2PYMA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pymA00
1HVJA 4R95A 5P2AA 2I4UA 5P5KA 5P2FA 2AVSA 4GJ8A 3URJA 4DQEA 3O9HA 4Y3GA 1PPME 3AUPA 2VKMA 5P2UA 3EKQA 3PMYA 5P2YA 5IE1A 3OQDA 1G35A 3U6AA 2R38A 1D4YA 1E82E 5C9BA 2Q5KA 2Q63A 1HVCA 5P17A 1SGUA 1ODYA 3MSJA 4CMSA 1T7KA 4RCDA 4I0EA 1ZPKA 2ZJNA 2WF3A 5OYYA 1PSAA 3PB5A 5P8PA 2IKOA 4GJ7A 2AZ9A 3NUJA 5P8LA 4Y47A 1BDQA 1IZDA 5P4VA 5HVPA 4FL8A 2FS4A 3OXVA 2FXDA 4I0IA 5P0BA 1A30A 4Y3EA 3R4BA 4Y44A 3KA2A 1EBYA 3MXDA 4DFGA 4LXKA 3MSLA 1HPXA 5P5RA 1MTRA 4FIVA 5P7SA 2AZBA 3R2FA 3UF3A 2IKUA 5P5JA 3CYWA 1ENTE 2O4LA 2RKGA 5P41A 3OOTA 3A2OA 2QZKA 1QBSA 5BRYA 5P45A 5P35A 1HPOA 3OXXA 5P03A 5P5HA 2NMYA 3NDTA 3ZKNA 4LBTA 4Y58A 5P24A 3BXSA 3UDYA 5OYRA 5P65A 3IN3A 1QBUA 1IVQA 1PSOE 4AMTA 3LHGA 5B18A 3SA8A 1RV7A 2PSUA 4RVJA 3QVIA 1FEJC 1HOSA 1HXBA 3ZKIA 5P5TA 1B6PA 4JP9A 5P8GA 1W6IA 3VV8A 5P8KA 4CPUA 3GGXA 1OD1A 1EBZA 5OZBA 1BV9A 1FB7A 3RVIA 1QS8A 4Y5CA 5P53A 5P11A 4Y3QA 5P18A 2AVVA 5P55A 4EQJA 5P83A 3DOXA 2AVMA 2G1YA 4RYGA 5OYQA 5P0DA 3S43B 4EP3A 3NWXA 4D8CA 2XFJA 1W5YA 2G26A 2HS1A 3PMUA 1MERA 5P0AA 4J1FA 4K4QA 2NXLA 4I0JA 1E80E 3HAWA 4GJAA 2G21A 3IXKA 3VV6A 4B78A 3EL9A 1C70A 2FMBA 2F81A 5KR8A 4HA5A 2NPHA 4JECA 5P1AA 4BFBA 2QU2A 5P2DA 5P1PA 5OZTA 4Y4XA 3OQKA 4JOOA 5DPZA 2PMAA 5P73A 5P0QA 4Y3JA 4QLHA 1BVEA 3PCZA 5BS4A 4YOAA 2V10C 3TPRA 1EEDP 5P8HA 5P14A 5P7NA 2QI6A 5FIVA 3G70A 1YT9A 3BVAA 4QJ9A 5P1WA 2IENA 5HDUA 3S7MA 1IZIA 3S7LA 4I8WA 5P36A 1LYAA 5P3LA 5P7CA 3HVGA 5P6SA 4RVXA 2I1AA 5P6KA 3I2LA 5OZ4A 1IZEA 5P6WA 3IAWA 3OHHA 2AOEA 4EPJA 3U71A 3WZ8A 4Y39A 2G1OA 1OEXA 2A1EA 2B7ZA 3O9LB 5P30A 3ZPSA 1HVRA 1BDRA 5P6LA 4GJ9A 1YG9A 4J55A 4OC6B 3OK9A 3SA9A 4FRKA 5P2QA 5DR1A 3I8WA 5P2NA 4K4PA 3M9FA 2ER6E 1GVVA 1MT8A 4Y3AA 3PRSA 5P4TA 5P1LA 2PK6A 5P1UA 5P09A 2O4NA 1HVIA 4DJPA 2FXEA 5P1HA 5P6EA 2IL2A 2A4FA 5P2IA 5P67A 5P8TA 4LHHA 3LIYA 1PROA 4L1AB 1FQXA 4B0QA 4RRNA 3NYGA 3NU9A 1PPKE 3O9AA 5P13A 2ER0E 4LXMA 1BAIA 4WY6A 1AXAA 2OHUA 3OUAA 3HLOA 2HPEA 3KFPA 3QROA 2OHNA 5P12A 4FSLA 1GVUA 5DGUA 3SLZA 3OQ7A 1K6VA 5OZJA 3KF0A 3D3TA 3L5EA 5P0CA 4Q5MA 4FSEA 2WF4A 1MSMA 5OZGA 5P3AA 3UHLA 5P5AA 5P4IA 2XYEA 2FLEA 5P7ZA 1F7AA 5ER2E 5P3DA 1GVXA 5F01A 4KB9A 4Y5PA 4ZLSA 4ZE6A 5P1DA 1LYBA 5P3KA 4Y3FA 5COPA 4GYEA 3CIBA 2BPYA 5IVQA 3FNUA 3LINA 2G27A 1TZSA 3ZOVA 5P0XA 5P54A 1FMUA 1D4LA 2ZJKA 5P4YA 5P6AA 2QI7A 3OHFA 1HEFE 4RCEA 3URLA 5P4CA 3BHEA 4OD9B 2R9BA 2JJJA 4M8YA 3PM4A 1FKNA 2CEJA 4XX4A 4Y35A 1IDBA 3S2OA 5P75A 1HVSA 4B77A 1WBMA 5P78A 4HLAA 5P57A 5KR1A 5P8CA 3MWSA 4Y4DA 4OBKA 5ENKA 1RQ9A 5P37A 5P81A 1FFIC 1W5VA 4EWOA 1YM4A 3CIDA 1G2KA 4Y3XA 5OZOA 5P1XA 1AAQA 1NPAA 4BFDA 3OWNA 5P52A 5I3XA 1WKRA 2WF0A 1MT7A 3N4LA 2QNPA 5P3OA 5P6TA 1HHPA 5P8BA 5DR0A 2OAHA 1YTGA 2AODA 4ER2E 5C9FA 4Y37A 5OZ0A 5SZ9A 5P6HA 4GB2A 4LXAA 3O9CA 3QRVA 2WEDA 1QRPE 5P7LA 4EXHA 1T7IA 3VYEA 4YDGA 3LIZA 1TSQA 1JLDA 2R43A 2Z54A 5P5BA 4QJ8A 5P0MA 3EM3A 3S53A 3Q6YA 3VEUA 3DJKA 3IXJA 1EPOE 4U8WA 2AVQA 3GI0A 3LPKA 4ZPGA 3IXOA 5P7PA 4XKXA 2G1SA 7HVPA 5P6BA 5P8EA 3PI5A 1XS7D 4HDBA 3EBZA 3K5FA 1NH0A 1FQ6A 1IIQA 5P4QA 4YOBA 2V00A 4J54A 1ER8E 3VF3A 5F00A 1B5FA 5P4SA 5I3YA 3TKGA 5P86A 2WKZA 2ZGAA 3VSXA 2J9KA 4FS4A 5KAOA 3LIXA 4Y4JA 1FG6C 3CYXA 2AQUA 1FQ7A 4YD4A 2ASIA 3TPJA 3TOHA 2ZE1A 4J1EA 5APRE 1OEWA 2FDDA 3DUYA 3IGBA 2G94A 3ZPTA 3BC4A 1U8GA 5P7UA 4CPTA 2PYMA 5P4AA 5P8FA 5J25A 3Q4BA 3PSYA 5OZEA 2RENA 5JG1A 2B7FA 4FM8A 1KJ4A 5OZMA 1SDUA 3ZKQA 5P6CA 3FNTA 1EPLE 5OZDA 5OZNA 5AH9A 1B11A 1TW7A 1XE5A 2V16C 5DQ1A 5P4LA 5P02A 2WEBA 2HB4A 2BB9A 3IA9A 7UPJA 3OU1A 4QJ7A 5P1EA 2QNNA 4Y3TA 3INFA 3PWMA 5P07A 2OHMA 5P7DA 4Y6MA 4F76A 5AHAA 5DQ2A 3UDMA 3C9XA 4J1HA 1HPSA 4Y5LA 1ZLFA 2B8LA 5OZ5A 4H3JA 4NPTA 5P19A 2VA5A 3FNSA 2XYFA 2AZCA 4DI2A 2RSPA 4YDFA 3EL5A 5P4PA 5P5UA 4ZEAA 2SAMA 1QDMA 1W6HA 2NXDA 4EP2A 3EC0A 5P1GA 4DJRA 4OBJA 3CKPA 4Y4TA 4Y54A 5HD0A 2NNPA 4I1CA 3QPJA 3KMYA 4GMIA 5P7GA 2I4WA 5HDXA 2EWYA 5P0UA 2P3CA 3NU5A 2VJ7A 4FRSA 4EYRA 1LF3A 1PPLE 2B42A 2I4DA 5P8QA 4DJOA 2HPFA 1Z8CA 3KM4A 1AJVA 3DK1A 5I3WA 4L6BA 5IVRA 4YCKA 4TRYA 5P4RA 5P4UA 5OZWA 1W5XA 1ZP8A 4Q1YA 1VIJA 4R91A 5OZSA 1LYWA 2G69A 1D4HA 3GGVA 3OADA 2AOGA 2BPZA 3ER3E 5P1MA 5P56A 5HTZA 5P4DA 5P6VA 5P3UA 5P47A 3D1ZA 3VFAA 3UQXA 1GKTA 5P3MA 2WF1A 3KN0A 3GI5A 5P1VA 4GJ5A 3TKWA 2OHTA 5P7XA 3NUOA 5KOQA 1T6EX 3RU1A 5P58A 1XDHA 4MC9A 1M43A 1MVPA 2I4VA 2QZWA 2G22A 5OYZA 5OZRA 4DJYA 2Q15A 5P88A 5P4EA 3DV5A 4EJLA 1E81E 1FMBA 4R93A 4Y4ZA 4U7QA 4D88A 5OZ1A 5P4WA 3APPA 5JODA 3OQAA 4J1IA 4E43A 4PPHA 1XN2A 5P2TA 2FGUA 4TRZA 5P39A 4DJQA 1Z1HA 5P50A 2AOFA 4EXGA 5CONA 1Z1RA 3SABA 5P7IA 4AZYA 5P2HA 1XL5A 4YD3A 3WB4A 4EHCA 1M0BA 5P6PA 2HM1A 2F3FA 1HWRA 2ZJLA 5P8MA 5P6UA 5PEPA 1K6CA 1HSGA 3SA5A 4CPXA 3R0WA 3L59A 2HB2A 1TCWA 4NJSA 3SFCA 2QU3A 3SA4A 5P2GA 3L5FA 4Y48A 2I0DA 3H5BA 3PSGA 3SA6A 4I11A 1APUE 3LIVA 3TPPA 4DJVA 2QMGA 1SGZA 8HVPA 3VUCA 2BJUA 4J0PA 1DPJA 3UQWA 4EJDA 2B8VA 3K5GA 3LPIA 1HSHA 3NDXA 3EKVA 3CICA 5P80A 4UPJA 3EKYA 1B6LA 4GJCA 5P8SA 2B60A 1SH9A 4FRIA 2PH6A 5KQFA 4ZSQA 1K1UA 1SIPA 5HDVA 3DV1A 2P4JA 1FQ4A 1MRXA 5P38A 5HE5A 5E5KA 5KQYA 4Y4EA 1MESA 3CKTA 2PSGA 3VG1A 4Y3LA 1HIIA 1EPQE 2QI4A 3TH9A 1MT9A 1HEGE 5P6YA 4OBZA 2VIZA 4Y56A 4FAFA 3NSHA 2ANLA 5P70A 3SA3A 1EC3A 2J9JB 2FDPA 2QMFA 3PLDA 1K6TA 6APRE 1IDAA 1D4SA 3OGPA 5P7FA 4NJVA 2HC0A 4FRJA 4L7GA 2NTRA 3JVYA 3OY4A 5P7AA 1DIFA 3QP0A 2QD7A 3KFNA 4EJ8A 4Y4GA 3L5DA 3URIA 1APVE 2VA6A 3PI0A 3PWWA 4NPUA 3L38A 2F3EA 2PH8A 1TSUA 3TPLA 4Y5BA 5I3VA 5OZKA 3EKWA 2V12C 4J5JA 2JYSA 2VA7A 4I0HA 1EPPE 4CKUA 1XN3A 5SY3A 5OZPA 4J0YA 3O9GA 5HU0A 3TLHA 2NNKA 5KOSA 5P3SA 4FGXA 2ZHUA 4JPCA 5P0WA 5P79A 4LP9A 4I10A 5P2JA 5OYTA 5P7KA 5P32A 2ZHVA 3OAGB 4KUPA 2ZYEA 1HTRB 2BKTA 5P0ZA 2IEOA 4J0TA 5HU1A 2OHRA 5P7TA 3KT5A 5P8JA 5P0PA 4Y5AA 5DQCA 4K4RA 4FM7A 2P3BB 2I0AA 3PVKA 5C9DA 3HW1A 4GJDA 1ME6A 4B00A 3PCWA 3WZ6A 3GGUA 3KT2A 2IRZA 1SMEA 5P5NA 2IDWA 3VF7A 1ODWA 5P3QA 1ZPAA 1LS5A 1GNNA 1DAZC 1T6GA 4DV9A 3BGBA 1HTGA 4H3FA 1A94A 3EL4A 5P8DA 5KQZA 4COEA 3IVHA 5P33A 2ZDZA 1SMRA 1META 1HPVA 2VJ9A 1APTE 5P6QA 4AA8A 3T7PA 3T7QA 5P2SA 1GVWA 5P16A 5P4OA 5P1RA 1OHRA 5P0SA 5P77A 1T3RA 5OZHA 4Y5MA 5ENMA 5P6RA 3HAUA 3K5CA 5OZQA 3OU4B 2WL0A 1MUIA 3BXRA 4X2LA 5P3ZA 2QAKA 3S45A 4Y57A 5P0HA 3QRSA 1SDVA 4ACUA 5P0KA 1BVGA 3VSWA 4Y3ZA 3KDDA 1AJXA 3CKRA 2O4PA 5P0RA 4Y4AA 5P1QA 5P5FA 2WJOA 3S43A 5P2CA 3OUDB 5P5CA 3SM2A 3JVWA 1BILA 3EXOA 5P06A 4GJ6A 2F3KA 1J71A 4ZPFA 1ODXA 3BUGA 1PFZA 2P83A 3T11A 3B80A 2ER9E 3ZL7A 2APRA 4Q1NA 4K9HA 1M4HA 1AVFA 3SKFA 5P66A 5P3JA 5I70A 1B6JA 5P2RA 5OYUA 3NU6A 3KFSA 4I0DA 4Y5EA 3T3CA 3PGIA 5P2BA 5P7VA 4QJ2A 1VIKA 2ZJIA 3S85A 2JXRA 2BQVA 2QI0A 4RRSA 1EBWA 1DMPA 2BPVA 1HVLA 4FM6A 3EM4A 3QVCA 2P3DA 2NR6A 3GI6A 5P5DA 5P2EA 3SA7A 2PQZA 1FGCC 4DH6A 1EC2A 3L5CA 2OHQA 3ZKSA 3L3AA 3L5BA 1K6PA 3G72A 1IZHA 2VIEA 4XX3A 2PYNA 4Y38A 5P61A 1HVKA 4TVGA 5P49A 4RYCA 5KR2A 2OHKA 4APEA 1W50A 5P0TA 3FSMA 3IN4A 5P3RA 3OTSA 3LZSA 4I0FA 5P5PA 4Q1WA 3R1GB 2H6SA 3WB5A 5IS4A 3HZCA 2QNQA 4ZSPA 5P0OA 1HRNA 4Y4UA 3EMYA 2FIVA 5OZ8A 1C6XA 5AHBA 3O9LA 4B72A 3FIVA 4A6CA 4D83A 2PC0A 3N3IA 4JPEA 3QIHA 1LZQA 2F8GA 3KDBA 5OZAA 5P3BA 3TOFA 1EAGA 4OC6A 1C6YA 4CPWA 5P89A 4YHQA 4Y3PA 2VNNA 3O9BA 4RGHA 5P6JA 5P8VA 5P74A 4F74A 5DQ5A 1FQ8A 4I8ZA 3VFBA 1EPME 3UTLA 5P63A 2O4SA 1ZSFA 4R92A 3I25A 4L1AA 4WTUA 4ZSRA 1YM2A 4PZWA 1IVPA 4I0GA 5DQ4A 4DJWA 5P26A 5P08A 5P0VA 1PSNA 4Z22A 1Q9PA 4NJTA 5P3TA 1AIDA 2IQGA 2VIYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HVJ A;  4R95 A;  5P2A A;  2I4U A;  5P5K A;  5P2F A;  2AVS A;  4GJ8 A;  3URJ A;  4DQE A;  3O9H A;  4Y3G A;  1PPM E;  3AUP A;  2VKM A;  5P2U A;  3EKQ A;  3PMY A;  5P2Y A;  5IE1 A;  3OQD A;  1G35 A;  3U6A A;  2R38 A;  1D4Y A;  1E82 E;  5C9B A;  2Q5K A;  2Q63 A;  1HVC A;  5P17 A;  1SGU A;  1ODY A;  3MSJ A;  4CMS A;  1T7K A;  4RCD A;  4I0E A;  1ZPK A;  2ZJN A;  2WF3 A;  5OYY A;  1PSA A;  3PB5 A;  5P8P A;  2IKO A;  4GJ7 A;  2AZ9 A;  3NUJ A;  5P8L A;  4Y47 A;  1BDQ A;  1IZD A;  5P4V A;  5HVP A;  4FL8 A;  2FS4 A;  3OXV A;  2FXD A;  4I0I A;  5P0B A;  1A30 A;  4Y3E A;  3R4B A;  4Y44 A;  3KA2 A;  1EBY A;  3MXD A;  4DFG A;  4LXK A;  3MSL A;  1HPX A;  5P5R A;  1MTR A;  4FIV A;  5P7S A;  2AZB A;  3R2F A;  3UF3 A;  2IKU A;  5P5J A;  3CYW A;  1ENT E;  2O4L A;  2RKG A;  5P41 A;  3OOT A;  3A2O A;  2QZK A;  1QBS A;  5BRY A;  5P45 A;  5P35 A;  1HPO A;  3OXX A;  5P03 A;  5P5H A;  2NMY A;  3NDT A;  3ZKN A;  4LBT A;  4Y58 A;  5P24 A;  3BXS A;  3UDY A;  5OYR A;  5P65 A;  3IN3 A;  1QBU A;  1IVQ A;  1PSO E;  4AMT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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