2R8NA

Structural analysis of the unbound form of hiv-1 subtype c protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVSIKVGGQIKEALLDTGADDTVIEEIALPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRNMLTQLGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-resolution structure of unbound human immunodeficiency virus 1 subtype C protease: implications of flap dynamics and drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol protein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r8nA00
3OUDA 4DQGA 4Y3LA 3SKFA 2QCIA 4DQHA 4EHCA 3RSVA 5P2JA 1OEXA 4RLDA 3VYFA 5P1JA 5P6NA 2R8NA 5OZVA 5P5FA 2OHNA 3O9AA 1WBMA 1BVEA 1Q9PA 2JXRA 3TPLA 2BPWA 1PPME 5OZOA 5P2EA 3BVAA 3K4VC 5P47A 4H3IA 1TCWA 3BGCA 2B60A 1BV9A 4Y48A 3I25A 1UPJA 1W51A 3NLSA 3LZUA 3LPIA 5ER1E 4L7JA 4Y4TA 1BWAA 4Z4XA 1G35A 3ER3E 2I1AA 3PMUA 3OXVA 5P45A 5P04A 1HVKA 3NU3A 2O4KA 3PWWA 5OZGA 5P52A 5P7PA 3LZYA 3SA5A 5COOA 5P1GA 4Y4XA 4Y4BA 5OZ7A 2HPEA 5P4EA 4K4RA 3VLAA 3L5BA 3INFA 1IZEA 2APRA 5OZ5A 5OYVA 2QP8A 3UPJA 2P4JA 2H6TA 4LHHA 4I0HA 4K4PA 5P15A 5I3YA 1APVE 1HVJA 4U7VA 5C9FA 3H0BA 3EC0A 5P3VA 2HB2A 2AVSA 3PWMA 3R2FA 3FNUA 3QRSA 1F34A 4HDBA 4I10A 3NUOA 2BPYA 5P13A 4J1HA 3URLA 5P4OA 4R8YA 1APUE 5P2FA 1D4IA 2QHZA 2RSPA 5JFPA 1T3RA 2HM1A 1UH8A 2G69A 5P82A 4OBDA 1FQ6A 5P3MA 5P7VA 3HVPA 2UY0A 3SA4A 4TRZA 1MPPA 3OQDA 3HD8A 1SDVA 2JJJA 3VUCA 1HIIA 4B0QA 4RROA 5P84A 5P1HA 5P55A 4GJ9A 5P7TA 2G1YA 3WZ7A 1G2KA 1FQ8A 2ER6E 1HVLA 3KT2A 3VSXA 3OK9A 2HS1A 5P0XA 3RU1A 5IVRA 2BKTA 3JVWA 3PWRA 3O9CA 5P74A 5OYYA 5BWYA 1K6TA 4Y3XA 2HB4A 2PSUA 3VFBA 4HEGA 3UQRA 4QJ9A 3DJKA 4PEPA 4Y5PA 5P5DA 3LHGA 4QJAA 5P8IA 4RVIA 3T6IA 4NPUA 1EPNE 3WZ6A 5P3AA 3ZPUA 5HDXA 4XX4A 2ASIA 2HAHA 4Y3SA 5P22A 4EP2A 4MC9A 5TOLA 3PM4A 4DJRA 5OYQA 2OHUA 3NU5A 4YHQA 5P67A 1EBKC 1HIVA 5P0WA 1T7IA 5P4AA 5P8MA 4Y3ZA 1SDTA 4R5NA 2ZJLA 4JOOA 5P1BA 3OXWA 1IDAA 3EL1A 1B5FB 3K5CA 5P7XA 3NR6A 3BGBA 4Y45A 1K2CA 4ACUA 1D4KA 3QIHA 5P4SA 2IRZA 3PBDA 4K8SA 5P3PA 2ER9E 4Y5AA 1MVPA 3NXEA 1HVHA 5P81A 5P8DA 1K1UA 5P7YA 4Y5NA 2FGVA 5P5QA 5P8OA 2RMPA 5P59A 1KJHA 5KR2A 4DQBA 5P34A 5COPA 5HU1A 1SH9A 2QMGA 5P0AA 1MT9A 2AOIA 1K6PA 2NMYA 2NTRA 5P6XA 1GNMA 1RQ9A 1HRNA 2QK5A 1EPRE 5IE1A 5KR8A 4H3GA 2WF4A 2PYNA 4Y3AA 4FGXA 2V10C 5P4YA 1GVUA 5P8AA 5FIVA 5DQ2A 3OADA 4H1EA 5P0PA 3WZ8A 1SMRA 1W6HA 5AGZA 2I0AA 4RRNA 1MTBA 2OAHA 3VV7A 3ZKQA 2F8GA 3OHFA 4EJ8A 3SACA 5J25A 5P2YA 5P3BA 3SPKA 1ZSRA 2ZJKA 4Y5KA 5P3XA 2Q11A 4OBHA 1LF3A 1NPVA 5P2QA 3FSMA 3TOGA 5I70A 3GI5A 4D89A 5P3NA 2J9JA 1IIQA 5P3LA 4J55A 5P62A 2R5PA 3PBZA 5AHBA 1EC3A 1E82E 2AVOA 2QD6A 2BB9A 4OD9A 5P3QA 1FQXA 1BWBA 1M0BA 3BXRA 5P11A 5P7ZA 5P7LA 4Y3QA 3LIZA 2ZHRA 4Y51A 3DCKA 3S53A 4LXMA 2QI7A 5P3YA 2OHSA 1EPPE 5P5MA 5HVPA 2G21A 2WEBA 5P5CA 1YTHA 2O4SA 3OU3A 2QI5A 4I0EA 5P8CA 3L3AA 3VYEA 5OZLA 3N4LA 5P2IA 3BC4A 2FMBA 4XX3A 1A30A 5P0ZA 4HDPA 4B70A 5F00A 4APRE 3OQKA 5P4BA 5P5WA 2Z54A 3UDYA 3HAWA 3UFLA 1BXQA 1HVIA 2A4FA 4Y5GA 3L5EA 4MC2A 5P5XA 9HVPA 2OHLA 4GJ6A 3R4BA 4OBKA 2VNMA 2QMDA 1B11A 5P5NA 4FE6A 1CPIA 5P14A 3PVKA 1FQ4A 1BDQA 4YA8A 3QRMA 5AHCA 5P4QA 1AIDA 3NU4A 5P35A 3EKYA 5P5UA 4GYEA 1HPXA 3IVIA 3Q3TA 2JJIA 4ZSRA 3EKXA 3L5CA 1T6EX 2QMPA 4Y3RA 1T7JA 2VKMA 5SZ9A 3UDPA 1YM2A 4Q1YA 3O9EA 3UQUA 5P63A 3CKTA 5P4WA 2FS4A 3UTLA 1HEFE 4J1EA 5P1EA 1GVVA 5P0JA 5P73A 5P1IA 3OUCA 5P3UA 3N3IA 3VF3A 4ER1E 1B6PA 2NXDA 4Y5BA 2RKGA 2ZHTA 5OZQA 2NNKA 2QHCA 5P4CA 1YTGA 5JFUA 5P0HA 1HPVA 3TH9A 2I4UA 3UDNA 2R9BA 5E5JA 4I0IA 2WL0A 3IN4A 5PEPA 3WB4A 3VF5A 4IVSA 5P6GA 1OHRA 1AZ5A 3NWXA 4E43A 5P2RA 4ER2E 1E80E 5P1QA 4Y3PA 2O4PA 1APWE 5P68A 5P4FA 1WKRA 1SBGA 1KJGA 4DH6A 3ZKMA 5B18A 5P0LA 2PC0A 3EXOA 5P54A 4Y36A 5P6BA 1BXOA 2NNPA 3OQFA 1EBZA 4Y3FA 4J1KA 3NDTA 5P27A 5P5JA 4I0FA 4J0PA 4Y5LA 5P7QA 4F73A 4Y3GA 3LINA 4FRIA 3SO9A 3INEA 2AODA 5P6QA 2ZJIA 4L7HA 1PFZA 2VIZA 5P0NA 1FGCC 1QBSA 2OHMA 4L1AA 4EJDA 2H6SA 1D4HA 1W5YA 4NJTA 5P07A 3FX5A 4NPTA 2B8VA 3UDMA 1FG8C 4H3FA 5P6OA 3BUGA 2Q5KA 5P6JA 1QBRA 4B05A 3QROA 3O9HA 5BRYA 1K2BA 3SABA 3ECGA 1FQ7A 1K6CA 4Y57A 5P7BA 5P5GA 5P6FA 1HTEA 3UQPA 5P3IA 2P3AA 5P1XA 1FMUA 3HDKA 2BPZA 3S85A 4Q1WA 5P5LA 4ZPFA 3MXDA 4CPXA 2PWRA 4Y5EA 5P89A 1XS7D 3L5DA 4QLHA 2G24A 2VNNA 5P8LA 3HW1A 2PWCA 4DQFA 3OGQA 2IKOA 1C6ZA 4FM6A 3TPJA 1PSAA 3OTSA 1CZIE 5OYWA 1MT7A 2P8HA 5DR1A 5P2KA 3NWQA 5P66A 1FQ5A 2EWYA 2FNTA 3Q6YA 5P8HA 1B5FA 1HBVA 1MTRA 2G26A 1FMXA 2O4NA 2ZJMA 1VIJA 4KE0A 1QDMA 4CPQA 3ZKIA 3GI4A 4U8WA 2QI1A 2G1SA 1DMPA 1IZHA 3KF0A 3TTPA 5P3TA 3INHA 5P2SA 3B7VA 1LF4A 5P6MA 5IS4A 4Y4GA 4YBFA 5P4KA 3L58A 3SA7A 1ZTZA 5P31A 2RENA 3BXSA 4I1CA 4X2LA 4XKXA 4YD3A 5P00A 5DGUA 3VEUA 5P2AA 4L6BA 5HCTA 5P7JA 3CYXA 3OWNA 5P7GA 3ZL7A 4ZPEA 3O9IA 1IBQA 2IENA 2VIEA 3LIYA 3D20A 1EBWA 4DJVA 4YCTA 5P3JA 2IKUA 5P7MA 1HPSA 3KDBA 1ZP8A 3EMYA 4X7IA 5P2HA 2AVMA 4DJOA 5AH8A 3WB5A 2I0DA 1DAZC 3LIVA 3O9LB 4KUPA 1B6JA 5OZJA 2IEOA 4DI2A 2J9KA 1FEJC 2G94A 3MWSA 5P2LA 5P3OA 2F3EA 1BIMA 2FGUA 3URIA 1A8GA 3KM4A 1M43A 3DUYA 2R3WA 2IDWA 2Q15A 5P1RA 3PB5A 5P8UA 4Y54A 5P3CA 4BFBA 5OZEA 4RVJA 3WSJA 4Y41A 2NXMA 5OZIA 4ZSPA 3OQAA 5OZAA 3FKTA 4PYVA 5P16A 2QI3A 4Y3EA 4Y3NA 1HOSA 1EPLE 2NMZA 1HTFA 2ANLA 2G1OA 5P39A 4I0ZA 1ODWA 1AM5A 4YBIA 1EEDP 4K4QA 3OU4B 5P5AA 5P6IA 5P60A 3U71A 2VIYA 2JYSA 5OYUA 3D3TA 3K5FA 2AVQA 4Y4ZA 4MC1A 4FSLA 5P7WA 5JODA 5AHAA 3KFNA 3OTYA 3L5FA 1W5XA 5P5SA 4DQCA 1APTE 3EL5A 1RNEA 1KZKA 3S7LA 3PI0A 4L1AB 1BAIA 1EBYA 2FIVA 3QI1A 1NSOA 4ACXA 3APPA 4J54A 4FRKA 5ISJA 2B7ZA 4PZWA 4J1FA 4CPTA 1ODYA 4LXAA 3LIQA 4HZTA 5P86A 2XFIA 3NDUA 3GGAA 4EQJA 5P70A 5P23A 4Y5CA 5P6EA 3IXJA 3UQWA 4Q5MA 2BKSA 2P3CA 3PLDA 5OZ8A 3KYRA 4Y50A 1AVFA 3GGUA 4R91A 3SA8A 2VA7A 4EJLA 4Z2ZA 2JE4A 3KFSA 3D1ZA 3S43A 2V00A 5OZSA 1EC2A 4A4QA 2O4LA 5P87A 4DQEA 2ZHSA 2V13A 5OZ6A 5T4SA 4CP7A 4D85A 4AA8A 5P1SA 5P8GA 3L38A 1U8GA 5P46A 1CMSA 3S54A 3DCRA 4F76A 3SA3A 3CIDA 3KN0A 3QBHA 5P7SA 4Q1NA 3VYDA 3CMSA 4I0DA 1GNNA 5P1YA 4AA9A 5P1AA 2F3FA 4I0GA 2BPXA 2IGYA 4B72A 4NJUA 4DJQA 3PGIA 4EXHA 1FKNA 1MUIA 2CEMA 1QBUA 1SGZA 3IGBA 3BVBA 5DQ1A 2VA6A 3KDDA 3VCMA 1DP5A 5P06A 5P02A 1MSNA 3T7QA 4APEA 2AOJA 1RV7A 4OBFA 1LZQA 4RGHA 5HCOA 5P6HA 2ZDZA 1SP5A 1YTIA 7HVPA 5OZ4A 3ZMGA 5P71A 1HSHA 4HA5A 5P1DA 1MRXA 1GNOA 2AZ8A 3RTMA 4M8YA 2ZHUA 4HVPA 4Y4WA 7UPJA 1LV1A 5DQCA 2ZJNA 1GVXA 5P8KA 5P2DA 5P5TA 5COKA 3OQ7A 3O9FA 5P6LA 4TRYA 3QBFA 4EP3A 2HB3A 2WF3A 3ST5A 1FMBA 3GI6A 2P3BA 2WF1A 2QZWA 4MC6A 3MSKA 5P0TA 4F75A 1N49A 3MSLA 4COEA 2I4DA 5P1CA 4PPHA 1XL2A 3KA2A 1TZSA 4F74A 2BQVA 3VV8A 3NU6A 1XN2A 4N00A 3OHHA 4DJXA 3DV1A 4I0JA 1RL8A 5DR4A 1D4YA 2IS0A 3Q4BA 4B1EA 4J1IA 1IZDA 2QU2A 3UFNA 4YD4A 2OHQA 5P8EA 4FAEA 3FV3A 5P4VA 1NH0A 1IVPA 4QJ8A 5P6ZA 3SKGA 5DPZA 1MRWA 1PPKE 5P2OA 1BVGA 5KR0A 4YE3A 3PHVA 3HLOA 5DR3A 5P1ZA 5ISKA 4WY1A 1GKTA 1W50A 3R0WA 3O9BA 3BHEA 4Z22A 2FDDA 5I3VA 3T7XA 3UDRA 5P7HA 5P8QA 3ZOVA 5P1KA 5P6DA 5P6PA 3PSGA 4GZFA 3RTHA 3ER5E 5IVSA 5P76A 2IGXA 1ZBGA 2OHKA 5P44A 3K4VA 4Y38A 3GI0A 3NDWA 5P61A 1VIKA 5P2XA 5P3ZA 3K1WA 3PCZA 5ER2E 4HLAA 5DR8A 4GJ7A 5P0GA 3G70A 4RRSA 4OBGA 5P0BA 5P6SA 1LEEA 1SGUA 3CYWA 4H3JA 4Z50A 1B6KA 2F3KA 1ODXA 3TKGA 2V0ZC 5P43A 3O9LA 5P75A 4S1GA 5KQYA 2UXZA 5P8NA 5I3WA 4YDGA 1MERA 4FM7A 5P0EA 5DGWA 3S43B 1ZLFA 3O9GA 5P40A 5P0UA 4B1CA 5P3RA 4LL3A 5P0VA 5KQXA 5P24A 5P1MA 5OYXA 1FFFC 4J0TA 5AH7A 4QJ7A 4RYGA 3K5GA 1XE5A 2FLEA 5P5RA 3S56A 4GJCA 1KJFA 2QAKA 2WF0A 5P65A 3GW5A 4ZEAA 5HD0A 3C9XA 4LC7A 2FXEA 5KQFA 5SY3A 4TVHA 1K6VA 5OZTA 1HVSA 5P0IA 4GJBA 3G6ZA 5P48A 5P3DA 6APRE 3BUHA 2Q63A 3OU4A 4YDFA 5P6AA 2AZ9A 5P7EA 1BBSA 3OXCA 2A1EA 2NPHA 2VJ7A 4FM8A 3UDQA 2AQUA 3URJA 4Y39A 3CIBA 3KFPA 3I2LA 4KE1A 5P3FA 3MSJA 4J5JA 5P4RA 1C6YA 5P0YA 4CPSA 1AJXA 3INDA 3K5DA 2XFKA 4KB9A 3RSXA 5OZHA 1ENTE 5CLMA 5P2GA 5P7FA 2PH6A 5P37A 5P7RA 5OYSA 2HIZA 4Q1XA 1E5OE 1NPAA 3EKQA 1MESA 4PZXA 5P01A 4RYCA 5OZWA 4CMSA 1EAGA 1NPWA 4GMIA 4YD5A 5P7KA 1SDUA 2Q55A 5P0SA 2ZE1A 3S8IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OUD A;  4DQG A;  4Y3L A;  3SKF A;  2QCI A;  4DQH A;  4EHC A;  3RSV A;  5P2J A;  1OEX A;  4RLD A;  3VYF A;  5P1J A;  5P6N A;  2R8N A;  5OZV A;  5P5F A;  2OHN A;  3O9A A;  1WBM A;  1BVE A;  1Q9P A;  2JXR A;  3TPL A;  2BPW A;  1PPM E;  5OZO A;  5P2E A;  3BVA A;  3K4V C;  5P47 A;  4H3I A;  1TCW A;  3BGC A;  2B60 A;  1BV9 A;  4Y48 A;  3I25 A;  1UPJ A;  1W51 A;  3NLS A;  3LZU A;  3LPI A;  5ER1 E;  4L7J A;  4Y4T A;  1BWA A;  4Z4X A;  1G35 A;  3ER3 E;  2I1A A;  3PMU A;  3OXV A;  5P45 A;  5P04 A;  1HVK A;  3NU3 A;  2O4K A;  3PWW A;  5OZG A;  5P52 A;  5P7P A;  3LZY A;  3SA5 A;  5COO A;  5P1G A;  4Y4X A;  4Y4B A;  5OZ7 A;  2HPE A;  5P4E A;  4K4R A;  3VLA A;  3L5B A;  3INF A;  1IZE A;  2APR A;  5OZ5 A;  5OYV A;  2QP8 A;  3UPJ A;  2P4J A;  2H6T A;  4LHH A;  4I0H A;  4K4P A;  5P15 A;  5I3Y A;  1APV E;  1HVJ A;  4U7V A;  5C9F A;  3H0B A;  3EC0 A;  5P3V A;  2HB2 A;  2AVS A;  3PWM A;  3R2F A;  3FNU A;  3QRS A;  1F34 A;  4HDB A;  4I10 A;  3NUO A;  2BPY A;  5P13 A;  4J1H A;  3URL A;  5P4O A;  4R8Y A;  1APU E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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