2QI3A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-ad94 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi3A00
1FQXA 3INDA 1MPPA 1XE5A 5P5QA 2O4KA 3SA4A 1NPVA 2P3BA 1WBKA 3L59A 4A4QA 2QP8A 3QVIA 2QZWA 4DJWA 5HDZA 3SA6A 1XDHA 3KDCA 1IDAA 1K1TA 2AOEA 5P1IA 3KM4A 1SDUA 5P0CA 5ER2E 3RSVA 3KFPA 5P6NA 1A30A 3GI0A 3O9IA 5UPJA 4PEPA 1HBVA 2QMFA 3LITA 5P4MA 5OYQA 4R8YA 5P1ZA 5P20A 4YE3A 3VEUA 4Y4JA 1W6IA 4R95A 3NU3A 4Y5NA 3VYDA 5P0XA 2F3KA 4Y44A 5P0YA 1UH9A 5OZDA 5P3FA 2I4VA 4GYEA 4DV9A 2P3CA 4OBDA 5KR8A 3S54A 3D3TA 4CPUA 4S1GA 5P1JA 1DMPA 2R9BA 5P5MA 4AMTA 2P3BB 5P3IA 4K8SA 4ZIPA 5P01A 1UH7A 7HVPA 5P1WA 5SXNA 5OZLA 2Z54A 4Y4UA 1D4YA 3PI0A 5OYSA 5P4XA 5I3XA 5P0FA 1HVJA 2R5PA 4QGIA 5P4YA 3SKGA 4FRSA 3KT5A 1IZIA 5DQ2A 5P6IA 5HD0A 2O4LA 4WY1A 1SGUA 1LF4A 5P88A 3B80A 1TCWA 2FLEA 1HVKA 1MESA 3INEA 4H3GA 2AVVA 2OHTA 5P6WA 4FRJA 5DR7A 1T7KA 3TKGA 2ZJLA 1D4IA 5OZSA 4Y35A 1U8GA 3OOTA 2AOIA 1ER8E 3S2OA 1A9MA 5P50A 3CMSA 2ZHSA 2QI7A 5OYXA 4J54A 2P83A 3HD8A 3RSXA 4IVSA 1HPOA 4H3FA 4Y3WA 4MC2A 2PQZA 4YCKA 1LV1A 3ZKQA 5P6VA 1BVGA 1B6KA 4L1AA 3DCRA 4JPEA 3VF3A 1EBKC 4F75A 3ZPSA 1EC0A 4RVIA 5P6MA 3NWQA 3DOXA 4FL8A 1OEWA 2IKUA 2BB9A 4EP2A 2APRA 5P8LA 5OZGA 4JECA 3GGXA 5OZYA 1ZAPA 3PMUA 5OZ1A 4D83A 3SACA 3VV8A 5P7OA 3NDWA 1IZHA 2Q15A 3PBDA 1W6HA 3PWWA 5P5EA 1SH9A 3I2LA 1K6CA 1IIQA 1HIIA 4Z2ZA 5I3YA 2Q55A 1KJHA 5P8QA 4YD7A 1FG8C 1FKNA 4A6CA 5P53A 2O4SA 4L1AB 5P5HA 3LINA 1RNEA 3EKQA 1B6MA 2OHNA 5P35A 5AHCA 5P6JA 1CZIE 3PSUA 2I4WA 1K1UA 3OQFA 5P56A 3BVBA 2G1NA 1WBMA 2A1EA 4DH6A 4OC6A 4QJAA 2FS4A 2VKMA 5P0NA 5P72A 2JXRA 5P8KA 3ST5A 1C6ZA 3SO9A 3WB4A 3KF0A 5P05A 5P84A 3APPA 2AZBA 3KMYA 4U8WA 1HVLA 3OXCA 5P5GA 2B60A 3S8IA 5P2DA 2QD6A 3R4BA 2VA7A 3UDPA 5P5JA 2G69A 4B77A 1YT9A 1XE6A 5P0BA 4YDFA 2I4XA 3APRE 5KOQA 4Y56A 4J0VA 4Y3JA 5P23A 3IVIA 3JW2A 1ZPAA 1ZPKA 5AH7A 5IVSA 3LIYA 5OYUA 3UDJA 1F7AA 3PCZA 5P57A 4OC6B 5P82A 2FDDA 5OZ6A 5P1HA 4I0ZA 2QI6A 5P1SA 4ER4E 4J0TA 4CPRA 3S43A 3NUJA 3T3CA 1EPME 3UDYA 1BV7A 3FV3A 1QBRA 5COKA 5P45A 5P4TA 1QS8A 4LXAA 4I8WA 4BEKA 4I0JA 4Y5PA 1FIVA 4ZSPA 5OZCA 3BXRA 1FQ4A 2A4FA 2HS1A 4I0FA 1EPPE 1HSGA 2CENA 1APWE 5E5JA 4Y4BA 3PVKA 5P36A 3GW5A 3PM4A 4RLDA 4EPJA 2HAHA 4GJ9A 3SPKA 2PC0A 2G94A 5P8AA 1M0BA 2HS2A 3LIVA 1APVE 5P5CA 5OZ5A 3NU9A 5P24A 4ZEAA 2QI4A 3OGPA 5I3VA 4FM8A 5P7SA 4Y38A 4D88A 4DJQA 2NMZA 4IVTA 5P69A 1WKRA 4QJ6A 5P5FA 3S43B 2Q64A 2V0ZC 1HVRA 2JJIA 3HBOA 2G1SA 4H3JA 5JODA 4E43A 3NUOA 4HZTA 4Y39A 2UXZA 4EJDA 8HVPA 3PWRA 4GJ6A 5P6SA 5P86A 2XFKA 2VJ6A 3PHVA 3DJKA 4Y4AA 3KFRA 1YG9A 1BWBA 3O9BA 4CMSA 2IQGA 3EM6A 5EZZA 2AZCA 3INFA 4M8YA 3UQRA 5DQ5A 5P7MA 2Z4OA 4DUSA 2AOGA 3Q70A 3UHLA 5P1FA 2OAHA 3L5BA 1EC1A 5P1LA 3FSMA 3LIXA 4PZXA 4QLHA 5P2FA 5OZWA 3UDHA 4Y5BA 1TSQA 1EBYA 2WEDA 5P3QA 4PHVA 1PSAA 5P62A 2BJUA 1W51A 5P4LA 2BKSA 3QROA 1SDTA 4L6BA 3U6AA 5P25A 4JPCA 3T11A 4J0PA 1FB7A 4OBZA 5P5LA 3S45A 1MTRA 1GNOA 4I12A 3ZKSA 3OHHA 4DQBA 5P0VA 4LHHA 3T7XA 5P3OA 4Y51A 5OZBA 4B1CA 5P3AA 4KE0A 3VF7A 5P37A 5P0IA 5P4SA 5P71A 1PSNA 1Q9PA 1MRXA 2WJOA 5P1BA 2ASIA 5P8UA 3KN0A 5P2AA 4KE1A 4I0GA 2CEJA 3B7VA 3HDKA 1BVEA 2PMAA 2NXLA 3QP0A 1DPJA 3PLDA 5P4QA 5P5SA 5P73A 5P6EA 2VIZA 3MSLA 4I10A 2PH6A 3UQXA 4Y37A 4APRE 1T6EX 4R93A 5P3TA 4B72A 1GKTA 4L7GA 5P5AA 3LNKA 1A8KA 4OBZB 5P07A 1FF0C 2OHSA 3IA9A 1YTIA 5AH6A 5P80A 2P3DA 5BS4A 5P3YA 1AAQA 1BDLA 5P7TA 4YOAA 5P4BA 3ZKGA 4CPWA 3TOFA 2AOFA 1FQ8A 1GNMA 3I6OA 1APTE 2Q11A 4XX4A 3A2OA 3MXEA 3TPRA 2VIYA 3KDBA 4EJKA 2J9JA 4RZ1A 5F00A 4Y5LA 5P75A 5P0DA 5P6QA 1XS7D 2G22A 5P29A 5OZHA 1DP5A 4ZLSA 1YTGA 3NU5A 4GMIA 4Q1WA 5P5BA 4LL3A 1GVUA 1Z1RA 5OZZA 3BRAA 3VUCA 2V16C 4YD4A 3TOHA 3WSJA 1BBSA 2ER6E 3UFNA 3SKFA 5P7PA 2FMBA 4MC9A 5IS4A 4AZYA 4EYRA 2FGVA 5DR4A 1YTHA 4FAFA 4Y53A 3ECGA 2XYEA 4LXMA 3H0BA 5P6RA 2AVQA 4FM7A 4R92A 3FX5A 5P0PA 3SM2A 2P4JA 2J9JB 2G20A 4B05A 4J1IA 3ZKNA 5P1CA 5P68A 5P8JA 5P2IA 5P2VA 5OZIA 5COOA 4A6BA 4Y5AA 2QK5A 3R1GB 2IRZA 2I4DA 4Y3YA 5P6AA 4HDPA 5CLMA 5P0LA 5P8VA 5TOLA 5P0EA 1LYAA 3OK9A 5HVPA 5P5UA 4B70A 5IVTA 5P00A 4DJRA 5OZTA 4I11A 4D85A 1QBSA 2XYFA 4HE9A 5P2JA 5P6FA 4EJ8A 2HPFA 1APUE 5OYZA 2R38A 3KDDA 5P6XA 4XX3A 2P8HA 4J1CA 2HC0A 4NPTA 3FKTA 1AIDA 3D1YA 4B1DA 2RSPA 3PEPA 5P15A 3S85A 3BVAA 5C9FA 2OHRA 4L7HA 4RVJA 1FMXA 4LXKA 1GVVA 4JP9A 4YD6A 2CEMA 3D1ZA 4GJBA 1EAGA 2RMPA 1FGCC 1LYAB 4EP3A 1ME6A 5P2GA 1YX9A 4Y3NA 5IVQA 3UQPA 2QHCA 3OQKA 5P65A 5P28A 5P39A 3IXJA 2OHMA 3KFNA 5HCOA 3L58A 5P0GA 2R8NA 1HVIA 1GNNA 4FM6A 1ODXA 2QHZA 3D1XA 1K6TA 4Y6MA 2J9KA 4RVXA 5P8DA 3TL9A 6FIVA 5BRYA 1F34A 2BQVA 2NTRA 1W50A 4Y4EA 1XL2A 1KZKA 5HDUA 2B42A 5P18A 3LPIA 1AM5A 3VLAA 5P2HA 1FFIC 4Y5KA 3PLLA 1ZP8A 3HZCA 5P26A 3L5EA 5HCTA 4ZSRA 1MERA 5P6BA 5P2SA 2HB2A 5OYWA 3EKYA 4FLGA 4Y57A 1KJFA 3MWSA 1KJGA 2ZHVA 3FIVA 3UDMA 1HEFE 1HVCA 1HVSA 3NDXA 1HEGE 2G24A 5P1GA 4H1EA 1FFFC 1HXWA 5P7IA 5SZ9A 4EWOA 1T3RA 2HB4A 5P17A 2QD8A 4M8XA 3MSKA 2PYNA 4DJUA 5P2MA 5P4WA 5P0MA 2VIJA 1ZSRA 4DI2A 1NH0A 3KYRA 3KFSA 5DR8A 3HLOA 3EKPA 5P0WA 2V12C 1MT8A 2IKOA 2PYMA 5P7ZA 4I0EA 3EMYA 3RTMA 3FNUA 3ZMGA 2XFJA 5AHBA 2F80A 5OZRA 5P7YA 5P4JA 3CKRA 1ZJ7A 1OHRA 2WEZA 3OXVA 4DJOA 3TPPA 3F9QA 3KA2A 4U7VA 2ZJHA 1MT7A 2WECA 3K5GA 5P7XA 3I7EA 2P3AA 2OHUA 5P8NA 2AODA 2NMYA 5OYVA 3WZ6A 5P5RA 2F8GA 5P12A 1FLHA 2IDWA 5HE5A 1BIMA 5OYYA 2F3EA 4I0DA 3IAWA 2QI0A 1C6YA 3R0YA 4TRYA 3QI1A 3KMXA 4DJYA 3OUBA 3VV6A 4F74A 3SA3A 5P6CA 3CKPA 5P0TA 4RYGA 3EL0A 1KJ4A 2QMGA 1T6GA 3S7MA 1BDQA 1SBGA 5P8OA 3WZ8A 2QZXA 2IEOA 3O9HA 1SGZA 1AZ5A 4FCOA 3IXKA 5P60A 2ZJIA 2ZJNA 4XKXA 4Z50A 1W5WA 3RTNA 5DGWA 3I25A 5P5IA 1G0VA 3URJA 3UCBA 5OZ9A 2ZDZA 5P41A 5KR0A 1UPJA 5P48A 1D4JA 3U7SA 2I0AA 3JVYA 5P1VA 5P42A 5OZUA 7UPJA 5P0ZA 4OBHA 4FGXA 2PWRA 1HTEA 4TVGA 3PI5A 4Y3FA 4Y4XA 5P1AA 5P79A 4TRWA 4Y5GA 3TPJA 1FMUA 5KQYA 5P4CA 4YOBA 4R5NA 1M43A 2AOJA 4D8CA 2ZYEA 4KUPA 1IVQA 1T7IA 3VV7A 2HIZA 1DIFA 3DV1A 5P2XA 2JE4A 3HVGA 1E81E 1IDBA 4CPSA 5P7LA 3S56A 4I1CA 4CPTA 5P1DA 1BV9A 1HPVA 5P6GA 5P58A 5P4KA 3ER3E 5P0AA 3GI6A 5P66A 5I70A 5P7EA 1B11A 3OY4A 4RROA 1IVPA 3D20A 3UDNA 2ER0E 5P43A 4BFDA 2WKZA 4ER2E 4HDBA 2VNNA 5P27A 1FMBA 1HTFA 4YCYA 5P5KA 4DPIA 5BWYA 4B78A 1TSUA 2BPZA 5P14A 2QZKA 3OU4A 4PZWA 3UFLA 3INHA 3NLSA 5P2YA 4MC6A 2AOHA 2HB3A 1Z8CA 2G1RA 1MEUA 3OU1A 4LBTA 5P06A 5P5NA 3BC4A 4YBFA 5KQXA 4NJTA 5T4SA 2F3FA 2ER7E 3PB5A 2AVMA 5P6KA 2G1OA 4YCTA 5P6HA 2WF0A 3L3AA 2V11C 3URLA 5P3NA 3MSJA 1KJ7A 1RL8A 5FIVA 5E5KA 1G2KA 4Y58A 1MSMA 3OAGA 2VJ7A 3SA5A 2IGXA 3ZKMA 5P16A 4HVPA 4NJVA 2G27A 1SMRA 5P0JA 4Y5EA 2QI1A 2QMDA 3PMYA 3PJ6A 3OU3A 4Y3MA 3OU4B 2JYSA 2VA5A 2Q54A 3HAUA 5P13A 3EKTA 5P61A 4Q5MA 4Y3RA 5P46A 2ZHRA 3OQDA 3R2FA 4K4PA 5DR1A 4DJVA 4OBKA 1A8GA 3OU1B 4GJ7A 5P03A 4Q1NA 4Y54A 2IENA 5P3SA 4K9HA 5F01A 3EXOA 4L7JA 5P7VA 1YTJA 5SY2A 5P7DA 5B18A 1BXOA 4GJ8A 2V10C 1VIKA 4DVFA 3VSXA 5P04A 5P3JA 4J1KA 5P0QA 4F73A 5C9BA 5P2RA 3O9LA 5P7UA 4GJ5A 5P1OA 4EJLA 5P11A 3CIBA 4OD9A 3OAGB 3O9DA 1PPME 3OQ7A 3PRSA 3URIA 5P5XA 1TW7A 2BBBA 5P76A 4DQFA 2OHQA 5HDXA 2WEBA 3Q3TA 1EPLE 5JFPA 2I1AA 3QRVA 3VSWA 1EPNE 4ACXA 3UQUA 2AZ8A 2V00A 5P40A 1E5OE 2QNPA 4DPFA 4LC7A 3O9CA 3RU1A 1META 5P5YA 5P38A 3LHGA 4J0ZA 1E82E 4Q1XA 2AIDA 5DR0A 3LIQA 4APEA 3O9AA 2Q3KA 2ZE1A 1HVHA 4NJUA 2QNQA 1OEXA 5C9DA 2QU3A 3CICA 2R5QA 2Q63A 4Y3XA 3IN3A 1TQFA 1NPAA 2I4QA 3O9LB 1YM2A 2PWCA 5P7WA 4OD9B 4J0YA 2OHPA 3QPJA 2G21A 3L5DA 2FDPA 1D4KA 5PEPA 5P8EA 5P7HA 3EL4A 5P8IA 1K6PA 1HWRA 5P7QA 1UH8A 3LZUA 2AVOA 5OZMA 1HTRB 5P52A 1PFZA 2G26A 3CIDA 5OZPA 5CONA 4EXGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQX A;  3IND A;  1MPP A;  1XE5 A;  5P5Q A;  2O4K A;  3SA4 A;  1NPV A;  2P3B A;  1WBK A;  3L59 A;  4A4Q A;  2QP8 A;  3QVI A;  2QZW A;  4DJW A;  5HDZ A;  3SA6 A;  1XDH A;  3KDC A;  1IDA A;  1K1T A;  2AOE A;  5P1I A;  3KM4 A;  1SDU A;  5P0C A;  5ER2 E;  3RSV A;  3KFP A;  5P6N A;  1A30 A;  3GI0 A;  3O9I A;  5UPJ A;  4PEP A;  1HBV A;  2QMF A;  3LIT A;  5P4M A;  5OYQ A;  4R8Y A;  5P1Z A;  5P20 A;  4YE3 A;  3VEU A;  4Y4J A;  1W6I A;  4R95 A;  3NU3 A;  4Y5N A;  3VYD A;  5P0X A;  2F3K A;  4Y44 A;  5P0Y A;  1UH9 A;  5OZD A;  5P3F A;  2I4V A;  4GYE A;  4DV9 A;  2P3C A;  4OBD A;  5KR8 A;  3S54 A;  3D3T A;  4CPU A;  4S1G A;  5P1J A;  1DMP A;  2R9B A;  5P5M A;  4AMT A;  2P3B B;  5P3I A;  4K8S A;  4ZIP A;  5P01 A;  1UH7 A;  7HVP A;  5P1W A;  5SXN A;  5OZL A;  2Z54 A;  4Y4U A;  1D4Y A;  3PI0 A;  5OYS A;  5P4X A;  5I3X A;  5P0F A;  1HVJ A;  2R5P A;  4QGI A;  5P4Y A;  3SKG A;  4FRS A;  3KT5 A;  1IZI A;  5DQ2 A;  5P6I A;  5HD0 A;  2O4L A;  4WY1 A;  1SGU A;  1LF4 A;  5P88 A;  3B80 A;  1TCW A;  2FLE A;  1HVK A;  1MES A;  3INE A;  4H3G A;  2AVV A;  2OHT A;  5P6W A;  4FRJ A;  5DR7 A;  1T7K A;  3TKG A;  2ZJL A;  1D4I A;  5OZS A;  4Y35 A;  1U8G A;  3OOT A;  2AOI A;  1ER8 E;  3S2O A;  1A9M A;  5P50 A;  3CMS A;  2ZHS A;  2QI7 A;  5OYX A;  4J54 A;  2P83 A;  3HD8 A;  3RSX A;  4IVS A;  1HPO A;  4H3F A;  4Y3W A;  4MC2 A;  2PQZ A;  4YCK A;  1LV1 A;  3ZKQ A;  5P6V A;  1BVG A;  1B6K A;  4L1A A;  3DCR A;  4JPE A;  3VF3 A;  1EBK C;  4F75 A;  3ZPS A;  1EC0 A;  4RVI A;  5P6M A;  3NWQ A;  3DOX A;  4FL8 A;  1OEW A;  2IKU A;  2BB9 A;  4EP2 A;  2APR A;  5P8L A;  5OZG A;  4JEC A;  3GGX A;  5OZY A;  1ZAP A;  3PMU A;  5OZ1 A;  4D83 A;  3SAC A;  3VV8 A;  5P7O A;  3NDW A;  1IZH A;  2Q15 A;  3PBD A;  1W6H A;  3PWW A;  5P5E A;  1SH9 A;  3I2L A;  1K6C A;  1IIQ A;  1HII A;  4Z2Z A;  5I3Y A;  2Q55 A;  1KJH A;  5P8Q A;  4YD7 A;  1FG8 C;  1FKN A;  4A6C A;  5P53 A;  2O4S A;  4L1A B;  5P5H A;  3LIN A;  1RNE A;  3EKQ A;  1B6M A;  2OHN A;  5P35 A;  5AHC A;  5P6J A;  1CZI E;  3PSU A;  2I4W A;  1K1U A;  3OQF A;  5P56 A;  3BVB A;  2G1N A;  1WBM A;  2A1E A;  4DH6 A;  4OC6 A;  4QJA A;  2FS4 A;  2VKM A;  5P0N A;  5P72 A;  2JXR A;  5P8K A;  3ST5 A;  1C6Z A;  3SO9 A;  3WB4 A;  3KF0 A;  5P05 A;  5P84 A;  3APP A;  2AZB A;  3KMY A;  4U8W A;  1HVL A;  3OXC A;  5P5G A;  2B60 A;  3S8I A;  5P2D A;  2QD6 A;  3R4B A;  2VA7 A;  3UDP A;  5P5J A;  2G69 A;  4B77 A;  1YT9 A;  1XE6 A;  5P0B A;  4YDF A;  2I4X A;  3APR E;  5KOQ A;  4Y56 A;  4J0V A;  4Y3J A;  5P23 A;  3IVI A;  3JW2 A;  1ZPA A;  1ZPK A;  5AH7 A;  5IVS A;  3LIY A;  5OYU A;  3UDJ A;  1F7A A;  3PCZ A;  5P57 A;  4OC6 B;  5P82 A;  2FDD A;  5OZ6 A;  5P1H A;  4I0Z A;  2QI6 A;  5P1S A;  4ER4 E;  4J0T A;  4CPR A;  3S43 A;  3NUJ A;  3T3C A;  1EPM E;  3UDY A;  1BV7 A;  3FV3 A;  1QBR A;  5COK A;  5P45 A;  5P4T A;  1QS8 A;  4LXA A;  4I8W A;  4BEK A;  4I0J A;  4Y5P A;  1FIV A;  4ZSP A;  5OZC A;  3BXR A;  1FQ4 A;  2A4F A;  2HS1 A;  4I0F A;  1EPP E;  1HSG A;  2CEN A;  1APW E;  5E5J A;  4Y4B A;  3PVK A;  5P36 A;  3GW5 A;  3PM4 A;  4RLD A;  4EPJ A;  2HAH A;  4GJ9 A;  3SPK A;  2PC0 A;  2G94 A;  5P8A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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