2QCIA

Hiv-1 protease mutant d30n with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADNTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qciA00
2AVMA 3O9LB 4JP9A 3FNSA 5P5ZA 4RRNA 4GYEA 2IRZA 2A4FA 1HTEA 1UH8A 5P0YA 4XX3A 2IQGA 2AOFA 4Y37A 2HS2A 1MSNA 3LIYA 1BWBA 5P54A 5C9DA 1HPOA 4R5NA 5P08A 5P3XA 4AZYA 1HBVA 2Q5KA 5P6LA 5P64A 1DPJA 3EC0A 4Y3EA 5OZMA 5AHAA 1AJXA 5HCOA 3OHHA 3DV1A 5P4TA 4EP3A 1W6HA 1GNNA 3BHEA 1BILA 2BPZA 3PI0A 3KYRA 7HVPA 1G6LA 3T7XA 5KR2A 1RV7A 3QVCA 2IS0A 3KA2A 3S43B 2VJ9A 2R5QA 3EKWA 5B18A 2AZBA 1TZSA 4J0YA 4KUPA 2G69A 3VF3A 2ZJKA 2BKSA 4Y4ZA 3O9GA 1RNEA 1ZBGA 2G24A 4DQGA 4DQCA 3G70A 5P0LA 5P4FA 4Y50A 5OZWA 1K6PA 5P2DA 2IDWA 1ER8E 3KFRA 2J9JA 3KDBA 5P43A 2FLEA 1MT7A 1FQXA 4I8WA 5P49A 1FQ6A 4PZWA 1XN2A 4TRYA 1GVUA 3EM3A 3LZYA 2WEAA 3UDHA 4ACXA 3R2FA 2SAMA 5P0GA 4OC6B 5OZIA 3TKWA 4I0EA 3DCKA 3O9CA 1FQ5A 5P0DA 5P77A 3ZPUA 5P16A 1FMUA 2QD7A 3NR6A 4EXGA 5P32A 1KJHA 5P8MA 3HAUA 5DPZA 1FQ7A 5P5MA 4RZ1A 4GJ8A 5P5HA 1YM2A 1OD1A 1ZTZA 4YD7A 5APRE 4M8YA 2OHQA 1IIQA 4PEPA 3HBOA 4FRJA 5DR1A 4D8CA 4L1AA 1DP5A 5P4KA 2WHHA 3MWSA 5P3JA 4F75A 4ZEAA 1ODYA 2ER0E 3D91A 3ZL7A 4PPHA 3KDDA 1YTHA 2VA6A 3ER3E 5KQZA 2G1OA 4LAPA 2APRA 3BXSA 2Q64A 3S7LA 3LPJA 4N00A 4Y3NA 3SA4A 3S85A 1BV9A 2VJ6A 4L7HA 3UQXA 5P1GA 1RQ9A 5P48A 3SFCA 5P88A 5OYXA 4B05A 3ZKSA 2ZJMA 3U71A 4J1FA 3QRMA 3T3CA 1MERA 2FXEA 5DR8A 2FNTA 3CKRA 5P8EA 5P69A 2AQUA 3LZUA 5P8PA 4B77A 3EKQA 2FXDA 4JOOA 5AH6A 5P8BA 2Q54A 1ZPAA 4DPIA 1LZQA 1HEGE 4Y58A 2AODA 5DR0A 2WKZA 3MSJA 1MRWA 5P26A 5TOLA 2OHPA 4BFDA 4B72A 3KF0A 1OEWA 5P4IA 1HXWA 3K1WA 3OQFA 2ZJNA 3K5GA 2FIVA 2FMBA 5P1DA 4WY6A 3O9EA 5P5DA 1LF3A 3R0WA 3LZSA 1YX9A 4J5JA 5P38A 1A9MA 4TRZA 5P6PA 2HB3A 4FRIA 4Y45A 5OZAA 5OYUA 4R91A 2VNNA 1VIKA 4HE9A 4YD5A 4J17A 4E43A 5AH9A 4HLAA 3BGBA 2I4XA 3OOZA 1LS5A 4EQ0A 5P3VA 5OYSA 5F01A 1EC0A 3TTPA 5P6FA 2JE4A 5P7XA 3NU3A 3PWMA 2Q63A 3IXOA 5SXNA 5P06A 5P1OA 1HOSA 2AVQA 1K6VA 1GVXA 3PCWA 4I0DA 2NR6A 4TVHA 1GNMA 3PM4A 4CPXA 1FQ8A 3D3TA 1B6KA 3SABA 5P7VA 1LYWA 1N49A 4NKKA 5OZRA 3VCMA 1EPOE 3URJA 5P1KA 2VNMA 1EC2A 3NXEA 3UDMA 5ISKA 5KQXA 2UPJA 3HVGA 1SGZA 1FFIC 3MXDA 2HB2A 4LXKA 1HVIA 1RPIA 4F76A 3LZVA 4I0JA 5DR4A 2QI6A 3NDUA 2HB4A 3VG1A 1WBMA 5ISJA 5P8UA 4MC1A 3VLAA 3TL9A 4YD6A 4OBHA 3K4VA 4EHCA 5P7AA 4ZSPA 5P3MA 3T7QA 3PGIA 2IGYA 3OOTA 3T7PA 4DJVA 4K4RA 1EPRE 4Y3YA 3PMYA 5BWYA 3OUBA 3CYXA 4Y5NA 1LYBB 4Y51A 4RRSA 5P4OA 2ZE1A 4R92A 3SA8A 4WY1A 5P5WA 3RTMA 3TKGA 1SP5A 1KJGA 3I8WA 2MIPA 5P8GA 2FNSA 4Q1WA 5P52A 2RENA 4Y44A 2PSVA 3FSMA 2IKOA 2J9KA 1FMBA 3DK1A 3NWQA 5P8FA 5P4VA 2P3CA 5P57A 5P7LA 1UH9A 1ZLFA 2OHLA 5SY3A 5P1QA 1QDMA 4Y57A 5P4YA 5P8LA 4Y56A 3INFA 3TOFA 4FRKA 1EBYA 1GNOA 5P7PA 5P8IA 4DJUA 5P6RA 2AVSA 3S2OA 1ME6A 2O40A 2G22A 5P2VA 5P6UA 4DH6A 5OZLA 9HVPA 3NU6A 2I1AA 1EBZA 3CMSA 3QBFA 2QI7A 5P7IA 5OZBA 4ZLSA 3PVKA 1IZHA 2WF0A 5HCTA 3VUCA 3OQAA 5P7QA 1FQ4A 2VKMA 4FAEA 5P0TA 5P55A 1D4HA 2R43A 2NMZA 1WKRA 3Q4BA 1MVPA 5P34A 3QP0A 3DUYA 2OAHA 1B6MA 1PFZA 1W50A 3QN8A 3Q5HA 3S7MA 2G20A 4RYCA 5P3OA 2H6SA 3IVIA 4Y3PA 3OU1B 5C9FA 3PLLA 4CPRA 5OZPA 4OBKA 4HVPA 5OYYA 1A30A 2P4JA 1EEDP 4Y5PA 3QS1A 2WECA 5HE5A 3QROA 2HAHA 3EKXA 5P07A 4DJWA 5P3EA 5DR3A 5P6TA 3OK9A 3INDA 5IVTA 5P4LA 5BRYA 3FNTA 5P0SA 4K8SA 4RVXA 3U7SA 4QLHA 4COEA 4X2LA 1XN3A 5P2YA 3LNKA 1PPME 3I25A 5HU0A 3DV5A 5P0UA 3PEPA 5P4NA 5OZXA 2ZDZA 5P81A 2QU2A 5OZHA 5P25A 5P6DA 4DQEA 1XL2A 1T3RA 3GI5A 4J1KA 5P2FA 2OHRA 4NPUA 4GJ6A 2QAKA 3LPIA 3BUFA 4YD3A 1QBUA 5P33A 4Y5EA 2PH8A 5P3UA 4RYGA 4LL3A 4B78A 4BFBA 1C70A 2FGUA 2IL2A 1HSHA 1Z8CA 2BB9A 5HDUA 5P6IA 5P4WA 4D89A 1K6CA 5P4HA 1HIIA 2QU3A 4FRSA 3BRAA 5P5SA 2QNQA 2OHUA 3UQPA 1APUE 2WL0A 1HVSA 5P2ZA 2PSGA 4J1CA 4CPSA 3GGAA 4MC2A 3PSYA 1EBWA 3WSJA 1GVVA 2G21A 2B8VA 4HDFA 5P5OA 4B1CA 3M9FA 5P84A 5SZ9A 5OZJA 4CKUA 5HU1A 3UTLA 3UDKA 1C6XA 2I4QA 3KN0A 4Y4EA 3OUCA 5P62A 1K1UA 5P7BA 3O9LA 3TOHA 4Y4JA 1DAZC 3LIQA 4NJTA 5CONA 5P3LA 3QVIA 1BXQA 2R3WA 2ZHTA 4ZSRA 5P1NA 4RCFA 4I1CA 4CPUA 4MC6A 5P1WA 3VV8A 2JXRA 5P8CA 5EZZA 5P6JA 4DI2A 5UPJA 2I4WA 2PQZA 5P87A 4Z22A 1EPLE 5OZKA 5P45A 3NWXA 1GKTA 4YOAA 1YG9A 4OBFA 5P2HA 3SA9A 5P40A 4RLDA 3H0BA 1A8KA 1AZ5A 5P05A 2VS2A 2BPXA 4KE0A 3NDXA 3S43A 5KQFA 5OZ9A 5DQ1A 1BBSA 3O9HA 5OZCA 5P73A 3KT2A 2BJUA 1ZP8A 4RVJA 3EMYA 5I3YA 5P1RA 4ZPEA 2XYFA 3NU9A 4Y5BA 2A1EA 1PROA 3N3IA 1NPWA 3OU3A 5P7HA 3ZKIA 4Z50A 5AH8A 2G1RA 4JECA 4ZPGA 5P14A 4FSEA 5P4BA 5P71A 3BUGA 3LHGA 1M43A 2QCIA 3NXNA 5P0IA 1HTFA 3L5BA 2PYNA 3CIDA 3SA5A 4Y5KA 1TSQA 4OC6A 5P4UA 1LYAB 5P7FA 2AOHA 5P23A 4AA9A 5OZSA 5P0HA 5COPA 2QZLA 1XE6A 1HSIA 4DVFA 4Y9WA 1C6YA 1IDAA 2CENA 4Y4TA 5IVSA 5P2NA 4I0IA 5P6OA 3NDWA 3CICA 3BVBA 5P8RA 5P4GA 5P2GA 3WZ6A 1G35A 4ZIPA 5OYZA 4Y3ZA 2Q3KA 5IVQA 3VSXA 3ZOVA 4EPJA 1IZEA 1IVPA 2G1SA 4ACUA 3PWWA 3UFNA 3MSLA 3H5BA 2IENA 4DJXA 2QMFA 4L6BA 5P37A 5P61A 1G0VA 5P6EA 4H3GA 3BVAA 1IVQA 5P82A 3ST5A 5P51A 5P39A 1HXBA 4TVGA 3JVYA 1HVCA 4B1EA 3VF7A 3EL9A 3L59A 2PYMA 2UY0A 2QI5A 5P4ZA 3DCRA 4R95A 2V13A 5ENKA 4XX4A 3EKYA 4DV9A 3RSXA 4U8WA 3G72A 1APWE 2Z54A 2WEBA 4LP9A 3OHFA 5P15A 1E5OE 1XE5A 5ENMA 5P4MA 4OBZB 5P0QA 2O4PA 3PSGA 3BC4A 1YT9A 1QBSA 1UH7A 2RSPA 1LEEA 3OGPA 3EM4A 1W5YA 3PCZA 3OADB 3VYEA 5P58A 3UDRA 3EKPA 1FMXA 4DQHA 5P3SA 3PHVA 5P6BA 3DJKA 5P7JA 1K6TA 4FIVA 3OU4B 5P6GA 5P41A 3VYFA 4OBDA 3OXCA 5P27A 2ZYEA 5OZTA 5P5KA 5PEPA 1PSOE 1YTGA 1FKNA 3EL0A 4GJBA 1ZPKA 1D4JA 1JLDA 5P0RA 2I0AA 4K4PA 3L5EA 1J71A 3OQKA 4Y3TA 6APRE 4Y3QA 2BKTA 2FDDA 3ZMGA 5P8NA 5P3NA 3NLSA 4HDBA 4QJ9A 4CPQA 3CYWA 5J25A 5P2IA 5P7OA 3CKPA 4Z2ZA 5P1YA 4D85A 4I12A 2ANLA 5P3FA 3SM1A 4Y48A 5OZNA 5P5AA 2QI0A 5P65A 4Y3WA 5P1LA 1D4KA 2PC0A 1ZJ7A 4EJLA 5P1TA 2PK6A 5OYVA 5P2KA 4HDPA 4Y39A 5P5GA 5JODA 4YDGA 1E80E 2HS1A 4MC9A 4A6BA 5P1VA 5P2AA 4AMTA 2OHNA 2F3FA 5P7EA 5P5PA 3SACA 4U7VA 5P85A 1LYBA 4GZFA 5P59A 3UDNA 2PWRA 3OTSA 1HTRB 3D20A 2IKUA 1HVJA 3O99A 5P22A 4JPEA 3VEUA 5T4SA 3O9DA 3LPKA 5KAOA 4APEA 4DJYA 5P5CA 2G1NA 5OZ2A 4EJKA 4BELA 3NUJA 5I70A 4D88A 4Y4WA 2QI4A 5P30A 1WBKA 3OY4A 4I8ZA 5OZVA 3OUAA 2HIZA 5SY2A 1VIJA 2ZJLA 5FIVA 5P1JA 1KJFA 1NH0A 4Y4DA 4U7QA 3QRVA 2UXZA 5P1IA 1W5WA 5P3CA 4NJUA 4FM6A 4GJDA 5P1FA 3UQWA 1EAGA 3TPJA 3DOXA 5COKA 3SLZA 1T7IA 4Y36A 1AVFA 1T7KA 1ZAPA 4LXAA 4OBGA 1OEXA 5HDXA 2NMYA 2Z4OA 5P4RA 5DR7A 5KR0A 5OZ5A 4Y43A 5P6HA 5DQ4A 5OZGA 2AOEA 3RTNA 5P35A 2V0ZC 4NJSA 5P7DA 1AXAA 4CP7A 1SGUA 5P50A 1MIQA 3KMXA 5P1BA 4YBIA 5P6XA 4BEKA 5P2TA 3VV7A 3LIVA 3OU1A 3PB5A 1A8GA 4Y4UA 5P4DA 2ER7E 2V10C 3JW2A 3ZKGA 5P70A 1FIVA 4J0VA 5OZEA 5P8SA 3SO9A 1AAQA 1UPJA 2V16C 3TOGA 2F81A 2AIDA 4Y4AA 2G26A 4IVTA 4Y5CA 3L5CA 5P6CA 1HPVA 4J0ZA 4FGXA 4OD9B 1TCXA 3FV3A 1LF4A 2ER9E 2QI3A 5E5JA 4H3JA 4Y54A 1HEFE 5OZ4A 1MT8A 1BAIA 3ZPSA 4Y3DA 1MSMA 3EL4A 3UQUA 4I0HA 5P01A 5P36A 1DW6C 4FSLA 5HD0A 2AOJA 2V11C 3Q3TA 2XFJA 5P5BA 4HZTA 3TPPA 1EPQE 1HIVA 4H3FA 1QRPE 4EP2A 4J1EA 4FM8A 3D1YA 3I6OA 5DQ2A 1HIHA 2WEDA 3SAAA 5P7TA 1K1TA 5P8VA 3G6ZA 5OZ0A 4YOBA 2F3KA 2QHYA 4AUCA 4Q1YA 1IZIA 4Q5MA 2G27A 4ZSQA 1SDUA 4Y3GA 4Z4XA 2QMDA 2AOGA 2QI1A 3GGUA 7UPJA 2RMPA 3PRSA 5P31A 3L38A 5P1MA 2ZHSA 3EBZA 2WF1A 4Y3HA 4JPCA 3ZKNA 3EL5A 3TPLA 3CKTA 3GGXA 1DMPA 5OYTA 4QGIA 4ZSMA 3KT5A 4WTUA 3L58A 5P5EA 3N4LA 3IXKA 3IVHA 1FGCC 2ZJHA 1QBTA 1BVGA 3O9FA 3K4VC 1XDHA 2JJJA 5HVPA 2ASIA 5P0AA 1BWAA 5HTZA 2OHSA 1B5FB 5P3RA 1K2BA 1FF0C 5P8JA 4DUSA 5P0ZA 4K9HA 4ZPFA 5DQ5A 1B6PA 3VYDA 5P6VA 3NU4A 3WB4A 2NXMA 3OUDB 4I0FA 5P3WA 5P1HA 3HAWA 1MTBA 5P0WA 5P2BA 3WZ8A 5P3DA 2ER6E 5P17A 5P53A 5P67A 5P4AA 5P8DA 5P7UA 1W51A 4CMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AVM A;  3O9L B;  4JP9 A;  3FNS A;  5P5Z A;  4RRN A;  4GYE A;  2IRZ A;  2A4F A;  1HTE A;  1UH8 A;  5P0Y A;  4XX3 A;  2IQG A;  2AOF A;  4Y37 A;  2HS2 A;  1MSN A;  3LIY A;  1BWB A;  5P54 A;  5C9D A;  1HPO A;  4R5N A;  5P08 A;  5P3X A;  4AZY A;  1HBV A;  2Q5K A;  5P6L A;  5P64 A;  1DPJ A;  3EC0 A;  4Y3E A;  5OZM A;  5AHA A;  1AJX A;  5HCO A;  3OHH A;  3DV1 A;  5P4T A;  4EP3 A;  1W6H A;  1GNN A;  3BHE A;  1BIL A;  2BPZ A;  3PI0 A;  3KYR A;  7HVP A;  1G6L A;  3T7X A;  5KR2 A;  1RV7 A;  3QVC A;  2IS0 A;  3KA2 A;  3S43 B;  2VJ9 A;  2R5Q A;  3EKW A;  5B18 A;  2AZB A;  1TZS A;  4J0Y A;  4KUP A;  2G69 A;  3VF3 A;  2ZJK A;  2BKS A;  4Y4Z A;  3O9G A;  1RNE A;  1ZBG A;  2G24 A;  4DQG A;  4DQC A;  3G70 A;  5P0L A;  5P4F A;  4Y50 A;  5OZW A;  1K6P A;  5P2D A;  2IDW A;  1ER8 E;  3KFR A;  2J9J A;  3KDB A;  5P43 A;  2FLE A;  1MT7 A;  1FQX A;  4I8W A;  5P49 A;  1FQ6 A;  4PZW A;  1XN2 A;  4TRY A;  1GVU A;  3EM3 A;  3LZY A;  2WEA A;  3UDH A;  4ACX A;  3R2F A;  2SAM A;  5P0G A;  4OC6 B;  5OZI A;  3TKW A;  4I0E A;  3DCK A;  3O9C A;  1FQ5 A;  5P0D A;  5P77 A;  3ZPU A;  5P16 A;  1FMU A;  2QD7 A;  3NR6 A;  4EXG A;  5P32 A;  1KJH A;  5P8M A;  3HAU A;  5DPZ A;  1FQ7 A;  5P5M A;  4RZ1 A;  4GJ8 A;  5P5H A;  1YM2 A;  1OD1 A;  1ZTZ A;  4YD7 A;  5APR E;  4M8Y A;  2OHQ A;  1IIQ A;  4PEP A;  3HBO A;  4FRJ A;  5DR1 A;  4D8C A;  4L1A A;  1DP5 A;  5P4K A;  2WHH A;  3MWS A;  5P3J A;  4F75 A;  4ZEA A;  1ODY A;  2ER0 E;  3D91 A;  3ZL7 A;  4PPH A;  3KDD A;  1YTH A;  2VA6 A;  3ER3 E;  5KQZ A;  2G1O A;  4LAP A;  2APR A;  3BXS A;  2Q64 A;  3S7L A;  3LPJ A;  4N00 A;  4Y3N A;  3SA4 A;  3S85 A;  1BV9 A;  2VJ6 A;  4L7H A;  3UQX A;  5P1G A;  1RQ9 A;  5P48 A;  3SFC A;  5P88 A;  5OYX A;  4B05 A;  3ZKS A;  2ZJM A;  3U71 A;  4J1F A;  3QRM A;  3T3C A;  1MER A;  2FXE A;  5DR8 A;  2FNT A;  3CKR A;  5P8E A;  5P69 A;  2AQU A;  3LZU A;  5P8P A;  4B77 A;  3EKQ A;  2FXD A;  4JOO A;  5AH6 A;  5P8B A;  2Q54 A;  1ZPA A;  4DPI A;  1LZQ A;  1HEG E;  4Y58 A;  2AOD A;  5DR0 A;  2WKZ A;  3MSJ A;  1MRW A;  5P26 A;  5TOL A;  2OHP A;  4BFD A;  4B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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