2PWRA

Hiv-1 protease in complex with a carbamoyl decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pwrA00
1YTJA 4KE0A 3SA9A 1HSIA 1HVSA 4DQHA 3A2OA 5OZNA 3Q5HA 4GJ8A 5OZ0A 2OHSA 1EEDP 3VFBA 5P1VA 2PWRA 3Q6YA 2VJ7A 4CPSA 5P5SA 4EQJA 4J0PA 4IVTA 1APUE 5P7GA 2AQUA 3VSXA 5P72A 3MXDA 3EKVA 1K2BA 2MIPA 4FIVA 2XYEA 4DJUA 5P0RA 1LYWA 2NMYA 1HPSA 4TRZA 2HPEA 3S43A 4ZSMA 3PGIA 5I70A 1SDTA 4DQCA 3MSLA 4M8XA 3K5DA 5P3ZA 5P4UA 3JVWA 5P12A 3BHEA 4EJDA 5P24A 4GJ6A 1M4HA 4ER1E 2QI7A 3LIZA 2NMZA 3NR6A 3VEUA 2G21A 1HPXA 2ANLA 5P8JA 2Q54A 4I0HA 3SA7A 4Y3GA 3I6OA 4TVHA 5P35A 1EPLE 3NWQA 3HVGA 3OWNA 1AVFA 4DJXA 5P4AA 4RGHA 5P7ZA 1BWAA 1RV7A 2I1AA 3OOZA 2CENA 1FQXA 4A6CA 2IKOA 3KT2A 5P46A 3QRVA 4I12A 5AH9A 5P64A 5P8QA 1MIQA 1AZ5A 5P1GA 3L5DA 3QBFA 3S56A 1EPME 1IDAA 4Y48A 3OXXA 3PSGA 1E80E 5P5TA 2WJOA 5ER1E 1CZIE 4I0EA 5KAOA 4H3FA 1EBKC 3PWWA 1XE6A 1K6TA 3OUCA 1MPPA 1ODXA 2BB9A 3S85A 2FLEA 4L1AB 4LXAA 1HEGE 1PSNA 4I11A 2OHKA 2J9KA 5P8PA 1U8GA 4HE9A 4J17A 4COEA 4GJ5A 3ZKXA 3CIDA 1KJGA 5SXNA 4Y4UA 3KT5A 4GJDA 4D88A 1MTBA 4Q1YA 3OXCA 4OBJA 3G70A 5AHCA 3ZLQA 5P66A 3INFA 1IDBA 3QVCA 3DV5A 2F3KA 4UPJA 2O4KA 1VIJA 1MRWA 5P4HA 1MEUA 5COOA 4EJ8A 2IGYA 5P4BA 4Y37A 2NNPA 4I0DA 4Y36A 5IS4A 2VNMA 5P52A 1TSQA 1BV9A 3U71A 1LF4A 3CKTA 5P6FA 3HBOA 1GVVA 1QDMA 5P4QA 4ZPEA 2O4SA 4YOBA 4OD9A 1TZSA 1XN2A 5P3RA 4XXSA 5P3OA 2OHTA 4Q5MA 1MSNA 1FMBA 3VLAA 5P2XA 4YCKA 5OZHA 2G22A 4I0JA 5P7JA 3LZVA 5P3NA 5BS4A 2J9JA 3EL1A 1HSGA 4MC6A 4JPCA 4DPFA 4U8WA 4I0IA 4ZPFA 3NU6A 3PB5A 5P13A 2QP8A 1T6GA 3MWSA 5KR8A 3EMYA 2WKZA 5ISKA 2RENA 5P5LA 4FE6A 5P0EA 4Y3HA 3UDHA 4J0VA 3NU5A 1D4IA 5P6GA 5OZ9A 3QBHA 5P3EA 5P7DA 3L5CA 4OBFA 1HVHA 2QMGA 1HOSA 5IVTA 5DR1A 1FF0C 3VV7A 5P27A 3O9LA 3CYXA 4I8WA 4FAFA 5P3DA 4J1HA 3EBZA 2PH6A 2Q11A 4RCDA 1QS8A 2ZJHA 4HZTA 3HDKA 3UDNA 1EPOE 4GJ7A 5DR4A 5P48A 2ER0E 5P8MA 4APEA 3GI4A 4X7IA 5P0AA 3BUGA 2Q64A 2IRZA 3JW2A 1KJ4A 1KJ7A 3S2OA 4DJYA 5P3WA 4OBDA 1ZTZA 5OYRA 1SBGA 4DJRA 3SA3A 1W50A 5P4RA 3PM4A 1BIMA 4YD6A 4Y5CA 4GJAA 5P8AA 3ZKQA 4A6BA 2FDPA 4FRSA 5P16A 4XKXA 5APRE 1CPIA 5P5PA 5P47A 5P28A 2QCIA 2PC0A 5P7TA 3EKWA 5KQZA 5P1JA 5OZ3A 4J55A 1A9MA 4Y5MA 2JE4A 3S54A 1QRPE 3EC0A 1UPJA 3WZ7A 1DMPA 5P1FA 3PMUA 3UHLA 4Y38A 1TW7A 3MSJA 3IXKA 4Y5GA 3N4LA 2AOIA 5HD0A 2HC0A 4PEPA 3OUBA 5P1TA 3TTPA 4S1GA 4K4PA 5HDVA 5P59A 2HB4A 2PSVA 3D20A 2VIZA 1ER8E 5P7WA 5OZEA 5P0WA 5P4XA 4AA8A 5P2ZA 5P5AA 5OZ1A 4I8ZA 3Q70A 3OQKA 5P5QA 2PYMA 1FQ4A 5P5UA 2APRA 5C9FA 4L7HA 3T6IA 1TSUA 3EL4A 4Y3FA 2HIZA 4Y3NA 3UFNA 5P7SA 5P0ZA 3K5FA 4R92A 4DQGA 2H6SA 2UXZA 3L5BA 1PPLE 4GB2A 4NJUA 3HAWA 3UFLA 3BXRA 3T11A 3FV3A 3IVHA 2QHYA 5P4OA 5DGWA 1GNNA 4Y4WA 1IVPA 1CMSA 1QBSA 4GYEA 5P8EA 5HDXA 4EYRA 5P4TA 3SQFA 1VIKA 2PSGA 1MUIA 1E82E 5P25A 5P3JA 3FNTA 4Y57A 4RRNA 1HWRA 3UF3A 4Y47A 5P0GA 5P74A 2WEZA 2ER9E 1GVUA 5I3VA 4CPUA 3LINA 5P62A 7HVPA 5I3XA 2V10C 4CPTA 3OXWA 4FL8A 2BJUA 1MESA 5P8OA 1C70A 3KMYA 4B72A 1D4LA 2XFJA 1FQ6A 1B5FB 5P1NA 3MSKA 3UQRA 5OZ8A 5P7QA 3G6ZA 3MXEA 1FFFC 2ZHUA 2BPXA 1SH9A 2VIYA 5P2DA 5P87A 6UPJA 2Z54A 5P1CA 1PPME 5P10A 5JG1A 5OZXA 3UDKA 5P76A 4QJ6A 3AIDA 1HVLA 3NXNA 5P5WA 2ZE1A 3DV1A 1FGCC 5FIVA 4Y4JA 5P33A 5P1LA 3RTMA 3OXVA 3SKFA 1G35A 3NLSA 5P1RA 4Y3XA 1ZJ7A 1PFZA 1YT9A 5P2YA 3ZL7A 2QHZA 3H0BA 4FRIA 1AAQA 4KB9A 4Y3PA 3VYDA 5P4JA 1LS5A 4Y43A 4EJKA 4FGXA 5P38A 3ZOVA 4FS4A 4Y44A 1LEEA 1LYWB 1WBKA 4YBIA 4QJAA 3S43B 5P8CA 1SP5A 1T7IA 3INDA 2QNQA 4CMSA 5P6SA 1E5OE 4DUSA 4YD7A 3KYRA 5P6KA 5P3GA 2Q15A 2OHMA 3KN0A 1K2CA 3ER3E 2B7ZA 5P0DA 4I0ZA 2P8HA 5JFPA 2VA6A 5DR3A 4D85A 2QI3A 5KR1A 5P2OA 5P8IA 4YCYA 1T7JA 3L3AA 5P32A 3Q3TA 1K1UA 1EPQE 5P49A 1GNMA 2PWCA 4DH6A 3TNEA 5P0PA 4Y4GA 1ZSRA 5P09A 3PVKA 3URJA 3L58A 3D3TA 2NR6A 3NDWA 3H5BA 4A4QA 1HTFA 5P2KA 1IZHA 1FQ8A 3EM4A 3NYGA 5P15A 5P02A 2ZGAA 3I7EA 3IN3A 3WZ6A 5P89A 5P2TA 1OHRA 4AA9A 4B00A 3K1WA 4Y4EA 1PPKE 3LZYA 5P06A 3VG1A 4Q1XA 5OZYA 4RCEA 5P4FA 1XE5A 1D4JA 5P7VA 4CP7A 3CKPA 5P5XA 5P6OA 3GI5A 5P51A 4Y4XA 5KOQA 2ASIA 2JXRA 4DJWA 5P0NA 4BFBA 4DQBA 1HBVA 4D89A 3I8WA 5OZZA 3DCKA 5OZ4A 1EPRE 1SIPA 4H1EA 2FIVA 5P81A 1ZPKA 2QU3A 1OEWA 1XDHA 4N00A 3CYWA 3VF7A 5OZKA 3EM3A 5AHBA 5OZIA 1HIVA 2XFKA 3UDQA 4Y5KA 5OZFA 3OAGB 1T6EX 3SA4A 2F3EA 2R8NA 1BVGA 1IZDA 4EHCA 5P3HA 2H6TA 3QN8A 4J5JA 2Q5KA 4OD9B 3EKTA 5OZWA 4DJOA 2R3TA 1QBUA 3LHGA 1GVXA 2ER7E 3NDXA 4BFDA 3APRE 1YTIA 2QI0A 3EKYA 4PZXA 5P05A 4Q1NA 4DI2A 4Y4BA 5P4VA 2ZJLA 1IIQA 4RYCA 4TRWA 3LIXA 4ZEAA 3EM6A 1ZSFA 5P7NA 1TQFA 5P2JA 3PWMA 5P5NA 3INHA 1EPPE 5P0TA 2WHHA 5P50A 2AODA 5P3BA 1HTEA 2I4XA 5P34A 1YG9A 5P3MA 3SO9A 5P8BA 5P4SA 3R4BA 5P6AA 2VKMA 4Q1WA 5P5GA 3C9XA 4Y3RA 4BEKA 1T7KA 5P0HA 3FNUA 4HLAA 4F76A 5P63A 5P23A 3O9LB 5P4CA 3S7LA 5P5MA 3OUAA 3IN4A 3L5EA 3EKXA 5P73A 3PSUA 5P82A 3FX5A 1DP5A 1F7AA 5P7RA 1HRNA 5OZAA 3OADA 1AJXA 5ENMA 2I0DA 5P7UA 5P0YA 4HDPA 2FDDA 4ZSPA 4ZIPA 1HVKA 5DQ4A 1EC2A 3OU1B 1EC0A 1W6HA 2B42A 4J54A 4Y4TA 4ZSRA 2G27A 5P58A 2OAHA 2FGVA 4L7JA 3IVIA 5P3UA 4FSEA 2IEOA 3FNSA 3ZMGA 3PSYA 2G1OA 3OTSA 5P5ZA 1ZP8A 4Y3TA 5P07A 5UPJA 3EKPA 1APVE 1YM4A 2HB3A 5P3AA 3CIBA 4U7VA 4OBZA 1FKNA 2ZJNA 3IA9A 2ZHVA 2WF4A 4ER4E 5OZ5A 4YD3A 5C9BA 4HDFA 4ZSQA 1ZAPA 5OZLA 5P3IA 3VFAA 4LHHA 1HXBA 1AIDA 3O9GA 3QI1A 3F9QA 4YHQA 5DQ1A 5IVSA 5P03A 3KM4A 2ZJJA 4FCOA 1B6PA 5OZJA 5P7HA 4Y3YA 4Y3EA 2Z4OA 6FIVA 2QD8A 5P1PA 5OZUA 1FG8C 4FSLA 5P7BA 3SAAA 2QD6A 2BBBA 3VCMA 1HIHA 3QP0A 4B70A 5DGUA 4X2LA 3TKGA 3G72A 2BPZA 1KJHA 1FIVA 3DK1A 5KR0A 2AOCA 4I10A 4LP9A 4DJVA 1IBQA 2HPFA 3LZSA 5BRYA 1HTGA 4R95A 5AH8A 5P0SA 4EPJA 5P6WA 4RROA 2A1EA 1W5XA 5P3FA 2OHUA 2HS2A 3BRAA 5I3YA 5P75A 3OTYA 5P6XA 4GZFA 2QAKA 3KMXA 5P6MA 4Y3AA 5P6EA 5P6HA 5P0JA 1G6LA 3KDBA 5OYSA 5P2LA 3HZCA 5P20A 5P6VA 5P0IA 4Y3JA 5P69A 3PLLA 3Q4BA 4H3IA 1B6MA 1XL5A 1GNOA 5OYUA 5P6PA 1BILA 5P08A 3VF5A 4LBTA 5P8NA 5P8SA 5P70A 2UY0A 3BUHA 2HB2A 2AVMA 5P31A 2PYNA 5P1AA 4Y4DA 1LYAB 3TOFA 1GVTA 4OC6B 3U7SA 5P5CA 5P4ZA 5P11A 4ZPGA 2AVSA 2HM1A 1LYBB 4FRKA 3OUDB 5P44A 2F8GA 3LITA 1GVWA 2PK5A 5P0BA 4LXMA 5P19A 3UDRA 5P4YA 5P6YA 4Y5EA 2VIEA 5P37A 3LZUA 4Z22A 3OQDA 1FEJC 3DJKA 1RNEA 2G1NA 2VJ6A 1BXOA 5P1XA 5P1MA 2FXDA 2F80A 3SPKA 2FXEA 2I0AA 5P7XA 3KA2A 4DPIA 5P5DA 2PH8A 5P5IA 1XN3A 1ENTE 2HS1A 4J1KA 4Y41A 3HVPA 2QZLA 4YA8A 3QPJA 5P0CA 5P6ZA 2AVOA 1HVRA 2R5PA 5HDUA 2QD7A 2ZJIA 4GJ9A 5P01A 3RVIA 3SKGA 5P2IA 4EP2A 1FLHA 2ZJMA 1QBTA 5P1QA 3KF0A 5P79A 2R43A 1ME6A 1E81E 4Y5NA 5P14A 4Z50A 1AM5A 1A94A 1M43A 5P0MA 4KUPA 3EL0A 5CONA 3DOXA 2I4DA 4NKKA 1UH9A 1LV1A 3LPIA 4ZLSA 2SAMA 4H3JA 2ZYEA 1G0VA 2VA5A 3WZ8A 3TOHA 2JJJA 3B80A 4I0FA 4EXGA 1ODYA 4ER2E 5OZPA 2NXDA 5SY3A 2PMAA 2V00A 1W51A 3R2FA 4Y3QA 2P83A 3O9EA 1BXQA 5P04A 4NPTA 2ZJKA 5P2CA 1FQ7A 5P36A 1MVPA 3LPKA 4DVFA 5P7YA 5P3TA 5P2QA 4B1EA 3CKRA 5P5JA 5DQ2A 2BKSA 2P3DA 5DPZA 2FMBA 5HE5A 2G1SA 3OK9A 5P7MA 1BWBA 3LIYA 5HCTA 3GI0A 3TPLA 5P8KA 3ZKGA 5P6NA 5P1BA 5P2VA 1JLDA 1HVIA 4QJ9A 2G1YA 3BXSA 5KQXA 5P86A 2P3CA 5KR2A 4QJ2A 4AUCA 3IXOA 3HLOA 1HPOA 3TPRA 1K6PA 5B18A 5P78A 5DR8A 4PZWA 3O9CA 1SMRA 2QI1A 4K8SA 5AH7A 1KZKA 1Z8CA 2F3FA 4Y5PA 5P4WA 4Z4XA 4NJVA 4FM8A 5P18A 5P45A 4EXHA 1BVEA 2FNTA 4Y3ZA 3U6AA 3SA8A 2ZDZA 4Y3DA 3NWXA 1Z1HA 5P17A 1MSMA 5P2RA 4QJ8A 1MT8A 4YBFA 4YOAA 3O9DA 2R9BA 1AXAA 5OYVA 3DUYA 4YD5A 3O9BA 5P2FA 5E5KA 1DPJA 4OBKA 7UPJA 2FDEA 5C9DA 5P7AA 3WSJA 3VV8A 3NDTA 1YX9A 1DIFA 4OBHA 2Q63A 2PQZA 2Q3KA 2RKFA 4APRE 5IVRA 2P3BA 3URIA 4WY1A 3OU4A 4EJLA 2FS4A 4Y35A 5P7CA 5P7EA 3HW1A 5P54A 4K9HA 4PHVA 5P8GA 1LZQA 1ZBGA 1FMXA 4Y5LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YTJ A;  4KE0 A;  3SA9 A;  1HSI A;  1HVS A;  4DQH A;  3A2O A;  5OZN A;  3Q5H A;  4GJ8 A;  5OZ0 A;  2OHS A;  1EED P;  3VFB A;  5P1V A;  2PWR A;  3Q6Y A;  2VJ7 A;  4CPS A;  5P5S A;  4EQJ A;  4J0P A;  4IVT A;  1APU E;  5P7G A;  2AQU A;  3VSX A;  5P72 A;  3MXD A;  3EKV A;  1K2B A;  2MIP A;  4FIV A;  2XYE A;  4DJU A;  5P0R A;  1LYW A;  2NMY A;  1HPS A;  4TRZ A;  2HPE A;  3S43 A;  4ZSM A;  3PGI A;  5I70 A;  1SDT A;  4DQC A;  3MSL A;  4M8X A;  3K5D A;  5P3Z A;  5P4U A;  3JVW A;  5P12 A;  3BHE A;  4EJD A;  5P24 A;  4GJ6 A;  1M4H A;  4ER1 E;  2QI7 A;  3LIZ A;  2NMZ A;  3NR6 A;  3VEU A;  2G21 A;  1HPX A;  2ANL A;  5P8J A;  2Q54 A;  4I0H A;  3SA7 A;  4Y3G A;  3I6O A;  4TVH A;  5P35 A;  1EPL E;  3NWQ A;  3HVG A;  3OWN A;  1AVF A;  4DJX A;  5P4A A;  4RGH A;  5P7Z A;  1BWA A;  1RV7 A;  2I1A A;  3OOZ A;  2CEN A;  1FQX A;  4A6C A;  2IKO A;  3KT2 A;  5P46 A;  3QRV A;  4I12 A;  5AH9 A;  5P64 A;  5P8Q A;  1MIQ A;  1AZ5 A;  5P1G A;  3L5D A;  3QBF A;  3S56 A;  1EPM E;  1IDA A;  4Y48 A;  3OXX A;  3PSG A;  1E80 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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