2QMDA

Structure of bace bound to sch722924
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmdA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmdA02
4KUPA 3LITA 1FQXA 4WY6A 3Q6YA 4ZEAA 2QK5A 2Q55A 1FMXA 2QHYA 3GI0A 4Y47A 4J55A 3LPJA 1LYBB 5P1IA 3VV7A 2BKSA 1HOSA 5P00A 5P1OA 5P1PA 3L5DA 2G26A 1IZDA 5P11A 5JODA 2IENA 4DJWA 3I25A 4DI2A 2O4KA 3DCRA 1YM4A 5P88A 5P1LA 5P0CA 2RSPA 3OQKA 5JG1A 5P8HA 5P3FA 2Q11A 4Y3QA 2PK5A 3EM4A 3LZYA 4Y3XA 3K5GA 5OZ8A 5P0UA 4OC6A 5AHBA 3PBZA 4YDGA 5I3VA 4RYGA 4WTUA 4IVTA 1LYBA 5P3SA 2VJ7A 5P54A 3GGVA 3CMSA 5P81A 3HVGA 2G1SA 3C9XA 5P2BA 3WZ7A 3ZMGA 5P38A 5P55A 5P39A 3NU5A 1HTGA 4DPIA 3KFNA 3O9GA 1YTJA 5F01A 4OBGA 4YCTA 4JPCA 1A9MA 4XX3A 3I7EA 4FL8A 3HVPA 4YD5A 5P64A 5P03A 4Z22A 3ZKNA 2JE4A 1QBUA 1HVIA 3H0BA 3KM4A 3TPRA 2IL2A 2WKZA 1YX9A 1MRXA 5P2OA 4L7HA 2ER0E 3IXOA 1BDRA 2I4WA 5IS4A 4RGHA 4OBJA 3AIDA 4RVJA 5P02A 1W51A 4Y5AA 3WB4A 2V0ZC 3NWXA 5HDUA 5P4YA 5BRYA 4KE1A 5P28A 5P0XA 1FEJC 4L7JA 5COOA 1FB7A 3DOXA 1IDAA 4Y56A 3K1WA 1PSOE 4Y5MA 3NXEA 4COEA 3EXOA 5P30A 5OZIA 4EQ0A 4OD9A 1FQ4A 1KJHA 2PC0A 3VFBA 4L1AA 5IVRA 1GVUA 5P62A 1RL8A 2QU2A 3FNSA 2AOHA 5HDVA 1XE6A 1LZQA 2O4LA 3Q5HA 4Y53A 4LXAA 5P6AA 2RKGA 5OZ1A 5HCOA 3EM6A 1HEGE 1BV9A 5P0LA 5HCTA 4DJOA 5P4RA 3RTNA 5ISJA 2NNKA 2P8HA 3UTLA 4YA8A 5P40A 4WY1A 4OBFA 2AODA 2FDDA 3OADB 1LYWB 2P4JA 5P47A 1T7JA 5P12A 5KQXA 5P3LA 4MC1A 3ZL7A 2FDEA 5P24A 5P4XA 5P5SA 3HW1A 1W5YA 4Y36A 5P4QA 3OK9A 1E80E 2V11C 4KB9A 1K6VA 5P5JA 3K4VC 4GJAA 2AOFA 3ZKQA 2WF3A 4B0QA 5P5OA 5OYYA 4B1CA 4DPFA 2H6SA 3SKGA 3OADA 1LYWA 1HHPA 3UQWA 4XXSA 2NXMA 5P2UA 3L38A 3GGUA 1NPVA 1MSNA 1EBZA 4GB2A 5P4HA 5P6KA 5I70A 1HPXA 2SAMA 3I6OA 3PCWA 2G22A 3O9CA 4E43A 2ZJHA 5ENKA 1SP5A 5P0KA 4X7IA 1DPJA 2ZHVA 3IVHA 3DCKA 5E5KA 1ZSRA 3RTMA 3HZCA 2WF0A 2QZWA 5P7XA 2FXEA 3BUFA 3ZKSA 5P7SA 5P6RA 1QBRA 1ZBGA 4Y3MA 3PI5A 5OZGA 2WEDA 1GNOA 3QPJA 3VV8A 3KA2A 4N00A 3EKPA 4Z4XA 3OGPA 5P8PA 4ER1E 5P4CA 2QNNA 5JFPA 5P3TA 5P5YA 2QU3A 5P84A 4YBIA 3CICA 5P2FA 4Y5GA 3GGXA 3LIXA 2I4DA 5P0TA 3S7LA 3OTSA 4Q5MA 4FM6A 4MC2A 2NMYA 1WBMA 1FF0C 1D4IA 2AOIA 3QBHA 3EKWA 5P1FA 3UFNA 3PWWA 4B00A 2QNQA 5AGZA 1TZSA 5P69A 5P5UA 5P23A 1MT9A 5P13A 3UDHA 5P89A 5DR1A 1W5WA 3SA6A 1B6JA 3NLSA 1XDHA 3QP0A 4RYCA 3VF3A 2QD8A 4RZ1A 2QHCA 5OZKA 5P2MA 1SGUA 4J0PA 5SY3A 3WZ6A 2QMGA 1F34A 5P1WA 4EP3A 3UDJA 1BDLA 1BXQA 3ZKMA 4A4QA 5P5FA 4A6CA 5P7CA 1IIQA 1CZIE 3BVBA 4J1KA 4AZYA 3NDTA 4Y48A 5P7QA 5OZNA 1HVJA 5P3RA 3T6IA 5P1EA 3S2OA 2RKFA 3S45A 4ZIPA 2A1EA 4I0GA 3CKTA 3UPJA 4YOBA 4Y4TA 5P22A 5P7ZA 3OHFA 4FRSA 3VFAA 3EL1A 1EAGA 3QRVA 4Y4ZA 1ZLFA 5P6EA 1ZPKA 2IEOA 2IQGA 3NDUA 4B77A 1XS7D 3U7SA 1HRNA 3N3IA 5HU0A 3OU1B 1MPPA 4AA8A 2R9BA 5KR8A 4NJVA 4Y3WA 5OZTA 2VA6A 3TL9A 2OHQA 5P1QA 5P6UA 4YCYA 4TRWA 3UQUA 3Q3TA 3CKPA 2ZHUA 5P7IA 3WB5A 2WL0A 3RVIA 4Y58A 4CPWA 4FAFA 5OZ6A 5P1HA 5P3AA 5P6DA 4LAPA 3TKWA 1YTIA 4BFDA 3SABA 1LS5A 1KJFA 1QBSA 1HVCA 1QDMA 4XX4A 3OU1A 4J1FA 4Y3NA 1K6PA 5P4SA 4Y37A 2JYSA 3PCZA 3OXCA 1EPNE 2PH8A 4FRIA 3LIZA 5P8OA 1RV7A 2PYMA 3FV3A 5HE7A 4HVPA 5ER1E 5OZUA 2Q63A 3QAAA 3GW5A 1D4YA 1APUE 3KF0A 4J1EA 3UCBA 2FNSA 3HDKA 4Y3PA 1FKNA 5P3MA 3OAGB 2Z54A 3FNUA 5P16A 9HVPA 5P6NA 4Y3EA 5P09A 5P3QA 3SPKA 1FQ5A 2P3BB 3INEA 5J25A 1HXBA 5DGWA 3PSYA 3APPA 5P7BA 2RMPA 4FLGA 5P4EA 3MXEA 3PWRA 3HLOA 1HIIA 4GJDA 2NXLA 5P3EA 1EPME 1RNEA 4ZSPA 1BBSA 2JXRA 1HPSA 3LHGA 1EC0A 1HEFE 1YTHA 5DR0A 5P6BA 3EBZA 2QI5A 1LF4A 5P5TA 3L5EA 4ER4E 2WEAA 5P8VA 4RCFA 3SFCA 5ER2E 1ER8E 3OAGA 1D4JA 3UDRA 1HPOA 1IZIA 3INDA 4Q1NA 1TSUA 4J1IA 3S53A 5P5WA 4I0FA 1ME6A 4B72A 5P6ZA 3UQRA 3KMXA 5OZLA 5IVSA 1XN3A 3TKGA 1FLHA 5I3YA 5P0BA 3ZPUA 1HVLA 3Q4BA 2B42A 2QI4A 4OBZA 3UDQA 2FGUA 5P2RA 5OZVA 1AVFA 4R93A 2IGXA 4DJUA 5OZFA 2P3AA 4JOOA 3MSJA 5P0QA 2ZHTA 3O9EA 3L5CA 4ZE6A 1YT9A 1AXAA 7HVPA 3CKRA 2ZJMA 5P27A 3QVCA 4OC6B 1RQ9A 5DQ5A 5P8DA 4Y43A 1BWAA 1JLDA 4PZWA 1B5FB 5P7UA 1CPIA 4J54A 2OHUA 1EPPE 2O4NA 3GGAA 2VJ6A 3EL5A 5P6GA 5P5EA 5P2DA 2J9JA 3O9IA 5P5BA 4I8WA 3T7PA 3NSHA 5P74A 5P37A 4Y4JA 4B1DA 1HSHA 4B05A 1C70A 5P1RA 3QRMA 4QJ6A 4CPTA 1U8GA 2G27A 5P8CA 1M4HA 5P3UA 5DR8A 3N4LA 5OZ7A 1DAZC 3D91A 4I8ZA 4D8CA 5P1UA 1B5FA 5OYSA 3EC0A 2UPJA 3PLDA 3SACA 1FQ7A 1HWRA 5KR2A 3JVWA 2HB3A 5P7PA 5P8NA 2OHRA 3SA5A 4XKXA 3VG1A 4RVXA 1PSAA 5P4WA 5P7RA 5P4AA 4CP7A 3JVYA 4Y44A 5P5HA 3VUCA 3LIQA 4LXMA 1TQFA 5P0RA 1K1UA 4Y3ZA 5P2NA 5P7WA 4YD3A 5C9DA 1Q9PA 5TOLA 4AA9A 1EPRE 5P33A 5ENMA 1PFZA 2FNTA 4NPUA 4ZPFA 4Y4AA 2R38A 4K9HA 3TNEA 2ZJNA 4ACXA 4DJRA 5P5CA 3I2LA 1E81E 5P4UA 3FIVA 5P2EA 4K4PA 2NTRA 4TRZA 1B6LA 4ZPEA 1IVPA 3CIDA 5DQ4A 4Y4DA 3ECGA 3O9LB 1FGCC 3KMYA 5P7NA 4OD9B 3LIVA 5OZBA 4I0IA 4L1AB 2WEZA 5P26A 4Y4BA 5P6JA 5P5DA 3DV5A 3HAWA 2F80A 3VF5A 1MTBA 1HBVA 5P70A 1W6HA 3INHA 4ZSRA 2QCIA 2V10C 3PHVA 4Y51A 5P2LA 2B7ZA 5CONA 2F8GA 4R92A 5P46A 1GKTA 5OZSA 5DR4A 2WECA 3DV1A 3T7QA 1HVSA 2IRZA 3O9LA 2AVSA 2BPWA 3IA9A 3DM6A 3IN3A 5OZMA 5P0ZA 2WF2A 4DV9A 3L5FA 1QRPE 2Q5KA 3OQ7A 5HVPA 2G21A 2RENA 2V13A 3OXXA 2QAKA 5P66A 5P77A 5P4LA 2R3TA 3KDBA 4YBFA 3GI4A 5OZJA 4HZTA 2F3FA 3OUDA 4D89A 2ER9E 5P4GA 2QI6A 1APTE 4DQEA 3MSKA 2G24A 4I12A 2HM1A 2I0AA 5P48A 4LP9A 4QJ9A 4Y57A 5P5GA 3IGBA 5P7FA 2OHPA 5P0VA 4OBDA 4HDBA 5P1DA 3K5FA 1MRWA 3RU1A 2O4SA 1PPME 3L58A 2XFIA 5AHAA 3I8WA 2G1NA 3PMYA 2PWCA 2BJUA 2PSVA 5P5RA 4HDFA 2WHHA 5P2TA 5P06A 1XE5A 5OZXA 3SA9A 3SKFA 5P5AA 5P1SA 5P4TA 3ZPSA 4ZPGA 5P31A 2AIDA 5P4NA 3HAUA 4J0ZA 5FIVA 2ZYEA 5OZYA 1TCWA 5IE1A 4EJDA 2G1OA 2VIZA 2B7FA 3NDXA 4NJUA 5OYRA 4EXGA 2VIYA 2BPXA 4DQFA 4U8WA 1UPJA 3TPJA 4F73A 1FFIC 4R8YA 2PSGA 5OZOA 3TPPA 3H5BA 2PMAA 3KT2A 2QMDA 5P73A 2AOCA 3OHHA 5P3XA 5P32A 2IDWA 2B60A 1K6CA 3T11A 2AQUA 4QJ2A 5OYTA 5P8TA 3KFRA 2Q3KA 3KT5A 3D20A 5P1JA 4ZSQA 1YG9A 5P4MA 2JJIA 4L6BA 5OZHA 4I1CA 1OD1A 4YD7A 1YTGA 5DGUA 3EL4A 4F75A 2IS0A 4YD4A 4YHQA 4Y4EA 2G94A 5P8JA 5P3HA 1EBWA 3QRSA 4FCOA 2VNNA 5SXNA 3KDCA 5P5VA 3PMUA 1SH9A 4HEGA 4K4QA 2APRA 4FRJA 4LXKA 3JW2A 1D4HA 2R5PA 3VEUA 1E82E 5P0OA 1G35A 5P53A 1OEWA 2BPYA 5AH9A 1MEUA 4Y54A 5P7GA 3TOHA 4EXHA 2PK6A 3RSXA 5OZ2A 2UY0A 1XN2A 3NUJA 1MTRA 2FXDA 4Y6MA 4B78A 4TVHA 1EEDP 5P6YA 5P5NA 3UQXA 4FE6A 3G72A 2WF1A 2ZDZA 1G2KA 4FRKA 3KFSA 4HLAA 4RROA 2HPFA 5OZQA 3DJKA 1ZAPA 3R4BA 3PGIA 4GMIA 5P01A 1MT8A 4U7QA 3URIA 5P1YA 4M8XA 2WEBA 2HB4A 4CPRA 3FX5A 3DK1A 2Q64A 2BPZA 4H3GA 4QLHA 5P1XA 3DUYA 5OZAA 5P3BA 5P71A 5P72A 1HTEA 3FKTA 4B70A 5P1CA 5P4PA 3R0WA 4GJCA 1HTRB 3VLBA 1G0VA 5P34A 2AVVA 1ZPAA 4EYRA 5HE5A 4Y3AA 4Y3GA 3OOZA 2ZHSA 5P8BA 5P56A 1PROA 1HVHA 4K4RA 5P5QA 1SMRA 2G69A 5KR1A 1BIMA 3M9FA 1M43A 1TSQA 5P2GA 3L59A 3ST5A 2QI1A 3SA8A 5AH8A 5P5MA 1FMBA 4DJPA 5P1VA 3SA4A 5P1GA 1ODXA 3K5DA 4M8YA 2PWRA 3BRAA 5P76A 4A6BA 1IDBA 5P3ZA 1MSMA 1DW6C 2NPHA 1ZP8A 3VCMA 1AAQA 4RRSA 5P0JA 1TCXA 4Y3LA 4K8SA 1BAIA 5P6CA 3PSUA 1B11A 4CPSA 4I0ZA 5P0WA 5IVQA 5HE4A 3O9AA 5P7OA 5P25A 1F7AA 5P80A 4Y9WA 1T7KA 3OY4A 1MESA 1W5XA 2HB2A 5SZ9A 3QIHA 3OQAA 2WJOA 1E5OE 4RCEA 4DJXA 1XL2A 4Q1YA 2AZ9A 4HDPA 3U6AA 5P2HA 4ER2E 4HA5A 2G20A 5I3WA 1BVEA 1APVE 4Y5CA 5P2CA 4MC9A 3QBFA 3OTYA 4PHVA 1EBKC 3ER5E 3RSVA 4EHCA 1QBTA 2QMFA 5P5XA 1FMUA 5P5PA 4GJ8A 2ER7E 5P60A 5OZ0A 1XL5A 1Z1RA 3PEPA 4D88A 4CMSA 3VF7A 5P3WA 4QJAA 3VLAA 3D1ZA 4Z2ZA 3TTPA 3S43B 5P8LA 5P7HA 5P44A 2I4QA 3LPKA 2BKTA 5C9BA 1ZSFA 1J71A 4BFBA 4Y35A 3FSMA 5T4SA 3QI1A 3S85A 5OZRA 4TRYA 4GYEA 3NU6A 4OBZB 3ZOVA 2O4PA 4YE3A 4S1GA 1C6XA 3S8IA 1LYAB 2XYEA 5DQCA 1UH7A 3EKVA 4NJTA 2G1RA 3OUCA 5P2IA 2BPVA 2QD6A 2FDPA 3PSGA 3O99A 2FIVA 3S43A 2VA7A 4EJ8A 5OZ9A 5P3DA 1A8GA 4Y41A 2VKMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KUP A;  3LIT A;  1FQX A;  4WY6 A;  3Q6Y A;  4ZEA A;  2QK5 A;  2Q55 A;  1FMX A;  2QHY A;  3GI0 A;  4Y47 A;  4J55 A;  3LPJ A;  1LYB B;  5P1I A;  3VV7 A;  2BKS A;  1HOS A;  5P00 A;  5P1O A;  5P1P A;  3L5D A;  2G26 A;  1IZD A;  5P11 A;  5JOD A;  2IEN A;  4DJW A;  3I25 A;  4DI2 A;  2O4K A;  3DCR A;  1YM4 A;  5P88 A;  5P1L A;  5P0C A;  2RSP A;  3OQK A;  5JG1 A;  5P8H A;  5P3F A;  2Q11 A;  4Y3Q A;  2PK5 A;  3EM4 A;  3LZY A;  4Y3X A;  3K5G A;  5OZ8 A;  5P0U A;  4OC6 A;  5AHB A;  3PBZ A;  4YDG A;  5I3V A;  4RYG A;  4WTU A;  4IVT A;  1LYB A;  5P3S A;  2VJ7 A;  5P54 A;  3GGV A;  3CMS A;  5P81 A;  3HVG A;  2G1S A;  3C9X A;  5P2B A;  3WZ7 A;  3ZMG A;  5P38 A;  5P55 A;  5P39 A;  3NU5 A;  1HTG A;  4DPI A;  3KFN A;  3O9G A;  1YTJ A;  5F01 A;  4OBG A;  4YCT A;  4JPC A;  1A9M A;  4XX3 A;  3I7E A;  4FL8 A;  3HVP A;  4YD5 A;  5P64 A;  5P03 A;  4Z22 A;  3ZKN A;  2JE4 A;  1QBU A;  1HVI A;  3H0B A;  3KM4 A;  3TPR A;  2IL2 A;  2WKZ A;  1YX9 A;  1MRX A;  5P2O A;  4L7H A;  2ER0 E;  3IXO A;  1BDR A;  2I4W A;  5IS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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