2PK6A

Crystal structure of hiv-1 protease (q7k, l33i, l63i) in complex with kni-10033
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Compensating enthalpic and entropic changes hinder binding affinity optimization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pk6A00
4CPQA 4J55A 5P5EA 3I2LA 5OZXA 5P1PA 5P8IA 1AAQA 4HDBA 4I0JA 5P6UA 2FXEA 3EL1A 1XS7D 2QZKA 5OYZA 1HVSA 2OHMA 2ER9E 4Q1NA 3GI5A 2IRZA 4RYCA 4AUCA 1GVTA 2FDDA 3EKXA 1C6ZA 5P87A 1ODXA 5P8TA 3QVCA 5KR2A 3OUAA 4R8YA 4FSLA 1WBMA 3DCKA 1FMXA 2AOCA 5P88A 3O9BA 5P1GA 4Z4XA 1MEUA 5P2NA 5P4NA 2VA6A 4AZYA 5P79A 4U7VA 4WY1A 1K1UA 3U7SA 5ISJA 3EL4A 4GJAA 4ZEAA 4M8XA 1K6CA 4YCYA 3UQWA 5OZIA 3NXEA 5COOA 5P1DA 3HDKA 2AVQA 2NMYA 5P7QA 3IAWA 4DVFA 3KMYA 1LYAB 5P1XA 1PPLE 3OGPA 5P86A 3ZKMA 2WF4A 3L59A 5P0VA 3UQRA 3SQFA 1DP5A 2ZJKA 3UQXA 3L58A 4F75A 4TRYA 1K6PA 1UH9A 3CIBA 1HSHA 3URLA 4B00A 3G6ZA 5AHAA 1TZSA 5HCTA 1YT9A 3I6OA 2VA7A 4ACUA 5OZ9A 3LPKA 4RROA 1PROA 4RVXA 2PC0A 3OUCA 2J9KA 1HIVA 3O9LB 3VV7A 3NU9A 4DJOA 3D1YA 4FRKA 5DR8A 1HXWA 4Y3JA 4YE3A 3EKYA 5P3CA 1W5XA 5CLMA 1Z1HA 2ZJIA 4JOOA 4OBZA 1Q9PA 5HDZA 1FG8C 5HE7A 1B6JA 5P3AA 5P6OA 5AH6A 6UPJA 2VJ6A 4Y6MA 5P6BA 5P1RA 2Q63A 1BXQA 1OEWA 2NNKA 5P2IA 1BXOA 5OZTA 1M0BA 2HPEA 3JVWA 5E5JA 1OEXA 2G69A 3TH9A 5P76A 1ZP8A 2G27A 5P4LA 4MC1A 2WKZA 4OBKA 5DR4A 5P6VA 5P7JA 3OADA 2J9JB 2H6TA 1U8GA 2VNNA 5P6AA 5P6PA 5IVRA 5P8AA 5P08A 4KB9A 4EWOA 5P33A 3KYRA 2OHLA 1ZTZA 2OHPA 4KE1A 4GZFA 3BRAA 1B11A 4Q1WA 1YM2A 3ER5E 3UTLA 5P04A 5P05A 4L7HA 2PK6A 4TVGA 3HVPA 1LF3A 4YCKA 3IN3A 4HDPA 3ZOVA 1QRPE 2VIJA 5P1NA 4PZWA 4CPUA 4FAFA 3UDQA 3IA9A 2AZ9A 2G1SA 2NNPA 5P5OA 5OYRA 2JE4A 2BB9A 5P41A 1OD1A 3HD8A 3TOHA 4GJ5A 2QHCA 4Z50A 4KUPA 5P51A 7UPJA 1SGZA 4FE6A 4X2LA 3OQKA 3RSVA 1WKRA 1BWAA 1T7IA 2B8VA 4MC2A 4CPTA 2Q3KA 1W5YA 4NKKA 5P3EA 5P3PA 5P68A 4ZPFA 4Y3DA 1GVUA 3KT2A 5P2ZA 3VYFA 4H3GA 3NXNA 5P3WA 5P7LA 5P16A 1UPJA 4RVIA 5ER2E 3NU4A 4R92A 5P32A 5P23A 3TL9A 3D1ZA 5OZJA 3HZCA 4J0VA 5P4HA 2ZJLA 3O9IA 1SDVA 3VF7A 1E81E 3SA7A 4ER1E 1SMEA 1SMRA 5P67A 3URIA 4Y3FA 2G22A 2PQZA 4OD9A 3D91A 1YG9A 3QRMA 5P7BA 3WB4A 3S8IA 2QP8A 3UCBA 3PWWA 4Y3EA 1K2CA 4Y3NA 3NU6A 3SKGA 3OU3A 5OZOA 1HBVA 4Z22A 4Y3XA 1IBQA 1D4IA 4J1CA 5P45A 4F76A 5P3OA 3DOXA 4Y48A 5P6SA 1XN3A 5P2LA 4F73A 4Y3HA 4FM7A 4DJQA 1EBZA 2V0ZC 1GVXA 5P8CA 2O40A 2QU2A 4HLAA 3BVAA 3KFNA 3ZKQA 1YTHA 1LS5A 3Q6YA 3T7XA 5P56A 2I0DA 4I0ZA 1BDLA 5P2EA 3S43B 1G0VA 5P0OA 1LYWA 2Q15A 4Y5MA 4GJDA 2G1OA 1QBTA 1HVHA 3VLBA 2AOGA 2FGUA 3S53A 1B6KA 4EYRA 1MTRA 1K2BA 3Q4BA 5P5FA 2V11C 3EM4A 5HCOA 5HDVA 5P6MA 5P8JA 1K6TA 1QBRA 5P3HA 3O9AA 1DIFA 1EBKC 2AVVA 4L7JA 1YX9A 3SM2A 2F8GA 5P0UA 1N49A 5P2MA 4UPJA 3IGBA 1MSMA 5P6NA 5P4MA 5DPZA 5P2CA 3PJ6A 2F80A 2VKMA 4Y9WA 3GI4A 2Q5KA 5P0LA 3CKPA 5P3BA 1HVRA 4YD4A 3KDDA 1BAIA 2JJIA 2AVOA 4Y5KA 3QBHA 5E5KA 5P3LA 2O4KA 5P4XA 4Y4UA 3H5BA 5EZZA 5P7EA 4CPXA 2G1YA 5P48A 4BFDA 2QMGA 3MXDA 5OYWA 1QBUA 5P0NA 1A8KA 3EMYA 5P2RA 1CMSA 5OZUA 2WHHA 3OTSA 5P66A 3OQDA 2PYNA 2R9BA 1MVPA 2O4PA 3EBZA 2WF2A 4LXAA 4K8SA 1IZEA 2QZXA 2ZDZA 3KT5A 4FRSA 5P6RA 3BXSA 1QS8A 5OYXA 4RCFA 5P60A 3IXKA 5P6JA 4Q1YA 3VUCA 2ZJNA 4ZSQA 3DUYA 5OZ3A 2NXDA 4Y3WA 5OZNA 4Y4BA 2IENA 5P8HA 1HTGA 3QN8A 3TOFA 5P55A 4Y5PA 4DQBA 4FS4A 1EC3A 4K9HA 3BGBA 3VF5A 1JLDA 1SDUA 1B6LA 5P7UA 4X7IA 4OBZB 3KM4A 5P3XA 3EM6A 5P6CA 1A30A 4YOAA 3QAAA 4JECA 1EC2A 1EPPE 5P06A 4BFBA 2PK5A 5T4SA 2B60A 2I0AA 4FGXA 3KDBA 1ER8E 2FNSA 3K4VC 1HTFA 2JYSA 1XN2A 3GGXA 5OZGA 3LZYA 1FMUA 5P4GA 5IS4A 3EKTA 5P6ZA 5P7IA 9HVPA 4R95A 4CMSA 2QZWA 5P28A 1FF0C 5P5PA 3L5EA 1LF4A 1RPIA 1HHPA 5P5RA 2OAHA 3O9GA 4HZTA 5P1MA 3PCWA 4FM6A 1BDQA 2G94A 3GGAA 5P85A 3MSLA 3PMUA 2Q11A 1ZSFA 3ZL7A 4A4QA 5P5AA 5P6WA 3FIVA 2V10C 1M43A 4I0IA 2OHSA 3QROA 2ZHTA 5P61A 5ENMA 3SKFA 4DJPA 3SO9A 2FDEA 3RSXA 4Y3YA 4TVHA 1GNMA 5I3YA 5P6DA 2QI1A 5P8EA 2AOHA 4DQFA 3LPIA 4I12A 1HVJA 3CICA 1T7KA 3KA2A 1LZQA 5JG1A 2VIEA 1SDTA 1EC1A 3ZPTA 4Y4DA 2QMFA 2QNPA 4Y45A 3S56A 2QD7A 5P1AA 3PSUA 3I7EA 3GGVA 1D4KA 2UPJA 4Y35A 5P8RA 1APUE 2AOFA 5AH8A 5P3NA 5HU1A 1ZPAA 1BVEA 3RTMA 4J1EA 1HEGE 3PWMA 1EBWA 2FDPA 5P22A 2VIYA 5P0XA 1E80E 3R2FA 5P35A 3HAWA 2ZE1A 5P2BA 5JODA 2AZ8A 3NDTA 1J71A 4A6BA 3VLAA 3KFSA 2RKFA 2AODA 2I4WA 5P5MA 4I0GA 2ZYEA 1ZJ7A 5P3MA 5P7FA 5AH9A 4RYGA 3OUDB 4U7QA 2R8NA 2SAMA 1AJVA 5P7VA 5P75A 2ZGAA 5P54A 4FLGA 4MC9A 2IL2A 5P30A 2OHKA 3FSMA 4YOBA 4EQ0A 1YTJA 1E5OE 3LZVA 5P7XA 1T7JA 5P5HA 3ECGA 5EZXA 4OD9B 3PHVA 4XXSA 5OZDA 5P77A 4RVJA 4Y39A 2QNNA 1APTE 3CKRA 5P7SA 3QIHA 5KAOA 4Y5NA 5P17A 3L5CA 2R3WA 5P3RA 1HVIA 4Q5MA 3OU1A 5KOQA 3OOTA 3K1WA 5OZEA 3ZKSA 2I4VA 3EKWA 1FFFC 3PVKA 3GI0A 2FMBA 4CPSA 5P84A 1HIHA 2P3CA 5P7PA 1AZ5A 4GJ8A 2BKSA 3SFCA 5P81A 3BUFA 5P5XA 4QJ8A 1BDRA 2AZCA 5P43A 1ODYA 4FM8A 5P2TA 2QD8A 4J17A 2QHYA 5P2VA 2IGYA 1BIMA 2AOEA 3LIYA 3RTHA 3NR6A 3CKTA 5I3VA 1EPME 3SA6A 3H0BA 1LYWB 3O9DA 4DJUA 3PLLA 2AZBA 2Q55A 1ZBGA 5P31A 4QJ7A 2ZHVA 1W51A 4R91A 3TPPA 4JPEA 5CONA 1MT7A 3L38A 2P3BA 1FFIC 2QK5A 5P1WA 2RSPA 3VCMA 1TQFA 4FCOA 5P8KA 2I4QA 3CIDA 1LV1A 2G1RA 3T6IA 2ZHUA 2AQUA 4LAPA 4EHCA 5HU0A 2O4SA 5HVPA 5P09A 3INEA 3O99A 5P3QA 3T3CA 2F3EA 6FIVA 4YA8A 2NTRA 5SZ9A 5P1VA 3NUJA 5P8GA 5P4JA 5P7AA 1HWRA 4HE9A 4EJDA 3AIDA 5P2GA 4PPHA 5OYUA 2F3KA 1PFZA 2P8HA 5PEPA 4Y5EA 1MRXA 5P5TA 5P6GA 5P2YA 3LIVA 1T6GA 3HBOA 3KFRA 5P01A 3BUHA 3WZ6A 4NPUA 4Y5CA 5AGZA 5COKA 1IZDA 5P44A 1RV7A 2I4UA 2VS2A 5P36A 4DJVA 1D4SA 3UFLA 3HAUA 5P65A 4N00A 4OC6B 2PWRA 4QJ6A 4AA8A 2BPXA 5OZWA 1AJXA 1RNEA 1WBKA 3PWRA 5UPJA 4GJCA 5P4UA 4Y3SA 5HE4A 5P8FA 3OXWA 5P0AA 3VFBA 1IVPA 4Y50A 1G2KA 4L1AA 2O4LA 1FLHA 3OY4A 1RQ9A 4ER4E 5P12A 4I8WA 1PSOE 4J1HA 5P4SA 5P7NA 4LL3A 5P3IA 3ZKNA 3UPJA 5P0JA 4NPTA 3WZ7A 4AA9A 5P5IA 4RLDA 4Y3LA 5P6YA 2HC0A 4JP9A 3HW1A 5C9DA 3B80A 2HAHA 2RMPA 3R1GB 1FKNA 3DV1A 2QI4A 3OQAA 3L3AA 2XYEA 3PI5A 1KJ4A 3BC4A 2R43A 5P2AA 3C9XA 5P3KA 2HM1A 5P7HA 1XE6A 5P2HA 5P6XA 4YHQA 4EJKA 5P89A 1FQXA 4DQGA 4GJBA 5P5WA 3O9HA 3EKQA 4AMTA 5DR3A 5P1OA 1META 3FNUA 5P1TA 1FEJC 3KF0A 3LIQA 3NSHA 3UDKA 1KJGA 2I4XA 3CYXA 4TRZA 2B7FA 4L7GA 5ENKA 1FGCC 4JPCA 1DW6C 3N3IA 3FNSA 4M8YA 4FAEA 5P3SA 5JFUA 1PPKE 3BUGA 3MSKA 2UXZA 4B1DA 4D88A 3TNEA 1MTBA 2AVSA 4Y5GA 4Y4XA 1TCWA 4EJLA 1Z8CA 1D4YA 5ER1E 3SA4A 5KOSA 5OYSA 5F01A 1K6VA 3B7VA 1LYBA 5P27A 1K1TA 4LBTA 3NYGA 2IS0A 1TW7A 5P2KA 2P4JA 2V12C 5P1QA 1AIDA 2B7ZA 3OXXA 2R5QA 5P8QA 3VYEA 1IZIA 5P0QA 2Z54A 1ENTE 2I4DA 3TPLA 4DJXA 5P59A 3VG1A 3OU4A 4EP3A 1GNNA 3QBFA 5P7RA 1DAZC 5P6KA 2XFJA 5P34A 5P71A 5P5ZA 3LNKA 1FQ5A 3HVGA 4Z2ZA 4B05A 5P4VA 5HD0A 2VJ7A 3VV8A 5P73A 5P8MA 5P5LA 2IKUA 5HDUA 1MT9A 1KJFA 2QI7A 3QP0A 3INFA 3UHLA 3PM4A 2FS4A 3OAGA 6APRE 5BRYA 5P13A 4ZLSA 5P3DA 5P4CA 4I0FA 1W5WA 2PMAA 5P0IA 5KQZA 3LINA 3QS1A 4Y47A 5P3ZA 1IZHA 5P3UA 1EPRE 2ER7E 2HB2A 1W50A 5SY2A 5P37A 2G1NA 5P5CA 2WL0A 3OU1B 2QD6A 5P58A 5P5SA 3TPRA 5P6QA 5P2UA 3ZKXA 4Y4AA 3ZPSA 1XL2A 3S2OA 1CZIE 3OGQA 4D85A 5P0BA 4ZE6A 1GVWA 5P52A 3QRVA 5P1YA 3I8WA 4Q1XA 5P7KA 1TSQA 4R93A 2IQGA 3NDXA 2B8LA 4RRNA 4EPJA 4QJAA 2WECA 2PWCA 3EM3A 4GJ9A 2PYMA 2JJJA 1EAGA 3UDPA 5P1FA 4K4PA 4EJ8A 3K5CA 3OWNA 1DPJA 5P7OA 3NUOA 5P8DA 3OOZA 5KQYA 4HDFA 4DPFA 3UDMA 5P1ZA 5BS4A 4DUSA 5P2DA 1ME6A 4RCDA 3A2OA 1W6IA 1UH8A 1ZPKA 4RRSA 4Y43A 1B6PA 2UY0A 2P3BB 5P1LA 5P49A 2HB4A 1APVE 5P6FA 1HRNA 3G72A 3OADB 3M9FA 5P1CA 5P7YA 5P5BA 4Y5LA 2IEOA 1HOSA 4I0HA 5P2SA 4ER2E 5HTZA 5OZ5A 5OZFA 3SACA 2CEMA 1IVQA 3T7PA 2NXMA 1HVKA 5P42A 5P7ZA 4FSEA 4WY6A 1SIPA 2G21A 1W5VA 5P8PA 4H1EA 3OUBA 5P62A 1GVVA 4ZSMA 5P46A 4ZPGA 5P5JA 3FKTA 4QJ2A 5P5KA 2ZHRA 5P0FA 4D89A 5P0WA 3R4BA 4B1EA 1IIQA 2A1EA 4XX3A 4I11A 3EL5A 3QI1A 5P4YA 3TOGA 2F81A 3UFNA 4YD6A 2NXLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPQ A;  4J55 A;  5P5E A;  3I2L A;  5OZX A;  5P1P A;  5P8I A;  1AAQ A;  4HDB A;  4I0J A;  5P6U A;  2FXE A;  3EL1 A;  1XS7 D;  2QZK A;  5OYZ A;  1HVS A;  2OHM A;  2ER9 E;  4Q1N A;  3GI5 A;  2IRZ A;  4RYC A;  4AUC A;  1GVT A;  2FDD A;  3EKX A;  1C6Z A;  5P87 A;  1ODX A;  5P8T A;  3QVC A;  5KR2 A;  3OUA A;  4R8Y A;  4FSL A;  1WBM A;  3DCK A;  1FMX A;  2AOC A;  5P88 A;  3O9B A;  5P1G A;  4Z4X A;  1MEU A;  5P2N A;  5P4N A;  2VA6 A;  4AZY A;  5P79 A;  4U7V A;  4WY1 A;  1K1U A;  3U7S A;  5ISJ A;  3EL4 A;  4GJA A;  4ZEA A;  4M8X A;  1K6C A;  4YCY A;  3UQW A;  5OZI A;  3NXE A;  5COO A;  5P1D A;  3HDK A;  2AVQ A;  2NMY A;  5P7Q A;  3IAW A;  4DVF A;  3KMY A;  1LYA B;  5P1X A;  1PPL E;  3OGP A;  5P86 A;  3ZKM A;  2WF4 A;  3L59 A;  5P0V A;  3UQR A;  3SQF A;  1DP5 A;  2ZJK A;  3UQX A;  3L58 A;  4F75 A;  4TRY A;  1K6P A;  1UH9 A;  3CIB A;  1HSH A;  3URL A;  4B00 A;  3G6Z A;  5AHA A;  1TZS A;  5HCT A;  1YT9 A;  3I6O A;  2VA7 A;  4ACU A;  5OZ9 A;  3LPK A;  4RRO A;  1PRO A;  4RVX A;  2PC0 A;  3OUC A;  2J9K A;  1HIV A;  3O9L B;  3VV7 A;  3NU9 A;  4DJO A;  3D1Y A;  4FRK A;  5DR8 A;  1HXW A;  4Y3J A;  4YE3 A;  3EKY A;  5P3C A;  1W5X A;  5CLM A;  1Z1H A;  2ZJI A;  4JOO A;  4OBZ A;  1Q9P A;  5HDZ A;  1FG8 C;  5HE7 A;  1B6J A;  5P3A A;  5P6O A;  5AH6 A;  6UPJ A;  2VJ6 A;  4Y6M A;  5P6B A;  5P1R A;  2Q63 A;  1BXQ A;  1OEW A;  2NNK A;  5P2I A;  1BXO A;  5OZT A;  1M0B A;  2HPE A;  3JVW A;  5E5J A;  1OEX A;  2G69 A;  3TH9 A;  5P76 A;  1ZP8 A;  2G27 A;  5P4L A;  4MC1 A;  2WKZ A;  4OBK A;  5DR4 A;  5P6V A;  5P7J A;  3OAD A;  2J9J B;  2H6T A;  1U8G A;  2VNN A;  5P6A A;  5P6P A;  5IVR A;  5P8A A;  5P08 A;  4KB9 A;  4EWO A;  5P33 A;  3KYR A;  2OHL A;  1ZTZ A;  2OHP A;  4KE1 A;  4GZF A;  3BRA A;  1B11 A;  4Q1W A;  1YM2 A;  3ER5 E;  3UTL A;  5P04 A;  5P05 A;  4L7H A;  2PK6 A;  4TVG A;  3HVP A;  1LF3 A;  4YCK A;  3IN3 A;  4HDP A;  3ZOV A;  1QRP E;  2VIJ A;  5P1N A;  4PZW A;  4CPU A;  4FAF A;  3UDQ A;  3IA9 A;  2AZ9 A;  2G1S A;  2NNP A;  5P5O A;  5OYR A;  2JE4 A;  2BB9 A;  5P41 A;  1OD1 A;  3HD8 A;  3TOH A;  4GJ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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