2P3DA

Crystal structure of the multi-drug resistant mutant subtype f hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPIVTIKVEGQLREALLDTGADDTVLEDINLSGKWKPKIIGGIRGFVKVKQYEDILIEICGHRAVGAVLVGPTPANIIGRNMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol protein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3dA00
4U7VA 5OZ2A 3UFNA 4X2LA 4YBFA 5KR0A 3CMSA 5SZ9A 5IE1A 3L5FA 5DQ4A 3NU4A 4Y3PA 4CP7A 3L5CA 4Y4TA 2QMGA 5P34A 3OUDA 5P0UA 1XN3A 3B80A 5P50A 5B18A 2ZE1A 5P61A 3MSLA 2QHCA 2P83A 3LINA 1SIVA 2ZHRA 3TPPA 4H3JA 3L5DA 3O9IA 4HZTA 2P4JA 3K5FA 2NNPA 4OBHA 1SBGA 2VA7A 3OQFA 5P7OA 2XYFA 1A8GA 3PEPA 3DV1A 4HA5A 4LHHA 5HDZA 3NU5A 3PWMA 1NH0A 2CENA 1Q9PA 1YM4A 4Y4WA 5AH9A 5P6YA 3OQAA 1ME6A 4M8YA 5P6GA 1G2KA 2P3BB 5P58A 5P5ZA 3GI6A 5P5GA 3NUOA 4Y3WA 5P79A 5P60A 5P8RA 3IXJA 5P8JA 2FGVA 4Y3XA 3RSVA 4FIVA 2ER7E 3PSUA 3FNSA 1B6MA 1PSOE 4DFGA 1SIPA 5P23A 1BVEA 4OD9A 4DJOA 2P3CA 4I0HA 3BUHA 2PWCA 1MIQA 2ZYEA 4EQJA 4RRNA 3OHFA 5AHBA 5P5KA 4IVSA 4OBZB 4ER2E 1EBYA 4Y4GA 5P6BA 3OU4B 4YD4A 3BVBA 5P7JA 2JJIA 5P0RA 4EP3A 4A6CA 2UPJA 4Y50A 2Z54A 1HBVA 2IQGA 3H5BA 4GIDA 5P1BA 5OZVA 1RPIA 5P36A 4MC9A 1AVFA 2A1EA 2H6TA 5P7AA 5P6XA 3UQWA 1IZIA 3HAUA 1F7AA 2G27A 2QZWA 4OBFA 1ZJ7A 1SH9A 3GI0A 5P4KA 5P37A 5P17A 5SY3A 2HPFA 1ER8E 3KFSA 1FEJC 4I0JA 1AIDA 5P4ZA 5P5BA 2AVSA 2WF1A 2G1YA 5P0NA 5P6QA 5OZ3A 1MPPA 4RROA 4Y3SA 2P8HA 2VJ6A 4Q5MA 5P5OA 2QI6A 4ZIPA 1GVWA 3URLA 5P1CA 1D4YA 2B42A 1LYAB 2RKFA 4Y44A 4B00A 4DV9A 4RLDA 5P0ZA 3GGVA 3TL9A 4GMIA 4K8SA 1FMBA 1SP5A 5AH7A 1BXQA 5ER1E 4L7GA 5P1NA 5P3PA 1W5YA 3R2FA 1E82E 1YTJA 4KUPA 2VJ7A 2I4DA 1G0VA 2CEJA 4QJ9A 4N00A 3IXKA 3KYRA 5P3CA 2JJJA 4L1AB 3TKWA 5P6MA 5P4MA 3OQDA 2ASIA 3EM3A 3NU3A 3LIQA 4U7QA 2VJ9A 5E5KA 4Y51A 4XX3A 4NKKA 5KQFA 2BPWA 4DJXA 3SAAA 5P3MA 2F81A 3NWQA 2O4KA 2AOHA 5P3OA 4NPUA 4HDPA 1QRPE 1B6JA 3O9DA 5KR8A 1W5XA 3BC4A 1LYWA 2PSGA 1EC0A 2WF3A 5P4UA 1M43A 3FV3A 4XKXA 2Q15A 2XFIA 3FX5A 1HPOA 3SFCA 4B05A 1W51A 4Y3ZA 3TPRA 4Z4XA 1YT9A 4Y38A 4Y3TA 4X7IA 4NJSA 2FNSA 3S56A 5P2CA 5P4QA 1HOSA 4OC6B 1NPVA 4J55A 4IVTA 2UXZA 1ODXA 5P0VA 1UH9A 5P2RA 2OHQA 1OHRA 3R4BA 4GJ8A 5P3QA 2QAKA 5P28A 2QZXA 3NXEA 5P7TA 3N4LA 5P4TA 3OXXA 3S54A 4DQGA 2AZBA 4LXAA 3TOHA 3QRVA 3SQFA 1W5VA 2PMAA 1D4HA 2HB3A 5AHCA 3CYWA 5P22A 3PWRA 5P5MA 5OYZA 3D1XA 4APRE 4FAEA 2WEZA 1FFIC 5I70A 3UDQA 1B5FB 1PSNA 1D4KA 4YDFA 5FIVA 5TOLA 3HD8A 1IVQA 1HTGA 4RCDA 1T7IA 4JPEA 2P3DA 5OZFA 4TVHA 6UPJA 3S45A 1DP5A 4DJWA 4DVFA 4NPTA 5P2WA 5P1PA 2ZJJA 5P7HA 3KT2A 1EPME 2BKSA 5P68A 2V13A 5P8MA 1E5OE 4PHVA 2FLEA 3ER3E 5P0WA 3IGBA 4DPIA 4Y3FA 3QVCA 4WY1A 2PWRA 1RL8A 4GJAA 4Y57A 3BRAA 1DW6C 5P11A 1MSMA 1CZIE 1HVCA 2IKOA 1EBWA 1GVXA 1EPQE 4EJ8A 5P7KA 5E5JA 2Q5KA 2BPYA 5P06A 1HVHA 3VYFA 5P4AA 4GJBA 2ZHVA 4RCFA 5HE5A 3DUYA 5P04A 5IVQA 3CKPA 3VG1A 4B1DA 5P8GA 4DUSA 5COOA 3SO9A 3PI0A 1KJ4A 4DJYA 3GI5A 4PEPA 5P7WA 3BUGA 5P0HA 3EL5A 4Y3JA 3NYGA 2BPXA 3PMYA 5P35A 5CONA 4BFBA 5P5UA 4ZEAA 1WBKA 5ENMA 3LPKA 2AODA 1FQ8A 2I0DA 5P0IA 2OHUA 5P1QA 2NPHA 3L5BA 4K4QA 1EPOE 5P08A 4LXMA 4Y4AA 4YD5A 5I3YA 2F80A 4MC2A 5P0AA 2OHPA 4Y3DA 3RTNA 2Q55A 5P75A 1YTIA 5P7LA 2IKUA 3D1YA 1B6LA 1BV9A 3IXOA 1MT9A 2WF2A 5P7EA 2NMYA 4Y36A 5P71A 1LYBB 5P0KA 1C70A 5P3WA 5P80A 4YCKA 3OAGA 3UPJA 1BAIA 1QS8A 3S2OA 1QBTA 3IVIA 1ZPKA 5P7ZA 2VIJA 3HDKA 1MEUA 5P0XA 2J9JB 5I3WA 2ER0E 5P4HA 1J71A 1AM5A 5P7QA 5P7PA 3WB4A 5OZ1A 5P6JA 2HAHA 3R0YA 3INEA 3KT5A 4KE1A 5P0YA 4I0IA 5C9BA 5P51A 2QI0A 2WJOA 4QJ8A 5OZXA 2QI3A 3L58A 4AZYA 4Y5MA 3SLZA 5P2IA 1RV7A 4K4RA 5P69A 3EKTA 5OZHA 2QMFA 5P1RA 3UFLA 1EBKC 3KM4A 3WB5A 3DV5A 1K1UA 4Y4UA 3OU1A 4RRSA 3DCRA 2WEBA 1LS5A 3TLHA 1VIKA 5F01A 4Y53A 5DQCA 4TRZA 5OZEA 4AA9A 4EHCA 2QU3A 5P03A 4F74A 1FGCC 5P5QA 5P64A 1FKNA 3B7VA 4J17A 5P67A 1KJFA 4AUCA 3GGAA 5P24A 4GJ5A 4TRYA 5P0JA 3Q3TA 5EZXA 3LITA 3JVWA 3I7EA 5P3JA 5P1TA 4A4QA 1SGUA 5P7NA 4Y5BA 2AQUA 1APWE 2P3BA 4FM7A 3BUFA 5P0CA 5P2XA 1IZEA 1LZQA 5OZ0A 2IDWA 5P72A 4DQHA 3OXWA 3T3CA 1XL5A 4YCYA 4LL3A 4I0FA 5P41A 2B7FA 3WSJA 1BV7A 2Q3KA 5P1AA 1XE5A 1YG9A 2HB2A 1DMPA 1OEXA 5P6LA 3KMYA 3T7PA 3WZ8A 2FXDA 4Y5NA 5OZLA 5P4GA 3SKFA 5P3XA 4HLAA 2QNNA 4OBZA 4J0PA 1HVIA 3OU4A 3OQ7A 1G6LA 3O9FA 1TCXA 3IVHA 3T7XA 1SMRA 1K2CA 5OZRA 3AIDA 3O9GA 1NPWA 1AAQA 1G35A 5P6TA 1MTBA 3APPA 2QMDA 1K6VA 4Y54A 5P30A 5HU0A 5P2LA 3CKRA 4D83A 5OZIA 5P8IA 3QPJA 2ZJNA 4YA8A 5P6CA 1IBQA 1HXWA 1Z1HA 1MSNA 5P13A 3UQPA 3EBZA 5OZOA 5P59A 1EC1A 3LIYA 2G21A 3PJ6A 2JXRA 4Y56A 5P66A 5P4PA 3O9LB 4EP2A 1M0BA 5HDVA 5P5RA 5OZWA 5P6PA 1HSGA 3INHA 4J0YA 4NJTA 4D88A 2IGYA 4D85A 5P14A 3N3IA 2OHMA 1LYAA 4FLGA 1FG6C 3OUBA 5P05A 1D4IA 4FGXA 5P6DA 5P7SA 1NSOA 2WF4A 5SXNA 1PPME 2AVOA 4F73A 5OZSA 1MRXA 5OZMA 4Y6MA 3ZKIA 1META 4R5NA 5P2UA 1IVPA 2OHTA 4FM6A 4DH6A 3SKGA 4EJDA 5P15A 1TSUA 1ZP8A 4GZFA 5KR2A 3AUPA 4L1AA 2B60A 3SA6A 4S1GA 5OZDA 4FAFA 1HVJA 4H3IA 2QI5A 4XX4A 5P3ZA 3HAWA 4Y48A 2QMPA 3UDNA 5P2AA 5P8PA 5P42A 5P4NA 5P8TA 5P4LA 5P8KA 3KA2A 3OWNA 5P5JA 2PH6A 5P1IA 2I4WA 4DPFA 3OK9A 3NDWA 5P2JA 5PEPA 3A2OA 3QIHA 3VEUA 1BDQA 1XE6A 5P2MA 5P55A 2FNTA 3HW1A 3HZCA 4L6BA 5P7UA 3NUJA 1PFZA 4BFDA 1HTFA 2NXDA 5P6OA 5P54A 3O9CA 5DPZA 3L3AA 5P1ZA 5P09A 3PCZA 3IAWA 3MWSA 4Y47A 1DAZC 5P7BA 3VYDA 4YD6A 3HVPA 3R1GB 5DR1A 2ZJIA 1FF0C 4OC6A 5OZGA 5P3NA 5P0DA 1BXOA 4R95A 5P81A 3GI4A 4H1EA 4Z22A 4BEKA 3SA9A 3KFNA 3KFRA 1MT7A 5DR4A 3VSXA 1ZLFA 2QI7A 4ZSQA 5HTZA 3UQUA 3HBOA 5P1SA 2FDEA 3APRE 1ZSFA 4YD3A 5P5YA 5P8EA 3EL1A 2BBBA 3BGCA 2G94A 2H6SA 5P70A 3OUDB 4NJUA 1B5FA 3PSGA 1HHPA 5P3UA 4QJ6A 2BQVA 1HVSA 3KDCA 5P7VA 5OZQA 4QGIA 3VV8A 3SA8A 3OOZA 5P4BA 5OZ7A 4UPJA 2PC0A 3PBDA 5P7IA 5P6ZA 5P56A 4J1IA 3KDDA 4YOBA 3BXSA 4YBIA 5P4RA 5KOQA 2VIEA 5P4IA 2RKGA 5BWYA 5P1DA 3L59A 7UPJA 2Z4OA 1T3RA 4FSEA 4FL8A 5HVPA 4FE6A 3Q6YA 3Q5HA 3UDRA 3KMXA 3ZL7A 4JOOA 4Y5GA 1ODWA 3S43A 5P6IA 3QP0A 4WY6A 5P4DA 5P4EA 4JPCA 3ZKMA 3I25A 4ER1E 5P02A 1PSAA 5P5LA 1GNNA 4Y4JA 5OZAA 2F3FA 4OD9B 2BPZA 4EQ0A 2IL2A 4R91A 3I8WA 4Y3AA 5P82A 4RVJA 5P47A 5P8LA 1F34A 3SA4A 5JFUA 3OADB 5COPA 5P00A 4J0TA 2G69A 5P8AA 3RVIA 2FDDA 3FKTA 5P8UA 4GJDA 4OBKA 5P2NA 3KF0A 5P12A 2G22A 4OBGA 5P3IA 2WEDA 4J1CA 2RENA 2IRZA 3D3TA 3VCMA 2NMZA 5P2KA 2WF0A 4E43A 1IIQA 2RMPA 5DQ1A 4I0ZA 5P7FA 1LEEA 1EEDP 6APRE 4ZSRA 1TZSA 2BJUA 5HDUA 4Q1XA 3I6OA 5P07A 2NNKA 2ZJKA 3Q70A 4HEGA 3OUCA 5P8HA 1HEFE 1NPAA 1FB7A 5P48A 2QZKA 1C6YA 1LYBA 3PGIA 1XN2A 3OY4A 5P4CA 5AGZA 1XDHA 1MESA 2FMBA 1RNEA 2AOFA 3BXRA 1APTE 1PPKE 5P2EA 5P1YA 2J9JA 5P89A 4WTUA 4HDFA 5OZYA 2I4VA 1YTGA 4DJVA 4J0ZA 4Y3GA 5P6VA 3TPLA 3MXDA 1DIFA 2R3TA 2NR6A 3VFBA 2OHRA 5P5VA 3HVGA 3FSMA 4RGHA 3VFAA 4I10A 5OYWA 1T7JA 3CIBA 1K6CA 1HIIA 2QI1A 5P25A 4QJAA 4M8XA 4I12A 2OHNA 5P0SA 5P57A 1EPRE 5P0FA 2FS4A 2AZCA 4Y58A 4MC6A 2J9KA 3K5GA 4Y5KA 4Q1WA 1HWRA 3DJKA 5OZ5A 5P0LA 1K2BA 3RTMA 5P0OA 3ZLQA 4DJUA 3BHEA 5P85A 1BVGA 5P5FA 1T7KA 1MT8A 3O9EA 3QN8A 2ZGAA 5P8FA 1B6KA 4PYVA 5OZKA 5P6HA 2B7ZA 3F9QA 5IS4A 2G1OA 4RVIA 5AH6A 5P5CA 5P32A 1D4SA 3OOTA 5P6AA 5P38A 5I3VA 5P1LA 2AZ9A 5OZ6A 5T4SA 1FIVA 5BS4A 3OTSA 5P1WA 3UF3A 3QRMA 1W5WA 2ER9E 3T11A 5BRYA 2XFJA 2B8LA 2CEMA 2O40A 4J54A 2R5QA 2OF0A 2FXEA 5CLMA 3QS1A 5P2SA 5P65A 1HIVA 2WECA 3QRSA 4HDBA 1MRWA 5OZTA 4YDGA 3I2LA 2JE4A 5P7XA 1BDLA 3LIZA 3TPJA 2FGUA 5P10A 3UDHA 3ZPUA 1KJ7A 5P5AA 3U71A 1HTEA 4RVXA 4EJLA 5COKA 3INFA 3CKTA 1HSIA 4K9HA 3PVKA 4Y4XA 2QHYA 1XS7D 5P8SA 5P1MA 3LIVA 3PBZA 3SABA 5P29A 3ZOVA 2MIPA 4DQFA 2ZHTA 5OYSA 1BDRA 3S7MA 5ISKA 1SMEA 5HE4A 4ZPGA 1YTHA 4ZLSA 1ZSRA 2JYSA 5P2HA 3LNKA 4Y37A 5IVRA 2HS2A 3VYEA 5HDXA 5P3TA 4ZPFA 2NTRA 3G70A 3VV6A 4Y5EA 3ZPTA 4U8WA 2AOJA 5P0GA 4CPTA 3HLOA 5P6NA 3K4VC 1D4JA 1HIHA 3TKGA 1XL2A 4F76A 1KZKA 5P87A 5OZUA 3D20A 5P8DA 4AA8A 1FG8C 1HPXA 3ZMGA 1GVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4U7V A;  5OZ2 A;  3UFN A;  4X2L A;  4YBF A;  5KR0 A;  3CMS A;  5SZ9 A;  5IE1 A;  3L5F A;  5DQ4 A;  3NU4 A;  4Y3P A;  4CP7 A;  3L5C A;  4Y4T A;  2QMG A;  5P34 A;  3OUD A;  5P0U A;  1XN3 A;  3B80 A;  5P50 A;  5B18 A;  2ZE1 A;  5P61 A;  3MSL A;  2QHC A;  2P83 A;  3LIN A;  1SIV A;  2ZHR A;  3TPP A;  4H3J A;  3L5D A;  3O9I A;  4HZT A;  2P4J A;  3K5F A;  2NNP A;  4OBH A;  1SBG A;  2VA7 A;  3OQF A;  5P7O A;  2XYF A;  1A8G A;  3PEP A;  3DV1 A;  4HA5 A;  4LHH A;  5HDZ A;  3NU5 A;  3PWM A;  1NH0 A;  2CEN A;  1Q9P A;  1YM4 A;  4Y4W A;  5AH9 A;  5P6Y A;  3OQA A;  1ME6 A;  4M8Y A;  5P6G A;  1G2K A;  2P3B B;  5P58 A;  5P5Z A;  3GI6 A;  5P5G A;  3NUO A;  4Y3W A;  5P79 A;  5P60 A;  5P8R A;  3IXJ A;  5P8J A;  2FGV A;  4Y3X A;  3RSV A;  4FIV A;  2ER7 E;  3PSU A;  3FNS A;  1B6M A;  1PSO E;  4DFG A;  1SIP A;  5P23 A;  1BVE A;  4OD9 A;  4DJO A;  2P3C A;  4I0H A;  3BUH A;  2PWC A;  1MIQ A;  2ZYE A;  4EQJ A;  4RRN A;  3OHF A;  5AHB A;  5P5K A;  4IVS A;  4OBZ B;  4ER2 E;  1EBY A;  4Y4G A;  5P6B A;  3OU4 B;  4YD4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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