2O4SA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k) in complex with lopinavir
Total Genus 16

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4sA00
2OHNA 5P8BA 3F9QA 5P50A 3RTMA 5P07A 5P8JA 3VSWA 1BXOA 1SIPA 5P61A 4ZPGA 2FXEA 2NXMA 5P8GA 1BILA 1APVE 1XL2A 5AH9A 3C9XA 5P2HA 1G6LA 4Y4UA 3Q70A 1DPJA 2ZYEA 1EC0A 3UDYA 1LYBA 1BWBA 4ZE6A 2AZ8A 1DAZC 3CKRA 5P7SA 4A6CA 5P12A 1NH0A 1HPOA 3O9DA 4J55A 5P3QA 5SY3A 2I4VA 5P4UA 3OTSA 3DOXA 3VFBA 4FRKA 3S43B 5P19A 1FG6C 2JJIA 3INHA 4EXHA 3PCWA 5P5UA 2G94A 5OYQA 5P06A 3D20A 1ODYA 1A8GA 3EL1A 2G22A 5P15A 5P49A 5P6MA 2B60A 5P6BA 3I8WA 5KQYA 5P0WA 3MSJA 3ZPTA 1OEWA 2IRZA 3QAAA 5I3YA 1W5YA 4Y5EA 1T6GA 3LZVA 1FG8C 5P7AA 4J0ZA 1IZIA 5SZ9A 4RCEA 4I10A 2QZLA 2PYMA 4Q1XA 4Y4EA 1MESA 1BV9A 3L58A 3H5BA 5P28A 3BUHA 3NWQA 5P0CA 2VJ7A 5P1MA 2Z54A 1F34A 4IVTA 3G70A 4Y3MA 1Z1RA 3GW5A 5P3LA 3U71A 1TCXA 4Y3XA 2CEMA 3UFNA 2QHCA 5P3EA 3D3TA 4Y4JA 1EC3A 4KB9A 2H6SA 2MIPA 2VA6A 1K2CA 3LNKA 5HCOA 4B1EA 1Q9PA 4I0EA 3O9GA 5OYSA 1BDLA 2VA5A 5P7PA 4D85A 4ZEAA 4K9HA 4CPQA 3EL5A 4Y4BA 2UXZA 2FNTA 3O9EA 3DV5A 5P3TA 1EPQE 4A4QA 2F3EA 5P2CA 4I0DA 2HB4A 1HVCA 1EPPE 1HPSA 1QRPE 5P87A 2HS2A 2RMPA 1YTHA 2AIDA 1W5VA 2QNQA 2OHKA 4L7JA 5P3AA 4L7HA 4YHQA 4CMSA 3FKTA 4EHCA 5P6JA 3OU1B 2ER6E 1T6EX 4LP9A 3OQDA 1TQFA 4GB2A 1EEDP 2UPJA 2R9BA 3NDTA 5AH8A 3LINA 5P7TA 2IENA 4HA5A 1EBYA 1W6IA 1HSGA 2QI6A 4H3GA 3RTHA 3EL9A 5APRE 1D4IA 1AXAA 3EKPA 5ENKA 4F73A 4L1AB 1NPVA 3PLLA 1LF2A 5P6HA 5HDVA 5KQXA 5P1YA 4D88A 1IIQA 4AA9A 5P8MA 3I7EA 5IVTA 3SM1A 3NU9A 4OC6A 3EM6A 4XX4A 3PWMA 4YDGA 4RZ1A 1HVLA 5P6ZA 4PZWA 2Q3KA 3PRSA 5P3ZA 2QP8A 3VYFA 1K1UA 4Y5NA 5AH6A 3VF5A 1HIVA 2APRA 1GKTA 3SABA 3T7PA 3PSUA 1MRWA 2WEDA 4EJKA 3NSHA 2I1AA 5HDZA 1GVWA 3DUYA 3ZLQA 2NNKA 4BELA 5P8TA 1OHRA 4Y9WA 5P7XA 1PROA 3NDUA 2J9JA 3NUJA 5P4LA 2O4KA 5P1NA 5P5FA 5P2QA 2V10C 5DR7A 5P5PA 5P4IA 3L5DA 5IVRA 3WB5A 5OZBA 1UH7A 2ZJKA 1ODXA 5P0IA 5P85A 5HDXA 2AOHA 3GGVA 2QHYA 4KE1A 1ODWA 4Y3TA 4BFBA 4PHVA 5P0TA 2G69A 5P4GA 1Z8CA 2HAHA 2I4UA 3PM4A 1HPXA 2HS1A 2VNMA 3OUDA 5P3UA 4FAEA 1IVPA 4FAFA 4GJCA 4DJQA 5P1OA 2QI5A 3APPA 5BWYA 4D8CA 3NUOA 5OZ7A 3BGBA 2B8LA 2IGYA 4Y3FA 5P83A 5P7JA 5P6OA 1PFZA 3KDDA 5P6UA 6FIVA 5P6RA 2ER9E 3TPPA 2PMAA 1BVGA 2BBBA 1FGCC 3JVWA 4NJTA 3URIA 4J5JA 3KDCA 2FGVA 5P16A 3NU6A 2ZHRA 3EM4A 3PSGA 4Y6MA 1YTJA 4QJ2A 2IKUA 3IXKA 1YM2A 5P5JA 4JOOA 5P18A 5JG1A 4EJLA 4YD6A 1B6JA 3U6AA 5P3CA 1XDHA 5HE4A 5I3XA 5P74A 5E5KA 1UH9A 5P10A 3UDHA 5F00A 3OHHA 1MPPA 2VIEA 1MRXA 2NTRA 5BS4A 4FE6A 5KR2A 5P36A 5P4OA 1BWAA 4QJ9A 3L38A 3DCRA 4X7IA 5COPA 3BXSA 3O9BA 2HC0A 3LIQA 3H0BA 5P73A 3UDMA 2B7FA 5OZ0A 2ZJJA 4J0PA 3SO9A 2Q54A 1NPAA 2QMGA 5IVSA 2FDPA 1G0VA 4Y4ZA 3VYDA 4DJPA 3OOTA 1PSOE 3UDJA 3GI6A 1BIMA 1K6PA 2PC0A 5P4DA 1DMPA 3K4VA 1MSNA 1EPLE 3QN8A 5P2IA 4DV9A 3LIZA 2I4WA 2JXRA 2VS2A 2A1EA 1FEJC 5P2DA 5P8EA 5P04A 1LYBB 5P63A 3S54A 3EKWA 3NU3A 5P20A 1W51A 4Y3GA 3VV7A 2QI4A 2AVMA 3IXOA 5P3KA 3JW2A 3HAWA 5P2MA 3CKPA 1HVRA 2OHLA 1KJ7A 5HE7A 1DW6C 6APRE 1ENTE 5P8FA 3IXJA 3G6ZA 3LIXA 5P2SA 2ZHVA 4Y4AA 2NR6A 6UPJA 1IZHA 1C70A 5IE1A 2AZ9A 1RNEA 4LXKA 2AODA 5OZMA 5P27A 3ST5A 4Y5LA 4TRYA 5P88A 5P0GA 4RCFA 2ER0E 2AVQA 3KDBA 5P8NA 3S85A 5IS4A 1VIJA 3UCBA 4OBDA 3ZKNA 3K5CA 5P51A 4GJ5A 3IN3A 3CIBA 3S2OA 1B11A 4OBZA 2OF0A 5P56A 3UFLA 1NPWA 2V11C 4JPEA 3OXWA 5P3YA 3MSKA 4J1FA 2IQGA 5C9FA 5P2GA 1E5OE 3VF3A 2BKTA 1GNNA 5DR1A 4DJUA 5P45A 5DPZA 5P0ZA 5P5EA 5P68A 5P2KA 3U7SA 4R8YA 4FRJA 5P7MA 3HBOA 4IVSA 4Y3HA 3UQRA 3K1WA 5P2XA 4PZXA 2PWRA 2WF1A 1EC2A 3EKTA 3FV3A 4L6BA 4Y57A 9HVPA 3IA9A 3OGPA 1AJVA 4H3FA 5P46A 3OQAA 4Y5CA 2WHHA 5P77A 5CONA 1PPKE 4Y3EA 2Q15A 5P3GA 1MTRA 3QBHA 5P7KA 3OADA 2QZKA 4Y3QA 1TW7A 3PBDA 3PCZA 4TRWA 3SA6A 4GMIA 3UQUA 5P1RA 4QJ6A 4DQEA 3R2FA 5P8UA 1IZDA 4WY6A 2O4PA 4QJAA 4LXMA 5ENMA 3HZCA 1FKNA 4ACUA 2FDEA 3ZKXA 1SMRA 4FM6A 5OYZA 5P7NA 2AOGA 4JP9A 5C9BA 2AOIA 3HW1A 1BAIA 1ZJ7A 3SA7A 1SBGA 3S8IA 4AA8A 5P57A 2QMDA 5P1WA 2PWCA 4OBFA 2QNNA 4OC6B 5P7RA 4DI2A 1CMSA 3VF7A 3EL4A 1HPVA 5P53A 3TLHA 1EBZA 5P62A 4TVGA 5I70A 3R0YA 2BPYA 1XS7D 5DR8A 5OZ4A 2QHZA 4HLAA 4J1CA 1AM5A 5P0DA 5P2OA 1ZPAA 2QMFA 2AVOA 5P1CA 3R1GB 3EM3A 5P6LA 5DR3A 5KQFA 3VV8A 4Y5MA 5P1ZA 4Y4XA 3FNUA 2J9JB 1FQ5A 5HU0A 5P0JA 3RSVA 5OZ9A 3Q3TA 2V0ZC 3OAGB 5P2LA 1OEXA 1K6VA 2NNPA 1IBQA 2Z4OA 5P1SA 4FSEA 4R92A 4Z22A 5P39A 4Y3ZA 1HIHA 4D89A 3M9FA 3QVCA 3SKFA 3HLOA 3OXCA 4HZTA 3MXDA 3OU4A 3OUDB 4GJ7A 5P81A 4KE0A 3G72A 2QI0A 1GNOA 2PH6A 2OHTA 4YCYA 3SLZA 3ZL7A 2BQVA 2F8GA 2QK5A 5P7HA 4K4RA 5P8QA 1KJ4A 5P5MA 5P7WA 2PSUA 5OZOA 4PYVA 4KUPA 4ER4E 1ZSFA 3S7MA 5P3IA 5P22A 4Y47A 5C9DA 4CPRA 5P8IA 4DH6A 3UPJA 3DJKA 4BFDA 2IL2A 5OZIA 3MXEA 3CIDA 5P6KA 1LS5A 3FX5A 4TRZA 1QBRA 5P5ZA 2FIVA 2I4XA 3QRSA 5P47A 5OZAA 1ZP8A 4WY1A 3I25A 3ZOVA 4B77A 3OQ7A 5HE5A 3EKXA 4Y4TA 3BVBA 3NWXA 3ZKIA 3NXEA 3RTNA 1KJGA 1MT8A 5P1IA 2XFIA 5P23A 3K5GA 2CENA 3OXVA 4YD7A 3VFAA 1HTGA 5OYUA 1C6YA 3GI0A 2PH8A 1HXBA 5OZTA 3FSMA 4K4QA 5OZNA 5P6NA 5P0EA 4HDFA 3BHEA 3PEPA 1XN3A 2PSVA 1PSAA 4NKKA 5P4JA 5ISJA 1RPIA 1F7AA 4RROA 5P1VA 5OZFA 2IKOA 2VJ6A 5P2RA 5DQ1A 4ER1E 5P2AA 5P1BA 5OZJA 3PGIA 3EKVA 2O4NA 2NPHA 5P78A 4F75A 3PSYA 3Q6YA 4ZPFA 5P4NA 3IVHA 4Y36A 4YBIA 1HSHA 1APWE 4GJAA 3N4LA 5KQZA 2QU3A 5P02A 5OZYA 5P4BA 5DQ4A 5OZ6A 1BDQA 3S45A 3UQXA 1W50A 5KR8A 2BB9A 4DJWA 2QZWA 1EPME 4ZSMA 4FL8A 2WEZA 5F01A 4J54A 5P4VA 2V16C 5P11A 4QGIA 5OZSA 2OHMA 5P0MA 2I0DA 4RRNA 2B7ZA 3S56A 4Y3JA 4GJ6A 3KFPA 2WF3A 4Y48A 4HDBA 5P7DA 3SQFA 1A9MA 5OYYA 2BPZA 4RRSA 4Y41A 3T3CA 5P5XA 5ISKA 4OBZB 5ER1E 4H1EA 5OZ8A 4Y5AA 3L5FA 2V13A 5P3RA 5P2EA 1WKRA 1YX9A 4J1IA 1T3RA 5P0YA 4EJ8A 3T7XA 2QMPA 3WZ6A 3VUCA 3KMYA 2EWYA 1PSNA 3QP0A 2XYEA 5P7IA 5P4RA 4B1DA 5P3BA 5P8AA 5P0UA 4FLGA 5KR0A 1UPJA 3VCMA 4Y39A 2P3AA 2FDDA 5P8KA 5P32A 5P7GA 4U8WA 2IS0A 3URJA 3ZKQA 3LZYA 4DJRA 5P05A 4DPFA 1CPIA 5P33A 1ZLFA 3BVAA 2XFKA 3ZKSA 2G1RA 3TPJA 1D4JA 5P89A 5P34A 4R93A 3K5DA 5P5SA 4EYRA 2P4JA 4LBTA 3OADB 4I12A 4Y3SA 2AOEA 1EAGA 2WF4A 4UPJA 5OZ5A 4MC1A 1D4LA 1UH8A 5P03A 5P52A 1GVVA 3L59A 3SKGA 3SPKA 5J25A 5P40A 1APUE 1HVHA 3TL9A 4I0GA 1HIIA 3O9FA 4CP7A 1HXWA 4GZFA 1KZKA 4Y38A 2B42A 3SA3A 5P1HA 4RVXA 5P4MA 5P3VA 2F3FA 1N49A 3BC4A 1KJHA 3TKWA 2I4DA 1HVSA 4YDFA 1E80E 2AQUA 2O40A 4Y45A 3BGCA 3EMYA 4Y58A 1XE6A 3SAAA 1ME6A 3TOGA 2AVVA 5I3WA 4F76A 1ZSRA 3PBZA 2VKMA 1MSMA 1HBVA 5P6YA 3D91A 3ZKGA 3KT2A 4U7QA 1LEEA 3WB4A 2ZJIA 1AVFA 1CZIE 5OZQA 1RL8A 2VA7A 3UHLA 5P38A 5P0RA 4I1CA 5P3XA 4J0VA 2VIJA 5P80A 1HOSA 1EPOE 2P8HA 3VEUA 3PHVA 1OD1A 3QIHA 5P4XA 1YM4A 1AZ5A 2QI7A 4I8WA 5P55A 5OYTA 4Y44A 5P64A 5OZCA 4EQ0A 5DQ2A 4YCTA 4EPJA 1M4HA 1MIQA 4Y3DA 2G21A 3OQKA 1QDMA 5P3JA 5P6CA 5P0VA 3DM6A 3VG1A 1LZQA 3Q5HA 1LYWA 5OZWA 3TKGA 4Y3AA 4AUCA 2P83A 3OU4B 1A8KA 5OZPA 1HHPA 2BPXA 4RYCA 4YOAA 4Y4GA 5P4EA 4FSLA 5P35A 4EWOA 2R3TA 4B0QA 5OZGA 5P0SA 4GJDA 5P59A 2QU2A 3LIVA 2ZHUA 2P3BA 3PI5A 2BKSA 3EL0A 3FNSA 5COOA 3UDRA 1HEGE 1W6HA 3UDKA 3TTPA 2V00A 1D4YA 5OZ3A 2P3DA 5DQ5A 5P2VA 5OYVA 1U8GA 1MEUA 3I2LA 3HAUA 5P17A 4B70A 3D1ZA 3PI0A 3WZ7A 3KA2A 3IGBA 3VLBA 2AOCA 5P43A 4YE3A 1HVKA 4Y5BA 1B5FA 3UQPA 5AHAA 4M8XA 1BV7A 1AJXA 2WJOA 2HPFA 5IVQA 1VIKA 3HDKA 1XE5A 3OUBA 5P8SA 4EQJA 5P70A 5P7LA 2O4LA 1J71A 3PLDA 1FQ4A 4DFGA 5P4QA 5P5KA 4Y37A 5P44A 5P0KA 5OZDA 4GJ8A 4J1EA 1GVXA 2G24A 1MUIA 5FIVA 4I0JA 1T7KA 4GYEA 4FRIA 3INFA 5P1FA 3QRVA 4Z50A 4MC2A 2ZJNA 2FXDA 5P4YA 4AZYA 3MWSA 4B05A 1WBKA 4B78A 1K6CA 2PQZA 1EPRE 3ER5E 1G35A 4H3IA 1SMEA 1C6ZA 3D1XA 4K4PA 1FMBA 3QS1A 4OBGA 4A6BA 5DGWA 5SXNA 1SGZA 1SDVA 5HTZA 3QRMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHN A;  5P8B A;  3F9Q A;  5P50 A;  3RTM A;  5P07 A;  5P8J A;  3VSW A;  1BXO A;  1SIP A;  5P61 A;  4ZPG A;  2FXE A;  2NXM A;  5P8G A;  1BIL A;  1APV E;  1XL2 A;  5AH9 A;  3C9X A;  5P2H A;  1G6L A;  4Y4U A;  3Q70 A;  1DPJ A;  2ZYE A;  1EC0 A;  3UDY A;  1LYB A;  1BWB A;  4ZE6 A;  2AZ8 A;  1DAZ C;  3CKR A;  5P7S A;  4A6C A;  5P12 A;  1NH0 A;  1HPO A;  3O9D A;  4J55 A;  5P3Q A;  5SY3 A;  2I4V A;  5P4U A;  3OTS A;  3DOX A;  3VFB A;  4FRK A;  3S43 B;  5P19 A;  1FG6 C;  2JJI A;  3INH A;  4EXH A;  3PCW A;  5P5U A;  2G94 A;  5OYQ A;  5P06 A;  3D20 A;  1ODY A;  1A8G A;  3EL1 A;  2G22 A;  5P15 A;  5P49 A;  5P6M A;  2B60 A;  5P6B A;  3I8W A;  5KQY A;  5P0W A;  3MSJ A;  3ZPT A;  1OEW A;  2IRZ A;  3QAA A;  5I3Y A;  1W5Y A;  4Y5E A;  1T6G A;  3LZV A;  1FG8 C;  5P7A A;  4J0Z A;  1IZI A;  5SZ9 A;  4RCE A;  4I10 A;  2QZL A;  2PYM A;  4Q1X A;  4Y4E A;  1MES A;  1BV9 A;  3L58 A;  3H5B A;  5P28 A;  3BUH A;  3NWQ A;  5P0C A;  2VJ7 A;  5P1M A;  2Z54 A;  1F34 A;  4IVT A;  3G70 A;  4Y3M A;  1Z1R A;  3GW5 A;  5P3L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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