;  3JVW A;  2PYN A;  5P7P A;  5OYQ A;  5P2R A;  5P57 A;  3NU6 A;  4QLH A;  5EZX A;  2NXM A;  3JVY A;  4BEK A;  3PJ6 A;  5P33 A;  1RV7 A;  1HPS A;  1EC0 A;  4ACX A;  4Y4D A;  3U6A A;  3EKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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