2QHZ | Genus

Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	18
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__678072992991043__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__678072992991043__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QHZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__678072992991043__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"678072992991043","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QHZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__678072992991043__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd7eb38c360daa5533b9f9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd7eb38c360daa5533b9f9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd7eb38c360daa5533b9f9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd7eb38c360daa5533b9f9/pdb.gz): 855 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 16 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Protease
total genus	18
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2007-07-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2qhzA00

5P0QA 5C9BA 4H3JA 4CMSA 2ER9E 1MERA 1W5WA 2HS1A 4ZPEA 1VIKA 3FNSA 1FMUA 3O9GA 4Q1NA 3PI0A 3GGXA 5P0MA 5P27A 3DJKA 6APRE 5P7MA 2OHMA 3OHFA 5P47A 3PM4A 3CYWA 4R91A 1XL5A 4J1FA 4ACUA 5HU1A 1AM5A 5P74A 5PEPA 5P75A 1B6MA 5P2WA 1KJ7A 1LEEA 2XFJA 3KDBA 5P3PA 4Y48A 3O9LB 1E80E 3QS1A 2XFKA 1FQXA 3LITA 2WL0A 5P6KA 2G1NA 4CPTA 5P0CA 4ER1E 1HPVA 5P3FA 1RPIA 3BGCA 5P42A 1EAGA 4LC7A 2FNSA 3OUDA 5P2BA 5P5FA 2I1AA 1IZEA 4Y3TA 1HPOA 5P79A 3Q5HA 5P2RA 3I7EA 5HDZA 4JP9A 3VG1A 4Y45A 5DPZA 3UFLA 4Y50A 5P8AA 4CPQA 4RRNA 1U8GA 1QBRA 4KB9A 3ZKNA 1PPME 3RTMA 2ZE1A 5P0WA 2AODA 3QRVA 5P0JA 4AZYA 3O9FA 5OZHA 5P8BA 5HD0A 4J0ZA 5P62A 2UPJA 2NMZA 3WB4A 3SLZA 3CKRA 3T3CA 1SGUA 4DQBA 4Z2ZA 5P29A 2HPFA 2WEAA 1TSQA 3NDTA 3G72A 4YCYA 3QI1A 5P4QA 1SP5A 4EP3A 3IXKA 1QBUA 3LIQA 4YE3A 4BEKA 4J0TA 2ZHVA 3DK1A 1HVSA 4MC2A 1W6IA 5P38A 3T7PA 5DR0A 2WECA 3PMUA 2FLEA 2P3DA 5P3GA 4YHQA 2F3KA 2RENA 5P66A 1HIHA 3DM6A 4E43A 5OZLA 5P5WA 3JVWA 2XFIA 3JVYA 2QI6A 1PPKE 1IZHA 3DV1A 1GVXA 2Q11A 5P4HA 5P8VA 2VA6A 1BV7A 4QJ7A 4R5NA 2Z54A 3NU5A 3VF7A 1WKRA 3ZOVA 4DJPA 2PYMA 4EYRA 2IDWA 2VJ6A 3RVIA 2G94A 3D1ZA 1HSIA 2R3WA 4HA5A 2V12C 2OF0A 3TPLA 3NDXA 2JXRA 3A2OA 3OUBA 2QD8A 4NPUA 5P0RA 1K6VA 3S85A 1SH9A 1OEXA 2PC0A 2WF0A 3IVHA 3SAAA 5COOA 2OAHA 5P5HA 3OGPA 4CPSA 5P0KA 2JYSA 5P6MA 2G69A 4ZEAA 2NR6A 5P5UA 3S53A 5P78A 5OYRA 4MC1A 5OZMA 3U7SA 4DFGA 4OBDA 1A94A 2R5PA 1FMBA 5P4VA 4B1EA 4Y38A 3ZPUA 5P3LA 4OD9B 5P7GA 4FM8A 3EM6A 3JW2A 4OBGA 5P1UA 3VSXA 4I0ZA 5P2YA 1PSNA 4GJ6A 3BUHA 5P65A 2IS0A 5P8JA 3SQFA 1C6XA 5P7UA 2FGUA 1TCXA 2B60A 2VNMA 1K6PA 5P8UA 4X2LA 1ZBGA 2R5QA 3D1YA 3UQRA 5P64A 5KQXA 3NSHA 4Z50A 5I3VA 1ZTZA 2HS2A 3QRMA 3UDQA 5P3QA 4J55A 5OZQA 1SMEA 5OZPA 5EZZA 2Q15A 4PEPA 1M43A 1HTGA 5P76A 5P3UA 1B6KA 5P2LA 5P6QA 3TPRA 3EKQA 5OYQA 5HE7A 5HVPA 3BHEA 2HIZA 2VA7A 4EJ8A 2PYNA 2WHHA 1A8GA 1YTGA 3VEUA 1FFFC 4NKKA 3K4VA 3EC0A 2PWRA 3OU4A 5P08A 4Y3JA 4DUSA 2I4UA 2WF1A 1K6TA 5P2VA 5P5NA 2ER7E 1BXOA 3UDPA 5P1JA 2H6SA 3OAGB 2Q54A 5P6PA 2QMGA 4EJKA 5P39A 4FIVA 1A8KA 5P5IA 2G1SA 5P6LA 1YX9A 4Y4DA 1M4HA 2ER6E 2P3BA 1Q9PA 1YM4A 5P2NA 1FMXA 5P0EA 5IE1A 1QS8A 2ZHTA 1HPXA 2PH6A 3OXWA 5P12A 5DR1A 4WTUA 2AIDA 1CZIE 4Y3NA 4DH6A 1AJVA 3FSMA 5P6WA 2OHRA 1HTRB 5P1OA 3TNEA 4BFDA 3QVCA 5P44A 3DCRA 1MTRA 5P33A 2QZKA 5P2EA 5P5JA 3BGBA 7UPJA 5P70A 5P7BA 3SACA 2QHCA 1XN3A 3ST5A 5P7ZA 1ZAPA 5P7DA 5OZ5A 1GVTA 4Y5AA 5P24A 2QD6A 3O9CA 3FV3A 3OTSA 5P1LA 4L1AB 1AXAA 5P43A 2HB3A 1HIVA 4I0JA 4XKXA 2AZ9A 3TPJA 2JJJA 5P3DA 4Y5PA 3GW5A 3VV8A 4EPJA 1APTE 3UDNA 3RTHA 4HVPA 5ENMA 4J1IA 5P02A 2ZHSA 1EPME 1LV1A 2G27A 4J17A 5P4RA 3DCKA 4DQFA 3KDDA 3GI4A 5P04A 5KAOA 3EKTA 2VIEA 5P63A 4DI2A 4TVGA 4FSLA 3EL1A 4Y58A 2XYEA 5KR0A 5P59A 3OOTA 3VV7A 3INFA 1QDMA 4EHCA 4NJVA 1ZJ7A 4I10A 2BPZA 1B11A 5P31A 2OHUA 5OYZA 4DJVA 1VIJA 1HHPA 3LZSA 3TOHA 5P4SA 4KE0A 1YM2A 4DQHA 4YD5A 1BAIA 2IKUA 5P4TA 5P0FA 4Y4TA 1ZLFA 5P82A 4DJXA 4LXKA 5DGUA 4EWOA 2QHYA 3MWSA 4LL3A 5P5EA 4GMIA 5P3BA 1EC2A 5I3XA 5P8TA 4Y5BA 1QRPE 5OZFA 1W5VA 3IGBA 3S2OA 2BKSA 5BWYA 5OZ2A 5P4ZA 1K6CA 3HW1A 2B7FA 3IXOA 5P53A 2EWYA 3SFCA 2VNNA 3ZL7A 5P23A 5OZGA 3RTNA 1LS5A 4I8WA 3UDYA 5C9DA 5P4WA 2AZ8A 1BV9A 5P7QA 5OYYA 3PB5A 5P89A 3QIHA 3NXEA 3BXRA 4GJCA 2P4JA 3QPJA 4L6BA 1EPNE 5P6AA 3OQKA 4PZWA 4Y35A 4Y3GA 1G6LA 5P45A 5P7CA 4Y4GA 3OAGA 5P5RA 4R95A 1EBWA 2Q55A 3BUGA 4Y9WA 1A30A 3OU1B 2WEZA 4FGXA 4RCEA 3PWWA 5P1XA 1HIIA 3O9AA 3FX5A 5P69A 5OYWA 4FL8A 3WB5A 4JPEA 5P1ZA 3UQUA 4Y5LA 5P86A 1FQ5A 3UHLA 1W51A 1OEWA 2B8LA 1BWBA 4Y5GA 5P88A 2F3EA 1FG8C 2QAKA 5P20A 1UH9A 3OTYA 2AOHA 1BWAA 4Y37A 5P8FA 3D1XA 5OZZA 3KFPA 5P1HA 5P67A 5P50A 4B05A 4J1KA 4U7VA 5P4EA 4I0IA 4Y4JA 3SA5A 1UH7A 2QNQA 3TTPA 5P0XA 5HE4A 3S56A 5I3WA 1YT9A 3MXDA 3SA4A 1MUIA 2I4DA 4FLGA 1G0VA 1XL2A 4NJUA 2O40A 5P4DA 5TOLA 5F01A 5OZ3A 1KZKA 3DV5A 3GGVA 2NPHA 3NLSA 3VYDA 2HB4A 3CKTA 3EKXA 4J1EA 5P2IA 1D4KA 3T7QA 5P8LA 4I0FA 5P40A 3KA2A 5P58A 5P0LA 1EBKC 4DQEA 3S7MA 1HEGE 4WY6A 2QI0A 6UPJA 2NXLA 3R2FA 5P09A 1NH0A 5P2QA 1ZPAA 1FLHA 3KFRA 4YA8A 4AMTA 4Q1XA 5P4UA 5P0IA 3C9XA 1B6JA 1XE6A 5P8OA 3KMXA 5P0HA 5KQYA 3VFAA 5P68A 5P3OA 3ECGA 5P7FA 2AOCA 4Y3SA 3NU3A 4R92A 4YDGA 3MSKA 4FRIA 2NNKA 2BPXA 1EPLE 2G1YA 5P0NA 3HAWA 3QVIA 4ACXA 4I1CA 4K4PA 3EBZA 1SIVA 4A6CA 4DVFA 5P2FA 1GKTA 4F74A 4ZSQA 9HVPA 3Q4BA 5P3IA 2V13A 5SZ9A 1FKNA 1AIDA 3KF0A 1BIMA 3OOZA 3O9DA 5P7KA 3ZKSA 2QCIA 3AUPA 3SA6A 4I0HA 4ER4E 2IENA 3WSJA 5P6UA 5P6OA 1EBZA 3HBOA 5P8DA 4YOAA 4Y5EA 4L7HA 3IN4A 3IVIA 3EKYA 2BBBA 3EKWA 5P5XA 5SY3A 3B80A 1IVQA 3OQAA 5P4MA 1PSOE 4FAFA 5P4OA 4LP9A 3LZUA 4B70A 4PZXA 5OZ1A 5P4IA 5P8EA 4Y4EA 2IGXA 4HE9A 3T6IA 5KQZA 5P6TA 5P48A 4OBJA 5P7VA 5IVQA 5P8CA 1FIVA 5P87A 2I4XA 4Y4UA 5P1FA 5P6EA 2AVOA 4IVTA 5P84A 4KUPA 4U8WA 3TPPA 2HB2A 1K2BA 4I8ZA 2VS2A 3OHHA 5P28A 3EMYA 1BXQA 4NJSA 1QBSA 1E81E 2PH8A 3SA7A 4FS4A 5P5MA 1LYWA 5P18A 5AH9A 3I25A 3IXJA 2OHKA 5P16A 5P5PA 1BDLA 1FG6C 5P7IA 6FIVA 1HSGA 2IKOA 4L7JA 5HE5A 5P1AA 5P2JA 1ODYA 2JJIA 5OZVA 4AA9A 1HPSA 4ZSMA 1PFZA 5P7XA 2QI1A 1D4HA 5P54A 1WBMA 1EC1A 3KDCA 1ODWA 2QHZA 5C9FA 5UPJA 4B72A 4OC6B 2QMDA 4YD3A 4GIDA 3O9BA 5P49A 5P2KA 3QRSA 2UXZA 4YDFA 3ZKXA 3KYRA 4M8YA 5P15A 3UQWA 2BQVA 4ER2E 1YTIA 5HTZA 4GJ8A 3RSXA 3VSWA 5DQ2A 5OZUA 5P07A 5P1EA 5P5TA 4JOOA 5OZ7A 4QJ2A 3PSGA 2FGVA 4FM6A 2G22A 1DAZC 1LF2A 5P51A 4YBIA 2WF2A 2FDDA 4OBZB 4ZE6A 2ANLA 1XS7D 5P1DA 4Y3HA 4Y56A 4AUCA 3SABA 2AVVA 4QJAA 5P2ZA 1IVPA 2B7ZA 4DJYA 4Y5NA 4EP2A 5P6VA 3T11A 1K1UA 1EEDP 4B0QA 1K2CA 1TCWA 2APRA 1IDAA 2ER0E 4LAPA 2AZCA 5P1SA 4CPWA 3PCWA 3INDA 3OQ7A 2G1RA 1OHRA 3HDKA 3O9LA 1SDTA 3NR6A 4DV9A 3UQPA 5P4JA 5P6YA 1FFIC 2O4LA 5JODA 5P8HA 1HWRA 5OZBA 4ZSRA 1FQ6A 1FF0C 2ZJNA 5OZTA 1TSUA 2VIYA 3URIA 5P7PA 5P4PA 3KN0A 5P3TA 1M0BA 2ZJIA 2QNNA 2VIZA 2O4NA 1NSOA 3OXVA 1HVHA 4AA8A 3S43B 5IVSA 1QBTA 4RZ1A 3UF3A 3OK9A 4Y41A 3EM4A 2Q63A 3FNTA 3CICA 5B18A 1PSAA 2OHNA 3OXCA 2BJUA 4RYGA 3NWXA 4YCTA 1WBKA 4DJRA 2H6TA 3VF3A 3UDJA 2VIJA 2HPEA 5BS4A 3ER5E 5P3WA 3PWRA 1D4JA 2BPWA 4Y4BA 4BFBA 2QMFA 1AAQA 4ZPFA 1GNNA 4XX4A 5OZCA 5P5CA 4Q1WA 4Y54A 5P3EA 3MXEA 3LHGA 2IQGA 1SBGA 5P3VA 5OZSA 4RRSA 3ZLQA 2ZHRA 3PBZA 2QZLA 5P0YA 4LBTA 2I4WA 1B5FB 1AZ5A 1NPVA 1EC3A 1KJHA 4DJUA 1MRXA 2NNPA 1N49A 1CMSA 1XN2A 2AOFA 3OGQA 3D3TA 5P0SA 4FAEA 3KMYA 5KOSA 3UCBA 3LZYA 1MESA 2A4FA 3Q70A 5P57A 5P2UA 2PK5A 2J9JB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2QHZA

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