2RKFA

Hiv-1 pr resistant mutant + lpv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPFVTVKIAGQLMEALLDTGADDTILEEMSLPGRWTPKVVGGIGGFMKVRQYDQILVEICGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease mutants with insertions in the flap region
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2rkfA00
5P2CA 5P2MA 5AHBA 5P0PA 3S54A 1ZLFA 4I12A 2APRA 1EC3A 1MIQA 3KN0A 4CKUA 1G35A 5P4WA 4Y4UA 1FGCC 3WB4A 3L3AA 2WF4A 7HVPA 3OUCA 3UDYA 1HVCA 5P4BA 5P23A 4Y3PA 3FNSA 2R43A 5P85A 5P5PA 2BBBA 2I0AA 3BXSA 5P3MA 5AGZA 5P86A 5SXNA 5P8TA 4EWOA 3NSHA 3EKWA 3R0YA 5JG1A 2NMYA 4CPXA 5P1LA 2IL2A 3QPJA 3LIZA 5P6LA 2I4QA 4K4PA 5P8BA 1D4YA 2R3WA 4Z22A 5OZ7A 4FSLA 5PEPA 3SA8A 2RSPA 5P0CA 5P7YA 3S45A 1HSGA 4ACXA 2QNNA 2QHCA 2JXRA 1IZIA 5P6SA 3PWMA 5OZCA 5P20A 5P2OA 1BDRA 1IVQA 3RTNA 3HAWA 3OOZA 5P8RA 2B8VA 1PSNA 4YA8A 5OYRA 5P01A 5P14A 3RTMA 5P2XA 5I3XA 3O9BA 1HPXA 2NPHA 1CZIE 2FDDA 1MEUA 4APRE 4QJ9A 5P83A 3PHVA 1BILA 3SAAA 3LPIA 5P4NA 3EL5A 1LYBB 5P4RA 1YTJA 4EJLA 2WF2A 3OHHA 4Q1WA 2QD6A 3Q70A 5P6FA 1RQ9A 5P8IA 2AOEA 5KOSA 1PSAA 4QJ2A 1BWBA 4J1EA 5P3EA 5P1GA 2FNTA 4FCOA 3D91A 5KQXA 2ASIA 2Q15A 4YD6A 3KDBA 3DCKA 5KQYA 4D8CA 3OXVA 1AZ5A 4J5JA 2AIDA 1ODWA 5P74A 4H3IA 4Y5CA 4Y37A 5P32A 4R93A 2R9BA 5P4XA 4I0HA 4EXHA 2XFIA 1META 5P45A 4GJ6A 4Y45A 2PH6A 3NU3A 1LZQA 2ZGAA 2HB4A 2OHSA 3EXOA 5P1TA 4FRSA 3BGCA 2FDEA 2G1SA 4A6BA 5OZMA 1MERA 2IGYA 4F73A 1Q9PA 1DIFA 1XN3A 4RCEA 2WKZA 4X2LA 2G24A 3EC0A 5P6IA 1RV7A 4J55A 5ISKA 2IDWA 1EPPE 2NNKA 4ZPGA 1HOSA 1FFFC 5P0JA 2CEMA 4Y5BA 3OUDA 3O9LA 5P87A 3LINA 1HSHA 2P3DA 1IZEA 5P6UA 3EKVA 1NPWA 5ER1E 2PK6A 2QZLA 4LXMA 3QBFA 2R3TA 3OQFA 5P8EA 3SM2A 2UXZA 5P1VA 3SO9A 4L1AA 4YD7A 5P15A 2WEBA 3CICA 4KUPA 3PWRA 1YTIA 5P72A 1N49A 4CP7A 3ST5A 4JPEA 4Y3FA 4ZIPA 3AIDA 3K5DA 2FGUA 5P42A 5P4VA 4Y4WA 3ZPTA 2Q11A 1D4JA 5P0TA 4J0VA 5P5OA 5P2IA 5P5JA 1EPLE 5P0SA 2XFKA 4GB2A 1QBRA 1NSOA 4AA8A 4DQCA 5P37A 2VKMA 3KFRA 3D1XA 4YCYA 4DJUA 1PFZA 5OYVA 5P7GA 3T6IA 5P8PA 1FIVA 1G2KA 1FQ5A 3UHLA 4EP2A 5P1NA 1MPPA 1BWAA 2ZHRA 3IVHA 5IE1A 4YOAA 4FM6A 4I0GA 4EQJA 6FIVA 1J71A 5P2QA 5DR3A 5P1EA 4TRYA 4FRIA 5P7PA 2IS0A 3OAGA 5P47A 3NUJA 3SACA 2NR6A 1G0VA 2Q3KA 5P35A 2V13A 3HVGA 5DQ5A 5P5IA 5P4SA 2ZJLA 5I3YA 4EJKA 5OZFA 2RMPA 5P1WA 2QI4A 5P2FA 4CPQA 1DMPA 5P41A 1W5XA 2JE4A 2F3FA 5P0UA 1SMEA 4YDGA 2HIZA 5P4DA 5OZVA 1HBVA 5P68A 4Y44A 5AH8A 3TL9A 3VF5A 5OZNA 1EPQE 1C70A 2Z54A 2G21A 2I4UA 2G20A 5P7IA 1EAGA 5P5CA 3G70A 5P6VA 5P2UA 4D89A 3T3CA 2WF1A 5P8QA 5P8KA 5P5RA 5P8HA 5P00A 4F74A 4FE6A 1SIVA 3VG1A 2WL0A 2ER0E 5P3RA 4YBFA 5OYUA 4Y4ZA 4Y4DA 5P2AA 3PB5A 5P84A 3ZKSA 3T11A 5OZ1A 1T7IA 5P8GA 3BHEA 3OQAA 2PWCA 5P88A 4Y3QA 2PSGA 4DI2A 3UDRA 3LZUA 5P27A 5P5YA 2ZJKA 5I3WA 4Y4TA 4Z2ZA 2VJ7A 3T7PA 4OBDA 1JLDA 5P8DA 3JVWA 2QI5A 1FQXA 1K6TA 3NR6A 5OZ5A 5P6TA 3H0BA 3O9AA 4YE3A 2PYMA 4B72A 3QS1A 3K5CA 5HDXA 8HVPA 3Q3TA 4RRNA 5I70A 3OUDB 3VYEA 4DJXA 3O9LB 4HZTA 3IGBA 3RU1A 4Y4GA 5P4LA 5SY3A 2ZJMA 2AOCA 4Y47A 2WEDA 3RSXA 1BAIA 1T7KA 2B7FA 5P61A 3TKGA 3OXWA 1HHPA 4Y3HA 4WY6A 3D1YA 3DOXA 2PWRA 5P8VA 1HPVA 3SPKA 2XYFA 2CENA 2O4SA 4J17A 2EWYA 5P6EA 3T7QA 2ER7E 2WF3A 1D4LA 4L1AB 3PCWA 3OY4A 1LYBA 2BPVA 5P7FA 2QK5A 5P3KA 5P43A 2QCIA 3UDJA 4RGHA 5P6DA 3SM1A 3EM6A 4AMTA 1NPVA 2BPWA 2NXDA 2P3BB 1FQ8A 1LF4A 3MXEA 5OZ8A 4EQ0A 3QI1A 5IVRA 3VCMA 4B0QA 1KJ4A 3L5BA 5P7OA 5KQZA 2J9KA 1A30A 2PQZA 4L7GA 1YTHA 5HDZA 1YG9A 5P4OA 1A94A 1IZDA 1MESA 5OZRA 5P24A 4NPUA 5P2YA 5AH7A 1HPSA 3INEA 3L5EA 5P2LA 4B1EA 5J25A 4DJQA 2I1AA 5P0IA 4DVFA 5AHCA 5P5KA 2G27A 2I0DA 5DQ4A 2RKGA 3EL0A 1LYAA 2VIEA 3OGPA 3PGIA 5P26A 4Y5EA 1FB7A 2R38A 4HDFA 2WF0A 1HEGE 5P0FA 5HE5A 1K6PA 3KMYA 3OTSA 1F34A 4DQEA 3Q5HA 5P5WA 5DR8A 3OAGB 3VEUA 3OTYA 4DPFA 4D83A 5P3NA 2HS1A 3K5GA 2A4FA 4Y4JA 4GJAA 4DJRA 3S8IA 5P7LA 4R92A 2AVVA 5P75A 3LZSA 1EC2A 5P66A 3EMYA 1SGZA 2IKOA 2ZJNA 2ZJHA 3S43B 3B7VA 3PI0A 3O99A 2VIZA 4Y3NA 3GGUA 4Y3DA 1K1TA 4Y9WA 5P8NA 2AVQA 5OZ6A 5P6NA 2VJ6A 1BIMA 4Y35A 5TOLA 3GGVA 2HM1A 1K1UA 5P0KA 3DUYA 2WECA 5P1DA 4PHVA 1TCXA 2F8GA 3L5DA 3LZYA 3NXEA 5P17A 5P3PA 4I0JA 5SY2A 1YX9A 2ZHUA 1T7JA 4LHHA 2AQUA 4Y4AA 1NH0A 3BXRA 4GJCA 4Y3YA 1DAZC 2QP8A 3PMYA 4XKXA 4S1GA 5OZXA 5P3JA 5P7UA 2QHZA 4IVSA 2PH8A 4ZE6A 5F01A 1PPKE 3I6OA 3QROA 1ZPAA 2AOFA 2Z4OA 2OHMA 5P77A 5P6WA 3O9CA 3PSYA 4KE0A 3TNEA 3CKRA 5HDVA 2ANLA 5BS4A 5P8SA 5AHAA 4OC6B 2AZ9A 4FM7A 2VA6A 2I4DA 5E5KA 5P49A 1HSIA 4RCDA 3NDXA 2P4JA 4QJ7A 5HD0A 5P8CA 5DR7A 5OZHA 5IVQA 5P5AA 3R2FA 3OU4A 4U7QA 1MUIA 4YBIA 4LC7A 1QBTA 3QVIA 5P6BA 5P6RA 3WSJA 2F3KA 3ZKIA 3NU4A 4DJOA 1AIDA 2QI7A 4I0ZA 1D4SA 4NJSA 4ZPEA 5HDUA 3VYDA 3G6ZA 5P3ZA 1MT8A 5JODA 3KA2A 5P33A 4J1CA 4Y41A 3VLAA 5ER2E 3OOTA 4NKKA 1NPAA 1LYWA 4F76A 4U8WA 3URIA 1B6JA 2O40A 5P60A 2WEZA 4Y54A 5P18A 1B6KA 1XN2A 2BKTA 1AJVA 2JYSA 5KOQA 4Y38A 5P4HA 5IS4A 3S53A 3K4VA 4ZSPA 4ZSQA 2WHHA 5EZZA 5P6QA 3PSUA 3HW1A 1RNEA 2NNPA 5DQ2A 1APUE 1B6LA 3M9FA 4PEPA 3CYWA 5P6XA 3KFPA 2I4VA 3S56A 3SFCA 3H5BA 5P03A 4K9HA 5P1XA 1EBWA 1Z8CA 1HVRA 2Q5KA 1TQFA 4M8YA 5P5QA 1FMUA 2OHKA 2ZHSA 5T4SA 3PM4A 2O4NA 2B8LA 1LYAB 4K4QA 4CPWA 1W6HA 5P7BA 3CKPA 4Y3RA 1ZBGA 5P1YA 5HU1A 1ME6A 3UDPA 3EKYA 1K2CA 1FLHA 5P0LA 5P70A 5P4TA 5P62A 3SKFA 3VSWA 3TOFA 5P5GA 2IKUA 3I7EA 3TOHA 2FMBA 2H6SA 2HC0A 5P3TA 2R5QA 4A6CA 2QHYA 2AZBA 1OHRA 2UPJA 5OZZA 2NTRA 5P1AA 1YM4A 3BRAA 3OWNA 5P8AA 5P7NA 3MXDA 5P53A 1DP5A 3ZOVA 2VNNA 3R1GB 2PSUA 3PMUA 3L58A 5DR4A 3SABA 5P52A 4YOBA 1SDTA 5P4IA 5P05A 5EZXA 5P65A 4YDFA 5COKA 1ZTZA 4Y5KA 4CPSA 3KM4A 2QU2A 2QZWA 5P12A 5P1OA 2P3BA 5OZ4A 1XE5A 5SZ9A 1GNMA 5P5LA 3NDWA 1HTFA 5OZKA 1VIJA 3HBOA 5P5EA 2R8NA 2PSVA 3KT2A 2FS4A 4DFGA 4WY1A 5HU0A 4Y3LA 3GGXA 4YD3A 4QJ8A 1KJFA 4E43A 5HVPA 3OQKA 5HCOA 3S2OA 1ODXA 3INHA 4H3GA 3RTHA 1LV1A 5DGUA 5P1MA 1ZSRA 3O9EA 3PSGA 1PSOE 4OBHA 5P0WA 1A8GA 5P2VA 4Y56A 3NU9A 5P2BA 1BXOA 5OZQA 3O9DA 5OYWA 3SQFA 3UQUA 2G1RA 1EBYA 5P7VA 3NWQA 4QJAA 3UF3A 5KR2A 2A1EA 5P7RA 4XX3A 4GJ8A 5P1FA 5P67A 5P2DA 2O4KA 4Y39A 1IZHA 2QI1A 5P1KA 4B00A 3CIBA 4Y4XA 3EM4A 4U7VA 5P7DA 5P38A 1U8GA 4Y51A 2QD7A 2OHRA 1E5OE 4Q1NA 5JFPA 3L5FA 5P89A 3U71A 5ENKA 1Z1RA 5OZEA 4EJ8A 2FIVA 3OU4B 1YT9A 2FGVA 2AODA 4Y5PA 4I8ZA 3QP0A 2B7ZA 4TVHA 1IDBA 2QMDA 5P4MA 2Q63A 1UH8A 5P1ZA 5P34A 1VIKA 2RENA 5P3LA 3BUFA 5OYQA 5P3XA 1DW6C 2J9JB 5P7MA 3S43A 2P3CA 3ER3E 1YTGA 5F00A 3QBHA 1CPIA 5OZGA 3UDHA 4Y3MA 2OHTA 5CLMA 1HIVA 1A8KA 1LYWB 1E81E 5P6PA 3GI0A 3EKQA 3OQDA 4DH6A 2I4WA 2HB2A 3DM6A 1G6LA 1HIHA 3VLBA 4DV9A 5P7QA 4N00A 2QU3A 2B42A 3ZKXA 4HLAA 5P5SA 3FV3A 3IXJA 5P7ZA 4Y57A 4Y5LA 3GGAA 1SGUA 3G72A 2ZJJA 1EPNE 1FMXA 2IENA 5P63A 3UQWA 1W6IA 5P3SA 3ZKGA 5P31A 5P4PA 4ACUA 1HVJA 2HB3A 4GJ7A 1BDQA 1EPME 5DPZA 5P39A 3LPJA 4CPRA 1EPRE 3ZKNA 2AOHA 5P76A 1HVIA 4RVIA 1SH9A 5HE4A 1SMRA 5P0AA 3PBZA 4OC6A 3EL9A 4APEA 4NJVA 4Y48A 4D88A 1HVHA 2V12C 3K4VC 5P6HA 3S7MA 1QDMA 2V00A 2QMFA 3LIYA 4YCTA 3LNKA 4FRKA 1HVKA 5P51A 3SLZA 2VA7A 4OD9A 1B6PA 2AOJA 4HE9A 3PRSA 5ISJA 3QAAA 1YM2A 3T7XA 5P7TA 3MSLA 2NXLA 5P79A 3L5CA 3FX5A 3TPPA 4AA9A 2RKFA 2OHLA 5OZYA 3UDKA 4MC6A 2HAHA 3PVKA 7UPJA 5P0QA 3LIVA 2O4LA 4JP9A 2AZCA 5P13A 5P7WA 3O9GA 3S7LA 3PWWA 3FNTA 5P2HA 4AZYA 1XL2A 1WKRA 2IQGA 4L7HA 5IVSA 5P09A 3KT5A 5P4ZA 5P2EA 1MRXA 2ER9E 1Z1HA 5KAOA 5P64A 4Y3AA 1E80E 4ZSRA 1FFIC 3UFNA 1EPOE 5KR8A 3UDNA 5P0DA 4OBKA 5OZWA 3ZL7A 4GJ9A 4BELA 3K1WA 1WBMA 1T6EX 3OXCA 4K8SA 3N3IA 2V11C 1IVPA 5P82A 5OYYA 2QZKA 4Z50A 5P3OA 3HZCA 5AH9A 2FLEA 3KFNA 4M8XA 3GW5A 5B18A 5P0YA 3VFBA 3DJKA 5DR1A 2XYEA 1AM5A 4YCKA 4HEGA 4LXAA 5COOA 5P3YA 2FXEA 5P5NA 5P4GA 5APRE 3ER5E 5P25A 1ODYA 5P22A 2OHQA 4R95A 3OADA 4Y43A 5P7KA 4Q1XA 4ER1E 3KYRA 3ZLQA 3UQPA 1XS7D 1FMBA 3OQ7A 1K2BA 4LXKA 4HDBA 3BVBA 5P1RA 5P0XA 1AJXA 2WJOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2C A;  5P2M A;  5AHB A;  5P0P A;  3S54 A;  1ZLF A;  4I12 A;  2APR A;  1EC3 A;  1MIQ A;  3KN0 A;  4CKU A;  1G35 A;  5P4W A;  4Y4U A;  1FGC C;  3WB4 A;  3L3A A;  2WF4 A;  7HVP A;  3OUC A;  3UDY A;  1HVC A;  5P4B A;  5P23 A;  4Y3P A;  3FNS A;  2R43 A;  5P85 A;  5P5P A;  2BBB A;  2I0A A;  3BXS A;  5P3M A;  5AGZ A;  5P86 A;  5SXN A;  5P8T A;  4EWO A;  3NSH A;  3EKW A;  3R0Y A;  5JG1 A;  2NMY A;  4CPX A;  5P1L A;  2IL2 A;  3QPJ A;  3LIZ A;  5P6L A;  2I4Q A;  4K4P A;  5P8B A;  1D4Y A;  2R3W A;  4Z22 A;  5OZ7 A;  4FSL A;  5PEP A;  3SA8 A;  2RSP A;  5P0C A;  5P7Y A;  3S45 A;  1HSG A;  4ACX A;  2QNN A;  2QHC A;  2JXR A;  1IZI A;  5P6S A;  3PWM A;  5OZC A;  5P20 A;  5P2O A;  1BDR A;  1IVQ A;  3RTN A;  3HAW A;  3OOZ A;  5P8R A;  2B8V A;  1PSN A;  4YA8 A;  5OYR A;  5P01 A;  5P14 A;  3RTM A;  5P2X A;  5I3X A;  3O9B A;  1HPX A;  2NPH A;  1CZI E;  2FDD A;  1MEU A;  4APR E;  4QJ9 A;  5P83 A;  3PHV A;  1BIL A;  3SAA A;  3LPI A;  5P4N A;  3EL5 A;  1LYB B;  5P4R A;  1YTJ A;  4EJL A;  2WF2 A;  3OHH A;  4Q1W A;  2QD6 A;  3Q70 A;  5P6F A;  1RQ9 A;  5P8I A;  2AOE A;  5KOS A;  1PSA A;  4QJ2 A;  1BWB A;  4J1E A;  5P3E A;  5P1G A;  2FNT A;  4FCO A;  3D91 A;  5KQX A;  2ASI A;  2Q15 A;  4YD6 A;  3KDB A;  3DCK A;  5KQY A;  4D8C A;  3OXV A;  1AZ5 A;  4J5J A;  2AID A;  1ODW A;  5P74 A;  4H3I A;  4Y5C A;  4Y37 A;  5P32 A;  4R93 A;  2R9B A;  5P4X A;  4I0H A;  4EXH A;  2XFI A;  1MET A;  5P45 A;  4GJ6 A;  4Y45 A;  2PH6 A;  3NU3 A;  1LZQ A;  2ZGA A;  2HB4 A;  2OHS A;  3EXO A;  5P1T A;  4FRS A;  3BGC A;  2FDE A;  2G1S A;  4A6B A;  5OZM A;  1MER A;  2IGY A;  4F73 A;  1Q9P A;  1DIF A;  1XN3 A;  4RCE A;  2WKZ A;  4X2L A;  2G24 A;  3EC0 A;  5P6I A;  1RV7 A;  4J55 A;  5ISK A;  2IDW A;  1EPP E;  2NNK A;  4ZPG A;  1HOS A;  1FFF C;  5P0J A;  2CEM A;  4Y5B A;  3OUD A;  3O9L A;  5P87 A;  3LIN A;  1HSH A;  2P3D A;  1IZE A;  5P6U A;  3EKV A;  1NPW A;  5ER1 E;  2PK6 A;  2QZL A;  4LXM A;  3QBF A;  2R3T A;  3OQF A;  5P8E A;  3SM2 A;  2UXZ A;  5P1V A;  3SO9 A;  4L1A A;  4YD7 A;  5P15 A;  2WEB A;  3CIC A;  4KUP A;  3PWR A;  1YTI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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