2PQZA

Hiv-1 protease in complex with a pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pqzA00
1D4KA 3MXEA 4AA8A 1A8KA 3SA8A 3MSLA 1SDTA 1T7KA 2IGYA 3RSXA 5P6GA 4Y4ZA 2XYEA 3VV6A 2O4NA 5P4JA 2RSPA 5P69A 3FNSA 5P4VA 5P57A 2I0AA 4LC7A 4OC6B 2A4FA 1ZPAA 5OYSA 5C9DA 1MERA 5P25A 2ZYEA 1AJXA 5P6ZA 5P8EA 5P2AA 5P0FA 5P7UA 5P3RA 2UY0A 5P59A 5P6QA 4Y3QA 4RRNA 2OHSA 5C9FA 5HVPA 5P3QA 5P52A 4Y4WA 5P5JA 4QJ8A 4QJ6A 2PSVA 4FSLA 2APRA 5P53A 5P5UA 2V13A 1YTGA 4RRSA 3PBZA 4CPQA 2ZHTA 1E80E 3HW1A 3JW2A 3KFSA 3OQDA 5P77A 5P2SA 3INFA 1C6ZA 1SMRA 3KFRA 5P74A 5HU1A 3OQ7A 5OZ4A 3T3CA 3SA9A 3IXKA 2WHHA 3EXOA 3I25A 5P87A 2PK5A 2ER6E 2V00A 4RVJA 3ZKGA 5OYXA 3MWSA 2WEZA 3EKWA 5HCTA 3HAWA 5P1PA 2FS4A 1QBUA 1EPLE 1XN2A 4ACUA 5OZ6A 2IS0A 2P4JA 4Y3DA 5P2LA 3OQFA 5P4UA 5P8RA 4B0QA 5OZJA 3QRSA 1AXAA 1HIHA 3I2LA 3WZ7A 5P4KA 1WBMA 3QI1A 3HZCA 2NPHA 5P8JA 3U6AA 2IDWA 5P23A 1OEXA 4DJRA 5DQCA 5P0VA 4J1KA 1FQ6A 2FGVA 4R93A 3SABA 1DPJA 4U7VA 4MC6A 2VIJA 4OBJA 9HVPA 1W6HA 4GJBA 2QCIA 2G1NA 2RENA 3PMUA 4EXGA 3L5BA 3O99A 1SDVA 3S2OA 4FM7A 3TPPA 2BQVA 4Y4UA 2PC0A 2SAMA 3RTMA 5AH9A 5P4WA 5HTZA 5P3LA 1IDBA 4Y50A 4FAFA 3OUDB 3URJA 5P73A 4YCKA 1FMUA 3KF0A 5KR0A 1Q9PA 5P1QA 5P48A 4J1FA 2AVOA 3UTLA 4HDFA 1ZJ7A 1Z1RA 5P7WA 3PLDA 3NR6A 4DQBA 2V10C 3HVPA 2R43A 3KFNA 3MSKA 4LXAA 5P42A 1E5OE 3K4VA 2PSUA 4Y5CA 3ZKMA 2RMPA 4J0ZA 1HPVA 2VA7A 5P61A 4JECA 2IL2A 4YOAA 4FGXA 1RNEA 3CIDA 4DJWA 4ZPGA 5P0SA 1SP5A 1ZSRA 1META 3SA3A 2F81A 2ER9E 4J54A 2QI5A 5OYZA 3Q4BA 1C70A 3PM4A 4GJCA 1J71A 2ZDZA 3QVCA 3LZYA 5P32A 5P8VA 5AHBA 1HTRB 1BVEA 2JYSA 5P15A 2PYMA 2V12C 5P4YA 2MIPA 3VF7A 4E43A 1D4YA 3ZPTA 5F01A 2QHCA 1KJGA 4Y3EA 2WF4A 4IVSA 1YG9A 5P4IA 4YBIA 1LYBB 5IVQA 4ZEAA 5P6CA 5JODA 1BDRA 5P4MA 5OZRA 2XYFA 4I8ZA 5P63A 5OZUA 2QI7A 4Q1YA 1AIDA 5P72A 2OHQA 2QMDA 1M0BA 5P2UA 1LF3A 5P79A 5P02A 5P1JA 5P8LA 4Y3TA 4EWOA 1PSAA 4R92A 2QD8A 6FIVA 5P5IA 4Y53A 5OZOA 1EC2A 3BHEA 3TOGA 3GI6A 1F7AA 1AZ5A 5P2CA 2VS2A 3LINA 5P0BA 3TOHA 1GNOA 1ZLFA 3K1WA 5P2RA 3S53A 2F8GA 5COPA 5P2TA 5OZZA 3OADA 4GJDA 2I4XA 3HBOA 3T11A 1FQ7A 3O9EA 4GJ5A 3VF3A 3KMYA 5P29A 4FE6A 2OHMA 3OHFA 5P8TA 4J1IA 4WY6A 5IVSA 3QROA 2ZHVA 4EYRA 3GW5A 3PWRA 3QVIA 4EP3A 4FRIA 3WZ6A 3LIXA 3Q5HA 5P7FA 3Q3TA 1ZPKA 2AZCA 1HVCA 5P07A 4AZYA 3OQKA 2I4DA 1OD1A 5DGWA 4GIDA 4MC9A 5P5DA 3PI0A 3NDWA 2BKTA 3PB5A 3TNEA 5P0QA 4HE9A 5AH6A 1MVPA 5OZMA 2PQZA 1AJVA 1BAIA 1ODWA 2ZJHA 5IVTA 1MTBA 1RL8A 4YD7A 5JFUA 5P1VA 3RVIA 4APRE 4CPWA 1EPOE 4BELA 5P3MA 1A94A 4YDGA 3TPLA 1TQFA 4Y51A 3S54A 3UDYA 2ANLA 4B78A 1QS8A 4I0ZA 5P60A 3DJKA 3NUJA 2Q3KA 5P2DA 3OGPA 3UDHA 4U7QA 4PPHA 4AUCA 5HU0A 1JLDA 4ZSMA 2OHRA 1APWE 2V0ZC 3HLOA 5OYWA 5AGZA 3NLSA 3NWXA 4XXSA 4JPCA 3VF5A 3D1XA 4FS4A 5P7PA 4QLHA 4TRYA 1ODYA 3OXWA 3OU4A 4EXHA 3JVWA 3BVAA 5P4ZA 5HDZA 5P6FA 5P1IA 5P7DA 3EM6A 4B72A 3UQXA 3F9QA 4L1AB 3BGCA 5HDXA 3SPKA 4Y3NA 5P76A 1HIIA 5P7LA 5AHCA 5OZCA 2QZLA 5P39A 4ZLSA 1MSMA 3UQUA 4Y5MA 3SA5A 5KQYA 2VA6A 5P5VA 2O4PA 5P7AA 2P3AA 3PRSA 5P13A 3WSJA 1D4SA 5P19A 5OZ3A 4D88A 2O4KA 2H6TA 3GI5A 5P56A 3O9BA 4L7GA 1GVXA 5P3TA 1MSNA 5P44A 1YTHA 1E82E 4GJ8A 4LP9A 3PSUA 5OZYA 2FDEA 4HZTA 1EPME 4Y3PA 1A9MA 5OZ9A 3DK1A 2PMAA 1FEJC 3OHHA 4TVGA 1LZQA 5P1UA 4I0EA 1HVLA 1EC1A 2J9JA 4NJSA 1B5FB 4D8CA 2HPEA 3ZMGA 5P3WA 1K2CA 4J1EA 3EKPA 1KZKA 1LV1A 5P36A 1B6LA 2QI4A 3BC4A 3VEUA 5P55A 2HS1A 3G72A 1VIKA 3CYWA 4GJ6A 1ME6A 4RCFA 5ISJA 4BFDA 2NXDA 2VIYA 5P14A 5P5TA 4J0VA 3SKFA 5P1WA 1HOSA 3QRVA 4B1DA 3PJ6A 2HB4A 4Q1WA 4RROA 2WJOA 5P6TA 5P1AA 4EQJA 1BVGA 1YTJA 4Z22A 5P0XA 2ZJLA 2RKFA 4L7HA 5UPJA 3UDRA 4Y3LA 3NWQA 4APEA 4Y4GA 5P4RA 5P71A 4NJVA 3KDCA 4OBDA 1A8GA 1QBSA 4X7IA 4EQ0A 1EBWA 3D91A 3NDTA 5P1ZA 5T4SA 2WEBA 2IGXA 4Y4AA 3LIZA 5P17A 3OY4A 4Y5KA 4DPFA 1BIMA 2Z54A 1PFZA 2IRZA 2R8NA 3KT2A 1YX9A 3SM1A 4Y3WA 1SGZA 5DGUA 4GJ7A 4DJXA 4H3IA 5P2NA 2NMYA 5P05A 5P0DA 5OZNA 4RVIA 1DP5A 1OHRA 4KE1A 4J1HA 3L5CA 4B1CA 3CKPA 4Y5GA 1YM2A 2PYNA 4ZSQA 5OYUA 5AHAA 5P0EA 1C6YA 4Q1XA 1D4IA 2QZWA 5P4PA 5P2GA 5P3ZA 5P3DA 2BPVA 4Y4BA 1FQ5A 4NJUA 2WEAA 4FRSA 5P34A 5OZ7A 1AM5A 1HIVA 3O9LB 4OBKA 2FXDA 3EL4A 4D83A 2QNQA 5FIVA 5P5SA 5AH8A 2A1EA 3TH9A 4DFGA 5P85A 2WF3A 3ZKXA 3SLZA 3IXJA 3LPKA 1TCWA 5P7YA 1BDQA 2WEDA 2FIVA 2VNNA 1FGCC 1PPME 4DQFA 5P1XA 2O40A 3CIBA 1HTFA 4B1EA 4YA8A 1MT9A 2I4VA 2AOCA 5P6RA 3LZUA 4HLAA 3O9GA 4NJTA 5P30A 3OUDA 2PWCA 1MRXA 3L3AA 4Y3RA 5DR8A 4KUPA 2I4UA 4JP9A 3VSXA 1G6LA 5DQ1A 4GJ9A 3UQWA 5P3CA 5P1KA 3S8IA 2P83A 1PROA 4HDBA 4Y3JA 5P5PA 3EBZA 1NPWA 5P3UA 1T7IA 3PVKA 5C9BA 3SA7A 5OYYA 5P7EA 3T7XA 3G70A 1E81E 1W5XA 3FV3A 5P5FA 3A2OA 2OHUA 5B18A 3PGIA 2QMFA 3DV5A 3RU1A 3QRMA 5P70A 2P3BB 3EC0A 3URIA 1EBKC 5P8UA 4LL3A 3ZPUA 1IVPA 2VIZA 5P10A 5PEPA 4HA5A 4M8YA 4MC2A 3D1ZA 5P1FA 1EPNE 3BUHA 3APRE 5P1TA 2CEJA 5P5KA 1RV7A 2I1AA 1DIFA 4OD9B 4Y5NA 2VJ9A 3GGXA 4ZSRA 5P40A 4Q5MA 5OZLA 4OBFA 4ZIPA 1RPIA 4Y38A 5P7BA 2ZHSA 4Y3YA 5P27A 3UFLA 5P33A 1XL5A 5CLMA 5P6DA 3PSYA 2B8VA 1HRNA 2F3KA 3KYRA 5P5ZA 6UPJA 5P68A 4N00A 4K4QA 4Y4DA 5P5QA 1C6XA 4FM6A 5P7KA 1BWAA 2QZKA 4CPTA 5P6IA 1YM4A 5P06A 5P6VA 5DQ2A 5BRYA 5P84A 4Y4EA 2WF1A 4JPEA 1TZSA 4Y41A 5I3YA 3OXXA 4Y37A 4I0HA 5P8MA 2RKGA 1YT9A 3EKXA 1WKRA 1IBQA 5P2MA 5P0CA 3ZLQA 3L5FA 4CPRA 5P0YA 5P3XA 3IA9A 2B8LA 1FIVA 2Q15A 5DR0A 4QJ7A 3PSGA 3WB5A 1ENTE 3O9FA 5P43A 4Z2ZA 1OEWA 5ENKA 4I8WA 5P8NA 4RYCA 1MPPA 3NU5A 2G27A 3OU1B 4YD3A 4FIVA 4J0TA 3PBDA 4U8WA 3O9HA 3N3IA 3PWWA 2I0DA 5P2BA 3TKGA 5P5XA 3R0YA 3SM2A 4CPUA 3H5BA 3LIYA 3L5DA 1HVHA 1IDAA 2AZ9A 3S43B 4TVHA 5P0LA 3HDKA 1B6MA 2Z4OA 4FL8A 3PI5A 1FQXA 5HD0A 3R0WA 3NU3A 3CKRA 1EC3A 2BPZA 2WKZA 4F75A 3D3TA 1LYWB 3VFBA 1F34A 4DJPA 4YBFA 2FDPA 2IKUA 5P09A 5P78A 3OUBA 5P86A 4Y5PA 5P6EA 3ZOVA 2NNPA 4D85A 4XKXA 2QK5A 5ER1E 1FG6C 2XFIA 2B42A 1HBVA 4DQHA 1UH8A 3DUYA 2G1SA 5HE5A 5P4CA 5IS4A 2ER0E 5J25A 2BPYA 2EWYA 5P0IA 2AZ8A 1VIJA 5P1LA 5P7QA 2ZJKA 3SO9A 5P31A 1HPOA 3BXRA 4Y36A 4Y3AA 1ODXA 5KQZA 1CZIE 2XFJA 3ZPSA 3EKVA 5P5CA 5P5HA 4H1EA 1GNMA 3SACA 3VCMA 1MIQA 2AQUA 5OZBA 3OXCA 5OZTA 2HS2A 4Y58A 4J0PA 4L1AA 2I4QA 2QI0A 3R4BA 4OBZB 1HEFE 4F76A 3T7PA 5P49A 1XE5A 3K5FA 5DPZA 3NU4A 1GKTA 3PHVA 4I12A 5P8PA 1HXBA 3TL9A 3FIVA 2AOEA 2ZGAA 3UDMA 5P01A 3QP0A 1AVFA 2G69A 3EM4A 3LHGA 4Y3FA 4DH6A 4QGIA 5P4NA 1XL2A 2QD7A 5P2EA 3HVGA 3TKWA 2O4SA 1GVUA 4DI2A 3FNUA 3INEA 3UQPA 4Y56A 3KA2A 2P8HA 1EPRE 2BJUA 1HVJA 3BXSA 5P4BA 2QMPA 4I0IA 5P5AA 5P20A 3OAGA 1RQ9A 3GI4A 4LXKA 1HVRA 1B6PA 3ZL7A 3OUAA 4L7JA 4RLDA 5P8FA 5P0PA 7UPJA 1B5FA 3S7MA 3VYDA 5P1HA 4Y4JA 2NMZA 5P6AA 4LHHA 4ZSPA 4FSEA 1SDUA 1MEUA 1U8GA 5P1BA 5P1CA 3VLAA 5DR3A 3AIDA 2JE4A 4PHVA 4WTUA 5P7MA 4DQEA 3O9IA 3DOXA 2F80A 4YD4A 3UDPA 3PMYA 3NXEA 4LAPA 4H3FA 5P3NA 5P54A 4YCTA 3IGBA 4YHQA 5P2QA 1BWBA 3VV7A 5DQ5A 3IN3A 1SMEA 5OZIA 3UCBA 2QI3A 4ER2E 3Q70A 4I1CA 1PSNA 5DQ4A 2G94A 5OZXA 1LF2A 1QRPE 4Y39A 1CMSA 1G2KA 2PSGA 3OU3A 5P3JA 5P5GA 5EZXA 3QN8A 2G22A 1K6PA 4Y5EA 4EHCA 1MTRA 5COOA 3L58A 5P8IA 3RTNA 5P81A 1SBGA 3QS1A 5I3VA 5P67A 3VG1A 2OHKA 2QI1A 5P0OA 1D4JA 5E5KA 1EBZA 5P7RA 1XE6A 4Y9WA 4ZE6A 3O9DA 3BVBA 3URLA 1HWRA 2BKSA 1APTE 4FM8A 1LYAB 4Y5AA 4DVFA 1G35A 1IZIA 4FRJA 3NXNA 2WF2A 5P0AA 5P6XA 3S7LA 2G21A 1K6CA 3BGBA 3OQAA 3TTPA 2O4LA 2UPJA 3UF3A 5P45A 5P0RA 2QI6A 4Y54A 4J5JA 5P1GA 2AOHA 4R91A 4I10A 4K9HA 1CPIA 1Z8CA 5P0GA 5P7XA 2FGUA 3UDJA 4OC6A 5P22A 5BWYA 3KN0A 4J1CA 5P6JA 4D89A 3ER5E 3SFCA 3NU6A 2OF0A 1D4LA 5P5MA 2WECA 5AH7A 2R38A 3PWMA 1B6KA 3ZKSA 1GVVA 4K8SA 2AVQA 4J0YA 1ER8E 4OBGA 4DJQA 4YD5A 2OHNA 5OZWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4K A;  3MXE A;  4AA8 A;  1A8K A;  3SA8 A;  3MSL A;  1SDT A;  1T7K A;  2IGY A;  3RSX A;  5P6G A;  4Y4Z A;  2XYE A;  3VV6 A;  2O4N A;  5P4J A;  2RSP A;  5P69 A;  3FNS A;  5P4V A;  5P57 A;  2I0A A;  4LC7 A;  4OC6 B;  2A4F A;  1ZPA A;  5OYS A;  5C9D A;  1MER A;  5P25 A;  2ZYE A;  1AJX A;  5P6Z A;  5P8E A;  5P2A A;  5P0F A;  5P7U A;  5P3R A;  2UY0 A;  5P59 A;  5P6Q A;  4Y3Q A;  4RRN A;  2OHS A;  5C9F A;  5HVP A;  5P3Q A;  5P52 A;  4Y4W A;  5P5J A;  4QJ8 A;  4QJ6 A;  2PSV A;  4FSL A;  2APR A;  5P53 A;  5P5U A;  2V13 A;  1YTG A;  4RRS A;  3PBZ A;  4CPQ A;  2ZHT A;  1E80 E;  3HW1 A;  3JW2 A;  3KFS A;  3OQD A;  5P77 A;  5P2S A;  3INF A;  1C6Z A;  1SMR A;  3KFR A;  5P74 A;  5HU1 A;  3OQ7 A;  5OZ4 A;  3T3C A;  3SA9 A;  3IXK A;  2WHH A;  3EXO A;  3I25 A;  5P87 A;  2PK5 A;  2ER6 E;  2V00 A;  4RVJ A;  3ZKG A;  5OYX A;  3MWS A;  2WEZ A;  3EKW A;  5HCT A;  3HAW A;  5P1P A;  2FS4 A;  1QBU A;  1EPL E;  1XN2 A;  4ACU A;  5OZ6 A;  2IS0 A;  2P4J A;  4Y3D A;  5P2L A;  3OQF A;  5P4U A;  5P8R A;  4B0Q A;  5OZJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5KAO A;  5P5N A;  1BV7 A;  5P88 A;  5P5O A;  1B11 A;  3JVY A;  4Y3M A;  2AOD A;  5P7T A;  2G1R A;  3I8W A;  3U7S A;  4Y3Z A;  2G26 A;  5P37 A;  3T6I A;  2QMG A;  4EPJ A;  2VJ6 A;  4KB9 A;  1ZTZ A;  4B77 A;  1HEG E;  4QJA A;  1IVQ A;  3SA4 A;  2ZHU A;  5OZQ A;  2JJJ A;  3IN4 A;  5OYV A;  4PZX A;  5P4H A;  5P75 A;  4CP7 A;  4CKU A;  5P6Y A;  4Y48 A;  4WY1 A;  1KJ7 A;  4Y35 A;  2ZJM A;  1MT7 A;  5APR E;  3B7V A;  3BUF A;  3OTS A;  5P2I A;  4A6C A;  5P4X A;  5P2J A;  3OAD B;  3QAA A;  3S45 A;  5SY3 A;  2G1O A;  4H3J A;  5P6L A;  3BUG A;  5P4O A;  4YD6 A;  4GZF A;  5EZZ A;  4NPT A;  5P41 A;  4B70 A;  1HXW A;  3HD8 A;  2ZJJ A;  1HTG A;  3ZKI A;  1WBK A;  3O9A A;  5P2F A;  2WL0 A;  4RYG A;  4Y57 A;  1LYA A;  4GB2 A;  2R3W A;  3U71 A;  4YDF A;  3IAW A;  2BB9 A;  2BPX A;  3I7E A;  4A4Q A;  2Q5K A;  3UQR A;  4I0D A;  3OXV A;  2QHY A;  4OBH A;  1FF0 C;  4QJ2 A;  5OZF A;  4R95 A;  2PWR A;  5P6S A;  3PCW A;  2ZJN A;  2V16 C;  4YOB A;  5HCO A;  5P1E A;  3GI0 A;  2VNM A;  4R5N A;  4DJU A;  4EJL A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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