2R9BA

Structural analysis of plasmepsin 2 from plasmodium falciparum complexed with a peptide-based inhibitor
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Recombinant plasmepsin 1 from the human malaria parasite plasmodium falciparum: enzymatic characterization, active site inhibitor design, and structural analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin-2
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
total genus 85
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2007-09-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r9bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2r9bA01
4WY1A 3TH9A 5P56A 4RYCA 4F74A 4J1EA 2IEOA 5P45A 1LYWB 4GB2A 4KUPA 3O9BA 4MC9A 3OQAA 1HIIA 5ER2E 3LZYA 3PLLA 5P4VA 1EPRE 2UPJA 5P57A 4J54A 5P2UA 3NYGA 2WL0A 1PSNA 4JOOA 1EBKC 3GGVA 3URJA 4CPTA 5P7GA 1EPME 2RSPA 3L5FA 1D4SA 3UDQA 4NJTA 4DJXA 4DJYA 4OBHA 4ZLSA 3PWWA 2PK6A 3SKFA 4B0QA 3O9DA 1HEFE 1XS7D 5I3WA 2UY0A 2NMZA 2R8NA 4YE3A 3SM2A 4FAFA 2V11C 1ZLFA 3BGCA 5P83A 4Y4WA 2PH6A 1TW7A 1EPQE 2R38A 1BWBA 2IGYA 1MPPA 1ZJ7A 4IVTA 5P0DA 5HCTA 3T7QA 3S53A 1B6PA 1M4HA 5KR2A 4Z2ZA 1IIQA 5HDXA 3EL9A 4CKUA 5P2NA 5HDUA 5P4HA 4I0JA 5P80A 4HDFA 5P6CA 2V10C 3NU3A 1QBSA 2NNPA 2QI3A 3DUYA 2QI4A 3INHA 4CPXA 3IAWA 4Y4XA 3C9XA 1K1TA 4Y39A 3SQFA 2G1RA 5P3DA 5P0AA 4DPIA 4TVHA 2NXDA 3NWQA 5P7RA 1AZ5A 4J1KA 3O9IA 2AZBA 1SIPA 4XX4A 1QS8A 4FM7A 4A4QA 4LXAA 3BVAA 3L58A 3VV7A 3WB4A 3NU4A 4DI2A 2BJUA 4Y4TA 4RCFA 4QJ8A 2G20A 2IDWA 5COKA 1FB7A 3SA9A 3VV8A 2FS4A 4APEA 5P54A 3N4LA 5P0KA 1PFZA 3UQRA 3DV1A 1IVQA 5P46A 1HVRA 1WBKA 4Y3HA 4OBZA 1HEGE 4APRE 1OD1A 1K2BA 3MSJA 2QMFA 2VS2A 1K6PA 4DQFA 4Q1WA 2R43A 4NJUA 3EKWA 2OF0A 3NUOA 5P6NA 2BKSA 1PPLE 3VFAA 5P11A 5P73A 5P1QA 4Y5CA 5P4UA 2Q63A 1EC3A 1TZSA 3TLHA 5OZFA 5P2OA 4Y5PA 2AOFA 2ZJLA 5OZDA 4J55A 4K4PA 2FNTA 5F01A 2G26A 5OZJA 5P5TA 3TPJA 3VSWA 3OU3A 1HSGA 3I2LA 1GNMA 2P83A 3APPA 5P4RA 4RLDA 1B6LA 3D1XA 5HD0A 3VYFA 5P55A 3RSXA 4A6BA 3LPIA 3QS1A 2UXZA 1TSUA 5P8VA 4YD6A 3NWXA 3PBDA 3PGIA 3NLSA 5P2JA 4ZSMA 2FDDA 2HS2A 1UH9A 3KFRA 4QJ6A 1FQ7A 3OHFA 5P39A 1TCXA 2AVOA 3PSYA 4RVXA 4D83A 5ER1E 5OZNA 5KR1A 5P8SA 3UHLA 3DJKA 2Q5KA 3TTPA 3KDBA 1LV1A 5P07A 3VF5A 1QBRA 4Y5AA 3MXEA 5I3XA 3MSKA 1LYAA 3CIBA 3FNTA 5DR0A 1DIFA 4Y43A 3B7VA 2OHSA 2PK5A 3FNSA 5P5NA 4LXKA 3SABA 1PSAA 3EXOA 5P5KA 3UTLA 4RRNA 1AJXA 2G1OA 5P0GA 1HPVA 3PJ6A 4J0YA 1HOSA 3S54A 5P8QA 5OYVA 4Z22A 5P5QA 5P32A 3LZSA 3D1YA 1RL8A 2PYMA 3CYXA 2XYEA 1FLHA 1XDHA 3PM4A 5P77A 4DQGA 2BPZA 5IE1A 5DQ1A 4Y3YA 3LPKA 4I0IA 3FKTA 1B6JA 3ST5A 3OQ7A 4BFBA 5P88A 1EC2A 5P2GA 5P7NA 5ENKA 5P8GA 3VV6A 3DV5A 5P2WA 5P36A 4JPCA 1ZSRA 2Q3KA 3APRE 1MT9A 1SGZA 4LAPA 4Y3WA 4EJDA 9HVPA 5P6TA 1ZSFA 4ZSRA 2AODA 2XYFA 4Y3XA 4YCTA 3K5GA 5J25A 3UFLA 1APVE 5P8FA 1MSMA 1HVCA 2F8GA 3QAAA 2QZLA 5P86A 5P66A 2PH8A 2B7FA 3O9FA 3ZL7A 5P5OA 2AIDA 3IXOA 2I4VA 3AUPA 4X2LA 5P2SA 1YX9A 3R1GB 5JODA 5P38A 5APRE 3R0YA 4K4QA 4OBZB 1MT7A 3UFNA 1E5OE 5P3FA 1MEUA 5C9FA 2PSVA 2VJ7A 3BVBA 2I4QA 2FXDA 3K4VA 5OZXA 3ZKIA 5P84A 3FIVA 2JXRA 3SM1A 1G6LA 2B8LA 2ZHSA 2JYSA 2HS1A 5SY3A 3GI0A 2VIZA 3VCMA 5P1FA 2G27A 2BPWA 5I3YA 3UF3A 4ZE6A 5P4QA 1AAQA 4LC7A 5OYWA 4QJAA 3SLZA 5P4AA 1A8GA 3H0BA 3OTYA 1XL5A 1MTRA 4FAEA 3PHVA 5P7HA 4OD9B 3EM3A 4H3FA 1APUE 2RKGA 5P20A 5P71A 1TCWA 5P8BA 5KOQA 5P0QA 2QAKA 3DK1A 4FS4A 5P1DA 3LIQA 2V0ZC 5P63A 4GYEA 3GGUA 4PPHA 5P69A 5P4FA 3BUGA 5P2VA 5OZBA 4MC2A 1RPIA 2PYNA 5P0XA 4I12A 5OZQA 4FL8A 3A2OA 3PI0A 2QD6A 4Y4JA 4GMIA 1W50A 5P1EA 3UDYA 5P5SA 1BV7A 2VA5A 5P25A 2QD7A 1BDQA 1QRPE 2QNQA 5OZ9A 4B05A 3WZ7A 2NNKA 4NKKA 1LYAB 3OU4B 2VA7A 4LHHA 2VNNA 5OZ0A 1FQ8A 2QMDA 4CPQA 1GVUA 3INDA 3ZLQA 4Y6MA 4J1HA 5P5ZA 4COEA 1PSOE 1W5XA 3R2FA 1WBMA 5OZ4A 5P7VA 5P8KA 3TL9A 4CPSA 1META 5P4OA 5P6UA 1C6XA 4D88A 4DV9A 5P34A 3DCKA 5EZXA 2P8HA 4RZ1A 5HE7A 4CMSA 5P0EA 4OBFA 1HIHA 4Y3GA 4Y3ZA 5PEPA 5I70A 4AUCA 6UPJA 1YT9A 5OZCA 5P0UA 5P7LA 3IN3A 3LIXA 3KMXA 3ZMGA 3HZCA 5P1LA 7HVPA 3KFPA 5P2IA 5P78A 4Y54A 5DQ4A 1BIMA 3SA8A 2AOHA 1SIVA 4RRSA 3IN4A 3LPJA 1EPPE 2O4LA 3NU5A 4Y3QA 1QDMA 4RROA 4S1GA 4FRJA 5P1MA 1HTRB 3OAGA 2O40A 2F81A 2BPVA 1OEWA 3EL1A 5KR0A 4QLHA 3TPRA 1ODWA 3BC4A 5P5XA 5OZEA 2ZDZA 5P1NA 4OBKA 1U8GA 5P00A 4L7JA 3ZPTA 4FM8A 3VG1A 1IZDA 1T6GA 3LIZA 5OZMA 4LP9A 3LITA 5DGUA 1K6CA 4Y45A 4J0VA 5P4XA 3ECGA 4Y47A 5P7EA 4DJUA 1EPLE 3D91A 5P3NA 1EAGA 3NDTA 3OK9A 3ZKXA 1BAIA 5P43A 5DQCA 1LYBB 4EXGA 2QI7A 4FRIA 2B42A 3FX5A 3OADA 5P6LA 2ZJJA 5KOSA 5P0BA 2V13A 2F80A 4B1CA 3HBOA 2ANLA 3D3TA 4DUSA 3TKWA 3NXEA 1PPME 5P7OA 3EL4A 1EPNE 4K9HA 3PCZA 5P3VA 5P60A 4Y3RA 2P3BA 1B11A 3LHGA 1SDTA 5P79A 4I0GA 5P0YA 3HW1A 5P6MA 4BFDA 4ZPEA 5P3ZA 3L59A 2Q55A 3IVIA 1APWE 1CPIA 1LF4A 5I3VA 4GJ7A 1ME6A 4D8CA 4R92A 6FIVA 5P06A 3OUCA 4ER1E 1BBSA 5KAOA 4Y3SA 3F9QA 5CONA 5P7ZA 4DJWA 4M8XA 5P58A 3GI6A 3JVWA 1NPWA 4CPRA 1T3RA 1HTFA 1C6ZA 5P3MA 5P7TA 2QI5A 1EEDP 5P22A 2HB4A 3LNKA 3VFBA 5OZIA 2WEDA 5FIVA 5P85A 1BVEA 3AIDA 5P3JA 1K1UA 4DH6A 5DQ5A 4B1EA 4QJ2A 2ZJMA 3KM4A 3PMYA 5OYTA 5P7IA 3EKPA 1LEEA 4GJ6A 3K5CA 2I1AA 3PWMA 4U7VA 3D1ZA 2VIJA 2ZE1A 3LIVA 5P4JA 4K8SA 5DR4A 2RKFA 5P0CA 3MWSA 3SA7A 1EBYA 1J71A 4FCOA 4GJBA 5P59A 3HAWA 5P08A 5P76A 5P44A 4J1IA 4FE6A 5HU0A 4Y5LA 2ZJHA 5JFUA 1NPVA 1D4LA 5P4WA 4RGHA 3SA3A 3LZVA 5P5BA 1W5VA 2WECA 1NSOA 3UDHA 3ZKMA 4DFGA 4EP3A 4B70A 2H6TA 2AQUA 3OAGB 3O9AA 2HB2A 1HTEA 3QI1A 1D4IA 1FG8C 3PVKA 4MC6A 4B72A 2OAHA 5P6HA 1T7KA 2QI1A 5P6IA 4Y9WA 5P1TA 1G0VA 1FIVA 5OZ6A 3HLOA 3OXXA 3G6ZA 4YA8A 1HVLA 5P2DA 2VKMA 3RU1A 5OZ2A 2I4XA 3PSUA 4N00A 3Q4BA 3URIA 3QIHA 2VNMA 5P4CA 5P3TA 4YD4A 3G72A 1FFIC 3KFSA 5IVRA 5ISKA 4R93A 2R3WA 5P2HA 5P1YA 1FMBA 5P75A 3L5DA 5P7CA 4DJQA 5P49A 5P18A 2QHCA 2AOJA 2B60A 5P4SA 1PROA 3DOXA 3IGBA 3EBZA 3OU1A 4Y3AA 3TPPA 2FDEA 3GGXA 3Q70A 5DR7A 5P4KA 4KE0A 3OADB 4OD9A 3VF3A 4CP7A 1HRNA 2NPHA 5P6WA 2A1EA 4ZIPA 5P6VA 5P6EA 4RCDA 5P1UA 5UPJA 3L5BA 5P70A 4XXSA 4K4RA 4GZFA 1QBUA 2CEJA 2OHRA 4UPJA 1HXBA 5P33A 5P2FA 1F34A 4XKXA 2J9JB 1GNOA 2P3BB 3OWNA 4H3IA 1AJVA 5F00A 2APRA 4I0ZA 3QRVA 3UQWA 2PC0A 1W5WA 1SMRA 4J17A 2G69A 2PWCA 1SGUA 4Y44A 1MUIA 4DJRA 4FLGA 2P4JA 3NUJA 3QVIA 3OU4A 3UQXA 5P8RA 2XFIA 2Q64A 2A4FA 5P2CA 5P4DA 3PI5A 4FRSA 1FGCC 1AM5A 5P5GA 1E81E 4YBIA 4ACXA 4ER4E 4YDFA 1ODYA 4FSEA 4AMTA 3EMYA 5OZ8A 3WZ8A 4D85A 1HXWA 2QI0A 2BBBA 3UDKA 5E5JA 4NJSA 5P5JA 5P2MA 2IRZA 2ER7E 5P4BA 5P8OA 3EKXA 5DQ2A 3ZKNA 4U8WA 1MERA 2AVVA 2ZHUA 2QHZA 2VIYA 3BUHA 4Q1NA 3S43B 5P7BA 5SZ9A 5OZ3A 2OHMA 5P5HA 4Y36A 5P2BA 4EHCA 1Z1RA 3IXJA 5HE5A 5P5FA 2R9BA 5OZUA 5P05A 5P6GA 5P1IA 3VLAA 1OHRA 4H1EA 2NXLA 5BRYA 5P1RA 1NPAA 2WF1A 2P3CA 4OC6B 4LL3A 5P6DA 2QZWA 1HVKA 3O9LB 3OUDB 5OZOA 2RMPA 5P09A 5P51A 4I0HA 5OZAA 3NSHA 1MESA 5P5AA 5P8JA 3BXRA 4HDBA 5P13A 1DPJA 5P6KA 2FNSA 5P4GA 2QNPA 2AOEA 5HVPA 4TRWA 1B6MA 5P04A 1SBGA 5P1WA 2HAHA 5AHAA 3JVYA 2O4NA 4PZWA 2G21A 4AZYA 3HVPA 1UH8A 5P5MA 2R3TA 1KJ4A 4ZSPA 2IKOA 5P41A 3EM6A 1WKRA 5KQYA 2Z54A 2OHQA 4Q1XA 3OOZA 3GGAA 5P3RA 1HIVA 1LYBA 3O9GA 1EBWA 3BHEA 2G94A 1G35A 4GJCA 5P8LA 3BGBA 3N3IA 3OU1B 2HIZA 5IVTA 5P52A 5P5CA 1ZPAA 4JP9A 4XX3A 5P61A 5AH7A 5P4TA 2QP8A 2BKTA 2V16C 3RTMA 2ZJNA 3FNUA 4Y51A 1FG6C 5CLMA 1LS5A 5KR8A 3VYDA 1FFFC 2QZKA 2G1YA 2AZ8A 5P0VA 2FIVA 1ZTZA 5P8UA 3JW2A 4RCEA 4X7IA 2P3AA 2VA6A 5P1CA 4DJPA 2ZGAA 4YOAA 5AHCA 5P1SA 5HTZA 5P5YA 1AVFA 4L7HA 5P3IA 1GNNA 5P8TA 3OXWA 4WTUA 5P6SA 3QRSA 5P17A 1MSNA 5DR8A 5P7SA 4EQJA 1AXAA 2PMAA 5P1GA 3O99A 2JE4A 2Q11A 5P0IA 5P4ZA 2WF3A 4Y53A 3EM4A 3S7MA 5P4NA 1KZKA 3K4VC 3ER5E 3Q3TA 5P7YA 3KDCA 1FQXA 4YCKA 2AOIA 1W51A 2RENA 4Y35A 3ZKSA 1YG9A 3OHHA 3SA4A 5P15A 4GJ8A 3U71A 1TSQA 3L5EA 4Y50A 4I8WA 3Q5HA 5E5KA 5P3HA 2WF4A 3BXSA 3OXVA 5P5EA 1XE6A 5P6YA 3OUAA 4AA9A 1GKTA 4DJOA 1C70A 3LIYA 1SP5A 3I6OA 4DQEA 5P1JA 2O4KA 1FQ5A 4U7QA 5P0HA 5HU1A 1VIJA 3TPLA 3KN0A 4Y41A 5AHBA 4ZEAA 5IS4A 3OGPA 1FEJC 3KA2A 3CIDA 1GVXA 2I4WA 1BWAA 1BDLA 3KT5A 1HVSA 2NTRA 1BILA 5P8EA 4NPUA 2FDPA 2AVMA 1BDRA 4ZPFA 5P8AA 4LXMA 5P3CA 3PEPA 2WHHA 3TKGA 4B00A 4HZTA 3WSJA 2B8VA 4MC1A 4GIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WY1 A;  3TH9 A;  5P56 A;  4RYC A;  4F74 A;  4J1E A;  2IEO A;  5P45 A;  1LYW B;  4GB2 A;  4KUP A;  3O9B A;  4MC9 A;  3OQA A;  1HII A;  5ER2 E;  3LZY A;  3PLL A;  5P4V A;  1EPR E;  2UPJ A;  5P57 A;  4J54 A;  5P2U A;  3NYG A;  2WL0 A;  1PSN A;  4JOO A;  1EBK C;  3GGV A;  3URJ A;  4CPT A;  5P7G A;  1EPM E;  2RSP A;  3L5F A;  1D4S A;  3UDQ A;  4NJT A;  4DJX A;  4DJY A;  4OBH A;  4ZLS A;  3PWW A;  2PK6 A;  3SKF A;  4B0Q A;  3O9D A;  1HEF E;  1XS7 D;  5I3W A;  2UY0 A;  2NMZ A;  2R8N A;  4YE3 A;  3SM2 A;  4FAF A;  2V11 C;  1ZLF A;  3BGC A;  5P83 A;  4Y4W A;  2PH6 A;  1TW7 A;  1EPQ E;  2R38 A;  1BWB A;  2IGY A;  1MPP A;  1ZJ7 A;  4IVT A;  5P0D A;  5HCT A;  3T7Q A;  3S53 A;  1B6P A;  1M4H A;  5KR2 A;  4Z2Z A;  1IIQ A;  5HDX A;  3EL9 A;  4CKU A;  5P2N A;  5HDU A;  5P4H A;  4I0J A;  5P80 A;  4HDF A;  5P6C A;  2V10 C;  3NU3 A;  1QBS A;  2NNP A;  2QI3 A;  3DUY A;  2QI4 A;  3INH A;  4CPX A;  3IAW A;  4Y4X A;  3C9X A;  1K1T A;  4Y39 A;  3SQF A;  2G1R A;  5P3D A;  5P0A A;  4DPI A;  4TVH A;  2NXD A;  3NWQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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