2Q11A

Structure of bace complexed to compound 1
Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLQQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title 2-Amino-3,4-dihydroquinazolines as inhibitors of BACE-1 (beta-Site APP cleaving enzyme): Use of structure based design to convert a micromolar hit into a nanomolar lead.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 96
structure length 388
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-05-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q11A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q11A02
5HCTA 3IXOA 1HBVA 2OHQA 1FFIC 4EXGA 5P1RA 3TOHA 3QVCA 3LIQA 4RGHA 1T6GA 5P11A 4H3JA 4DH6A 5JG1A 3ZKIA 5P37A 3SFCA 1FQ5A 1D4YA 1MT8A 5P6YA 1QRPE 5P2EA 4Y3ZA 4QLHA 5P6NA 3UDQA 2FMBA 4Y48A 1QBRA 3BC4A 2G22A 3PCWA 2AOIA 1DMPA 1W6IA 4Y3YA 3INFA 5DQ5A 3PWMA 4OBGA 5ISJA 3NDXA 5P6QA 3MSLA 5P22A 1CPIA 2G21A 2AZ9A 3IXJA 3S45A 1FQXA 1U8GA 5P3XA 5P5AA 4ER1E 4I8WA 3M9FA 2HB2A 1MPPA 1ZAPA 5OYUA 5P38A 4GMIA 3PB5A 3OXWA 4J0TA 5P4JA 1BDRA 1PPLE 3NU3A 2AODA 2P3BB 3PSGA 5OZ5A 4K8SA 3ZMGA 3PWRA 4KB9A 5COPA 5JFUA 2RMPA 5P85A 5P6HA 5P88A 2FDDA 5P0VA 3DV5A 5HDXA 2FS4A 2QHCA 3LIYA 4YOAA 5P83A 5OZJA 3SM2A 3FIVA 3EL4A 3DCRA 3TTPA 1HVJA 1ZP8A 2AOCA 5OZWA 3TH9A 5OZPA 1GKTA 3BHEA 4ZSRA 2ASIA 4TRWA 4Y5MA 3S43A 9HVPA 3KMXA 5P7DA 5P2TA 3OUDB 5P8EA 2ZHSA 1C6ZA 1IZHA 4U7VA 5P73A 2RENA 5P4AA 5P2DA 5P68A 5P6JA 1TQFA 3L3AA 1NSOA 3I7EA 2P3DA 4Y5BA 4Y4WA 1B6MA 1SGUA 2IS0A 1K6CA 2R5PA 3LZSA 4RLDA 5P2HA 1RV7A 3IN3A 3FX5A 1EPLE 3UDHA 2XFKA 2H6TA 3VF7A 4F76A 2AOEA 4X7IA 5F01A 5P4VA 4Y5LA 2ZJLA 2J9JA 4FL8A 2BQVA 1ME6A 5BRYA 2NXMA 4TVHA 2ZGAA 4KE0A 5JFPA 4FRKA 5P12A 3QPJA 3O9LB 1MESA 2P4JA 2FGVA 1META 1WBKA 5P4ZA 3K4VA 3LINA 3UHLA 3SABA 4DJYA 2WF3A 3UFNA 5P7JA 1ZJ7A 2Q15A 5AH9A 5OZGA 3BRAA 4I1CA 5P13A 5P02A 4Y3RA 3MXDA 5DPZA 5P6GA 5KAOA 3OXVA 4YCYA 5OZAA 1AM5A 4YCTA 3SA9A 2O4SA 5P8VA 3JVWA 5P1SA 1EBKC 2A1EA 5KR0A 5P8JA 4Y38A 1HTGA 5P2YA 3Q5HA 1FF0C 4Y50A 4AZYA 1G0VA 5P44A 2P3CA 5P2FA 5P7BA 2VA5A 3TOFA 5P32A 3TNEA 1Z1HA 4S1GA 1TCXA 2VJ6A 5P30A 4B1DA 5P5OA 5P8PA 3Q3TA 5P4FA 3O9DA 3I2LA 5OZEA 4D8CA 1AJXA 2NNPA 3UQRA 5P5ZA 4J0PA 2VKMA 1WKRA 4LXAA 1HXBA 3LIXA 1LV1A 4Y5CA 5P1FA 5OZLA 3NU4A 5P5BA 5P7FA 5P4BA 5IVRA 2ZHVA 4JOOA 3HVPA 5P04A 3VYDA 1YTHA 4J1HA 4Y3HA 3URLA 3PCZA 3PI5A 2R3WA 4Y4GA 4GJAA 1XE5A 1SMEA 5P55A 4I8ZA 5P63A 3WZ6A 5P4QA 5P3ZA 4OC6A 2I4QA 5P6TA 3K1WA 1SBGA 5P8UA 5P8KA 1ODXA 4I0ZA 1BVEA 1K6VA 3B7VA 4JECA 4Y3DA 4Q1NA 3G6ZA 4OBDA 2HPEA 4Y47A 5P7UA 3VF5A 1FFFC 5AHAA 3MXEA 4F75A 5P7ZA 1T3RA 4RVXA 3UF3A 2G20A 2VNMA 5FIVA 5P3SA 5P8GA 5P0CA 1T7KA 4XX4A 4Q1XA 1D4IA 5P09A 5P1IA 1HOSA 4J54A 2FNTA 3EL9A 3DOXA 3BGBA 4D89A 1ZSRA 3O9CA 4DJOA 5HTZA 2P3AA 3LZVA 2I0DA 5P0EA 3OXCA 3I8WA 5P6CA 1N49A 2ER9E 4EPJA 5P2GA 3U7SA 4APEA 3APPA 5P5IA 5OZ7A 5P8NA 5P33A 2QI4A 3L38A 3QP0A 4GJ7A 5SY2A 3N4LA 2OHTA 3FNUA 5P1VA 3SAAA 4MC2A 5P4IA 5P79A 3K5CA 5ENMA 4BFBA 3EXOA 3F9QA 1K6PA 2G24A 2Q11A 3EM3A 2G1YA 3OWNA 5P65A 2WEAA 1AXAA 3QRSA 5P6XA 1OD1A 1HPOA 3R1GB 1MSNA 4B00A 6APRE 5P4KA 5P6EA 2ER7E 4I0HA 3PEPA 3DM6A 1ZSFA 3TOGA 1HRNA 4Y45A 3K4VC 4DFGA 2HS2A 2V13A 4FRSA 5OYQA 4AA9A 3T7PA 4Y58A 5P5WA 1GVUA 5P1UA 2IEOA 4Z4XA 5OZFA 3EL5A 4GJBA 4J17A 1EEDP 1W5YA 5P3AA 1T7IA 5P5EA 5P39A 2QP8A 2PK5A 2I4WA 2G27A 4RCEA 5P3WA 5P0RA 5P35A 5AGZA 4B72A 5P82A 5P8DA 2QZXA 3PBZA 2Q54A 4RYCA 2B8VA 2JJIA 3UQXA 5HDZA 4Z2ZA 2FDEA 3FNSA 3ZPUA 1EBZA 3KFRA 5P47A 4K4RA 3QRVA 3UDNA 1BWAA 1WBMA 5P1GA 3LPIA 4XKXA 5P0LA 3ZOVA 5P1NA 4Q1YA 4RRNA 3UCBA 3VV8A 5P5QA 3UFLA 4LXMA 4CMSA 5P0YA 3QVIA 5AH6A 5P0BA 4Y3PA 2OHUA 3KM4A 5P4PA 3MSJA 4DQEA 2AIDA 1G2KA 1HSIA 5P00A 5P0HA 5SZ9A 3ZKMA 5P5YA 5P0MA 3SKFA 1IVPA 3CYWA 5P0KA 3OOTA 1MSMA 1BXOA 3EKYA 1QS8A 5P2SA 2RKFA 1SGZA 2IQGA 2V12C 1B6LA 4JP9A 5P31A 4FAFA 4YD6A 4LL3A 5P80A 3EKPA 1JLDA 1YTIA 2WECA 2WF2A 4DJPA 2I4VA 5JODA 3Q4BA 2XYFA 3D1YA 1TCWA 4ER2E 3OGQA 5OZNA 3OU4B 1D4KA 1FMUA 4OBHA 5P4OA 1F7AA 4Z50A 2HB4A 5DGWA 3T11A 1AZ5A 2QMPA 4L7JA 3D1XA 3HLOA 3T7XA 3VF3A 5P6LA 3O9GA 4LAPA 1ZPAA 3OAGB 3EKTA 4I0DA 3WB4A 4HVPA 1ER8E 1IIQA 5P0DA 2PSVA 4DI2A 3KDCA 5P6IA 1HTEA 5P5TA 4B78A 3HDKA 3SPKA 2QI1A 5HCOA 2VA6A 1LF4A 5HU1A 3H5BA 4JPEA 4Y3TA 2WF4A 4IVTA 5J25A 3O9BA 3OU3A 1K1UA 2HC0A 5P46A 4WTUA 4QJ9A 4EJ8A 5OZ3A 3VUCA 3TLHA 2Q3KA 2I1AA 3AUPA 3R2FA 5P3UA 4ER4E 5P60A 1NH0A 5I3YA 2JE4A 1YTJA 2G94A 5P2QA 5KQYA 4F74A 1A30A 2O4PA 4YDGA 1MTRA 3EL0A 1GNMA 2PC0A 4Y4DA 3HW1A 5P66A 2BBBA 3VV7A 3SQFA 4FSEA 4L6BA 4Q5MA 3I6OA 1BILA 4J1EA 3WZ7A 2QU3A 5P5XA 5P1BA 3QI1A 4GJ5A 5ER2E 3EKXA 3OQDA 5P0QA 5P0ZA 3OTSA 4LBTA 5P05A 3OGPA 1HPXA 2ER0E 1IZDA 5P1LA 3PHVA 3QBHA 5OYWA 3PJ6A 5P23A 2IDWA 5P3EA 1A8KA 1E80E 3DCKA 1YG9A 1W6HA 1EBYA 1RQ9A 1FIVA 3KA2A 4EJDA 1IZEA 2B7FA 5DR7A 1BXQA 4DQCA 4EP2A 5I3XA 1EPPE 1BDLA 2V16C 1FQ7A 2OF0A 2R43A 5KOQA 5P5CA 4YD7A 3CICA 1MIQA 4Y5GA 5P4TA 5P0NA 1HSGA 3IAWA 2V00A 5P5LA 3SA8A 3URJA 1HIIA 2P3BA 5P7TA 4Y5NA 3RTHA 4ZLSA 3TKGA 4MC1A 5OZQA 2PSUA 2ZHUA 3EMYA 5P5FA 5KR2A 1PPME 3OUCA 5DGUA 3O9AA 5P2VA 5E5JA 4J1IA 1LS5A 3IN4A 5P7SA 3QBFA 3ZL7A 3EM6A 1Z1RA 3L5DA 3I25A 3OY4A 1KJ4A 3K5DA 3PVKA 2G26A 2O4LA 4Y4EA 2OHSA 2CEJA 3IXKA 2QI6A 3FSMA 3ZKGA 3PM4A 4UPJA 4D88A 4Y3NA 2NTRA 4Y3GA 1BV7A 2I4XA 1W51A 3K5GA 3SM1A 2QMFA 5IE1A 4AMTA 4IVSA 5DQ2A 3ZPSA 1CZIE 2F8GA 3VYFA 3OQ7A 3NWQA 2FGUA 2WL0A 4LP9A 3HBOA 1IVQA 3OUDA 1A9MA 5P5DA 3A2OA 4LXKA 1IDAA 5P8LA 5I70A 2JYSA 2I0AA 2NNKA 5P61A 4J1KA 1ZBGA 3PMYA 4H3FA 5F00A 3TPRA 3T3CA 2AQUA 4R95A 1SMRA 5P4CA 2QI0A 5P3QA 4HA5A 4D85A 5OZXA 5OZ6A 2XYEA 5DQCA 3R4BA 1MERA 2CEMA 3LIVA 3NR6A 3NLSA 1EC2A 3KDDA 2O4KA 3NXNA 1NPAA 4Y4ZA 5P8AA 1M0BA 3VFBA 5P4GA 5OZZA 8HVPA 5P7GA 5P4YA 2PH8A 4Y44A 6FIVA 4DPIA 3KF0A 3OOZA 3S85A 2QI5A 4QJ6A 3VSXA 5OZUA 5P0UA 4NJVA 3O9LA 1TW7A 1BV9A 2VJ7A 4GB2A 7HVPA 1HHPA 4EXHA 1XL2A 4DJXA 2B42A 3PI0A 1QBTA 1LF2A 4Y4XA 5PEPA 3OHHA 3IVHA 2V0ZC 5P3PA 4B1CA 5DR1A 1FQ6A 3UQWA 1ZLFA 5P3DA 3O9IA 3VLBA 5P70A 4KUPA 2R5QA 5P0FA 4FAEA 2SAMA 5P50A 2QNNA 1KJFA 4CKUA 5CONA 3TPLA 1M43A 3UDMA 4PYVA 5P4HA 4Y3QA 4YD4A 4B77A 3OXXA 4OD9B 3UPJA 4WY6A 4OD9A 1APTE 3INHA 3OU1B 4Y5EA 2ZJHA 4RZ1A 5KQXA 2AVOA 4Y3LA 5OZIA 3GI0A 2QI3A 2ZDZA 3SA6A 1HTFA 1SIPA 5P14A 5P6PA 5P0TA 5OZ2A 1SH9A 1W5VA 2QU2A 3PLLA 5P1EA 3L5BA 1MTBA 3WSJA 2ANLA 2RSPA 3GI6A 2Q55A 1UH8A 4H1EA 3DJKA 4CPTA 4YD5A 4HDPA 4EYRA 3GGUA 3ST5A 5P19A 3KMYA 3CKTA 3RU1A 3K5FA 5OZ0A 4LHHA 2WF1A 5P6RA 2WEDA 3EKWA 4J55A 2HPFA 4R91A 3LIZA 4PPHA 2AZ8A 4J5JA 3LNKA 3NUJA 1APVE 5HDUA 4ZPFA 5DR4A 3FKTA 4B1EA 5P3LA 5P7IA 3O9FA 3KT2A 5ENKA 3NWXA 2WHHA 2JJJA 4ZPGA 5P5VA 4NJSA 3S8IA 4Y3FA 1YT9A 5P7CA 5P26A 4GYEA 4YHQA 5P87A 5HD0A 2XFJA 4A6CA 2IL2A 4YDFA 5P4EA 2MIPA 3CMSA 3SA3A 4ZEAA 1HPSA 5BWYA 4A6BA 1DP5A 1QBSA 1T6EX 3APRE 5P4UA 5OZRA 5TOLA 4Y39A 5OZKA 5P5PA 2ZJIA 1MVPA 1HIVA 4Y3JA 5P3FA 3BUGA 4M8YA 3UDPA 5P25A 2G1NA 4Y36A 5P6FA 2FLEA 5OYTA 1OEXA 5I3VA 4Y3AA 3NYGA 5HE7A 1XN2A 1HIHA 1EC0A 3MSKA 4X2LA 2G1OA 5OYZA 2ZJKA 3DK1A 5P3NA 1XS7D 4TRZA 1KZKA 5P0WA 2HIZA 5IVSA 5C9BA 5P3YA 5P5RA 4Y5AA 2UXZA 5P7OA 5P1XA 2BPXA 4PEPA 3S56A 4FCOA 5P2BA 3GGAA 2BPWA 5P5NA 3BVAA 4Y4UA 3NXEA 1LZQA 3DUYA 5P1PA 3RSVA 3B80A 5AH8A 1Q9PA 5P8FA 5OYYA 4R8YA 5P0AA 5IVQA 4B0QA 5OZBA 4Y56A 5P7KA 5P1KA 4JPCA 4E43A 4K4PA 2Q64A 1OEWA 3ZLQA 4OBKA 5P4RA 3GGXA 5OZCA 5HE4A 1B6KA 3L58A 2QNPA 4TVGA 1C70A 4Y37A 2AOFA 1B6JA 2IGYA 1PSAA 5OZ9A 2PWRA 4CPSA 4YBIA 2PYMA 3H0BA 3T6IA 3OUBA 4ZSPA 1T7JA 4Y3EA 5AH7A 3OHFA 5P0JA 1BIMA 2VIYA 5P7PA 3D3TA 1K1TA 3O9EA 5P7XA 4Y4JA 1FB7A 1APWE 3PRSA 4L1AB 4DJWA 3NDWA 4DV9A 3LITA 2PH6A 4FIVA 2I4DA 1HWRA 5P7NA 1BWBA 2B60A 5P20A 2F3EA 5P45A 4Z22A 2J9KA 3PBDA 2G1RA 1D4LA 4HDBA 3NU5A 4I12A 1HVHA 5P5HA 1MUIA 1MRXA 5APRE 2ZYEA 2Z54A 1ODYA 3QIHA 5P5KA 5P5MA 1G6LA 5P8BA 1W5WA 2AVVA 1IZIA 5P1WA 3S7LA 3RSXA 1GVXA 4I0JA 4Y5KA 4Y3WA 1XN3A 4BEKA 5KR8A 2F81A 4PZXA 5P2MA 5DR3A 5P43A 1A8GA 4RVIA 3VFAA 4FM6A 3EBZA 3TPJA 3RTMA 3L59A 4NPUA 4Y4BA 1KJHA 5P75A 3FNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HCT A;  3IXO A;  1HBV A;  2OHQ A;  1FFI C;  4EXG A;  5P1R A;  3TOH A;  3QVC A;  3LIQ A;  4RGH A;  1T6G A;  5P11 A;  4H3J A;  4DH6 A;  5JG1 A;  3ZKI A;  5P37 A;  3SFC A;  1FQ5 A;  1D4Y A;  1MT8 A;  5P6Y A;  1QRP E;  5P2E A;  4Y3Z A;  4QLH A;  5P6N A;  3UDQ A;  2FMB A;  4Y48 A;  1QBR A;  3BC4 A;  2G22 A;  3PCW A;  2AOI A;  1DMP A;  1W6I A;  4Y3Y A;  3INF A;  5DQ5 A;  3PWM A;  4OBG A;  5ISJ A;  3NDX A;  5P6Q A;  3MSL A;  5P22 A;  1CPI A;  2G21 A;  2AZ9 A;  3IXJ A;  3S45 A;  1FQX A;  1U8G A;  5P3X A;  5P5A A;  4ER1 E;  4I8W A;  3M9F A;  2HB2 A;  1MPP A;  1ZAP A;  5OYU A;  5P38 A;  4GMI A;  3PB5 A;  3OXW A;  4J0T A;  5P4J A;  1BDR A;  1PPL E;  3NU3 A;  2AOD A;  2P3B B;  3PSG A;  5OZ5 A;  4K8S A;  3ZMG A;  3PWR A;  4KB9 A;  5COP A;  5JFU A;  2RMP A;  5P85 A;  5P6H A;  5P88 A;  2FDD A;  5P0V A;  3DV5 A;  5HDX A;  2FS4 A;  2QHC A;  3LIY A;  4YOA A;  5P83 A;  5OZJ A;  3SM2 A;  3FIV A;  3EL4 A;  3DCR A;  3TTP A;  1HVJ A;  1ZP8 A;  2AOC A;  5OZW A;  3TH9 A;  5OZP A;  1GKT A;  3BHE A;  4ZSR A;  2ASI A; 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 1HTE A;  5P5T A;  4B78 A;  3HDK A;  3SPK A;  2QI1 A;  5HCO A;  2VA6 A;  1LF4 A;  5HU1 A;  3H5B A;  4JPE A;  4Y3T A;  2WF4 A;  4IVT A;  5J25 A;  3O9B A;  3OU3 A;  1K1U A;  2HC0 A;  5P46 A;  4WTU A;  4QJ9 A;  4EJ8 A;  5OZ3 A;  3VUC A;  3TLH A;  2Q3K A;  2I1A A;  3AUP A;  3R2F A;  5P3U A;  4ER4 E;  5P60 A;  1NH0 A;  5I3Y A;  2JE4 A;  1YTJ A;  2G94 A;  5P2Q A;  5KQY A;  4F74 A;  1A30 A;  2O4P A;  4YDG A;  1MTR A;  3EL0 A;  1GNM A;  2PC0 A;  4Y4D A;  3HW1 A;  5P66 A;  2BBB A;  3VV7 A;  3SQF A;  4FSE A;  4L6B A;  4Q5M A;  3I6O A;  1BIL A;  4J1E A;  3WZ7 A;  2QU3 A;  5P5X A;  5P1B A;  3QI1 A;  4GJ5 A;  5ER2 E;  3EKX A;  3OQD A;  5P0Q A;  5P0Z A;  3OTS A;  4LBT A;  5P05 A;  3OGP A;  1HPX A;  2ER0 E;  1IZD A;  5P1L A;  3PHV A;  3QBH A;  5OYW A;  3PJ6 A;  5P23 A;  2IDW A;  5P3E A;  1A8K A;  1E80 E;  3DCK A;  1YG9 A;  1W6H A;  1EBY A;  1RQ9 A;  1FIV A;  3KA2 A;  4EJD A;  1IZE A;  2B7F A;  5DR7 A;  1BXQ A;  4DQC A;  4EP2 A;  5I3X A;  1EPP E;  1BDL A;  2V16 C;  1FQ7 A;  2OF0 A;  2R43 A;  5KOQ A;  5P5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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