2PC0A

Apo wild-type hiv protease in the open conformation
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Conformational flexibility in the flap domains of ligand-free HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pc0A00
5SY2A 4J1CA 1DIFA 1EPME 3TPLA 3VF7A 2HIZA 2VIJA 2P4JA 3FV3A 2NNPA 1ER8E 5P64A 4L1AA 3EKWA 2IGXA 4A6BA 4OBGA 5I3XA 1Q9PA 3KDBA 1HSIA 5P6ZA 5P15A 1Z1HA 4ZSQA 5P38A 4H3IA 4F76A 4OC6A 2PSGA 5P8IA 5EZXA 1GNMA 1MTRA 4WY6A 2F8GA 3EKXA 1BV9A 4FGXA 1VIJA 4RGHA 3FNSA 3NXNA 4QGIA 2R3WA 2ZE1A 5P6IA 3S53A 5P44A 3OU1B 1APTE 1SGUA 5P4SA 1W5WA 3VCMA 3O9IA 5P5XA 3NDUA 1AIDA 4I0ZA 4PHVA 5P4PA 5P7GA 5P13A 5P2KA 5P88A 5P86A 4Y3HA 4OD9B 1M0BA 1XE6A 5PEPA 3WZ7A 2Q55A 4I0DA 5P2JA 4LXMA 2FNSA 2FMBA 2RSPA 4J0VA 1B6LA 5IE1A 5KQYA 3O9LB 1SDTA 4Q1NA 5P1JA 5I3VA 3OQDA 3PEPA 3I6OA 4LP9A 3HBOA 2IKOA 3EL4A 2QAKA 3K5FA 3IN3A 2WF1A 5AHBA 5P32A 3RVIA 3G6ZA 3DV5A 3SABA 3QPJA 2JXRA 4I11A 1AJVA 3LITA 3QBHA 4DQHA 3OUDB 1C6ZA 3S43A 1IVQA 2Q5KA 5P4OA 5P6NA 5P8RA 1CZIE 1EC1A 2P8HA 3UHLA 1A94A 4Y43A 4J54A 5DR0A 4ZSMA 2OHNA 5OZLA 3S56A 5P42A 1MERA 2QI7A 5P04A 4BEKA 1SGZA 2QI3A 5P7BA 3EKQA 5F00A 3EC0A 3BUHA 3KFPA 5P2EA 5KQXA 2P3CA 5P52A 3UQPA 2BPYA 2FDEA 1HVRA 2QHYA 4Y50A 3OXWA 1MUIA 2G26A 1NPAA 3ZKSA 4DJUA 5OZ2A 5OYRA 1HHPA 5P4GA 1BAIA 1KZKA 3NDTA 4Y53A 2ER0E 5P02A 3IVHA 1RQ9A 3O9BA 3VLAA 4Y4UA 5P33A 1IZIA 5OZ5A 5P27A 3KT2A 4D83A 4Y4AA 5P49A 7UPJA 3UQWA 4DQEA 2QU3A 3LPKA 5P17A 3BVBA 3Q3TA 2WEAA 1BDLA 2QZLA 2P83A 4Y5MA 3JVYA 5P45A 2R3TA 2WECA 4R92A 2O4PA 5P00A 4Y45A 5P4FA 3UDRA 5HVPA 5P2DA 3SA4A 4DQFA 1BXOA 4DJRA 5P01A 1F34A 5SZ9A 3VEUA 4Y58A 2OHKA 5P8GA 4ZLSA 3CYXA 2I0DA 5P09A 1MRXA 5P37A 1LF3A 3PMUA 1B5FB 2V16C 5P8TA 1KJ4A 5P5BA 4ZEAA 5P8UA 1AAQA 5P3JA 3QBFA 5OZNA 5P26A 1NH0A 3T7QA 3FNUA 4Y54A 3MSLA 1PFZA 4GJ8A 3CICA 2PQZA 2Z4OA 4PYVA 4RVJA 3NYGA 3D1YA 1B6PA 5P7EA 3LZSA 5P1ZA 4Y3DA 2AIDA 3OU3A 2G27A 3OU1A 2WF2A 4FLGA 5P1SA 4CP7A 2VJ6A 2RENA 3UQUA 3NLSA 5I3YA 5P05A 1BXQA 5P4MA 5I3WA 2HC0A 2AZ9A 3MXDA 4OBKA 4WY1A 1QBSA 5DR1A 5DQ5A 4OD9A 1BVGA 1HVHA 3LIZA 3PI5A 5P1MA 1GNNA 5P5LA 1W6IA 2V0ZC 4GJAA 5P3TA 5P8DA 3O9LA 4ZSRA 5P1WA 3O9FA 3QRVA 5P3YA 5OYZA 4FM8A 1GKTA 1RNEA 2QNNA 4KE0A 5P3OA 4A4QA 4Y4TA 1K6VA 5OYSA 5AH9A 5P5YA 4CPSA 3TPPA 1G2KA 2HS1A 1FLHA 5OZKA 2BQVA 2VIEA 4J1KA 4KE1A 5P1PA 1K2CA 4GB2A 4GJ7A 4I0FA 5P5JA 1CPIA 4Q5MA 2OHPA 2BPVA 4JPCA 2R38A 4YD7A 1KJFA 3LIYA 3S2OA 1RL8A 3OUBA 3KMXA 3APPA 1DW6C 5P47A 4L7JA 3VG1A 4F73A 1T6GA 4AUCA 1TCWA 2QNQA 4GJ6A 3EMYA 4RCDA 4J0YA 4N00A 1T7IA 4YD6A 1TCXA 3ZMGA 4GJCA 5P0WA 5P1YA 2PWCA 5OZIA 1WBMA 5OZRA 4DPFA 3TTPA 5P6HA 5P6FA 1YT9A 5P29A 2VS2A 5P5OA 5P8NA 5P69A 1EPNE 3OQFA 5P1TA 1DAZC 2F81A 3JW2A 3NWXA 5P4EA 5C9DA 5P54A 1IZHA 2OHLA 3WB5A 3DK1A 3NDXA 2G1YA 3PI0A 5P0LA 2I4QA 4GYEA 4JOOA 5P53A 5JFUA 5P66A 2R5QA 3EL0A 5HD0A 3D1ZA 3RU1A 1K6PA 1XDHA 2QMDA 1G35A 2AOHA 3K5CA 5P82A 2G1SA 2PH6A 5KR1A 1MT9A 1W6HA 1M43A 5P51A 2BPZA 5P0AA 5P50A 4HDBA 5P56A 1FQ5A 2O4SA 5DPZA 3OADA 5P6DA 2WKZA 2QCIA 1LS5A 3QVCA 4B72A 4NPTA 1QS8A 4Y3LA 5DR3A 5P4RA 5P7HA 5P85A 4H3FA 3UDYA 5P0BA 3EL1A 4K4PA 3DCKA 3MSKA 3HLOA 5P18A 1FFIC 4AA8A 4I0HA 1ZJ7A 5OYYA 1Z1RA 5P2RA 4Y3NA 2F3FA 4H1EA 5P5EA 4YCYA 4EHCA 5P76A 2NTRA 4RRNA 3OTYA 3HVPA 4K9HA 3NDWA 3DJKA 3SFCA 3SM2A 5P0MA 1OHRA 5P3MA 5P2MA 5OZPA 3KN0A 6APRE 4LAPA 1LF4A 4QJ2A 3H0BA 3LIXA 3HD8A 5P7FA 2ER7E 1YG9A 1QBTA 2WHHA 1FMBA 3LPJA 4ZPGA 3NSHA 5P1GA 4ER2E 4BFDA 4YHQA 5P3XA 1FFFC 5B18A 3PSGA 5P4ZA 2FXEA 1W5XA 1ZP8A 3INHA 5COKA 1D4LA 4I8WA 5P65A 3O9CA 1HEFE 2WF0A 4U8WA 1HPVA 1FG8C 5OZQA 4Y4BA 2WEZA 4FE6A 4EXHA 5P28A 5P4XA 2ER6E 1HXBA 4X2LA 5OZDA 3MXEA 5P3FA 1LYWB 3OK9A 5DGWA 5P4WA 4DJVA 4YD4A 4PPHA 5P23A 3S7LA 3HW1A 3URLA 4OBDA 5OZTA 5P74A 1HWRA 3EKTA 4ZSPA 5P4VA 4Y3QA 2QZXA 2G1NA 5P1OA 4Y4XA 4Y44A 5P3CA 3PCWA 2V10C 4RRSA 5P1VA 4EQJA 5P3DA 3D91A 4HA5A 2QNPA 5P0QA 1IDBA 1LV1A 5P0TA 3PLLA 4FRIA 4ZIPA 2WEDA 3FX5A 3QN8A 5P58A 1ODYA 1G6LA 4COEA 3KA2A 3INEA 3ZKIA 5OZEA 2Q3KA 2HAHA 4Y3GA 1XN2A 2F3EA 3DUYA 3APRE 4MC6A 3UDJA 4HLAA 4B1CA 5ER2E 5KQZA 2AOCA 1EPPE 2G94A 2JE4A 4Y3EA 1IIQA 3PWMA 5OZ9A 1YTGA 4TVHA 1DPJA 3SO9A 5P1UA 5P5IA 5ENKA 2HB2A 2QI6A 1HTRB 5P89A 3VF3A 1UH9A 4MC9A 4Y3AA 4DQGA 5P5ZA 5P7VA 3OOTA 2ZJHA 5P55A 5OZMA 5P67A 2IENA 3ZPSA 3G72A 2ZJKA 3SA3A 5P70A 1PSOE 4K4QA 2NMYA 4GJBA 4Y3JA 1LF2A 5HCTA 5P3GA 2IS0A 1SP5A 1W5VA 5P59A 4ZPEA 2B8LA 5KQFA 1D4IA 4Y5AA 5AH7A 5P0SA 1VIKA 2JYSA 3KF0A 4PZXA 2FDPA 2PYMA 4TRZA 5P6PA 2HS2A 5P71A 5AHCA 1MPPA 2P3BA 3ZKQA 5TOLA 5P5DA 3CKTA 4APRE 3VV7A 2I0AA 2PYNA 1A8KA 3LZVA 4HE9A 1FF0C 3OQKA 5P8FA 1EPRE 2O4KA 4Y37A 5P0HA 5OZZA 4YCKA 1GVUA 5P3BA 4Z50A 3NU5A 4J55A 1AVFA 5P4UA 5P6QA 4MC1A 5P4YA 2P3AA 4FS4A 5HDXA 1LYBB 2VA7A 4R91A 4EXGA 2FDDA 1FMXA 3L3AA 5P19A 3QIHA 2OHQA 4L7GA 2VIYA 5P0IA 5P6RA 3FKTA 3EL5A 1HVJA 3ZPTA 2ZHSA 5P4NA 2P3DA 1U8GA 2OHUA 3SACA 2H6SA 5P8BA 4FRKA 5AGZA 4Q1YA 5KR0A 5P2UA 2AVQA 6UPJA 3HAWA 3PJ6A 4YA8A 5E5KA 5HTZA 3A2OA 4PZWA 4BFBA 4Y3RA 5P2TA 1K6TA 2O4NA 3EKYA 4FSEA 4WTUA 2OF0A 5DGUA 4B05A 1K2BA 3URIA 3LNKA 2AQUA 2PMAA 3VV8A 1D4KA 2NR6A 2BPXA 3OGPA 4X7IA 5OZBA 5P0OA 2ANLA 2G24A 2AOEA 4CPUA 4J1HA 3R4BA 5P48A 5C9FA 4Y5BA 3OY4A 3C9XA 3NWQA 5P5VA 5OZ1A 5P5CA 4RROA 5OZ8A 3VYEA 4J1IA 5P3HA 3OUCA 2UXZA 5P84A 2J9JB 5P1RA 1SIPA 3PBDA 5P8CA 4FAEA 2O40A 4DJXA 3QRSA 5P8HA 5P0YA 4JPEA 2ZHTA 3H5BA 3Q4BA 4JP9A 5P72A 2PSVA 4Y35A 3RTNA 1FB7A 2I4UA 3UDPA 5P6CA 6FIVA 1K6CA 2WL0A 5P12A 2CEJA 3L5DA 5JFPA 1HRNA 2NNKA 5OYQA 1ENTE 5P87A 4RVXA 4S1GA 2BKSA 5P1EA 5P5MA 3OQAA 5OZXA 5OZ3A 5P5TA 1ZPKA 1GVTA 1E81E 2I4XA 2QMFA 1SH9A 4Y4WA 2R9BA 3GI0A 5P3EA 5BS4A 1MRWA 5P7LA 5P2ZA 1LYAB 5P1NA 5IVSA 4Q1XA 3EM3A 1NPWA 3VYFA 3OXCA 5OYTA 5P8MA 5P73A 5COPA 3TH9A 2IRZA 3AIDA 2FGVA 5P36A 3NU3A 1HPSA 3TL9A 1PSNA 3B80A 2PK6A 4R95A 1HPXA 3RSXA 5DQ2A 5P4IA 5P39A 1BBSA 5IVQA 5P5WA 3GW5A 5P1DA 3S54A 4Y5PA 2PK5A 1EC0A 1TQFA 3CIBA 5P8QA 1MEUA 1IBQA 3KYRA 2AVOA 1AZ5A 5P8JA 4Y4JA 1HEGE 2V12C 2AVMA 2Q54A 4FM6A 1IDAA 1HOSA 1M4HA 3CKPA 4H3GA 4Y4EA 4Y5NA 3OGQA 4YOBA 5P4LA 3O9EA 2G1OA 3WZ8A 1D4HA 1ZTZA 1BIMA 4DJYA 5P7ZA 5P7SA 1APUE 1KJGA 5P0KA 4CPWA 3INDA 3I25A 5HDUA 1LYBA 5P10A 5P83A 4DJPA 2QD6A 1YTHA 7HVPA 4JECA 1HIIA 3LZUA 3O9DA 5FIVA 5P3WA 1IZDA 2V13A 3PSUA 4F74A 3UDHA 5P35A 2ZDZA 5P4JA 3IN4A 4RVIA 5P0NA 4J0TA 3VFBA 4EJDA 5P16A 3ZOVA 4XXSA 1META 5OZ7A 1T3RA 2WF4A 3TKWA 3TPJA 2RKGA 1TSQA 3UTLA 4B0QA 2WF3A 1PROA 2NXMA 3OUDA 4EPJA 3TOHA 4Y3MA 5P03A 1C70A 3SA9A 4FRJA 5P6WA 1ZAPA 2PH8A 2XFIA 5P06A 3ZLQA 1TSUA 5P4TA 5P40A 5P31A 2G20A 5OZSA 4I0EA 5P3VA 4YDFA 3RTHA 3T7XA 5SXNA 3GI4A 4EJLA 4EP3A 1AXAA 1AJXA 4U7VA 4D8CA 5P20A 5P1XA 3GI6A 3K5DA 3VUCA 2BBBA 4I0IA 4J1EA 5P1IA 1J71A 3BC4A 5P8VA 4Y4DA 5P24A 1F7AA 4RYGA 5P0XA 4I0GA 2J9JA 3PB5A 1T7KA 1MSMA 3IXKA 1YX9A 2VJ9A 5DQ4A 2QP8A 4ACXA 4GJ5A 5P1QA 2B7ZA 4QJ8A 5P2VA 2HB3A 1YTIA 1MIQA 3WZ6A 3BVAA 4LL3A 5OZGA 5ISJA 2AOJA 3GGAA 3TNEA 5UPJA 4HDFA 1LZQA 4Y5CA 5IVRA 3SPKA 2IQGA 1FQ7A 5P7XA 5P4QA 2Q11A 5P8SA 2EWYA 3UDMA 2SAMA 2WEBA 2RKFA 5P1LA 5P2XA 3OXVA 2NMZA 4OC6B 3PVKA 5P4BA 3IVIA 3S7MA 4D88A 3K4VA 2QI1A 5P6UA 1LYAA 5P7NA 1A9MA 2QZWA 4A6CA 5P7CA 1Z8CA 2QI5A 2UPJA 2OAHA 1UH8A 2ZJIA 5P8KA 2V00A 3OUAA 5P0FA 1FQ6A 2F3KA 2G21A 1JLDA 2PWRA 3LIQA 3B7VA 1B5FA 1APWE 1D4SA 5KAOA 1N49A 5OZ0A 1B6KA 1YM2A 5P63A 1D4YA 3HDKA 4B1EA 3QP0A 4ZE6A 4OBJA 2JJIA 5OZWA 5P0VA 5P3RA 4Y48A 4Y51A 4Y47A 5E5JA 5P68A 1WBKA 2IL2A 5P6KA 2ZJMA 1FQ8A 2ZJLA 5HU1A 2VJ7A 4Y41A 1APVE 4DJQA 2OHRA 5P6YA 3NUJA 4YD3A 3PLDA 4I12A 5OZJA 5P3PA 2RMPA 5P2SA 3HZCA 3VFAA 1OEXA 2I4VA 2VIZA 3FSMA 1MSNA 1HVSA 1QDMA 1UPJA 2ZJNA 5P3QA 2JJJA 3OAGB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY2 A;  4J1C A;  1DIF A;  1EPM E;  3TPL A;  3VF7 A;  2HIZ A;  2VIJ A;  2P4J A;  3FV3 A;  2NNP A;  1ER8 E;  5P64 A;  4L1A A;  3EKW A;  2IGX A;  4A6B A;  4OBG A;  5I3X A;  1Q9P A;  3KDB A;  1HSI A;  5P6Z A;  5P15 A;  1Z1H A;  4ZSQ A;  5P38 A;  4H3I A;  4F76 A;  4OC6 A;  2PSG A;  5P8I A;  5EZX A;  1GNM A;  1MTR A;  4WY6 A;  2F8G A;  3EKX A;  1BV9 A;  4FGX A;  1VIJ A;  4RGH A;  3FNS A;  3NXN A;  4QGI A;  2R3W A;  2ZE1 A;  5P6I A;  3S53 A;  5P44 A;  3OU1 B;  1APT E;  1SGU A;  5P4S A;  1W5W A;  3VCM A;  3O9I A;  5P5X A;  3NDU A;  1AID A;  4I0Z A;  4PHV A;  5P4P A;  5P7G A;  5P13 A;  5P2K A;  5P88 A;  5P86 A;  4Y3H A;  4OD9 B;  1M0B A;  1XE6 A;  5PEP A;  3WZ7 A;  2Q55 A;  4I0D A;  5P2J A;  4LXM A;  2FNS A;  2FMB A;  2RSP A;  4J0V A;  1B6L A;  5IE1 A;  5KQY A;  3O9L B;  1SDT A;  4Q1N A;  5P1J A;  5I3V A;  3OQD A;  3PEP A;  3I6O A;  4LP9 A;  3HBO A;  2IKO A;  3EL4 A;  2QAK A;  3K5F A;  3IN3 A;  2WF1 A;  5AHB A;  5P32 A;  3RVI A;  3G6Z A;  3DV5 A;  3SAB A;  3QPJ A;  2JXR A;  4I11 A;  1AJV A;  3LIT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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