2PH8A

Crystal structure of human beta secretase complexed with inhibitor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
389
structure length
365
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Strategies toward improving the brain penetration of macrocyclic tertiary carbinamine BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 365
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ph8A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2ph8A02
1UH7A 4R93A 1W6HA 1NPVA 3UTLA 3B80A 4ACUA 5P7QA 4BFBA 3KMYA 5P5UA 1W51A 4L7GA 4UPJA 3S43B 4KE1A 5P1VA 3PCZA 5ISKA 4Y4AA 5OYUA 4X7IA 2WEDA 4YHQA 5P18A 2G1NA 5P1XA 2UY0A 5P0WA 3DCRA 4DQFA 5P1TA 5J25A 1HBVA 5P06A 2CEJA 5P1CA 3FNUA 4JP9A 2FGVA 3PRSA 4Z50A 3UDMA 3NLSA 1HTFA 5T4SA 1GVVA 5P4NA 1B6LA 2QMFA 1GVTA 3OAGA 1APWE 5P2MA 3PHVA 1VIKA 3GW5A 5P3KA 5OZZA 3CYXA 3SA9A 2QP8A 5P7BA 4Y5GA 5BRYA 1MUIA 5P54A 1AM5A 2FS4A 5OZ7A 4EPJA 4DH6A 5ER1E 5P3DA 1SDVA 5P4MA 3ST5A 5P3AA 3WB5A 2QZXA 1YM2A 4D83A 2PC0A 5COOA 5P48A 4Y43A 3RU1A 3S85A 5P20A 5BWYA 3OQDA 3PGIA 5P1MA 1EPLE 2OHKA 2FDPA 4Y3NA 2AOIA 5P6TA 2VIEA 4DQCA 3UQPA 2JXRA 5IS4A 1B6PA 1HEGE 2R3WA 5I3VA 5OZHA 1SIPA 5P6CA 3OUCA 2G69A 5P5JA 4I0EA 5P31A 4B1DA 4EQ0A 5P47A 5P3QA 1PSNA 4H3FA 3KFRA 2Q3KA 4M8YA 5CLMA 5P64A 4DQBA 4GMIA 1GNMA 4J1IA 5P4QA 3D1ZA 1FQXA 1UH8A 5P75A 3ER5E 5P0ZA 2AOHA 4CPSA 1ZLFA 3ZPTA 5B18A 2I4VA 2MIPA 4EXGA 2BKSA 3K5GA 4Y58A 1HSGA 4H3GA 4RRSA 3D1YA 2H6TA 1QDMA 2QD6A 3PBZA 5DQ2A 1MTBA 2NNKA 2F3EA 5P3XA 5P10A 2FMBA 1YM4A 3RTMA 4DJRA 1RL8A 4GJAA 4Y56A 2VS2A 4DJQA 5PEPA 2HS2A 3EBZA 3UHLA 3LITA 2IENA 5P3UA 1SGUA 4DJXA 2UPJA 5P87A 3I6OA 1YTGA 5P2JA 3PMUA 1W5XA 5P32A 5P63A 5CONA 1W5WA 1DP5A 3LIQA 2F8GA 1YT9A 1Z8CA 2EWYA 5P6RA 1YTHA 2WECA 2QNPA 5P7GA 3FSMA 1WBMA 5P4YA 1D4SA 1AJVA 3I25A 3IA9A 5JFUA 2FXDA 2P3BA 5P34A 2IEOA 2WEBA 1WBKA 4GJ7A 4OD9A 4EYRA 3OU1B 3BUHA 5P1IA 5OZ5A 3HDKA 3PWMA 5P23A 1KJHA 3MSLA 3R0YA 5P6MA 3TPPA 3OK9A 4Y41A 3BXRA 1AXAA 3IN4A 4HZTA 8HVPA 5P24A 4GIDA 3KA2A 3O9LB 2QI1A 3D91A 2OF0A 1HTRB 1B5FB 2AODA 3PEPA 3BUFA 5P16A 3R0WA 2B8LA 3C9XA 1MTRA 3WB4A 5P5BA 3VLAA 2WF1A 2ER0E 5P8QA 3WZ8A 1MSNA 3D1XA 1RV7A 2R3TA 1BWBA 1NSOA 1SDTA 5P8RA 2OHPA 5P6NA 5P27A 3MSKA 2PSUA 5P4DA 3H5BA 5P0EA 4GJDA 5P79A 5P84A 4J1HA 3Q5HA 3UDJA 5P65A 4Z4XA 4ZSMA 4Y3PA 3DM6A 4FSEA 1XN2A 3TKGA 2WJOA 1Q9PA 4CPXA 1FQ8A 5P4WA 3UDQA 4DQHA 4J0ZA 2QZWA 4CKUA 3INHA 1SMRA 4WY6A 5P5IA 2O4SA 3OXCA 3S7LA 5P6JA 3SLZA 4Q5MA 4FS4A 1W6IA 5P2CA 2AZ9A 1FFIC 4PHVA 1JLDA 4YD7A 4J17A 3ER3E 3URJA 1LYAB 2XFKA 4D85A 4XX4A 3QRVA 4FM8A 4EXHA 3HAUA 1HIVA 1TSUA 4JOOA 4Y4DA 5P1WA 1EBWA 5DPZA 3LNKA 5KR8A 5P8MA 3QPJA 4Y5EA 5I3XA 5P55A 3WZ6A 3S45A 2VNNA 3OXWA 4Y3ZA 2ZDZA 1NH0A 5P4VA 3HBOA 4K8SA 1LS5A 3GI0A 4Y3DA 4YDGA 5P50A 2V11C 3BXSA 5P0JA 5P53A 3OQ7A 2PYNA 5P1JA 3KT2A 1MT9A 4DV9A 3Q3TA 5AH6A 4RRNA 4F76A 3SPKA 5P0IA 2JYSA 1D4YA 2NXDA 2O4KA 3NUJA 1EEDP 1FQ7A 3NDUA 1FG6C 3EM3A 3UQUA 4R8YA 3UQWA 4Y4ZA 3LHGA 4Y51A 5P4ZA 4B70A 1G2KA 1QS8A 2WEAA 2O4NA 1HPOA 1MEUA 3DV5A 4GJ5A 4GJ6A 5OYTA 1QBRA 3IXJA 5C9FA 3QAAA 5P60A 1APVE 4J0YA 4EJDA 5DR4A 1EBZA 3RTHA 3VV8A 3OGQA 3SKFA 3ZOVA 5DGWA 3PCWA 3FNTA 1SIVA 4B00A 3PSYA 5P7NA 2AOCA 4TVGA 5P25A 3SQFA 1FQ6A 5P1RA 1QRPE 5P8HA 1HRNA 5P12A 5P1FA 3NU4A 1IBQA 2IKOA 2AOJA 3R2FA 5HDXA 2QU3A 2BKTA 1AZ5A 5P4CA 2B7FA 3GGXA 5P6HA 3JVYA 1FMBA 4KB9A 3I8WA 5P0TA 3NR6A 4I0HA 4I0FA 5P22A 5HTZA 2IS0A 5P0YA 5P5RA 1B6JA 5P0PA 2IGYA 2ER6E 5P4GA 5JODA 1ODYA 4OBZB 4TRYA 5P3BA 6APRE 5ENKA 5P0BA 1B11A 4Y38A 5DR1A 5P4IA 1K6VA 4CPQA 5DQ1A 5OYVA 2AVSA 4I12A 4B77A 3TOGA 3VSWA 4Y3TA 3N3IA 1T7IA 3HAWA 2IRZA 3OU1A 5P58A 5AH7A 1IZEA 3BGCA 1BV7A 4U8WA 4ZE6A 3S8IA 2G1SA 1GNOA 5EZXA 4L1AB 2FLEA 5DQ5A 2Q64A 3NYGA 5P8SA 1BVGA 5P1NA 1D4JA 3IGBA 4ZIPA 3DJKA 3OU4A 4J1KA 5P5QA 5P1QA 1B5FA 4ZPFA 5P5EA 2RENA 4B72A 3ZPUA 5OZIA 2WKZA 5KR0A 1TCWA 4Y44A 1QBUA 2ZHUA 4OBDA 5P2HA 5P4TA 4QJ9A 2F80A 3VF3A 5P83A 2AQUA 2P8HA 5P3FA 1U8GA 5P45A 5P5HA 3KN0A 3NSHA 3VFAA 5SY3A 3VLBA 2G24A 5P3JA 2BPYA 2QD8A 2P3AA 5HDZA 4TRZA 5P3EA 4CPTA 1XE5A 1T6GA 3URIA 3LIYA 3N4LA 1META 3UDHA 5P8KA 3CIBA 5P8PA 5HCOA 5C9DA 4GYEA 5P8EA 4H1EA 1HIHA 3Q6YA 5HVPA 2AVVA 5P71A 3OOZA 5DGUA 4I0IA 7HVPA 5P2FA 3MXEA 5OZ8A 5P7DA 4YDFA 5BS4A 2HB2A 4RZ1A 5P37A 1T6EX 2O4LA 5P3ZA 4ER1E 5P04A 3FNSA 4Q1WA 4AMTA 3EC0A 1TSQA 5P1EA 2WL0A 1LYAA 2FXEA 4Y48A 4J0PA 1OD1A 4LP9A 5P1HA 3LZUA 5P49A 1XL2A 4QJ6A 5P3OA 3F9QA 1C70A 4DQEA 2AVMA 1HVKA 3TH9A 5P5PA 5P66A 1EPQE 1ENTE 2WHHA 4AA8A 1IZIA 3ZKQA 5P39A 3CKTA 1K6TA 5KR1A 4OC6B 2Q5KA 5P4JA 5P4OA 5COKA 3MSJA 4Y45A 2QNQA 3M9FA 3QBHA 2FGUA 5P02A 2HPFA 6UPJA 1SGZA 3KDDA 3NXEA 1IZDA 4QJ8A 5P7PA 3KT5A 3UDPA 2RMPA 2VKMA 3VCMA 4Y3EA 2G27A 2I4QA 3PLLA 4NPTA 3GGVA 5P1SA 2VIJA 4LAPA 5AHCA 1FMUA 3EKWA 3KYRA 4QJAA 5F00A 4FSLA 2PK6A 1NPAA 5P4KA 1CZIE 4DJYA 3KFPA 5P1BA 1OEWA 3O9GA 1HXBA 4K4RA 3UDYA 3IVHA 4Y3QA 1BDRA 5P7SA 1T7KA 1ME6A 3ZL7A 5HU1A 4A6CA 1FB7A 4FCOA 5P4RA 5OZ3A 5P0FA 4ZPEA 1IVPA 5P0GA 3T7QA 3RSXA 5OZRA 4HDFA 4YBIA 5HCTA 5P01A 3L59A 3IN3A 5P7XA 4Y6MA 4U7QA 3Q70A 5OZDA 3NDXA 2F3KA 2ZJLA 2PWCA 3VF7A 2FNTA 5P3NA 2I0DA 2BPXA 3SA6A 3UDRA 4DVFA 4D89A 5P07A 4GJ8A 5P13A 1LYBB 5P80A 4I1CA 4BFDA 3I2LA 4PYVA 2OAHA 3NU9A 5P3WA 2R43A 2ER9E 4L7HA 3I7EA 4IVSA 1EBYA 1EBKC 3APPA 3BVBA 3CICA 2J9JB 1K2BA 5DQ4A 1PPLE 5OZPA 4R91A 4AUCA 2ASIA 1K6PA 5AH9A 5P0OA 1E81E 4ZSQA 1ZPKA 4LC7A 4YA8A 5OZ4A 1BDLA 5IE1A 3JVWA 2AVQA 1FQ4A 3UCBA 3TPRA 1E5OE 5P2WA 5P6QA 5TOLA 5P6SA 5P1OA 4NJVA 5P51A 5P4FA 4Y5LA 3R4BA 3O9IA 4RYGA 3FV3A 4PPHA 4RVXA 2B42A 5P30A 2B7ZA 4HEGA 3TNEA 5P3SA 4Y5CA 5P2KA 5P38A 5OYSA 4RROA 2ZHRA 5P8NA 3SFCA 2ZJMA 3QP0A 1C6ZA 2ZYEA 5P5FA 3K5CA 4J1CA 5P4EA 2PMAA 3HW1A 3OQFA 4Y4UA 4YCTA 4RVJA 5EZZA 2QK5A 5P5SA 4ZLSA 2G22A 5OZOA 2FIVA 2QMPA 1ODWA 3QN8A 3LZYA 3RTNA 1HSHA 4PEPA 5P3VA 3IXOA 5E5JA 2QNNA 1ZSFA 3KM4A 2IDWA 5P0DA 4OBGA 3O9AA 2R5PA 1HVCA 3Q4BA 5KR2A 2BB9A 4LBTA 4LHHA 1TCXA 4YCYA 1FMXA 1FQ5A 5OZNA 5OZYA 2IL2A 5OZ9A 5P09A 5P3MA 5P8UA 5P7CA 2ZGAA 2QAKA 4Y4XA 4QLHA 2NPHA 5HD0A 4Y9WA 5OZBA 5P86A 5P5CA 5OZLA 3TL9A 3EM4A 5P1ZA 5P3PA 3QS1A 2VJ6A 4Y5PA 3S7MA 3UDKA 4YD6A 5P1GA 1AVFA 5P4AA 3LZSA 2I4UA 3BVAA 1RPIA 5P2YA 3MXDA 2AOEA 5KOSA 5AHAA 4BEKA 4YD5A 5P44A 2UXZA 3S43A 3OUDB 3SABA 4GJCA 3U6AA 3RSVA 1GNNA 3EKYA 3NDTA 2I4XA 1BIMA 5P8IA 5DR8A 3SA7A 2BJUA 2HM1A 1PSOE 1BXQA 3SA5A 1IDBA 5KQFA 3PSGA 3TOFA 4ER4E 1HXWA 4OC6A 1C6YA 1MPPA 5P7LA 5OZAA 3SAAA 2F81A 4FE6A 4DUSA 2HC0A 5P73A 1K6CA 2FNSA 1AJXA 2QMDA 1YG9A 3SM1A 3U71A 4TRWA 2BBBA 3SA8A 4GJBA 1TW7A 3B7VA 3DOXA 5KQZA 5P78A 5P2OA 5ISJA 3K5DA 4RCDA 5P5NA 2OHQA 1T7JA 1MESA 2R9BA 4DJPA 4E43A 2NXMA 1M43A 2HB3A 4GB2A 2OHUA 3OADB 3ECGA 2QHZA 3LINA 5P1DA 1FKNA 4K9HA 1HVLA 4RVIA 4I11A 4Y4WA 4NJUA 4BELA 4FRJA 2V16C 1IVQA 3OXXA 3EKTA 5I3YA 4Y3YA 1WKRA 3O9CA 1ZTZA 4Y57A 2PH8A 2P83A 4FL8A 4Y53A 5OYZA 4Y3JA 4RCEA 4YBFA 3T6IA 3K1WA 4Z2ZA 4AA9A 4RLDA 2I4WA 1SP5A 1C6XA 5P3YA 3TKWA 5P5WA 3KFSA 5P8OA 2G1RA 3UQRA 3PI5A 2G1YA 3VSXA 2NMYA 2RSPA 4MC6A 1SH9A 4DJWA 4J0VA 4Y3SA 2J9JA 3ZKSA 6FIVA 3FX5A 4Y47A 5AHBA 5P3RA 5P2SA 5P5GA 1HTGA 1RNEA 5OZFA 5OZ2A 4H3IA 1E82E 4ACXA 2AZCA 2VA6A 1KZKA 4Y3HA 5UPJA 2WF2A 4J54A 5OYXA 4FRSA 5OZGA 3OOTA 5P4LA 1MRXA 4M8XA 3WSJA 4LXKA 1KJ7A 5P40A 1Z1HA 2AOGA 5IVQA 2XFIA 2G21A 5COPA 1HPXA 3HZCA 2I0AA 1LV1A 1LF2A 3SACA 3SA4A 4JPEA 3SO9A 4WY1A 1G35A 5OZWA 4HDBA 4DJUA 1K2CA 2HPEA 3SM2A 4Y5KA 5P4HA 5P59A 1HIIA 3HVPA 3T7PA 1B6MA 1PSAA 3PJ6A 2FDDA 3QROA 4EJ8A 1F7AA 1GVXA 3KFNA 3ZKXA 3L5DA 1PFZA 2R8NA 2JJIA 2Q11A 3EMYA 1HOSA 4J1EA 5DR7A 2O4PA 3QRMA 2Z4OA 3T3CA 3LPKA 1FFFC 5DR3A 5P6BA 1HTEA 4FRIA 5P3TA 5P89A 5P8VA 5P05A 5P4XA 2RKGA 4Y50A 5P2XA 2IQGA 4DPFA 3LIZA 5P17A 1EAGA 5P7ZA 2QI5A 5P0RA 2A1EA 1EPRE 5P0VA 4EWOA 2R38A 4APEA 5P88A 3JW2A 2ZJNA 1YTJA 3ZKIA 4Y35A 4LXMA 2Q54A 4B0QA 5KQXA 2P4JA 1DPJA 3PWWA 5P00A 3G6ZA 4Y4BA 3PSUA 5P2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH7 A;  4R93 A;  1W6H A;  1NPV A;  3UTL A;  3B80 A;  4ACU A;  5P7Q A;  4BFB A;  3KMY A;  5P5U A;  1W51 A;  4L7G A;  4UPJ A;  3S43 B;  4KE1 A;  5P1V A;  3PCZ A;  5ISK A;  4Y4A A;  5OYU A;  4X7I A;  2WED A;  4YHQ A;  5P18 A;  2G1N A;  5P1X A;  2UY0 A;  5P0W A;  3DCR A;  4DQF A;  5P1T A;  5J25 A;  1HBV A;  5P06 A;  2CEJ A;  5P1C A;  3FNU A;  4JP9 A;  2FGV A;  3PRS A;  4Z50 A;  3UDM A;  3NLS A;  1HTF A;  5T4S A;  1GVV A;  5P4N A;  1B6L A;  2QMF A;  1GVT A;  3OAG A;  1APW E;  5P2M A;  3PHV A;  1VIK A;  3GW5 A;  5P3K A;  5OZZ A;  3CYX A;  3SA9 A;  2QP8 A;  5P7B A;  4Y5G A;  5BRY A;  1MUI A;  5P54 A;  1AM5 A;  2FS4 A;  5OZ7 A;  4EPJ A;  4DH6 A;  5ER1 E;  5P3D A;  1SDV A;  5P4M A;  3ST5 A;  5P3A A;  3WB5 A;  2QZX A;  1YM2 A;  4D83 A;  2PC0 A;  5COO A;  5P48 A;  4Y43 A;  3RU1 A;  3S85 A;  5P20 A;  5BWY A;  3OQD A;  3PGI A;  5P1M A;  1EPL E;  2OHK A;  2FDP A;  4Y3N A;  2AOI A;  5P6T A;  2VIE A;  4DQC A;  3UQP A;  2JXR A;  5IS4 A;  1B6P A;  1HEG E;  2R3W A;  5I3V A;  5OZH A;  1SIP A;  5P6C A;  3OUC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QMG A;  3APR E;  5P74 A;  2AID A;  2V0Z C;  1G6L A;  1MRW A;  5P5M A;  3OUA A;  5P2Z A;  3OUB A;  5P56 A;  5KAO A;  4S1G A;  3R1G B;  1LF4 A;  2V10 C;  4NJT A;  4FAF A;  1EPO E;  3QIH A;  4OBJ A;  3K5F A;  2P3D A;  4NKK A;  4Y39 A;  1MT7 A;  3EM6 A;  3NUO A;  1HEF E;  2I1A A;  2V00 A;  5AH8 A;  3SA3 A;  1A9M A;  5P7Y A;  5P8L A;  5P6F A;  2PSV A;  3FIV A;  1HPV A;  4Y4E A;  3VFB A;  2Q55 A;  4ZEA A;  5P41 A;  4Y3L A;  5HE5 A;  3PVK A;  3IVI A;  1FIV A;  3OGP A;  3EKQ A;  4N00 A;  2QD7 A;  4Y3R A;  5P2T A;  5P2D A;  2OHN A;  1LYB A;  5P7R A;  2JE4 A;  3VV6 A;  3VYF A;  5DQC A;  4DPI A;  1D4L A;  1OEX A;  5P8G A;  3K4V A;  2QHC A;  3LPI A;  1B6K A;  5P03 A;  2BQV A;  2FDE A;  5OZX A;  3KDB A;  3OAG B;  4ZSR A;  5P08 A;  2NXL A;  5P0K A;  4Y36 A;  3INF A;  1APU E;  1EC0 A;  4I0J A;  4YOA A;  5P2I A;  4Y3M A;  5P7E A;  1ER8 E;  3TOH A;  4R5N A;  5P67 A;  4K4Q A;  2O40 A;  4RGH A;  5OZS A;  1M4H A;  4RYC A;  1HVJ A;  4WTU A;  1LEE A;  3UFL A;  3URL A;  5P4P A;  1D4I A;  2APR A;  3EKP A;  3L5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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