2RKFA

Hiv-1 pr resistant mutant + lpv
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPFVTVKIAGQLMEALLDTGADDTILEEMSLPGRWTPKVVGGIGGFMKVRQYDQILVEICGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease mutants with insertions in the flap region
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2rkfA00
5P8SA 3HZCA 5P8GA 5P8PA 2ZJIA 3Q5HA 4YBFA 3RTMA 4Y57A 5OZVA 2PH8A 3OY4A 4X2LA 5COOA 3OU1A 4Y5LA 4LL3A 4Y47A 3BUGA 4EQ0A 4YD5A 3PWRA 4I0DA 1XDHA 2QI3A 3QBHA 3KM4A 4Y3PA 2R3TA 5P6OA 3MXEA 2ZHUA 4YE3A 1FFFC 1KJ7A 1QBRA 3NDTA 2QI1A 1KZKA 2NMZA 3PBZA 5P1VA 3ZPTA 6APRE 4I0EA 5P4CA 1GKTA 5DQ5A 1YT9A 5HE4A 4LAPA 3NU5A 5AH6A 5P1AA 3JVYA 5P55A 3HVPA 3QRMA 1ZPKA 2IENA 5P1HA 1IZIA 1MRXA 3QVCA 3EMYA 1WBKA 5P04A 5P8DA 5P89A 3VFAA 1KJ4A 4Y36A 4CPRA 3FX5A 4OD9B 3O9BA 4EPJA 1TCWA 2AQUA 3F9QA 5OZLA 4A4QA 1G2KA 2P83A 2R9BA 2F3FA 3S43A 5P5UA 1HXWA 5P68A 4J5JA 1D4LA 3PB5A 1EC3A 5P1RA 5P3TA 3RTNA 3ZPSA 4FE6A 5P8BA 3KFSA 5P5AA 1IBQA 4Y5PA 3R0WA 2AOJA 2QCIA 1ENTE 3GI6A 3VYFA 5P0IA 1MTBA 3HDKA 2H6TA 4GB2A 1HWRA 5BWYA 2Q54A 2F80A 3TKGA 4QJ6A 5P6DA 5OZSA 1K6VA 5P4IA 1EPME 2NNKA 2G26A 3TLHA 1B6LA 4LXMA 3PBDA 3U6AA 5P29A 2ER0E 3INHA 1QBSA 5P6WA 4ACXA 3EXOA 3IXKA 2J9JB 5P7KA 2HPEA 3VG1A 4NKKA 5HDVA 4CPTA 4NJTA 2XYEA 3IA9A 3S7LA 1RL8A 4ZE6A 2QZXA 1K2CA 5P26A 5P2IA 3N4LA 4Y3GA 3SA9A 1HVRA 2FNSA 5P6CA 1SMRA 2B7ZA 4CPSA 5P1GA 1HVJA 3ZKIA 3TTPA 5OYWA 3RSVA 5P4ZA 1W5YA 1NSOA 4OBKA 4RVIA 2G69A 3SACA 5KOSA 2ER9E 4NPTA 5P02A 5P84A 5P4BA 5P4QA 4YA8A 1HVIA 2EWYA 5T4SA 1MERA 3RVIA 2G24A 3OXVA 5OZOA 2NR6A 3CKRA 3KT5A 3LINA 5E5JA 3D20A 3UDHA 5OZJA 3EKWA 5DR3A 1ZPAA 4RCFA 4Y4JA 4DJWA 5P81A 2RKFA 1ODYA 1M4HA 5P42A 2G22A 3C9XA 3VV7A 1DAZC 4FM8A 1E82E 5P3AA 2I0AA 2HB3A 4CMSA 3G70A 3EL1A 3TPPA 5P8QA 3QVIA 2JYSA 3RU1A 1RNEA 4DJUA 4ACUA 2R5PA 3VF5A 3K4VC 3BC4A 5P3NA 5OZAA 3CICA 5HTZA 3ZKGA 5P6NA 1Z1HA 3MXDA 3VYDA 5SY2A 3PMYA 4F73A 4J1CA 2WF2A 2BPWA 1LYAA 4FCOA 5OZPA 5P5TA 5KOQA 4NJVA 1BWAA 3O9IA 2P3DA 5P5CA 2WEBA 5P5BA 5P8LA 3O99A 5AHCA 3H0BA 3ZPUA 2FDEA 5P3ZA 5ISKA 5P51A 1NPWA 2MIPA 8HVPA 4QGIA 1BILA 3EM3A 3JVWA 2XFKA 3GI5A 5P2KA 3ZMGA 3T6IA 5P77A 4QLHA 3S85A 1LF2A 1XE5A 5OYVA 4GJ6A 1HSHA 1FFIC 1BV7A 3UDQA 5OZUA 1TZSA 5P1WA 4I11A 5HDZA 2FGVA 5P0HA 4Y4BA 1AXAA 2CEMA 2FXDA 4WY6A 3GGAA 4HDFA 5IVTA 9HVPA 4XX3A 1DIFA 4EJDA 2VS2A 3MSLA 4Y3JA 3KDDA 1K2BA 5P5RA 3OGQA 1MT7A 1YTGA 3Q4BA 5P3DA 3DM6A 1LYBA 5P66A 1MEUA 5P4MA 3D1XA 4D88A 3UDRA 5P7BA 4L7GA 2G1NA 2JJIA 2OHSA 5P0JA 5P1LA 5COPA 1XL5A 1B5FB 1ZSRA 1MT9A 2UY0A 3O9LB 5P5MA 3UQRA 3OWNA 4I12A 3OQFA 1QS8A 5P16A 2O40A 4QJAA 1GVVA 5DQCA 4QJ9A 5AH7A 5P3XA 3NSHA 3NR6A 5OYUA 5P6RA 4D89A 5P0ZA 3UQXA 2VA6A 2QP8A 1MSNA 1EPLE 2JE4A 2OHNA 2VJ6A 3PWMA 6FIVA 3GGUA 3OQDA 4CPWA 1KJGA 4E43A 4YCKA 2HB4A 1M0BA 5DQ4A 1ZLFA 4S1GA 2ZJMA 3PCWA 2ZYEA 5P0DA 3EKVA 1ZJ7A 3UDNA 3NXNA 5P33A 5P4RA 5P74A 4DJOA 1EC2A 1IZHA 5P2NA 1XN3A 5AGZA 4TVGA 1UH8A 3OTSA 1U8GA 1OEXA 2Q15A 4FLGA 5P5ZA 3WB4A 1T3RA 4KUPA 1PSAA 2OAHA 5P0TA 1YM2A 2G1RA 1VIJA 3WZ7A 4ZPEA 3T7XA 4GJDA 2ZHVA 3BXRA 5C9BA 4AA9A 5P6SA 4DH6A 3TL9A 3EM6A 5HDUA 4YOAA 5OZ6A 4WTUA 1A8GA 3DV1A 1OHRA 2FDDA 5P5JA 3UDKA 5P43A 2BJUA 4GIDA 5SZ9A 2VIJA 3QRVA 4R93A 5P3EA 3UF3A 2I4QA 5AHBA 1GVTA 5P7OA 3L3AA 3BHEA 3NDWA 1Z1RA 1G0VA 5P5FA 4RYGA 5P1FA 2I1AA 5OZXA 3VV8A 5P18A 1TSQA 5HD0A 3UDYA 1A9MA 5J25A 1LEEA 2BPZA 2ZDZA 2OF0A 3OU4A 4QJ8A 5P7EA 1HPSA 3VYEA 2IGXA 3NDUA 5P0RA 4Z2ZA 1K6CA 3L38A 5HCOA 5OZIA 4K4RA 3OAGA 5KR2A 2ZJNA 5P76A 3VV6A 5JODA 4EWOA 5KQXA 4Y50A 5P2UA 2Q5KA 1HTGA 3Q6YA 2PSUA 3OADA 3HW1A 1EBWA 1MESA 3S53A 4R5NA 2G1OA 3ZKNA 5P58A 5P00A 1HVSA 5P80A 4FAFA 4JPEA 3LIZA 2ZE1A 2HS2A 2VA7A 2V11C 5P3GA 3B7VA 2G21A 5P5EA 2IS0A 4Y5EA 5HDXA 3KA2A 5P49A 2B60A 2QNNA 2NPHA 5P8JA 3UDMA 4ZIPA 3VLBA 4Y5NA 1HVKA 4K4PA 5P6HA 5P1CA 2FLEA 4J1KA 3CIBA 5P2VA 5P83A 1XS7D 4J1IA 5P87A 3OXWA 4AMTA 4PEPA 5P1YA 4PPHA 2G1YA 3PI5A 3SABA 5P1KA 4PZXA 3MSKA 2VIEA 3OQAA 2XFJA 3ER3E 5OZMA 3OUBA 4Y3QA 1FF0C 5P3WA 5P6PA 4EQJA 3K1WA 5I3YA 3G72A 4B1DA 3EL0A 5P0KA 5P6BA 5P3OA 5P10A 1Z8CA 4U7QA 4HDBA 2NXMA 5P07A 2R3WA 4J0VA 4L1AA 4DQEA 3LIQA 4J0TA 4BELA 4OC6A 4NJSA 2ZJLA 1IDBA 3OGPA 1YTIA 5P4TA 1D4IA 3LPJA 4HDPA 5HE5A 4BFBA 3I25A 4FSLA 1W5XA 5P28A 3U71A 4NJUA 1B11A 5P8FA 3AIDA 4EJLA 5P4SA 4Y4EA 1PFZA 4GJAA 1EPOE 4Y3RA 5P3VA 1EBKC 3OQ7A 3EM4A 5P3YA 4UPJA 2P3BB 5P72A 3OUDB 3O9FA 5P86A 1HSIA 5OZGA 5P1JA 1UH7A 5P03A 2FIVA 3EL5A 2PK6A 3EKYA 5P4EA 1DPJA 2B8VA 2OHQA 2FS4A 2G94A 3PGIA 3PI0A 5P12A 4K4QA 3WSJA 1FQ6A 5OZ4A 3HAWA 1NH0A 5P8KA 1HSGA 5P4FA 4Y3XA 3APPA 5P0BA 5EZXA 5F00A 3D1ZA 4Y5MA 5APRE 5P31A 5P73A 3S8IA 3INEA 1WKRA 2P4JA 5P2MA 5OZYA 2OHTA 1IZEA 3L5CA 3DK1A 2HIZA 5P5OA 5P7RA 4XKXA 5P0XA 4H3GA 1CPIA 3VF3A 1ODXA 3BGBA 2AZ9A 5P0LA 1EEDP 2H6SA 1LF3A 2AVQA 3OOZA 3PHVA 1CZIE 3SA6A 7HVPA 1PSNA 5P19A 1N49A 5I70A 5OYRA 1HPOA 1APUE 4FRJA 5P5VA 5P3JA 7UPJA 4Y3SA 1HTEA 4D83A 5P4GA 4EP2A 5P5LA 2B8LA 1EBYA 2BPXA 2QD6A 1IZDA 3EBZA 5P2RA 5FIVA 5DGWA 4GYEA 3D1YA 4CPQA 1SDUA 1TQFA 4GZFA 3L5BA 5P2SA 4GJBA 2VIZA 4ZSQA 5P8RA 4B05A 2QHYA 4I8WA 4EYRA 1YTJA 2FDPA 3FV3A 5I3WA 1AZ5A 3WZ8A 1T6GA 3BXSA 2AZ8A 5EZZA 3U7SA 2BBBA 4EXGA 5HU1A 1AIDA 5P0FA 3NUJA 5P6EA 3QP0A 2FGUA 3FNTA 3ZKXA 5P34A 3EKQA 3URLA 5P4XA 4RZ1A 4I0JA 3URIA 2V00A 3LPIA 3CIDA 3LZUA 2IRZA 5P5YA 2I4DA 3FIVA 5P4UA 5P0SA 5SXNA 2QI0A 3S54A 3PJ6A 5P4HA 4Y38A 1YTHA 3GGVA 5P50A 2I4VA 3IGBA 3UPJA 1SBGA 4RROA 4Q1NA 3SKFA 4OBZA 3DCRA 3I6OA 4FIVA 5PEPA 2WF1A 5B18A 3EKPA 3APRE 3T7PA 5P7TA 4FSEA 4Q1WA 5P70A 4GJ8A 1HBVA 5P79A 1B6KA 2PMAA 2WL0A 3ECGA 4Y37A 5P67A 1LV1A 4CPUA 1G35A 1FKNA 4U8WA 3TPLA 4JP9A 3LHGA 1K1TA 5P08A 4B77A 2BQVA 3BVBA 5BS4A 5P09A 5P7CA 1MTRA 5OZCA 5OYQA 5KR0A 2HM1A 2PYMA 5OZWA 3HD8A 5P61A 3BVAA 5OZ8A 3LITA 4TRZA 2RKGA 4Y3AA 3LIVA 4EP3A 3HLOA 4RCEA 2F3EA 1ZBGA 3AUPA 4L7JA 5P63A 2A4FA 5P1DA 1IVQA 5OYSA 5E5KA 3PEPA 1HVCA 1BVGA 2XFIA 4J54A 1BDLA 2WF3A 1AJXA 2WF0A 5F01A 4FRKA 3S2OA 4Z22A 3OHHA 5P2EA 3VCMA 3PM4A 3DV5A 1BVEA 2QNQA 3PLLA 4Y3EA 5DPZA 5P8VA 5P35A 4OBHA 4Y4TA 5P4YA 5OZDA 3L58A 1T7IA 3IXOA 4APRE 3DUYA 5P6GA 2APRA 4RYCA 5P4DA 3TOGA 4Y6MA 5JG1A 1OD1A 1D4SA 4DJRA 1PPLE 2F81A 5P0MA 5P3CA 5P8EA 3VFBA 1D4YA 3RSXA 2IEOA 4Y3HA 3GI0A 4FL8A 1A8KA 3Q70A 5P6YA 4Y41A 1LZQA 5P0VA 4ZLSA 5HU0A 2G1SA 2R43A 5P2HA 5P8UA 3SM1A 1SDTA 5CLMA 4GJ7A 4FRSA 5IE1A 2B7FA 4DQGA 3IN4A 2IDWA 2RMPA 5P8MA 3OOTA 3OUCA 1XN2A 2WHHA 3I8WA 2Q55A 5P6KA 2BPYA 1MVPA 4JPCA 5P1EA 1LF4A 1QDMA 4FM6A 3UDJA 4HEGA 1E81E 4J0YA 3SA7A 4ZPFA 4ER4E 1HPXA 1PPKE 5P44A 5P1SA 4IVSA 5COKA 3BUHA 1D4HA 4YBIA 3TOHA 5P48A 5I3XA 3PLDA 4Y5BA 2BKSA 4OD9A 3LZYA 1FLHA 3ST5A 4DPIA 4PYVA 4J0PA 5P6MA 4ZSRA 5P1NA 5P8AA 3N3IA 1MIQA 3SKGA 2FNTA 1HXBA 3FNSA 5P39A 5P8HA 3G6ZA 4L6BA 2QI5A 4Y5CA 1YG9A 5OZEA 4FS4A 3NLSA 1BV9A 4TRYA 1PPME 3OU1B 5P1XA 3INDA 3OU3A 5ER1E 1A94A 4MC9A 4HE9A 5P82A 1TW7A 5P5GA 3SFCA 3OQKA 5P1BA 4GJ5A 3O9HA 5P5PA 3ZKSA 4MC6A 2F8GA 2QZLA 2ZJJA 4Y35A 1C70A 4GJCA 5P15A 2AOCA 5P52A 5P57A 5OZKA 2QHCA 4OBDA 5P64A 4DJVA 1J71A 2PWCA 1IDAA 5P3RA 4R95A 4RCDA 1HHPA 1TCXA 2QI6A 4Y4ZA 4WY1A 2QHZA 1TSUA 2IGYA 2JJJA 2WEAA 5P7FA 3UCBA 4LBTA 1G6LA 1B6JA 2J9JA 3UQPA 4I0GA 5P2LA 4J1EA 4D85A 1K1UA 4RVXA 4RGHA 1YX9A 1HIVA 5P6UA 5P5NA 2Q11A 5P5XA 3NU3A 3NWXA 2AVOA 3OUAA 5P5IA 2O4NA 5P2GA 4CPXA 1FG6C 3S43B 4U7VA 2NTRA 5KQYA 5P3IA 4RLDA 3TKWA 2QMFA 3UQUA 5P56A 3CYXA 2OHLA 3MSJA 4Y3NA 5P36A 3UHLA 1GNNA 5SY3A 1SIVA 1T6EX 4A6CA 3SA5A 4J1FA 5P5HA 3UDPA 3M9FA 3PSGA 3FNUA 3TH9A 4DJPA 1SH9A 3IVIA 5KR1A 3O9CA 2QD7A 5P75A 4FRIA 1APTE 3QBFA 1ZP8A 4J0ZA 5AH9A 5P47A 5P71A 4HZTA 5P7WA 4B1CA 2FXEA 1ER8E 2RSPA 5P78A 3EL4A 5P69A 4LC7A 3SAAA 3SA4A 1C6ZA 1E80E 1FQ7A 4HLAA 5OZTA 2QU3A 1F7AA 3QN8A 4IVTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8S A;  3HZC A;  5P8G A;  5P8P A;  2ZJI A;  3Q5H A;  4YBF A;  3RTM A;  4Y57 A;  5OZV A;  2PH8 A;  3OY4 A;  4X2L A;  5COO A;  3OU1 A;  4Y5L A;  4LL3 A;  4Y47 A;  3BUG A;  4EQ0 A;  4YD5 A;  3PWR A;  4I0D A;  1XDH A;  2QI3 A;  3QBH A;  3KM4 A;  4Y3P A;  2R3T A;  5P6O A;  3MXE A;  2ZHU A;  4YE3 A;  1FFF C;  1KJ7 A;  1QBR A;  3NDT A;  2QI1 A;  1KZK A;  2NMZ A;  3PBZ A;  5P1V A;  3ZPT A;  6APR E;  4I0E A;  5P4C A;  1GKT A;  5DQ5 A;  1YT9 A;  5HE4 A;  4LAP A;  3NU5 A;  5AH6 A;  5P1A A;  3JVY A;  5P55 A;  3HVP A;  3QRM A;  1ZPK A;  2IEN A;  5P1H A;  1IZI A;  1MRX A;  3QVC A;  3EMY A;  1WBK A;  5P04 A;  5P8D A;  5P89 A;  3VFA A;  1KJ4 A;  4Y36 A;  4CPR A;  3FX5 A;  4OD9 B;  3O9B A;  4EPJ A;  1TCW A;  2AQU A;  3F9Q A;  5OZL A;  4A4Q A;  1G2K A;  2P83 A;  2R9B A;  2F3F A;  3S43 A;  5P5U A;  1HXW A;  5P68 A;  4J5J A;  1D4L A;  3PB5 A;  1EC3 A;  5P1R A;  5P3T A;  3RTN A;  3ZPS A;  4FE6 A;  5P8B A;  3KFS A;  5P5A A;  1IBQ A;  4Y5P A;  3R0W A;  2AOJ A;  2QCI A;  1ENT E;  3GI6 A;  3VYF A;  5P0I A;  1MTB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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