2O4SA

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k) in complex with lopinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Unique thermodynamic response of tipranavir to human immunodeficiency virus type 1 protease drug resistance mutations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2o4sA00
5P2MA 5P1XA 2HB3A 1HXBA 2BJUA 2UY0A 1GVVA 4Q1WA 5OYSA 3S8IA 5P0KA 1ODYA 1B6JA 2V0ZC 4ZSPA 5P5RA 1ZTZA 1U8GA 5ER1E 5P6MA 1HVLA 5P2DA 5B18A 5KAOA 4I0GA 2PWCA 3QAAA 5P4WA 5P0CA 4AUCA 3QRVA 5P40A 2QI4A 2B7FA 4RRNA 5P8MA 2FLEA 1C6YA 5P10A 1WKRA 2VJ7A 5P2HA 1BVGA 5OZOA 5HVPA 3BXSA 2QHCA 4LHHA 3QPJA 3VF5A 5P2OA 2R38A 3OGQA 3H0BA 1FQ8A 5P6VA 4Y5NA 2BKSA 6FIVA 3H5BA 2Q54A 4Y5LA 5KQXA 4R91A 1APWE 5P03A 5P28A 3OAGB 3NYGA 4ZPGA 3T11A 4Y4JA 1BWAA 5P7TA 1EPME 5P76A 2VS2A 3UFNA 2QAKA 1K1UA 4LBTA 3OXCA 1WBKA 3KFSA 3QI1A 1YX9A 2FDDA 4Q5MA 5P44A 5P13A 1PFZA 3EM4A 4R5NA 3VLBA 2EWYA 4MC2A 1HSHA 4ZSRA 1ER8E 1AZ5A 3INEA 2UPJA 3R2FA 5OZRA 3O9EA 5P4IA 4AZYA 2F3KA 5OZKA 3OGPA 4EQ0A 2AODA 5P0SA 5OYVA 3OU4B 1DPJA 4XKXA 3KF0A 4OC6A 2QNNA 2P3BA 2CENA 5P0EA 5P62A 5P6EA 2HPFA 2QI7A 4I12A 3QBHA 2OHMA 4D85A 4DQGA 1G35A 2Q63A 3NSHA 1KJFA 2PWRA 2ANLA 2HAHA 5P1OA 4FL8A 3S53A 4N00A 1EPOE 4Y3LA 1IZHA 3DUYA 3GI4A 4YD7A 3TNEA 4GJ5A 3TPJA 3CKTA 5P8PA 1WBMA 4OD9A 1XS7D 2BPVA 4Y51A 4GJ6A 2AZCA 4A6BA 4Y3FA 4GJCA 3LHGA 2FXDA 1ZSRA 5P6QA 4Y3JA 5P5ZA 3IGBA 2PQZA 3UFLA 5OZ9A 1IVQA 2ER7E 5P1SA 5P18A 5P4AA 4YD3A 3VV6A 1XE5A 3RTMA 5E5KA 2MIPA 3TPPA 3CYXA 5DR1A 5P66A 3VYDA 4GJDA 3UDMA 4MC1A 4J1IA 2NMZA 2WJOA 5P68A 5P5JA 2WF1A 5P51A 5P6AA 2ZJLA 2FXEA 5P3EA 3ER3E 5DGUA 4ACUA 4YDFA 4RCFA 4RVXA 5SZ9A 2B42A 5P3BA 5OZ1A 3NU6A 1KJ7A 1EPNE 2O4KA 3OY4A 3TL9A 4LXMA 5P2SA 5P25A 3WSJA 2QK5A 1E5OE 4EJDA 1BILA 4RZ1A 2J9JA 1BAIA 1FFIC 5JFUA 5P8JA 1ODXA 1E81E 5P8OA 3EM3A 4EJKA 5P61A 5P47A 2B60A 3OHHA 5P3KA 5P4QA 5P86A 5P60A 1HEGE 1ZPKA 4FE6A 5AHAA 3PHVA 5P0ZA 5P8NA 2VIYA 5OYTA 4Y50A 5P8EA 5P7FA 4RLDA 4Y5BA 5KR2A 3JVYA 3UDNA 2IGXA 2HM1A 2IDWA 4DQBA 5P1GA 5T4SA 5P74A 5DR4A 5P8DA 5P50A 1MT7A 5AH7A 5P5XA 3APPA 2OHKA 2Q15A 4Y45A 4FSLA 5OZGA 1EPLE 2VA5A 1FLHA 3NUOA 3U7SA 4Y5EA 2QCIA 4Y4BA 5HDXA 2WL0A 2Q64A 3HBOA 3UDHA 3OQAA 2V10C 5OZ0A 5P6JA 3VLAA 5P4JA 5I3XA 4DJXA 1IDBA 1K6CA 5P0NA 5P5FA 5P5BA 3VFAA 5P77A 1FIVA 5P37A 5P5UA 3HAUA 4Z2ZA 3VG1A 5P3QA 1A9MA 1DIFA 2I1AA 5P17A 5P88A 3PSGA 5P1VA 1MEUA 1B5FB 3OUCA 4Y3PA 5P80A 5P59A 4DFGA 1OEXA 3JW2A 1BDRA 5OZFA 2I4WA 4APRE 2QI3A 5P7PA 5P38A 4X2LA 3T3CA 4GJ9A 4FS4A 4I0JA 5UPJA 4Y3RA 2QMDA 4Y6MA 3OU4A 5P2CA 1HPVA 3EXOA 1EPPE 4GJBA 1QS8A 5P2KA 3O9IA 2FDEA 3VV7A 2NPHA 5P8AA 1K1TA 4XXSA 1T6EX 5E5JA 3PMUA 5P3VA 3S7MA 1FQ7A 1HIIA 5P3IA 3SABA 4EJLA 2ZJKA 1NSOA 3SA6A 3C9XA 1W5VA 5P1BA 4J1KA 2IL2A 3KT5A 3DJKA 5OYYA 2AOJA 2QNQA 4Y37A 3NDXA 3UDRA 1DAZC 2F8GA 4L7HA 4B78A 1NPAA 5P42A 3Q3TA 4TRWA 1SMEA 4JP9A 2R9BA 5P6PA 3NDUA 2HPEA 3PWMA 4FRKA 5P32A 3UDPA 4Y4AA 3TKWA 1HVRA 2P3CA 5P07A 4B1DA 4DJYA 5JG1A 1ZLFA 4HZTA 3R0WA 5P0OA 5P4NA 4GJ7A 2ZHSA 1NPVA 3ZKQA 4YCKA 4I8ZA 3VF3A 2XFIA 1MT9A 3I25A 2AVQA 2R3TA 4NJTA 4Y5PA 4A6CA 5P7OA 5P4RA 5P5QA 1QBRA 1BWBA 5P70A 5P6IA 5P14A 4YHQA 5P1RA 3NWXA 3RTNA 1XE6A 2PSVA 4R92A 5C9DA 3KT2A 2HB4A 4DJUA 2AVSA 2ER6E 2O4LA 5P26A 1DW6C 4QJAA 3UQUA 3VF7A 5P2IA 1HEFE 5COKA 4Y3ZA 4AA8A 2VKMA 1CZIE 3INHA 3EL5A 5P23A 5P5LA 4GB2A 3FX5A 5P78A 5IVTA 4J5JA 5DQ1A 4Y3DA 5P22A 5KQZA 4B1CA 1YTJA 5P31A 3UF3A 2PC0A 3NDTA 1EC2A 2OHSA 4Y3QA 5P0YA 1BBSA 4DQEA 3UDKA 5ENKA 5P4DA 5P7AA 3T6IA 3OQKA 5HDZA 2AVMA 5AH8A 1G2KA 4JPCA 4FRIA 5KR0A 1XL2A 5P53A 4IVSA 5P7DA 3SKGA 4APEA 4FRSA 1FQ5A 2IKOA 2VA6A 3S56A 3HLOA 2H6SA 4L6BA 3VSXA 1E80E 5BS4A 5P69A 4CMSA 5COPA 5P43A 4RROA 3EKQA 5P2QA 2ZJHA 5P27A 5P7RA 3KN0A 1XDHA 3ST5A 3LIYA 3URLA 1B6KA 5P0PA 4H1EA 5P8LA 2JE4A 1ZAPA 5HU1A 3FNUA 1YTHA 1CMSA 5P3FA 1DP5A 2PH8A 3OUBA 5DR3A 5P2BA 3NXEA 2G94A 4YCTA 3O99A 5P6YA 1K2CA 3L58A 2NR6A 2WEBA 1MSMA 3BUHA 4Y3AA 5P82A 5P3GA 2PMAA 1QRPE 1AJVA 1EC1A 3O9AA 3TOGA 3ZKSA 5P2AA 4I11A 5P7BA 3EL4A 3OUAA 1GNNA 5HDUA 4Y53A 2G1OA 3FNSA 3IVHA 3OQ7A 2RSPA 1OEWA 1NH0A 3PGIA 4NPUA 2Q55A 4QJ2A 5P48A 3Q70A 8HVPA 3FKTA 2VIZA 1LZQA 1APUE 1AXAA 3ZOVA 1PPKE 2QD8A 5P5SA 3RSXA 4Y5MA 4OBKA 4Q1YA 1GVUA 5P67A 3EKXA 1HIHA 2QNPA 1LF4A 5IVSA 3IVIA 4CPXA 1TZSA 3NR6A 2F80A 1K2BA 5OZCA 3SA5A 1YTGA 1ZSFA 5P1QA 2O40A 4R8YA 5P2TA 3LIQA 5HU0A 1FMUA 1RPIA 5P01A 5P0LA 4M8XA 5P7UA 2ZHRA 2VNNA 2APRA 2JJJA 2QZXA 5P5CA 1RNEA 3NU3A 4Y58A 3MWSA 5COOA 3KA2A 1M0BA 5P41A 5P3XA 2F3EA 5OZBA 1W50A 1W6IA 5F01A 2QI0A 3EM6A 5P06A 5P8SA 3OHFA 5P4ZA 4CPQA 1SDVA 1BXQA 4Y3XA 2XFJA 4Y36A 5JODA 3NUJA 1DMPA 4OBZB 4HE9A 3GI5A 1SGZA 4Y4ZA 5P1TA 2BB9A 4J1EA 3TOFA 5P8QA 1PSNA 3IN3A 4K4QA 5P7LA 1HSIA 2PK5A 5P55A 3N3IA 5P3WA 4Z50A 2QU3A 4CPRA 3PBZA 5P4LA 3ZKXA 3D1YA 1FG6C 3LZUA 3LITA 3CICA 5OZ8A 5P79A 3BXRA 1M43A 4CPSA 2Z4OA 4U7QA 1AIDA 2WF2A 1META 5EZXA 4OBFA 4FLGA 2G26A 2CEMA 2QMFA 5P46A 4KUPA 1XN3A 3FSMA 5P54A 5P7SA 2QI5A 5DQ4A 1MVPA 5P6UA 5P09A 4RGHA 1D4LA 2FMBA 3EL0A 1GVXA 1OHRA 1LF3A 3OUDA 3UQWA 3PSUA 2BPXA 4I0FA 1YG9A 4LXKA 5P58A 4GJ8A 1RL8A 1BIMA 1SDUA 3PRSA 2A4FA 5P4SA 3D3TA 4WY1A 5HE4A 3APRE 3CKRA 2XYEA 2IKUA 5P11A 5AH6A 3LINA 3O9CA 3CIBA 1HWRA 3OU1B 2FGVA 1BXOA 4F73A 2NNPA 4B70A 4A4QA 5P3UA 1ME6A 2QMGA 2BPZA 3EL9A 5P1NA 1IZDA 2I4XA 5P84A 5P6GA 3VCMA 5P8UA 1A8GA 1IZEA 1HVCA 4ZPFA 5AHBA 5P1HA 3I7EA 4H3FA 2WEZA 2WECA 5P2RA 1MRWA 1AVFA 4I0IA 2ZHTA 1GKTA 1YT9A 5P85A 5P2UA 2B8LA 3R1GB 5HE7A 5OZAA 3D91A 4EXHA 1D4JA 2IGYA 5P8FA 5OZPA 1T7IA 5P1WA 6UPJA 4L1AA 3PEPA 5KOSA 4DUSA 4DH6A 2FDPA 3FNTA 3EKWA 4DQFA 1J71A 1UH9A 3G6ZA 5P6CA 1GVWA 1APVE 1FKNA 2QD7A 2AVVA 5P1CA 4AA9A 2IEOA 4Z4XA 3OU3A 1D4YA 2B8VA 3TPLA 2G69A 4TVGA 5P16A 1IDAA 5P2JA 1LV1A 2IQGA 4Y4WA 5P0IA 5P7KA 2BKTA 4PZXA 5P83A 4GIDA 5OZ7A 3ZKNA 1GNMA 2A1EA 1TCWA 1YM2A 3EKYA 5KQYA 4FIVA 1M4HA 5HTZA 5P8BA 1K6PA 3BUGA 5P1FA 1RQ9A 2HC0A 5P6WA 5P4HA 2AVOA 4RRSA 3TOHA 2G1NA 4Y3YA 3SACA 1MRXA 3MXDA 2R5PA 2R43A 4YOBA 2VA7A 3ZPTA 4Y5CA 4Y54A 4Y35A 2R3WA 1ODWA 1LYWB 4I1CA 5PEPA 4D89A 5EZZA 5P00A 4EWOA 5HCOA 4Y5KA 5OZTA 2G21A 3OAGA 5P0MA 3QROA 4FM6A 2OHUA 3KDDA 1SGUA 5OZYA 5P7JA 3UCBA 3WZ7A 5KR1A 3HDKA 5P4BA 5OZXA 4OBZA 5OYXA 3BRAA 5OZJA 5KQFA 3N4LA 1OD1A 9HVPA 3EKVA 5P19A 5SY3A 4WTUA 1HIVA 5DR8A 1BV9A 5TOLA 4DVFA 2JYSA 4H3IA 1A94A 3LPJA 4BFDA 4QJ9A 3WB5A 1PPLE 4ZEAA 5P72A 3R4BA 3AIDA 4HDPA 3ZKGA 3F9QA 5P6NA 3RTHA 4QJ6A 3DCRA 2QD6A 3ZKMA 4FAFA 4HDBA 5HE5A 4Y3WA 4B0QA 3MSJA 5P64A 4JECA 3K5GA 3UQRA 4Y3TA 4PHVA 5OZ3A 5P5HA 3INDA 5P0VA 4EHCA 3EKTA 1FFFC 5P4PA 5P3ZA 5P0WA 5P5IA 5OYUA 1NPWA 2O4NA 1RV7A 2VJ6A 4YA8A 1HPSA 2G20A 3NU9A 4EYRA 3S7LA 3S43B 4FSEA 3PCWA 2J9KA 5OZLA 3OU1A 1Z1HA 2G22A 1XL5A 3MSLA 3QRMA 3ZPSA 5P63A 5P5WA 2QI6A 5P4GA 1LS5A 5P39A 5P3RA 2PSGA 4TRYA 3IN4A 4U8WA 5OYRA 3T7XA 4I0ZA 4YD5A 5OZHA 1C70A 5P0XA 2V13A 1TCXA 5P4EA 2V00A 3MXEA 2QHZA 3IA9A 5OZDA 3KDCA 5OYQA 5P15A 5P0GA 4Y4GA 3SAAA 1T7KA 5P6ZA 2PH6A 2G1SA 4K4RA 1LEEA 3S45A 2AQUA 2ZDZA 4JOOA 2AOCA 5P8TA 3S54A 5P1YA 2ZHVA 1KJHA 2V11C 5OZIA 3SO9A 4HLAA 3NU5A 3K4VC 1LYAB 5P4CA 1QDMA 3VUCA 3SA9A 1B6LA 4X7IA 4OBDA 4RCEA 4HEGA 4NKKA 5P2VA 3L3AA 3BVBA 3OOZA 3EC0A 4D88A 4GMIA 5P7GA 2VIJA 3LPKA 1ENTE 5P1ZA 1W51A 5HD0A 1Q9PA 4YBFA 1BV7A 5P1PA 1FF0C 5P3TA 5P5YA 3VV8A 3SM1A 3GGUA 3PLLA 3EL1A 4XX4A 1FGCC 1K6TA 4OBGA 3OXVA 1MESA 3AUPA 3RVIA 3UDYA 5IE1A 5OYZA 4TVHA 4FAEA 3PBDA 1D4KA 5P6BA 2WEDA 3PLDA 3BGCA 3O9HA 1LYWA 3VFBA 1YM4A 4L7GA 3CYWA 5P3JA 3URIA 3GGAA 5F00A 5P04A 1BVEA 4JPEA 2BPWA 3QP0A 5P2XA 1AAQA 1A30A 2VNMA 4OC6B 5P0JA 1B5FA 2P3BB 5P87A 3O9LB 3KM4A 1HTGA 2RMPA 1QBSA 3OADB 5IVQA 4I0HA 3KFPA 3CIDA 4BELA 4DI2A 3K4VA 3BHEA 4Y3HA 4TRZA 5P6FA 5P0HA 4EP2A 4Q1NA 1HVKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2M A;  5P1X A;  2HB3 A;  1HXB A;  2BJU A;  2UY0 A;  1GVV A;  4Q1W A;  5OYS A;  3S8I A;  5P0K A;  1ODY A;  1B6J A;  2V0Z C;  4ZSP A;  5P5R A;  1ZTZ A;  1U8G A;  5ER1 E;  5P6M A;  1HVL A;  5P2D A;  5B18 A;  5KAO A;  4I0G A;  2PWC A;  3QAA A;  5P4W A;  5P0C A;  4AUC A;  3QRV A;  5P40 A;  2QI4 A;  2B7F A;  4RRN A;  5P8M A;  2FLE A;  1C6Y A;  5P10 A;  1WKR A;  2VJ7 A;  5P2H A;  1BVG A;  5OZO A;  5HVP A;  3BXS A;  2QHC A;  4LHH A;  3QPJ A;  3VF5 A;  5P2O A;  2R38 A;  3OGQ A;  3H0B A;  1FQ8 A;  5P6V A;  4Y5N A;  2BKS A;  6FIV A;  3H5B A;  2Q54 A;  4Y5L A;  5KQX A;  4R91 A;  1APW E;  5P03 A;  5P28 A;  3OAG B;  3NYG A;  4ZPG A;  3T11 A;  4Y4J A;  1BWA A;  5P7T A;  1EPM E;  5P76 A;  2VS2 A;  3UFN A;  2QAK A;  1K1U A;  4LBT A;  3OXC A;  1WBK A;  3KFS A;  3QI1 A;  1YX9 A;  2FDD A;  4Q5M A;  5P44 A;  5P13 A;  1PFZ A;  3EM4 A;  4R5N A;  3VLB A;  2EWY A;  4MC2 A;  1HSH A;  4ZSR A;  1ER8 E;  1AZ5 A;  3INE A;  2UPJ A;  3R2F A;  5OZR A;  3O9E A;  5P4I A;  4AZY A;  2F3K A;  5OZK A;  3OGP A;  4EQ0 A;  2AOD A;  5P0S A;  5OYV A;  3OU4 B;  1DPJ A;  4XKX A;  3KF0 A;  4OC6 A;  2QNN A;  2P3B A;  2CEN A;  5P0E A;  5P62 A;  5P6E A;  2HPF A;  2QI7 A;  4I12 A;  3QBH A;  2OHM A;  4D85 A;  4DQG A;  1G35 A;  2Q63 A;  3NSH A;  1KJF A;  2PWR A;  2ANL A;  2HAH A;  5P1O A;  4FL8 A;  3S53 A;  4N00 A;  1EPO E;  4Y3L A;  1IZH A;  3DUY A;  3GI4 A;  4YD7 A;  3TNE A;  4GJ5 A;  3TPJ A;  3CKT A;  5P8P A;  1WBM A;  4OD9 A;  1XS7 D;  2BPV A;  4Y51 A;  4GJ6 A;  2AZC A;  4A6B A;  4Y3F A;  4GJC A;  3LHG A;  2FXD A;  1ZSR A;  5P6Q A;  4Y3J A;  5P5Z A;  3IGB A;  2PQZ A;  3UFL A;  5OZ9 A;  1IVQ A;  2ER7 E;  5P1S A;  5P18 A;  5P4A A;  4YD3 A;  3VV6 A;  1XE5 A;  3RTM A;  5E5K A;  2MIP A;  3TPP A;  3CYX A;  5DR1 A;  5P66 A;  3VYD A;  4GJD A;  3UDM A;  4MC1 A;  4J1I A;  2NMZ A;  2WJO A;  5P68 A;  5P5J A;  2WF1 A;  5P51 A;  5P6A A;  2ZJL A;  2FXE A;  5P3E A;  3ER3 E;  5DGU A;  4ACU A;  4YDF A;  4RCF A;  4RVX A;  5SZ9 A;  2B42 A;  5P3B A;  5OZ1 A;  3NU6 A;  1KJ7 A;  1EPN E;  2O4K A;  3OY4 A;  3TL9 A;  4LXM A;  5P2S A;  5P25 A;  3WSJ A; 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 3RTN A;  1XE6 A;  2PSV A;  4R92 A;  5C9D A;  3KT2 A;  2HB4 A;  4DJU A;  2AVS A;  2ER6 E;  2O4L A;  5P26 A;  1DW6 C;  4QJA A;  3UQU A;  3VF7 A;  5P2I A;  1HEF E;  5COK A;  4Y3Z A;  4AA8 A;  2VKM A;  1CZI E;  3INH A;  3EL5 A;  5P23 A;  5P5L A;  4GB2 A;  3FX5 A;  5P78 A;  5IVT A;  4J5J A;  5DQ1 A;  4Y3D A;  5P22 A;  5KQZ A;  4B1C A;  1YTJ A;  5P31 A;  3UF3 A;  2PC0 A;  3NDT A;  1EC2 A;  2OHS A;  4Y3Q A;  5P0Y A;  1BBS A;  4DQE A;  3UDK A;  5ENK A;  5P4D A;  5P7A A;  3T6I A;  3OQK A;  5HDZ A;  2AVM A;  5AH8 A;  1G2K A;  4JPC A;  4FRI A;  5KR0 A;  1XL2 A;  5P53 A;  4IVS A;  5P7D A;  3SKG A;  4APE A;  4FRS A;  1FQ5 A;  2IKO A;  2VA6 A;  3S56 A;  3HLO A;  2H6S A;  4L6B A;  3VSX A;  1E80 E;  5BS4 A;  5P69 A;  4CMS A;  5COP A;  5P43 A;  4RRO A;  3EKQ A;  5P2Q A;  2ZJH A;  5P27 A;  5P7R A;  3KN0 A;  1XDH A;  3ST5 A;  3LIY A;  3URL A;  1B6K A;  5P0P A;  4H1E A;  5P8L A;  2JE4 A;  1ZAP A;  5HU1 A;  3FNU A;  1YTH A;  1CMS A;  5P3F A;  1DP5 A;  2PH8 A;  3OUB A;  5DR3 A;  5P2B A;  3NXE A;  2G94 A;  4YCT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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