2QMDA

Structure of bace bound to sch722924
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmdA02
5P1OA 4Y48A 4LHHA 2G1OA 4Y36A 4QJ7A 4OBZB 3NDUA 3D1ZA 5P0XA 3N3IA 5P2LA 5P5ZA 1FQXA 1BDLA 2R5QA 3DCKA 1APUE 5P05A 5P1NA 1LYBA 3ST5A 4D89A 4OBDA 3VCMA 3APRE 1DMPA 1K6CA 3UFNA 3FSMA 2IDWA 1IBQA 4NJVA 4E43A 3T7XA 1GVWA 4Y53A 5P6TA 2HB3A 4F73A 5P83A 2HAHA 4EWOA 5P0NA 5P26A 2G1RA 5P42A 2QK5A 1EPPE 3TOGA 4EXGA 5P2KA 5P4OA 1SP5A 3DM6A 3UCBA 3NWXA 4CPXA 2QCIA 2ZJNA 3LNKA 2IKOA 5P25A 1HVJA 4YE3A 1HPVA 3LZVA 1HWRA 4DJPA 1EPOE 3ZKSA 4YCTA 4Y3HA 2RKGA 2AOEA 4EQJA 1HVCA 5P85A 2QMFA 3CKPA 5P52A 5P5MA 1J71A 3I6OA 5P5GA 2WF3A 3QI1A 4Y50A 5P6SA 5P8OA 4DH6A 2QNNA 3UQRA 2QAKA 4NJUA 5ER1E 1EEDP 2WEZA 5P86A 4FGXA 1B6KA 5P1DA 5OZWA 3VF3A 5HU1A 4R8YA 4DJWA 3KFSA 1PPKE 4KE1A 5DQ2A 5P44A 1FFFC 3ZMGA 5OZVA 5OZLA 1BILA 1T7JA 5AHCA 5P6YA 5OZMA 3O9EA 4ZPFA 5P3PA 2FS4A 4YBIA 2ZHRA 4EPJA 4GYEA 5P6LA 5P6OA 2HS2A 1LYWA 4Y37A 5KQYA 2G24A 1MT8A 3NU9A 5P1FA 4I0DA 2NNKA 5P75A 4WY1A 3PLLA 5ISKA 3ZL7A 3K5CA 2IGXA 4J5JA 4Q1WA 5P00A 4ZSRA 3L3AA 3O9BA 4B05A 2OHPA 2Q55A 4A6BA 2RKFA 2VNNA 3PSYA 3RSXA 4Y3EA 2PH6A 5P1IA 5P61A 5P73A 2FLEA 1YX9A 1BWAA 3EKQA 1N49A 3QRMA 3CMSA 5P3HA 2ZDZA 4ACUA 5JODA 3OAGA 1BXQA 1APVE 1K2BA 4NJSA 5P5UA 3Q6YA 5P2EA 1EBKC 4PZWA 4FRIA 3RTNA 2G27A 1EAGA 4DJOA 3INFA 4ZEAA 5P29A 5P18A 5P5IA 2HPFA 5P01A 3NSHA 1HVSA 5P84A 1IZDA 5P1BA 3IA9A 5P1ZA 3K1WA 3NUJA 4Q1YA 4FAEA 4XXSA 5P2IA 2EWYA 3FNUA 1BVGA 5ENKA 5JG1A 4Y3RA 4FM6A 5P2DA 1UH8A 5P63A 1SDUA 5P2XA 2F81A 2BPYA 4R5NA 5IS4A 1PSNA 3OUDB 5P0OA 4Y3JA 5OZNA 4J1KA 3SA6A 4QJAA 1G35A 3H5BA 5AHAA 5ER2E 5P7MA 3DV5A 4Y47A 3VSXA 5P6DA 4K4QA 2PYMA 5P4UA 1G2KA 2IL2A 5BWYA 5AH8A 5P1MA 5OZ2A 5P58A 5I3VA 4GJ8A 3OU1B 3S53A 1ZP8A 1MIQA 5P1HA 2ZJJA 3IGBA 5P8JA 3WB4A 2G1SA 3HDKA 5OZ8A 4APEA 5P78A 5OZFA 1RQ9A 1G0VA 3BGBA 5DR4A 5P7UA 1EC2A 5P3DA 5IVTA 1PROA 4EJKA 1ENTE 3ER3E 1RPIA 5JFPA 2QI0A 5SY3A 3KF0A 4FSLA 3OTYA 1B6PA 3D91A 1FF0C 5P3WA 4I10A 4NJTA 4RGHA 5P0CA 5E5JA 3SA8A 2FXEA 2R3TA 5P53A 5P7YA 2NXLA 5P70A 4OBHA 5KR8A 5P80A 3PSUA 4BEKA 4CPRA 3ZPSA 1XDHA 4FRJA 3BVAA 3R0YA 1W5VA 4R95A 2HPEA 2PSVA 5OYUA 4OBGA 5OYXA 4S1GA 1Z1HA 3OHFA 2Q5KA 3OQDA 5P10A 2B8VA 1FMXA 1HIIA 5EZZA 2HS1A 5P0DA 1KJ7A 5EZXA 5OYRA 1WBMA 3NLSA 3O9AA 4Y35A 5P2SA 5P64A 5ISJA 2B7FA 3VV6A 3OGQA 5P7QA 3BHEA 4DFGA 5P7FA 3EC0A 3JVYA 1ZTZA 2AZCA 1HSIA 3HVPA 4FSEA 3UQPA 4IVTA 4YD4A 5OZ6A 1W50A 2V13A 2CENA 5P1XA 3IAWA 3VEUA 4COEA 1EPME 4D83A 1GKTA 4LXAA 3EBZA 4KB9A 4BFDA 4EXHA 5P69A 5P1JA 3O9CA 4LP9A 2PMAA 4Y5AA 3Q5HA 3VYDA 1KJHA 1MVPA 2ZJMA 4MC2A 5KR0A 5P41A 4Y58A 1FEJC 2P3BA 1Z8CA 5P5JA 4FRKA 4Y5CA 3OY4A 1HIVA 5P11A 3MSKA 2R9BA 5P20A 4TRYA 1T7IA 5HDUA 2F80A 5P3AA 5AH9A 2QI5A 1C70A 1MTRA 4J0VA 5P0BA 3TPRA 5P5QA 3UDKA 5P3XA 4DJXA 4ER1E 4DPIA 4H3GA 2QI1A 2QMDA 5OZDA 2PWRA 3TLHA 1FGCC 1TW7A 4HE9A 2OHQA 3SA4A 2F3FA 2NXMA 3UDMA 1DP5A 5P74A 3GGXA 3KN0A 2ZHVA 3VF5A 5P4NA 5P3FA 3BGCA 5P55A 6UPJA 4DJUA 2CEMA 4FM7A 4J17A 3QP0A 2AVVA 3KMXA 4B1EA 3ZKXA 5HE5A 1K6TA 4HDPA 1MUIA 5P7PA 1M43A 4OBFA 2AVQA 1HXWA 2J9JA 3OXWA 1HSGA 2G69A 1FB7A 2A4FA 2V00A 3WZ8A 2IKUA 3IVHA 3I8WA 5P37A 2OHSA 3N4LA 5OZ1A 4KE0A 3UQWA 1XN2A 3GI6A 4DQEA 2G20A 4OBZA 2QZWA 3TPJA 4MC6A 2OHLA 4DJRA 2IRZA 1HHPA 5P1VA 5P7XA 1W5WA 1MTBA 1YTJA 5F01A 4Z4XA 3T11A 1AVFA 6FIVA 1B11A 5P5YA 5P5HA 2P3BB 5P2TA 3D3TA 4RVJA 5P8HA 3SAAA 4FCOA 5P8EA 5OZ5A 4RCDA 4L1AB 2QNPA 4H1EA 1HXBA 2QP8A 5P4HA 2QNQA 4J1FA 3TNEA 2ZE1A 3LIYA 5P6UA 3KFNA 5DGWA 5OZRA 4Y3WA 3FNTA 4Y3XA 4Y5EA 1YTGA 3S54A 2AOIA 5COPA 5P24A 5P6VA 5P3LA 3UDJA 2I4QA 3D1YA 4I0IA 2WECA 5P8DA 1CPIA 2FXDA 3LPKA 1IDBA 4Y5MA 5OYWA 5P4BA 4GB2A 2I0AA 3OOZA 4EP3A 3Q3TA 1XE5A 3K5GA 3KA2A 5P1QA 5HDZA 4Y41A 5P27A 1ODYA 1D4JA 5P30A 3S8IA 3OXCA 4GJ5A 5P8CA 5P7EA 2AZBA 2WHHA 2J9JB 5P7ZA 5P1RA 3INDA 5P1UA 3SQFA 2AVMA 4FS4A 5P17A 1YT9A 2AOGA 5P28A 3S85A 1TZSA 1FKNA 1MEUA 1NPVA 3PBZA 4GJBA 4DQGA 2MIPA 1AJVA 3GI0A 5KQXA 4IVSA 2ZHUA 4CPSA 2ZJKA 2OHTA 1LZQA 4RRNA 1SIPA 2ER0E 2NXDA 3LIXA 1TSUA 3Q4BA 3ZKGA 5P7NA 1F7AA 3C9XA 5P5KA 1KJFA 1MT7A 1C6XA 3QBHA 3UDNA 3EL1A 2VNMA 4M8YA 4M8XA 3UDRA 5P3MA 2WF2A 5P3OA 3OXVA 2QI3A 3R0WA 2AIDA 2Z4OA 5P6CA 1TQFA 3NXNA 3NR6A 3URLA 5HTZA 3F9QA 5P66A 4Y39A 2OHNA 4EYRA 2P3DA 2Q3KA 4Y3MA 4TRWA 5PEPA 3TOHA 5P2YA 2OHRA 3M9FA 2WL0A 1GVTA 1DIFA 4DPFA 4Y5KA 4Y4TA 1AXAA 1ZSFA 1PSAA 2Q15A 5P4SA 5P89A 5P2UA 4J0PA 4K9HA 3L38A 3SACA 4AA9A 1YM2A 1SDTA 4CP7A 4ER2E 5AHBA 4D85A 2WJOA 1W51A 5DR0A 1MPPA 4OD9A 2BB9A 1GNNA 4DQCA 3WB5A 4Y3AA 3IXKA 3PJ6A 5P4TA 1XN3A 3LZSA 3JVWA 1LF2A 5AH7A 3FKTA 2R8NA 7HVPA 2UY0A 3ZKQA 1OHRA 2AVSA 3OUDA 2O40A 1JLDA 1MSNA 5P22A 4RYGA 4Y4UA 3MSLA 5P46A 1U8GA 3K4VC 1FQ7A 5P65A 6APRE 3KFRA 3ER5E 4ZPGA 5P0TA 4H3FA 5P8KA 3HLOA 5P04A 5DR7A 5OYTA 3SLZA 1HTEA 3RU1A 5HE4A 3VYFA 1T7KA 4H3IA 4X7IA 3OU1A 4ER4E 2QI4A 5P3QA 4MC9A 4GJ9A 3UHLA 1Q9PA 3PWWA 5P23A 1HPSA 4QJ2A 1KJGA 1ME6A 4EP2A 5P45A 5OZHA 3U7SA 5C9DA 2V10C 1MRWA 3SA9A 1D4YA 5HVPA 3EL9A 5DQ4A 1APTE 3QRVA 3HVGA 1HTFA 5SXNA 4OC6B 1EPLE 5P3RA 2P4JA 3PGIA 3PEPA 5P4WA 5DPZA 3HD8A 1EBZA 3INHA 1RV7A 5P50A 3DK1A 5IVQA 1B6LA 4DJVA 5P4MA 1A8KA 3BXRA 4PEPA 1UPJA 1Z1RA 3VLAA 4HEGA 5P4IA 2XFIA 3OOTA 5HDXA 4OD9B 4DUSA 4YBFA 2AOHA 3DV1A 4YD3A 1NSOA 2HIZA 5P07A 5P7TA 5P8VA 2BKTA 5FIVA 3ZOVA 2QU2A 3PMYA 3UDHA 4Y3DA 3K5FA 1BXOA 3KM4A 5HDVA 2UXZA 5OZYA 5IVRA 3NYGA 3INEA 4AMTA 3OADA 5P32A 3T7PA 4B0QA 5P2FA 3HBOA 5KR1A 2OHKA 3EM4A 5DR8A 3OUBA 1K6PA 2FMBA 5P6AA 2ASIA 3BRAA 5J25A 4Y4WA 4YDFA 5P39A 3GI4A 2HB2A 3LIVA 5P6EA 4YOAA 1A94A 3OQ7A 5UPJA 2IENA 5P62A 2IQGA 4MC1A 1HPXA 4YCYA 3SO9A 4B00A 2ZJIA 2AZ9A 5P2RA 3UQUA 5P57A 3GGUA 3LZUA 3LIZA 3ZKNA 2QHZA 3R2FA 4Y4DA 3URJA 2PK6A 3O9FA 5P5SA 1FQ5A 2NR6A 2VJ9A 3OU4B 4WY6A 3CKTA 3KYRA 4B1CA 2ER6E 1K6VA 2SAMA 4JECA 1E80E 4TRZA 5P6XA 2H6TA 1W6IA 4Y3SA 1SBGA 3SABA 4FRSA 1BBSA 5P2JA 5P88A 4YDGA 5P6RA 3L58A 5P7JA 4CPTA 1ZPAA 4GIDA 2CEJA 5P6IA 4Y4AA 5ENMA 5OZXA 2FDDA 5P79A 1SIVA 4H3JA 1WBKA 3VSWA 5P4CA 3DCRA 4B72A 4CMSA 2A1EA 3BC4A 2ZJHA 3LIQA 3SKGA 5P6PA 1QBUA 3O9LB 4Y4EA 2BPZA 4LXMA 5P4KA 4I0ZA 5OZKA 4ZPEA 4F75A 5OZ4A 1HVLA 5KQFA 4L7GA 1KJ4A 3OADB 5P3CA 4DQHA 3GI5A 5P0SA 5P1AA 4J55A 5P6JA 5C9FA 1BV7A 4Y3FA 1QBRA 3R4BA 1XL2A 3GW5A 3IN3A 5P0PA 2WEBA 2B42A 5I3WA 5P3VA 3EL0A 5HD0A 3BUHA 5P34A 2AOJA 2O4SA 5P3BA 3CYXA 5OZIA 5P8LA 3D20A 1SMRA 5OZZA 3QAAA 4GMIA 3NWQA 4LAPA 5OZBA 1AM5A 4Y54A 3U71A 5P13A 5P2BA 2I4DA 2F3KA 5OZ7A 1NPAA 4QJ9A 5BS4A 5AGZA 4I1CA 4L1AA 3OK9A 3MXEA 4JPCA 5P8MA 2G94A 2PK5A 5P2MA 2AZ8A 4Y3ZA 4Y5NA 1HEGE 5P2WA 1TSQA 5P3ZA 2ZYEA 4KUPA 4K4PA 2FDEA 3A2OA 1MT9A 3PLDA 1QRPE 2VIZA 3GGAA 5AH6A 4Q1NA 2RMPA 4Y3YA 5P2CA 1FQ4A 3AIDA 3VFAA 4ZSPA 5P4PA 2BPVA 3EKPA 1LYAB 1HSHA 3SM2A 2ANLA 3OXXA 3PBDA 3BUGA 1YTIA 1W5XA 1WKRA 5P5DA 2NPHA 5P19A 2G22A 5KOSA 3FV3A 1EC1A 2G26A 1OEXA 4Y4ZA 5P3JA 5P3YA 3U6AA 1FMUA 1GVXA 5P51A 5OZGA 2OAHA 3LITA 5P3IA 5P1CA 2FNSA 5COOA 2I4WA 5P81A 4L7HA 3KMYA 4J1IA 3IVIA 3FNSA 2WF0A 2ZHTA 3OQKA 5OZCA 4CKUA 1OD1A 2NNPA 2FGUA 5P2GA 4Q1XA 4DQFA 3MSJA 2QZXA 2Z54A 3BXSA 3QVIA 4Z22A 4LXKA 1LF4A 4Y3TA 5P6GA 2AVOA 3B7VA 2QI7A 3R1GB 3S7MA 5DGUA 1EPNE 5P4FA 3EKVA 2XFKA 4ACXA 3KDDA 2FDPA 1IZEA 5P8FA 3HAUA 5P8IA 2PYNA 4PYVA 4DV9A 4YA8A 3VUCA 3L5BA 3ZPUA 5P6HA 3SKFA 1AAQA 4I0HA 4ZIPA 1SMEA 1EBYA 5P54A 1LS5A 5P02A 5P0LA 2P3AA 1BVEA 2OHMA 5P4EA 5P49A 5P76A 4Y43A 1EC0A 2IGYA 1D4KA 3EM3A 4EJ8A 3B80A 3L5CA 2UPJA 1W5YA 5OYQA 5P1LA 3SM1A 5P67A 5I3YA 1EBWA 2AQUA 3I7EA 4N00A 5P5EA 4B78A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1O A;  4Y48 A;  4LHH A;  2G1O A;  4Y36 A;  4QJ7 A;  4OBZ B;  3NDU A;  3D1Z A;  5P0X A;  3N3I A;  5P2L A;  5P5Z A;  1FQX A;  1BDL A;  2R5Q A;  3DCK A;  1APU E;  5P05 A;  5P1N A;  1LYB A;  3ST5 A;  4D89 A;  4OBD A;  3VCM A;  3APR E;  1DMP A;  1K6C A;  3UFN A;  3FSM A;  2IDW A;  1IBQ A;  4NJV A;  4E43 A;  3T7X A;  1GVW A;  4Y53 A;  5P6T A;  2HB3 A;  4F73 A;  5P83 A;  2HAH A;  4EWO A;  5P0N A;  5P26 A;  2G1R A;  5P42 A;  2QK5 A;  1EPP E;  3TOG A;  4EXG A;  5P2K A;  5P4O A;  1SP5 A;  3DM6 A;  3UCB A;  3NWX A;  4CPX A;  2QCI A;  2ZJN A;  3LNK A;  2IKO A;  5P25 A;  1HVJ A;  4YE3 A;  1HPV A;  3LZV A;  1HWR A;  4DJP A;  1EPO E;  3ZKS A;  4YCT A;  4Y3H A;  2RKG A;  2AOE A;  4EQJ A;  1HVC A;  5P85 A;  2QMF A;  3CKP A;  5P52 A;  5P5M A;  1J71 A;  3I6O A;  5P5G A;  2WF3 A;  3QI1 A;  4Y50 A;  5P6S A;  5P8O A;  4DH6 A;  2QNN A;  3UQR A;  2QAK A;  4NJU A;  5ER1 E;  1EED P;  2WEZ A;  5P86 A;  4FGX A;  1B6K A;  5P1D A;  5OZW A;  3VF3 A;  5HU1 A;  4R8Y A;  4DJW A;  3KFS A;  1PPK E;  4KE1 A;  5DQ2 A;  5P44 A;  1FFF C;  3ZMG A;  5OZV A;  5OZL A;  1BIL A;  1T7J A;  5AHC A;  5P6Y A;  5OZM A;  3O9E A;  4ZPF A;  5P3P A;  2FS4 A;  4YBI A;  2ZHR A;  4EPJ A;  4GYE A;  5P6L A;  5P6O A;  2HS2 A;  1LYW A;  4Y37 A;  5KQY A;  2G24 A;  1MT8 A;  3NU9 A;  5P1F A;  4I0D A;  2NNK A;  5P75 A;  4WY1 A;  3PLL A;  5ISK A;  3ZL7 A;  3K5C A;  2IGX A;  4J5J A;  4Q1W A;  5P00 A;  4ZSR A;  3L3A A;  3O9B A;  4B05 A;  2OHP A;  2Q55 A;  4A6B A;  2RKF A;  2VNN A;  3PSY A;  3RSX A;  4Y3E A;  2PH6 A;  5P1I A;  5P61 A;  5P73 A;  2FLE A;  1YX9 A;  1BWA A;  3EKQ A;  1N49 A;  3QRM A;  3CMS A;  5P3H A;  2ZDZ A;  4ACU A;  5JOD A;  3OAG A;  1BXQ A;  1APV E;  1K2B A;  4NJS A;  5P5U A;  3Q6Y A;  5P2E A;  1EBK C;  4PZW A;  4FRI A;  3RTN A;  2G27 A;  1EAG A;  4DJO A;  3INF A;  4ZEA A;  5P29 A;  5P18 A;  5P5I A;  2HPF A;  5P01 A;  3NSH A;  1HVS A;  5P84 A;  1IZD A;  5P1B A;  3IA9 A;  5P1Z A;  3K1W A;  3NUJ A;  4Q1Y A;  4FAE A;  4XXS A;  5P2I A;  2EWY A;  3FNU A;  1BVG A;  5ENK A;  5JG1 A;  4Y3R A;  4FM6 A;  5P2D A;  1UH8 A;  5P63 A;  1SDU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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