2P3AA

Crystal structure of the multi-drug resistant mutant subtype b hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMALPGKWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEIGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3aA00
1GVWA 1MRXA 3LHGA 4DJVA 1EBYA 1QDMA 3AIDA 5P6LA 2A4FA 5P66A 3S43A 3GI0A 2Q63A 4CPRA 5P3OA 3UHLA 2CEMA 2AOFA 1GNMA 1YM2A 5P6WA 4DH6A 2I4WA 5HD0A 5IE1A 4EHCA 3FV3A 4HDBA 5P12A 3QS1A 1KJ4A 5P0BA 3PBDA 5E5JA 4D8CA 4YE3A 1BIMA 5HU0A 5P3FA 5P8UA 3OOTA 2V16C 3VFBA 5P6JA 1MT8A 5P30A 1B6JA 5P0NA 5DR0A 5P1FA 1LYBA 3KFPA 2WF3A 3TOHA 1IZIA 1C6ZA 1E81E 6APRE 4WY6A 3UFNA 1PPME 1QBTA 4Y3MA 5P76A 4ER4E 1RQ9A 1W5WA 2ZYEA 1MSNA 1MVPA 1N49A 3LIYA 2IGYA 4Y9WA 3JVWA 4FCOA 3DJKA 3TL9A 3OQFA 1SMEA 2R9BA 2F81A 3VV7A 5P52A 3F9QA 5P2BA 2V00A 3PMUA 1D4JA 3ZPSA 1WKRA 5P0XA 4B78A 2QK5A 4Q1XA 4U8WA 3ZPTA 1YTIA 4EWOA 3FX5A 4K9HA 1B6KA 4QJAA 1ODYA 3PVKA 4BFBA 3PWMA 1AIDA 1EBKC 2IDWA 5P4MA 2ZHSA 2ER0E 5I3WA 1NPWA 3OY4A 1QBSA 3EMYA 5P46A 2ANLA 1EC0A 4QJ2A 4J0YA 5P7CA 4J0TA 2BBBA 4DQFA 5OZ5A 5P3QA 1SH9A 5P5XA 4JPCA 5P64A 5OZLA 5P71A 2IKUA 1AVFA 5P2TA 2AVOA 2PWRA 5DR8A 5OZKA 3OGQA 4Y5NA 3S7MA 4PZXA 3ER5E 3UQUA 1PSNA 2AOGA 3K1WA 5P41A 1T6GA 5P56A 5DR3A 1NPAA 5OZPA 4HVPA 1FQ5A 3OADA 4JECA 5P86A 4B0QA 3CKRA 3OU4A 3OK9A 5P3ZA 2NMZA 4FRKA 1EPLE 3WZ8A 4HZTA 3MXEA 5P06A 2AZ8A 5P3MA 5KR1A 3PMYA 3BUGA 5HE4A 1KJHA 5P38A 2WEZA 2XYEA 1GVUA 2NPHA 2QCIA 4I0DA 4PYVA 5ENMA 4CPWA 5P4YA 4H3JA 1EC2A 4XKXA 3UQPA 5P1XA 1GVVA 5P03A 1HSGA 2G69A 4JOOA 4I0HA 1K6TA 1EPOE 4EXGA 1EBZA 1MRWA 5P4IA 3R4BA 5P3AA 4I0EA 5P6DA 5P8OA 5P1SA 3I7EA 3S45A 3UDYA 5HVPA 4I0JA 3U7SA 1DMPA 2RKGA 3K5CA 4OBFA 4R93A 5P19A 4CPQA 5HCTA 3S53A 6FIVA 3K5GA 3ZKGA 3K4VA 5P02A 3G72A 4DQEA 3L5EA 2I4DA 4Y5PA 5P5CA 3R0YA 5P8GA 2R3TA 1ZSFA 5OZQA 4JP9A 2Q3KA 5P82A 3O9FA 4CPUA 4OBZB 4YHQA 5IVTA 4Y41A 4GJ8A 4Y4TA 5P2RA 3ZKNA 2PK6A 3MWSA 3EM6A 1B6MA 1UH8A 5P25A 5ER2E 5P2YA 1TSUA 1GKTA 3OUCA 5P31A 2AQUA 1SGUA 4WY1A 1BXQA 3KYRA 1PSOE 1A8KA 1HVCA 5P4TA 1MERA 5P3GA 2V11C 5P8JA 5SZ9A 1PSAA 4CPSA 2QZWA 5OZUA 3LZSA 5IS4A 3NU9A 5P1GA 2HS2A 3KDCA 5P2WA 5P1OA 3EL9A 5P2MA 2G26A 1K1TA 4Y3EA 3L5FA 5P32A 1BDRA 4ZSRA 1D4LA 3L59A 5COPA 2R8NA 2QI4A 2HIZA 4NPUA 3PWRA 1XN2A 4RZ1A 3NWXA 4DQHA 1T7KA 1D4YA 3RSXA 1MT9A 3ZKSA 3VF7A 4Y3AA 1HVIA 4Y3NA 2FNTA 5COOA 5P8LA 2EWYA 2FMBA 3KMXA 4EQJA 3VCMA 5P4LA 4GJ9A 5OZ1A 3QVCA 3LITA 3DV1A 1LYAA 5P0KA 4B1DA 2ZJMA 3GI5A 5P8IA 3FKTA 1LEEA 1BWBA 2F3FA 4YDFA 2WEAA 3INHA 5P1IA 3IN3A 4XXSA 3TTPA 5P54A 1LYWB 2HS1A 3O9DA 2P4JA 1TQFA 4RYGA 3TOGA 3D1ZA 5OZZA 3SA4A 5DR7A 5P43A 6UPJA 3ECGA 5COKA 1D4HA 3NU3A 1FMBA 1LF2A 3UFLA 3D1XA 5P0FA 3T7QA 2OHSA 3KA2A 5OZ7A 3LPIA 1IIQA 1B6PA 4K4RA 4AUCA 5P84A 4H1EA 3KM4A 2I0AA 5HDXA 4GJAA 3IXOA 1Z1RA 5P1HA 3LZYA 3D3TA 5P0IA 4LAPA 3OU3A 4B00A 4NJTA 5P0DA 4Y36A 5AHCA 5P4FA 4Q1WA 5OZWA 5P1WA 1ME6A 4IVSA 4I8WA 3OU1A 2WF4A 2G1YA 1BDLA 5C9FA 5OZ9A 4OD9A 3IN4A 5DGWA 3QROA 5P4GA 4MC9A 3LIVA 2VS2A 4TVGA 5P2LA 5P20A 3UDKA 1AAQA 5P7XA 3KFNA 3EKPA 4LC7A 5HTZA 3NDWA 3B80A 2AZBA 4HDFA 4LXKA 4Y5LA 2ER9E 5DR4A 3ZKMA 1M43A 4LL3A 4Y50A 1SIPA 5P73A 5JFUA 3SA7A 3PCWA 3OHHA 3CIDA 5P2KA 2VNNA 4FE6A 3K5DA 5P5VA 1E5OE 5F00A 5P0MA 1XL5A 3RSVA 5IVRA 5P1CA 2VKMA 3CICA 1HTEA 3GI4A 4TRYA 2PC0A 2Q5KA 2XYFA 4YDGA 3BXSA 2VIYA 3WB4A 5P8PA 3NYGA 5P45A 2QMGA 3OUAA 3EKVA 5OZXA 1ZAPA 4Y6MA 5P5AA 3HW1A 4Y3TA 4DJPA 2CEJA 2B8VA 5P8VA 1TW7A 1SDVA 3HAUA 1SMRA 2ER6E 5P5KA 2O4NA 1W5YA 5P17A 4J0VA 1HPOA 1W50A 2JE4A 2O4PA 2JXRA 2VNMA 3MSLA 5DGUA 4R8YA 4I1CA 4L6BA 5P1MA 1QBUA 1SP5A 2B8LA 3GI6A 3OUDB 5P18A 3OQDA 2VJ9A 4K8SA 3NXNA 1IVQA 5C9BA 5P7JA 1FG8C 2G1RA 2XFIA 4AA8A 1YTJA 4DJQA 3KFRA 2R5QA 1SDTA 5OZAA 2V13A 3GW5A 1EC1A 2FDPA 2NTRA 4DPFA 5P7FA 3PB5A 4DUSA 5P5FA 4ER1E 1XDHA 4YOBA 3PLDA 2H6TA 4Y45A 4NJUA 2PQZA 3R2FA 4GJDA 5P44A 4F74A 5EZZA 4AMTA 2RMPA 5HU1A 2J9JA 4DFGA 1IVPA 1FB7A 1HVRA 4ZSQA 4DQGA 4YCYA 3OAGA 1BXOA 5KR2A 2HC0A 5OYWA 5P6XA 2R43A 1LS5A 5OZBA 1DP5A 4B1CA 4FRIA 3ZL7A 2UY0A 3QAAA 4DJRA 3QP0A 5P81A 3IA9A 2ZHRA 3CKTA 3PHVA 4H3GA 1IBQA 5HDUA 3TH9A 3DM6A 2WKZA 1DAZC 1LF4A 5P5OA 4L7GA 7HVPA 2P3BB 2FIVA 4ACUA 3NDUA 2NXLA 3G70A 3OGPA 5P47A 1AJVA 5P5MA 2BPWA 1PFZA 4LP9A 5P0UA 1ZTZA 5OZ0A 2G1SA 3SFCA 5P7GA 4Q1NA 5P62A 5P63A 2BPVA 5P3NA 5P5ZA 4Y35A 5P7VA 4D85A 2AOIA 4HLAA 4XX4A 3KT2A 4J1CA 1FQ4A 1A94A 2G24A 2J9KA 3DCKA 4J55A 5P40A 2AVVA 2Q55A 1BV7A 4DQBA 5OZIA 3UCBA 5OZRA 3BGBA 4J1EA 2JJIA 4RYCA 4J1HA 1YG9A 3IAWA 4APRE 1W6IA 2ZHUA 5P5SA 5HDZA 3NLSA 2IGXA 1VIKA 4FM8A 3PI5A 5DQ2A 2IQGA 4BEKA 3L5CA 2VJ6A 5KOSA 4CMSA 4Y4BA 2FXEA 4ER2E 1HVJA 1W6HA 2R5PA 4HDPA 1T7JA 3S2OA 5P7HA 2OAHA 4Y54A 5P0WA 3UQXA 1MPPA 3G6ZA 5P8CA 3SO9A 3VSWA 2PMAA 5IVSA 5P2HA 5DQ5A 4Q1YA 3SM1A 5P33A 3VFAA 5P0ZA 4Y3DA 5P09A 1APWE 2OF0A 1G6LA 1HPXA 1QS8A 4QJ8A 5P5NA 2Z4OA 3C9XA 4Y3FA 2NXDA 2QZXA 5P79A 5P7ZA 4Y47A 5P6FA 2P3AA 1EPPE 5P4BA 4YBIA 4KE0A 4I8ZA 5P49A 4DJUA 5P5RA 5P4OA 3L3AA 5CLMA 4J17A 5P4AA 3O9EA 3ZOVA 3TKGA 2P8HA 4YD4A 2I4UA 3PLLA 4GJ5A 1GVTA 3LIQA 4Y5MA 3TPRA 3R0WA 4Y5KA 5OZYA 3KFSA 5P7UA 4YBFA 1PROA 5P85A 2WEDA 3TNEA 3S8IA 5KQFA 3O9LB 5P3EA 4A6BA 5P35A 4J0PA 5P6HA 4L1AB 1MTRA 1ZJ7A 1FGCC 1K6CA 5P34A 3HDKA 2QD7A 1K1UA 5P2AA 4Y4DA 5P4PA 1APTE 3BUFA 5P50A 1HOSA 1K2CA 2WF2A 1RV7A 1HTRB 5P55A 3TPPA 3BUHA 1XE5A 2B42A 2XFKA 5KQXA 5P0LA 3VSXA 5P7KA 4J5JA 5P3HA 5I3XA 4QJ7A 1MESA 4DJWA 5P2VA 3VYDA 2NMYA 2QI1A 1META 3WZ7A 5P8KA 1SIVA 4FLGA 2APRA 2QHZA 5P68A 5P16A 4FL8A 5P04A 5P6GA 4XX3A 4YCKA 5C9DA 5P4SA 4FS4A 4Y4UA 4RVIA 7UPJA 5KQYA 1ODWA 4QLHA 4L7HA 4YD5A 4ZEAA 1A9MA 5P0VA 1T6EX 3OTSA 4ZPEA 5P77A 3TLHA 4HEGA 3LZVA 5P4RA 2V12C 5P74A 4I11A 5P7LA 2ER7E 5OYQA 5P7TA 2ZJIA 2Z54A 5P8TA 4D88A 4PZWA 4NJSA 1WBKA 4BELA 5IVQA 3T7XA 3OXXA 5P10A 2AODA 1BV9A 1BILA 5P6UA 2HB4A 5P2DA 1LV1A 1KJGA 2WF1A 4Z22A 5P0RA 2WHHA 1GNNA 3OQKA 4RRSA 5P1EA 5SXNA 1HVLA 3QRVA 2O4SA 1IZHA 3QRMA 2QMFA 1Z1HA 4RROA 3L38A 5OZVA 3SKGA 5OZ4A 5P1BA 3A2OA 1BBSA 1K2BA 2BPZA 3RTNA 2QZKA 5P13A 3SA9A 1MSMA 1QRPE 3BVAA 2FDEA 5P3CA 2XFJA 3NU4A 4EP3A 5OZDA 2BKSA 3D1YA 2PSUA 5F01A 4L7JA 3I25A 3NU5A 4ZPFA 5P2OA 2QU3A 2QU2A 4OBJA 1FFFC 5P1ZA 3N4LA 3SA3A 3GGAA 4EP2A 3EM4A 5P15A 5P3LA 2QHCA 3RTHA 3OXCA 3INDA 5P70A 1ZLFA 2WEBA 4NPTA 5P2FA 2F8GA 3ER3E 3PSYA 3LIZA 5P6TA 2G94A 4N00A 1W5XA 4LXAA 4MC2A 2OHKA 5P6KA 5P6MA 1LYWA 3ZKIA 3DOXA 4B05A 5P7MA 2R38A 2QNPA 2HM1A 3DV5A 2O4KA 5KOQA 3QBFA 4B70A 3BXRA 4LBTA 3BC4A 5P11A 2VIEA 5ISJA 3UPJA 4ZLSA 1APUE 3NU6A 5P0OA 5SY3A 2H6SA 5P1VA 5P24A 2OHUA 4PHVA 5P2XA 2PYNA 4J1KA 4OC6B 3OUBA 3QBHA 2BKTA 3PGIA 5P0AA 5DQ4A 4KB9A 1BWAA 3BRAA 5APRE 1DW6C 2Q15A 4Y3JA 5P2GA 4CKUA 4RVXA 1KZKA 4B72A 5E5KA 4X2LA 1BAIA 4APEA 5P1AA 4X7IA 4WTUA 4HA5A 2PSGA 5P5PA 3PCZA 5OYZA 5P23A 3TPJA 2BJUA 5P1TA 4Y39A 5P27A 5OZGA 5P8SA 1HVSA 2UXZA 3IVIA 3VEUA 5P4WA 1HVHA 3LNKA 4F73A 5BS4A 1FQXA 4EJ8A 2AVSA 5OYXA 4F75A 4Y3XA 1C6XA 4LHHA 3PBZA 1ZP8A 5P0YA 4ZIPA 2BQVA 5OYTA 3DK1A 4TRZA 2IENA 4OBHA 4JPEA 5P8AA 2OHNA 1EPNE 3OQAA 5P8NA 3Q6YA 3KDDA 3EL1A 3PI0A 4DJOA 1RL8A 3ZKQA 5P5HA 5P6PA 3EC0A 4YCTA 5FIVA 4Y4ZA 3UF3A 2ZHVA 1CZIE 4DPIA 3O99A 1OD1A 3EKYA 5P6AA 5P58A 5OZMA 1BVGA 1GNOA 5AGZA 5P3JA 3UDQA 3SA6A 2HAHA 1FFIC 3SA8A 5P1UA 1HIVA 4FAEA 2G20A 3CMSA 3R1GB 4I10A 3EKTA 2OHRA 1FMXA 4RCEA 1AJXA 4I0FA 2QD8A 5P28A 1HSHA 3VF5A 3PWWA 5P0HA 5P6RA 3SKFA 2HPEA 5P3RA 3OUDA 1A8GA 2AZCA 4PEPA 2QMDA 4Y3GA 4I0GA 4Y3RA 3QI1A 1TSQA 4YD3A 3S56A 4H3IA 2O40A 1G35A 4ZSMA 1HXWA 1Z8CA 5P4QA 5BWYA 2AOCA 1UH7A 3Q70A 3M9FA 2WECA 5AH7A 5DQCA 1ODXA 5SY2A 5P6NA 3MSJA 3NR6A 2AVQA 4FRSA 5P69A 3KF0A 4E43A 3KT5A 1ZPKA 5P2CA 1HEGE 4HE9A 5OYSA 5P2QA 1MT7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GVW A;  1MRX A;  3LHG A;  4DJV A;  1EBY A;  1QDM A;  3AID A;  5P6L A;  2A4F A;  5P66 A;  3S43 A;  3GI0 A;  2Q63 A;  4CPR A;  5P3O A;  3UHL A;  2CEM A;  2AOF A;  1GNM A;  1YM2 A;  5P6W A;  4DH6 A;  2I4W A;  5HD0 A;  5IE1 A;  4EHC A;  3FV3 A;  4HDB A;  5P12 A;  3QS1 A;  1KJ4 A;  5P0B A;  3PBD A;  5E5J A;  4D8C A;  4YE3 A;  1BIM A;  5HU0 A;  5P3F A;  5P8U A;  3OOT A;  2V16 C;  3VFB A;  5P6J A;  1MT8 A;  5P30 A;  1B6J A;  5P0N A;  5DR0 A;  5P1F A;  1LYB A;  3KFP A;  2WF3 A;  3TOH A;  1IZI A;  1C6Z A;  1E81 E;  6APR E;  4WY6 A;  3UFN A;  1PPM E;  1QBT A;  4Y3M A;  5P76 A;  4ER4 E;  1RQ9 A;  1W5W A;  2ZYE A;  1MSN A;  1MVP A;  1N49 A;  3LIY A;  2IGY A;  4Y9W A;  3JVW A;  4FCO A;  3DJK A;  3TL9 A;  3OQF A;  1SME A;  2R9B A;  2F81 A;  3VV7 A;  5P52 A;  3F9Q A;  5P2B A;  2V00 A;  3PMU A;  1D4J A;  3ZPS A;  1WKR A;  5P0X A;  4B78 A;  2QK5 A;  4Q1X A;  4U8W A;  3ZPT A;  1YTI A;  4EWO A;  3FX5 A;  4K9H A;  1B6K A;  4QJA A;  1ODY A;  3PVK A;  4BFB A;  3PWM A;  1AID A;  1EBK C;  2IDW A;  5P4M A;  2ZHS A; 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 3ZKM A;  1M43 A;  4LL3 A;  4Y50 A;  1SIP A;  5P73 A;  5JFU A;  3SA7 A;  3PCW A;  3OHH A;  3CID A;  5P2K A;  2VNN A;  4FE6 A;  3K5D A;  5P5V A;  1E5O E;  5F00 A;  5P0M A;  1XL5 A;  3RSV A;  5IVR A;  5P1C A;  2VKM A;  3CIC A;  1HTE A;  3GI4 A;  4TRY A;  2PC0 A;  2Q5K A;  2XYF A;  4YDG A;  3BXS A;  2VIY A;  3WB4 A;  5P8P A;  3NYG A;  5P45 A;  2QMG A;  3OUA A;  3EKV A;  5OZX A;  1ZAP A;  4Y6M A;  5P5A A;  3HW1 A;  4Y3T A;  4DJP A;  2CEJ A;  2B8V A;  5P8V A;  1TW7 A;  1SDV A;  3HAU A;  1SMR A;  2ER6 E;  5P5K A;  2O4N A;  1W5Y A;  5P17 A;  4J0V A;  1HPO A;  1W50 A;  2JE4 A;  2O4P A;  2JXR A;  2VNM A;  3MSL A;  5DGU A;  4R8Y A;  4I1C A;  4L6B A;  5P1M A;  1QBU A;  1SP5 A;  2B8L A;  3GI6 A;  3OUD B;  5P18 A;  3OQD A;  2VJ9 A;  4K8S A;  3NXN A;  1IVQ A;  5C9B A;  5P7J A;  1FG8 C;  2G1R A;  2XFI A;  4AA8 A;  1YTJ A;  4DJQ A;  3KFR A;  2R5Q A;  1SDT A;  5OZA A;  2V13 A;  3GW5 A;  1EC1 A;  2FDP A;  2NTR A;  4DPF A;  5P7F A;  3PB5 A;  4DUS A;  5P5F A;  4ER1 E;  1XDH A;  4YOB A;  3PLD A;  2H6T A;  4Y45 A; 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 1VIK A;  4FM8 A;  3PI5 A;  5DQ2 A;  2IQG A;  4BEK A;  3L5C A;  2VJ6 A;  5KOS A;  4CMS A;  4Y4B A;  2FXE A;  4ER2 E;  1HVJ A;  1W6H A;  2R5P A;  4HDP A;  1T7J A;  3S2O A;  5P7H A;  2OAH A;  4Y54 A;  5P0W A;  3UQX A;  1MPP A;  3G6Z A;  5P8C A;  3SO9 A;  3VSW A;  2PMA A;  5IVS A;  5P2H A;  5DQ5 A;  4Q1Y A;  3SM1 A;  5P33 A;  3VFA A;  5P0Z A;  4Y3D A;  5P09 A;  1APW E;  2OF0 A;  1G6L A;  1HPX A;  1QS8 A;  4QJ8 A;  5P5N A;  2Z4O A;  3C9X A;  4Y3F A;  2NXD A;  2QZX A;  5P79 A;  5P7Z A;  4Y47 A;  5P6F A;  2P3A A;  1EPP E;  5P4B A;  4YBI A;  4KE0 A;  4I8Z A;  5P49 A;  4DJU A;  5P5R A;  5P4O A;  3L3A A;  5CLM A;  4J17 A;  5P4A A;  3O9E A;  3ZOV A;  3TKG A;  2P8H A;  4YD4 A;  2I4U A;  3PLL A;  4GJ5 A;  1GVT A;  3LIQ A;  4Y5M A;  3TPR A;  3R0W A;  4Y5K A;  5OZY A;  3KFS A;  5P7U A;  4YBF A;  1PRO A;  5P85 A;  2WED A;  3TNE A;  3S8I A;  5KQF A;  3O9L B;  5P3E A;  4A6B A;  5P35 A;  4J0P A;  5P6H A;  4L1A B;  1MTR A;  1ZJ7 A;  1FGC C;  1K6C A;  5P34 A;  3HDK A;  2QD7 A;  1K1U A;  5P2A A;  4Y4D A;  5P4P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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