2QMF | Genus

Total Genus 107

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	107
sequence length	390
structure length	390
Chain Sequence	GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__712407453539659__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__712407453539659__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2QMF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__712407453539659__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"712407453539659","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2QMF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__712407453539659__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd80058c360daa5533baa1/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd80058c360daa5533baa1/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd80058c360daa5533baa1/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd80058c360daa5533baa1/pdb.gz): 577 ms

reading 390 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

390 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 35 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:389});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Potent pyrrolidine- and piperidine-based BACE-1 inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-secretase 1
total genus	107
structure length	390
sequence length	390
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2007-07-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2qmfA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2qmfA02

4B0QA 2VS2A 1HVLA 5P3UA 4GZFA 5P3CA 3ZPTA 1IVPA 2I0DA 5P5AA 1BDLA 1ODYA 5P7HA 5P1ZA 5OYUA 3TOGA 5P1QA 3SA7A 2F81A 2Q5KA 5P4XA 2VIYA 2ZJIA 3OY4A 5P6GA 2A4FA 2NXLA 4Y36A 5P6TA 1UH9A 3QROA 3N4LA 2BJUA 1NH0A 4NJUA 5P7UA 3OAGA 3LPIA 4Y3SA 2G21A 4ZSRA 2O4SA 2AVSA 2ZJJA 1ZTZA 3QN8A 2BPYA 4BEKA 1DP5A 3UCBA 1G6LA 2FXEA 5P10A 1EPQE 3MXDA 1FKNA 1PPKE 5OZRA 2R8NA 4H3FA 3HAUA 2XFJA 5P8DA 5P6IA 3RSXA 5P4OA 3HW1A 4DV9A 2QZWA 4J1IA 5P0DA 4Y3RA 2QI7A 3OHFA 5P8CA 1OD1A 3SM1A 3TKWA 3OXXA 4B72A 4DJUA 5P5HA 2V00A 4DI2A 1NPWA 3OGQA 3S8IA 5P5SA 5IVTA 2WL0A 1JLDA 4FIVA 2BPWA 4KE0A 5OZ7A 1TQFA 1RL8A 3INEA 3KFNA 5P5TA 3OADB 2AZBA 1G2KA 3WSJA 4D8CA 4R8YA 1HTFA 3GGAA 3EC0A 5P0UA 5AH7A 4EJDA 2JXRA 1GVVA 4RYGA 2WF2A 5P7RA 3S2OA 1IBQA 3VUCA 5HDVA 2AOJA 4B1DA 1KJFA 5P3NA 5P8BA 5P7MA 4TRYA 5AH6A 2QMDA 3BHEA 3IN3A 4Y3ZA 5P86A 4L1AA 1MUIA 2Q3KA 4DUSA 2WF1A 5P07A 4RVJA 3U7SA 1FIVA 2F8GA 5P0KA 2VIZA 1QS8A 2NNPA 2WEBA 2FLEA 3VYEA 2G1NA 3GI0A 4Y3XA 1FGCC 3UDYA 5P5GA 3K5GA 4ZSMA 5P18A 4HDBA 5SZ9A 2AODA 5P14A 2G22A 1FFFC 5P6OA 1TSUA 2OHPA 3LIXA 3SPKA 3D1ZA 4LL3A 5DR8A 5P79A 1FQ8A 1GNNA 2AIDA 3NSHA 5P1CA 3JVYA 3IXJA 3QBFA 4FRKA 5HDXA 5P1BA 3KMXA 3R0WA 5P2KA 2G1RA 2I4UA 5P3GA 5P5IA 1IDAA 4ZPEA 2QI4A 3SM2A 1Q9PA 4PYVA 2ZHSA 4Y3DA 2ASIA 4F74A 5P3DA 3WB4A 1FQXA 4Y3JA 2OHKA 3O9GA 3JW2A 1HPVA 5IVSA 3OOTA 2FS4A 4H3GA 1FQ4A 5P5JA 4Y4BA 3ZKMA 4Y3WA 5P67A 5P7SA 1IVQA 1T6EX 5OZIA 2HPEA 3OQDA 4DQHA 2FNSA 4K9HA 1W6HA 2OHQA 1EC1A 2IRZA 5P1XA 7HVPA 5P8QA 2SAMA 5P3WA 1BV9A 5P3FA 3NDXA 5P4ZA 3VF7A 2I4WA 4B1EA 3LITA 4Y4EA 1PPME 5IE1A 5P0VA 3F9QA 5DR0A 3LNKA 2IEOA 2PK5A 1LEEA 1MT9A 2OAHA 3QVCA 3VFAA 2P3BA 2V0ZC 3CKPA 4DQEA 5ER1E 4Y37A 2QMGA 4CPWA 1OHRA 1LYAA 2VNNA 5P3RA 2J9KA 3MWSA 3FKTA 4TVGA 1W5XA 2J9JB 3LPJA 3PHVA 1TW7A 3BGBA 3LZVA 5P1WA 3LHGA 1W5YA 3O9IA 1VIJA 5P3TA 3NWQA 4X7IA 5P7DA 1A30A 1B6PA 3HVPA 5P4GA 5P4MA 4D83A 2P3AA 3D1XA 4Q5MA 4RCDA 2QI6A 2O4NA 5P8GA 4R95A 1UH8A 3LIZA 5C9BA 4Y44A 1NPVA 1K1UA 3OQAA 5P2SA 3KFSA 5OZ2A 3EBZA 3C9XA 5P2HA 3OUDB 4Y51A 5P7EA 1BXOA 2ER6E 3OU4B 3KDBA 3ZKNA 2FXDA 3EKTA 1EC2A 5I3YA 2ER0E 4FGXA 4YOBA 2CEMA 5P33A 1B6JA 2CENA 7UPJA 5COOA 5P3VA 4OBGA 4GJ6A 1HPSA 1KJ4A 3OOZA 4YCTA 5P0FA 1PROA 3PM4A 5I3WA 3L58A 4A6CA 1EPLE 3SQFA 2A1EA 4LP9A 3M9FA 4N00A 1BXQA 4DJVA 5HCOA 2HB3A 1SMRA 3TH9A 5P2TA 2OHLA 5P5PA 4RVXA 1D4JA 3PCZA 5P26A 5P6RA 4I0FA 5P2VA 3HD8A 3UPJA 4CPSA 4Z4XA 5JFPA 5P8JA 2ZYEA 4Y53A 4J1CA 1T7IA 3O9LB 4QJ2A 4Y35A 3QIHA 4GJBA 5P7JA 2R3TA 5P4AA 2QI0A 4Y4DA 4CPRA 5DQ4A 3KT5A 3PBDA 5P5VA 2XYFA 3EL1A 5ISKA 4S1GA 3MSLA 3T11A 5CONA 4Y3QA 5P78A 1HIIA 3TKGA 3AIDA 5P02A 1F7AA 1LV1A 3TNEA 5P13A 3PSGA 5B18A 1YTJA 4JPEA 2ZHTA 4X2LA 5SY2A 4U8WA 5P0SA 1IIQA 1LF3A 2RKFA 4RCFA 4ZEAA 1HVJA 5P0YA 2AOCA 5BRYA 4OC6A 4PPHA 5OZ0A 2QI5A 2I4DA 4DJWA 4AZYA 5P0OA 3CKRA 3T7XA 5OZTA 4ER4E 1DIFA 5P2DA 3LPKA 5OYXA 5P6XA 3PWMA 1BDQA 5OYZA 1B5FB 3KT2A 2O4PA 4XKXA 1SP5A 1FB7A 4EXGA 2V16C 5OZFA 4CKUA 3UDJA 4Y3TA 5P5CA 5P43A 3TPRA 4B1CA 3SO9A 1MTRA 5KR0A 5P4KA 5P0LA 4DQFA 2ZJHA 1PSOE 5BWYA 1HEGE 1FMUA 4Y48A 3NU9A 4I0EA 3PI0A 5P16A 2VIJA 5P8TA 3FIVA 3EMYA 3HVGA 5P2EA 3IA9A 1LF2A 3B80A 2PMAA 1HPXA 5P4FA 6APRE 3NWXA 2IS0A 2QNNA 5P1AA 2WEAA 3KDCA 1ZBGA 1DPJA 2NTRA 5P7XA 3I2LA 1Z1HA 5P3XA 5OZ4A 5P4LA 4EQ0A 2AVMA 1G35A 5P8LA 4J5JA 1LZQA 3DV1A 4J17A 5P12A 5P08A 1ZPKA 5P85A 3DM6A 3IVHA 5P1MA 3KYRA 5P4IA 4I0GA 4MC6A 5P45A 3ZKGA 3R1GB 3OQKA 2O4KA 2UXZA 3OU3A 3EM4A 3PLLA 2VKMA 2F3KA 4FSEA 3O9EA 1CZIE 4Y4JA 3S43A 3PEPA 1K6TA 1MSNA 3VYDA 1APVE 5OYSA 3NLSA 5P87A 5P5ZA 1QDMA 1F34A 5ENKA 5P8SA 5P24A 1B6KA 1ZSRA 4GMIA 2AZ8A 3NDWA 3MSKA 1YTHA 5KQFA 2RENA 3A2OA 5P2UA 3OWNA 5P61A 5PEPA 1BBSA 3ZKXA 3APRE 3Q5HA 5KQXA 2QNQA 2I0AA 9HVPA 4OBZA 5OYWA 2ER7E 2RMPA 3BRAA 5P0WA 3U6AA 3SA4A 2IDWA 1W5VA 4I8WA 4HA5A 4YCYA 3HDKA 1HIVA 5P63A 2QI1A 3CKTA 2PC0A 5P4SA 5EZXA 4ZPGA 4H3JA 1MT7A 4DJRA 4ER1E 5KOSA 3OUAA 1RQ9A 5KOQA 5P2GA 1HSHA 5AHBA 3CYWA 3ZOVA 5P4WA 3PMYA 5CLMA 1YM4A 5OZNA 3OHHA 5OZZA 1FF0C 3PWRA 4GJ9A 2FMBA 4LBTA 5P0BA 2PWRA 1A9MA 3G6ZA 5P7PA 5OZKA 2ZGAA 2NPHA 3FX5A 2JE4A 5F01A 5IVQA 3NU3A 1PFZA 4LHHA 5P4RA 3NXNA 3K4VA 5P2RA 3NU6A 1MRWA 5SXNA 5P8IA 1TZSA 1HIHA 1W6IA 3LZYA 3LIYA 5I3VA 5AHCA 1QRPE 3MXEA 4ZPFA 3WZ8A 2Q55A 4TRZA 3QRSA 5P0TA 5OZYA 5OZLA 4RGHA 4QGIA 2PYNA 4XX3A 4QJ9A 1BILA 3Q70A 4HLAA 5P5LA 4JP9A 4Y4GA 2PK6A 4GYEA 4EPJA 4F76A 1XN3A 1A8KA 4OBDA 5P4UA 4I0ZA 2ZJLA 5UPJA 5P22A 5P8VA 3UQWA 5DGWA 5TOLA 2Q11A 2BPVA 3H5BA 4YD5A 4XXSA 4Y47A 1M0BA 4OBKA 2Q63A 2JJJA 1E81E 5P05A 5OYTA 4YHQA 3GI6A 5P6DA 2IGXA 1APWE 3EL9A 3SKFA 2G24A 4L6BA 3URLA 4UPJA 3UQUA 5HCTA 3GGVA 5P3JA 4R92A 3GW5A 2UPJA 5P47A 2G27A 5P4DA 3FSMA 4HDFA 2AOGA 4CPTA 3R2FA 5DR4A 5OYRA 2P83A 1DAZC 3ECGA 2OHMA 2G20A 3KF0A 1VIKA 3LIVA 4CMSA 2APRA 5P1VA 5P0NA 5P44A 1FQ6A 4J54A 5P4EA 1C6YA 1LYBB 1SGZA 1AIDA 4CP7A 5P7VA 3SA8A 1HRNA 4FL8A 2OHRA 4Y4WA 4D89A 2NXMA 3EKYA 3TOFA 4EWOA 2B7FA 1IDBA 1HWRA 3UDNA 5P28A 2ANLA 4OBJA 4Y3FA 5ENMA 4I0JA 5P77A 1YM2A 3DK1A 4YE3A 5E5JA 5OZ9A 3UQPA 1J71A 4ZSQA 4Y3NA 2AOHA 1QBTA 3Q6YA 5P65A 3UDKA 2QD7A 4Y6MA 1GVUA 3G70A 5P3QA 1D4IA 5HDZA 2F3FA 4R5NA 5P5RA 5P0MA 5P04A 1MESA 2JJIA 1BDRA 1EEDP 3SA3A 3PB5A 1XN2A 5P7ZA 5P6AA 3D3TA 5P7AA 4RLDA 4EHCA 5P2OA 4YD4A 5DR3A 5OZOA 5P23A 1WBMA 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2PH8A 5P82A 5P5FA 1B6MA 3BXRA 5P8NA 4J0TA 2AZ9A 2IL2A 5KR8A 4J0YA 4DFGA 5P59A 3NR6A 1ODXA 5P88A 3UFLA 1HVHA 2G1OA 4TVHA 3FV3A 2OHSA 5P4VA 4D88A 3UDHA 2BPZA 3KFPA 2WJOA 1T6GA 5P27A 1ER8E 3BC4A 2JYSA 1FMXA 3H0BA 2J9JA 3O9FA 4ZIPA 1YX9A 1EPRE 3RTMA 4YBFA 3L5BA 1K6PA 4IVTA 4B78A 3VV7A 5HE4A 5E5KA 2R5QA 1DW6C 1K6CA 4A6BA 3DCKA 3OU1B 4Y5BA 2PSGA 4E43A 5P5UA 5P8MA 1ZAPA 1KJ7A 4I1CA 4GJCA 4APRE 4K8SA 4GJDA 1META 3PBZA 4EYRA 1AVFA 1GVTA 3QRVA 3L5DA 2PYMA 4J1EA 2HS1A 4Y4XA 1WBKA 1EBWA 2B7ZA 1BWBA 4HZTA 3FNUA 1RV7A 4Y5LA 1FQ5A 5P2IA 3OUDA 4L7JA 4Y3PA 1KZKA 5P1UA 3OU4A 5OZ1A 4YCKA 5P0GA 4OD9B 5P0QA 1D4HA 5P0PA 1NPAA 4FM7A 1BIMA 4EP3A 2B42A 4RZ1A 5P2YA 5P1YA 3PRSA 2QU2A 5P0RA 5P7QA 1EAGA 4LAPA 5OZEA 5P30A 4QJAA 1A8GA 4FAEA 3K5DA 1EBZA 4Y58A 1EBYA 1EC0A 1E5OE 1YTIA 3HAWA 5P38A 2CEJA 1NSOA 1ZPAA 2BKSA 5P4PA 3VCMA 5P1LA 2BB9A 2V13A 3FNTA 4MC9A 3VLBA 3OAGB 4LXMA 1D4YA 4Y5GA 4YD3A 3HLOA 2VIEA 3RU1A 2QK5A 5P8OA 2R38A 3KMYA 1HVKA 3O9LA 4I12A 5P3LA 1ZLFA 3QS1A 5P3OA 4DH6A 4Y38A 4XX4A 5P68A 3HZCA 2VA7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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