2R5P | Genus

Total Genus 17

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	17
sequence length	99
structure length	99
Chain Sequence	PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__741467865273779__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__741467865273779__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2R5P/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__741467865273779__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"741467865273779","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2R5P/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__741467865273779__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfd8ebbeb6c309571a08c73/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfd8ebbeb6c309571a08c73/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfd8ebbeb6c309571a08c73/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfd8ebbeb6c309571a08c73/pdb.gz): 622 ms

reading 99 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

99 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 16 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:98});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	The Contribution of Naturally Occurring Polymorphisms in Altering the Biochemical and Structural Characteristics of HIV-1 Subtype C Protease pubmed doi rcsb
molecule keywords	Protease
total genus	17
structure length	99
sequence length	99
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2007-09-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00077	RVP	Retroviral aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2r5pA00

5P8VA 1K1TA 3IXOA 5C9FA 1FMBA 2R3TA 5P48A 1YTJA 5OZGA 3OU1B 2G27A 4Y3WA 5P78A 2I4VA 3K5DA 4J1FA 4B77A 5P10A 5P5GA 1BAIA 3D3TA 5P2TA 2AZ9A 4Y3JA 5I3WA 1YG9A 3TPPA 5P2GA 1TZSA 5P79A 2V13A 5P8IA 4GB2A 5P1GA 4J1HA 5P7GA 4F76A 5KR0A 2G1SA 2EWYA 1D4LA 4OBHA 5SXNA 1LZQA 4ER4E 5OZVA 2ZJKA 3O9GA 5KOQA 1GVUA 4HEGA 3OUCA 1U8GA 4Y50A 5P7PA 3EL5A 4OBGA 2XFJA 4FM7A 5P4JA 4Z4XA 5P51A 4DQGA 1PSAA 3L5EA 5P45A 3PMYA 4ZEAA 5ISJA 4Y3NA 3S2OA 5P5PA 3KDCA 3NXNA 3GI4A 3OWNA 4GJ9A 1HSGA 3T11A 1MIQA 2IS0A 1ZSRA 4A4QA 1KJHA 2I4WA 4CMSA 1BWAA 4XX3A 4YA8A 5OZ3A 3KA2A 5P3OA 1WKRA 3SA7A 5SZ9A 1QBSA 5P74A 1GNNA 1K6VA 5P2DA 3UQPA 5OZMA 3QVIA 3SKGA 3PLDA 4GYEA 5P0PA 5P8HA 4CPWA 5P75A 3ZPTA 2HS1A 2IRZA 5P0SA 5P8LA 5P6DA 2BQVA 4HE9A 4I8ZA 1RQ9A 2WEAA 3PSGA 5P0TA 1HVIA 1BDLA 4R95A 3EM3A 4Z2ZA 5P15A 4Y5GA 5P13A 1D4KA 5HD0A 3PMUA 5P2RA 2FGUA 5P1JA 4EJLA 5P6JA 5C9BA 1HVSA 1KJGA 2WEZA 2WL0A 3Q4BA 3OUDB 4XXSA 3O99A 4QJ7A 3S7LA 4F75A 4B78A 5P72A 3SO9A 2Q55A 3QBFA 3UDQA 5P88A 2O4SA 4DJXA 4Y4ZA 5P32A 1QBRA 5P0CA 2I4DA 2AOGA 1SMEA 5P2IA 5IE1A 1MT8A 2QI3A 4KB9A 3QAAA 2ZJHA 5OZQA 4E43A 4DQEA 2AOEA 1F7AA 5OZ5A 4K8SA 3HLOA 2IENA 2QU3A 9HVPA 2BBBA 3JVWA 3VFBA 4GJ6A 4RCEA 3LNKA 3ZKQA 1IIQA 4FRKA 4Y5AA 3INFA 4I1CA 5P07A 3GGXA 4EXHA 4I0EA 1BV9A 2OHLA 5P2LA 3UPJA 3D1YA 5OYXA 5P29A 5P27A 3OU4B 3DV1A 5DQ4A 5OZOA 2OHNA 1HTFA 2MIPA 5P31A 5P3BA 1T3RA 3TNEA 4Q1NA 3VEUA 1LS5A 3G6ZA 1RV7A 2VA6A 2VJ7A 5P7CA 4R5NA 5P0VA 5P0EA 1EC3A 4PZXA 2B7ZA 1HOSA 2PSGA 1HTGA 1SIVA 4K4RA 3CKRA 2ER7E 1KJ7A 5OYWA 5OYVA 2P3BA 2ZHUA 2G22A 5P6EA 5P4NA 5P7AA 4YBFA 4PZWA 1E80E 5BS4A 3PWMA 1W51A 1EPNE 4TRZA 4QJ2A 4GJCA 1RNEA 3RVIA 1ME6A 4B0QA 4ACUA 2G1OA 2R5QA 5P6RA 3L38A 3EL1A 3SA8A 4FSEA 5P2EA 5P8BA 4DJUA 3JW2A 4U8WA 5AHAA 1T6EX 3EKVA 1A94A 2NXLA 1BDQA 3EL0A 1OHRA 4HDPA 5P4YA 5P71A 3PCZA 3BC4A 4Y5PA 1BXOA 5JFPA 5DR7A 4Y3TA 5P6FA 1EPLE 1HEGE 1ZJ7A 2PWCA 5OZRA 4JOOA 2IGYA 5P5WA 1YTIA 5P3HA 4CPUA 3VYEA 1QRPE 3PRSA 4Y4TA 5P0IA 5P4OA 5OZHA 1MRXA 2ZJJA 2QI4A 1ZTZA 1UH8A 3NDXA 2FXEA 1SBGA 2G1NA 1EPOE 1K2CA 3OTYA 4RCFA 3HBOA 2OHKA 2AZCA 5P8FA 1B6PA 3O9EA 1YTHA 5P1BA 4JPEA 5COOA 4CPQA 2AOIA 2JXRA 3UF3A 3FX5A 4GJ8A 5OZFA 4Y3AA 3C9XA 4LBTA 5P4AA 3AUPA 3KDBA 1FQ7A 3UDNA 1TQFA 1N49A 2BPYA 1DP5A 3K4VC 5P04A 1EC1A 5P8RA 5P8QA 4FIVA 1IBQA 3SAAA 2I1AA 3O9BA 1SDUA 5P4PA 2OAHA 5HDUA 3ZKIA 5P8PA 1HVCA 2XFKA 3VLAA 5DR4A 2Q5KA 1FQ5A 3QRMA 1GNOA 5I3XA 2IL2A 3NWXA 2ER9E 3PGIA 3S54A 4EJDA 5P08A 5P5IA 4EP2A 2FGVA 5P4FA 5P6BA 5P8OA 4Y38A 4DQCA 1HPOA 4Y4XA 3GGAA 3LHGA 2ZHSA 3TTPA 4EQJA 2FNTA 5KQZA 4FAEA 4APRE 3MWSA 2O4NA 3INEA 4Y56A 2AZBA 1EBWA 1G2KA 2ZHRA 5P57A 5OZJA 2FMBA 3SACA 5P52A 4YCKA 5P7NA 4R91A 4Y4EA 5TOLA 5OZEA 2AIDA 1UH7A 3PI5A 1LV1A 3OXXA 5KQYA 2ZJIA 2VKMA 2HS2A 4Q1XA 4Y3FA 1IZEA 1LYAB 4Y3QA 1CZIE 5AH8A 1W5YA 5HE5A 5T4SA 4Y5NA 5IVQA 1HHPA 2VA5A 5P4VA 3VSXA 3TLHA 5P0WA 4R92A 5P18A 2QMFA 3PM4A 3LITA 4CP7A 1BIMA 2BKTA 3APRE 2HPEA 1XL2A 5P19A 2OHRA 3I2LA 3NU9A 1FMUA 1HVHA 5P7WA 3IA9A 1KZKA 1LYBB 5P62A 1T7IA 5CLMA 4TVGA 3VYFA 5P55A 4LHHA 1G6LA 5P3LA 4DH6A 3UDKA 1ODWA 3SKFA 3T3CA 5P60A 1HVRA 4I0FA 4N00A 2PWRA 3SA5A 2Z4OA 1HBVA 2QMPA 5P4DA 3KYRA 5P5ZA 1HTRB 1LYWB 1ENTE 1PSNA 4Y3HA 2B8VA 5OZUA 5ER1E 1FQ4A 5P56A 5P3GA 4LXAA 4OD9B 3DV5A 3NU6A 5P5MA 3SFCA 3PWRA 2JJJA 5P7VA 5COPA 3CYXA 3S43A 3PI0A 4Y3LA 5P5SA 4CPSA 2R5PA 4H1EA 3URLA 3LZYA 2VS2A 2H6SA 4PYVA 1ZPAA 5P6YA 5P1NA 5P8NA 4DPFA 4BEKA 1UH9A 1EAGA 5OZ4A 3VF7A 4LXMA 4MC9A 5OZZA 1HTEA 5P4SA 1F34A 3O9LB 5P5OA 2ZDZA 3EKPA 4YD7A 1ODYA 5P47A 2AVOA 1EPME 5OZCA 4L7JA 4Y3EA 4EP3A 2P3CA 5P84A 3PHVA 5OZ8A 3OQKA 3FV3A 5P2CA 4EYRA 5HDZA 2VNMA 3HVPA 1EPPE 2PMAA 3RTHA 3GI5A 1AJVA 5P5FA 4YD3A 3KFRA 3VUCA 1D4HA 3ST5A 5P7TA 3UDJA 3OQAA 1FQ6A 3Q3TA 3DCKA 4U7QA 2NR6A 1KJFA 3HVGA 2HAHA 5HDXA 1LF2A 4FGXA 4Q1YA 1NPAA 4YD4A 4S1GA 2WF3A 1FQ8A 4I0JA 4MC2A 4GIDA 2I4QA 4ER1E 2HPFA 1HWRA 4ZIPA 4TRWA 5P4GA 4I0HA 4J5JA 4LC7A 5P24A 5P2NA 5P6LA 5P1PA 1Q9PA 4DQHA 4HDBA 3U6AA 4D83A 1C6ZA 5P68A 2O40A 3ER3E 5P37A 3SA3A 4QGIA 1VIKA 2CEJA 3QIHA 5P4MA 3M9FA 2NMYA 4Y36A 1T6GA 5P6QA 4R93A 3DOXA 2AODA 1GVXA 2WEBA 5P86A 2AOCA 1K1UA 5DQ1A 1MTRA 4FRJA 3SPKA 3K5CA 5P7LA 5OZWA 5P02A 2V11C 3FNUA 1M43A 2IGXA 2JYSA 5P5TA 4YD6A 4QJ9A 5P1WA 5P2MA 3PEPA 3WB5A 2OHQA 1PPLE 2QZWA 3UQXA 2RKGA 3NR6A 2XFIA 3LIXA 2OF0A 3OAGB 5OZYA 3EKWA 4J1CA 3EMYA 2F80A 5J25A 3VSWA 5P7QA 3ZPUA 1J71A 5P6OA 2XYEA 3OU3A 2IQGA 1AVFA 2HB4A 1ZSFA 4Y3MA 2Q63A 1WBMA 2O4KA 1AM5A 4J54A 3TL9A 4DJOA 4Y39A 4YE3A 1XN3A 2B7FA 5P4CA 2G21A 2R3WA 3G72A 5P8DA 4L1AB 4Y9WA 3KFPA 1LF4A 5HE4A 2BKSA 2QCIA 5P0UA 1MPPA 1HVLA 5P5JA 1YM4A 3K4VA 2IDWA 2PQZA 3QRSA 3EKQA 4Y4UA 4Y3XA 3UDPA 4OBZA 1SGZA 4NJUA 4DI2A 5P7UA 3KT2A 3RTMA 4Y47A 3EKTA 4HVPA 3NDTA 4OC6A 1HXBA 4QJ8A 5P2BA 2AOJA 4QLHA 3CKTA 4DJPA 3BGCA 1A30A 1W5WA 5HE7A 5ISKA 4Y4GA 2Q11A 4PEPA 2QHZA 3INDA 5P1XA 4NPTA 2VIZA 2QI1A 2F3FA 4Y4AA 4K9HA 1META 2WKZA 4LAPA 1APTE 2JJIA 2QZLA 1W6IA 3FNTA 2ER6E 4EHCA 1HPXA 4RLDA 5P00A 2WF4A 3HDKA 3D20A 5DGWA 5P4UA 4ZLSA 1FMXA 1BVGA 5P2JA 1HXWA 3QBHA 1BDRA 2G1RA 1ZBGA 2Q54A 1FIVA 4GZFA 1RL8A 2IKOA 3SA4A 5P5AA 4LP9A 5P6TA 4Y3SA 2PSVA 2F3EA 2QU2A 4HDFA 1FG8C 1QBTA 4EJ8A 3PVKA 2G20A 2VJ6A 3OADA 5P6AA 4EQ0A 5P6WA 5P61A 2ZJNA 3CYWA 2VNNA 4U7VA 4QJAA 4YHQA 4FRSA 3R0YA 3R2FA 4J0PA 4RVXA 3D1ZA 3KMXA 3NDWA 5SY3A 2J9JA 1AXAA 4EXGA 4YCTA 2G94A 3DJKA 3EL4A 4J1EA 5P6KA 2WEDA 2QHCA 4OBJA 5P0DA 1C6YA 1SIPA 3EL9A 3UQRA 1SP5A 3FSMA 5P1UA 5P4HA 5OZSA 5P4EA 5APRE 5JODA 4BFBA 4Y5KA 5P76A 3OXWA 2ZJMA 5P2XA 5DQ2A 5P54A 3S85A 2IKUA 3S53A 5P3TA 3ZKMA 4Q5MA 3ZKNA 5P69A 2RMPA 5P3AA 2CEMA 2A4FA 2QD8A 4XKXA 5P6VA 1CMSA 1HIHA 1E5OE 1XDHA 1EPQE 4KE1A 5OZ1A 5P0QA 2NMZA 3UDYA 2O4PA 4I0GA 5P64A 5P3KA 4RYCA 3FNSA 4Z22A 1PROA 5P5QA 5P0JA 1B11A 4B72A 2V16C 2F81A 5OZ7A 2VIEA 4YD5A 2PH6A 3HAWA 2A1EA 4DJYA 3IXJA 3K5GA 3UDMA 5OZAA 1K6PA 1EBKC 2WF1A 2P3DA 5C9DA 4KUPA 1APVE 5AHCA 1TCWA 3MXEA 5P2QA 3EM6A 4PPHA 5P0KA 5P1DA 1MSNA 5HU1A 2ANLA 5P73A 4I0ZA 5P20A 3UCBA 2VIJA 4NPUA 2F3KA 5P38A 5P1AA 1TSQA 1HVJA 2ZE1A 5P1FA 5FIVA 5P05A 5P83A 1XS7D 3D1XA 4I11A 1DIFA 4RRSA 1G35A 2HM1A 1FFFC 4GJBA 3EC0A 5P77A 1HSHA 4JPCA 3S56A 1D4SA 2Q3KA 1FLHA 4OBKA 5OZ9A 4RROA 2ASIA 4EPJA 3QPJA 3AIDA 1MRWA 5P70A 3BRAA 4Y4DA 3UQUA 3KN0A 3KDDA 5P0OA 1EC2A 1B5FA 5DR0A 4F73A 3UTLA 4H3GA 4GMIA 5P2FA 4EJKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2R5PA

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Chain Sequence

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