2PC0A

Apo wild-type hiv protease in the open conformation
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Conformational flexibility in the flap domains of ligand-free HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pc0A00
5B18A 4Y4UA 3NWQA 1LS5A 3PEPA 1YG9A 5P3LA 4YD6A 3JVWA 3EL9A 4EJDA 4XXSA 2BKTA 4RRSA 3FIVA 2ZYEA 1IZDA 5C9FA 4OD9B 3PCZA 3O9CA 5DQ5A 1LV1A 1M4HA 3S56A 1FLHA 5HCOA 5P31A 5P3CA 3ER3E 2I0DA 2AVQA 3LIXA 3FNUA 1ZSRA 5P4KA 5P3EA 3LIYA 2NMZA 4FRKA 3Q70A 1AVFA 4JPCA 4Y4ZA 5OZQA 4RYGA 4B0QA 2VA5A 5P74A 2ZE1A 3SA3A 1PPME 3KDDA 2VA6A 5P0UA 4EPJA 5P3FA 3S45A 2BKSA 5OZUA 2PC0A 2FNTA 1RNEA 1HVLA 2R3WA 3LPIA 5P4WA 5P6KA 4OBHA 1K6TA 1FMUA 1E5OE 5P36A 2I4DA 5OZDA 3DM6A 1HVCA 1PSNA 2WF0A 1EBZA 4Z2ZA 4AUCA 2AZCA 1MSNA 3OAGA 6APRE 3QBFA 2O4LA 3INDA 5P1UA 3CYWA 1FQ4A 3VLAA 4OBZA 4BFDA 4EP2A 1F34A 3SLZA 3PSUA 2ZHTA 5HE7A 5P4AA 3GGVA 4R8YA 2PWCA 3PHVA 3RSVA 5P5EA 5P3QA 3UDHA 5KOSA 2QI6A 4DJQA 4CP7A 4Y6MA 1PSOE 4NJTA 5UPJA 2QCIA 3FNTA 3K5FA 5JFUA 1TQFA 4J1FA 5P1EA 3INHA 4FSLA 1SDVA 3LZUA 5P1RA 4Y3TA 4OBDA 3D1YA 3PSGA 5P4XA 5P1TA 4GJBA 2P3BA 4CPQA 2RMPA 5P8MA 4BELA 4HVPA 5P3JA 4NKKA 5P2EA 3ZPUA 4CPWA 4OBKA 1NPAA 3OU1B 3UCBA 3RTNA 3BHEA 3PI5A 5P88A 3F9QA 5P1LA 6FIVA 2ZGAA 2ZHRA 3FNSA 1KJGA 1B11A 5P1KA 5OZPA 4J17A 5OZXA 3TPLA 1HHPA 5IVRA 2J9JA 1RV7A 3KN0A 5P78A 3KF0A 2G24A 4B1DA 5KOQA 3VSWA 5P3DA 3O9HA 2WF2A 1ZP8A 5P4GA 5OYYA 4YE3A 3T3CA 2FLEA 2G1YA 5P4UA 3OOZA 2QI7A 3BC4A 4DPIA 1LYAA 2PH6A 3UFLA 3SA5A 2QNPA 3T11A 3QIHA 5P0AA 5T4SA 3RSXA 5P43A 2OHUA 5P2UA 2NPHA 5OZWA 3BGCA 3GI0A 4DQEA 3HVPA 2BB9A 5P3VA 3NU4A 2OHRA 1QDMA 1MUIA 5AHCA 2ZJHA 3L5EA 5P8OA 2XFIA 4X2LA 5I3WA 4DJVA 3K5DA 5HE5A 1EPLE 2OHPA 2QHZA 1NPWA 3NR6A 1T7KA 5P80A 4A6CA 2AOGA 1LF2A 3LZSA 4ER2E 2ER7E 5P1DA 2CEJA 4GJ9A 1PSAA 5OZ5A 5P4EA 5P5NA 4Y4XA 5P1HA 5P6XA 4D83A 4QJ8A 3H0BA 3ECGA 3HW1A 5P8UA 4L6BA 3PSYA 5P05A 3S7MA 5P7AA 5P28A 4I10A 4Y3AA 5OZMA 3UDMA 4I0EA 1GVVA 1HVIA 4NJVA 3D1XA 4RCDA 3PMYA 2APRA 1XDHA 5DR0A 1IZHA 1LZQA 1NH0A 1WKRA 4KE0A 5P25A 4JP9A 1B5FB 5P72A 4Y43A 9HVPA 3R1GB 4FRIA 4HE9A 3EL5A 4ACUA 3I25A 3ZKMA 4Y44A 3ZKSA 4Y4DA 1PPKE 5P5PA 1SIPA 3BUFA 3D20A 4Y4JA 3DV1A 3QPJA 1YTHA 4F74A 1RL8A 4HDFA 4B00A 3KFPA 4H3IA 3G72A 3HAUA 1XS7D 2JJIA 1APUE 5P56A 2G1SA 3TTPA 3CKPA 5P7KA 2WEDA 2Q11A 3PVKA 5P0NA 5P4BA 4DJRA 3IXOA 4A4QA 4Y38A 2EWYA 4YD4A 5P0QA 4EP3A 1KJ7A 2FIVA 2P3AA 5KR8A 5P2VA 1IDBA 5BWYA 3QVCA 5P8KA 5P8CA 1HXBA 3OUBA 4I8WA 2G22A 5P0MA 1D4IA 4I11A 5E5KA 1HIIA 3IAWA 3ZPSA 5C9DA 5P8QA 5P7DA 1CMSA 4ZSRA 1G2KA 1XE6A 3OQKA 4Y5MA 5COPA 1MESA 1DW6C 3G6ZA 3NDWA 4DUSA 1ENTE 1ODWA 1KZKA 2AOIA 1B6MA 1FGCC 2PYMA 4F76A 1UH7A 3UDJA 1C6ZA 2NXMA 5P3RA 5KQZA 2I4QA 5P5QA 5P08A 2G94A 5P7WA 3AUPA 3G70A 5P4NA 3VG1A 4ACXA 4YOBA 4Y5GA 3SACA 5DPZA 3IGBA 4Y3QA 2I4WA 5P1WA 2HS1A 5DQ2A 3SM1A 5OZCA 5JG1A 3PB5A 4Y3LA 3L3AA 3SA6A 1FB7A 5OZLA 5HCTA 3NDTA 5P1XA 5P5TA 3OADB 3I7EA 5P4HA 2ZJJA 3SAAA 5P0XA 4HA5A 3QN8A 2UXZA 5P6ZA 5P0ZA 2AOHA 2J9KA 2QK5A 3EBZA 3IVHA 1SDTA 2AOEA 4I12A 1ME6A 2B7FA 5P0SA 5P39A 3UQRA 2HC0A 4DQBA 5OZ8A 3R4BA 1A9MA 3PBDA 3UHLA 3GGXA 3NUOA 3SKGA 3OGPA 3O9DA 3OUDB 1W6IA 5P1JA 1G0VA 5P3AA 2BPXA 2WKZA 4Y4EA 3HDKA 4CKUA 3BVAA 5P4MA 5P09A 2IQGA 2V13A 1HXWA 1HPSA 1HSHA 4ZSMA 4J0VA 5P70A 3L38A 3SA4A 4X7IA 5P7TA 2F81A 3VF7A 4YHQA 3K5CA 4EQJA 4Q1WA 2OHTA 1AJVA 4S1GA 5P62A 3OGQA 1CZIE 5P58A 4QJ9A 1K1UA 5P51A 2VJ7A 3EMYA 1IZIA 4DQCA 4YBIA 1LYBA 1EPQE 4PHVA 2V0ZC 3APRE 5P40A 2PK5A 4H3FA 1BVEA 2NNKA 5CLMA 5P8BA 3EKVA 1RPIA 3OXWA 4GJ6A 3VV7A 1A8KA 5P7BA 3KMYA 5TOLA 5DR7A 3QBHA 2QZXA 5P5KA 4FRJA 5P5ZA 3WZ7A 5P1IA 2FDDA 4R95A 1XL2A 4Y54A 2OHMA 5P6IA 5P1FA 3DJKA 4M8XA 1HPVA 3NDUA 4GIDA 5P10A 4GB2A 4ZPGA 5P79A 2IEOA 1XN2A 1MEUA 5P7UA 3S7LA 4KE1A 3UDPA 4IVTA 4Y58A 4DJYA 2AQUA 2ZHSA 5P6NA 5P64A 3K4VA 2G20A 3VF3A 5P7RA 4FM8A 2ER9E 1TSUA 5I3YA 3DUYA 1SIVA 5P7CA 3S43A 2ZJMA 4HLAA 1GNOA 3CKRA 3OXXA 2R9BA 5P1SA 1JLDA 5P52A 5P5BA 3HBOA 4B05A 3URIA 1PROA 5P6OA 2HB3A 5P59A 1KJHA 5KR2A 4NPTA 3VEUA 3KFNA 1MVPA 3ZKNA 3TOGA 4GMIA 3EM3A 1A94A 3S2OA 2AOJA 5P2WA 4AA8A 3VCMA 5P0GA 5P82A 1FIVA 1EPPE 3FKTA 4DFGA 4Y3WA 3LINA 1GNMA 1AXAA 4DJPA 1HTGA 3LZYA 5JFPA 5P1BA 1EPOE 5P8IA 1QBTA 3FV3A 5P12A 5P47A 5OZIA 5OYXA 5J25A 3OWNA 3NU6A 5P6FA 2PQZA 1UH8A 4H3JA 4QLHA 2QMPA 4J54A 3UQWA 4LHHA 5I3XA 5SY2A 2HPFA 4U7VA 1APWE 5P7MA 1IDAA 4PZWA 5P3PA 5P63A 2VJ9A 1YM2A 5KQXA 3O9AA 3IN4A 5P24A 5OZNA 5P8SA 3NWXA 3IN3A 5P2GA 4Y3RA 3I6OA 3UFNA 3UQXA 5IS4A 1HWRA 1NSOA 4RYCA 5P7SA 4Z50A 1WBKA 4OBFA 2A4FA 3C9XA 5P2QA 3LPKA 5P7PA 2XFJA 3O9LA 5P0IA 3IVIA 3CIDA 5P0CA 5P5DA 3NUJA 5E5JA 2P8HA 4EYRA 2QMDA 5P8RA 4DPFA 2V16C 3PWRA 2B8LA 1FQ6A 5OZBA 3OK9A 4ZSQA 2RENA 2ZJNA 4Z4XA 1CPIA 3NYGA 5P0PA 5P2FA 2QI4A 5P2KA 1RQ9A 1T7IA 4ZIPA 2QZLA 2WHHA 3NU9A 5P6QA 4RZ1A 3O9FA 5P0DA 5P76A 5BS4A 1DIFA 5OZRA 4D85A 2OAHA 3CYXA 2Z4OA 4RGHA 3R0YA 2BPWA 4J0ZA 4YD5A 1MERA 1HIHA 5P87A 4TRZA 2IS0A 1QRPE 4U7QA 2FXDA 5P38A 1GVWA 5P07A 2ZJIA 4TRYA 5OYZA 2BPZA 4NPUA 5P0FA 5P2TA 2F3FA 5P60A 2FNSA 3LHGA 4Y9WA 5P6AA 5P7EA 4J0YA 4Y5CA 1HVKA 1AZ5A 4H1EA 1GNNA 2H6TA 3KA2A 4Y41A 3S85A 1XL5A 5DQ4A 3O9IA 3GGUA 2R5PA 1KJ4A 5P3YA 4RRNA 3UTLA 1J71A 4KB9A 2AZ8A 3GI6A 4OC6A 1YM4A 4CPTA 4CMSA 2QAKA 3Q6YA 3IA9A 5F00A 2NXLA 3OTSA 5P1VA 5ISKA 1K6CA 3TKWA 1GKTA 5KQFA 2VIJA 2JE4A 1HRNA 4Y5PA 5P42A 1PPLE 2ANLA 5P75A 1D4SA 1APVE 4FL8A 5P2HA 4GJCA 1FQXA 2QI3A 2FGVA 1FFIC 5DR1A 4Y56A 3SA9A 1ODYA 5DGWA 1HPXA 4QJ2A 5P3MA 3QP0A 2F3KA 2O4SA 4AMTA 3DV5A 3EL1A 1G6LA 2ER6E 1BV9A 2IDWA 5P5GA 4NJSA 1BAIA 3INFA 1LYBB 4L7GA 2V00A 4B78A 3S54A 2HM1A 1BDLA 2BBBA 5JODA 1FQ5A 2HB2A 5KR0A 5OZFA 5P7XA 5P6PA 4R92A 5AH9A 4K4QA 5P4RA 3R2FA 4PZXA 5P7GA 4FE6A 4ZSPA 2PWRA 3I2LA 5P67A 5P4IA 4EXHA 5OZ6A 3I8WA 3VF5A 5P89A 3D3TA 1D4HA 4Y47A 1BXQA 2QHYA 3BRAA 4Y3DA 2OHQA 5P4VA 1B6KA 5P26A 5P0LA 5P6WA 3EKTA 4Y57A 4WY6A 4Y36A 3TNEA 1EPRE 5P3KA 2Q5KA 5P50A 2JJJA 1VIKA 5P8AA 5P0HA 3FX5A 1SMEA 5P6RA 2AZBA 3S43B 2FDPA 1LYWA 3SFCA 5P41A 4DJWA 4H3GA 1QBSA 1W5WA 2G1NA 5P5UA 5AH6A 5P5WA 2QU3A 1EEDP 4DQFA 3U71A 1IVPA 2Z54A 2AVMA 3URLA 5P2OA 4F73A 3APPA 5P4LA 4L1AB 4LXMA 3O99A 2HB4A 2IGYA 4XX3A 2PSUA 4I8ZA 5P3UA 4YCTA 2PYNA 5P65A 5P7LA 5OZ0A 5P8LA 4Y3NA 1ER8E 5ENKA 4Y39A 2CENA 1BXOA 1BIMA 2PSVA 1QS8A 2VNMA 5P4OA 5OZ2A 5P1CA 1E81E 5AHBA 5OZSA 1SMRA 5I3VA 5P1AA 5P7OA 3NU3A 5P83A 1ZPKA 5P2JA 1VIJA 1MIQA 1N49A 2VNNA 4GJAA 4OD9A 4R93A 3LIZA 2G26A 5P3BA 5P46A 1DP5A 4FAFA 5P0WA 3JVYA 2Q3KA 3KDBA 5P81A 1HEGE 4RLDA 4Q1YA 3OQ7A 3PBZA 1BDRA 1W50A 5P3XA 2AIDA 4J5JA 5P1NA 5OZGA 1C70A 3HLOA 3EKYA 5P7ZA 4GZFA 3HAWA 5P6GA 4Y35A 4AZYA 5P8VA 7UPJA 5P4SA 1MSMA 4QJ6A 4DQGA 3N3IA 4I0HA 4FRSA 5EZXA 4Y4GA 3VV8A 5SY3A 1BV7A 4QGIA 5P5HA 3QVIA 4J55A 5P53A 3UQUA 3DCKA 4ZE6A 5HDZA 5P6BA 1FEJC 5P8FA 1T6GA 3QAAA 5P3NA 3OQAA 5P0VA 4AA9A 5P3OA 2VJ6A 1MRWA 1IVQA 5OYQA 3VYDA 5OZ7A 3SM2A 5P02A 5P2DA 5P4ZA 5OZJA 4RVJA 4PEPA 1T7JA 5P1ZA 3NXNA 2B8VA 2QD7A 2IRZA 5P37A 4K8SA 2R5QA 4FLGA 4MC2A 4Y5LA 1K1TA 5P4DA 3U6AA 3Q3TA 4EHCA 4ZPEA 4Y4AA 1OEXA 5P2RA 3OAGB 5P49A 2BQVA 1YTJA 5P73A 3EM4A 2Q55A 4WTUA 4L7JA 2VIZA 4OBZB 5P7JA 1OEWA 5ER1E 5P3ZA 5P6DA 4YDGA 5P8GA 3S53A 1KJFA 1MT7A 1MTRA 1BWBA 4J1CA 4N00A 1HTEA 5P2LA 3QRMA 3CMSA 4E43A 5DGUA 1TCWA 5P1YA 1HSGA 1AAQA 5P5CA 4I0IA 5P32A 5IVTA 2O4PA 5OZEA 3ZKGA 4J1IA 3OU1A 5HU0A 2RSPA 1HIVA 5P04A 1IZEA 3ER5E 2B60A 3WB4A 2OHSA 2BPVA 2P3BB 1BWAA 4I0GA 2I0AA 3FSMA 3GI4A 5P61A 5APRE 5P5VA 3BXRA 4LXKA 3KYRA 1F7AA 5P33A 5AGZA 5AHAA 3TLHA 3UDQA 3RTHA 1LF3A 1HSIA 4LC7A 2B7ZA 2P3DA 2SAMA 5OYSA 2WEZA 4DVFA 2J9JB 3PLDA 2PSGA 5P2MA 5P4QA 1W6HA 4Q1NA 2UY0A 3OQFA 1ZAPA 4YD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B18 A;  4Y4U A;  3NWQ A;  1LS5 A;  3PEP A;  1YG9 A;  5P3L A;  4YD6 A;  3JVW A;  3EL9 A;  4EJD A;  4XXS A;  2BKT A;  4RRS A;  3FIV A;  2ZYE A;  1IZD A;  5C9F A;  4OD9 B;  3PCZ A;  3O9C A;  5DQ5 A;  1LV1 A;  1M4H A;  3S56 A;  1FLH A;  5HCO A;  5P31 A;  5P3C A;  3ER3 E;  2I0D A;  2AVQ A;  3LIX A;  3FNU A;  1ZSR A;  5P4K A;  5P3E A;  3LIY A;  2NMZ A;  4FRK A;  3Q70 A;  1AVF A;  4JPC A;  4Y4Z A;  5OZQ A;  4RYG A;  4B0Q A;  2VA5 A;  5P74 A;  2ZE1 A;  3SA3 A;  1PPM E;  3KDD A;  2VA6 A;  5P0U A;  4EPJ A;  5P3F A;  3S45 A;  2BKS A;  5OZU A;  2PC0 A;  2FNT A;  1RNE A;  1HVL A;  2R3W A;  3LPI A;  5P4W A;  5P6K A;  4OBH A;  1K6T A;  1FMU A;  1E5O E;  5P36 A;  2I4D A;  5OZD A;  3DM6 A;  1HVC A;  1PSN A;  2WF0 A;  1EBZ A;  4Z2Z A;  4AUC A;  2AZC A;  1MSN A;  3OAG A;  6APR E;  3QBF A;  2O4L A;  3IND A;  5P1U A;  3CYW A;  1FQ4 A;  3VLA A;  4OBZ A;  4BFD A;  4EP2 A;  1F34 A;  3SLZ A;  3PSU A;  2ZHT A;  5HE7 A;  5P4A A;  3GGV A;  4R8Y A;  2PWC A;  3PHV A;  3RSV A;  5P5E A;  5P3Q A;  3UDH A;  5KOS A;  2QI6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HTR B;  4GJ8 A;  3SKF A;  3L5C A;  4D88 A;  5P85 A;  3O9B A;  4B70 A;  1K6V A;  5KQY A;  1OHR A;  4OC6 B;  4DJO A;  2G27 A;  5I70 A;  4RCE A;  3PLL A;  4Y5E A;  5P8H A;  2AVO A;  1M43 A;  2HIZ A;  5P0J A;  1IBQ A;  1BBS A;  5P8P A;  5SZ9 A;  4J1H A;  5P2S A;  2Q54 A;  3PI0 A;  4YCY A;  1GVT A;  5P8N A;  5P7V A;  4D89 A;  2VA7 A;  4NJU A;  5DR4 A;  1D4K A;  4I0D A;  4B77 A;  1HBV A;  1QBU A;  1ZJ7 A;  5OZZ A;  3TPJ A;  2JXR A;  3VYE A;  4FSE A;  2HPE A;  4KUP A;  4GJ7 A;  2PMA A;  2OF0 A;  5P4Y A;  5HD0 A;  1DPJ A;  3AID A;  1BIL A;  2QHC A;  3KFS A;  3T7P A;  5P2B A;  4Y3J A;  3PCW A;  1FG6 C;  2QP8 A;  5OYV A;  1A8G A;  4R5N A;  3KM4 A;  5P27 A;  1DMP A;  4Y3X A;  2QMG A;  1FKN A;  1IIQ A;  2Q15 A;  2WF1 A;  4B1C A;  5P5F A;  3N4L A;  1M0B A;  3A2O A;  4CPR A;  2WEB A;  1ZBG A;  2BPY A;  1AM5 A;  1HPO A;  3UDR A;  2AZ9 A;  1MPP A;  4QJ7 A;  2IKO A;  5P0B A;  3K4V C;  4YDF A;  3EC0 A;  5HE4 A;  5P1G A;  1EAG A;  2QMF A;  4FS4 A;  5OZK A;  4ZPF A;  4COE A;  2RKF A;  3VFB A;  5P6U A;  4YCK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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