2OHU | Genus

Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	387
structure length	377
Chain Sequence	FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7166778499456923__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7166778499456923__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2OHU/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7166778499456923__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7166778499456923","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2OHU/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7166778499456923__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd639bd84f7d86633eb379/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd639bd84f7d86633eb379/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd639bd84f7d86633eb379/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd639bd84f7d86633eb379/pdb.gz): 69 ms

reading 377 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

377 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:376});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Application of fragment screening by X-ray crystallography to the discovery of aminopyridines as inhibitors of beta-secretase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	90
structure length	377
sequence length	387
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2007-01-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2ohuA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2ohuA02

4I12A 3ZLQA 3DOXA 3R4BA 4Y5GA 2WF1A 3EL0A 5P62A 1KJHA 2B7ZA 5OYQA 2G69A 5P1CA 1FFFC 5OZ6A 1YTGA 5J25A 5P1RA 3L5BA 5P26A 4AUCA 3DV5A 2IENA 5OZRA 4QJ6A 1LYAA 5P16A 1T3RA 1MSNA 4YHQA 1HRNA 5P66A 5P6ZA 2HB2A 2QMDA 2VA6A 1LYWA 4HE9A 4ZPFA 5P1KA 5P0NA 3T3CA 5OZWA 4PYVA 5P1YA 3HW1A 5P6GA 5P1BA 3D1ZA 3SA9A 3S7LA 5P5FA 1ZP8A 2UPJA 5P6QA 1QBSA 4CMSA 3LIQA 3OGQA 5OZCA 1YM4A 1HPXA 4Y3QA 1AZ5A 4X7IA 3O9GA 5OZ3A 4CPRA 5P5SA 4ZPGA 1EPPE 2ZJLA 1MTBA 1FMBA 3FKTA 3OUBA 3VF7A 5P4GA 4F74A 4J1KA 5P7HA 1EBZA 5OZ1A 5P8BA 2B42A 4YBFA 5P4TA 4R92A 3QS1A 5P3FA 5P15A 3UFLA 1IDAA 3KM4A 5P7UA 4Y5PA 3UDNA 7HVPA 4Y6MA 4B0QA 3OUDB 4YBIA 6APRE 2OHLA 4EPJA 4DI2A 4Q1YA 3S45A 4FL8A 5KQFA 5ISKA 3IA9A 1QS8A 3SAAA 4BEKA 5P35A 2F3FA 5I3YA 1IZHA 4ZSPA 1LS5A 5P43A 5P7VA 3WSJA 4FAFA 5P01A 5P5PA 3CIDA 5P8VA 4Z50A 5DR0A 2ZJJA 2UY0A 2AODA 1EAGA 5P8IA 3C9XA 5P05A 4RZ1A 4RLDA 5P2KA 4I11A 1IVPA 3TOGA 5P5TA 4HA5A 3O9IA 5P2MA 1HTRB 4RVJA 3D3TA 2G27A 4I10A 4RROA 3EC0A 3EM4A 4XX4A 5P1WA 1LF4A 3OU1A 1ENTE 5HDXA 4DJPA 2VIEA 1SMEA 4ER4E 1ME6A 4R5NA 3EMYA 5JG1A 5P1IA 4D85A 3LIVA 3S43A 2B60A 5P8LA 3BRAA 1K6CA 4I8ZA 1META 4Y45A 3RTNA 4FM8A 1SIPA 4J54A 3I7EA 5P11A 5P2XA 5IVTA 5PEPA 4JP9A 5P8EA 4DV9A 4EJDA 3DV1A 3LZUA 5P4NA 5HTZA 2ZE1A 4J0YA 5P3KA 5P7JA 1ER8E 4GJ5A 5P8RA 4QJ9A 2BB9A 3HVGA 4J0PA 1W6IA 4U7VA 5OZZA 3SLZA 3O9LA 1AAQA 5P6TA 5P2UA 5COKA 4M8XA 2ZJNA 5P4AA 3KMXA 5P02A 3ZPUA 4FM7A 5P14A 4QJAA 5P7DA 5T4SA 1ZJ7A 1YG9A 2PH8A 1HVJA 3KDDA 1FKNA 1D4KA 3S54A 1PROA 2BJUA 3SM2A 3QAAA 2XFKA 4FAEA 2JJJA 5P4XA 5P19A 5P6EA 4DJWA 1FLHA 5HE7A 3KYRA 3DM6A 2JXRA 5P0YA 1HBVA 2CENA 4Y3TA 3PSYA 5P7MA 5ER1E 5P7QA 4APRE 5P5OA 2J9JA 2AOGA 2ZHTA 1XE6A 1F7AA 5P0LA 2Q5KA 1AJXA 4F73A 3EM3A 3OU3A 2WEZA 5P67A 4FE6A 4Y48A 5DR4A 4YCTA 5P3RA 4L1AB 1W6HA 4LBTA 1FMXA 2OHQA 2I0DA 1B6LA 5HE5A 3Q5HA 2O4KA 3I25A 3PSUA 4B00A 1W5YA 3SA4A 5P3AA 2AVSA 1MUIA 2QU3A 2Z4OA 1GKTA 1WBKA 2QU2A 3NLSA 5P8NA 4DQEA 5OZOA 3OQKA 2QMPA 4PZWA 2I4UA 4BFDA 4HDBA 5P8DA 4Y3FA 2ZHSA 5P25A 5P1LA 5P4VA 1HSIA 4U8WA 4L7JA 1T6GA 1OEXA 4Y3EA 5KR8A 1BXOA 1EEDP 3T7XA 3CYXA 5P4KA 2I0AA 2VA7A 4Z2ZA 5FIVA 5P45A 5DR1A 5P5GA 5P2NA 5OZQA 4IVTA 1HSHA 1BWBA 5P6VA 4DQGA 4LXKA 3K5CA 4ACUA 3OAGB 5OYVA 4EYRA 3HAUA 4NJVA 1XN3A 5P0AA 5P1DA 4MC1A 5AH9A 4Y5EA 5P22A 5F01A 1HEGE 4A6CA 3VF3A 3OK9A 3H5BA 1SGZA 1D4HA 4MC6A 4Y4AA 3UQPA 5I3WA 3BC4A 5P0SA 5OZLA 3APRE 5P4CA 3I2LA 4Y58A 2RKFA 5P33A 2R9BA 3INEA 4GJAA 4Y4JA 3GGVA 3GI5A 5P47A 1HIHA 4LHHA 5P30A 5P6IA 1IZIA 3OADA 4Y3AA 3LZVA 2QI4A 2FNSA 5OZBA 3SA3A 2ANLA 5P28A 4ACXA 5P5DA 4NPTA 3FNUA 5P80A 3KA2A 1DW6C 3CKRA 2QI6A 1BV7A 4X2LA 4ZSRA 4I0FA 1OEWA 3SABA 3RTMA 4COEA 3OUDA 5AHBA 3PMYA 5OZEA 4KE1A 1MIQA 3OWNA 2QHZA 4Y9WA 2Q63A 4DJXA 1TW7A 2G1OA 5P0KA 1SH9A 1D4IA 1BVGA 3OQAA 4EQJA 3RVIA 2XYFA 3EKYA 4CPQA 2NXMA 1B6PA 3GI0A 5P40A 4OBZA 4K4QA 2F81A 2PSVA 3VYEA 4K4PA 4YCKA 2WF2A 2P3BA 2HPFA 2HIZA 4Y3GA 5P7CA 5P88A 1B5FB 1RPIA 1XE5A 1B6KA 5P2WA 3T6IA 3KN0A 4GZFA 4YOAA 3LPJA 1XL5A 4I0GA 3PSGA 3KMYA 5OYRA 4ER1E 1SBGA 1FF0C 3SA8A 4Y5CA 4GYEA 5OYYA 5KOSA 1D4YA 2IGYA 5P7AA 5OZ5A 4RCFA 4I0JA 3SA6A 5I70A 5P7ZA 1YX9A 3UDHA 5P3OA 5HD0A 5P76A 2IL2A 5P8JA 2ZJMA 2VKMA 4AA9A 2R3TA 5IVSA 4OC6B 2WEDA 3OXWA 5P4SA 4OBFA 1W50A 4WTUA 2QZKA 5P82A 2ER6E 4A4QA 5OZUA 3LPIA 3WB5A 2VIZA 2G94A 3QRVA 4QGIA 4YD7A 2AZBA 5P1AA 1FMUA 1BDQA 5KOQA 5P6NA 1EC0A 4EQ0A 5P4ZA 5P3MA 4Y5LA 1DAZC 5P53A 3QIHA 2PSGA 3ZKMA 3ZKQA 1OD1A 7UPJA 1GNNA 3LPKA 1FFIC 1G2KA 3T7QA 4H3IA 2ZDZA 2H6SA 2VJ6A 5P2HA 2WL0A 5P8HA 3BGBA 1LF3A 1NPAA 5OZ9A 5P84A 2AZ8A 3GI6A 6UPJA 2I4VA 5OZXA 4LXMA 4I1CA 3TH9A 2RMPA 5OZKA 5OZNA 4DQBA 2PQZA 1G0VA 3LIXA 1W5VA 5P1OA 4I8WA 1E80E 5P83A 3UDKA 1MT9A 3Q70A 1HPVA 5P0EA 3FIVA 4Y4EA 3EKWA 3N4LA 5OZIA 5P3IA 5P2OA 1MT8A 1EBWA 2JE4A 3QBHA 2A1EA 1HVIA 3ZPTA 5P7WA 2G1YA 5OZFA 2FIVA 3IXOA 2V10C 3URJA 4WY1A 2FDEA 5B18A 3TPRA 5P4BA 4NPUA 5P5AA 5P4HA 3SA7A 2G20A 5P81A 2B7FA 2WF4A 5P4MA 4JPCA 3TKWA 5P56A 2OHNA 5P5XA 5KAOA 5P4IA 1A94A 3IGBA 2FGUA 1G35A 3FX5A 5DGWA 4DQFA 3VSWA 4ZE6A 2G26A 5P3WA 3SA5A 3NWXA 4KE0A 3QN8A 1FQ5A 3BUHA 5P3CA 1HHPA 2QD7A 2V12C 1EPOE 1APTE 4PHVA 1ZSRA 3ZKGA 1SDVA 4Y39A 1KJ7A 1FQ7A 1VIJA 2OAHA 4JPEA 3VLBA 1YTIA 5ISJA 5P54A 1LYBB 5ER2E 5P87A 5HU1A 1RNEA 2F8GA 4FSEA 4RYGA 4FIVA 3VYFA 2V11C 5P12A 3D91A 2ER0E 3PB5A 3UPJA 1UH9A 4FS4A 5P17A 1BAIA 5P1MA 5OZAA 4GJDA 1HVSA 3NUOA 4YA8A 5P3JA 5P5JA 1HVHA 2I4DA 2PWRA 3G72A 4YDGA 3GGUA 4LAPA 1APVE 5P6DA 3UDQA 2BPZA 1RL8A 2NR6A 3NXEA 5HDZA 4PEPA 2XFJA 3BGCA 4Y3XA 5P3GA 3U6AA 5HCOA 5SY3A 3LHGA 1KJGA 5P04A 2WEBA 4QJ7A 3S2OA 4Q5MA 4J0ZA 5P3PA 3OUAA 1EPME 2OHSA 3UHLA 4DH6A 3OHFA 4L6BA 1MPPA 5P3DA 5DQ5A 5COOA 5KR2A 5P4JA 1SP5A 3LITA 1HVCA 4I0HA 2WJOA 3L38A 2OHUA 1QDMA 3NU5A 5P7BA 4YOBA 1A9MA 4Y3DA 1BXQA 1UH8A 5P3QA 3HLOA 5P4PA 4MC9A 3VLAA 3A2OA 5P1EA 3BHEA 5OYSA 3UQWA 4EXGA 2O4PA 5P0IA 3MSKA 5BWYA 4OBJA 1Z1RA 5P2GA 1B11A 5OZPA 2H6TA 3OGPA 2PH6A 2O40A 2XYEA 1ZPKA 5P0UA 2G1RA 5P1HA 3EM6A 5P6SA 2G1NA 5P5RA 2BPWA 2QHCA 1HVLA 5P3UA 4HVPA 1UH7A 4DPIA 2ZHRA 3SO9A 5P0JA 4Y3YA 3B7VA 1MTRA 5P59A 1IZDA 5OZMA 1FB7A 4XXSA 2V13A 3EKVA 1QBRA 4J0TA 3DJKA 3PGIA 1TQFA 4D89A 5P4WA 5HE4A 1EC3A 1EPLE 3PM4A 5P0GA 4Q1XA 2AZCA 1CZIE 1HOSA 3EL5A 3VFAA 2ER7E 5P1XA 2WF0A 2BPXA 5CONA 2AQUA 5C9DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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