2RKFA

Hiv-1 pr resistant mutant + lpv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPFVTVKIAGQLMEALLDTGADDTILEEMSLPGRWTPKVVGGIGGFMKVRQYDQILVEICGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease mutants with insertions in the flap region
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2rkfA00
5P09A 2XFJA 4Q1XA 2H6SA 2WEAA 3VSXA 1GVXA 3OGQA 4Y57A 4YA8A 3ER3E 3S43B 4KE1A 1DPJA 4LP9A 2I4UA 2QU2A 2AOGA 4GMIA 4NJUA 3VFBA 4B00A 1Q9PA 4CMSA 5DQ5A 1FMXA 5DR7A 1PROA 1T6GA 1DP5A 1IZEA 3SA9A 4J5JA 5P7JA 5P4XA 4OBDA 2ZHTA 5P39A 4Y5NA 5P65A 2IKOA 5P6FA 1A9MA 3DUYA 1FQ5A 2AZ8A 4Y4GA 4B72A 3OADA 1BWAA 4K4QA 3LZUA 4I0EA 3MXDA 5HCOA 5P2VA 3WSJA 5P7NA 1W6HA 5P4QA 5OZAA 2OHUA 5P6VA 2G27A 1W5YA 2ZJLA 1G6LA 3CYXA 4Y58A 1YG9A 5P5FA 2ER9E 5P6WA 1T7KA 3ZOVA 5P16A 5SXNA 5P5MA 3O99A 3ZPTA 5ENMA 3PWRA 3O9LA 4DJVA 1E5OE 3QBFA 5P8IA 4TVHA 4DFGA 3OQKA 1YM2A 3EM4A 1IZDA 4DPFA 2J9KA 5P4JA 3TOGA 2MIPA 4RYGA 3LIVA 5P1PA 5OZ6A 4Y54A 3LPJA 1SH9A 5P3OA 4DH6A 3OUAA 1BVEA 1GVWA 5JG1A 5C9FA 3UQXA 1D4IA 5P0FA 5P2UA 4H1EA 1Z8CA 5P4VA 3G6ZA 1BAIA 2V10C 1GKTA 3I7EA 3T11A 5P4IA 4D8CA 2ZJNA 4PZWA 5P24A 3SABA 1EEDP 5P61A 4L7GA 1QBSA 5HE5A 3KFSA 1W6IA 5HDZA 3APPA 5P4SA 4D83A 5OZ1A 2PH8A 1OD1A 4Y3AA 5P8AA 3O9EA 3BXRA 5P08A 5P6UA 2FDDA 5P7KA 1EBZA 3JW2A 4Z22A 5P6SA 1EBWA 4CPRA 1G35A 5P1JA 3NDTA 2RSPA 2VS2A 1BDQA 4I0DA 1B6KA 5P0OA 2QD7A 3NR6A 3CICA 4EXGA 4FM8A 2QK5A 4GJ8A 4TRYA 3IGBA 3UHLA 4I0GA 5P4CA 5P40A 5P8UA 1XN2A 4YBIA 3QAAA 5P07A 2WF3A 5P6CA 2VKMA 1SBGA 4DVFA 2QNQA 1B6PA 3O9LB 2QI4A 4J0YA 5HTZA 3MWSA 5P14A 3UDJA 1QBTA 3LPIA 4RYCA 2PK6A 3ZKIA 3S56A 2B42A 4Q1NA 2CEJA 2CEMA 5DR4A 3EMYA 3SQFA 4Y3LA 1MT9A 4D88A 5P8GA 5P2QA 3D1YA 2P83A 5P49A 4I11A 4RLDA 5DGUA 5P0LA 1F34A 3GI4A 5P1AA 5P8FA 5P5GA 3FNUA 1D4JA 3OTYA 4Y6MA 2VJ6A 3NWXA 1HXWA 1VIKA 5P4ZA 1K2BA 1AZ5A 3RSXA 3O9HA 1GVUA 1K6TA 3H5BA 3OQDA 1BV9A 2R38A 5P2WA 1YX9A 5P69A 5OZJA 4GJ9A 3RU1A 5C9DA 5P76A 3UQPA 4ER2E 2AVVA 5P5VA 5P7VA 2NNPA 4FRIA 3ZMGA 3KDDA 2WF2A 4Y41A 3OU1A 3ZKGA 1M43A 2FLEA 3PCZA 3EBZA 1BDRA 4YD6A 4Y3QA 3LZSA 5OZ7A 4Y5PA 3BXSA 1FMBA 5AHAA 4NPUA 4UPJA 2V0ZC 5P4FA 4M8XA 5P81A 1PSAA 5EZXA 2ZJIA 3D91A 1APWE 3ZLQA 3UDYA 3PLDA 3S7LA 5P3QA 1JLDA 3PMUA 4PZXA 5UPJA 2WECA 3OHFA 2BPYA 4EJ8A 3T3CA 4FGXA 5BS4A 3SM1A 2UXZA 1FG8C 1HVRA 5ENKA 3PSUA 3KN0A 4OBHA 1HVKA 2O40A 4ZEAA 1SMRA 5P19A 3GGAA 5P2RA 5P6PA 3FV3A 5P4DA 4EXHA 3PHVA 2P4JA 4R92A 5P8TA 1QBRA 2HS1A 5OZFA 3SM2A 5JFPA 2OHNA 5P7LA 2BJUA 1BVGA 2G1NA 4OBGA 4NKKA 2QCIA 4Q1WA 4I10A 1EC2A 1ME6A 3Q70A 2RKFA 3K5CA 3OXXA 3KYRA 4Y3WA 4YCTA 5P6TA 3FIVA 1B5FA 5OZCA 4YDFA 1IZHA 2G1SA 2BKSA 5P7BA 4HDBA 5P4LA 3UQRA 3LITA 2OF0A 2AVQA 4R5NA 4Y5LA 5P7QA 5P4EA 4Y4DA 3D20A 2NPHA 3SACA 3OUBA 3KFNA 5AH7A 1AM5A 5P3EA 5OYUA 4NJTA 5P47A 5P2AA 4ER1E 3TPRA 4NJSA 5P67A 2ZJKA 3GI0A 2OHKA 5P42A 1HPVA 5P2IA 2QI3A 2QMGA 4JOOA 3VCMA 1EPLE 5P0MA 4DJWA 2G94A 1SIPA 2R3WA 3TNEA 5P2DA 4K4RA 1K1TA 2ZHSA 1GNMA 2QI6A 5OZ8A 3PBDA 3S2OA 4RCFA 2AQUA 3SA7A 4PPHA 5P7RA 4Y4UA 5P32A 5OZ4A 1TSUA 4R93A 4PYVA 1C70A 2WF0A 4Y3YA 1FGCC 3VF3A 4X2LA 4LC7A 2OHLA 3F9QA 6FIVA 3EKVA 5P13A 5CLMA 5P2LA 3ZKMA 4GB2A 1NPWA 5P72A 3L58A 4ZE6A 5KR1A 5P5BA 1PPKE 3NXNA 4J17A 4Y36A 5P1WA 3LINA 5P5PA 4GZFA 3PEPA 5P5AA 5P3KA 3EL1A 1K6PA 3KFRA 4Z50A 2ER7E 1LF3A 1B5FB 5P0BA 4FS4A 5P3SA 4Y35A 4FIVA 1PPME 5P3ZA 5P7SA 5OZKA 5P84A 3HBOA 5OZIA 5P0EA 5KOSA 5P60A 4L1AA 1T7IA 5OZBA 1FQ8A 3BUFA 3KDBA 1DAZC 2QMPA 5PEPA 2P3CA 5OYVA 2QAKA 3VUCA 2B7ZA 3OOZA 2FDPA 1CPIA 2A4FA 2NMYA 2IENA 2XFIA 1FG6C 5DR3A 4J0TA 3OK9A 1MUIA 1OEXA 4QJ2A 1A8KA 4HEGA 3INDA 4Y3EA 4DJOA 2JYSA 1HTEA 4QJ9A 1MT7A 5ER1E 1WBMA 2VIYA 5BRYA 3PRSA 4RGHA 4J54A 1B6JA 5P5LA 4YD4A 1TCXA 1EAGA 1B11A 5P03A 3SA5A 1FFIC 5P48A 3OQ7A 2FXDA 3B7VA 5OZSA 5HDXA 5P6GA 4RVJA 1ZPAA 1DIFA 3OXVA 5P1HA 2PMAA 3NU6A 3UDNA 3L5EA 2PH6A 1EC0A 3NDWA 5P3WA 4AMTA 4B1EA 2OHQA 5P7MA 3SAAA 5P70A 4MC9A 5P6JA 2FS4A 3QPJA 5P0ZA 1SIVA 3ZKQA 4FAEA 2G22A 3SO9A 2ER0E 3OAGA 5P7UA 1ZP8A 4U7VA 4J0PA 1EPOE 3HDKA 3Q3TA 1IDBA 5P6BA 5P5XA 4I8WA 4L1AB 4Y3RA 5P4PA 1C6XA 4L7JA 1Z1RA 5P54A 3S53A 1GNNA 2NMZA 2Q3KA 3TPPA 2O4NA 5P22A 3EKYA 3PJ6A 4OBJA 2G24A 1A30A 2ZHUA 4B1DA 5P37A 5OZNA 3PLLA 4GJ7A 2FXEA 2OHRA 3EKPA 1G0VA 1HEGE 5P06A 5P4YA 4QLHA 2ZJJA 1FEJC 3BHEA 5HU0A 4KUPA 1EBYA 5P78A 1AJVA 5P0AA 5P7ZA 5P1QA 4RCEA 2F3FA 2HPEA 5OZ0A 1T3RA 1YTHA 4J1KA 4F75A 1MIQA 1E82E 1HPXA 3PSGA 2OHSA 5P3MA 5P7OA 1XN3A 5P4WA 3INFA 2WEDA 5HDUA 5ISJA 2I0DA 1PSNA 5P3XA 4AA9A 3EL4A 2B8VA 4APRE 5P7HA 1BILA 1BIMA 4Y3PA 5P11A 2NXLA 3OWNA 4RRNA 5P30A 1HTRB 3CKPA 4M8YA 1PSOE 1LYAA 1CMSA 1B6LA 4DQFA 5HE7A 3L5FA 2G1RA 1D4KA 3LIZA 5P0WA 2HC0A 3EM6A 3ECGA 2AOEA 2BKTA 5OZQA 3GW5A 3UQWA 2FGVA 5P0VA 4OBFA 4FRJA 4FCOA 4JECA 3IVHA 1AIDA 3BC4A 4TVGA 3WZ7A 1QRPE 5P50A 4Y56A 5OYQA 3OAGB 5P1OA 4BELA 2G1OA 4U8WA 4YCKA 4F76A 1SMEA 3PVKA 3GI5A 5P1CA 1AVFA 2UY0A 2WF1A 3EM3A 1J71A 4I0HA 1ODWA 1HVIA 1RL8A 3GGXA 2IEOA 5P85A 4ZPGA 5P6IA 2R3TA 4Y5KA 1MEUA 3PM4A 3NUOA 5DQ4A 4LXAA 1K1UA 3O9GA 3LPKA 5AH8A 4DV9A 3UTLA 3OU4B 3UDQA 4HA5A 4QJ8A 1PPLE 3EL5A 1M4HA 3U71A 2B60A 4Y4ZA 3K4VC 2ZYEA 1LS5A 5OZTA 5P8EA 2Z54A 4JP9A 7UPJA 4FM7A 1IZIA 5P3GA 3SA4A 2PQZA 5P1IA 4EP2A 3R4BA 3HAWA 4Y5EA 5P4MA 5P7CA 3KT2A 5OZLA 5P2OA 4X7IA 5P1GA 5P4HA 4YDGA 5P8NA 3VF7A 3UDKA 2OAHA 5OZOA 1LYAB 3L59A 1K6VA 1HSGA 4DJQA 5SY2A 1QBUA 1SDTA 4OBKA 3VYDA 3KMYA 5P5UA 4Y50A 5P2KA 4J1FA 5J25A 1MRXA 2BQVA 3UDMA 3PI0A 1CZIE 5P4TA 1XS7D 5JFUA 2F8GA 5C9BA 4LXMA 3VF5A 4Y3MA 5OZ2A 3K5GA 3RTHA 3WB5A 3NSHA 2G1YA 4H3FA 1APVE 3UF3A 4Z2ZA 1ENTE 3PBZA 1LYWA 2R5PA 7HVPA 2HS2A 3O9AA 2WEZA 1BWBA 1T7JA 3VFAA 2H6TA 4HE9A 1KJFA 1META 5P6OA 3INHA 3KM4A 5HCTA 5KR2A 3M9FA 3OTSA 5P75A 4RVIA 5P89A 5P2XA 4A6BA 2V12C 2G21A 1ZAPA 5P87A 1NSOA 3VV8A 2QI0A 1EPQE 5P1BA 3QN8A 3K5DA 1RNEA 4K4PA 5P71A 3EC0A 2AVOA 3GI6A 2FIVA 4Y4EA 1RV7A 3DOXA 2VA5A 3HZCA 4CPUA 5P1NA 1DW6C 1ODYA 2QZKA 5P8DA 5P5JA 3KT5A 4IVSA 2Q11A 5COKA 1ZJ7A 3MSKA 4FSEA 4S1GA 1QS8A 5AHCA 1HVJA 5P5ZA 3QBHA 4OD9B 5HE4A 5KAOA 5OYXA 3EKWA 4Y45A 5P57A 1BV7A 3VSWA 5P1FA 5KQYA 4XKXA 3NU4A 2QI1A 5P2YA 5P1YA 5P79A 5OZMA 2XFKA 4H3JA 5P3LA 3DV1A 5P73A 1RPIA 4D85A 5OZPA 5P0YA 4OC6A 5P5OA 3CYWA 3LIYA 5OZEA 3D1XA 3SA3A 1NPAA 1FLHA 5DR1A 3HW1A 1DMPA 4Y43A 5IVSA 3O9FA 3QIHA 3L5CA 4KE0A 1LYWB 3N3IA 5P43A 3NXEA 5P0PA 2R9BA 5F01A 5FIVA 5P18A 4A4QA 3AIDA 5P0GA 1C6YA 4I12A 5P4KA 3UQUA 4B77A 1FB7A 4Y5BA 3L5DA 3PB5A 5P0UA 5P88A 2J9JA 3ST5A 2Q63A 2AOHA 1LEEA 1HIVA 5P0XA 5OYSA 5F00A 4GJDA 5OZVA 4ACUA 3JVYA 3L3AA 5P2HA 3LZYA 5P8SA 5P8PA 4CP7A 5P4OA 4Y3GA 5P2ZA 1QDMA 4H3GA 4DI2A 2AVSA 2AZBA 2O4KA 5P29A 1D4HA 5OZGA 4CPWA 1XE5A 4EP3A 2P3AA 2HIZA 2P3BA 5P0DA 5BWYA 5ER2E 5P8LA 2R43A 1FKNA 5P1LA 3T7PA 5P6MA 2I0AA 4EHCA 1UH9A 2CENA 5P3RA 3NUJA 3EXOA 5P2FA 5P8QA 2PWRA 3SLZA 3OUCA 1XE6A 1IVQA 5I3VA 2QHCA 2NNKA 4ZIPA 2O4PA 4OC6B 4R91A 1NPVA 1U8GA 3APRE 5SY3A 1ZPKA 4Y53A 3URJA 4QJ7A 2BPVA 3U6AA 5P66A 4CPSA 4B0QA 1KJHA 4Y47A 3TOHA 2OHPA 5P1KA 2VA6A 4EQJA 5T4SA 5P0NA 1IDAA 2AZ9A 3VYFA 3URIA 1HTFA 3O9IA 5P5DA 2FMBA 4Y9WA 2J9JB 3EKQA 5HD0A 5P1TA 2IL2A 1YM4A 5P27A 3O9CA 5P56A 3BGCA 2R5QA 5OZZA 3NU5A 4Y38A 4BFDA 1BXOA 4NJVA 5P2CA 2V00A 4HZTA 5P0RA 4Y4XA 2QZLA 3DK1A 1KJGA 5OYZA 3B80A 3A2OA 2ER6E 5P23A 5P68A 2P3BB 3U7SA 5P0SA 4Y3SA 4DJUA 1K2CA 1BXQA 3R2FA 2IKUA 5OZXA 5P74A 5KQZA 5P4NA 2F3KA 5P8CA 5OYRA 2F3EA 3T7XA 4LAPA 3OXWA 3VLAA 2OHTA 5P7XA 5P6RA 5P8RA 2WJOA 2IS0A 4GYEA 1N49A 2QP8A 2Q5KA 1HVSA 3T6IA 4WY1A 2G20A 5KR8A 5P2TA 1HVLA 3N4LA 4FLGA 3UPJA 1TW7A 4LL3A 2OHMA 9HVPA 4Y3ZA 3IVIA 5P05A 3HLOA 2WKZA 3TOFA 2QMFA 1ZSRA 1LV1A 5P2BA 3NU3A 1TQFA 1KJ4A 2JJJA 1SDUA 5P4AA 3QI1A 5AGZA 4CPXA 4GJCA 4LBTA 4XXSA 4Z4XA 1MVPA 1EBKC 5P8OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P09 A;  2XFJ A;  4Q1X A;  2H6S A;  2WEA A;  3VSX A;  1GVX A;  3OGQ A;  4Y57 A;  4YA8 A;  3ER3 E;  3S43 B;  4KE1 A;  1DPJ A;  4LP9 A;  2I4U A;  2QU2 A;  2AOG A;  4GMI A;  4NJU A;  3VFB A;  4B00 A;  1Q9P A;  4CMS A;  5DQ5 A;  1FMX A;  5DR7 A;  1PRO A;  1T6G A;  1DP5 A;  1IZE A;  3SA9 A;  4J5J A;  5P7J A;  5P4X A;  4OBD A;  2ZHT A;  5P39 A;  4Y5N A;  5P65 A;  2IKO A;  5P6F A;  1A9M A;  3DUY A;  1FQ5 A;  2AZ8 A;  4Y4G A;  4B72 A;  3OAD A;  1BWA A;  4K4Q A;  3LZU A;  4I0E A;  3MXD A;  5HCO A;  5P2V A;  3WSJ A;  5P7N A;  1W6H A;  5P4Q A;  5OZA A;  2OHU A;  5P6V A;  2G27 A;  1W5Y A;  2ZJL A;  1G6L A;  3CYX A;  4Y58 A;  1YG9 A;  5P5F A;  2ER9 E;  5P6W A;  1T7K A;  3ZOV A;  5P16 A;  5SXN A;  5P5M A;  3O99 A;  3ZPT A;  5ENM A;  3PWR A;  3O9L A;  4DJV A;  1E5O E;  3QBF A;  5P8I A;  4TVH A;  4DFG A;  3OQK A;  1YM2 A;  3EM4 A;  1IZD A;  4DPF A;  2J9K A;  5P4J A;  3TOG A;  2MIP A;  4RYG A;  3LIV A;  5P1P A;  5OZ6 A;  4Y54 A;  3LPJ A;  1SH9 A;  5P3O A;  4DH6 A;  3OUA A;  1BVE A;  1GVW A;  5JG1 A;  5C9F A; 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 5P4G A;  4TRW A;  4HDP A;  5P7D A;  2PYM A;  2V16 C;  3VV6 A;  2PK5 A;  5P02 A;  4WTU A;  3UDP A;  1M0B A;  2XYF A;  4DJP A;  3SA6 A;  2Q54 A;  5P46 A;  4DQG A;  1LF4 A;  2I4V A;  3PWW A;  2BPZ A;  5P8M A;  5P6Y A;  5OZR A;  1A8G A;  4JPC A;  3I8W A;  1IIQ A;  5IE1 A;  4I0F A;  5P7P A;  4E43 A;  1HSI A;  3QRV A;  2QNP A;  1HSH A;  1TSQ A;  5P00 A;  4B78 A;  3TKW A;  5KR0 A;  3OXC A;  2Q15 A;  4J1C A;  3CID A;  5CON A;  1K6C A;  4HVP A;  4N00 A;  4ZSM A;  5OZD A;  5P1U A;  5P8K A;  3OY4 A;  3WZ6 A;  3I2L A;  5OZ9 A;  3TPJ A;  5P04 A;  2WL0 A;  4Y37 A;  2Q55 A;  3L38 A;  3OU1 B;  1D4S A;  2ZE1 A;  4U7Q A;  5DGW A;  3OUD A;  3URL A;  4I0Z A;  5P1R A;  5P1V A;  6UPJ A;  5EZZ A;  2QU3 A;  3UDH A;  4YD5 A;  4EJL A;  1HPS A;  2VA7 A;  3SKF A;  1SDV A;  1AAQ A;  5P0T A;  5KQX A;  4QJA A;  1B6M A;  1Z1H A;  4CPT A;  5P8J A;  5OYT A;  4Y4T A;  5P5E A;  1VIJ A;  5P6A A;  2AOJ A;  5P5N A;  2QMD A;  5P26 A;  2JJI A;  4CPQ A;  1OHR A;  4DJR A;  4Y5M A;  5P5I A;  5I3W A;  3DCK A;  3VEU A;  2JE4 A;  4I0I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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