2O40A

Crystal structure of a chemically synthesized 203 amino acid 'covalent dimer' hiv-1 protease molecule
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
203
structure length
192
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNFGGGGPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Convergent chemical synthesis and crystal structure of a 203 amino acid "covalent dimer" HIV-1 protease enzyme molecule.
pubmed doi rcsb
molecule keywords covalent dimer HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 45
structure length 192
sequence length 203
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o40A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o40A01
2Q15A 1ZP8A 4Z2ZA 5BWYA 4R5NA 4Y3QA 3BC4A 3ZPSA 2WHHA 5P3RA 5P7NA 1FQ4A 2PYMA 4YA8A 3UDMA 5KR8A 3DM6A 2OHRA 5P34A 4B72A 5P6XA 4GJAA 1W6HA 4YHQA 5P1LA 2J9JA 5OYSA 5P0UA 3SPKA 5OYXA 4CPRA 4GJBA 3G6ZA 4YD7A 4YE3A 3HZCA 3OU4A 5P2ZA 1EBYA 1FGCC 5P3PA 5P7EA 4J1EA 2P83A 3SLZA 2P4JA 1APUE 4YCYA 3N3IA 3HW1A 5P6OA 5P4ZA 1GVWA 1QBUA 1IDAA 1TCXA 1W51A 4J1FA 3VG1A 3B80A 2A4FA 4XX4A 4ZEAA 1GNNA 5F01A 4LXMA 5OZ0A 5P8AA 5ISKA 5OZPA 4Y51A 4B78A 1HVLA 5P72A 5P0EA 5COPA 2G1YA 3HDKA 4H3FA 5P5RA 3M9FA 2G1SA 3KM4A 1B5FB 4CPTA 1B6PA 4GYEA 4Y38A 1MT9A 2ANLA 5P7HA 3WSJA 3OAGA 2FDDA 5P8QA 1MTBA 3R0WA 1XE5A 5P2QA 2V16C 1DPJA 2AOIA 4Y4DA 5P4DA 5P55A 5HTZA 3QAAA 4K4PA 1APWE 3PMUA 3T7XA 1GNMA 3LIZA 5P25A 5P5FA 3O9GA 3PBZA 3HVPA 5P68A 4F74A 1Z8CA 4FCOA 5AHAA 3KFPA 3PJ6A 5P3UA 3PI0A 2WF2A 2A1EA 4QJ7A 1W5WA 3SA5A 2QAKA 3L58A 2P3AA 3UPJA 5P1OA 5OZGA 3NDWA 2F80A 5P3WA 3SACA 1TZSA 2I0AA 3SA8A 5P29A 2IKUA 2QNNA 1T6EX 2QK5A 4BFDA 3GW5A 5IE1A 5P2NA 1SDVA 3PM4A 2QU3A 1FQXA 3FNTA 1PPKE 4I0DA 1XL5A 2PWCA 5P4WA 3EL9A 5P8PA 2FGUA 2ZJNA 3I25A 3NU6A 4Y4ZA 5P8GA 3NWQA 4Y57A 2ZHUA 1SP5A 1HVIA 1E5OE 1A9MA 4U7VA 3INDA 3KMYA 3TOHA 2F8GA 2ZJIA 1EC0A 4Y3DA 3PMYA 4YBIA 4EJDA 5P4IA 2P3BB 1HVRA 1HSHA 4J1KA 3K5CA 1MERA 3VLBA 4Y5GA 2Z4OA 3VEUA 4DJYA 5P1AA 3RTMA 1F7AA 3IXOA 4Y36A 2PC0A 5P6BA 4OBKA 1FMUA 4D85A 5P82A 1OEWA 5KQYA 1G2KA 4DJVA 1UH8A 2G27A 5P7LA 4Q1NA 3LHGA 3BGCA 3KDCA 5P6SA 3OU3A 4ER4E 5P5PA 4KB9A 2Q55A 5P3VA 3UTLA 5P5AA 1SDUA 4QLHA 5SXNA 2OHMA 1HRNA 3JVYA 1LYAB 3CIDA 1LV1A 3I2LA 3S7MA 5ER2E 4K9HA 5P12A 2ZHSA 5DR8A 5P6NA 5P4MA 3QIHA 3ZPUA 5P5XA 2PK5A 1OEXA 2BKTA 3EMYA 4OC6A 5P17A 3AIDA 1PPLE 4Y3XA 4ZSRA 2PWRA 4FS4A 3ZKIA 4AA9A 4EJ8A 4GMIA 5P3XA 5P1TA 4Y48A 3OXVA 1QBTA 2QP8A 3QP0A 4BELA 3ECGA 1YTJA 2I4XA 3NSHA 5OZLA 4Y35A 4Y3JA 5P76A 1HVCA 4RZ1A 2I4QA 2VNMA 3VUCA 2IS0A 2XFKA 4B05A 5OZTA 2AOGA 3CIBA 1FFFC 2VJ7A 3OTSA 5OZ9A 4I11A 2PSVA 2IQGA 3I7EA 1KJ7A 2VA6A 4Y3TA 2EWYA 4FLGA 4GJDA 5P41A 3U7SA 5HCTA 4FE6A 4EQJA 3TTPA 2R5PA 4B1CA 5COKA 3S2OA 5IVSA 4Y44A 5P6MA 5P5HA 1EEDP 1LZQA 5P16A 3OU1B 2QD8A 3RTNA 2ZHRA 1GNOA 3R2FA 5DR3A 3UQRA 5P7IA 3K4VC 1MVPA 5AH9A 3UDNA 1EC3A 4Y54A 2VS2A 3GI6A 5P61A 4F75A 1D4JA 4E43A 5P84A 3VV7A 4CPQA 5P42A 3OHFA 3U6AA 5P54A 4GB2A 5P4SA 5P74A 5P8BA 1XL2A 1C6ZA 5P0NA 4EWOA 3D1XA 5P5YA 5P1SA 4DV9A 3O9AA 2QMDA 3OXXA 3TKWA 5P8EA 1NPVA 4I10A 2FXDA 3PCWA 1BDQA 2AZCA 4Y58A 4J0VA 2NXDA 3IAWA 5OZSA 4IVTA 5DQ2A 3D91A 3ZLQA 4QJ8A 5UPJA 4ZSQA 1HIIA 4B77A 3FNSA 5P1JA 1MUIA 4ZPFA 1HSGA 5P2CA 2J9JB 2OHUA 1T3RA 3QROA 4FRKA 3WB4A 5P5EA 5OZXA 2NNKA 3OU4B 4QJ9A 1MIQA 2OHQA 5P7QA 1HTFA 4KE1A 2ZHTA 2CEJA 3IVHA 1ZSRA 4ZSMA 5P3LA 3LNKA 5HDUA 5P7WA 3NU4A 3CKPA 7HVPA 4AA8A 3VFAA 3SQFA 3UQWA 4ZLSA 3QPJA 3L5FA 5P3GA 1SGUA 3OQFA 2O4PA 2V10C 3MSJA 1M43A 3PI5A 1CMSA 2HIZA 5SY2A 3NR6A 4FAEA 3A2OA 4FM6A 3GI0A 2V13A 5P2UA 1EBKC 3NDTA 2PQZA 3L5EA 3EL0A 5APRE 4J0YA 2HC0A 2AOFA 5P8SA 4NJTA 2IENA 2WL0A 5P0RA 4Y5AA 5HE4A 2JYSA 3OADA 5P7KA 1FMBA 4Y39A 2B7FA 3TL9A 1PSAA 1META 1N49A 4DPFA 4PHVA 1HPXA 4NKKA 2AQUA 5J25A 4EJKA 4EQ0A 3BUFA 5HDXA 5P3YA 2R43A 2XFJA 1IDBA 3OUCA 1A8GA 1AXAA 1BV7A 5P5KA 5P0XA 2G94A 4XXSA 2AVOA 5P44A 2OF0A 5DQ1A 2NXLA 4WTUA 1OHRA 4HA5A 4YD6A 5P1KA 2G20A 2I0DA 3NXNA 3TPPA 1K6TA 2ZJLA 2ZE1A 4Y4BA 5P1RA 1HSIA 4RRSA 2WF0A 3VYEA 2B42A 3DCRA 4PZXA 4I0IA 5P88A 5AHCA 2HB3A 2QZWA 2VIEA 5P11A 4Q1WA 2PSUA 3PLDA 4JOOA 4FAFA 4Y3ZA 5DR4A 5P5CA 5P7GA 1M0BA 4DQFA 5CONA 4Y4TA 5P0IA 2ZJHA 5DR0A 5AHBA 5P4FA 5P1VA 3EC0A 3LZSA 1A30A 2WEBA 5IVQA 4K4QA 3Q3TA 3K1WA 3PVKA 3IA9A 1FQ6A 5OYQA 5KOSA 3L5CA 5AH6A 1LF2A 5KR1A 5P5BA 4Y3EA 2R3WA 4LXAA 4MC9A 4Y3AA 5P62A 3MSLA 4K4RA 1FG6C 4D83A 1B6MA 5P7MA 4TRYA 2BBBA 2R3TA 3UF3A 5I70A 1AAQA 4FGXA 3IXJA 4HDFA 1SDTA 2FDEA 1HPVA 3UCBA 3INFA 2QNPA 1VIKA 3OK9A 3D1ZA 4DUSA 1ZTZA 2VJ6A 1QRPE 3QRSA 1HXBA 3SKGA 1K2BA 1FLHA 2PMAA 4OD9A 3ZKSA 4XX3A 3OWNA 5P26A 5P8HA 3MWSA 4OC6B 5P8JA 2QI0A 1T7IA 2OHSA 4HEGA 2AVQA 5OZ2A 5JG1A 3JVWA 2RENA 5P4EA 3UQXA 3OUDA 3DV1A 1E80E 1UPJA 4GJ9A 2OHTA 5OZ7A 1KJGA 2AIDA 2QI3A 2QMPA 4DH6A 1ENTE 4EHCA 3LPKA 3UDYA 3NU9A 5P3TA 5P5GA 3NLSA 3HAWA 3H0BA 5P53A 1EPQE 3SA7A 4OBZA 1YTIA 1FMXA 4YDGA 4RRNA 3IN3A 3ZPTA 5DR1A 2SAMA 5OZ6A 4D8CA 3INHA 1HWRA 3BXSA 5DPZA 1BAIA 4YD5A 4I1CA 2B60A 5P3QA 1K6CA 5P09A 3OQ7A 4EPJA 1GVXA 5P4UA 5P6IA 3SABA 4PPHA 3VLAA 5OZIA 3DV5A 3ZMGA 3R4BA 5P6HA 1Q9PA 1T7KA 5P8KA 2APRA 5P8LA 3OQDA 3TPRA 5P2HA 1PFZA 4JP9A 3VV8A 3DK1A 3JW2A 4FSEA 5DQ4A 2RSPA 1M4HA 2J9KA 1SH9A 5P4VA 1HXWA 1MRXA 5E5JA 5P2BA 2R9BA 3UQPA 3O99A 5P0TA 3L59A 5P7OA 3DJKA 5OZZA 2B8LA 3WZ6A 2QD6A 5P6GA 5P7XA 4I0JA 6APRE 5P80A 3ZKGA 3PSUA 5P86A 5OZQA 3KT5A 1EPRE 3EKYA 4A6BA 4QJ6A 4U8WA 1MT7A 5P5QA 1BILA 3EKWA 1Z1HA 4HVPA 5P22A 4I12A 4J54A 1C6YA 1ZJ7A 1EPPE 3L3AA 5P1QA 3APPA 5P2WA 5P4KA 3SO9A 5I3WA 1MSNA 5P1ZA 5DQ5A 4PEPA 3O9HA 4J0ZA 2AOJA 5P3KA 5P1UA 5P23A 4B1DA 4WY1A 3TPLA 4EP2A 2ZGAA 1SIPA 5P0WA 3O9FA 3WZ8A 5P2JA 4OBFA 5SY3A 5AH8A 1HIHA 5ENKA 1C6XA 2QI1A 5HU0A 2ER0E 4Y3HA 1KJHA 4HE9A 3LZVA 1ME6A 3NDXA 1AVFA 2BPWA 2QHYA 1FEJC 2G69A 5OZMA 4Y3LA 3O9LB 7UPJA 4R93A 2XYEA 5OZJA 1ER8E 1XE6A 3KFSA 5P4AA 3GI4A 5P0QA 1TSUA 5P18A 3DUYA 4QJAA 5P0JA 3SA3A 5P69A 3FNUA 3VSXA 3VF3A 3UDKA 5OZEA 3TLHA 3GGXA 3OADB 3DOXA 5P51A 1TSQA 1PSNA 1W5YA 5P7VA 1FFIC 2VIZA 5P6EA 1AM5A 2G22A 3LINA 3BUGA 3NYGA 5P1EA 5T4SA 3H5BA 3KT2A 2VJ9A 4TVHA 2JE4A 5KOQA 5OZ1A 3PWWA 4Y3RA 2RKGA 5P7SA 5P67A 3OGPA 1B6KA 5CLMA 5P1BA 4GJCA 3QI1A 5OZFA 4ACXA 5P5IA 5P78A 4DQGA 5P0KA 5P3HA 4ACUA 5P20A 5P6CA 2G1RA 1RV7A 1EAGA 1EPOE 1G0VA 1IVQA 3AUPA 5P6KA 4GJ7A 5P6AA 1Z1RA 5KQFA 4Y56A 2IGXA 4I8WA 5P59A 5BRYA 2NMYA 2V0ZC 5P0FA 5P8OA 1FB7A 3R1GB 3EL4A 3EKPA 5P3SA 2V12C 1FG8C 3D3TA 4APEA 6FIVA 3UDJA 4A4QA 3VV6A 2HS1A 5OYYA 1HVKA 4DQCA 5P7TA 4B00A 3D1YA 1HPSA 5P1WA 5P4CA 4CMSA 3URLA 4RGHA 5HE7A 4I8ZA 1GVTA 1EBZA 3D20A 8HVPA 5P05A 2H6SA 4FM7A 5OZDA 5P8CA 5P15A 3SA9A 5DGWA 5OZAA 1E81E 3G72A 5OZBA 3VYDA 5P3AA 1D4HA 5P37A 4FM8A 5TOLA 1BVGA 4DJXA 2FGVA 5P1NA 1T7JA 5P39A 5P6TA 2QMGA 2ZYEA 3QRVA 5EZZA 3LPIA 5COOA 3APRE 3OQKA 1XN3A 3NWXA 4HZTA 3T7PA 4Y3SA 4J1CA 5P0PA 2HPFA 5IS4A 3CKTA 3EL5A 2BQVA 4YD3A 5OZCA 4OD9B 3KFNA 4TRZA 5P19A 1D4LA 3I6OA 2ZDZA 3UDQA 5I3VA 3KDDA 1KJ4A 1WKRA 3LZUA 4CKUA 5P79A 2QI6A 5P5ZA 5P03A 1FF0C 5DR7A 1SBGA 2PK6A 3IGBA 3FSMA 4ZPEA 4Y4WA 1BBSA 5P2VA 3QBFA 2I4WA 2FMBA 3CMSA 4Y45A 2VNNA 3CYWA 3OUDB 1XN2A 3KA2A 5P8TA 5DGUA 1YM4A 5P45A 5P2KA 5OZYA 1FKNA 2R5QA 3LIXA 1WBMA 2AVMA 2FNSA 4NJVA 5P47A 1EPME 5OZVA 3LIVA 3Q70A 4OBZB 3LIQA 4EXGA 5P0YA 1SGZA 2B7ZA 6UPJA 1YG9A 4UPJA 5OZKA 3T11A 3FKTA 1RNEA 4XKXA 2AOHA 1E82E 1T6GA 2QI5A 2AVVA 2ER6E 4PYVA 2I4VA 1BVEA 5P02A 5P7ZA 1XS7D 3S54A 2QMFA 4FIVA 4APRE 5OZUA 4YOBA 4PZWA 5P4OA 4I0GA 3PWMA 3IN4A 3QS1A 1HVSA 1DMPA 3S43A 4OBHA 2G1NA 1ZSFA 4I0FA 5OYWA 5P2LA 1QDMA 3MXEA 2AODA 1SMRA 5P2IA 3NU5A 2JJIA 2F3KA 3OAGB 3ZKQA 3OUAA 3TPJA 4NJSA 3PSYA 5OYZA 5IVRA 2NTRA 2WF1A 4R92A 3GGUA 5P2DA 3SFCA 2AZBA 2O4NA 2BPXA 3ZKMA 4RYGA 2BJUA 4D88A 1HPOA 5P40A 5OZ3A 3S85A 5P1MA 5P5TA 4OBDA 1D4SA 2WJOA 2BPYA 5P85A 5P0DA 1UH7A 4GZFA 4D89A 3HBOA 4F73A 3VFBA 1EPLE 1D4YA 3WB5A 1HEFE 5P1DA 3S56A 1TW7A 5P7YA 4LHHA 4YCTA 3O9EA 5P2YA 5P8VA 3BXRA 5HE5A 2P3CA 3F9QA 4DQEA 3RVIA 3UFLA 4H1EA 3HVGA 4HLAA 3KFRA 3HAUA 5P0OA 3GGVA 1IBQA 4B0QA 5P27A 1W50A 3U71A 5P31A 3K5GA 5P1PA 2OHKA 4OBGA 4DFGA 5P3MA 1PROA 1AJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q15 A;  1ZP8 A;  4Z2Z A;  5BWY A;  4R5N A;  4Y3Q A;  3BC4 A;  3ZPS A;  2WHH A;  5P3R A;  5P7N A;  1FQ4 A;  2PYM A;  4YA8 A;  3UDM A;  5KR8 A;  3DM6 A;  2OHR A;  5P34 A;  4B72 A;  5P6X A;  4GJA A;  1W6H A;  4YHQ A;  5P1L A;  2J9J A;  5OYS A;  5P0U A;  3SPK A;  5OYX A;  4CPR A;  4GJB A;  3G6Z A;  4YD7 A;  4YE3 A;  3HZC A;  3OU4 A;  5P2Z A;  1EBY A;  1FGC C;  5P3P A;  5P7E A;  4J1E A;  2P83 A;  3SLZ A;  2P4J A;  1APU E;  4YCY A;  3N3I A;  3HW1 A;  5P6O A;  5P4Z A;  1GVW A;  1QBU A;  1IDA A;  1TCX A;  1W51 A;  4J1F A;  3VG1 A;  3B80 A;  2A4F A;  4XX4 A;  4ZEA A;  1GNN A;  5F01 A;  4LXM A;  5OZ0 A;  5P8A A;  5ISK A;  5OZP A;  4Y51 A;  4B78 A;  1HVL A;  5P72 A;  5P0E A;  5COP A;  2G1Y A;  3HDK A;  4H3F A;  5P5R A;  3M9F A;  2G1S A;  3KM4 A;  1B5F B;  4CPT A;  1B6P A;  4GYE A;  4Y38 A;  1MT9 A;  2ANL A;  5P7H A;  3WSJ A;  3OAG A;  2FDD A;  5P8Q A;  1MTB A;  3R0W A;  1XE5 A;  5P2Q A;  2V16 C;  1DPJ A;  2AOI A;  4Y4D A;  5P4D A;  5P55 A;  5HTZ A;  3QAA A;  4K4P A;  1APW E;  3PMU A;  3T7X A;  1GNM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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