2QI3A

Crystal structure of protease inhibitor, mit-2-ad94 in complex with wild type hiv-1 protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qi3A00
3OAGB 5P56A 5P6HA 3G6ZA 4R91A 1ME6A 1HRNA 4NJUA 5AHAA 2HB2A 1HVJA 2BPYA 1DAZC 1OD1A 4OC6B 5P0MA 3EKXA 1B6JA 4QJ9A 2NNPA 5P4TA 3MSKA 1SDUA 5FIVA 3LPIA 4J17A 3D91A 2WF4A 5P0GA 5P6IA 5HU1A 5P6ZA 5P43A 2QZWA 2OHRA 4AA8A 2B7ZA 5P7XA 4K9HA 4B77A 1IZDA 4J0ZA 5P1UA 1M0BA 2P3CA 1BDQA 2IKUA 3EL1A 5P2AA 1HTRB 2PMAA 2G24A 1UH7A 2AOIA 1W5YA 1HEGE 4RCEA 4Y3MA 1LF4A 5P5QA 2IKOA 5P6WA 1PPME 2F3FA 4Y48A 5P80A 5J25A 4Y3JA 4GJ9A 3HD8A 3IGBA 5P00A 3S45A 5P16A 5P3SA 4AMTA 1HWRA 3IN4A 1GNOA 5OZYA 2JJIA 3INEA 1YT9A 3FNSA 3S2OA 2WEBA 5OZ0A 1A8KA 3FX5A 4FRKA 2Q11A 3GGUA 4Z22A 5AHBA 5F00A 1NPVA 4YA8A 3KDBA 4H3IA 3D1YA 2R38A 1FQ4A 2FGVA 4J1KA 3CKRA 2QCIA 1HPVA 2AQUA 3FNTA 4Z4XA 2QZKA 1CPIA 5OYYA 3NU6A 4EYRA 5P2NA 1IZIA 1NPWA 4H3JA 1B5FA 1D4YA 1WKRA 4Y3XA 3BUHA 4UPJA 4Y56A 4BFBA 5P7AA 2F3KA 3I7EA 1T6EX 7UPJA 3LPJA 2HB4A 3URJA 5P7NA 4YCTA 3Q5HA 1UH8A 2ZJMA 3SA5A 1XN3A 3S85A 1RV7A 5P0EA 2VKMA 3HZCA 1W6IA 3OUDA 5P5ZA 2QNPA 5IE1A 2AVSA 4S1GA 5P7FA 2RENA 4RZ1A 1G2KA 2VA6A 5P8FA 5P60A 1IVPA 1VIKA 5HTZA 5AH6A 4HDPA 3UDJA 1LYAA 3LIYA 4K4PA 2I0AA 1LV1A 3PSYA 2CEJA 5P23A 5P70A 5IVSA 4D83A 5P7WA 4GJ7A 4OD9A 5P6TA 3S53A 2UY0A 4MC1A 3HVPA 5P3TA 1JLDA 3BUGA 5P7JA 5OZ7A 4YDFA 3TH9A 2PWCA 4DQBA 1BXQA 5P76A 3BGCA 1K2BA 5OZXA 3U7SA 5P83A 5P6PA 3TPRA 5P0RA 4OBFA 1YG9A 4OBHA 5P3OA 1AIDA 3HVGA 5P1SA 1AJXA 5P7CA 2IGYA 3D1ZA 5I3XA 3H5BA 5KR1A 4FLGA 3N3IA 3VLAA 4Y35A 3SA8A 5P6LA 5P0ZA 3KT5A 1LYWA 1RNEA 5BRYA 1HIVA 5P0UA 2FGUA 1APTE 3GW5A 3O9EA 3INFA 1KJ4A 2OHPA 4YBFA 3CMSA 2QZXA 5JFUA 2I1AA 3R1GB 5P5PA 2Z54A 4Y4TA 1TCXA 4GJ5A 1QBSA 5P8BA 4Y5LA 3O9LB 1FQ8A 4FL8A 3OXXA 3ZL7A 5P6SA 1HOSA 4LP9A 2HIZA 4ZEAA 4BFDA 3VF3A 1CMSA 3U71A 4DPIA 2FS4A 3K5CA 5DR7A 3O9GA 3UQUA 4LHHA 1YM2A 4YCYA 5P6EA 5ISJA 4PEPA 5P5CA 1D4JA 4Y4BA 4CPSA 3L3AA 4Y4UA 4Y4XA 2ZHTA 4RVXA 4I0ZA 3KFSA 4FAFA 4Y44A 5P8RA 4NPUA 2QMGA 1FMXA 5OZUA 4R95A 4Y5CA 1AJVA 2IEOA 5OZMA 5P47A 3S7MA 5P1XA 1KJGA 3S54A 3Q4BA 1C6XA 4FIVA 1U8GA 1FG6C 4EJLA 2OHSA 3KN0A 1PROA 1C6YA 4Y5MA 2A4FA 2OF0A 5P0AA 3FNUA 3EC0A 2HM1A 3RTNA 5P0JA 5P6OA 2AOGA 4FRSA 5COOA 1IDAA 3EXOA 5P3CA 5KAOA 2G1RA 4Y5KA 5P05A 1MUIA 1XN2A 4DJXA 5P0TA 5P4DA 5AHCA 1XE5A 5P1ZA 4OBZB 5KQXA 1HVCA 3NU4A 4CP7A 3RVIA 2R3WA 3GI6A 5P26A 3VSWA 3O9BA 3SABA 5P5LA 3QVCA 4XX4A 1AVFA 3OAGA 3QBHA 1FLHA 1SDVA 1SH9A 3APRE 5OZAA 5P41A 5P42A 3L38A 2PK6A 3IXKA 2O40A 4OC6A 4XXSA 2Q63A 4PZWA 3GGAA 5P81A 3TLHA 4J1CA 1YTGA 1NSOA 4DI2A 3ER5E 5P1MA 3S7LA 5DR8A 3L5BA 5I3VA 5OZ3A 3PEPA 1KJ7A 4K4RA 5P2MA 4RCFA 5P0SA 5P02A 5P87A 5KQFA 5P52A 1D4HA 3R0WA 5P1NA 5P74A 2XFJA 2G21A 5P4RA 4FGXA 3Q6YA 5P4SA 1PSNA 1GKTA 3R4BA 5P2YA 3GGVA 3PCWA 3TOGA 2BQVA 3UDQA 4A6CA 2ASIA 4I0IA 3KDCA 5P4UA 1XL5A 4GB2A 3VF5A 1HVIA 3OUAA 3SA6A 5P1KA 4Y3NA 4X2LA 1OEXA 5CLMA 2AZ8A 2P3AA 2PSVA 3PGIA 5P1CA 3T11A 1ODWA 5P4WA 3RTHA 1N49A 2Q5KA 3EL0A 4A4QA 1F34A 2O4PA 3PJ6A 4EQ0A 1ZAPA 1GVWA 4YD7A 2QNQA 3WZ7A 2Q64A 5P8IA 4NJVA 3O9IA 5P0DA 1FF0C 2FNSA 4AZYA 5P1LA 3VV8A 4ER1E 4RLDA 1RPIA 4Y4EA 5P3IA 1W5XA 5P8EA 1TCWA 5P38A 2QI5A 2NTRA 3BXRA 2G94A 5KR2A 1MSMA 4Z50A 1IIQA 5ISKA 5P1PA 5P7KA 3TKGA 3EBZA 1EBZA 4XX3A 3OTSA 2P3DA 1B11A 3O9AA 2O4SA 5OZKA 4EJ8A 5P2KA 2ZHSA 3A2OA 4J1FA 3EKWA 1FGCC 2ZJJA 5P2UA 4OBDA 5DR1A 4YD6A 4ZSRA 5P89A 5P3HA 4YOAA 3DCRA 6UPJA 4Y51A 4H3GA 4HDFA 3UQWA 5P4KA 4EPJA 1Q9PA 3OQFA 4Z2ZA 3BUFA 5P8QA 5P1EA 4B70A 1K1TA 5P2TA 5P6JA 4YCKA 1WBMA 2V10C 3K4VC 2R3TA 5P4XA 5P6NA 5KOQA 3VCMA 3BRAA 1ZSRA 1DIFA 4J1EA 5P1FA 5DGUA 3UPJA 4Y4JA 2RKGA 5P66A 8HVPA 3ZKIA 3ZKMA 4EP2A 1CZIE 1EPLE 4Y53A 2OHKA 2FDDA 4H1EA 4YD4A 5P13A 1QS8A 4U8WA 5DR0A 4YDGA 2AOCA 4Y54A 1G0VA 5P6XA 4D8CA 3ZKXA 5DQ5A 5HDVA 3NSHA 5P1TA 3IAWA 4B00A 4NJTA 3O9LA 4AUCA 4XKXA 5P4MA 1EC2A 5CONA 5P3GA 3SA3A 3SO9A 3O9CA 3PRSA 2BBBA 3UDYA 5HDZA 4DFGA 5P88A 4Y5NA 1E5OE 5P7YA 2OHLA 1K6TA 4DVFA 4CMSA 3GGXA 1SMEA 1APUE 1IVQA 5P3UA 3NWQA 3NWXA 3SPKA 3KF0A 2R8NA 1YTJA 1T7JA 3QBFA 4QJ7A 1OHRA 1FQXA 5P14A 1MVPA 4Q1YA 5P8AA 2ZJHA 4YBIA 4APEA 5P07A 5P1GA 5P55A 1A9MA 5EZZA 4F73A 2VS2A 2QHZA 1HTGA 2RSPA 2ZHRA 2QK5A 4BELA 1XDHA 1FFFC 2FLEA 3OU3A 4GJAA 5OZ5A 1SGZA 2OHNA 4QGIA 3PHVA 3PBZA 5P0XA 1B6MA 5P5OA 2NNKA 5P86A 3SFCA 2Q55A 5P2SA 3VYDA 2PH6A 2QI6A 5P1HA 5OZLA 4DJYA 4Y6MA 3FIVA 3PMYA 3QROA 4PYVA 2QHCA 2ER0E 5P3ZA 5OYTA 5P7TA 4L7JA 4MC6A 4OBZA 4Y5PA 3DK1A 5SZ9A 3IXJA 4JPCA 5P0FA 4LBTA 5P2JA 5P7OA 4I0DA 1YX9A 3QN8A 5ER2E 2QD6A 2WF0A 3TKWA 2F8GA 2AOFA 3LZVA 5P49A 5P28A 1GNNA 5P51A 4RVJA 4K4QA 3VEUA 5OYSA 4FRJA 2Z4OA 4JPEA 4RRNA 4Y3RA 5AH8A 3EM4A 1FFIC 2V0ZC 3D20A 2O4NA 3ZKSA 1TSQA 4OBJA 3AUPA 5P5FA 2HC0A 4I1CA 5P8TA 3BHEA 1QDMA 3S43A 4YHQA 1GVTA 4B1EA 1B6KA 2HAHA 4DJUA 3EL5A 6FIVA 5P39A 4CPWA 3CKTA 1HEFE 5P7IA 1GVXA 2BPZA 5UPJA 2IQGA 4EWOA 2IS0A 3T3CA 1D4IA 3TL9A 2XYEA 1FMUA 2V12C 5P8KA 5P64A 2QI0A 2VA7A 1QRPE 7HVPA 1HVHA 5COKA 3G70A 5P1WA 4CPUA 1EAGA 5P3AA 2BPVA 2XFIA 5P24A 3KM4A 5OZ6A 4QJ2A 2G1OA 2QMFA 4RROA 4ZSQA 4F74A 5P18A 3OQDA 4ACXA 1BILA 5P5BA 3CKPA 4I10A 4Y3DA 2NXDA 2WF2A 5P5JA 3L5DA 1T6GA 3O9HA 1W6HA 2WEDA 5JG1A 4DJVA 4Y4AA 2UXZA 4Y4GA 1YM4A 5HVPA 3NU9A 4FSLA 3PSGA 9HVPA 2I4XA 3NDWA 1XS7D 1MTRA 5P7VA 1ER8E 1K6CA 3HLOA 2QI3A 2ZGAA 3Q70A 5AH7A 5OYUA 3LITA 2QU3A 4DJRA 2VIJA 2AZBA 3LZUA 2PK5A 4Y47A 5IVRA 3UDPA 4Y5EA 5P5XA 5P7RA 4Y3GA 3LIXA 1LYBB 2R5QA 1A94A 3MWSA 5OZNA 1HVKA 2OHTA 3BXSA 4HVPA 5OYRA 2PQZA 4KE0A 5P82A 3ER3E 1KJFA 3SA9A 3KA2A 4Y3ZA 4DQCA 5P77A 5P3FA 5P19A 1LS5A 3SKGA 2JXRA 3UDKA 1IZEA 2IGXA 4E43A 1D4LA 4EXGA 1BVGA 4Y4WA 1MT8A 3VUCA 4N00A 3SAAA 4H3FA 3UF3A 4CKUA 2XYFA 3D3TA 3VV7A 3ZKNA 1TQFA 1BAIA 2ZE1A 1BXOA 2ZDZA 3TOHA 5P5GA 1GVVA 3K5DA 3UFLA 5DQ2A 2WECA 2AIDA 4I12A 5P8SA 3L5EA 4GJBA 3PI5A 2BB9A 2OAHA 5P46A 2QZLA 4WY6A 1SGUA 2ZHVA 4ZIPA 5P44A 3NDXA 3EM6A 5P48A 3URLA 5P2GA 4RYCA 5P32A 1MT7A 5P4FA 3VFBA 4NKKA 5P4HA 3TPJA 5P0CA 5P6GA 4AA9A 5P29A 3TNEA 1PSAA 2AODA 4DJWA 5DPZA 5OYZA 5P7MA 4R5NA 1HHPA 1M43A 3OHHA 2G1SA 5HDXA 3K1WA 4RGHA 3KFNA 5P0VA 1FQ6A 1ENTE 3NU5A 2G1NA 3WZ8A 5P8UA 2R43A 3DV5A 4FM7A 1HVRA 5P5TA 3G72A 3K4VA 3OOTA 5C9FA 4LXMA 4TVGA 5P45A 1DPJA 3LIQA 2FXDA 5P3XA 2BJUA 4Y41A 1HVSA 4HZTA 4Y9WA 5P17A 2NXMA 4A6BA 2ZJLA 4DQHA 4CPTA 2MIPA 3OGQA 4ZSPA 1ZSFA 5P78A 2WKZA 5P2CA 2AOHA 3URIA 3NDUA 2AVMA 3L59A 5P59A 3S43B 3MSLA 4R93A 3HAUA 2AVQA 3O9DA 2R5PA 5P8NA 5P3YA 3OXVA 2J9JB 2NMYA 5KQYA 1HIHA 5P1VA 4J0TA 4EP3A 2HS1A 4FRIA 1HTFA 4LXKA 4GJDA 4RRSA 3OTYA 5P7UA 5OZTA 2A1EA 5P50A 2VJ7A 3TTPA 4F75A 1MERA 2ZJKA 3ECGA 2R9BA 1HIIA 3PBDA 1BV9A 5P65A 4Y36A 5OZIA 5P7BA 4APRE 3UFNA 5P4IA 5KOSA 4Y57A 5P0KA 3LIZA 2ZHUA 5P57A 5F01A 4YOBA 5P0IA 2O4LA 5P8OA 4IVTA 1MT9A 4Q1NA 1NH0A 3PWWA 1HXWA 5JODA 2HS2A 1Z8CA 3OUBA 4CPXA 3GI4A 4RYGA 4Y45A 5P7PA 4DPFA 1K6PA 4U7VA 5P1RA 3BGBA 3KDDA 1FG8C 1W51A 4EQJA 3UHLA 5OZWA 5P2OA 5P7GA 4L1AB 3NUOA 5P6BA 4COEA 1SMRA 5P8LA 1BWAA 4HLAA 3VLBA 1OEWA 2PYNA 3DOXA 2IDWA 5P5KA 4ZLSA 5I70A 1HVLA 1PFZA 2CEMA 2PSGA 4CPRA 3PI0A 5P5NA 5P5DA 3FKTA 5OZOA 5P36A 1HSHA 3VYEA 5P15A 5P3PA 3S8IA 2V13A 4J1IA 2FMBA 4I8WA 2HPEA 5P4ZA 1UH9A 5P3DA 1SBGA 1UPJA 3K5FA 5P4LA 4I0JA 4Y4ZA 1BVEA 3O99A 5P33A 2B8LA 3L58A 3ZLQA 4GYEA 1MIQA 1E82E 4JP9A 4LC7A 4Y3HA 4Y3WA 1K6VA 4FM6A 5HU0A 5C9DA 2AOJA 5OZJA 3SA4A 4J0PA 2QI7A 2JJJA 4OBGA 3OQ7A 5P8JA 2AZCA 3TPPA 2QI4A 2I0DA 5P6DA 3LPKA 5SY3A 3B80A 3LIVA 5P3NA 2VNMA 5DR3A 2AZ9A 3ZMGA 4Y3YA 3HBOA 1BWBA 3U6AA 3VFAA 4B72A 5P7LA 5P67A 1E80E 3IN3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAG B;  5P56 A;  5P6H A;  3G6Z A;  4R91 A;  1ME6 A;  1HRN A;  4NJU A;  5AHA A;  2HB2 A;  1HVJ A;  2BPY A;  1DAZ C;  1OD1 A;  4OC6 B;  5P0M A;  3EKX A;  1B6J A;  4QJ9 A;  2NNP A;  5P4T A;  3MSK A;  1SDU A;  5FIV A;  3LPI A;  4J17 A;  3D91 A;  2WF4 A;  5P0G A;  5P6I A;  5HU1 A;  5P6Z A;  5P43 A;  2QZW A;  2OHR A;  4AA8 A;  2B7Z A;  5P7X A;  4K9H A;  4B77 A;  1IZD A;  4J0Z A;  5P1U A;  1M0B A;  2P3C A;  1BDQ A;  2IKU A;  3EL1 A;  5P2A A;  1HTR B;  2PMA A;  2G24 A;  1UH7 A;  2AOI A;  1W5Y A;  1HEG E;  4RCE A;  4Y3M A;  1LF4 A;  5P5Q A;  2IKO A;  5P6W A;  1PPM E;  2F3F A;  4Y48 A;  5P80 A;  5J25 A;  4Y3J A;  4GJ9 A;  3HD8 A;  3IGB A;  5P00 A;  3S45 A;  5P16 A;  5P3S A;  4AMT A;  1HWR A;  3IN4 A;  1GNO A;  5OZY A;  2JJI A;  3INE A;  1YT9 A;  3FNS A;  3S2O A;  2WEB A;  5OZ0 A;  1A8K A;  3FX5 A;  4FRK A;  2Q11 A;  3GGU A;  4Z22 A;  5AHB A;  5F00 A;  1NPV A;  4YA8 A;  3KDB A;  4H3I A;  3D1Y A;  2R38 A;  1FQ4 A;  2FGV A;  4J1K A;  3CKR A;  2QCI A;  1HPV A;  2AQU A;  3FNT A;  4Z4X A;  2QZK A;  1CPI A;  5OYY A;  3NU6 A;  4EYR A;  5P2N A;  1IZI A;  1NPW A;  4H3J A;  1B5F A;  1D4Y A;  1WKR A;  4Y3X A;  3BUH A;  4UPJ A;  4Y56 A;  4BFB A;  5P7A A;  2F3K A;  3I7E A;  1T6E X;  7UPJ A;  3LPJ A;  2HB4 A;  3URJ A;  5P7N A;  4YCT A;  3Q5H A;  1UH8 A;  2ZJM A;  3SA5 A;  1XN3 A;  3S85 A;  1RV7 A;  5P0E A;  2VKM A;  3HZC A;  1W6I A;  3OUD A;  5P5Z A;  2QNP A;  5IE1 A;  2AVS A;  4S1G A;  5P7F A;  2REN A;  4RZ1 A;  1G2K A;  2VA6 A;  5P8F A;  5P60 A;  1IVP A;  1VIK A;  5HTZ A;  5AH6 A;  4HDP A;  3UDJ A;  1LYA A;  3LIY A;  4K4P A;  2I0A A;  1LV1 A;  3PSY A;  2CEJ A;  5P23 A;  5P70 A;  5IVS A;  4D83 A;  5P7W A;  4GJ7 A;  4OD9 A;  5P6T A;  3S53 A;  2UY0 A;  4MC1 A;  3HVP A;  5P3T A;  1JLD A;  3BUG A;  5P7J A;  5OZ7 A;  4YDF A;  3TH9 A;  2PWC A;  4DQB A;  1BXQ A;  5P76 A;  3BGC A;  1K2B A;  5OZX A;  3U7S A;  5P83 A;  5P6P A;  3TPR A;  5P0R A;  4OBF A;  1YG9 A;  4OBH A;  5P3O A;  1AID A;  3HVG A;  5P1S A;  1AJX A;  5P7C A;  2IGY A;  3D1Z A;  5I3X A;  3H5B A;  5KR1 A;  4FLG A;  3N3I A;  3VLA A;  4Y35 A;  3SA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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