2QD7A

Hiv-1 protease mutant v82a with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qd7A00
2WL0A 3ZMGA 5P4FA 4Y45A 4I0FA 4RRNA 3I2LA 4YD3A 2V10C 5P00A 2FNTA 5P36A 3FNUA 2F3KA 4YDGA 4Y5NA 3UDRA 1A8KA 3JVWA 2P83A 1ZPAA 1ODYA 2QMDA 5P38A 1D4JA 4LP9A 1FFFC 5P7SA 4NJSA 4FE6A 3EKQA 5ENMA 3KF0A 2VA7A 4MC1A 2BJUA 5P18A 4XX4A 5I3YA 4Y5BA 5P08A 1PFZA 3LNKA 4FL8A 1G35A 4QJ7A 5P07A 1C6XA 5P3JA 3D3TA 2P3CA 4TRZA 3OQDA 5KQFA 4Y4JA 5HDZA 3KMYA 3HZCA 4Y3AA 5P3MA 4Y5CA 2HB3A 5P7JA 4RROA 2ZJNA 5P5SA 5ER2E 1W50A 1YT9A 1EC0A 1G2KA 2QHYA 5P3IA 5P63A 5P1VA 6APRE 3L5CA 1A9MA 3DV1A 4FM7A 4UPJA 3GI6A 4Y41A 5P3HA 4GYEA 5AH6A 2VNMA 4XKXA 5P7EA 4YD4A 2RSPA 1NSOA 3PM4A 4APRE 1FF0C 1BDQA 4L1AA 5P1BA 1HSHA 3TOHA 1IZIA 2V13A 4B05A 5P7NA 3HBOA 5P5QA 3UQWA 4KB9A 4R5NA 5P6QA 5OZAA 5P4AA 2BPXA 3I7EA 5P73A 5P6SA 1BV7A 2VIYA 3EKXA 5P03A 5P4MA 4FS4A 3QIHA 5P4SA 4RCFA 5P6UA 5P8OA 3ZKSA 4YCKA 4BELA 3TLHA 5P0DA 3OY4A 2JE4A 4I0EA 5P5VA 1EBZA 4CPSA 4Y3EA 3VV7A 3PGIA 2NNKA 2ZE1A 5P28A 4DJOA 3I6OA 4DJRA 5TOLA 2FIVA 3Q70A 3VYEA 5F01A 5P7UA 3TOFA 2I4VA 2ZHSA 5P5ZA 3SLZA 4EQJA 4FRIA 5P42A 4B1CA 5P8KA 3VSXA 1HXBA 1T6EX 2AVQA 5P1KA 3I8WA 3MSLA 4MC2A 4PZXA 4K9HA 1G6LA 1HRNA 2BKTA 4J0PA 1FQXA 2R43A 4R93A 5P5YA 2XFIA 5P2FA 2WEDA 4DPIA 2VA5A 1NPAA 4Y37A 2QMGA 3APPA 5B18A 5P70A 2VS2A 5P1HA 5P19A 4FCOA 1M0BA 3L5DA 3ZPTA 1AM5A 5P24A 2AVMA 5P3WA 1SP5A 4Y50A 2ER7E 3URLA 5P4JA 5P1PA 4NJVA 2HPEA 1CZIE 3NLSA 3KM4A 3DV5A 2J9JB 5P4PA 3VLAA 2O4NA 3SABA 4ZPGA 1GVVA 4RZ1A 5P45A 1HOSA 4RYGA 1YX9A 1PSOE 5P1EA 1QBSA 2APRA 3ECGA 1OHRA 2NR6A 1OEWA 1D4LA 5P1QA 4HDFA 5IVTA 1IIQA 5P25A 3MSJA 1UPJA 4FRJA 5P66A 2FDPA 5P6JA 4Y5AA 5OZXA 4CPTA 1HSIA 1MT7A 2UXZA 3NYGA 5P7ZA 3UF3A 3CIBA 4Y6MA 4B77A 5P71A 2A4FA 4Y5EA 5P2AA 1LYAB 3AUPA 3PSYA 4AA8A 5AHBA 5P4EA 1HVRA 3T7XA 4B0QA 3S85A 3O9DA 4ZPFA 2G26A 5P8SA 3IN4A 3R2FA 5P15A 4D85A 2I1AA 4NPTA 4Y3ZA 5OZZA 1A94A 2Q3KA 5P2KA 5P3NA 4IVTA 5SY3A 4RYCA 1LZQA 3ZKXA 4Q1WA 5HDVA 4APEA 2PWCA 3RSVA 1MTBA 5P2UA 3PWWA 5P1XA 1EC1A 1ODXA 5P5MA 3OU1B 1RNEA 2BPYA 2G22A 4Q1NA 4OD9B 5OZGA 4Y3HA 2OHUA 5P6WA 4A6BA 5P1IA 5P8CA 2HPFA 2WEAA 1Z1RA 1MESA 5P3UA 5P8BA 3URIA 5P8TA 3NU4A 1TCWA 4RVIA 3OUBA 5P6OA 4L6BA 5P3YA 1HTGA 5OYYA 1VIJA 3NXNA 3ZL7A 5P83A 4MC6A 4FAFA 4L7JA 5P29A 1SDUA 4J0VA 3GI4A 3D1YA 4HZTA 2QU2A 3OXXA 5OZEA 5P7FA 4F75A 3KN0A 3WZ7A 1T7KA 2BPWA 2PH8A 5P0QA 3VEUA 3CICA 4DH6A 2OAHA 1MRXA 3LZVA 5OZ1A 3D1XA 4JPCA 2HIZA 2ZJMA 4GMIA 1GNMA 3KFSA 5KQZA 5P2NA 2G24A 2NMZA 4D89A 3B80A 5P59A 1HPSA 4I0GA 2CEJA 5P3OA 2QD7A 2R38A 3RVIA 4GJ9A 2RKFA 2QK5A 3A2OA 3L5FA 3SAAA 3R1GB 1FFIC 5HE4A 3QVIA 3VV6A 3SA9A 3NXEA 1GVXA 1UH8A 5P0XA 4OBHA 1AAQA 1XL2A 2WEBA 3EBZA 3O9LA 2IS0A 3PLLA 2G1NA 3PEPA 2OHLA 3TPLA 3LZUA 3SQFA 4XXSA 1CPIA 2WEZA 4JOOA 3ZKQA 5JFUA 4LAPA 3FNSA 5P60A 5C9DA 4CPRA 3PVKA 1HPOA 1B11A 8HVPA 1HIVA 4Y4DA 5P0IA 1K1UA 4RVXA 2F8GA 4Y4ZA 4DJVA 5P6YA 4DQEA 4QJ9A 1ZJ7A 2IKUA 4QGIA 5P78A 4L1AB 2JJIA 2FLEA 1WBMA 5P62A 4RVJA 1MT8A 1MUIA 1T7IA 5P3PA 5P1GA 3MSKA 5P8LA 4Y38A 1N49A 4NPUA 3UDYA 2O4LA 5P2IA 4GJCA 1BXOA 4J17A 4DJXA 1AJVA 5P84A 5ISJA 4Y3FA 3T7PA 2QZXA 2FNSA 4OBFA 5P86A 5P4HA 5OZ4A 1XN2A 3D1ZA 2ZJLA 1FQ7A 5P5FA 3VF7A 5P3TA 5DR1A 5P3ZA 3FNTA 3NU3A 3ZPUA 4Y5MA 1HTEA 1YM2A 3NWXA 4Y3NA 5P5WA 2VIEA 5P8VA 5P4NA 1QBTA 5P02A 3UQXA 4COEA 2P3AA 1U8GA 4YD5A 3VV8A 4XX3A 4YD7A 2ZDZA 4Q5MA 2IRZA 5AH7A 2G1OA 1DIFA 4J1IA 5P2YA 5DQ5A 4J1KA 5P46A 4EJDA 2AVVA 3WB5A 2AOIA 1MERA 4PHVA 3LIXA 4Y51A 1E82E 5P79A 2V16C 5P37A 4J0YA 4Y9WA 3SACA 4R91A 5P7LA 1D4HA 4LXMA 1Q9PA 3HAWA 1DP5A 4R95A 2OHMA 4CP7A 1GVUA 5P1NA 2AVOA 4YA8A 4DQFA 2R5QA 3RU1A 4U8WA 5P3CA 2Q54A 4GB2A 1FKNA 4HVPA 3ZLQA 3L38A 2Q5KA 1HVLA 3QS1A 1FMXA 3PI0A 5P1UA 1K6PA 1HIIA 4Y3QA 5P7WA 1MRWA 4ZSQA 2HS2A 3Q6YA 1ENTE 5OZHA 5P6BA 1YTHA 3OADA 1ZBGA 5DR0A 3FIVA 5P12A 5P4WA 1K1TA 3EC0A 1YTGA 4Y58A 4Y3GA 5P7OA 1QRPE 5C9FA 1B6MA 2IENA 5P3XA 4QJ6A 5OYQA 1FG6C 1B5FA 4ZSMA 4LC7A 5P50A 2FS4A 4RGHA 3MXDA 4FRKA 4PEPA 1ZLFA 3HDKA 1T3RA 2WF3A 5ISKA 3APRE 5P51A 4RLDA 2O4SA 5P0VA 5P1LA 1IZHA 2NPHA 1TQFA 4DQCA 5P5KA 4HLAA 2VNNA 5HDXA 3LZSA 2FDDA 3OK9A 2IQGA 3KDDA 5P57A 4GJ7A 2AZBA 1HPVA 5P27A 2QI7A 3TPPA 5P1TA 2ZJKA 5I3XA 2I4WA 5HVPA 1RV7A 3IN3A 3NDXA 1SGUA 2QMFA 2ZJHA 5OYRA 3SM2A 5P55A 2XFJA 5P49A 4AZYA 5P6EA 5P1CA 1KJ7A 5P7HA 3VLBA 5P4QA 4B72A 2QD8A 2NMYA 3VCMA 2HM1A 3PCZA 3B7VA 3OTYA 5EZXA 1XS7D 5P2JA 2NXMA 3NDWA 3CKRA 3NR6A 5P4RA 2PK5A 5P5JA 2QNNA 4FSEA 5ENKA 5P6CA 3FSMA 2PSGA 5BWYA 2I4QA 1LEEA 2WHHA 5P85A 1FQ6A 5I3WA 3NU5A 5OZQA 5P2XA 2QP8A 3AIDA 5P05A 5P7DA 5P20A 5P8MA 3KDCA 4I8WA 5P04A 3KT2A 3IXKA 3LIQA 5DR8A 2QZLA 1BAIA 3DCKA 3ZKIA 2A1EA 5OZMA 5P8HA 2Q15A 1SBGA 4Z4XA 3S2OA 4DI2A 2BPZA 5P87A 5OZNA 3QP0A 3GGXA 5P0KA 5P5GA 4EXHA 3O9LB 5P35A 5KR0A 1EBYA 2R8NA 1MIQA 1SMEA 3OGPA 4L7GA 3CIDA 5P69A 4Z50A 4D83A 5EZZA 4CPUA 3O9AA 5OYXA 5P3FA 3BGBA 4WTUA 2B7ZA 3LHGA 4Y5GA 3TTPA 1DAZC 2P4JA 5JG1A 5P32A 5DGUA 5DGWA 2AOJA 1BV9A 4WY6A 3OGQA 2PQZA 2PWRA 3Q4BA 4PYVA 3PMUA 1GNOA 3HD8A 5AGZA 4JECA 4Y53A 5P1WA 3S7MA 1EPRE 5OZJA 4AMTA 3EXOA 1EBWA 2NXLA 5P61A 5PEPA 1ZSFA 3SA7A 4LHHA 5P8GA 2NTRA 2P3BA 4Y3TA 4Y5KA 3T6IA 2G20A 5P47A 2VKMA 2OF0A 1ZPKA 2ER9E 1K2CA 3R0YA 4Y57A 4IVSA 5HD0A 3OOZA 5P3VA 2ZYEA 3KA2A 5P77A 3VSWA 2Z4OA 5P7QA 1T7JA 3UDKA 3I25A 2ANLA 5BRYA 4FM6A 4GIDA 1K6VA 3HAUA 5P7GA 4CPWA 3VFAA 5P0ZA 3R4BA 5P5LA 3L58A 2PMAA 3IAWA 5KOQA 5P8RA 5P64A 5HCOA 5DR3A 5IE1A 4DV9A 5IVQA 2AVSA 5P5PA 2WF1A 3N3IA 5P0NA 3DJKA 1TW7A 3O9IA 3INEA 5P76A 4JP9A 4Y3XA 5OZBA 3L59A 3UDNA 3QN8A 3T3CA 1ZAPA 3INFA 2QZWA 2PYNA 3OU3A 3VG1A 5P3LA 1AJXA 1D4KA 2NNPA 1XN3A 5P6MA 3O9EA 3WZ6A 3L3AA 2QI0A 5OZ6A 2AIDA 4CPXA 4Y36A 1K2BA 1A30A 4EP2A 5UPJA 2CEMA 2G21A 5COOA 1SDVA 4FIVA 2QD6A 4D8CA 3G70A 5OZKA 1PSAA 5P6RA 1HVJA 3OHFA 3N4LA 2RMPA 5P8IA 5P23A 3BUFA 5DQ2A 2R3TA 2FXEA 3OADB 5HE5A 4EWOA 1NPWA 3RTHA 4F73A 2QU3A 5P5UA 1TZSA 3DCRA 2QNPA 3LITA 5P14A 1YG9A 2SAMA 2IGYA 1B5FB 4Y3PA 4Y5LA 5OYZA 2QHZA 5P2BA 2HB4A 3EM3A 5P7RA 1FEJC 3NSHA 1W6IA 2VA6A 3O99A 4ACXA 4HA5A 5P8AA 4AA9A 5P2OA 1B6JA 3KFRA 5P8PA 3PWRA 5P10A 5DPZA 5P5NA 3UCBA 4CKUA 7UPJA 1D4SA 3MWSA 1LYBA 2WF2A 1NPVA 3PB5A 1K6CA 2PYMA 5P4ZA 4YD6A 4QJAA 3T11A 5KR8A 3CYWA 3OWNA 3QRSA 1TSQA 1PSNA 5P2ZA 4Y5PA 2OHSA 3ZPSA 1HWRA 4D88A 5OZPA 4KE0A 4U7QA 6FIVA 1B6KA 5OYSA 1DPJA 5OZ9A 1C6ZA 4M8YA 2G27A 5P6XA 4JPEA 5P6AA 1F34A 3EKPA 4F74A 4FLGA 5P65A 1KJFA 4H3FA 5P0UA 5P7TA 3TKGA 2H6TA 3G72A 4A4QA 5P68A 4Y3JA 1QS8A 2IL2A 3ER3E 5T4SA 3ZOVA 4J55A 4ZSRA 2BBBA 4RCEA 5P7KA 4KUPA 4J1CA 4Y3MA 4PZWA 5P0RA 4QJ2A 4EP3A 1LF2A 3GW5A 3KDBA 3OXVA 5P3EA 4GJ8A 5SZ9A 2OHRA 3D20A 1EPNE 5OZ7A 3U71A 3EL5A 3K5GA 4Y4EA 5P6DA 4ER1E 3PJ6A 4ZEAA 2HB2A 1APWE 5J25A 5OZLA 1XE6A 2I0AA 3K4VC 5HU1A 3SA3A 4I0ZA 2PSVA 3SA8A 5P7PA 3PSGA 5P4CA 4YBFA 3UQUA 5P2TA 3EKVA 4TRYA 5OZ5A 5P0CA 4HE9A 5P1DA 1TCXA 5P8UA 5OZWA 5P4GA 2ZJJA 4CMSA 5DQ1A 5P2VA 4FSLA 1F7AA 2B60A 2R9BA 4J54A 2R3WA 3S56A 3TH9A 5P4XA 4H1EA 2NXDA 2P3DA 1BXQA 2IKOA 3QROA 5JFPA 1EAGA 3BUHA 5P26A 1FGCC 3RTNA 4QLHA 5ER1E 1C6YA 1LF3A 2RENA 4OBGA 5P56A 4Y4UA 3LIVA 4DFGA 2I4XA 5P2CA 3QRVA 2AZ9A 2BKSA 5P0TA 5P5XA 1EBKC 5KQXA 3RSXA 4YE3A 1YTIA 1W5WA 5I3VA 5P8JA 1FQ4A 3PHVA 3QVCA 4Y4WA 5P3SA 5DQ4A 3EKTA 1EPPE 2P3BB 3CKTA 4DJQA 5P6VA 4QJ8A 5P74A 1G0VA 5OYUA 2IGXA 2JJJA 3NU6A 3URJA 3KFPA 1TSUA 5P41A 5P4IA 2ER6E 2FMBA 5P2QA 3LPIA 4N00A 1HVSA 3UTLA 3GI0A 4K4QA 1FB7A 5P6NA 1UH7A 5P4VA 1IZEA 2G69A 2QI4A 3CMSA 1M4HA 3OU4A 4GJ6A 1E81E 1Z8CA 5P2LA 3LZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WL0 A;  3ZMG A;  5P4F A;  4Y45 A;  4I0F A;  4RRN A;  3I2L A;  4YD3 A;  2V10 C;  5P00 A;  2FNT A;  5P36 A;  3FNU A;  2F3K A;  4YDG A;  4Y5N A;  3UDR A;  1A8K A;  3JVW A;  2P83 A;  1ZPA A;  1ODY A;  2QMD A;  5P38 A;  1D4J A;  4LP9 A;  1FFF C;  5P7S A;  4NJS A;  4FE6 A;  3EKQ A;  5ENM A;  3KF0 A;  2VA7 A;  4MC1 A;  2BJU A;  5P18 A;  4XX4 A;  5I3Y A;  4Y5B A;  5P08 A;  1PFZ A;  3LNK A;  4FL8 A;  1G35 A;  4QJ7 A;  5P07 A;  1C6X A;  5P3J A;  3D3T A;  2P3C A;  4TRZ A;  3OQD A;  5KQF A;  4Y4J A;  5HDZ A;  3KMY A;  3HZC A;  4Y3A A;  5P3M A;  4Y5C A;  2HB3 A;  5P7J A;  4RRO A;  2ZJN A;  5P5S A;  5ER2 E;  1W50 A;  1YT9 A;  1EC0 A;  1G2K A;  2QHY A;  5P3I A;  5P63 A;  5P1V A;  6APR E;  3L5C A;  1A9M A;  3DV1 A;  4FM7 A;  4UPJ A;  3GI6 A;  4Y41 A;  5P3H A;  4GYE A;  5AH6 A;  2VNM A;  4XKX A;  5P7E A;  4YD4 A;  2RSP A;  1NSO A;  3PM4 A;  4APR E;  1FF0 C;  1BDQ A;  4L1A A;  5P1B A;  1HSH A;  3TOH A;  1IZI A;  2V13 A;  4B05 A;  5P7N A;  3HBO A;  5P5Q A;  3UQW A;  4KB9 A;  4R5N A;  5P6Q A;  5OZA A;  5P4A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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