2O4NA

Crystal structure of hiv-1 protease (trm mutant) in complex with tipranavir
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTIFEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPLNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4nA00
2BB9A 5P1UA 5AH6A 3NU4A 2OHSA 1PPME 4NPUA 2H6SA 5P50A 1NPAA 5IS4A 1HTFA 4Z50A 4HE9A 1KJ4A 1FEJC 3OUAA 4RRSA 3TPJA 1HVRA 3OUCA 5P7OA 3KA2A 4LL3A 4I8ZA 3TPLA 3T6IA 4B1DA 2OHRA 5P4IA 5P6PA 3OUDA 5P0OA 4ZSRA 5APRE 4ER1E 5KQYA 5C9DA 5P53A 4ZIPA 4HLAA 4KE1A 4AZYA 4QJAA 1LYWA 3NU3A 4Y5BA 4U7QA 4D88A 1LF2A 5P7ZA 4I0GA 2ZJIA 3NDTA 4D8CA 5P7YA 5AHAA 5HCOA 3T7PA 5OYRA 1BBSA 4X2LA 3FSMA 2G69A 5P0YA 4JP9A 5P7AA 2UPJA 3BGCA 1AM5A 4FSLA 3UHLA 5P3SA 4WY6A 5P5DA 5P2CA 4DI2A 3FNSA 1K1TA 4M8YA 3L5BA 5JFUA 4TRWA 1AAQA 2NXDA 5COKA 3GI6A 4Y43A 4QJ8A 1SGZA 2QCIA 2QHCA 3L5FA 4H3IA 3GW5A 2I4DA 1FMBA 3BVAA 1B6JA 1GVXA 5OYSA 4Y4GA 5P4UA 5P2JA 2G1RA 1FKNA 3OXXA 3FV3A 2VS2A 3BVBA 5DQ2A 5P60A 1BV7A 3QI1A 5P5GA 5P5ZA 2QHYA 1G6LA 1ODWA 2VJ9A 3UDKA 5P7DA 3R1GB 1ODXA 5P3HA 5P4TA 5P6YA 3PRSA 1EEDP 2B60A 2HAHA 5OZIA 5P7CA 2OHQA 5P3BA 3IN4A 5EZXA 3IVHA 3ZKSA 3O9BA 4F74A 5ISJA 2I4WA 1MT7A 2VIJA 5OYYA 5EZZA 2MIPA 5OZ5A 2B7FA 4RZ1A 3PBZA 5KOSA 4CPSA 3S53A 2XYFA 4B05A 3ER3E 4FM7A 3OQDA 4OBHA 4FCOA 4I0IA 3ZOVA 5COOA 1XL2A 2B7ZA 4YHQA 6UPJA 3DOXA 2AVOA 3PLDA 4EHCA 4Y9WA 5P4YA 2F81A 2VIEA 5P5MA 2PH8A 3MXEA 3VYEA 2PH6A 2QNPA 3UDYA 5ER1E 4R5NA 5P6CA 4Y45A 3UCBA 4JPCA 5P40A 2ZHVA 5P7QA 2IQGA 2WF3A 1NPVA 2PSGA 1AJXA 1B6MA 5HU0A 3EKTA 5P7XA 1T7JA 3RVIA 2OHPA 3UDHA 5DQ5A 2F3KA 2F3FA 1Q9PA 5P7PA 2QMPA 5OZLA 5P80A 3L38A 4YD4A 3FKTA 4DQCA 1K6CA 4NJSA 1PPKE 3IA9A 2RMPA 4BELA 4GJAA 1MERA 1PROA 5P85A 5OZTA 5P6UA 2AOHA 2IENA 2WF2A 5P0TA 2H6TA 1Z1HA 2OHUA 2V13A 4RVJA 2XFJA 4R92A 5P1SA 4Y4DA 1GNNA 5C9BA 1WKRA 4J1FA 1LF3A 5AGZA 4DQFA 2WEZA 5SY3A 5P3JA 1FQ5A 3KDDA 5OYTA 5P8KA 4Y4WA 2HB2A 5P8IA 4Y36A 2ZGAA 5P0AA 2FXDA 2Z4OA 2PYNA 5P25A 1SIVA 5P29A 1A94A 5P73A 3R2FA 3ZMGA 2AOEA 5P2EA 5P3PA 3EM4A 5P7BA 4I0DA 5P8FA 4RVXA 3TNEA 4L1AA 3HAUA 5J25A 5DQ1A 2V12C 5I3XA 3RTMA 4Y41A 5P0PA 2FGUA 5P7HA 2QMGA 2NR6A 2QU2A 3PVKA 5P6WA 5P47A 2AODA 1AIDA 5P1KA 3L59A 4Y3EA 2FXEA 1SDVA 4Y3FA 2IDWA 3AIDA 3VF5A 1HIVA 5P17A 2NMZA 5OZ1A 4DJUA 2Q64A 4B70A 4FAFA 2I4VA 4U8WA 5P3AA 3EKVA 1E81E 1TSUA 3RU1A 2RENA 3WB4A 4DFGA 3JVWA 5AH8A 3I7EA 2VJ7A 3KFNA 5OZ4A 5P5UA 4GIDA 2WF1A 4EP2A 2JYSA 2HPFA 5HDZA 3K4VC 4HDFA 1DIFA 5P6BA 5P1NA 3NDUA 5CLMA 1FQ7A 3EC0A 4EQJA 1GKTA 2QI6A 1IBQA 4I11A 3L5EA 5KR8A 5P6NA 1ZSFA 2FMBA 3KF0A 4I0HA 2JJJA 2HB4A 5P10A 2BPYA 1BXQA 5OZAA 1YX9A 4APRE 5P4HA 5P6IA 1UH7A 5P3GA 5P0EA 1HPXA 5P61A 4TRYA 1HEFE 3S85A 5P4ZA 5P4GA 3G70A 3SM1A 3HVGA 1CZIE 1HPSA 3I2LA 5P8LA 1HPVA 1EBKC 1HVCA 5P4DA 4AUCA 1MTBA 1HVKA 3O9DA 3QVCA 5P44A 5JODA 4FL8A 3FNUA 1META 2G94A 1KJHA 1HVLA 1UPJA 5P20A 3HBOA 2AVQA 1DMPA 3PJ6A 5TOLA 5OZMA 5P04A 5P89A 5F00A 4AA8A 3DCRA 5P5IA 4QJ7A 3KFRA 1G0VA 3B7VA 5P1EA 4GZFA 2AIDA 1HTGA 5P1RA 2VIZA 3T7XA 3TOHA 2WECA 4FIVA 5P8QA 3VFAA 4R93A 3BUFA 2ER0E 4GJCA 1ZLFA 5P4WA 5I3WA 3T7QA 4GJ5A 5DR8A 3OAGA 5P7LA 5DR7A 2ZHSA 4PHVA 2QD7A 5FIVA 5P62A 3PEPA 4Q1NA 1FFIC 1K2CA 2IGXA 5P3RA 5P77A 3KMXA 4BFDA 1YG9A 4OC6A 4Y3DA 4Y3PA 2JJIA 2PQZA 2ER9E 1HSHA 1PPLE 4CPWA 2UXZA 2XFKA 3OQ7A 4YCYA 3DK1A 1LS5A 1QBRA 5DR1A 3HD8A 4GJ7A 2QU3A 3H5BA 3OHFA 4Y38A 5OZFA 1KJ7A 4DJOA 4Y4AA 5P5TA 3L5DA 2WJOA 4JECA 3OU4B 5P2VA 5P00A 4OBZB 4OBGA 5P4XA 2P3BA 4YD6A 1D4JA 2F3EA 3O9IA 5P16A 4HDPA 2IRZA 4ZE6A 4WTUA 3KMYA 4Y5PA 5P5PA 3FIVA 5P1VA 5P0FA 1CMSA 4J1HA 5HDXA 3OUBA 5P19A 2CEJA 3NDWA 4YD7A 1HTRB 5P8DA 1RNEA 5P6KA 2XFIA 2AOGA 2FNSA 1K6PA 3PM4A 5P7SA 4Y4UA 3MSJA 5P72A 4HA5A 2ER6E 1MT9A 1MTRA 5HDVA 2R5QA 5P7FA 4Y4JA 2ZDZA 7UPJA 3NLSA 4Y3WA 3TPRA 5P5KA 5P8SA 5P7UA 3GI0A 1FF0C 3BGBA 3QIHA 1M4HA 1A8GA 5P4CA 1UH9A 1FFFC 3A2OA 3VFBA 5OZXA 5P36A 5BS4A 5OZYA 5P2BA 5P3IA 4Y39A 1AXAA 2PWRA 2PWCA 3VEUA 3GGXA 4GJ8A 5P8AA 3CKPA 4Y3LA 4Y3AA 3S54A 3TOFA 1FQ6A 4FM6A 4OD9A 1T7IA 2IKOA 4DJRA 2WHHA 1MIQA 3L5CA 3PMYA 2I4UA 3TH9A 4D85A 5P5WA 2G1NA 3T3CA 3ER5E 3NU6A 1A9MA 5P0XA 1KJFA 3OUDB 1QRPE 1YT9A 5P7MA 1QBSA 5P64A 7HVPA 8HVPA 3O9GA 3WSJA 5P22A 1FQ8A 5E5KA 2HPEA 5P6SA 5KR0A 5P7WA 3EM6A 3LPIA 3S45A 1LYWB 1W5YA 2ZE1A 3I8WA 3O9CA 1B5FA 3OU1B 4NPTA 1C6YA 1K2BA 4YE3A 5P7NA 4J0PA 1FQ4A 5P6JA 5P4FA 4LXAA 4IVSA 3EMYA 4Y3YA 1ZPKA 4R91A 2VA6A 2QAKA 5P0ZA 3D1YA 4KE0A 3BHEA 4QJ2A 3APRE 2BKSA 1EBWA 5P0MA 5P1WA 2A4FA 3DCKA 2ZJLA 3IXOA 3K5CA 2PMAA 3EKXA 4H3GA 5OZCA 1FQXA 5OZNA 3R0WA 2NNKA 5DR0A 5P6ZA 1EC0A 5P5SA 3SA4A 5OZ6A 3LZSA 3IVIA 4DJQA 5I70A 5SY2A 1PSOE 5P67A 3DV1A 5P76A 4RVIA 4COEA 4E43A 5P5FA 3RSVA 3LHGA 3U71A 2QZWA 2AVSA 3K4VA 1HTEA 5P8VA 2OHMA 1T6GA 1ZSRA 5P1JA 2OHKA 4YCTA 5SXNA 3TTPA 5OYVA 4FE6A 3OHHA 2F8GA 2NTRA 2P3CA 5ISKA 4ZEAA 2B42A 4Y44A 3K5GA 2AZCA 2QZXA 3OQFA 5OZJA 3OGPA 5P01A 4EYRA 1IZHA 1HVIA 5P3DA 3NU9A 4DJYA 5P34A 2R5PA 3EXOA 5ENMA 5P11A 1BXOA 5OZBA 3LITA 3F9QA 5P82A 5I3YA 1LF4A 3PWWA 5OZVA 4ZSMA 4Y3HA 2FS4A 5P71A 4QGIA 3GI4A 1EPOE 4YDGA 1W5WA 5P3KA 4Y47A 3S43A 4MC6A 1EC2A 5P2XA 2P4JA 2FDDA 3PLLA 3JVYA 5P1QA 1AVFA 5P88A 3UQPA 5IVRA 5IVSA 3BUGA 1W51A 3EL1A 2FNTA 2QI7A 5F01A 2PK5A 3RSXA 2BPVA 4XX4A 2XYEA 5P2LA 5AHCA 5P5VA 5P4MA 1FMXA 2I4QA 4MC2A 4NKKA 3PB5A 4TVHA 2JXRA 3G72A 3MSKA 5OZQA 3WZ7A 2B8LA 4I12A 4ER4E 2AZBA 2BPWA 2VKMA 1BDLA 3D1XA 3R0YA 5HE7A 5P13A 4R95A 1HSIA 3NXEA 5ER2E 3VF3A 1GVWA 5P7GA 3O9LA 1YTGA 4YD5A 3EKQA 3KFSA 4DQHA 5OZKA 2PSUA 1IVPA 1LZQA 2WL0A 4ACXA 5AH7A 4KUPA 3EL5A 3QRSA 3O9AA 4FGXA 4I8WA 3ZKNA 5P65A 5P4SA 5P7IA 1SGUA 4J1KA 3VV7A 5P2SA 4B00A 5DQ4A 5UPJA 2NMYA 1MSMA 3GGUA 3OXWA 4DPIA 5P5RA 5P38A 3TKWA 1BDRA 4Q1YA 2EWYA 1IIQA 4RRNA 4DJVA 4Y5LA 1FLHA 3QN8A 4MC9A 1APUE 5P2UA 2QHZA 4NJVA 5P2YA 1EPQE 5P3XA 5OZRA 5P8BA 1TW7A 3S8IA 5P6DA 4LC7A 1HSGA 5P4VA 3LZYA 4EJLA 5P69A 5P56A 1VIKA 4DQEA 4L6BA 2QNQA 5P52A 3Q70A 2HM1A 4Y48A 1OD1A 3BXRA 4Y35A 4FLGA 4L1AB 3OTYA 4B72A 5P7TA 3NU5A 2A1EA 1HOSA 5KAOA 5P2WA 2FGVA 1XL5A 3OQAA 3VV8A 4RCFA 5OYUA 1GVTA 2Q5KA 4DVFA 4EJKA 4EP3A 3MSLA 4HDBA 5DPZA 4AA9A 5P0GA 3H0BA 1ME6A 5P7RA 3ZKQA 4Y3NA 1TQFA 3B80A 3INFA 3MWSA 2R43A 5P8OA 5P30A 1QS8A 3CMSA 4Y3SA 4LP9A 3EKYA 4D83A 3D91A 4EXGA 1LV1A 5P39A 5IE1A 2O4PA 3D20A 5P5HA 4J54A 1HXBA 2ANLA 3KT2A 5P4NA 3SA8A 3UF3A 5P79A 2PYMA 3FX5A 1IZEA 5P0CA 1M43A 1IZIA 1TCWA 5P08A 2IKUA 1C6ZA 5OZWA 2I1AA 4DQGA 5OZZA 5P4BA 5P09A 5OYXA 3VYDA 5P6LA 1XS7D 3C9XA 1F34A 5P1HA 3SKFA 1IVQA 3VYFA 4OBFA 4GJBA 5P1LA 4EQ0A 3VSXA 3LIXA 4QJ9A 3M9FA 1K1UA 5P0DA 3VSWA 5HD0A 5P42A 1SP5A 3UDMA 5P8JA 2HB3A 5P2NA 2HIZA 1SDUA 3DV5A 2WF4A 5P1DA 3VV6A 2O4LA 5KQFA 5P24A 1K6VA 3DJKA 2QI0A 2CEMA 2QI5A 5P5XA 4Y4ZA 3OOTA 5P6EA 1APVE 2AZ8A 2VA7A 1AZ5A 5AHBA 5P59A 2VIYA 2ASIA 5DQCA 5OZPA 4L7JA 1W5XA 4Y5NA 2I0DA 4FSEA 4DUSA 2AZ9A 5DR4A 5P54A 6FIVA 1TZSA 4K4RA 5OYZA 4J0VA 5OZSA 4J0TA 2PSVA 1LEEA 5P4AA 2QMDA 4Y4XA 3OAGB 5P8NA 4Q1WA 5OYWA 4Y5GA 3HZCA 4Y57A 1C6XA 1ZPAA 4OC6B 2PK6A 4PYVA 2OHLA 4RGHA 1PFZA 2I4XA 5P2HA 5P5AA 4ER2E 3LPJA 1OHRA 4DV9A 1G2KA 1HRNA 1SMEA 5OZOA 4YD3A 5P5YA 1BV9A 2AVMA 3SABA 2BPXA 5BRYA 5I3VA 5P06A 2G27A 1FMUA 3UDNA 2Q54A 5IVTA 2G21A 4FRKA 1D4LA 4H3FA 3UFNA 1G35A 3LIVA 3CKRA 5P1ZA 3QPJA 3NSHA 3UQUA 3NWXA 5P4RA 1LYAA 1D4HA 5P32A 2P3BB 2BBBA 3OWNA 5KOQA 2AOIA 3GGAA 3NYGA 2AVVA 5DGWA 4GJ6A 3HVPA 4EXHA 4R8YA 2V10C 3O9EA 1DAZC 2J9KA 2R8NA 2ZJKA 3KYRA 2WKZA 5P7JA 2ZJJA 1EC3A 2G1OA 2HC0A 5P6HA 2BJUA 2RSPA 4B78A 4EJ8A 1RV7A 4Y3TA 4F73A 3UDQA 2ZJHA 4Y58A 5C9FA 5P83A 1MRXA 3SA7A 5P8UA 4CPTA 1OEXA 3ZPSA 3ST5A 4YBFA 2J9JA 1W6HA 1PSAA 4I0JA 4DJPA 4NJTA 1MEUA 2RKGA 5P5JA 2R38A 5P5CA 3VLBA 3SA3A 1J71A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BB9 A;  5P1U A;  5AH6 A;  3NU4 A;  2OHS A;  1PPM E;  4NPU A;  2H6S A;  5P50 A;  1NPA A;  5IS4 A;  1HTF A;  4Z50 A;  4HE9 A;  1KJ4 A;  1FEJ C;  3OUA A;  4RRS A;  3TPJ A;  1HVR A;  3OUC A;  5P7O A;  3KA2 A;  4LL3 A;  4I8Z A;  3TPL A;  3T6I A;  4B1D A;  2OHR A;  5P4I A;  5P6P A;  3OUD A;  5P0O A;  4ZSR A;  5APR E;  4ER1 E;  5KQY A;  5C9D A;  5P53 A;  4ZIP A;  4HLA A;  4KE1 A;  4AZY A;  4QJA A;  1LYW A;  3NU3 A;  4Y5B A;  4U7Q A;  4D88 A;  1LF2 A;  5P7Z A;  4I0G A;  2ZJI A;  3NDT A;  4D8C A;  5P7Y A;  5AHA A;  5HCO A;  3T7P A;  5OYR A;  1BBS A;  4X2L A;  3FSM A;  2G69 A;  5P0Y A;  4JP9 A;  5P7A A;  2UPJ A;  3BGC A;  1AM5 A;  4FSL A;  3UHL A;  5P3S A;  4WY6 A;  5P5D A;  5P2C A;  4DI2 A;  3FNS A;  1K1T A;  4M8Y A;  3L5B A;  5JFU A;  4TRW A;  1AAQ A;  2NXD A;  5COK A;  3GI6 A;  4Y43 A;  4QJ8 A;  1SGZ A;  2QCI A;  2QHC A;  3L5F A;  4H3I A;  3GW5 A;  2I4D A;  1FMB A;  3BVA A;  1B6J A;  1GVX A;  5OYS A;  4Y4G A;  5P4U A;  5P2J A;  2G1R A;  1FKN A;  3OXX A;  3FV3 A;  2VS2 A;  3BVB A;  5DQ2 A;  5P60 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SKG A;  4XXS A;  4Y3Z A;  5P74 A;  3ZKI A;  5P8T A;  2SAM A;  5P8R A;  5OZ8 A;  1YM2 A;  1T7K A;  2I0A A;  2Z54 A;  5DR3 A;  3VLA A;  4I1C A;  4J0Z A;  2Q15 A;  1ENT E;  3CKT A;  4Y4T A;  2AOF A;  5P4Q A;  5P70 A;  1MSN A;  2QZL A;  1B6P A;  3L3A A;  4ZPG A;  3QS1 A;  1B11 A;  5P4E A;  3EM3 A;  5P0K A;  5P5O A;  3AUP A;  1KJG A;  2FDP A;  2G24 A;  5P27 A;  4EWO A;  5P3C A;  3WB5 A;  1GNM A;  2RKF A;  5P45 A;  5OZ2 A;  3LZV A;  5OZ0 A;  4Y5K A;  4S1G A;  2OF0 A;  3O9F A;  5P51 A;  5P37 A;  4Q1X A;  3URL A;  5P8H A;  5P2Z A;  3OAD A;  3D1Z A;  5P0R A;  1FB7 A;  3NR6 A;  1QDM A;  3OGQ A;  4FRI A;  4X7I A;  3PGI A;  2NXM A;  1MES A;  1LYB A;  1DPJ A;  3EKP A;  5P1C A;  4Y5M A;  4RLD A;  4YBI A;  5P78 A;  4I0E A;  5KQZ A;  5P1T A;  3ZPU A;  5P8P A;  3VUC A;  1BVE A;  3NXN A;  4DH6 A;  1HXW A;  1JLD A;  5P2Q A;  1HVH A;  4Q5M A;  3OU1 A;  2VNM A;  4LHH A;  1NPW A;  1PSN A;  3LZU A;  3S43 B;  1E80 E;  5P1P A;  1EPL E;  4BEK A;  4Y53 A;  4U7V A;  3T11 A;  4OBJ A;  5KQX A;  1FG8 C;  1MRW A;  2QK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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