2Q64A

Hiv-1 pr mutant in complex with nelfinavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular analysis of the HIV-1 resistance development: enzymatic activities, crystal structures, and thermodynamics of nelfinavir-resistant HIV protease mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q64A00
3PLDA 1APVE 3GGAA 5P6UA 4RCDA 2QI6A 1DW6C 4MC1A 2JXRA 3N3IA 3OQFA 1G6LA 2XFJA 5P4QA 3SABA 2OHKA 2BBBA 3VSWA 5P3OA 5OZ7A 1W5YA 3DK1A 4HVPA 3S7LA 3D3TA 3OADB 5P2RA 5P0EA 2G1RA 3GGXA 1W5VA 3UQRA 1ZPKA 1HEFE 3KN0A 5P7HA 5P4ZA 5P79A 2ZJMA 5P1PA 4Z50A 5OYWA 2HPFA 4ZPEA 1HPSA 5P6YA 2AZ8A 2IGXA 3RTHA 1D4KA 5OZBA 1T7JA 4RLDA 3SM2A 4PZXA 4K4RA 5AHAA 4Y58A 1Z1RA 3APPA 3OQKA 4Q1WA 4Y4BA 2HS1A 1GVVA 1F34A 1CPIA 3RSXA 4AZYA 4ZE6A 4PYVA 3L5DA 3OQAA 3SA4A 3DM6A 1RV7A 2G94A 5P2YA 5P3PA 4I0FA 4JPEA 3ZKXA 2HB2A 1ODWA 4Y5BA 2ER0E 4Y56A 2OHQA 4Y5AA 5OYXA 5P5SA 5P8KA 4ER1E 3S54A 3IN3A 4YOAA 4LXAA 1FQ5A 5P0LA 1FQ7A 5P0IA 4B1DA 5P69A 4DJUA 2OHRA 2G69A 1WBMA 5P04A 5HDZA 5SY3A 5P3KA 3L3AA 3OUBA 5P4WA 5P67A 4CP7A 4Y3JA 3KF0A 5P1LA 4HEGA 5P0RA 4XKXA 4GJAA 4OD9A 5P6GA 1SDTA 4PHVA 4DQFA 2B8VA 3EKWA 1FF0C 3TOHA 2QZWA 1MPPA 2FXEA 4FGXA 5P5AA 2F3EA 4ZSRA 4FRSA 4FSLA 5P1ZA 2FXDA 2VIJA 3ZPUA 1MESA 2HIZA 1FQXA 3TKWA 2QHYA 5P54A 2H6SA 3GI5A 3OGQA 1NPAA 5P7CA 5P8EA 4I0GA 5P59A 4RCFA 3PRSA 2RKGA 4MC2A 5P0SA 2UPJA 1EC1A 3K5DA 4U8WA 5OYQA 4IVSA 1GKTA 1FQ8A 5P7ZA 3SM1A 5P50A 5P1DA 4F74A 2QD8A 3O9FA 2QZXA 4R91A 5P4BA 2HS2A 2WL0A 5KR2A 2F80A 2AZ9A 4FS4A 5APRE 5P7NA 3TPPA 4Y3NA 5IVSA 5BS4A 1D4LA 5HCOA 5P87A 4GJ8A 4DV9A 3O9GA 5P8FA 5P8IA 4DPIA 5P4XA 3LZUA 5P30A 1BDRA 2B42A 3HDKA 2ER6E 3DUYA 5DGWA 4ZIPA 4B72A 1MEUA 3KM4A 3S7MA 2OHNA 3M9FA 3KYRA 3PJ6A 4Y3RA 4Y53A 5DQ2A 3OUDB 5P26A 1GVXA 3CYWA 1PSAA 5P8NA 4CPQA 5P2QA 5P18A 1ZTZA 1HVHA 5OZLA 3LZSA 1DPJA 2G22A 4Y41A 2ZJJA 3PCZA 4DJYA 4DJRA 2QHZA 5P23A 1AXAA 1BIMA 3EXOA 3VFAA 4Y4WA 5P71A 4K4QA 3KDCA 2R43A 1HIHA 1YM4A 2QK5A 2F3FA 1NPWA 4EJLA 2B60A 1HTEA 3S53A 2WEAA 4YBFA 1G35A 4Y9WA 3VSXA 2WF2A 1HBVA 2OHMA 4Y3LA 4Y35A 1SGUA 3NU4A 5P1RA 4Y51A 3S8IA 1D4IA 5P5BA 3KFNA 4B05A 2XYEA 3EKPA 5P2VA 5P89A 3VF7A 4Y3MA 1YM2A 1HVJA 1D4JA 4BFBA 4HZTA 5OZGA 3S43A 4QJ2A 3QRVA 5P41A 2O4NA 5OZTA 3UDMA 5P22A 4AA8A 2WEDA 1PPME 5DR8A 4RYGA 3FIVA 3SFCA 5P7DA 3PWMA 1HPOA 1BXOA 1HSHA 4U7VA 5OZ5A 1YG9A 5P1OA 1KJFA 5P32A 5P4FA 1HIVA 1SMEA 5C9BA 3D1XA 4LAPA 4EYRA 2QI7A 3G70A 3LIYA 1BV7A 5P0ZA 3O9LB 5P4HA 2PSGA 3SPKA 2G1OA 1SDVA 2QZKA 1QBSA 4KE1A 5P47A 1SIVA 5P8BA 4DQGA 4Y37A 1FMUA 1W6IA 2OAHA 4YD7A 4YHQA 5P5IA 2QI0A 1HIIA 3HLOA 1EBWA 3UHLA 2R38A 4Y5NA 3PCWA 1FQ4A 4YA8A 2PWRA 2ZHVA 5AH8A 1EEDP 4Y5LA 5P5FA 2CEJA 4S1GA 1MRWA 1TZSA 5BWYA 1B6PA 5P3NA 4FM7A 5COKA 1ZLFA 5P1HA 2R3TA 1HTFA 3VF5A 2A1EA 4J0TA 5AH9A 4Y43A 4DJVA 1OEXA 3VF3A 1MIQA 2NNPA 1XS7D 3OAGA 5P4PA 3PBDA 5P19A 2ZHRA 3DV5A 2NXMA 2ZJNA 5IS4A 5ER1E 3I6OA 3Q4BA 5P2AA 2G27A 5FIVA 5HVPA 4OBZB 2RENA 3OUCA 3SA6A 5P6NA 5P46A 3UQPA 5P7UA 1MRXA 6UPJA 5P3LA 2ANLA 4FL8A 4J0YA 2IS0A 3FKTA 1HVLA 5P11A 4YD3A 3K5FA 2FGUA 2O4LA 2PQZA 4NPUA 3BVBA 3T6IA 2HM1A 5P8OA 5KR8A 1RQ9A 2IENA 2IL2A 4RGHA 1FLHA 5P15A 2OHTA 5P1GA 1AIDA 4APRE 5HDXA 4ACXA 1GNNA 3UDYA 1EPPE 5P7XA 1T6GA 5DQ1A 3MXDA 5P4DA 2QI4A 3T7PA 2QP8A 4BFDA 5KQXA 5P81A 5P0JA 1AJVA 5P1IA 5UPJA 2Z54A 2NXLA 3O9BA 4FCOA 3OWNA 5OZKA 5P8VA 5P7BA 4QLHA 1JLDA 2ZJLA 3QBHA 4MC9A 4DH6A 3U7SA 1PPKE 3INHA 4Y4XA 5P00A 1EPQE 3S56A 3UFNA 4ER4E 1HXWA 3MXEA 5P4KA 3T7QA 5P6WA 3OTSA 5OZEA 1A8GA 4RRNA 1HSIA 5P1XA 2VIZA 5P2OA 2PYMA 2R5PA 5P05A 3GGVA 3VYEA 4JPCA 5P0UA 2QI1A 3K4VC 5OZSA 1MTBA 4AUCA 3SA3A 1QDMA 5P60A 3MSJA 4Y3HA 1D4SA 1W5WA 4JP9A 2QNPA 2Q15A 3LPJA 5P7LA 5AH6A 4OC6A 1K1UA 4H3JA 1NSOA 2G20A 2WF0A 5P2GA 5P1YA 3O9AA 5OYVA 5P0AA 3NLSA 5COOA 5P4LA 1FG8C 3BGBA 4AA9A 5P88A 1EPNE 3URLA 1BAIA 5P1TA 1DAZC 4AMTA 5P74A 4CPUA 5P4AA 1XL5A 1M43A 3NU9A 4Y5EA 2Q11A 3S45A 1AVFA 5P68A 4D83A 1ZPAA 3DOXA 4GMIA 1WKRA 5P52A 2AVVA 4GIDA 1APUE 1HVKA 3GGUA 3QBFA 4Z4XA 2Q63A 3D91A 4J54A 3VFBA 2FMBA 1M4HA 5P0WA 5OZAA 3L5CA 1K6VA 5DGUA 3OU4A 1E82E 4K4PA 4QJ6A 5OZWA 1AAQA 3KMXA 4J1HA 5P6FA 4J55A 2OHLA 1XN3A 5P5TA 3Q70A 5P6HA 3TNEA 3T3CA 2BKSA 5AHBA 3CYXA 4APEA 1K2CA 2VA5A 5JFUA 1T7IA 4OD9B 5OZVA 5P7MA 3NDUA 1W6HA 1FB7A 4CPRA 5P8JA 3SO9A 3L5FA 2PMAA 2ZJIA 5P8MA 5P7RA 3UPJA 4GZFA 3VLBA 2V12C 1B5FA 1LYBA 5ENKA 2H6TA 5PEPA 1A94A 5P6EA 5P3JA 1BXQA 2MIPA 1EPOE 2V16C 5OZXA 1AZ5A 5P0KA 2VS2A 1BBSA 3UDHA 2I4UA 2BPVA 2V11C 3K4VA 2F3KA 4LXMA 3TOGA 1HSGA 4Y5GA 1ZSFA 5I3VA 5P1MA 4EQJA 5P1EA 2NPHA 3I25A 1T7KA 1TSQA 3IXJA 4Y6MA 2O4KA 5P7PA 3WZ6A 5J25A 5P5NA 1EBKC 4F73A 2QD7A 1J71A 3DJKA 4X2LA 5P8QA 4OBKA 3VEUA 3URJA 4COEA 4QGIA 3UFLA 5P75A 5P3EA 3JW2A 4RYCA 4Y4GA 5P2SA 3QP0A 1FMXA 3EC0A 1ODYA 1TQFA 3ZKMA 4YD6A 5AHCA 1U8GA 2P3CA 1K6PA 4B00A 3SA7A 5P8SA 2QMFA 5SXNA 1EAGA 1B6MA 4A6CA 3NDXA 1SIPA 3L5EA 4A4QA 5P6TA 5P2HA 3GI6A 5P3UA 1KJHA 3ZL7A 2FS4A 2I1AA 3EL4A 3OXVA 2P8HA 2J9KA 2P3DA 3NU6A 3OK9A 5P2KA 2QI5A 5P7SA 2BQVA 1LF4A 3TTPA 1MERA 3IAWA 4LC7A 1LYAA 3PEPA 3QROA 5DR1A 5P63A 5P7VA 1EBZA 5P27A 4I12A 3C9XA 5P1VA 4H3FA 2B7ZA 1RNEA 3OXCA 3LZVA 5P7QA 4PZWA 1F7AA 5P39A 4EJ8A 1NH0A 5OZ0A 2BKTA 5OZ4A 5P86A 1HOSA 4DVFA 3A2OA 9HVPA 1A8KA 1CZIE 2AOEA 3NXEA 4OBGA 1QBRA 5P7GA 5P6CA 1IDAA 4HDPA 3IGBA 1GVWA 5P2LA 5P35A 4PPHA 3ZKSA 2QMPA 3BHEA 5P6JA 4HDFA 5P6OA 2PK5A 1ZBGA 2Q54A 2HPEA 2BPWA 5OZ3A 3BUFA 5P5CA 5P3VA 3GW5A 2ZE1A 3VG1A 4N00A 3NWXA 4B1CA 4E43A 3PVKA 3MSKA 2QCIA 4ZPFA 3S43B 4EQ0A 5OZ9A 1Q9PA 2APRA 3BUGA 5P8CA 2UXZA 1BDQA 5P1AA 5P1QA 3OGPA 3LITA 3O9EA 3LIVA 4FM8A 2RSPA 3WSJA 4J1KA 2NNKA 2CENA 2WF3A 3QI1A 3U71A 1K1TA 4F75A 3PSGA 4J0VA 4QJ9A 2BPZA 2FIVA 5P4RA 1ODXA 1MTRA 2P3BA 5P3ZA 2AOCA 3ER3E 5IVQA 5I3XA 4EJKA 1IIQA 5P08A 2PSUA 4YCYA 3QVIA 1HWRA 3OU1A 4Y4EA 4XXSA 4KB9A 2WF4A 3R4BA 5P01A 5P2FA 3SLZA 4Y47A 3ZMGA 4QJ8A 3HAWA 2BJUA 4Y3DA 5KOQA 4J1CA 3OTYA 1DP5A 2ZJHA 1GVTA 4Y3FA 1UH8A 1M0BA 4GYEA 4LBTA 4Y5PA 3ER5E 2QU3A 2VNMA 3SAAA 3KA2A 4YE3A 4DJXA 2ZDZA 3LIZA 5P4EA 4EXGA 2B7FA 1OHRA 3U6AA 1W50A 2JJJA 3B80A 5ISKA 2VIYA 3PB5A 2IQGA 4R5NA 5HE7A 1RL8A 2VKMA 5P2ZA 3LPIA 5OZHA 6APRE 3INFA 4Y3TA 5P7FA 5C9FA 5P3HA 3SA9A 2I4WA 3PHVA 4H3IA 5P5JA 4Q1NA 3OAGB 4Y44A 2ER7E 1HTGA 2WECA 4ER2E 5P5DA 5I3WA 3INDA 3NDTA 1MSNA 5P6LA 3T11A 5P49A 4CPWA 7UPJA 3IXKA 4I0ZA 3NSHA 5P73A 4FE6A 3D1YA 5DQ5A 2JE4A 2ZHTA 1EPLE 4I11A 4H3GA 3K5CA 5P2JA 3VCMA 5P03A 5P8LA 1KJ4A 1WBKA 3R1GB 5P4OA 5P3SA 5HU0A 4CPSA 1OEWA 3QPJA 5P6KA 3TOFA 5P3IA 3URIA 3KMYA 1APTE 1HVRA 2O40A 5P07A 5P3FA 4EXHA 5P0NA 1BWAA 5P83A 4GJCA 2V13A 4DFGA 1T3RA 3LNKA 5P16A 5P3XA 1XE5A 4FAEA 5P3RA 3BVAA 5P13A 5P80A 3FSMA 3ZKQA 3ZLQA 1MSMA 4I0EA 5P1WA 3EM3A 4Y5CA 4Y3GA 4NKKA 4J1IA 5P5PA 3UDKA 1FFIC 1YTHA 3EKYA 1E5OE 1SH9A 4OBHA 4K8SA 5P0BA 5I3YA 5P0CA 1B6KA 1ZSRA 3K1WA 3FX5A 5P5GA 1KZKA 1LEEA 4I8ZA 4RVIA 3NU3A 5P7WA 1VIJA 2FDPA 1B11A 5P1JA 3OXWA 2I4DA 1T6EX 1AJXA 1EC3A 3UQUA 3QIHA 4OC6B 3LZYA 4WTUA 4EJDA 4DJWA 4MC6A 4DI2A 3LINA 3FV3A 5IVTA 5P8TA 3UF3A 4J5JA 2AVQA 1MT7A 4TVGA 1PSNA 5JODA 5P10A 1C6YA 1EC0A 2G26A 3F9QA 4Y38A 3PBZA 3BGCA 3CICA 4Y3EA 4TRZA 4ZSPA 4L7GA 4ZPGA 3QS1A 3CKTA 4BELA 2AOGA 5P4GA 3PI5A 5P7EA 3WZ7A 1FMBA 4I0JA 5OYSA 2FDEA 2V10C 5P5MA 3NUOA 2FNSA 5P4UA 3IA9A 5P5HA 4EP3A 1UH9A 4FIVA 3KT2A 3RTNA 5P2TA 2G1SA 3OU4B 5P5XA 2VA7A 3L5BA 3HAUA 3RVIA 5SY2A 1C6ZA 2PSVA 3EKTA 3NYGA 5P8GA 1EBYA 4RROA 5P36A 3UDQA 3EMYA 2QHCA 5HD0A 3QRSA 2UY0A 5OZFA 3OQ7A 2QD6A 2QNQA 3D20A 5OYRA 5JG1A 5P3WA 5P7OA 4J1EA 1IZEA 4JECA 2V0ZC 4L7HA 4Y4DA 3QRMA 5P24A 1XL2A 3QN8A 3O9DA 5OYYA 5P8AA 3EKQA 4FRJA 2WJOA 4GJ7A 3UQXA 2AQUA 1B5FB 1LYBB 5P5QA 3OY4A 3IVHA 5P8HA 5P1FA 3SKFA 3UTLA 2Q55A 5P2XA 4EP2A 3SQFA 4HLAA 4Z22A 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PLD A;  1APV E;  3GGA A;  5P6U A;  4RCD A;  2QI6 A;  1DW6 C;  4MC1 A;  2JXR A;  3N3I A;  3OQF A;  1G6L A;  2XFJ A;  5P4Q A;  3SAB A;  2OHK A;  2BBB A;  3VSW A;  5P3O A;  5OZ7 A;  1W5Y A;  3DK1 A;  4HVP A;  3S7L A;  3D3T A;  3OAD B;  5P2R A;  5P0E A;  2G1R A;  3GGX A;  1W5V A;  3UQR A;  1ZPK A;  1HEF E;  3KN0 A;  5P7H A;  5P4Z A;  5P79 A;  2ZJM A;  5P1P A;  4Z50 A;  5OYW A;  2HPF A;  4ZPE A;  1HPS A;  5P6Y A;  2AZ8 A;  2IGX A;  3RTH A;  1D4K A;  5OZB A;  1T7J A;  4RLD A;  3SM2 A;  4PZX A;  4K4R A;  5AHA A;  4Y58 A;  1Z1R A;  3APP A;  3OQK A;  4Q1W A;  4Y4B A;  2HS1 A;  1GVV A;  1F34 A;  1CPI A;  3RSX A;  4AZY A;  4ZE6 A;  4PYV A;  3L5D A;  3OQA A;  3SA4 A;  3DM6 A;  1RV7 A;  2G94 A;  5P2Y A;  5P3P A;  4I0F A;  4JPE A;  3ZKX A;  2HB2 A;  1ODW A;  4Y5B A;  2ER0 E;  4Y56 A;  2OHQ A;  4Y5A A;  5OYX A;  5P5S A;  5P8K A;  4ER1 E;  3S54 A;  3IN3 A;  4YOA A;  4LXA A;  1FQ5 A;  5P0L A;  1FQ7 A;  5P0I A;  4B1D A;  5P69 A;  4DJU A;  2OHR A;  2G69 A;  1WBM A;  5P04 A;  5HDZ A;  5SY3 A;  5P3K A;  3L3A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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