2P3CA

Crystal structure of the subtype f wild type hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKVGGQLKEALLDTGADDTVLEDIALPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYENVSLEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3cA00
4DJRA 4Y44A 1B11A 2G27A 5KOSA 4L6BA 4NKKA 3EKWA 2QAKA 3TOGA 5OYSA 5P5ZA 1K2BA 1GNOA 4D83A 1IZDA 1PSAA 4Y5GA 5P03A 5OYRA 2BPWA 5P81A 4AA9A 1ZPAA 1W51A 1HPSA 4CPWA 4D88A 5DGUA 3OU4B 3A2OA 1LS5A 4Y5LA 1HSIA 4FGXA 1LF2A 5P77A 4I12A 4GYEA 5P0HA 5P64A 3ZKQA 3KFRA 3VEUA 1XN3A 3ZKIA 5P5QA 3HVPA 5P7BA 4B00A 1BDLA 1F7AA 3HW1A 4ZSMA 4YDFA 1GNNA 4Y35A 2FXEA 2Q64A 4KE1A 2F80A 4PYVA 4CMSA 5P07A 4XX3A 4CPTA 4EPJA 3S8IA 1HHPA 2APRA 2I1AA 5P6RA 1A94A 5P4WA 2VA5A 4GJAA 2IRZA 2PWCA 1NH0A 1D4JA 1MVPA 4FIVA 5P1YA 2RSPA 4PZWA 1DMPA 3NU4A 1MRWA 5P1IA 5P0EA 2IKUA 5P1NA 3OADA 5P19A 4Y4ZA 5HU0A 1A9MA 2RENA 3KT2A 1BIMA 5I3WA 3GI4A 5COKA 1FMUA 2UY0A 2CEMA 5P69A 1BDRA 4FRIA 1K2CA 5P2EA 2Q54A 5P2YA 5DPZA 3EL9A 1IZHA 1FEJC 2QD7A 1HVHA 5P01A 4J54A 2FDPA 3VYEA 5P3YA 2VIZA 5P59A 5OZUA 5P17A 3Q5HA 4DJVA 1DW6C 2ZJIA 5P7OA 3JW2A 3L3AA 4DI2A 3RVIA 3T7QA 1EBKC 4Y6MA 4MC1A 3TOFA 1GVXA 2ZJNA 3LZSA 1IZIA 5OYVA 5OZIA 2G1NA 4TRZA 5P3QA 4Y4GA 5P4PA 3KDBA 3U7SA 4DQCA 4NJUA 4J0VA 4U7VA 4LXAA 2BPVA 4DQFA 3PVKA 1AIDA 4H3FA 5P4VA 5P4UA 4B1EA 2OHLA 4X2LA 5HVPA 1PPLE 5P4NA 5P6WA 5OZKA 1FQ8A 2FNTA 3OHFA 3VYFA 1YTJA 3IA9A 2AOEA 3BGCA 3O9HA 4OBGA 1AM5A 5OZ7A 3DV1A 3IVHA 2IL2A 5P3ZA 5HU1A 5CONA 1BWBA 5P02A 2FXDA 1B5FB 5P7VA 4Z22A 5P7PA 2G26A 4Y3MA 5P3WA 3UDHA 1DP5A 2PSGA 1G2KA 4Y4BA 5P8IA 4YD5A 1XDHA 2RKGA 3EMYA 5P1WA 5P5DA 6FIVA 5OZHA 3NU9A 5OZNA 5OYWA 5P5NA 4LAPA 3TH9A 3T7PA 4HLAA 5KQZA 5P6MA 5P5FA 5P8FA 1ZSFA 2P4JA 4YBIA 3OAGA 3PJ6A 5OZ8A 5P56A 1XL5A 3GI0A 4GJDA 5P0UA 1OEXA 1LEEA 1RQ9A 3S7MA 1TZSA 5P72A 3SA5A 4YCYA 4Y50A 3WZ6A 4HDPA 1HVRA 3BRAA 5P6UA 5P53A 5P4DA 3L5EA 2F8GA 4Q5MA 2H6SA 8HVPA 5P7MA 5C9DA 3CYWA 1EC3A 2PK6A 3HAUA 3UCBA 5P4BA 3SA6A 3EM4A 1IIQA 3UDRA 2VNMA 3K1WA 5HDUA 4EP3A 1TCWA 1XS7D 5P6GA 5P37A 2ZE1A 5P0GA 5P6VA 4QJ7A 3EL1A 4FS4A 5OZZA 2AVQA 4RRNA 5AH8A 5P6HA 2J9JB 3ZLQA 3INHA 1NPVA 1BDQA 4DJUA 3H0BA 2Q63A 4LHHA 1J71A 3VF5A 3QRVA 1UPJA 5P04A 4WTUA 5P2AA 5P78A 4Y3NA 4B1DA 5DR8A 2HB4A 4I0ZA 4B1CA 5P7QA 2R3TA 5P32A 5ENMA 3PB5A 3OU4A 3TL9A 3NR6A 5P12A 3KF0A 5ENKA 1M4HA 3RU1A 2HB3A 3RTNA 3DOXA 5P8TA 1BXQA 3CIDA 1FGCC 3UQWA 5P13A 2Q3KA 4J0ZA 4FSEA 4K8SA 3UQXA 3SA3A 4BEKA 4I0EA 3IGBA 5P3IA 1ZTZA 2ZHSA 3DUYA 3OY4A 5P8PA 2JJIA 3FNTA 5AH7A 5P8HA 5P3SA 1N49A 5P5UA 3MSJA 2WHHA 5P1OA 5P3HA 4Y45A 2R8NA 4CPQA 3CKTA 1M43A 1YTGA 2I4WA 5P1VA 3T6IA 3OUBA 3QROA 4XXSA 4B72A 2F3KA 4QJ9A 3K4VC 1TQFA 3SACA 4J0TA 3KN0A 3EKVA 1LYWA 3NDTA 4F74A 5HE4A 3S53A 3Q3TA 3AUPA 3BXSA 2ZHTA 2NPHA 2IDWA 3TNEA 4Y5PA 5P1LA 1HIHA 3OADB 3O99A 4HE9A 4ZPGA 3RSVA 5P1DA 3UDKA 1B6LA 5P4LA 5P5GA 4Y53A 4MC2A 1FIVA 3PWRA 4DUSA 5P80A 4H3IA 6UPJA 5P0PA 1HXBA 3R0YA 2IENA 3SLZA 3WB5A 3D1ZA 1G0VA 3QBHA 5P5OA 4Y5CA 1FB7A 2PSVA 1EC1A 5P7UA 5E5KA 5P5HA 2AIDA 3SM1A 5KR8A 5P7EA 5P51A 1HVLA 4JECA 5P0LA 2XFKA 4J17A 4NJSA 1ZJ7A 3OQAA 5P8SA 3IXKA 3BC4A 5OZLA 2WF3A 1T7KA 2QZLA 2FDDA 5P42A 2QI6A 5P6EA 3VYDA 4R93A 4EJ8A 4GMIA 1APTE 5P5AA 5P54A 4Y9WA 1WBMA 2AOFA 4H1EA 5OZWA 5P4IA 3WZ8A 1XN2A 4GJ6A 3R2FA 1T7IA 4HDFA 2ZYEA 4J1FA 5P2VA 5P6BA 3LIQA 5P2HA 5P33A 2QI7A 4KUPA 2CENA 3BUGA 2I0AA 2QK5A 1APUE 4DJPA 2O4NA 3GGVA 5P7DA 3SA9A 1EBWA 1D4YA 1EC2A 4DQGA 4Y56A 3N4LA 4GJCA 5P1JA 5OZTA 5P88A 2BQVA 1BXOA 4Y57A 1HTGA 3INDA 2FGUA 3OUAA 1YG9A 4U8WA 2VNNA 5P4FA 2G22A 5P87A 5P60A 1XL2A 4Y4UA 4ZSQA 5JG1A 5OZQA 5P7TA 2Q15A 5P79A 5HTZA 4R95A 5P3TA 4FM8A 5P6NA 3K5FA 3U71A 1EPPE 4Y3ZA 5P28A 3EBZA 1A8KA 4Y3XA 5P49A 5P5MA 3INFA 2IEOA 5P40A 5P1KA 5P71A 3U6AA 4D85A 5P7HA 4JPEA 4Q1WA 3UQRA 4FRJA 3DM6A 5DR0A 4GJ8A 3LINA 5P3GA 1B6MA 1D4KA 5OZ2A 5IVTA 5J25A 5P8DA 5P4OA 4Y3LA 1HVIA 1XE6A 1ODWA 5APRE 5P7WA 4ZEAA 2BB9A 5P84A 3LNKA 5HDVA 3ZKNA 4EYRA 3IN3A 3OXWA 1T7JA 3UFLA 4I1CA 4RRSA 9HVPA 5HDZA 1ZBGA 3KYRA 2OHUA 3EKYA 1HVJA 1MESA 3RTMA 2WJOA 3DV5A 3PSGA 3PBDA 5P52A 4R92A 5P7SA 3IXOA 4Y48A 2QI5A 4EQJA 3RTHA 4NPUA 5P6CA 3LIVA 5I70A 4OC6A 5E5JA 4ACUA 2QI0A 3B7VA 2AOIA 5OZVA 5P38A 5P6SA 1BV9A 3PSYA 1FQXA 2IGXA 5P0XA 3UDNA 1BBSA 5IE1A 5P14A 5OZ1A 3OOTA 3NWXA 5P4XA 2NR6A 3ECGA 1C70A 1SDVA 3NLSA 3OXCA 3NU6A 3SFCA 4Y5AA 2WL0A 2PH8A 3LZYA 3OQDA 5P7ZA 3UHLA 1G35A 1CMSA 2HS1A 3HBOA 4L7GA 1UH9A 1UH7A 5B18A 5P1UA 2AZCA 3I2LA 4J1KA 5T4SA 2V0ZC 4L7JA 5P06A 4TRWA 4OBJA 4OBFA 1XE5A 5BWYA 2G1SA 5OZ9A 5P7RA 2ANLA 5P76A 4Y3RA 4EQ0A 3NUOA 3L5BA 2HPEA 2QNNA 4LC7A 1T6GA 1KJ4A 1LYWB 1FF0C 3O9BA 4EJKA 1KJ7A 3QP0A 1IDAA 1ZLFA 2OHRA 3DCRA 5P00A 7UPJA 5P26A 7HVPA 1QBRA 2ER7E 3TOHA 4KE0A 2AOJA 3APPA 3HDKA 3SA7A 5P7AA 3B80A 1QBSA 3GI5A 5P5PA 2BKSA 5P3BA 3FNUA 5OZOA 4A6BA 1MRXA 2EWYA 1FQ5A 1SH9A 5SXNA 4Y3HA 1FKNA 4YOBA 1MEUA 2OHQA 3QVIA 4A6CA 3MXDA 4Y3SA 2I4XA 4BFBA 3GW5A 3RSXA 1BILA 4LL3A 3CKRA 5FIVA 3DCKA 1F34A 4OBHA 5P2CA 4Q1YA 4YD4A 5DQ2A 2G94A 3T11A 2G1RA 2P3CA 4I0JA 1YTIA 2QI1A 3ZKMA 5P41A 5P7JA 5P24A 4RCFA 5P5CA 5P8OA 4I8ZA 4FE6A 4ER2E 2G1OA 3OXXA 1TSUA 3APRE 5P3DA 5P67A 3UQUA 2QI3A 3PLLA 2V00A 3KM4A 4YD7A 5P0BA 1FQ4A 3PHVA 2QNPA 5P8RA 4Z2ZA 5JFUA 4YD3A 5AH6A 3VV7A 5F00A 1DIFA 5P3FA 2HS2A 4EJDA 4LBTA 4I0IA 4ER1E 1Z1HA 2WEZA 4Q1XA 5TOLA 3PMYA 1T6EX 4PPHA 5P1QA 3SQFA 2G1YA 1SBGA 4I8WA 5KQXA 1W6HA 5P35A 3K4VA 1KZKA 3OQKA 4RROA 2WF2A 3ZKGA 1HSHA 1LV1A 2WEDA 3F9QA 4JPCA 3S56A 1YX9A 5OYUA 1K6VA 5OYTA 1IBQA 5P4ZA 2ZJJA 1W5WA 2Q5KA 5P5TA 4U7QA 3GGXA 5P09A 5OZGA 3LHGA 2OHPA 2VKMA 3OUDA 5P4CA 1NPAA 4OBKA 3K5CA 5HCTA 5P7KA 3R0WA 5P5RA 2R9BA 3PI5A 4YDGA 1HTEA 4WY6A 1EPME 1QBUA 4Y5BA 1EPLE 2R43A 2R5QA 3QVCA 3SO9A 1EEDP 4NPTA 3QAAA 5P61A 4PZXA 1K1TA 2AODA 1G6LA 3NDUA 5P6OA 1ZAPA 1B6PA 3LPIA 2AQUA 5P0OA 1ODXA 1SMEA 2R38A 3NDXA 3URJA 4HVPA 3NXNA 3UTLA 2NNKA 4QGIA 2SAMA 5AH9A 1Z8CA 4TVHA 5P7NA 2AZ9A 1TW7A 4F73A 5OZJA 1EBZA 2QNQA 1ZP8A 4EHCA 5P3CA 1LYBA 4Y4DA 3D91A 3SPKA 1SDTA 1HVCA 3D1XA 4HDBA 4L7HA 4Y37A 5ER2E 5P0NA 1ER8E 4Y5NA 2PK5A 2QHYA 5OYZA 3ER5E 2VJ6A 1FMBA 2WF0A 4OC6B 3L5CA 1PPKE 5P34A 5P75A 4GJ9A 4CKUA 5P1PA 2NMYA 5P7CA 3MSLA 4CPXA 4Y5EA 5P2TA 5P0FA 1CPIA 3BGBA 2WF1A 5P6IA 3UDQA 1SIVA 3VF7A 1U8GA 2NTRA 5P4HA 1HXWA 4JOOA 2ZHUA 5P8CA 3TPRA 3T3CA 1EC0A 3I6OA 4Y4WA 4R8YA 3NWQA 1QS8A 3QIHA 5P8BA 5P0TA 1C6YA 4S1GA 1IVPA 3O9DA 4Y5KA 2P3BB 3QRSA 5P2DA 3PMUA 2QCIA 4K4PA 2I0DA 2AOCA 2HC0A 4YD6A 3VV8A 3EKPA 2ER0E 4Y4XA 1MTRA 2P3DA 5P2ZA 3D3TA 5P47A 5PEPA 4RZ1A 3PBZA 4ACXA 1LYAA 5OZCA 1D4SA 5P1XA 2AVOA 5P58A 5P6DA 2AZ8A 1RV7A 5P8NA 5OZFA 4LXMA 3L58A 1NPWA 1KJGA 3CYXA 5P45A 1CZIE 4FCOA 5EZZA 2QU3A 5P8GA 1SP5A 5P43A 4AMTA 4APRE 4D8CA 3M9FA 2OHSA 5P1TA 3NU3A 3FSMA 3LIXA 5P70A 5CLMA 3NYGA 2AVSA 3PCWA 2VS2A 2XYEA 3O9IA 4DJXA 2FMBA 5P39A 1HTRB 5P3OA 1YM2A 1E81E 1YM4A 5P4JA 3SAAA 3Q4BA 1MPPA 3EKXA 3I25A 1A8GA 2PMAA 1QDMA 4RCDA 5P50A 2Q55A 3FIVA 4DPFA 5P0WA 5P7GA 4NJTA 3ZKSA 3OU1A 5P44A 3BUFA 5P4KA 3LZUA 4YOAA 1HVSA 3EKQA 1QRPE 5P2SA 1AJXA 3CIBA 5OZ6A 5P46A 4RLDA 4GJ5A 3UFNA 4OD9A 4FM6A 3WSJA 4Y4TA 3VLAA 1FQ7A 4ZPEA 2PYNA 5P2KA 1HPVA 1EAGA 4Y41A 1AVFA 4LXKA 2R5PA 4AZYA 3BHEA 2QU2A 4Y39A 1META 4IVSA 3VFBA 2QMGA 2HAHA 3SKGA 1YTHA 4YCKA 5P3JA 2Z4OA 3BVBA 1LF3A 5P30A 5P2XA 3INEA 1BAIA 2F81A 5OZ5A 1AAQA 3QPJA 1MT9A 3BXRA 5P6KA 4EP2A 4Y4AA 4RCEA 2R3WA 4M8YA 5DR4A 4ZLSA 4ZSPA 5P5IA 5P6TA 3N3IA 2O40A 3ZL7A 3ZPTA 2AVVA 1K6PA 2F3EA 5P3XA 1D4HA 3PM4A 4IVTA 3IXJA 3IAWA 5P74A 5P0YA 3OUDB 2G69A 4DFGA 3URIA 5P1BA 3WZ7A 5P6YA 3GI6A 2P83A 3CICA 3HAWA 5P10A 1K6CA 2VJ9A 3S7LA 5P1ZA 4N00A 5DQ4A 2P8HA 4JP9A 3SA4A 1GVWA 4Y3FA 3MSKA 3EL4A 1HIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJR A;  4Y44 A;  1B11 A;  2G27 A;  5KOS A;  4L6B A;  4NKK A;  3EKW A;  2QAK A;  3TOG A;  5OYS A;  5P5Z A;  1K2B A;  1GNO A;  4D83 A;  1IZD A;  1PSA A;  4Y5G A;  5P03 A;  5OYR A;  2BPW A;  5P81 A;  4AA9 A;  1ZPA A;  1W51 A;  1HPS A;  4CPW A;  4D88 A;  5DGU A;  3OU4 B;  3A2O A;  1LS5 A;  4Y5L A;  1HSI A;  4FGX A;  1LF2 A;  5P77 A;  4I12 A;  4GYE A;  5P0H A;  5P64 A;  3ZKQ A;  3KFR A;  3VEU A;  1XN3 A;  3ZKI A;  5P5Q A;  3HVP A;  5P7B A;  4B00 A;  1BDL A;  1F7A A;  3HW1 A;  4ZSM A;  4YDF A;  1GNN A;  4Y35 A;  2FXE A;  2Q64 A;  4KE1 A;  2F80 A;  4PYV A;  4CMS A;  5P07 A;  4XX3 A;  4CPT A;  4EPJ A;  3S8I A;  1HHP A;  2APR A;  2I1A A;  5P6R A;  1A94 A;  5P4W A;  2VA5 A;  4GJA A;  2IRZ A;  2PWC A;  1NH0 A;  1D4J A;  1MVP A;  4FIV A;  5P1Y A;  2RSP A;  4PZW A;  1DMP A;  3NU4 A;  1MRW A;  5P1I A;  5P0E A;  2IKU A;  5P1N A;  3OAD A;  5P19 A;  4Y4Z A;  5HU0 A;  1A9M A;  2REN A;  3KT2 A;  1BIM A;  5I3W A;  3GI4 A;  5COK A;  1FMU A;  2UY0 A;  2CEM A;  5P69 A;  1BDR A;  4FRI A;  1K2C A;  5P2E A;  2Q54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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