2PMAA

Structural genomics, the crystal structure of a protein lpg0085 with unknown function (duf785) from legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1.
Total Genus 27

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
144
structure length
129
Chain Sequence
SNAIYGYVEKATLIDQNLTLSAKLDTGAKSASLHAVNITEIEKKGIPYLRFTVPTKTGDYSFEGEYVGKVKIPIKRPVVLLNIKLGDKVRTIKVNLTNRKRFLYPLLLGRDAIIDFNGAVDPALTFTTK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTIV4 (121-124)S1 (25-27)TVIII1 (28-31)3H1 (36-38)TI1 (47-50)S3 (40-46)TIV1 (64-67)S4 (53-56)S5 (58-65)S7 (80-93)TI2 (77-80)S6 (68-77)TIV2 (93-111)S9 (125-134)S8 (112-122)S2 (30-35)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. philadelphia 1
publication title The crystal structure of a protein Lpg0085 with unknown function (DUF785) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1.
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 27
structure length 129
sequence length 144
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF05618 Zn_protease Putative ATP-dependant zinc protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pmaA01
5P0CA 3NU9A 1W51A 5P2XA 5P1HA 1IZHA 2QU3A 4LC7A 5P5NA 4UPJA 4R5NA 3ZPTA 5P6TA 3UTLA 2WF3A 5P0IA 4HEGA 3URJA 5B18A 4CPXA 2QNPA 1ZPKA 2QZWA 3FSMA 4B0QA 1AVFA 5P8DA 1META 4ZLSA 2AVSA 2B60A 4I11A 1CMSA 4I0GA 3TPJA 5P5QA 4R91A 1Z1HA 3MWSA 1AAQA 5P4CA 1FMBA 3Q4BA 3SM1A 3L5FA 3PBDA 4YD5A 2Q54A 4YE3A 2AZBA 4Y9WA 4XX4A 1IZEA 4ZSRA 3TL9A 5P1IA 5P0GA 3OADA 4EQJA 4MC6A 5P7VA 1B5FB 1K1UA 5P27A 5I3WA 3UDQA 5P6MA 3LZSA 5KR8A 4BFDA 4LHHA 5P8LA 4RGHA 3FNTA 3NUJA 3UDRA 3L5BA 3PI0A 5P0FA 1DAZC 1IZDA 5P44A 5P7FA 5C9FA 4LXAA 4Y3HA 4KE0A 4Y3FA 2J9JA 5DR1A 3OUAA 1HVCA 3SLZA 4DJPA 3SQFA 1AJVA 3PEPA 3ZL7A 5OZVA 5AGZA 5P1EA 5P0OA 4DPFA 4APRE 1HPXA 3HAUA 5P5EA 3HW1A 1C70A 4YDFA 2AVOA 3K5CA 4Y4UA 2OF0A 3WB5A 4JECA 5P34A 5P8QA 2WEDA 1IZIA 3MXEA 4ZEAA 5P1QA 5IVQA 2ZHSA 1XN2A 5P3VA 3FV3A 4FM6A 3UQUA 3BGBA 4I0FA 2G1NA 3NDTA 4YD3A 5P6RA 3K4VA 4YOAA 5OYWA 5DR7A 4OBKA 5ENKA 2WKZA 3QBFA 3MSJA 4KB9A 1GVTA 1PFZA 1MT9A 1UH7A 2ZJKA 1APWE 1XL2A 3O9IA 3OHFA 5JG1A 1MERA 1FG6C 3U7SA 4I0IA 1PSOE 3QAAA 5P2KA 5C9BA 1E80E 5P2JA 2PWCA 5F00A 1DW6C 2AODA 5FIVA 3S2OA 1FKNA 2OHUA 3OQKA 5OZJA 3VF3A 1YG9A 5P0HA 5P0XA 3GI5A 3NWXA 2B7FA 1T7JA 5P1UA 4YCKA 4I12A 1FQ6A 3EXOA 3CKRA 3PWRA 1QS8A 5P64A 5P7IA 5OZ6A 5P2GA 1B11A 1B5FA 3CIDA 3IXOA 3OHHA 1AZ5A 5P4YA 5P6FA 2VKMA 1BDQA 4FAEA 3OXVA 5P2YA 1BXOA 1ZBGA 5DR0A 2RKFA 4OC6B 3NSHA 1FMXA 5HU0A 3QP0A 3L38A 3NXEA 5P84A 5P3ZA 3L5EA 3INHA 2OHTA 5OZUA 5P3KA 4CPQA 5P76A 5I3XA 2QNQA 3UQWA 1G6LA 1HRNA 1PPLE 3ZKQA 1ZJ7A 4Y3SA 1HPVA 1MT8A 2V10C 4QGIA 5P7RA 3QRVA 4HA5A 5HE4A 5P8IA 4DJUA 3OOTA 3VLAA 3KF0A 5SY3A 4LP9A 2ZHTA 4BEKA 5P8MA 5P02A 3EC0A 2AQUA 3PWMA 4RRNA 3BUGA 3K5FA 5P19A 5P4AA 4NPUA 5BRYA 1ODYA 2BPYA 2JJIA 2PH8A 5P0EA 1EPLE 1NPVA 1BBSA 3ZKMA 2G21A 1HVIA 5P80A 5P7DA 1XS7D 3SA5A 5P6HA 2ZDZA 4Y4XA 3ZKXA 3L59A 3R0WA 2Z4OA 3S8IA 2WHHA 2IKUA 2FMBA 3TOGA 5OYRA 3S45A 4TRYA 2BB9A 1ZSRA 3Q6YA 2V0ZC 1W5YA 3CYWA 2MIPA 1T7IA 2PYMA 3RTNA 5P18A 1QBTA 5P32A 5P4DA 1LYWB 5F01A 4GZFA 5P5FA 2HC0A 5HVPA 5OZXA 2UXZA 2Q63A 4DJWA 5P0PA 2B7ZA 4X2LA 5HCTA 4QJ7A 4EJLA 2QI5A 3Q3TA 1D4SA 1LF3A 3T6IA 1BDRA 4YD4A 3OUBA 2PK6A 1G2KA 4Y57A 2NNPA 5AH8A 2ZHUA 4Y4BA 5P06A 5P01A 5P7JA 5P1MA 3PLLA 1FIVA 3TNEA 2HPEA 2CEMA 3BXRA 4OC6A 5P6LA 2G26A 2IS0A 5OYTA 3LIYA 4LBTA 3NWQA 2NXMA 2XYEA 2PSVA 5P4TA 4H1EA 3UDJA 3DCKA 5KOQA 2V00A 3PB5A 5DQCA 5ER1E 5JODA 4Y47A 5P8SA 3IVHA 1WKRA 5P5KA 1K6VA 3EM6A 3OQFA 3D1ZA 2SAMA 5P08A 1MVPA 5P8OA 4Y5BA 3VYFA 4QJAA 4Q1XA 4B72A 1TCXA 2QAKA 5P33A 4RROA 4I10A 4ZPFA 2JE4A 2AIDA 4J54A 4B05A 2WL0A 4DJOA 4LXKA 3PHVA 6UPJA 4FGXA 5PEPA 4D85A 3S85A 2BKSA 1D4IA 5P81A 5OZ7A 4NJVA 4B77A 4JPCA 4ZSMA 5P0TA 5P4EA 2A1EA 1YM4A 1GNMA 5P74A 5OZDA 4D88A 4Y48A 3EL0A 3KT2A 5IVRA 2NNKA 1FEJC 3AIDA 5P5OA 4Y39A 2J9KA 1BVEA 5P7LA 2I4XA 4YOBA 3EKTA 2HB2A 1LYWA 3D20A 4L7HA 3PJ6A 3EBZA 3PBZA 3F9QA 3ZKGA 1EPQE 5P0SA 3OU4B 5OZQA 4CPRA 5P4KA 3DV5A 5P1YA 2AOIA 3EL1A 4WTUA 3OXXA 1VIKA 5OZPA 4DUSA 3DCRA 4M8YA 5P7AA 3IVIA 3O9EA 1UH8A 2V12C 5P2VA 1HSHA 5IS4A 4J1FA 1DIFA 1QRPE 4F74A 1MTRA 5P1BA 5P12A 3SKGA 1LF2A 5P7PA 5P4XA 5P7MA 1CZIE 1E5OE 3PMUA 2G24A 5P71A 5P6QA 1G0VA 4Y44A 3S7LA 3UDNA 5P13A 1SDVA 5P6DA 5P7QA 2RENA 5P1GA 1HVJA 4FLGA 4FS4A 5P4BA 1Z1RA 2BKTA 1YTHA 5OZHA 3H5BA 3UQXA 5DPZA 1OEWA 3CKTA 5P7OA 2FXDA 3EKXA 1KZKA 4J1CA 2ZJNA 4R92A 1M4HA 3IA9A 4LL3A 3SA4A 4Y5CA 2Q5KA 5P1LA 4RVXA 5P2HA 3PWWA 1J71A 4RYCA 3TLHA 4DJYA 3EL4A 3T7XA 1VIJA 5P5YA 4ZIPA 4FM8A 3B7VA 5P7GA 4FRJA 4FIVA 1LYBB 2BPWA 4L7JA 3URLA 3OGPA 4GJ7A 4EJKA 4ZPEA 3I25A 2HB3A 1CPIA 5P1ZA 2PK5A 4MC9A 5UPJA 2I4VA 1K6TA 3BUHA 3SA7A 1GVXA 5P1VA 5P2CA 2FDDA 3OUCA 5P00A 4GJ9A 5P77A 1HSIA 3HBOA 5P0ZA 5OZZA 4I0EA 1MTBA 3OXCA 3OU4A 5P5SA 5P73A 2UPJA 1PSNA 3QS1A 5P0MA 1HVLA 1ER8E 5P4IA 5T4SA 1ZTZA 5P0BA 4H3JA 4NJTA 5HU1A 2B42A 5AH9A 3SPKA 3APPA 1NH0A 2O4PA 3QRMA 2FNSA 5P20A 4CKUA 3S43B 1SP5A 3KDBA 3LNKA 3BVBA 4Z50A 4FE6A 2B8LA 2IGYA 4K4RA 4D89A 1D4YA 4PPHA 2HPFA 5P7KA 1MRXA 1LF4A 4Y45A 2EWYA 5P6BA 1K2BA 4Y4ZA 5P8VA 1HEFE 5P8HA 1MRWA 2ZHRA 5P4HA 3KDCA 3SA9A 2IQGA 1E81E 4I0HA 5DR8A 4Y3AA 5P69A 3KFSA 5P4UA 4CPSA 2VIJA 3BC4A 5I3YA 5P0YA 3VFAA 7UPJA 5OZNA 1EBZA 5P43A 1LYAA 2I4WA 2AZCA 2O4NA 1FF0C 3APRE 4DQCA 3D3TA 3EKPA 4DQHA 2WECA 2R43A 3R4BA 2G20A 3PGIA 3NU6A 3LZYA 3KYRA 4B00A 5BS4A 1EAGA 5P0AA 5IVTA 5P1PA 1PPME 4YDGA 3G6ZA 1HTEA 5HTZA 5OZEA 2QHYA 1TZSA 1LV1A 4Y5GA 1LYBA 2PWRA 2NMYA 5P78A 4HDPA 3O9HA 2G27A 3EL5A 5P5DA 3SFCA 3UDHA 5P8RA 5I70A 3L5CA 4BFBA 2QI7A 2R5PA 5P0VA 1W6HA 4XXSA 3BUFA 4Y3GA 5P4NA 3H0BA 3UQRA 2PSUA 4Y3MA 2AVVA 3UDYA 4DI2A 4ZPGA 3DUYA 4CPWA 4Y4EA 5P14A 1MIQA 1RQ9A 2ANLA 4B1DA 1DPJA 1XDHA 1XE6A 3UDPA 1M43A 4Y3RA 5P3YA 5P58A 4J5JA 3HVPA 1GVUA 5P5PA 5P3QA 5P1KA 4Z22A 5P07A 1HWRA 2NTRA 3PVKA 3TPRA 2IKOA 5P8AA 2QMFA 5P1OA 5P4LA 4F76A 5P3FA 4DJXA 3PSUA 2CENA 1KJHA 2QI1A 3S43A 2G1OA 2F80A 3PCWA 5P3UA 1A30A 5DQ1A 5P45A 5OZYA 5AHBA 5P8JA 5OYQA 1FGCC 3U71A 1FQ4A 4DPIA 4YA8A 4YBFA 3N3IA 1HVRA 1APTE 2ER0E 3WZ7A 2HS2A 1FFFC 4GJ5A 5P6AA 5P1SA 4GYEA 4J1HA 2I1AA 3B80A 4GJ8A 4TRZA 3FNSA 4U7VA 5P5LA 5HDXA 3OQ7A 4IVSA 5P41A 5P5UA 1SIVA 4Y3WA 2QK5A 1T7KA 5P5CA 3EKWA 4EP2A 5OZSA 5P7SA 5P3RA 5P5VA 1N49A 5P1AA 5OZWA 2NXDA 4ZSPA 1RPIA 4OBJA 5P57A 1B6LA 4HLAA 5P65A 5P7YA 5P8EA 2RKGA 4Y38A 3MSLA 4YD7A 3SAAA 5OZIA 3HVGA 1NSOA 4K9HA 4EHCA 3JVYA 1TQFA 1WBMA 1EEDP 5P8UA 4E43A 3INEA 1C6XA 2WF2A 1B6MA 1MESA 2FLEA 5P1CA 2QZLA 3OTSA 6FIVA 5AHCA 4ER2E 5P28A 1F7AA 4YHQA 2PSGA 5P5AA 1IBQA 2VJ9A 5P0UA 3LZUA 5SXNA 2B8VA 4TVHA 5KQFA 5P6IA 5OZRA 4Q5MA 2R5QA 1B6PA 4EQ0A 5P3EA 3DJKA 2WF4A 5P47A 3DK1A 2QMPA 3I2LA 4F73A 4AA8A 2I4UA 4GMIA 4Y5LA 1W6IA 3N4LA 4MC2A 5OZ8A 2BPZA 5BWYA 4RVIA 3ZOVA 4QJ9A 1W50A 5P54A 5P8TA 5P2NA 3RSVA 2XYFA 1UPJA 4J0YA 4RVJA 3LINA 7HVPA 5P56A 5P1XA 3TPPA 4EWOA 1BAIA 3L58A 4WY6A 4I1CA 4NKKA 4Q1WA 5P3BA 1NPWA 1XL5A 1F34A 3WB4A 2ASIA 5KQXA 1T6EX 5P31A 5P3TA 4RZ1A 3PSYA 5P25A 5OZ9A 5P2QA 5APRE 1OHRA 1BWAA 4DVFA 1KJGA 2VJ7A 5P5MA 2P3DA 4JOOA 3KM4A 1FFIC 3S53A 2FNTA 1D4JA 1EPNE 3LIQA 5P7NA 4ER1E 3FNUA 4OBZB 3Q70A 3VYEA 2PYNA 1SGZA 1QBRA 4XX3A 2QNNA 1ME6A 4J55A 3QVCA 3QN8A 4Y50A 2IRZA 4RRSA 4KE1A 5P22A 5DQ5A 5P75A 4YD6A 1MUIA 4D8CA 5P4PA 3GI0A 3DOXA 2H6TA 4FCOA 5P0QA 5P3MA 4YCYA 5P2DA 3T7PA 2ZJIA 3KFRA 4I0DA 3SABA 2PC0A 3CIBA 1HVKA 1HTGA 3T11A 2QI4A 2VNMA 3PCZA 4EXGA 5SZ9A 2ZYEA 3UQPA 3MXDA 3EKVA 1D4KA 1ZAPA 9HVPA 5P5JA 5J25A 5OZGA 1E82E 1IIQA 5P6VA 5AH6A 1MT7A 3RVIA 5JFUA 5P48A 4Y3LA 4K4PA 4CPTA 4U8WA 3VEUA 5P1WA 5P04A 1EPRE 5ISJA 5P67A 2BPXA 5ER2E 2AOFA 1ODWA 1BWBA 4PZWA 4Y4WA 1HEGE 5P51A 1FG8C 3QBHA 3VSXA 5DR4A 5P4VA 3D91A 4Y51A 3ZPSA 5P05A 2VS2A 3LIXA 5P0RA 4EYRA 3CICA 3S56A 1ODXA 3BVAA 4ZE6A 1ZLFA 3QIHA 3K4VC 3GI4A 3OGQA 3ER5E 5OZMA 5OZAA 3I6OA 4GJAA 4HDFA 1Q9PA 5P3PA 5IE1A 4Y5EA 4Y4GA 4Y5MA 1IDBA 2R3WA 2H6SA 3HAWA 3KMXA 5P6WA 4Y41A 1OD1A 4Y4TA 5P4FA 5P4SA 4I0ZA 2XFKA 3TKGA 5OZBA 2QHCA 1FMUA 1SBGA 5KQYA 3IXKA 3GW5A 4OBZA 5P7BA 1QBSA 5KOSA 3HD8A 1RV7A 5P8PA 1FLHA 4QLHA 5P6OA 5P5HA 1HXWA 2WJOA 3EL9A 2QI3A 3ZKSA 1K6CA 2BBBA 1HVHA 2VJ6A 5P6XA 2QD8A 3CYXA 1LYAB 5P89A 2WF1A 5P3SA 2P3BB 5P17A 1UH9A 4RYGA 2VIZA 4RCFA 4AZYA 4Y4AA 5P7CA 4BELA 3INFA 3OQDA 4FSEA 2XFIA 5KR2A 5I3VA 1BVGA 1HSGA 1HIIA 5P3HA 4QJ2A 1M0BA 5P62A 3OXWA 3HDKA 2HAHA 3BXSA 1HOSA 4EP3A 4L7GA 5P66A 2VA6A 5P2UA 2G1RA 2P3AA 3O9LB 5P2BA 2OHPA 3QRSA 2Q55A 4Y5NA 2V16C 1ZPAA 4Y3PA 1T6GA 1QDMA 2AZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0C A;  3NU9 A;  1W51 A;  5P2X A;  5P1H A;  1IZH A;  2QU3 A;  4LC7 A;  5P5N A;  4UPJ A;  4R5N A;  3ZPT A;  5P6T A;  3UTL A;  2WF3 A;  5P0I A;  4HEG A;  3URJ A;  5B18 A;  4CPX A;  2QNP A;  1ZPK A;  2QZW A;  3FSM A;  4B0Q A;  1AVF A;  5P8D A;  1MET A;  4ZLS A;  2AVS A;  2B60 A;  4I11 A;  1CMS A;  4I0G A;  3TPJ A;  5P5Q A;  4R91 A;  1Z1H A;  3MWS A;  1AAQ A;  5P4C A;  1FMB A;  3Q4B A;  3SM1 A;  3L5F A;  3PBD A;  4YD5 A;  2Q54 A;  4YE3 A;  2AZB A;  4Y9W A;  4XX4 A;  1IZE A;  4ZSR A;  3TL9 A;  5P1I A;  5P0G A;  3OAD A;  4EQJ A;  4MC6 A;  5P7V A;  1B5F B;  1K1U A;  5P27 A;  5I3W A;  3UDQ A;  5P6M A;  3LZS A;  5KR8 A;  4BFD A;  4LHH A;  5P8L A;  4RGH A;  3FNT A;  3NUJ A;  3UDR A;  3L5B A;  3PI0 A;  5P0F A;  1DAZ C;  1IZD A;  5P44 A;  5P7F A;  5C9F A;  4LXA A;  4Y3H A;  4KE0 A;  4Y3F A;  2J9J A;  5DR1 A;  3OUA A;  1HVC A;  3SLZ A;  4DJP A;  3SQF A;  1AJV A;  3PEP A;  3ZL7 A;  5OZV A;  5AGZ A;  5P1E A;  5P0O A;  4DPF A;  4APR E;  1HPX A;  3HAU A;  5P5E A;  3HW1 A;  1C70 A;  4YDF A;  2AVO A;  3K5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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