2OF0A

X-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 5
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Application of fragment screening by X-ray crystallography to beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-01-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2of0A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2of0A02
3K1WA 3DV5A 2RKFA 3QS1A 5P76A 4Y5AA 3Q4BA 3KA2A 5P2SA 3FNTA 3PB5A 2FLEA 4YCTA 3VV7A 3UDPA 2ER9E 3EM4A 4GZFA 1TW7A 2ZYEA 5HDZA 2OHQA 5OYZA 4DPFA 4FSEA 5P22A 2P3CA 2G21A 1D4YA 1FGCC 5P67A 5OZ7A 2QD7A 1U8GA 3SLZA 3RTMA 4XXSA 3EKQA 3ZLQA 1GKTA 1PSNA 1B5FB 2PMAA 4RLDA 4CPUA 2QU3A 5DQCA 3OHFA 3VYDA 2Q63A 2I1AA 4J0PA 3NDUA 5P1KA 4F73A 4E43A 4FGXA 2Q15A 3NU6A 4J54A 4L7GA 1HVIA 1F7AA 2QI1A 4YOBA 2ZHVA 2VIEA 5P5BA 2A4FA 4F75A 1DP5A 2JE4A 5P3IA 5P7SA 1IZHA 3OUDB 1MIQA 5P5GA 2Z54A 5P82A 4Y3HA 5OZRA 1K2CA 3D1ZA 2HPEA 4FE6A 5P5RA 1HIHA 1CZIE 4Y38A 3C9XA 5P3SA 4DH6A 4RYCA 1APVE 4Y53A 4ZPEA 3BXRA 1RL8A 5HDVA 4EJ8A 4J1FA 5P2TA 4RYGA 3VSXA 5HCOA 5E5JA 1K6CA 3LINA 4Y3DA 3H0BA 5P7TA 4DJVA 8HVPA 5P2ZA 4Y4AA 2VJ7A 3S45A 5P8TA 5AHAA 1HVLA 1B5FA 3EL9A 4GJ8A 5P3MA 4YHQA 4J5JA 1EPME 4CPXA 5P4XA 2OHSA 4Y37A 3UFLA 4AMTA 2QI0A 3R0WA 5P4IA 1SBGA 5P7UA 4QGIA 4CPTA 5P77A 3KFRA 5P4UA 5P0NA 1EBYA 1Z8CA 3OUDA 3VFAA 5P1SA 1ZP8A 4U7QA 5P6XA 5P2FA 3GI0A 1EAGA 4FRSA 4Y45A 4EHCA 1ZSRA 3OQ7A 5BS4A 4RROA 5P11A 3VEUA 4ZE6A 1EBZA 5P8EA 4OD9B 1HTEA 4I11A 5DPZA 5OZNA 5P47A 1BIMA 3NDTA 2NXMA 4B05A 3DUYA 2AZ9A 2BPXA 2VJ6A 2R8NA 5OZZA 5C9FA 3R2FA 3RSVA 3CYXA 4LC7A 5ISKA 2F3FA 3NU4A 3G72A 1ZBGA 1QBUA 4RRSA 4PHVA 5P83A 4DQBA 2WECA 3SPKA 5P24A 1GVUA 3UPJA 3O9EA 3EL5A 4H3GA 3RTNA 1EPOE 3HVPA 3GW5A 2BKSA 5P1GA 4Y3XA 2AZ8A 4FL8A 3ZPTA 5P7FA 3CIDA 1SP5A 5DR4A 5P87A 1TQFA 5P0BA 5P6GA 2AZBA 3EM6A 5P0XA 4Y4JA 1BBSA 2HB2A 5P7NA 3INFA 4RCDA 3HLOA 4Y43A 4L7HA 3ZOVA 4Y4BA 2R9BA 1FQ6A 4Y35A 1PPKE 2QK5A 2SAMA 5P5NA 4L6BA 5P5KA 4HE9A 4RCEA 1MERA 5P0KA 3EL1A 5P5JA 3SQFA 3SKFA 5P8MA 5KQZA 1DAZC 5P2UA 4OD9A 3F9QA 3ST5A 5P16A 5HDUA 4MC9A 3PI0A 2QHCA 3ER3E 3PJ6A 4RVXA 2NR6A 5P6PA 3UDQA 3G70A 3WZ7A 3QI1A 4Y3EA 2CENA 5DR3A 5DQ5A 1SH9A 3RTHA 4RVJA 2PWCA 4JOOA 4ER4E 3I6OA 1MESA 3LIXA 5P18A 5P4TA 4XKXA 4Y41A 4FRJA 5P8NA 4IVSA 4RCFA 5P89A 5P54A 4M8YA 3EKXA 2F3KA 3GI6A 5P6AA 5P8UA 1G6LA 2B7FA 5P7XA 2APRA 4I0DA 5KR8A 3EC0A 5P73A 3GGAA 4YA8A 4DPIA 2R43A 4Y3MA 5P7YA 2G1SA 3L5BA 3HVGA 2WEAA 1BXOA 1WKRA 5P3TA 5P81A 3T7QA 4EJLA 4I0IA 1HSGA 1M0BA 3LZSA 4GMIA 5P0MA 5P65A 1APTE 1GVTA 5P4ZA 2R3WA 3ZKNA 3WB5A 4D88A 2FIVA 3SA8A 3O9HA 1CPIA 1RV7A 5P38A 2BJUA 4DJWA 5AH9A 5P4GA 4Y44A 5P0QA 5P5XA 1RQ9A 1HTGA 5P15A 3KMXA 5P3RA 5P31A 3I2LA 5OZQA 1KJ7A 3PMYA 4U8WA 3S43A 1ODYA 5OZJA 3UDYA 1MEUA 3JVWA 5P0FA 4Q5MA 1RPIA 3HZCA 1W51A 3L5FA 5P6DA 1ODWA 2I4DA 2WEBA 3KDDA 1IZDA 4OC6B 4COEA 3DM6A 5P02A 5HVPA 3SABA 3PCZA 4NPTA 5P58A 5P20A 5UPJA 1FQ4A 4R8YA 1MT8A 3TPPA 3VV6A 4DFGA 2QZWA 2ZGAA 3SM2A 4Y39A 4LBTA 3EL0A 5P5YA 3QRVA 4Y51A 1DIFA 2HPFA 3B7VA 5AHCA 5KQFA 1DPJA 5P4RA 2IKOA 5P4CA 2BB9A 1AIDA 1T7IA 4JECA 3NWQA 4WY6A 3L3AA 2O4NA 3HBOA 4Y36A 5P2XA 5OZVA 2OHKA 5P5LA 2P3DA 5P36A 1EPRE 1LS5A 5P8HA 4DJOA 1MRWA 1LF3A 3VSWA 2P3BB 4FM7A 4LP9A 5P1LA 5P41A 4Y5BA 4Z4XA 2O40A 1FFIC 4OC6A 1ZTZA 1QBTA 2VIYA 5DQ2A 5P8IA 3OTSA 4Y56A 2ER0E 5DGWA 4QJ6A 1HVRA 3OXCA 1D4IA 4FCOA 2QP8A 5COPA 9HVPA 2QMFA 1XE5A 3LPKA 7UPJA 1HXBA 2XYFA 4PZWA 4HVPA 3ZKGA 5BRYA 3LNKA 2O4KA 2QAKA 5IS4A 5OZ1A 3AIDA 1MSNA 1YM2A 3HAUA 5KOSA 1MSMA 5P0LA 3BVAA 4J0YA 4HLAA 5P2OA 3UFNA 4DQFA 1G0VA 2IENA 2VIJA 4LXKA 3L59A 5P8FA 1HVKA 3NDWA 3WSJA 3QVCA 1BDRA 3MSJA 4EJDA 4IVTA 3K5GA 5OZUA 3OTYA 5P0YA 2AOFA 2HB4A 3CIBA 1SIVA 2RMPA 2VNMA 5P3LA 1EC3A 4ACXA 5P6ZA 4EQ0A 4N00A 5OZHA 5P7HA 3TPLA 4DI2A 2J9KA 2P3BA 5P2YA 5DR1A 2Q54A 4Y3PA 1IIQA 5SZ9A 3BHEA 1XDHA 2BKTA 3INEA 4NPUA 2BPVA 4NJTA 3SA6A 4Q1XA 5JG1A 3T6IA 2BQVA 5P4WA 4LHHA 5DR0A 4NJVA 5P6CA 5P03A 2A1EA 3FKTA 4D8CA 5EZXA 5ER1E 3CKTA 4DV9A 2QD8A 5P3NA 2ZJJA 5OZWA 1SGUA 1HEFE 2PH6A 4ZPGA 1HPSA 3PVKA 4HDPA 3NU9A 3VF7A 3LIQA 3K5DA 3OK9A 5P5DA 2V12C 4ACUA 1MRXA 1W6HA 1D4HA 5J25A 5HE7A 3PRSA 3SA3A 1UPJA 2WEDA 1JLDA 3JW2A 2PYNA 5P8RA 3PBZA 5P8CA 4YE3A 5P30A 4AA8A 2WL0A 5P5EA 5OYTA 3BUFA 5HDXA 3MXEA 1PSOE 2ZJKA 1D4LA 2AVQA 4XX3A 2JXRA 3TPRA 4YD3A 4CPWA 3QROA 2ZHRA 2I0DA 3OU4B 2NXDA 5P28A 3Q6YA 5P4FA 3VG1A 3DJKA 4ER2E 2QMPA 3K4VC 1LYBB 4Y5KA 3WZ8A 4YD7A 5P7AA 3DOXA 4R93A 1HHPA 1YTGA 3OXXA 5I70A 1IVPA 5P3GA 4FM8A 2AOHA 3H5BA 5P6MA 1J71A 5P52A 4B77A 5P2EA 4FIVA 5P1TA 1C6XA 4MC2A 5F00A 3A2OA 5P00A 3ZKSA 4GB2A 5P74A 2OHNA 2P83A 4LAPA 1HBVA 1C6YA 4J0ZA 5P8BA 2IGXA 2AOEA 4LL3A 5P6NA 2G1NA 2HC0A 4FM6A 4TVGA 5P75A 4TVHA 5AGZA 4YDFA 4FLGA 2ER6E 3O9DA 5P0UA 5P4QA 5P6QA 3BUHA 2PYMA 5P3ZA 4I0FA 5P53A 3ZL7A 2V10C 3TOGA 2AVOA 1AAQA 1ZJ7A 5P3VA 4TRWA 3KM4A 5P1BA 5ISJA 5P08A 3S56A 3D3TA 5P2WA 1IVQA 3OU4A 3UQWA 5EZZA 2IGYA 5I3WA 4Y57A 5OYYA 1SGZA 3NU5A 1LYBA 3BVBA 1GNOA 1W50A 3PSGA 4EYRA 2B8LA 1PSAA 3SM1A 2O4PA 4LXMA 1A94A 3SACA 2ASIA 1C70A 4L1AB 4Q1NA 3SA5A 4FRIA 5P7GA 2ZHTA 1EBKC 3ZPUA 1DMPA 3K4VA 3U71A 5C9BA 5P4AA 5P06A 4Y5EA 2CEJA 2QZXA 3PMUA 2NXLA 4PZXA 5OZ2A 3EL4A 3ECGA 3IAWA 2PK5A 4DJXA 1KJGA 5P2HA 3IN3A 5HD0A 3UQPA 3KDBA 4Y3LA 3LZVA 3VV8A 1HVCA 4ZSMA 5OZDA 3D20A 5P3PA 4CP7A 5P4PA 3ZMGA 5P64A 5OZKA 2H6TA 1LF2A 3NLSA 3JVYA 1D4SA 1DW6C 1B6JA 5P7EA 2G22A 4WY1A 2OHTA 5P1CA 1KJFA 2IQGA 2JJIA 5OZTA 1LEEA 6FIVA 5P8OA 3I8WA 5P5CA 2AOGA 1B6MA 3K5CA 3PCWA 3OXWA 4QJ7A 5KQXA 6APRE 3DV1A 2UXZA 5P68A 2P4JA 4Q1WA 2F81A 3KFSA 1XL5A 1MVPA 4L1AA 2O4LA 5P50A 3OADB 5P7VA 4EWOA 1K1UA 1T6EX 4B1DA 2EWYA 1M4HA 4JPEA 5I3XA 4Q1YA 5P7JA 5P6KA 5P1QA 1BDLA 4Y4XA 1ZPAA 2G1YA 3KFNA 4R95A 3GI5A 3QRSA 1LYWB 4MC6A 1A9MA 5COOA 3KT5A 2AQUA 5P4EA 5P3DA 5P0EA 3TOFA 1APUE 1E81E 4DQHA 3PGIA 1QDMA 2AVVA 2R38A 5HU1A 3EM3A 2WF0A 5P7BA 1AJVA 5P79A 3D1XA 4DJYA 5SY3A 2B8VA 2G20A 5P7WA 3GI4A 5P13A 5P5ZA 3VF3A 1HSIA 2ZHSA 5IVSA 3UDJA 5P8PA 2HS2A 3EKVA 2Q55A 4S1GA 3FX5A 4I0HA 5P42A 5P2VA 5OYWA 2AOCA 1K6VA 1T7KA 3OADA 4Y3JA 2Z4OA 1ER8E 4GJ5A 2F3EA 5AH8A 5P1OA 4Y58A 3EXOA 3BGBA 4J1HA 3URIA 5P6HA 4CKUA 1YTIA 3DCKA 3UDHA 3VCMA 4K9HA 1HPVA 3S53A 1TCXA 2QMGA 5P8KA 2FXDA 5P7IA 1LYWA 3VUCA 1AJXA 4QLHA 5PEPA 3EMYA 5P5IA 3LHGA 4CPRA 1META 3D91A 2WHHA 5OZ9A 4ZEAA 3GGVA 1MTBA 2ZJNA 3BUGA 2FGUA 3OQDA 4K4QA 4D89A 5P3UA 2IS0A 4DQEA 4ZSPA 5ER2E 1GNMA 1HVJA 1TSQA 5OZ8A 1NH0A 2ZJHA 3UQUA 1BWAA 5P0HA 4H1EA 4I0GA 4EP2A 4F74A 4Z50A 3NWXA 7HVPA 3O99A 5P6WA 1LF4A 4L7JA 3APRE 1HPXA 1TZSA 1GVXA 3EKYA 3U7SA 3OOZA 1EEDP 5P3FA 2VA6A 2ZE1A 3PM4A 4R5NA 4EPJA 2XYEA 2XFKA 3NUOA 2Q3KA 5P6TA 3TKWA 5P32A 3EBZA 2VS2A 5P6UA 1EBWA 2I4UA 1EPQE 4FRKA 2WF3A 2I4WA 4B0QA 5P4HA 3QRMA 5P3CA 3BC4A 5P29A 3VFBA 2OHMA 2NMZA 5DQ1A 3OGQA 5P56A 4OBDA 2FDEA 4WTUA 5P3EA 3PLDA 1XL2A 4YD5A 3TPJA 5P6EA 4A6BA 5OZ4A 3OQAA 3R4BA 4OBJA 4Y5LA 5P6BA 2I4QA 4XX4A 4DVFA 2QZKA 4YBFA 4PEPA 1N49A 5P3KA 5P01A 1NPWA 5P43A 4ZPFA 4K8SA 4D83A 2QZLA 4YDGA 5P4BA 2QI6A 5P5AA 2QU2A 2G24A 5P23A 5P3XA 2HS1A 1YTJA 5E5KA 5P0JA 3QN8A 2G1OA 5P8VA 1ZLFA 2QMDA 3UHLA 3LPJA 3UF3A 4I0EA 1E82E 5P57A 3UDMA 2NNPA 2Q5KA 2QI7A 4YD6A 5P1JA 1FIVA 1EPNE 3ZKMA 5P0PA 5IVQA 3HDKA 1FG6C 4J1IA 3Q70A 3T7XA 3SA4A 5OZSA 3RSXA 5P0WA 1SDUA 4I10A 1WBMA 5P33A 4Z2ZA 5P4YA 3SAAA 3WZ6A 1SDVA 4J55A 1HTRB 4GYEA 4H3JA 3OUAA 4KE1A 2IEOA 2FNTA 1UH7A 5P7KA 3S54A 4DJQA 2WF2A 5P6JA 3SFCA 4M8XA 5P2IA 2ZJLA 5P1MA 4U7VA 5P7RA 5P3JA 4KB9A 2RKGA 2ER7E 5P4KA 1XE6A 2OHPA 4Y4EA 3PLLA 3PWRA 5KAOA 4Y4DA 3QBHA 4EJKA 5P39A 5P09A 3LIVA 2AOIA 1HRNA 5P3QA 4ER1E 4RZ1A 5P5SA 1KJ4A 5P1XA 2VNNA 1MUIA 2QI5A 5P7CA 2PSGA 2PWRA 5P10A 3PI5A 1AZ5A 3KYRA 3MWSA 5P3AA 3FNUA 1FMBA 4APEA 1FLHA 3UTLA 4B78A 1KJHA 3DK1A 3URLA 3FNSA 3Q3TA 5P17A 5P6IA 4Y54A 5P2LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K1W A;  3DV5 A;  2RKF A;  3QS1 A;  5P76 A;  4Y5A A;  3Q4B A;  3KA2 A;  5P2S A;  3FNT A;  3PB5 A;  2FLE A;  4YCT A;  3VV7 A;  3UDP A;  2ER9 E;  3EM4 A;  4GZF A;  1TW7 A;  2ZYE A;  5HDZ A;  2OHQ A;  5OYZ A;  4DPF A;  4FSE A;  5P22 A;  2P3C A;  2G21 A;  1D4Y A;  1FGC C;  5P67 A;  5OZ7 A;  2QD7 A;  1U8G A;  3SLZ A;  3RTM A;  4XXS A;  3EKQ A;  3ZLQ A;  1GKT A;  1PSN A;  1B5F B;  2PMA A;  4RLD A;  4CPU A;  2QU3 A;  5DQC A;  3OHF A;  3VYD A;  2Q63 A;  2I1A A;  4J0P A;  3NDU A;  5P1K A;  4F73 A;  4E43 A;  4FGX A;  2Q15 A;  3NU6 A;  4J54 A;  4L7G A;  1HVI A;  1F7A A;  2QI1 A;  4YOB A;  2ZHV A;  2VIE A;  5P5B A;  2A4F A;  4F75 A;  1DP5 A;  2JE4 A;  5P3I A;  5P7S A;  1IZH A;  3OUD B;  1MIQ A;  5P5G A;  2Z54 A;  5P82 A;  4Y3H A;  5OZR A;  1K2C A;  3D1Z A;  2HPE A;  4FE6 A;  5P5R A;  1HIH A;  1CZI E;  4Y38 A;  3C9X A;  5P3S A;  4DH6 A;  4RYC A;  1APV E;  4Y53 A;  4ZPE A;  3BXR A;  1RL8 A;  5HDV A;  4EJ8 A;  4J1F A;  5P2T A;  4RYG A;  3VSX A;  5HCO A;  5E5J A;  1K6C A;  3LIN A;  4Y3D A;  3H0B A;  5P7T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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