2QMPA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with pl-100
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of HIV-1 protease complexed with PL-100
rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qmpA00
4OBJA 4Y44A 3HAUA 2J9JB 1E80E 2V13A 1ZBGA 1C6ZA 5P6AA 2AIDA 5P3EA 4Y47A 1XE6A 3PWWA 2HM1A 3OAGB 2QHCA 2QP8A 4MC2A 2QHZA 4MC9A 5P52A 2AVVA 3OQ7A 3CKRA 4E43A 2BKSA 5P8VA 5OZFA 1EBWA 6UPJA 5P22A 5DQ5A 2XFKA 1KZKA 5P10A 5P32A 1MT7A 2I4DA 4OBGA 1DPJA 1E81E 5P0SA 4FAFA 3ZPTA 5P4VA 5P8DA 1HXBA 4TRWA 5P3GA 1G0VA 3S2OA 4FRSA 5P46A 1HSHA 5P8IA 5P4XA 5HDVA 1OEWA 3L5CA 5P8FA 4U7VA 5OZRA 4U8WA 2ZYEA 4B77A 1B6LA 2ZJJA 1ME6A 5OZUA 1KJ4A 4B00A 3PI0A 2B7FA 2AOFA 1AVFA 5P7CA 3VYDA 1HRNA 3PLLA 2FS4A 1LF4A 3HBOA 2OHTA 5P26A 3EL0A 5P5ZA 4B0QA 5IVTA 2FXDA 1FG8C 5P4WA 4YHQA 3SPKA 5P2SA 4Y38A 2OHLA 4L1AB 2G26A 5APRE 3S85A 2PC0A 2HPFA 3ZKQA 3OTSA 1SDTA 2BPVA 3ZL7A 3OQKA 1LF3A 3RVIA 3TOHA 5P0LA 5P37A 4Y51A 3IN4A 1BXOA 5B18A 2ZJHA 5P41A 8HVPA 1DMPA 1BDRA 5OZSA 2I1AA 5OZQA 4OD9B 5AH6A 1XS7D 5P1EA 3DCKA 2IL2A 3NU6A 4LXKA 1HVCA 5JFUA 3SA9A 3KMYA 4K4QA 5P2FA 3K4VA 3BUFA 5OZGA 2PSUA 1G2KA 4IVSA 3IXKA 3VSWA 3O9DA 3ZPSA 3K1WA 3FNUA 4L7JA 4RLDA 3NDUA 5DGUA 1MUIA 3NU4A 5OZAA 4DI2A 5OZ0A 3EL9A 5P5BA 1IZHA 4ZPGA 2P4JA 2UXZA 2Q55A 5OZ9A 3RSXA 1B11A 3IXOA 2QD7A 4CPRA 4Y3NA 1U8GA 3OAGA 5P5JA 4LL3A 4IVTA 4DJWA 2G1RA 3KFRA 3TPRA 5P31A 4U7QA 1T6GA 2ZGAA 1SH9A 5P1NA 3LIZA 3DV5A 5P3YA 2QD6A 5P5CA 1EPOE 3O9FA 2AOEA 5P71A 2Q3KA 4QGIA 5P2OA 2I0DA 5P4AA 5P8NA 5P7BA 5AH7A 1EPPE 1ZTZA 3TTPA 1QDMA 5AH9A 5P1CA 1NPWA 1SMRA 4GZFA 2BPYA 3VLAA 5P2AA 4ZIPA 2BPWA 5OZPA 3CIDA 5P0XA 5P2EA 1T6EX 3L59A 2ER6E 5P72A 2VIEA 4OBZB 4PPHA 3UHLA 5P4RA 3RTNA 2V0ZC 3G70A 3I6OA 3BUGA 3VCMA 1XL2A 1MRXA 1IIQA 3APRE 3MXEA 1GVVA 4HZTA 2B60A 3UDQA 4RYCA 5OZEA 3WZ8A 3TNEA 3CYWA 1LYWB 4R95A 2ZHSA 5KQZA 5KR0A 3Q70A 4DQEA 3TPLA 4Y5GA 5P0RA 5P5KA 4BELA 4I0FA 4Y48A 4L1AA 4A6CA 3LZUA 3GGAA 4DV9A 4F73A 3D91A 2ER9E 2WECA 3EKWA 2VNMA 3NSHA 2P3BB 2VIYA 5P5NA 5P2CA 5P8UA 1W50A 1Q9PA 4FSEA 5P63A 5P5YA 1HPVA 3LPKA 5KQXA 1DAZC 3UCBA 3URLA 1MT9A 3PBDA 4OD9A 4D89A 4BEKA 4APRE 3SO9A 1AJVA 1A30A 2WF4A 2ZJIA 3INEA 1YTHA 4R93A 2PH8A 3HAWA 5P0PA 5P58A 1APUE 1YM4A 3MWSA 1FF0C 5OYTA 1W5WA 5HDUA 3CKPA 5FIVA 4EPJA 3QBHA 1PSNA 5P6LA 4JECA 4J1CA 2NXMA 2RSPA 1GVTA 2G94A 5P18A 1HEGE 5F00A 4RGHA 3L5BA 4YD3A 2NXLA 5P0TA 5P2XA 2IKUA 4AUCA 2J9KA 2VA5A 3LIYA 1AZ5A 5P06A 5DR8A 4RVXA 5P4PA 2VA7A 3FNTA 5OYWA 5P3XA 1HIHA 5OZJA 3IA9A 5P04A 5P2RA 5P78A 4EQJA 4DJRA 3ZKXA 2G22A 1Z1RA 4J0PA 4B1CA 1EPRE 4Y3PA 2AOGA 4Y3RA 3MSLA 1XN3A 3U71A 3QBFA 2APRA 4CPTA 4N00A 2PQZA 5P7AA 3DCRA 4D88A 4AMTA 2OHPA 3UDHA 2QMFA 3LZYA 4FRJA 4I8ZA 3UQXA 5P3ZA 4RROA 3OTYA 5P3UA 4I1CA 5P5WA 5P86A 5P8OA 2ZJLA 1BWBA 5P4MA 5P6OA 3FV3A 2FLEA 5P6MA 5P84A 2CEMA 3OXCA 1BIMA 5P1KA 4QJ9A 2G24A 2CEJA 3T7QA 3B80A 2B7ZA 5OYVA 5P82A 4OBZA 5P7QA 3JVWA 5I3XA 4Y45A 5P85A 5P2QA 1K2BA 4APEA 4LXMA 5P3IA 3WB5A 3ZKMA 3HZCA 2R3TA 1FLHA 5P3SA 3INHA 2PH6A 3O99A 4DJPA 1FQ5A 1BVGA 5P4CA 2I4QA 2OHMA 3KFNA 2G27A 4GJ7A 3SFCA 3DJKA 1HVHA 3NDTA 1HXWA 5P1JA 5DR1A 5P7PA 4HEGA 3O9EA 3UDKA 5P68A 2HAHA 3HD8A 2I0AA 5OZ6A 3PM4A 3VF3A 4ZE6A 5P83A 2P3BA 5P2HA 2QNPA 2VNNA 4H3IA 4Y4XA 5P81A 1APTE 3VEUA 2V00A 4GJCA 4YCYA 5P8EA 3GW5A 2BQVA 2QZKA 1FB7A 1IVPA 1CZIE 3UTLA 5P8SA 5P0BA 3ZKSA 1TW7A 3MSJA 1ODXA 5P61A 5P13A 1G35A 2AZ8A 3N3IA 2FNTA 4Y5LA 3OWNA 3TKWA 1BXQA 4I12A 4Y4AA 1FMUA 4QJ7A 5P1LA 1OHRA 3FNSA 3KDBA 4Y3EA 1AM5A 1SBGA 2FIVA 2PYNA 2WHHA 3NUOA 2O4SA 5P7SA 4CPSA 2BKTA 3NXNA 4GJBA 5IVRA 1EC1A 4I0JA 4R8YA 1SMEA 3D1XA 3BXRA 5HVPA 4J17A 1D4YA 2XFIA 3VF5A 5P3CA 2WEBA 4I0IA 4J1KA 5P7WA 3PSUA 4X2LA 5SY3A 3ECGA 3KN0A 4I11A 5HE7A 4Z50A 2H6TA 5KQFA 3EBZA 3DM6A 3LIQA 1FMXA 5P19A 4FCOA 3OHHA 5P76A 4BFDA 2RKFA 3SM1A 4OBFA 5P0OA 4Y5EA 9HVPA 2H6SA 5P35A 5COOA 4DVFA 4F76A 3O9GA 4KB9A 5HCTA 4Y4BA 3K5DA 3NR6A 2R43A 3MXDA 1HPOA 1A94A 4J1FA 5P8RA 2OF0A 5P7HA 2NMZA 2V16C 3D1ZA 5P7ZA 3DK1A 4S1GA 4YD5A 2P3CA 2RKGA 4Y4TA 1HIIA 3UDPA 2IGXA 5DR3A 3R4BA 4EWOA 3NUJA 2HB2A 1HSIA 3SKGA 2P8HA 3O9HA 5P6IA 3HVPA 5P4QA 1TCXA 3WSJA 4LHHA 1MSMA 5P3AA 3RU1A 5P8MA 4WY1A 4OC6A 3IVHA 3VV8A 3BRAA 3UDRA 1NH0A 5HU0A 3KDCA 4YE3A 1HIVA 3PI5A 4GJ9A 1W5XA 3SLZA 4QJ2A 5P0FA 3D3TA 3VFBA 5P6VA 3ZMGA 5OYUA 3URJA 1WKRA 5P1UA 2HC0A 5P7EA 3ZKIA 3KMXA 3OOTA 3PSGA 4RYGA 1RPIA 1HEFE 1QBUA 3DUYA 5HE4A 3OHFA 1HVKA 5P6JA 5P5PA 5P07A 5P66A 1Z8CA 3QVIA 3OUDB 2VS2A 2FDEA 1TSUA 3PWRA 4FM8A 2HIZA 4Y3AA 3QN8A 4UPJA 5P2YA 1EPQE 3QVCA 1RQ9A 3U6AA 3PGIA 3O9BA 4J55A 3OK9A 1LF2A 1WBMA 1YTIA 1MPPA 6FIVA 4HVPA 3L58A 3WZ6A 4Y5KA 1GNMA 4Y3XA 2QZXA 3PHVA 5P1HA 5OZDA 1KJHA 4GJAA 5OYYA 3LPIA 3QAAA 4YA8A 4EJ8A 4RVJA 4Y4EA 5P4JA 4ER2E 5P4FA 4L7GA 3SQFA 2BB9A 3UQPA 5OZIA 2WEDA 5P6BA 4DJQA 1LYAB 4YD4A 1TZSA 3ER5E 1UH7A 1BV9A 1XL5A 4EXGA 1OD1A 4K8SA 5P2KA 5P5AA 3OU1B 4J1HA 1HBVA 5P0GA 2IENA 4Y37A 2ASIA 4NJTA 4RCDA 1M4HA 1W51A 4K9HA 4Z2ZA 2F80A 3WZ7A 4YD6A 3K5GA 2V12C 1EC3A 3KA2A 4Y4GA 5E5KA 2F3EA 1M43A 1B5FB 5P4KA 3VSXA 5DQ4A 5P5TA 1PPME 4NJUA 3OADB 2JJIA 3PB5A 2I4VA 3SKFA 3BUHA 3VYFA 5KOSA 2V10C 1GNOA 4ACXA 3OXXA 2PWCA 2QAKA 5P5QA 1LZQA 1B6JA 5P0WA 1FQ6A 4LP9A 5P79A 2NPHA 1BDLA 4LAPA 5P0KA 5P8PA 4ZEAA 5BRYA 2AOJA 1EC0A 1T7JA 2OHSA 5C9FA 4FAEA 3VUCA 5P1WA 1F34A 4B1DA 5ER1E 5P3FA 5P0NA 5J25A 4YDFA 5AH8A 5JG1A 5P5OA 4GIDA 5P0UA 2VIZA 3L38A 3OUDA 4KE1A 5P2UA 4K4RA 3SM2A 5P8AA 2ER0E 2WF0A 3JW2A 3ZKGA 3O9LB 2IS0A 3LHGA 3D1YA 3KM4A 3BGCA 2AOIA 1AAQA 1ZPKA 1LEEA 5P88A 3SA5A 3JVYA 5OZLA 4B1EA 2ANLA 3CKTA 1FGCC 5C9BA 5P2JA 2OAHA 3LNKA 2FMBA 3T3CA 5CONA 5P77A 5P6HA 2WF3A 5P23A 1FQ8A 1LS5A 5P7JA 5P6CA 2PSVA 3QI1A 1E5OE 1AJXA 2AVQA 2F81A 4Y3YA 5P1AA 3OY4A 4R91A 4XX4A 1NSOA 3HVGA 5P2WA 4YD7A 5P64A 3EL4A 1HVLA 3QPJA 1AXAA 2OHRA 3OGPA 1T7IA 1EBYA 2PSGA 1FQ4A 4Y43A 1C6XA 2P3AA 4Y39A 1KJGA 2BBBA 1ZAPA 5P6FA 2HPEA 2P83A 1LYAA 2OHQA 3TOFA 3HW1A 3NDXA 5P65A 5BWYA 5P74A 5HCOA 1IVQA 1VIKA 1KJFA 1D4SA 3VV7A 1RV7A 3OU1A 4FRKA 5P3JA 1W5YA 3NU3A 3PJ6A 2P3DA 4RVIA 5AHBA 3NLSA 2WEZA 3H0BA 4Q1YA 3UFLA 4ZSQA 5P4LA 5P6EA 1M0BA 5JFPA 3HLOA 1FMBA 1B5FA 1SDVA 7HVPA 1BBSA 3B7VA 2WKZA 5P1OA 4M8XA 3BXSA 2AOHA 5DQ1A 3OADA 3UDNA 5COPA 2AQUA 4F75A 2QK5A 3K5CA 4ZLSA 5P16A 5P0CA 2QI6A 4DPIA 4DPFA 5P8HA 3IVIA 4FE6A 1PSOE 5DPZA 3IAWA 4AZYA 5IE1A 5P5VA 3BVBA 2B8LA 3HDKA 1GVXA 1HVRA 5P25A 5P7KA 3OXVA 1UH9A 2G20A 2G1NA 4I0ZA 4Y5CA 5OZ1A 4QJ8A 4RCFA 4H3FA 3UF3A 4Z4XA 5I3YA 1C70A 5P20A 3VG1A 4DJVA 3Q5HA 5IVSA 4DQFA 5P3KA 5SXNA 3FKTA 5P2MA 2NR6A 1PPLE 2ZHVA 2QMGA 5P0QA 3EMYA 1HVIA 5P2LA 3RTHA 1APWE 3SA3A 3LINA 3S43B 5HDZA 5P89A 1ZLFA 4Y3TA 5P47A 1K6VA 5OZXA 2IEOA 5HD0A 5P1BA 3O9LA 5P00A 2QZWA 2ZE1A 4FM7A 5COKA 5P69A 2NNPA 5P45A 3EM4A 5P0ZA 1PROA 5AGZA 5P4ZA 1Z1HA 4J0ZA 1K6CA 4HDPA 4LXAA 2QCIA 3L3AA 5ISJA 4GMIA 3U7SA 1N49A 2ER7E 2QNNA 5KQYA 4CPXA 5P30A 4K4PA 4OC6B 1BV7A 4J5JA 5P75A 4B70A 3OOZA 1YM2A 5P67A 4Y4WA 3ER3E 4EP2A 3TOGA 4COEA 3GI5A 1PFZA 3EL5A 1B6PA 1DP5A 2QI0A 5P7LA 1IBQA 3LIXA 1IDBA 1XDHA 5P1PA 5P8TA 1UPJA 5UPJA 3SACA 5P59A 3BVAA 4FLGA 4TRZA 4EJDA 3ZOVA 1MT8A 1W6IA 4D83A 4Q1XA 2QMDA 4LC7A 4LBTA 4Y3HA 3RSVA 5P3HA 1CPIA 2QZLA 2ZJKA 4R5NA 1FEJC 1META 5P5FA 3F9QA 3UFNA 3QRVA 4HLAA 5P2NA 3APPA 1K2CA 4I0HA 4KE0A 3N4LA 1E82E 4Y41A 3PLDA 4Y36A 1DW6C 5P51A 1EBKC 2BPZA 3UDJA 5I3VA 4OBDA 2VJ6A 3H5BA 1APVE 3C9XA 5P6TA 5P6YA 3KYRA 3OQFA 2Q54A 5ER2E 1FG6C 5IS4A 1EEDP 5P1YA 5P4IA 4ZSPA 4H1EA 5P3TA 1BILA 2G21A 3ST5A 4J0TA 3R0WA 1KJ7A 3KFPA 5OYXA 2FXEA 4Y3WA 5P4OA 3VF7A 1K1UA 5DQCA 5SZ9A 4I10A 4Z22A 5P1VA 2BJUA 5OYQA 2V11C 5OZ4A 2MIPA 5P53A 2JJJA 2OHNA 5P7TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBJ A;  4Y44 A;  3HAU A;  2J9J B;  1E80 E;  2V13 A;  1ZBG A;  1C6Z A;  5P6A A;  2AID A;  5P3E A;  4Y47 A;  1XE6 A;  3PWW A;  2HM1 A;  3OAG B;  2QHC A;  2QP8 A;  4MC2 A;  2QHZ A;  4MC9 A;  5P52 A;  2AVV A;  3OQ7 A;  3CKR A;  4E43 A;  2BKS A;  5P8V A;  5OZF A;  1EBW A;  6UPJ A;  5P22 A;  5DQ5 A;  2XFK A;  1KZK A;  5P10 A;  5P32 A;  1MT7 A;  2I4D A;  4OBG A;  1DPJ A;  1E81 E;  5P0S A;  4FAF A;  3ZPT A;  5P4V A;  5P8D A;  1HXB A;  4TRW A;  5P3G A;  1G0V A;  3S2O A;  4FRS A;  5P46 A;  1HSH A;  5P8I A;  5P4X A;  5HDV A;  1OEW A;  3L5C A;  5P8F A;  4U7V A;  5OZR A;  4U8W A;  2ZYE A;  4B77 A;  1B6L A;  2ZJJ A;  1ME6 A;  5OZU A;  1KJ4 A;  4B00 A;  3PI0 A;  2B7F A;  2AOF A;  1AVF A;  5P7C A;  3VYD A;  1HRN A;  3PLL A;  2FS4 A;  1LF4 A;  3HBO A;  2OHT A;  5P26 A;  3EL0 A;  5P5Z A;  4B0Q A;  5IVT A;  2FXD A;  1FG8 C;  5P4W A;  4YHQ A;  3SPK A;  5P2S A;  4Y38 A;  2OHL A;  4L1A B;  2G26 A;  5APR E;  3S85 A;  2PC0 A;  2HPF A;  3ZKQ A;  3OTS A;  1SDT A;  2BPV A;  3ZL7 A;  3OQK A;  1LF3 A;  3RVI A;  3TOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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