2PYMA

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2pymA00
4RLDA 2BPYA 5P8AA 1FQ4A 3ZPSA 1LYBA 3ZLQA 4FRSA 4B72A 1SMEA 5P4ZA 4BFDA 1FFFC 2WKZA 3OUBA 2FXEA 3KFPA 5P3CA 4Q1WA 5OZ2A 5P41A 5P00A 5P2TA 1PROA 1W5YA 5P52A 5P6CA 1TCWA 5P6MA 2ZGAA 3TOHA 3KMXA 4TVHA 3Q3TA 3S2OA 1PPLE 5P23A 1HVRA 1ZJ7A 5P3TA 1MSNA 4YD6A 5P2MA 2PWRA 5P2GA 5P78A 3TOFA 2AOCA 5P0TA 2OHRA 1FMUA 3NU6A 5P7ZA 1ODXA 5AHCA 4Y5MA 4F76A 3O9IA 2IENA 1BVGA 4RVIA 5P8KA 5P1TA 1HVIA 4ZSMA 3S85A 3OXCA 1QBSA 5DQ4A 3OXXA 5P6KA 3OTSA 1ER8E 2ZHTA 3BC4A 2Z54A 5P6ZA 4Y3EA 3IA9A 5P0YA 4LL3A 3ZPTA 4ZPGA 4RCEA 1OHRA 5P68A 5P3EA 4OD9B 4Y5KA 3LIVA 5OZAA 4B05A 5P2AA 3OY4A 3DCKA 5DQ2A 2VIJA 2JXRA 2O4PA 3WSJA 4DH6A 4CPUA 3IAWA 5KQFA 4B00A 1K6VA 3KA2A 3LHGA 5P0LA 3NR6A 3VF3A 4LBTA 3SABA 4QJ6A 3DJKA 1LYBB 3PVKA 5OZIA 5P29A 3SA7A 3APPA 2QK5A 1KJFA 4FIVA 1YX9A 4J0YA 3VV6A 3K1WA 3PSGA 1A30A 4ZIPA 1MERA 5P0OA 2AOEA 5SXNA 4FM8A 2FDEA 4FM6A 5P5LA 4B1DA 3UFNA 5P1EA 3M9FA 1FG6C 1EPOE 5P58A 5P5CA 5DR8A 4B70A 1FQ6A 1ZAPA 5HE5A 4Y3WA 1HVSA 5F01A 1T7JA 4DJWA 4DJYA 4Q1NA 1SGZA 2HC0A 5P8TA 3DV1A 1EPRE 4LC7A 4J54A 1HPSA 5P77A 4Y3PA 4YD4A 5P37A 4MC2A 4J0VA 1ODYA 4K4PA 5OZOA 3OHHA 1XL2A 1IBQA 5DGUA 3GI4A 4D88A 3S56A 5P2ZA 1LF3A 2OHTA 5P19A 5OYYA 2I0AA 4RGHA 3FNUA 5P7FA 4FE6A 2J9JB 2PWCA 5P2VA 1TZSA 3SA9A 2NMYA 1AJXA 1HIIA 1T6EX 2ZHUA 2P3BA 3EKWA 5P0VA 3UHLA 3WB4A 4COEA 5OZ4A 4DPIA 5ER1E 5P6UA 4OBFA 4Y4UA 3B80A 3OUCA 3NXNA 2B42A 5P8UA 2XYEA 1HVKA 5P4EA 5P0WA 5P32A 5ISKA 2FDPA 2NPHA 2NXLA 3I25A 1DP5A 4FCOA 1PSNA 1APUE 5P03A 5ENKA 4B0QA 1HIVA 5P7HA 4FLGA 3BRAA 1XS7D 4M8XA 5P8DA 5P1QA 3K5FA 1BBSA 2R9BA 1QS8A 5P3MA 5OZLA 2HB3A 3PLDA 1HXWA 3RVIA 3IVIA 5P0GA 4R8YA 1RNEA 5P4DA 2OHSA 3EKQA 5P0JA 4B78A 2RKFA 3UDYA 5P1OA 4Y53A 4DUSA 1YG9A 4OBHA 3R0YA 5P7AA 1OEXA 3PEPA 2G21A 2AZ9A 5P3XA 5OZCA 4LHHA 3PSYA 1GNMA 5P0UA 5P2LA 1APTE 5P3GA 3INEA 2UXZA 4FRJA 5P88A 2AZ8A 2Q15A 4Y4BA 1AXAA 1GVWA 5AH7A 5P15A 1T6GA 3TLHA 4ER2E 2ZJHA 3UDHA 4GJ8A 3QS1A 2P3BB 4R95A 1XE6A 1XN2A 5P02A 1G6LA 4YCYA 2OHMA 3HBOA 3TL9A 2HS2A 3UQRA 3OWNA 1HVJA 3O9LA 5P3QA 4Y6MA 3UTLA 5P59A 5P3ZA 1BDLA 4RYCA 5P45A 4Z50A 4Y3RA 4Y5CA 1JLDA 3KT2A 2SAMA 2WHHA 5P4VA 5C9FA 1GNNA 1W5VA 4Y9WA 2WEBA 4EWOA 2QI1A 3NDUA 3TPLA 1YTHA 2ZHRA 3H5BA 4Y3FA 4HDBA 4J1FA 5P7EA 3HW1A 3KFSA 5P0BA 3ZOVA 3APRE 2V12C 1MVPA 3LNKA 3OQFA 3AIDA 5ENMA 1EBZA 2VIYA 3EL5A 3PBZA 2O40A 1SH9A 4Y3AA 2HM1A 3S54A 2JYSA 5P34A 5P1RA 3ZMGA 3Q6YA 4Y45A 4I0FA 3C9XA 2ZE1A 5AH6A 5P57A 5HTZA 4GB2A 4DQHA 1MEUA 1C6XA 2BPVA 1DMPA 5P35A 5ISJA 4Y35A 1TQFA 4OC6A 5P82A 4E43A 1GVUA 1HWRA 2ER0E 4NPUA 3WZ6A 1KJGA 5KR2A 2H6SA 1MRXA 1LEEA 3LINA 2CEMA 1SMRA 1AJVA 1T7KA 5DR0A 5P6QA 5OZMA 3UDNA 4JECA 2BJUA 3L5FA 2QD7A 3DM6A 4LXAA 4DJVA 4Y4ZA 3O9LB 2I4XA 3NXEA 2QAKA 4RRSA 5P85A 5T4SA 1D4KA 2I4DA 3DV5A 5EZXA 2R43A 1BXOA 2OAHA 3O9HA 3O9EA 5P0EA 2ER7E 1W5WA 3UDJA 5P6BA 2V00A 4LXMA 2OHUA 3CIDA 3QP0A 3SFCA 5B18A 3O9BA 2BPWA 3SLZA 3TPPA 4XX3A 1D4YA 3SM2A 3QRVA 5I3YA 3LIQA 5P2RA 1F7AA 4YOAA 3KT5A 5P67A 1MPPA 1A8GA 5CONA 5P26A 2FXDA 5P47A 5P0ZA 3DK1A 2VA7A 4I8WA 1LYWA 3OU4A 3OU1A 3TKWA 3TPRA 4IVTA 3NSHA 4DVFA 3HD8A 2VJ7A 4Y5NA 3UDMA 2FGUA 3PMYA 2MIPA 2XFKA 4Y37A 9HVPA 1B6KA 3T7XA 3QROA 4NJTA 5IVSA 2OF0A 4ACXA 4N00A 4EP3A 4NJVA 5P0QA 5P2KA 4FGXA 5P1VA 5P2XA 1RV7A 5P28A 4Y4EA 2Q55A 3VG1A 4YDFA 4J17A 5P8RA 5P24A 4GJ6A 1W5XA 2R5PA 2NNKA 4R93A 4UPJA 5HVPA 4EHCA 5OZSA 1WBMA 3EXOA 5P5AA 4M8YA 3ZKNA 2WF3A 3SQFA 1HPXA 1EC3A 3SA4A 1B11A 1K1UA 3TKGA 4Y4DA 5P8FA 4Y3SA 5DR1A 5OZRA 1HTEA 1DAZC 5P4FA 4MC6A 5P5IA 2XFJA 3KDDA 2VKMA 5P3PA 5P7YA 3S45A 4BFBA 3EKTA 1MTRA 5P7GA 2WF2A 5P4KA 5P25A 4DFGA 4YCTA 4Y4WA 1MT8A 5P3AA 1HEFE 5P0NA 5P1PA 2WF4A 5HDVA 2HS1A 4Y3TA 2H6TA 5P5VA 4Z4XA 1EBKC 2G27A 5P5JA 4ZPEA 5P8QA 2QU3A 5P0XA 3I6OA 3QVCA 4Y41A 3AUPA 1LYWB 3O9AA 1M0BA 3OU4B 4Y57A 3OU1B 4YOBA 3VFAA 3SPKA 3CIBA 4RCDA 5P7XA 1W51A 1FLHA 1YM2A 2F3EA 2QZLA 1EPNE 2QNNA 3VV7A 2PSVA 2PYNA 3KN0A 1E81E 1NPAA 2IKOA 5P8LA 4LAPA 5OYSA 5OZ3A 5OYTA 3LPIA 2R5QA 4YA8A 1TSQA 4GJ9A 5P4GA 3LZUA 2ZJIA 5P71A 2OHQA 4GIDA 3SA5A 1KJHA 4GJ5A 3T3CA 5KR1A 1YT9A 2IS0A 2AOFA 4CPWA 4ER1E 3FNSA 3Q70A 4RVXA 5P2JA 4DJRA 2WJOA 3VF5A 3OQDA 5DQ5A 2NNPA 1GNOA 4ZEAA 2AOHA 5OZ9A 3KFRA 4HVPA 3EKXA 4DJXA 1DIFA 1QBUA 4EYRA 1BILA 5P27A 5P4QA 3GGAA 2I4WA 3PI0A 2QHYA 3BXRA 5P7QA 4FAEA 5C9DA 3NWXA 1DPJA 1T3RA 3IXKA 5P7PA 5P1HA 1QBRA 3LIZA 1SIVA 4YD3A 2QI5A 5P8CA 1E82E 3K5DA 2F3FA 2J9JA 5P5XA 5P20A 3HDKA 3VLAA 1FMBA 3QVIA 4Y4JA 4H1EA 3IXOA 1BDRA 2AVSA 1HHPA 6APRE 3VSXA 5P2NA 5P5WA 4Q1YA 4LP9A 1EC0A 5P8OA 3PB5A 5P5HA 5P6EA 3EL1A 2FS4A 3DCRA 5P7LA 5IE1A 1HPOA 4QJ7A 5HDXA 2V13A 4L7JA 3PWMA 5P4JA 2AOGA 3OOZA 2QI6A 5P1DA 3EC0A 4HDFA 3CYXA 4OBGA 1IIQA 2QCIA 5KR0A 5P08A 1ZSRA 5P14A 3G70A 4J5JA 5P3IA 1NSOA 4Y3YA 4YHQA 5P6LA 5OZZA 4TRYA 2AVOA 2B60A 1LYAA 1PSAA 2PC0A 5P74A 1C70A 1LF4A 3O9CA 1TSUA 3VYFA 3VUCA 4CP7A 3SA8A 2IEOA 3KM4A 2IKUA 5P3YA 3SAAA 1IDAA 1RPIA 5P55A 2ZHSA 1UH7A 5P0KA 5AH8A 2IL2A 5F00A 3K4VC 4FSLA 2AQUA 5OZDA 2IRZA 5P56A 3PHVA 1GVTA 3FV3A 1A94A 2FNSA 4Y58A 5P4CA 3QPJA 2G1OA 5P46A 5P3LA 5P2QA 2VS2A 5OYZA 3QBFA 3EKYA 4HZTA 2O4SA 1UPJA 3G6ZA 2G1SA 2FGVA 4HDPA 3PJ6A 2PK5A 4Y5AA 5P0PA 5P1MA 5P7UA 3EKPA 3NDTA 5P1NA 5P70A 5P81A 4Y3XA 1EEDP 5P65A 2PQZA 3ZKGA 4FRKA 3L5EA 2I1AA 2HIZA 4DI2A 3BUFA 5P4RA 3VYDA 4AA9A 4CPSA 5P3KA 2AODA 3TH9A 3PWWA 2PH6A 4QJ8A 1D4LA 5P7IA 5P1XA 5P1WA 2ZYEA 4Y48A 3CICA 2AOIA 3U71A 5P51A 2IGYA 4DQEA 5P2IA 1ENTE 4J0ZA 5P8EA 1KJ4A 2BPZA 1U8GA 2QZXA 5P7DA 5P8NA 5P10A 5P5RA 3NWQA 3Q5HA 2P83A 5P1JA 2AOJA 5IVRA 3BXSA 5P05A 4EP2A 4L6BA 3RTHA 4CPTA 4Y5BA 3FSMA 5KOSA 1SP5A 3L5BA 2NXMA 1LYAB 4DJUA 1HSHA 3R1GB 4QJ2A 3EL0A 3D91A 5P8BA 2RMPA 3EL9A 4I0HA 5OYRA 1LF2A 2OHNA 4PHVA 1MESA 5P87A 5P1YA 4K4RA 5P86A 3LIYA 2Q3KA 3SKGA 4GZFA 5P3DA 3ER5E 4X2LA 3PCWA 4NJUA 2QZKA 1D4JA 1AIDA 5P3NA 4YD5A 4Y5GA 5HU1A 1XE5A 5P5UA 4DQCA 4RZ1A 3PWRA 1HSIA 1ME6A 2HB4A 1T7IA 1BAIA 4Y3GA 1W6HA 5P6SA 5P6GA 3H0BA 1NPVA 5P5EA 5P39A 5P5ZA 5JODA 5IVQA 5CLMA 3BHEA 4CMSA 4BELA 3OAGB 5APRE 6FIVA 3VSWA 3QIHA 3HVGA 5TOLA 4NPTA 5P7MA 2QNPA 3K5CA 2WL0A 5HE7A 3O99A 4L7GA 3SM1A 3GI6A 5P09A 5P31A 4GJAA 5P5TA 5P01A 4TRWA 1OEWA 5P5SA 3VYEA 1ZBGA 3TTPA 3T6IA 1HOSA 4Z2ZA 5SY2A 1FQ7A 2WEZA 5KQXA 5P5QA 5UPJA 2OHPA 4YE3A 3VV8A 1AM5A 3PGIA 1W6IA 5P40A 4EJ8A 4I12A 3D1YA 2RENA 3L5DA 1HPVA 2PK6A 5P6VA 5P2HA 4I0DA 4J1IA 4K4QA 2R3WA 1Z1RA 4D83A 3O9GA 1SDUA 3UQUA 3OTYA 2P8HA 5P0IA 3EBZA 1D4SA 3SA3A 1ZLFA 2WEDA 4FS4A 4H3IA 4ZSRA 5P8IA 1EPQE 3OGQA 1XDHA 1BIMA 1ZPKA 4MC1A 2P3AA 3BVAA 2CENA 4QGIA 1CZIE 1AZ5A 3D20A 5P2CA 3TPJA 4Y4TA 1IZEA 5P80A 2F8GA 2NR6A 3OADA 4I0ZA 5DGWA 5JG1A 3UDKA 8HVPA 4Y3HA 2QMDA 2CEJA 1LZQA 3OU3A 2AVMA 4GYEA 5P1KA 5P0DA 5OYVA 5KR8A 5P36A 5HE4A 3DOXA 1EAGA 5P0CA 4DJQA 3BGBA 1YM4A 2NMZA 1YTJA 4U7QA 5P48A 4APRE 5P60A 5P2BA 4GJBA 1EPPE 4OBJA 2WEAA 4KUPA 2QNQA 5P44A 3KDCA 3HAUA 4YD7A 3UDQA 3S43A 4AMTA 3INDA 1PSOE 3OUAA 2G94A 1HTGA 2VJ9A 4Y5PA 1D4IA 3L5CA 3ZKXA 1G35A 3INHA 4Y5LA 3SKFA 4ACUA 4LXKA 1OD1A 4FRIA 2QI3A 2VA5A 3HAWA 5P0AA 3EL4A 3BUHA 4Y54A 2VNNA 3NU5A 3ZKMA 1ODWA 5BS4A 2V10C 3T7QA 2R8NA 3IXJA 4APEA 1EBYA 3RTMA 4D85A 5HDUA 5KQZA 2QD6A 2AZCA 3QAAA 4I8ZA 5P12A 4I10A 4S1GA 5HCTA 2F80A 2Q64A 3GGUA 3GI5A 5P4AA 3CKTA 3LZSA 4YDGA 5P53A 3OADB 2JJJA 5P11A 4H3GA 3PRSA 4PZXA 2I4UA 2F81A 1FG8C 2Q54A 4H3FA 2QMFA 1ZSFA 1APVE 5KAOA 3QBHA 4PZWA 5BWYA 1FGCC 1META 1KZKA 3WZ8A 3L59A 4Z22A 3ZL7A 5P1LA 1MUIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RLD A;  2BPY A;  5P8A A;  1FQ4 A;  3ZPS A;  1LYB A;  3ZLQ A;  4FRS A;  4B72 A;  1SME A;  5P4Z A;  4BFD A;  1FFF C;  2WKZ A;  3OUB A;  2FXE A;  3KFP A;  5P3C A;  4Q1W A;  5OZ2 A;  5P41 A;  5P00 A;  5P2T A;  1PRO A;  1W5Y A;  5P52 A;  5P6C A;  1TCW A;  5P6M A;  2ZGA A;  3TOH A;  3KMX A;  4TVH A;  3Q3T A;  3S2O A;  1PPL E;  5P23 A;  1HVR A;  1ZJ7 A;  5P3T A;  1MSN A;  4YD6 A;  5P2M A;  2PWR A;  5P2G A;  5P78 A;  3TOF A;  2AOC A;  5P0T A;  2OHR A;  1FMU A;  3NU6 A;  5P7Z A;  1ODX A;  5AHC A;  4Y5M A;  4F76 A;  3O9I A;  2IEN A;  1BVG A;  4RVI A;  5P8K A;  5P1T A;  1HVI A;  4ZSM A;  3S85 A;  3OXC A;  1QBS A;  5DQ4 A;  3OXX A;  5P6K A;  3OTS A;  1ER8 E;  2ZHT A;  3BC4 A;  2Z54 A;  5P6Z A;  4Y3E A;  3IA9 A;  5P0Y A;  4LL3 A;  3ZPT A;  4ZPG A;  4RCE A;  1OHR A;  5P68 A;  5P3E A;  4OD9 B;  4Y5K A;  3LIV A;  5OZA A;  4B05 A;  5P2A A;  3OY4 A;  3DCK A;  5DQ2 A;  2VIJ A;  2JXR A;  2O4P A;  3WSJ A;  4DH6 A;  4CPU A;  3IAW A;  5KQF A;  4B00 A;  1K6V A;  3KA2 A;  3LHG A;  5P0L A;  3NR6 A;  3VF3 A;  4LBT A;  3SAB A;  4QJ6 A;  3DJK A;  1LYB B;  3PVK A;  5OZI A;  5P29 A;  3SA7 A;  3APP A;  2QK5 A;  1KJF A;  4FIV A;  1YX9 A;  4J0Y A;  3VV6 A;  3K1W A;  3PSG A;  1A30 A;  4ZIP A;  1MER A;  5P0O A;  2AOE A;  5SXN A;  4FM8 A;  2FDE A;  4FM6 A;  5P5L A;  4B1D A;  3UFN A;  5P1E A;  3M9F A;  1FG6 C;  1EPO E;  5P58 A;  5P5C A;  5DR8 A;  4B70 A;  1FQ6 A;  1ZAP A;  5HE5 A;  4Y3W A;  1HVS A;  5F01 A;  1T7J A;  4DJW A;  4DJY A;  4Q1N A;  1SGZ A;  2HC0 A;  5P8T A;  3DV1 A;  1EPR E;  4LC7 A;  4J54 A;  1HPS A;  5P77 A;  4Y3P A;  4YD4 A;  5P37 A;  4MC2 A;  4J0V A;  1ODY A;  4K4P A;  5OZO A;  3OHH A;  1XL2 A;  1IBQ A;  5DGU A;  3GI4 A;  4D88 A;  3S56 A;  5P2Z A;  1LF3 A;  2OHT A;  5P19 A;  5OYY A;  2I0A A;  4RGH A;  3FNU A;  5P7F A;  4FE6 A;  2J9J B;  2PWC A;  5P2V A;  1TZS A;  3SA9 A;  2NMY A;  1AJX A;  1HII A;  1T6E X;  2ZHU A;  2P3B A;  3EKW A;  5P0V A;  3UHL A;  3WB4 A;  4COE A;  5OZ4 A;  4DPI A;  5ER1 E;  5P6U A;  4OBF A;  4Y4U A;  3B80 A;  3OUC A;  3NXN A;  2B42 A;  5P8U A;  2XYE A;  1HVK A;  5P4E A;  5P0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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