2QK5A

Structure of bace1 bound to sch626485
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
395
structure length
395
Chain Sequence
AAGRRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 395
sequence length 395
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qk5A02
1XL5A 4TRWA 3ZL7A 4MC9A 5P2TA 1FGCC 4H3FA 5P7WA 4JPCA 5OZ8A 4EJ8A 4DQGA 2P3CA 4L1AA 4GJCA 4H3GA 1KJFA 3Q3TA 1SBGA 4ACUA 2QNQA 5P6NA 5P3OA 1EBKC 2AVQA 4J0ZA 3VFAA 3TPRA 4Y5KA 1MTRA 1F7AA 1DP5A 1Q9PA 5OZFA 5COPA 5P3HA 1HVLA 3KFNA 1QBUA 1GNMA 2I1AA 2G27A 3OUBA 5T4SA 4Y3XA 5P3YA 5HCOA 1MSMA 3EKWA 2PH8A 4Y44A 3SACA 2VA6A 5C9FA 5P0AA 3ZKMA 5P55A 4D88A 4AUCA 2BKTA 5P7UA 3G6ZA 5P2AA 2P8HA 3TLHA 2WECA 4K4QA 1LF4A 5OZ3A 5J25A 3DM6A 4TRZA 2NNKA 1J71A 4FS4A 1HTRB 5OZBA 2O4KA 3TPPA 4APRE 2F80A 4WY1A 3GI6A 5P00A 4RCDA 5COOA 2NXLA 4GJ6A 4OC6B 2CEMA 5P3AA 4DQFA 1W5YA 4B05A 1BXQA 4DJWA 5P61A 3PGIA 2JJIA 3OQ7A 5HDZA 4K8SA 3OADA 2AQUA 3BXRA 2WEZA 5P78A 4Y4TA 2QD7A 5P5FA 3UFLA 3TTPA 2IGYA 4DQEA 4FRJA 4DQBA 1AVFA 1ZJ7A 2IENA 4EXHA 1GVVA 5OZUA 1C6XA 3NDXA 3UDKA 2R3WA 3GGUA 5P7TA 1B6PA 4J1FA 3KFSA 4LXMA 3G72A 5P2WA 5P7MA 5P0UA 3PJ6A 5DQ4A 2QAKA 1EC0A 5KOSA 1M4HA 1QBTA 3KA2A 1TQFA 3K1WA 3OU3A 3SA9A 5P22A 3S45A 5P4VA 5P1UA 4OD9A 4DPIA 4Y47A 5P5MA 3RSXA 3NU9A 1GVTA 2IDWA 2WF0A 3IXJA 2P4JA 4Y3QA 1NSOA 2I4UA 3OQAA 4RCEA 3ZKNA 4EPJA 1HHPA 2OF0A 1PSOE 8HVPA 7UPJA 2OHPA 5P83A 2SAMA 1HVCA 4TVGA 3FKTA 2H6TA 3QI1A 5P5TA 4OBGA 7HVPA 5P5PA 3ZPSA 5P7CA 3HAUA 5OZ7A 5P8SA 2FXEA 3SA5A 3SLZA 3PWMA 4KE0A 3DV1A 5DQ2A 1IDBA 2NXDA 1HPOA 3QVCA 1KZKA 4EJDA 5HTZA 2R38A 3UFNA 1IDAA 5P06A 3B7VA 2IKUA 4Y58A 2ZHTA 4Q1WA 1MSNA 5P6EA 2QP8A 4Y3LA 2VJ6A 5P0WA 3LZYA 5P80A 2I4DA 3FNUA 4DUSA 2ZJHA 4Y4WA 3NXEA 5P6GA 2FGUA 1MIQA 5P7NA 4AA9A 3ZKXA 3FNTA 3O9CA 4HDBA 5P34A 5OZ9A 2BBBA 5P1RA 4D85A 3IGBA 4R93A 3LPKA 5P6UA 1FQXA 5P2YA 1FB7A 6FIVA 2I0AA 3QIHA 5KR8A 1TZSA 2QZKA 2QI4A 1K1TA 2AVOA 5I3YA 2R43A 4EQJA 5P8OA 5OZGA 5P0LA 5P5YA 1LYWB 3NYGA 3FIVA 3GI5A 2I4WA 5OZKA 2AVVA 5HE5A 3LIZA 4I12A 2I4QA 1XL2A 4GJ9A 5COKA 3I6OA 4FSEA 4FL8A 4I0ZA 5OZIA 4EP3A 3NUJA 4XKXA 5BWYA 2AOHA 2ZJIA 2AOJA 1SP5A 2PSVA 1YTJA 1B11A 4H1EA 4J0PA 2AZCA 5P1EA 5P5HA 4Y5NA 3O9GA 1BVGA 1T6GA 1BIMA 3HDKA 3S56A 5P1KA 3VG1A 5EZXA 5P3LA 3KF0A 5P16A 1KJ4A 3VV7A 4Y56A 1DPJA 1M0BA 4RVIA 1HBVA 3PBZA 4F74A 1MESA 3UDRA 5OZDA 3URLA 1HVRA 2H6SA 3EKYA 3ER5E 1FMUA 1GVWA 4CKUA 5P2FA 4BEKA 1LYBA 1K6CA 4R5NA 2G1NA 5P5QA 4DJVA 3DUYA 1FG6C 2AIDA 4WY6A 5BS4A 3S7MA 2HS2A 1UPJA 1G0VA 5P0ZA 2XFJA 1U8GA 4I8WA 1YT9A 1YG9A 5IS4A 2VNNA 3QVIA 4CPRA 3RTMA 1D4SA 2Q64A 4J0VA 5P3KA 2ER6E 1BWAA 5P0EA 5P7RA 2HPEA 1VIJA 3WSJA 3SABA 2V16C 5P0XA 2R9BA 5P2UA 5P1VA 2BPWA 5P3XA 4B78A 5KQZA 3ZKGA 3UDQA 4KE1A 5P5KA 5P4DA 1SGZA 3UDYA 5HVPA 2VJ9A 3BUHA 2BKSA 1D4JA 5DQCA 1BAIA 5AH8A 4JOOA 1META 3EBZA 4OBFA 5P36A 3UCBA 2V13A 4LHHA 4U8WA 2V11C 2V10C 1HTFA 3DK1A 5P73A 3OU4A 3KDCA 1HPSA 5P0NA 2WEBA 4D83A 3OQFA 3OWNA 3UF3A 5ENKA 5CONA 4HA5A 4J5JA 3O9LB 4Z22A 3O9BA 3T11A 2QI6A 3CKRA 4YOAA 5P6IA 2G24A 3N4LA 4HE9A 3GGAA 3EMYA 4FRSA 1A8KA 1E81E 2QHYA 1G35A 4KB9A 5P31A 3T7QA 1EPNE 3OGQA 3T3CA 1W50A 5KR0A 5P1ZA 4Y38A 3VLAA 4Y5BA 2OHMA 5P20A 1TSUA 4TVHA 4Y5LA 5HE4A 5P1SA 2CENA 3UPJA 5OZMA 5P3NA 5P3DA 1ENTE 4LXKA 3RTNA 2ZDZA 2QI7A 3NUOA 5P1OA 3O9AA 5P8FA 2FGVA 1YM4A 4GIDA 1RL8A 2QMPA 5P82A 3OK9A 4M8XA 5P5OA 3OADB 4I8ZA 5P1HA 1W5XA 2WEDA 1APWE 1TSQA 5KQYA 5P0KA 1NPAA 1UH9A 5P75A 3UDHA 1APTE 4CPUA 3APPA 2ZJKA 4OBZB 4ZPEA 2P3DA 4RYCA 2P3BA 4H3JA 4HDFA 3IVIA 4K4RA 3U71A 3LZUA 3URIA 2G1RA 4ZPGA 4J1CA 1MPPA 4CPQA 5P5LA 3BRAA 3KT5A 3L5DA 3K4VA 4Y43A 5E5KA 1XN2A 3PI0A 3RVIA 5P0TA 4XXSA 4LL3A 3KFRA 4J0YA 4LP9A 5IVSA 5JFUA 3CKPA 2HPFA 5P6PA 3PSGA 5P1IA 5OYZA 2QD6A 3OOTA 5P18A 5P2CA 1FQ8A 1ZLFA 3QP0A 4ER4E 1HXBA 5P1DA 5IVQA 1SDUA 3GGVA 1MRXA 5APRE 2RKFA 4RRNA 3L5BA 5AH6A 3LPJA 3UDPA 4QJAA 1BXOA 2OAHA 9HVPA 5P5WA 1W6HA 1ZAPA 3D3TA 2ZJLA 5P6WA 2Q54A 4Z2ZA 3LIYA 3QRVA 1DMPA 3PSUA 3PI5A 1PPME 2IS0A 4R91A 2QU2A 4OBKA 2PSUA 5HD0A 1QBSA 5P5BA 1FEJC 2PYMA 2PC0A 3VSXA 4B00A 2FDEA 5P59A 3A2OA 3IXOA 3OUAA 4FM8A 3ZKSA 5P74A 5P1GA 4Y3YA 4Y35A 2IRZA 4NJSA 1Z1RA 5P7ZA 4FAFA 5P0PA 2MIPA 3IAWA 1B6JA 3SA6A 1IZHA 1G6LA 4Q1NA 5P66A 2BQVA 1BDLA 1KJHA 4Y3HA 4Y5CA 4LXAA 2QCIA 5P35A 5P87A 5P0IA 3D20A 3Q4BA 4CP7A 1FFIC 3OXWA 1EPLE 5P1QA 4Y4EA 1QS8A 4Y3FA 4DV9A 3PRSA 5OZYA 4RLDA 4EWOA 2IKOA 3L58A 5P4AA 4YOBA 3NU6A 1BV9A 2FNTA 5BRYA 1EPPE 3KT2A 4NJVA 1MT7A 2Q11A 3I8WA 3NWXA 3SKGA 1EC3A 5P5JA 3EL4A 2Q15A 1B6LA 5P6KA 1ZSRA 5OZOA 1UH7A 3L5CA 1HVHA 2ANLA 2OHRA 2G20A 5P67A 3NU4A 1GNNA 1BWBA 1NH0A 1ZSFA 3DOXA 2PWCA 3SPKA 2FNSA 5P63A 5P2BA 2JE4A 5P1WA 3HVGA 3BGCA 5P8KA 4ZSPA 5SY2A 2JJJA 3LINA 3S43A 4PYVA 4AZYA 2QU3A 1BDRA 3MXEA 3OTSA 2BPVA 1DW6C 2PQZA 5P04A 5P57A 2WHHA 1ODXA 2F3FA 3PWRA 3QROA 1FG8C 3HBOA 3IN4A 4FCOA 1LYBB 1GVUA 3SM2A 5KR2A 4OBHA 5P10A 5P58A 5P6YA 3VV8A 1MVPA 3MXDA 4YA8A 1FKNA 5IE1A 5JFPA 5P4JA 2CEJA 5P8QA 4D8CA 2APRA 1CPIA 2OHUA 1A94A 2JXRA 5SY3A 4Y3JA 2QZWA 3PMUA 3OHHA 2QD8A 2AOIA 1IZIA 5P77A 5P8VA 4HEGA 4I0DA 5P7GA 3QS1A 3I2LA 1E5OE 1MRWA 1XDHA 4DJXA 3UQXA 2VIYA 5PEPA 4PZWA 1LF2A 5OZ5A 5P4WA 1KJGA 3S2OA 5P1FA 3SKFA 5P7PA 4FE6A 1EBZA 5P2HA 5P6CA 2ER9E 5P4EA 1FMBA 5P2QA 5P7AA 2B8LA 5I70A 5P4IA 2J9JA 3Q5HA 3K4VC 5P0YA 5P4HA 3OQKA 3U6AA 2I4VA 4DJYA 5P28A 4ER2E 1EBWA 4I0HA 3O9DA 3LPIA 5I3XA 5P86A 3OXXA 5P53A 5P70A 3CMSA 1HTGA 2ZHRA 4I11A 5P2DA 2ZYEA 5F01A 3CICA 5P51A 5P38A 3FSMA 4Y6MA 3PWWA 4ZSRA 4FM7A 4Y5MA 5P6QA 1FF0C 5HDUA 4FLGA 4PEPA 1F34A 3I7EA 3H0BA 4R95A 4I0FA 4ACXA 5P4MA 5OZ2A 3CYXA 5DGUA 4U7QA 3TOHA 3OUDB 5P4TA 5P2GA 5P25A 1PSNA 3PEPA 5AHAA 5P76A 3NU5A 5P8AA 3MSJA 5P4QA 4BELA 1Z1HA 1HPVA 2AODA 1XE6A 4FM6A 1EPOE 5AHBA 2WKZA 3PBDA 1HEFE 3CIDA 3WB5A 5P0FA 5I3WA 5P8HA 1HTEA 3L5EA 2BJUA 4ZLSA 2P3BB 5P2KA 5C9BA 6UPJA 1AZ5A 2HB2A 5OZZA 5P45A 4Y3DA 3PMYA 3O9HA 4A4QA 4GB2A 5SXNA 1WBKA 5DR0A 4DPFA 3QBFA 3VFBA 2Q55A 2Q63A 3LIXA 1T7KA 1W6IA 5P0CA 1HPXA 4YE3A 5DR1A 5ER1E 3LZSA 2A1EA 5P07A 2Z54A 3UQUA 5P30A 3R0WA 4H3IA 5P8UA 3NXNA 4I0JA 5DGWA 2B42A 2G1SA 3G70A 5P7JA 4B72A 3URJA 1K6TA 2AOEA 2F3EA 4RVXA 1APVE 1WBMA 1DIFA 1SIPA 4Y3NA 5P69A 4EYRA 4Y4ZA 4I0EA 5P7HA 5P5CA 5P37A 5P8RA 4F73A 4B1DA 3DCRA 4APEA 2XYFA 2J9KA 1YTGA 1EC1A 2QNPA 2HB4A 2ZE1A 1PSAA 2RENA 4J1KA 2QI0A 3BC4A 5P3WA 1ER8E 2G1OA 3SQFA 1GKTA 1C6YA 1SIVA 2R3TA 5ISKA 1BVEA 1HSGA 5P27A 2UPJA 1FQ6A 3HZCA 4Y48A 1T3RA 2NTRA 4XX4A 5KOQA 3VF7A 4J1HA 5P3CA 5P5NA 5P13A 4Z4XA 3IN3A 5OYWA 3K5GA 1MEUA 2IGXA 5P5DA 4LBTA 4AA8A 5P4FA 5P85A 5OZAA 1MUIA 5P7IA 5P24A 6APRE 4CPXA 2PYNA 3I25A 3INDA 5P1TA 5P68A 5P5UA 5P54A 1K2CA 5P0RA 4I1CA 3QRSA 5P39A 5P23A 5P6DA 1HOSA 5AH7A 4L1AB 1AJXA 4M8YA 3K5DA 3GW5A 3UDMA 1QDMA 4FRIA 5P1LA 2VNMA 2ZHVA 4YCTA 2F8GA 4RROA 4J17A 5HDVA 5OYSA 4QJ8A 5OYQA 3EM6A 4I0IA 3ECGA 5P0QA 1HXWA 5OZSA 5P8EA 4EQ0A 5P81A 4Y4DA 3F9QA 3LZVA 2OHQA 5P15A 4Y53A 4EJLA 4YDFA 3PM4A 4QJ7A 4DJQA 5P84A 2XYEA 2IL2A 1OHRA 3FX5A 3IXKA 3SAAA 2QMFA 3GGXA 2QZXA 2AZ8A 5P3RA 5P3VA 4HZTA 5OZTA 4EXGA 1HRNA 2QI1A 5P0OA 2PMAA 3OU1A 4YD6A 4ZEAA 3ZKQA 4ZIPA 4NJTA 5P65A 4DJPA 5P40A 5P3SA 1Z8CA 4I10A 3RTHA 3HVPA 4J54A 5DQ5A 3N3IA 2Q5KA 2I4XA 5AH9A 4J1EA 5P6JA 1OEXA 4AMTA 3LNKA 1SDVA 4GJ7A 1EBYA 4QJ6A 4Y9WA 2VJ7A 3VCMA 5P6FA 4Y45A 1SMRA 2R8NA 2OHLA 5JG1A 1C70A 3PLDA 4FRKA 5P8CA 3PB5A 3L38A 1SDTA 3UQWA 2WL0A 1K2BA 5P1JA 5P29A 5OZ4A 1D4LA 5P4NA 1LS5A 4QGIA 1BILA 4ZPFA 2B7ZA 4JPEA 5P6BA 5P8JA 4Y4GA 4CMSA 3D1ZA 5EZZA 5OYRA 3H5BA 2O4LA 3QRMA 2G69A 4HVPA 5P62A 5P08A 5P6OA 2AOCA 4DJUA 1IZDA 2V00A 3GI0A 3OOZA 2ZJMA 2F81A 4JP9A 2HAHA 4OD9B 5OZCA 5P48A 4CPTA 2F3KA 2J9JB 2R5PA 1CMSA 1HVJA 3TPJA 3R0YA 1FQ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XL5 A;  4TRW A;  3ZL7 A;  4MC9 A;  5P2T A;  1FGC C;  4H3F A;  5P7W A;  4JPC A;  5OZ8 A;  4EJ8 A;  4DQG A;  2P3C A;  4L1A A;  4GJC A;  4H3G A;  1KJF A;  3Q3T A;  1SBG A;  4ACU A;  2QNQ A;  5P6N A;  5P3O A;  1EBK C;  2AVQ A;  4J0Z A;  3VFA A;  3TPR A;  4Y5K A;  1MTR A;  1F7A A;  1DP5 A;  1Q9P A;  5OZF A;  5COP A;  5P3H A;  1HVL A;  3KFN A;  1QBU A;  1GNM A;  2I1A A;  2G27 A;  3OUB A;  5T4S A;  4Y3X A;  5P3Y A;  5HCO A;  1MSM A;  3EKW A;  2PH8 A;  4Y44 A;  3SAC A;  2VA6 A;  5C9F A;  5P0A A;  3ZKM A;  5P55 A;  4D88 A;  4AUC A;  2BKT A;  5P7U A;  3G6Z A;  5P2A A;  2P8H A;  3TLH A;  2WEC A;  4K4Q A;  1LF4 A;  5OZ3 A;  5J25 A;  3DM6 A;  4TRZ A;  2NNK A;  1J71 A;  4FS4 A;  1HTR B;  5OZB A;  2O4K A;  3TPP A;  4APR E;  2F80 A;  4WY1 A;  3GI6 A;  5P00 A;  4RCD A;  5COO A;  2NXL A;  4GJ6 A;  4OC6 B;  2CEM A;  5P3A A;  4DQF A;  1W5Y A;  4B05 A;  1BXQ A;  4DJW A;  5P61 A;  3PGI A;  2JJI A;  3OQ7 A;  5HDZ A;  4K8S A;  3OAD A;  2AQU A;  3BXR A;  2WEZ A;  5P78 A;  4Y4T A;  2QD7 A;  5P5F A;  3UFL A;  3TTP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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