2QK5A

Structure of bace1 bound to sch626485
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
AAGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A02
5P5MA 3UDJA 3KM4A 5P3CA 5P60A 5P3VA 2I4VA 4YD6A 4B00A 3EL5A 1C6ZA 1PFZA 3L5CA 1K6VA 5P5GA 5P7FA 1EPQE 1EC0A 1T7JA 3G72A 4PHVA 4RRSA 2J9KA 1EPRE 5P7JA 2QMFA 5OZQA 1B5FB 5P7RA 2WKZA 1ME6A 3DOXA 2HIZA 4FAFA 2SAMA 1GKTA 2XFIA 2ZJKA 3O9IA 5P04A 4J1KA 1PROA 4J1FA 2QI7A 2AZ8A 5P4ZA 5P2BA 5P1BA 5P2DA 3PHVA 1G0VA 5P4PA 4Y3AA 1MESA 5FIVA 1BDRA 4M8XA 1BBSA 5P2FA 4R95A 3NU9A 4APRE 3OY4A 5P2QA 4YCYA 5P83A 5P4QA 3HBOA 3EXOA 5KQYA 5HE7A 5AH8A 3UDKA 4GZFA 7UPJA 1HVCA 5P8LA 4J0YA 5P7PA 1A8KA 3URJA 5P4MA 4Y3YA 4XX3A 5P4WA 4B05A 5P1SA 5HCOA 5HD0A 6UPJA 2CEMA 4NKKA 2AZBA 2FDPA 5P0NA 3I7EA 3ZKGA 3DCRA 1W5WA 5OZLA 1A9MA 5P3HA 3KN0A 2V12C 3DJKA 1HVJA 4EJKA 1LYAA 3FSMA 5OYRA 1AAQA 4Y3SA 4HE9A 5OZUA 3GGUA 3FV3A 1KJ7A 5HDUA 1EC2A 3O9EA 4Y4JA 1YM2A 3TPJA 3OQAA 5DR1A 3SM1A 3S2OA 3QROA 4Y57A 5OZMA 3NDWA 5P5AA 1WBMA 1DP5A 1MIQA 3NU3A 4F75A 4I8WA 5P07A 3S43A 5P62A 5P1RA 2P3CA 5P32A 1B6JA 4J0PA 1TCXA 5P5BA 1RL8A 4CP7A 2QI0A 5P0UA 5P6RA 2JE4A 4ZSQA 2ZHUA 2FXDA 3KYRA 1ZSRA 5P1HA 1KJHA 1T6GA 1E5OE 2HS2A 1FFIC 2Q5KA 3SPKA 4KB9A 8HVPA 1Z1RA 2QK5A 5P49A 1GNOA 5P6CA 1NSOA 5DQ4A 2IEOA 1HTRB 4QJAA 2FS4A 3PBZA 5P2IA 5P8NA 2VA7A 3ZKXA 1HOSA 4FM8A 2BPZA 4L7JA 5HE5A 4DQEA 5OZHA 4Y54A 1B6KA 2HB4A 4Z2ZA 5P18A 2BBBA 1W6HA 3U6AA 5OZSA 5P71A 2ER6E 3Q6YA 2IDWA 2O4PA 5P0SA 4DJQA 2WEZA 5P1CA 1RPIA 3PSUA 1VIKA 5HVPA 5P3MA 3TPRA 4FRSA 4LBTA 5P8TA 4NPTA 1XE5A 1FG6C 2O40A 3IN4A 5P40A 4ACXA 2I4WA 2H6SA 3L3AA 3NU4A 3VYEA 2R3WA 3RU1A 1B5FA 2IRZA 5P3GA 5P6UA 3ZKNA 2APRA 3K5GA 2RENA 3U7SA 2BQVA 1CPIA 4OC6B 5I3YA 4EJLA 2O4LA 2O4SA 3UDHA 4OD9B 4JECA 4AA8A 5P0VA 5P52A 3KDCA 2VJ9A 1W51A 4FRJA 3ER3E 3PVKA 4FCOA 4FSLA 1FQ5A 3VFBA 5OZYA 1VIJA 1F7AA 1HTGA 3EC0A 5P8RA 5P72A 3EKTA 2AOFA 4Y3HA 2QI3A 4MC1A 5P6BA 5HDVA 2IL2A 5CLMA 5DQ2A 3D1XA 5P06A 4RYCA 1K2CA 2OHKA 2BPWA 4RZ1A 3PMYA 2FXEA 3TKWA 4H3FA 4Y3XA 2XFJA 5P3UA 5P1KA 3ZPTA 1SMEA 3BUGA 4NJTA 5P6ZA 1W50A 1B6PA 5P6JA 5P3YA 5P1JA 1EC3A 5IVTA 4LAPA 4WY6A 3OOZA 2CEJA 3ZOVA 2P83A 5P2YA 5P3EA 5HE4A 5COOA 3TOHA 2OHLA 3N4LA 3G70A 4XKXA 4BELA 5P1QA 1BIMA 1IDBA 4NPUA 5OZ7A 4A6BA 1KJFA 3HLOA 2ZHVA 2PSVA 3TKGA 4Y38A 3OU4B 4DQGA 4GJ8A 3SACA 4HVPA 3QPJA 2PWRA 5P2UA 1HRNA 2ER7E 2OAHA 4IVTA 5F01A 1IDAA 3PCZA 5P6KA 1B6LA 4A6CA 2V00A 3O9LB 4J5JA 5DPZA 1APVE 3GI0A 5P44A 4EWOA 3FNUA 5P8JA 1BXQA 1DIFA 3QI1A 3BXSA 4YD7A 4Y3DA 4L1AB 1QBTA 3VYDA 2PK5A 4KE0A 5P38A 3OQKA 5P7AA 3VYFA 4QJ8A 4Y5GA 1MSNA 4K4QA 3SKGA 3VFAA 2R5QA 4Y47A 1GVVA 1MPPA 4Q5MA 5P7OA 3U71A 1ODXA 3NXNA 3EMYA 4JPCA 1TZSA 5P7GA 3I2LA 6APRE 5P80A 5P4AA 3RTNA 5P1LA 3GGXA 3EKVA 3SM2A 4LXKA 3N3IA 2VJ6A 3L5BA 2WEAA 5COPA 1A30A 3SA3A 5P74A 3APRE 3PRSA 5ER2E 2ZJIA 2HM1A 1AIDA 1LV1A 3SA9A 1K6CA 1LYWA 5OZ1A 3WZ6A 1MSMA 4FM7A 4Y44A 2QZWA 5P08A 4Y48A 3WSJA 3UQRA 4CKUA 3OGPA 4K4RA 3MSLA 1ZLFA 5P22A 3R4BA 2QHZA 4Y4UA 3BUHA 1N49A 4OBJA 5P6GA 2AOHA 3T7QA 3ER5E 3NDUA 5P45A 1XL5A 5P11A 4DUSA 4EHCA 5IVRA 2IGYA 2AOGA 4HZTA 2WJOA 4Y4EA 5P2MA 5P4DA 1D4YA 5IVQA 2G1YA 4J17A 5JFPA 5DR0A 5P7VA 1K1UA 1CZIE 2B8LA 3IVHA 5P8SA 2G21A 3HAUA 5P64A 5P6AA 5P8BA 5P2WA 2JJJA 5P3OA 3LZVA 1KZKA 2G94A 4YE3A 1E82E 1SH9A 2NTRA 3NLSA 5P5TA 2G26A 2B7FA 5P8CA 5P4FA 5P3FA 2G24A 4LP9A 4CPXA 5KQFA 4R93A 3UHLA 4Y4WA 5ENKA 3CKRA 1SMRA 1MERA 4Y5BA 1HPXA 4BFBA 4D89A 5P1VA 1LYAB 4H3JA 2P3BA 5P5FA 4XXSA 1HXWA 2H6TA 2BJUA 5OYXA 4J1EA 5P5EA 5P5SA 2ZJLA 5P5OA 3VSWA 4JOOA 2AQUA 1AJXA 5P1MA 1D4KA 2BKTA 3UCBA 3S7MA 4Y3WA 5P3ZA 5P0AA 2VIJA 4Y51A 5P2KA 3KFNA 2AVVA 4Y3FA 4Z4XA 5P84A 3L5EA 4J1CA 4J0VA 3S43B 3FX5A 5F00A 5P61A 2J9JA 5P31A 2WEBA 5P1OA 3IXKA 5P12A 2Z4OA 3PLLA 4AZYA 3INEA 5OZ6A 4YCTA 4Y3ZA 4YD5A 4OBKA 5HCTA 4YD3A 2ZJJA 5P14A 5P53A 2QMDA 1A94A 5P66A 5T4SA 5HDZA 5EZZA 3PSYA 2A1EA 3KFRA 5JFUA 5AH9A 5P59A 5OZXA 1BWAA 1FG8C 5P7TA 3O9BA 3KFSA 5P7NA 5DQCA 5P6VA 1QDMA 2PSGA 4RVXA 4Y36A 4DQBA 4ZLSA 5P68A 3OHHA 3ZKQA 1FQ8A 5OZPA 4DJVA 1ZBGA 2ZHSA 5KR8A 1KJGA 2AVOA 2Q15A 1FQXA 5P1UA 5JG1A 1SIPA 1XDHA 1GVWA 2AOJA 2QZKA 4DJRA 1D4JA 4J1HA 1HTFA 3IN3A 2AIDA 3O9CA 2HS1A 2OHPA 1FGCC 3OXVA 5P3WA 5P5DA 2BPYA 1PPKE 2R43A 5P6WA 1MT7A 3GGAA 4R91A 4GMIA 5HDXA 1HVSA 3ZKSA 2G27A 4F73A 2NXDA 3EKWA 1QBRA 3UPJA 2R3TA 5P1NA 2R38A 3RSVA 3PBDA 1AVFA 3EKPA 3PLDA 3UQUA 3UQWA 3FIVA 4HDPA 3QVIA 2UY0A 1M43A 1FEJC 3GI4A 4R92A 3TTPA 3EBZA 4LL3A 3KMYA 1TW7A 3O9HA 2ASIA 2PYMA 3SAAA 1RQ9A 4FL8A 2AVQA 3OXWA 5I3WA 5KQXA 6FIVA 2AOCA 4I0EA 4APEA 4QJ7A 2G20A 4Y56A 5P7HA 5P4IA 4CPSA 5P0CA 5P5CA 5P0KA 3DK1A 4FGXA 5P8OA 3K4VC 1GVTA 1XS7D 3KA2A 1W5XA 1B11A 4Y45A 3GGVA 5P7EA 4Y35A 2WF4A 3L58A 2XYFA 1C70A 1CMSA 2I4XA 5P4NA 2MIPA 5P1ZA 1MUIA 5AHBA 1MRWA 3O9DA 5P2RA 2I4UA 5P4KA 3NR6A 1EPPE 4DJUA 5P76A 5BWYA 5P1EA 3KDDA 5SY3A 5P30A 5HTZA 5OZ0A 5DR8A 5P25A 3KFPA 5P6SA 5P81A 4YDFA 4Y3RA 4RLDA 5P1YA 2QAKA 3PSGA 2QI1A 4H1EA 2ER9E 2XFKA 2Q63A 3PMUA 3PWMA 3EL1A 2QCIA 2VNNA 4FIVA 3WB5A 2R9BA 3BHEA 4OBDA 5P7IA 4HDFA 1FMXA 5P24A 5P5YA 5P5QA 2O4NA 5P1WA 3LPJA 1BVGA 1BWBA 5P27A 5P3BA 1FQ7A 4D85A 3NUJA 1M0BA 1HIIA 1META 5P67A 5P2HA 1HPOA 2NPHA 3KMXA 5P4VA 1J71A 1PSOE 5P16A 1HBVA 5TOLA 4IVSA 5P85A 3ZL7A 3UDPA 4RCEA 3UDNA 3M9FA 5P34A 1UH7A 5P0JA 1MT9A 4L6BA 5BS4A 3D1ZA 2FDEA 4DI2A 3S7LA 4CPRA 5P5WA 1K6PA 3PEPA 1MTRA 1BAIA 4B0QA 3HD8A 5KOSA 1EBWA 4X2LA 2V11C 1YTJA 1D4LA 4Y4AA 3OADB 4GJAA 3VLAA 4CPTA 5P6IA 5P23A 3PGIA 5E5JA 5P3DA 5P7CA 4EXGA 1LYWB 2RKFA 3T7XA 2F3KA 3NYGA 2QI5A 1GVXA 2Q11A 4OBHA 4QJ2A 5P3RA 4Q1XA 5ISJA 1D4SA 2PH6A 5P6FA 5P05A 3LIQA 5P7BA 4YBIA 5IVSA 5P1XA 5P2ZA 4JP9A 2NMYA 4H3GA 3R0YA 3HDKA 5P5HA 3WB4A 3QN8A 5P17A 3VV7A 4LXAA 5UPJA 2QNQA 5P15A 1XE6A 5P2NA 5AH6A 5P8QA 3QVCA 1M4HA 1W5YA 1XN3A 3DV1A 1G6LA 5DQ1A 3LPKA 5P4HA 2BKSA 4TRZA 4E43A 1D4HA 1IVQA 2A4FA 3OOTA 3OUDA 5P10A 5IE1A 3I25A 4TRYA 4Y4TA 1BXOA 2FGVA 4FE6A 3OWNA 2Z54A 4YCKA 5P6XA 5OYVA 3BGCA 5P0QA 3NXEA 4OBGA 2P3BB 4ZSMA 2FNSA 5P42A 5SXNA 2QNNA 5OZ3A 3S56A 3OU1A 2R8NA 1EPOE 4QGIA 2G69A 3Q3TA 1NPWA 5COKA 5APRE 1E81E 3D91A 1DMPA 4RGHA 5P6HA 4BEKA 3D1YA 4AUCA 2QI4A 4Q1YA 5BRYA 4A4QA 4DQFA 4Y5AA 5P2OA 2J9JB 1MTBA 4J0ZA 4FRIA 2F81A 1G35A 1EBZA 1FMUA 5P6MA 3EL0A 5HU0A 3IAWA 5KQZA 5P46A 1ZAPA 4OBFA 4I0FA 4DJXA 2RKGA 1DPJA 3CKPA 5P3JA 2QU3A 1RV7A 2NR6A 5P79A 3GI6A 1FB7A 3QP0A 4FLGA 5ISKA 3CMSA 3R2FA 4Y39A 1YTHA 4YA8A 3JVYA 3UDRA 4Y53A 3INFA 3NWQA 4EP2A 3IXOA 1YTIA 4DPFA 3OHFA 4MC6A 2NXMA 5P56A 5P8EA 2HB3A 4KE1A 1TSUA 4BFDA 2ZHRA 1K2BA 1EBYA 3HZCA 3PI0A 4FRKA 5DR3A 2ER0E 1LEEA 3OUAA 5OZ4A 4L7GA 2ZJMA 5P5NA 1NPAA 4LHHA 4YBFA 5P51A 3OADA 4J0TA 2P4JA 5P3QA 1GVUA 2OHSA 4I0ZA 5P8GA 5P50A 3QBHA 1XN2A 4Y3TA 1A8GA 3ZPUA 3Q5HA 3S54A 5P1FA 2WF1A 4K8SA 5P0EA 1AZ5A 3LZUA 2AOIA 1C6XA 5OZEA 7HVPA 4MC2A 4CMSA 5P19A 1SGZA 1BDQA 5OZJA 3T7PA 3IGBA 5P5UA 4RYGA 1SDVA 5P70A 1IZDA 2WECA 3WZ7A 2PMAA 5OYYA 2P3AA 3VG1A 3C9XA 4GJ7A 4DQHA 3L5DA 5P03A 5P36A 3TOGA 4GJBA 5P8IA 5ENMA 3K4VA 3F9QA 5P4EA 2JYSA 5OYZA 2AVSA 5J25A 1YX9A 3SQFA 2WF0A 3L5FA 5JODA 5I3VA 4U8WA 1APUE 2QZLA 5OZIA 4OBZA 2F8GA 5P55A 5P48A 4Y3QA 3PM4A 5KAOA 1HPVA 3O9FA 1DW6C 4H3IA 4J54A 1QBUA 2IGXA 2FIVA 2VIZA 5ER1E 2EWYA 4F76A 5OYTA 3VEUA 4Y3PA 4Y4ZA 1YG9A 4I0JA 4YHQA 5KR2A 1BILA 1YTGA 5P33A 1MVPA 4Y4GA 4YOBA 4D88A 2QMGA 2QD7A 1F34A 1IZIA 1ER8E 2P3DA 2WF2A 3SABA 5P2EA 3NU5A 3HAWA 3ZMGA 3LNKA 3TH9A 2PWCA 3NDXA 5P7SA 2VIEA 1GNNA 1FKNA 1FQ6A 2VIYA 5P2SA 5P8FA 1HVKA 4ZE6A 5P0FA 2I4DA 4RRNA 3OK9A 4NJSA 3EKXA 4DPIA 4GJCA 5P5RA 3OAGA 3IA9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5M A;  3UDJ A;  3KM4 A;  5P3C A;  5P60 A;  5P3V A;  2I4V A;  4YD6 A;  4B00 A;  3EL5 A;  1C6Z A;  1PFZ A;  3L5C A;  1K6V A;  5P5G A;  5P7F A;  1EPQ E;  1EC0 A;  1T7J A;  3G72 A;  4PHV A;  4RRS A;  2J9K A;  1EPR E;  5P7J A;  2QMF A;  5OZQ A;  1B5F B;  5P7R A;  2WKZ A;  1ME6 A;  3DOX A;  2HIZ A;  4FAF A;  2SAM A;  1GKT A;  2XFI A;  2ZJK A;  3O9I A;  5P04 A;  4J1K A;  1PRO A;  4J1F A;  2QI7 A;  2AZ8 A;  5P4Z A;  5P2B A;  5P1B A;  5P2D A;  3PHV A;  1G0V A;  5P4P A;  4Y3A A;  1MES A;  5FIV A;  1BDR A;  4M8X A;  1BBS A;  5P2F A;  4R95 A;  3NU9 A;  4APR E;  3OY4 A;  5P2Q A;  4YCY A;  5P83 A;  5P4Q A;  3HBO A;  3EXO A;  5KQY A;  5HE7 A;  5AH8 A;  3UDK A;  4GZF A;  7UPJ A;  1HVC A;  5P8L A;  4J0Y A;  5P7P A;  1A8K A;  3URJ A;  5P4M A;  4Y3Y A;  4XX3 A;  5P4W A;  4B05 A;  5P1S A;  5HCO A;  5HD0 A;  6UPJ A;  2CEM A;  4NKK A;  2AZB A;  2FDP A;  5P0N A;  3I7E A;  3ZKG A;  3DCR A;  1W5W A;  5OZL A;  1A9M A;  5P3H A;  3KN0 A;  2V12 C;  3DJK A;  1HVJ A;  4EJK A;  1LYA A;  3FSM A;  5OYR A;  1AAQ A;  4Y3S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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