2QNNA

Hiv-1 protease in complex with a multiple decorated pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Guided Design of C2-Symmetric HIV-1 Protease Inhibitors Based on a Pyrrolidine Scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qnnA00
5P1NA 5KQFA 3EKYA 3BGCA 2G26A 1QBUA 1FQ5A 5DQ5A 2V00A 2Z54A 3D1YA 1BV9A 3BGBA 3IXOA 3ER3E 3UQUA 1KJ4A 5P4JA 1EBWA 5OZJA 4TVHA 4RZ1A 1BXOA 4Y4DA 1EPRE 2VNMA 3B7VA 5P1WA 2AOJA 2B42A 3K5FA 3VCMA 2QU2A 5P25A 4DPFA 5P18A 3OAGA 4Y3PA 1AJVA 1NH0A 5P3NA 1SH9A 1XS7D 1ER8E 2ZJMA 1EPOE 2OHTA 2AVMA 4Y5MA 3Q5HA 4Y3TA 2R5QA 2FDPA 3I2LA 4K4RA 2ANLA 5P49A 1DAZC 4F75A 3ZOVA 5P2LA 5P5QA 2ZHUA 4E43A 5B18A 3VF5A 4Y3WA 1LEEA 4I8ZA 1BDQA 1K1UA 5P8UA 4EXHA 4OBJA 5P5GA 2ZHTA 1GNNA 3MXDA 5P0RA 5P5CA 5P7GA 1XL5A 3ER5E 5P4TA 2Q15A 1OEXA 4EXGA 4QJ9A 3EL9A 3HVPA 2FLEA 4I0FA 2G1YA 4D85A 3Q6YA 2UPJA 3SQFA 4Y4UA 4I11A 5P7LA 1DP5A 1MSNA 1HPOA 5P5UA 3OU3A 1MT7A 5P3BA 4RVJA 5P5XA 4U7QA 3QAAA 3OAGB 4I0IA 2I0AA 2PMAA 5P6UA 4L7GA 2Q3KA 2IL2A 1ZLFA 4L7JA 2QHYA 5HDZA 3RVIA 5HD0A 1APUE 3PLDA 4J1CA 1NPAA 1CPIA 4KE1A 1META 2WHHA 3K5DA 3SA8A 5P6FA 4NJTA 3NU6A 5P0JA 5P57A 5P4ZA 1LYAA 2P4JA 3K1WA 3QS1A 5EZZA 3GW5A 5OZYA 1IVQA 2OHQA 3UDQA 1MESA 4DV9A 4LP9A 2ZJNA 1QBSA 3O9HA 4H3FA 4OBZA 2HC0A 1K6TA 3R0YA 3WB5A 5ISJA 4TRWA 5P1LA 4Y3RA 4YE3A 4KUPA 5P3EA 4AA8A 2G1RA 5P2QA 3UDKA 5P8CA 5P36A 4OBFA 3PCWA 1IZHA 3LIVA 5SY3A 3MXEA 5P0EA 4HA5A 2WF0A 3LHGA 5P6BA 3ZKXA 3UTLA 1G6LA 1VIJA 5P5YA 3TPJA 2SAMA 2ER6E 4Y38A 1MVPA 4GJCA 5SZ9A 5OZRA 5P7AA 5COPA 4EJ8A 4XX3A 4RRSA 3OUBA 3RSXA 2F8GA 2QZWA 4TVGA 3OQ7A 4Q5MA 2I1AA 4X2LA 5P3VA 5P63A 1LYAB 2VA6A 5IVQA 4YHQA 5P7XA 3ZKNA 5P6EA 1HBVA 1GNOA 2P8HA 1D4YA 1HIIA 5SXNA 5OYQA 1FMXA 4OBZB 3PVKA 4Y5NA 5P3KA 5OZGA 3L38A 4X7IA 1FMUA 4RRNA 3TKGA 2B7ZA 2Q5KA 2RKFA 5P3DA 3SABA 3TKWA 2FDDA 4Y41A 5P8GA 1EBYA 2P3CA 1IVPA 1HTEA 1MT8A 2QHZA 4U8WA 2FDEA 5P8LA 5P5PA 2HB3A 4CPQA 3NR6A 3EMYA 5HE7A 2AVOA 1YT9A 2V13A 4Z4XA 1FG6C 3ZKGA 1BXQA 1BDLA 5E5KA 2QI7A 5HDUA 3KT2A 4YCKA 3QBHA 3VFBA 1TQFA 5P6MA 5P2TA 5COKA 3EKVA 1FFIC 5P8QA 5I3YA 3OUDA 2VNNA 1VIKA 2NXLA 5P3XA 4AA9A 2O4NA 4I0HA 4LXMA 4DJRA 5P68A 1PROA 1BIMA 5P4KA 5EZXA 3SAAA 5P47A 5P1AA 3LIQA 5P80A 1FG8C 5P8FA 4FSLA 5P7WA 5P22A 5T4SA 1AM5A 2QMFA 1B11A 3URLA 2OHKA 1JLDA 1TCXA 1YM4A 3PMYA 4QJ2A 1D4HA 5OYXA 2FIVA 2I4DA 2CEJA 3UQRA 5HU1A 2VJ6A 2IKUA 3EXOA 4F76A 3S2OA 1B6LA 3OU1A 5C9FA 1K6VA 2IS0A 5P8OA 5P8BA 5P6ZA 2J9JA 2PK5A 3OOTA 1G2KA 2I4WA 2WEBA 5P08A 5P7SA 5P44A 1BVEA 5OZ9A 3L5BA 1HVRA 2R8NA 3ZLQA 3U6AA 3NUOA 4YD7A 4LXKA 3HLOA 1HTFA 3PSGA 3PWWA 5P6LA 1FGCC 4Y3JA 4EP2A 2O4KA 4HDFA 4FRJA 2IQGA 5P74A 3CYXA 2AOFA 5ISKA 2AOIA 5P1FA 5P6SA 5P8DA 3OUDB 4NPTA 2JXRA 3UQWA 4I1CA 1BV7A 2FNSA 3INEA 2R5PA 3UF3A 2JYSA 4DQHA 3PB5A 1AZ5A 4Y3LA 4J0ZA 4OBGA 5OZKA 1APWE 1EPQE 1E80E 1HXWA 4QJAA 5DGWA 3CIBA 3D3TA 1MRXA 4RCEA 4FGXA 5DQ1A 5P6OA 2AVVA 3VUCA 4Y4EA 3PI5A 5P53A 2O40A 3OU1B 2HB2A 2XFIA 3EBZA 4Y5CA 5P56A 4NPUA 2J9JB 4FL8A 1BBSA 1QDMA 1E5OE 1W5XA 4HDPA 2I4QA 4R92A 5OYRA 2RSPA 3BHEA 2G22A 5P6QA 3VLBA 1CZIE 5P33A 1OD1A 4Y6MA 2WL0A 3FIVA 1XN3A 2OHLA 3PI0A 5P7PA 1HTRB 3PCZA 3FKTA 5IS4A 1SBGA 1Z8CA 3NDXA 3NU5A 2ER7E 5P2EA 1EC2A 1EBZA 3K4VA 5OZ4A 5P5NA 4QGIA 3OGPA 2BQVA 5P7KA 5IVSA 3CMSA 1HIHA 5ER2E 2AZ9A 3D91A 5P5JA 3QRVA 2JJIA 4GJ5A 3BUHA 5P5RA 1ZSRA 2P83A 3WSJA 2NR6A 2Q63A 4JPEA 1HVKA 3IXJA 2ZHRA 5P7BA 3ZKIA 5JFPA 2V12C 3GGUA 1G35A 1QRPE 2PH8A 2HPEA 4I0JA 3EL1A 5P0DA 1HHPA 5P1YA 3CKTA 5HVPA 1N49A 4GJ7A 4Y5PA 3SA3A 1LZQA 3GGXA 2Z4OA 1TW7A 3O9DA 3VF7A 5OZXA 5P4QA 4GJBA 1EPLE 3C9XA 4IVTA 4Y3ZA 5P6AA 3S85A 1KJGA 2OHMA 4I0DA 5APRE 2VKMA 2AVQA 2P3DA 4J0VA 5KR0A 4Y3AA 4K4PA 5P2YA 3JW2A 3O9LA 4Q1XA 4DJPA 2WF1A 5P4VA 1PPME 3S54A 5P39A 2I4XA 1FMBA 5P7UA 1E81E 2P3AA 4GYEA 2ZJJA 3IAWA 3VSWA 5P5ZA 4PZXA 3L3AA 5P4IA 2VIEA 3SO9A 2QI6A 2FMBA 4R5NA 3TNEA 5P7MA 1HVHA 2QHCA 3PGIA 4Y3MA 4BFDA 2B8LA 4LAPA 1YM2A 5P35A 5P55A 3VLAA 2ZJLA 3INDA 3APRE 5P76A 3EM3A 2QK5A 2OHNA 4ZPGA 3TH9A 4Y43A 5P14A 3SPKA 4HVPA 1NSOA 4HE9A 4B72A 4CP7A 1HPVA 1LS5A 5P0LA 3T3CA 5P2UA 5OYSA 4K9HA 4Y3DA 1XL2A 4OBDA 5HCTA 4JECA 3O9LB 3TOFA 5KOSA 4ZPEA 5P3WA 1D4JA 1MT9A 5P5IA 3TPLA 5P50A 3S53A 2VIZA 2F81A 3OGQA 5P1GA 3OUAA 4EWOA 3EM6A 2PSGA 3PSYA 3UQPA 5OYYA 5P7EA 3G70A 3LZSA 5P16A 2G69A 1B6KA 1HRNA 1IDAA 3NU4A 2Q55A 2AZ8A 5P00A 3UDRA 1EEDP 3VV8A 3O9EA 4I0EA 5P3QA 4JP9A 3BUFA 5OZIA 3S56A 3T7XA 4M8YA 3IVHA 4BFBA 4ZPFA 2BPWA 3BVBA 3NU3A 3G72A 2G21A 5P1IA 5P07A 1SMEA 2QZXA 5P0IA 3KFNA 5P4WA 5P67A 4ER4E 4FM8A 5IE1A 3SACA 1QBRA 5P70A 2QZKA 4B78A 5P11A 2O4SA 4COEA 4EPJA 3UDYA 3RTHA 1ZAPA 3EL5A 3VEUA 2WEDA 4Y4WA 3WZ6A 1GVTA 1LYBA 5P3PA 4FRSA 1NPWA 5P4GA 5I3XA 1F34A 5P0NA 5P3GA 4PYVA 2G1SA 3BXRA 3VFAA 4DH6A 3QBFA 5P0AA 3LIZA 5P31A 5P5OA 5P5LA 4Y3EA 3LINA 2NPHA 3BC4A 4Y3SA 1HEFE 2PYNA 3OADA 4PHVA 2VJ9A 4Y44A 3LZVA 5P0QA 2FGUA 1IZEA 1T7IA 3G6ZA 5P88A 3LIYA 4GJ9A 3FNUA 1DIFA 3CICA 1XDHA 2BB9A 4L6BA 2CEMA 2Q11A 5P32A 3K5CA 5P65A 7UPJA 2VA7A 3PMUA 4EQJA 1APTE 4DPIA 2WF3A 3DOXA 4Y3GA 3INFA 4L1AA 3LITA 4EP3A 4FE6A 4Y35A 3TOHA 2R43A 3O9FA 4YD5A 5P0KA 5HCOA 1AIDA 4EQ0A 4NJSA 5P0WA 3EM4A 5P1UA 4DJQA 1LYBB 1RPIA 5P1EA 3UDNA 3VSXA 3LZUA 5OZBA 3ZPUA 5P1XA 4YCYA 5P6WA 1EPNE 1K6PA 4GIDA 4LHHA 3GI4A 3RTMA 1SGUA 5P5HA 1XE5A 3ST5A 3KMYA 5OYTA 5E5JA 3OADB 5DR4A 4RVXA 4OD9A 2H6SA 4Y5EA 5P3MA 4DJXA 3S43B 1BAIA 1GKTA 6FIVA 5P19A 4RYGA 2AZCA 1HSHA 3VF3A 4QJ6A 3UFNA 1B5FA 5AHAA 4FRIA 2O4PA 3EKXA 3EKPA 4EJKA 5BRYA 4EHCA 1HVSA 4A6CA 5OYVA 5P2VA 2UY0A 4L1AB 5OZ6A 2B7FA 3S7LA 1E82E 5P3ZA 1YTJA 1HEGE 4NJVA 4H3IA 3BRAA 3PEPA 1KZKA 4ZEAA 2F3FA 1BWBA 1ODWA 1UPJA 5DQCA 3TOGA 4Y5AA 5P3JA 5P7VA 9HVPA 1TSUA 4EJLA 5P2HA 4JOOA 4FSEA 1W5WA 2VS2A 5P0MA 1HIVA 2Q54A 1GNMA 1MPPA 1T3RA 3NXNA 5P2BA 5P2KA 4RCDA 5CONA 2PH6A 1AAQA 5P1HA 1C6YA 5OZ1A 2WF2A 4ER2E 1C70A 5P6CA 5HU0A 2F3KA 2HAHA 4OD9B 2F80A 2IRZA 4YD4A 4HZTA 4U7VA 3K5GA 2XFJA 5BS4A 1F7AA 1ODYA 1EBKC 3KFRA 3UDPA 4Y4AA 2NXMA 5OZHA 4Y5LA 5P7IA 1B5FB 2B8VA 3FSMA 1OHRA 3BVAA 3H5BA 2PC0A 2VA5A 1EC3A 3O9GA 5P2DA 5P1MA 5P73A 5OZFA 5P05A 3PRSA 5OZZA 3GGAA 2QD7A 5P5BA 3PSUA 5P5EA 1KJHA 1LYWA 1AVFA 5P1VA 1MTRA 4AMTA 4OC6A 5P2FA 1IBQA 1RQ9A 2WF4A 3L59A 1SMRA 3INHA 5P0BA 4B70A 3KN0A 5P5AA 4F73A 5P2NA 5P01A 2EWYA 4L7HA 4GJDA 2ZDZA 2BPXA 4YD3A 7HVPA 4BELA 3HAWA 5P6YA 4Y4BA 4Y51A 4CPUA 4Y54A 3QPJA 5P7FA 5P71A 4N00A 5P29A 5JG1A 5P7DA 4BEKA 4Z2ZA 4YA8A 1UH7A 3OQDA 4DFGA 5P3YA 5P7HA 4NKKA 1YTHA 3KDDA 4RVIA 3SA6A 2FXEA 3S7MA 5P0VA 2PWCA 5P4SA 1FQ4A 3OWNA 2RMPA 2VIJA 1OEWA 4Y47A 3S8IA 3BUGA 4OBKA 1LYWB 3D20A 5P7RA 5P3LA 5P3SA 4OC6B 4CMSA 2FGVA 5P8EA 2PK6A 5P28A 3EL0A 4B1DA 4M8XA 5P38A 3TLHA 5DR1A 3AUPA 3QVCA 5P13A 5P4AA 5P37A 5C9BA 3OTSA 2H6TA 2NXDA 1B6MA 5HTZA 3S45A 2QI5A 3EKWA 5ER1E 5P1KA 1AXAA 3SM2A 2Q64A 1HPSA 4R95A 4PEPA 2UXZA 3O9BA 5OZEA 5P48A 4DQGA 1NPVA 2V10C 3ZL7A 3DK1A 5P5KA 5P0YA 3RSVA 5P79A 4Y36A 5P0HA 5P52A 5P8VA 3Q3TA 3IA9A 1GVUA 4Y48A 3MWSA 5P23A 5OZQA 3DCRA 3U7SA 3SA4A 3I6OA 4Y4JA 5P2XA 2WJOA 5P3UA 3ECGA 2IDWA 4ZSQA 1FKNA 1LF2A 3ZPSA 3OHHA 4Y37A 1K2BA 2ZJIA 4B00A 3MSKA 1PPKE 2QMGA 2PQZA 3FV3A 6APRE 5P3HA 4Y4TA 5P84A 1SIVA 3SKGA 5P5SA 3R1GB 2G24A 5P6VA 5P7ZA 2QI3A 4HDBA 1HSGA 1W5VA 3VYDA 1IZDA 3IN4A 5P2WA 2BPYA 2QMDA 5P7QA 4ACUA 4LL3A 3QRMA 3DJKA 3L5FA 1CMSA 1PPLE 1W6HA 4RCFA 3KYRA 4H1EA 1RL8A 5OZDA 5P1PA 2RKGA 3NLSA 1TZSA 3H0BA 1FQ7A 3SA9A 1GVXA 1SDUA 3QROA 4RGHA 5P58A 3L5CA 5DQ4A 1J71A 2VJ7A 2QD8A 3HDKA 5KR1A 5P12A 1FB7A 1HTGA 1XE6A 5P75A 4CKUA 4J5JA 5P1TA 5AHCA 4APRE 3TPRA 3QRSA 4K4QA 5P0SA 1ODXA 3EKTA 5P24A 2RENA 3M9FA 5P1QA 3B80A 5P3RA 3ZKSA 2NTRA 3APPA 3PBDA 5KOQA 5ENMA 2ZGAA 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1N A;  5KQF A;  3EKY A;  3BGC A;  2G26 A;  1QBU A;  1FQ5 A;  5DQ5 A;  2V00 A;  2Z54 A;  3D1Y A;  1BV9 A;  3BGB A;  3IXO A;  3ER3 E;  3UQU A;  1KJ4 A;  5P4J A;  1EBW A;  5OZJ A;  4TVH A;  4RZ1 A;  1BXO A;  4Y4D A;  1EPR E;  2VNM A;  3B7V A;  5P1W A;  2AOJ A;  2B42 A;  3K5F A;  3VCM A;  2QU2 A;  5P25 A;  4DPF A;  5P18 A;  3OAG A;  4Y3P A;  1AJV A;  1NH0 A;  5P3N A;  1SH9 A;  1XS7 D;  1ER8 E;  2ZJM A;  1EPO E;  2OHT A;  2AVM A;  4Y5M A;  3Q5H A;  4Y3T A;  2R5Q A;  2FDP A;  3I2L A;  4K4R A;  2ANL A;  5P49 A;  1DAZ C;  4F75 A;  3ZOV A;  5P2L A;  5P5Q A;  2ZHU A;  4E43 A;  5B18 A;  3VF5 A;  4Y3W A;  1LEE A;  4I8Z A;  1BDQ A;  1K1U A;  5P8U A;  4EXH A;  4OBJ A;  5P5G A;  2ZHT A;  1GNN A;  3MXD A;  5P0R A;  5P5C A;  5P7G A;  1XL5 A;  3ER5 E;  5P4T A;  2Q15 A;  1OEX A;  4EXG A;  4QJ9 A;  3EL9 A;  3HVP A;  2FLE A;  4I0F A;  2G1Y A;  4D85 A;  3Q6Y A;  2UPJ A;  3SQF A;  4Y4U A;  4I11 A;  5P7L A;  1DP5 A;  1MSN A;  1HPO A;  5P5U A;  3OU3 A;  1MT7 A;  5P3B A;  4RVJ A;  5P5X A;  4U7Q A;  3QAA A;  3OAG B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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