2QZLA

Crystal structure of human beta secretase complexed with ixs
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
390
structure length
375
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title BACE-1 inhibition by a series of psi[CH2NH] reduced amide isosteres
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 375
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qzlA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2qzlA02
5HE4A 1BBSA 3PSUA 4R93A 2NNPA 2PK5A 2QZXA 2O4PA 4J0ZA 3T7QA 3MXEA 4FM7A 1B6KA 3R1GB 1HTGA 4Y4GA 1Z8CA 5P79A 5P4RA 5P8IA 1A8GA 2QZWA 4Y4TA 4Y45A 1IDAA 5P6JA 5IVQA 1SIPA 3PWWA 1U8GA 3LINA 4GZFA 5P4GA 5P0JA 1FQ6A 5P0RA 5P69A 5P3VA 5P78A 2R8NA 4B78A 2XYFA 2A1EA 5P2AA 4FGXA 4HEGA 6FIVA 5HDUA 4YD5A 1LS5A 3SA5A 3WSJA 4F75A 3UDNA 4Q1XA 2BPWA 1RL8A 5P8VA 4COEA 4NPUA 5P7OA 3H0BA 4J5JA 1PPME 5P58A 4I0GA 3URLA 3NXEA 3PI0A 4PYVA 1UH8A 2HPFA 3OGPA 5P5WA 4DV9A 1HIIA 1HTRB 3QS1A 3BXSA 4CPUA 4H3JA 1ZBGA 1IBQA 2ZJLA 2QCIA 5AGZA 4Y4AA 4DJPA 4Y51A 5P7WA 1SMRA 3LZSA 1MSMA 3IVIA 4RVXA 4CKUA 1EPPE 5OZMA 2QI5A 1ZLFA 1YX9A 3BVBA 3TH9A 4TVHA 4ZPGA 3L59A 3UCBA 1K1TA 4Y3RA 5I3WA 3S85A 5P7FA 3VEUA 4Y3PA 4DJRA 5HE5A 5P4NA 5DGWA 4F74A 2V11C 3IXKA 3NUOA 5P61A 1QBUA 5P39A 5BS4A 4J0PA 5P30A 3KN0A 5P6MA 3INHA 3TOFA 4D89A 4QGIA 1APVE 1B6JA 4J55A 4OBZB 3HLOA 1SDTA 5P7MA 4FS4A 5P63A 2FXDA 1HPXA 5P5CA 2QU3A 5OZGA 5P3EA 1AAQA 5P15A 5OZJA 2G1SA 4LP9A 5P82A 2I4DA 4JP9A 5P7HA 2VS2A 4DQEA 1HOSA 5P1FA 5P8JA 5JODA 5OZ5A 2QI4A 5KR8A 3WB4A 3U6AA 3NLSA 1D4KA 3PBDA 5KR1A 2RENA 5OYUA 5ENKA 4OBZA 1IZDA 3T7PA 5P7QA 5DR4A 5P7LA 5P3SA 4HLAA 3ZKGA 3NDUA 5OYVA 2QNQA 4HE9A 1XS7D 4J1CA 4Y5CA 4B1CA 3D1XA 5P5SA 4MC9A 1GVTA 5P4EA 3S45A 2FGUA 1OEXA 1C70A 4GJDA 5P7RA 5P1SA 4EPJA 2AODA 2NTRA 5P71A 3LHGA 3BHEA 3VSWA 5SZ9A 4Z50A 1MIQA 2IL2A 3R4BA 5P73A 2APRA 3TPLA 4ZSPA 2WL0A 3FIVA 4LC7A 5P8TA 3PCZA 3VFBA 2H6SA 5P5VA 3ST5A 2V16C 1MEUA 1B11A 4LHHA 6UPJA 5P6OA 3KM4A 1K6TA 1TW7A 3SQFA 1FFFC 3APRE 1HPSA 5PEPA 5IS4A 3SFCA 5P70A 4Y41A 1C6XA 3PLLA 1KJFA 3EC0A 5P5UA 2P3DA 3VSXA 5P2WA 2AZBA 3MSLA 5P18A 5P8FA 1FMBA 1FQ4A 1RPIA 3O9HA 2P8HA 4NJVA 2QI1A 3CIBA 5OZ4A 4I0ZA 1MRXA 5EZXA 4Y5GA 5P23A 1HVJA 2WJOA 3NWQA 5P0EA 4GYEA 1GVWA 2JYSA 1GVXA 3O9CA 1FQXA 5P3LA 2UY0A 2OHNA 3FNUA 3IXOA 4Y5MA 5P7XA 3D3TA 1B6MA 3GW5A 5HU1A 2AVVA 1WKRA 2ZHSA 5OZPA 3AUPA 4YD4A 2G1NA 4A6CA 1D4HA 3GGVA 3ZL7A 5ISKA 5P4ZA 4FAFA 3NU5A 2G1YA 4TRZA 1ENTE 3IN3A 3VFAA 5P1PA 4H3FA 3Q3TA 5P88A 3I6OA 4RLDA 1K1UA 1DIFA 5OZ6A 2AZCA 3MSKA 5KOQA 5P7DA 3ZKXA 5CLMA 7HVPA 4HZTA 4Y57A 2QD6A 2PH6A 5OZYA 5P2ZA 5P45A 4AMTA 1LF2A 2ER9E 2QAKA 1W6HA 2WF2A 1DP5A 4X7IA 4ZSRA 4APRE 4F76A 4BEKA 1YTIA 2IKUA 3KMXA 2FNSA 2FDPA 4Y54A 3OXXA 5P7ZA 1K2CA 3INEA 3PWRA 4YHQA 3FX5A 3EXOA 5P53A 1T6GA 5P2HA 5ER2E 3PCWA 1CZIE 4ER4E 4K4RA 3JVWA 4J1EA 5P2TA 3NDWA 5P76A 4J1FA 1EAGA 5P4CA 3OXVA 3HAWA 5P60A 1KJ4A 3KFPA 5P4JA 5P0MA 4QLHA 4DQGA 5P0BA 4Z22A 5P06A 5P52A 3NSHA 2G22A 1AJXA 4RZ1A 5P1VA 3GI5A 3ZKNA 5CONA 3OK9A 3ZOVA 1FKNA 3MWSA 2AOFA 5P1OA 3G70A 3GI6A 2ER7E 5P37A 2FS4A 5P1DA 1W51A 3VYDA 4YOAA 4RYCA 5HCTA 5OZWA 4F73A 2HC0A 2CEMA 4J1HA 5P80A 5P8MA 5APRE 4GJ7A 3EMYA 4FE6A 5P64A 3TPPA 1SH9A 5P6WA 1ODXA 4YCKA 1K6VA 4U7QA 1EC0A 4TRYA 3SM2A 5P0DA 3PB5A 2ER0E 4B00A 5P0PA 5ER1E 1G2KA 3RVIA 4R8YA 1HVLA 1LF4A 3VV7A 1EC2A 3SKFA 4QJ2A 5P4DA 2OF0A 1MPPA 1YTHA 3K5GA 2VIEA 3I7EA 3OUCA 5P8BA 1GVVA 3OTSA 5P1BA 1W50A 2WEAA 3O9LB 2ZHRA 3IXJA 2JXRA 1UH9A 1AXAA 4EWOA 1BWBA 5P1EA 2BPXA 5P0QA 4RGHA 1KJ7A 1A94A 5OZEA 1EBWA 2BKSA 2AOEA 4YOBA 4J1IA 5OZVA 5COPA 2Q11A 2QI3A 3CKRA 3KA2A 4A4QA 3DCKA 2ZJIA 2QHCA 5P0AA 2Q63A 4DJVA 5P48A 3SLZA 3UQPA 4R5NA 3Q6YA 1OD1A 5P49A 3SA6A 1GNOA 5P65A 1E82E 2OHMA 3O9LA 3VV6A 2ZHUA 4I8WA 2QI7A 2AIDA 5ISJA 5P4FA 2EWYA 2G69A 4RROA 4YE3A 5P59A 5DPZA 1ZSRA 5OYYA 5P6DA 3OY4A 4L6BA 2RMPA 3RTMA 5P2CA 5P8EA 1TCWA 4I0EA 5P0HA 5P6LA 5P0YA 3TOGA 3R0YA 4Y47A 3I8WA 4Y3EA 4PHVA 4LXKA 4ZIPA 4EXGA 2NR6A 1VIJA 2OHUA 5P7GA 4XKXA 2VIZA 4L7JA 5P83A 1EPNE 5OYZA 5P2IA 4Y4XA 5P6RA 4WTUA 5P43A 5P4UA 3T3CA 1HSIA 4Y5LA 5OZ7A 3K5FA 1HEFE 4Y3AA 1FQ5A 3OU3A 5OZRA 4ER1E 4YBIA 2PMAA 5KAOA 2MIPA 3NR6A 5AH8A 4MC1A 4Y5PA 3PLDA 5P6EA 4I0DA 2Q64A 1ZAPA 4MC2A 5P0ZA 3VF3A 2VA7A 4XXSA 1TSUA 2B8VA 1LZQA 1UPJA 5P8SA 2VNMA 3RSVA 1XL2A 5I3VA 3KMYA 1GVUA 2QMDA 5P3RA 3EL1A 4K8SA 5DQ2A 5P3OA 2O40A 2RKGA 2R43A 5P62A 3BUFA 5P7NA 3UQRA 1DMPA 2IQGA 1BDQA 2A4FA 5P7PA 1EC1A 4LBTA 2QZKA 5P3UA 4L7GA 5P6XA 4OD9B 2PH8A 4QJ9A 4CPXA 3Q5HA 5P8PA 4M8YA 2Q5KA 5P17A 2QP8A 4DVFA 2I4XA 2I4WA 5P2UA 3PGIA 5P4QA 1HSGA 5P89A 2WEDA 3NYGA 1C6YA 1UH7A 5OYSA 1EC3A 4RVIA 4B0QA 1QBTA 4OD9A 1LYWB 4ZSQA 5P87A 3TPRA 4B05A 2OHTA 2QK5A 5P72A 5P1RA 1FMUA 1IDBA 2F80A 3EKTA 4Z2ZA 5B18A 5KQXA 5I3XA 2AOJA 4K4PA 1FF0C 4GJ8A 5P20A 3CYWA 5OYWA 1K2BA 1HVHA 1HWRA 3OQFA 3ZKIA 1DPJA 4ER2E 3UDKA 4Y3HA 1EPOE 2IEOA 1LYWA 2QMPA 1MSNA 1E80E 5P3WA 5P56A 4I0JA 4Y3TA 5P5EA 3OOZA 2AQUA 3FSMA 4DJWA 4OBKA 3LZUA 5P1QA 5P5RA 4IVSA 5P1UA 1ODYA 5P5YA 5OZSA 5FIVA 2G24A 2F3FA 4U7VA 5P55A 4Y53A 4EJLA 1AM5A 4Y4BA 2FXEA 2B8LA 3ZKSA 5OZ9A 2QNNA 3UQUA 5EZZA 3OQKA 3EKWA 5P5ZA 2ANLA 4LXMA 4QJ7A 1LYBB 1LYAB 1W5VA 1HXWA 3OGQA 2HB3A 5P11A 1FEJC 5P2JA 5P50A 3CKTA 3H5BA 1SIVA 1XN3A 3PHVA 5P0LA 4I11A 2BKTA 1G35A 3O9FA 1WBKA 3DCRA 3UPJA 5HE7A 3ZPSA 2R5QA 5P1MA 3RSXA 3QRSA 4YD7A 5P28A 1BDLA 2WKZA 3DUYA 4KB9A 4CPRA 5P5JA 1LYBA 1LYAA 3NWXA 1FB7A 3LITA 3OUDB 4YDFA 5P1HA 4Y6MA 4YD6A 3TNEA 3PWMA 3HVGA 5E5KA 5P6ZA 1PSAA 2RSPA 3RU1A 2B7ZA 1TQFA 1PPLE 3D1YA 1BILA 2QHYA 5P4HA 2I4UA 4J0TA 3LPIA 1W6IA 3O9EA 3Q70A 3QBHA 5P5MA 5OYTA 4Y35A 1APTE 3OUDA 4I0HA 1A30A 3D1ZA 5ENMA 1HVSA 2Z4OA 4Y48A 3QN8A 5P7JA 3PBZA 4DJOA 2XFKA 2Z54A 5P22A 4EQJA 1B5FB 5I3YA 4Y38A 5C9DA 5P4SA 1VIKA 4Y39A 5P36A 1MRWA 1ZPAA 4HDBA 4J17A 3TTPA 1A9MA 2R5PA 3KFSA 3L5EA 3R0WA 5P25A 4FLGA 5P3FA 3EL0A 2XFJA 8HVPA 4KUPA 3VV8A 4OBDA 2HAHA 4ZSMA 5SY2A 2PC0A 4CPQA 5KR2A 2NXDA 4I12A 3EKVA 3LIZA 5HCOA 4RRNA 4GJ5A 2HB4A 4Y4UA 3KDBA 1FQ8A 3F9QA 1B5FA 3OOTA 4JPCA 1FFIC 1KJHA 2RKFA 3FNTA 5P1YA 5P51A 2IGXA 5TOLA 1J71A 3LIXA 3APPA 2ZJNA 3HW1A 3K4VC 3O99A 4Y3WA 2HM1A 3ECGA 3BGBA 5P1ZA 1NH0A 3BRAA 4ZPEA 1JLDA 5OYXA 1HSHA 1GNMA 5OZ2A 5P2VA 1MT9A 5HDVA 3GI4A 4N00A 5P8KA 1F7AA 2JE4A 5P5FA 5P6BA 3A2OA 5P3XA 3IAWA 4Q1YA 5OZNA 5P68A 3N3IA 4UPJA 2R3TA 1BXQA 3EM4A 1MESA 2AVOA 4BFDA 3LZYA 5HDZA 3T6IA 2BPVA 3D91A 5OZFA 5P6VA 5P6PA 4FL8A 4RCEA 1SGZA 3VUCA 3OU1B 4Y56A 5OZZA 2ZJHA 5OZDA 1HVCA 5IVRA 4YDGA 3OQ7A 4EXHA 3KFRA 5P4VA 3VCMA 4NJSA 2PSGA 3D20A 5P10A 4H3IA 5DQ1A 3QI1A 4Y3YA 5P3TA 2OHLA 5P1KA 4FIVA 5P2YA 1G6LA 5P54A 1T7IA 1HPVA 5P7TA 5P0TA 2AOCA 2HS2A 2VJ7A 4Y3LA 5P66A 5P4AA 3DV1A 2AVMA 2ZE1A 1ER8E 4EHCA 2ZJJA 3OU1A 2AVQA 5DR8A 5P8QA 5P33A 4Y3ZA 1BDRA 5P2NA 5P2MA 3BVAA 4Y3JA 5P5LA 2F8GA 5P5PA 5P1XA 5SY3A 3SACA 3S8IA 2ASIA 2VIYA 3EL5A 1SDUA 4DJXA 5P5BA 3KF0A 3KFNA 4I10A 2Q3KA 3S7LA 5P67A 2I0AA 5P1NA 5P4TA 2G27A 2XYEA 5OZAA 2G21A 5C9FA 5P5IA 3OXCA 4CPSA 4NKKA 3UDRA 4A6BA 3EM6A 5P3IA 1CMSA 5P4LA 4BFBA 1MT7A 4Z4XA 1KJGA 1M43A 4EJ8A 5OZ1A 2IRZA 5P1GA 4EYRA 1MT8A 4TRWA 1HHPA 4CPWA 3CICA 1NSOA 5P0GA 1Q9PA 1ZJ7A 5P2DA 3QBFA 1AIDA 5P4OA 2PSVA 2HS1A 2V0ZC 3M9FA 1SMEA 1FMXA 4KE1A 5P6NA 5IE1A 3MXDA 5P26A 2ZHVA 5E5JA 1TZSA 1APUE 5P5NA 3UDPA 4ZEAA 2V12C 1M0BA 5P6GA 3LIYA 2BBBA 4DFGA 3L3AA 3JVYA 3QRVA 1PROA 3QPJA 5P2EA 5P75A 4HDPA 2QI0A 3DK1A 5P2KA 4DH6A 1T3RA 2V13A 5P2QA 1B6PA 5OZ0A 3WZ8A 1YT9A 5AH7A 1FGCC 3SA4A 2IGYA 2WECA 3HBOA 2BB9A 5P5TA 2VNNA 2QHZA 1HIHA 2B60A 5P6TA 1RV7A 5F01A 1MUIA 5AH9A 3UFLA 3PSYA 5P3BA 3WZ7A 4GJ9A 3PMYA 3RTHA 5T4SA 4Y4DA 4TVGA 4GIDA 4HA5A 1XN2A 4I1CA 2QMGA 4AZYA 3O9IA 4DJQA 4PEPA 3L5BA 3URJA 1SP5A 2I1AA 3B80A 3KT5A 5F00A 5P5OA 3HDKA 1EPRE 3TLHA 3OAGB 2AOHA 2G1RA 2Q55A 4Y4WA 4DQFA 1IIQA 4J54A 4Y3FA 2QI6A 5OZ3A 5P07A 3K4VA 5P7BA 4Y5KA 2FGVA 3SA3A 5OZQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE4 A;  1BBS A;  3PSU A;  4R93 A;  2NNP A;  2PK5 A;  2QZX A;  2O4P A;  4J0Z A;  3T7Q A;  3MXE A;  4FM7 A;  1B6K A;  3R1G B;  1HTG A;  4Y4G A;  1Z8C A;  5P79 A;  5P4R A;  5P8I A;  1A8G A;  2QZW A;  4Y4T A;  4Y45 A;  1IDA A;  5P6J A;  5IVQ A;  1SIP A;  3PWW A;  1U8G A;  3LIN A;  4GZF A;  5P4G A;  5P0J A;  1FQ6 A;  5P0R A;  5P69 A;  5P3V A;  5P78 A;  2R8N A;  4B78 A;  2XYF A;  2A1E A;  5P2A A;  4FGX A;  4HEG A;  6FIV A;  5HDU A;  4YD5 A;  1LS5 A;  3SA5 A;  3WSJ A;  4F75 A;  3UDN A;  4Q1X A;  2BPW A;  1RL8 A;  5P8V A;  4COE A;  4NPU A;  5P7O A;  3H0B A;  4J5J A;  1PPM E;  5P58 A;  4I0G A;  3URL A;  3NXE A;  3PI0 A;  4PYV A;  1UH8 A;  2HPF A;  3OGP A;  5P5W A;  4DV9 A;  1HII A;  1HTR B;  3QS1 A;  3BXS A;  4CPU A;  4H3J A;  1ZBG A;  1IBQ A;  2ZJL A;  2QCI A;  5AGZ A;  4Y4A A;  4DJP A;  4Y51 A;  5P7W A;  1SMR A;  3LZS A;  1MSM A;  3IVI A;  4RVX A;  4CKU A;  1EPP E;  5OZM A;  2QI5 A;  1ZLF A;  1YX9 A;  3BVB A;  3TH9 A;  4TVH A;  4ZPG A;  3L59 A;  3UCB A;  1K1T A;  4Y3R A;  5I3W A;  3S85 A;  5P7F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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