2UXZA

Two-carbon-elongated hiv-1 protease inhibitors with a tertiary- alcohol-containing transition-state mimic
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Two-Carbon-Elongated HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary-Alcohol-Containing Transition-State Mimic.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2uxzA00
5P1BA 2JXRA 4Y3TA 3HZCA 5APRE 5P6OA 1SDVA 2HIZA 6UPJA 4Y4DA 5P6DA 4Y41A 2AZCA 2ZJKA 3IVHA 5DQCA 3EM6A 3O9HA 5OYZA 5F01A 5P52A 1GVWA 5P1YA 3SA3A 3VYDA 2QZLA 1IDAA 2G22A 3OQDA 4GJBA 1T7KA 3SPKA 2OHSA 4DQHA 5AHAA 2PK5A 1HXBA 2IKUA 1LF4A 5P2FA 4J0VA 5P4XA 4EJ8A 3SABA 5JG1A 5FIVA 1KJGA 4DQBA 4CP7A 5KR8A 1IZEA 5P4YA 1SIVA 1D4HA 2ZE1A 2QMGA 4FS4A 1IZIA 3UQUA 1G35A 2OHKA 5P5FA 3UDYA 1WBKA 4J1KA 4OBZB 5P59A 5P5VA 3ECGA 5OZDA 5P0CA 5P84A 2Q3KA 5P1MA 5BS4A 2OHNA 3DJKA 1ZPAA 4CPXA 4LAPA 2AVQA 2OHUA 3VSXA 4DJWA 2PQZA 3Q3TA 3OGPA 3TNEA 5E5JA 3OUCA 5DQ2A 3PLDA 1EPOE 5P1WA 2OHTA 4LXAA 3R2FA 2F3FA 2QD8A 3LPKA 2ZYEA 4A6BA 1HEFE 1AM5A 5P1EA 2Z54A 3NDXA 4I0EA 1GVUA 1KJFA 4Y3FA 5P67A 1Z1HA 3D20A 4J5JA 4B1EA 4GMIA 3SO9A 4U7QA 1LYBB 5P6BA 3DCRA 5P2OA 3OUDB 2QZKA 5DQ1A 4FAFA 4Y4WA 5P13A 3I7EA 3RTMA 3TL9A 4H3IA 1G0VA 1FQXA 3FNTA 3URJA 4QJ7A 3ZPTA 2J9KA 3ZKNA 1FG8C 5IVSA 4Q1XA 5P3RA 5P81A 3LNKA 3PM4A 2QHZA 5P77A 1ZAPA 3QP0A 4I0IA 5P1KA 5P8PA 4Y51A 3ZKGA 5HCTA 5P00A 4Y5GA 5P8HA 5P0IA 4ZPGA 1D4IA 3K4VA 5P4NA 5P8BA 3QAAA 5P7LA 1LF2A 4FL8A 5P3WA 4YD5A 3VF3A 4NJTA 4Y3ZA 1A8KA 2G1OA 2R3TA 3PCZA 5ER1E 5ISJA 2VKMA 1HTRB 2NXDA 3PBDA 4Y5NA 3OXWA 2UY0A 4PYVA 5P3NA 5P42A 3SFCA 1VIJA 3EKWA 5P20A 4DJXA 2R38A 4Y5KA 4I12A 1A8GA 1HVIA 4TRYA 5P3AA 4BFBA 1SMRA 3LZYA 3EKQA 5P0BA 5AH6A 3Q70A 4J54A 3WZ7A 5UPJA 2G21A 1C70A 1B6LA 1HEGE 4NJSA 4DPFA 4YE3A 1HVJA 5P5MA 1ZP8A 2QK5A 1QDMA 5P0DA 1ZJ7A 5P07A 1IZHA 5P3MA 2ZHVA 4L1AB 3O9LB 4RVJA 1HPSA 3HAUA 3QVCA 1MT7A 4OD9B 2P3BA 4DQCA 2Q63A 1PPLE 5OYTA 1XE6A 3EL1A 1A30A 4Y4ZA 4APRE 2PSGA 4YDFA 5P40A 5OZNA 5P8EA 5DQ4A 2V13A 3T7PA 1RL8A 3S43B 3RTNA 3PWRA 5P1SA 4DI2A 1EC3A 2NXMA 5P8JA 5P23A 5P70A 2RKGA 4K8SA 4CPWA 5P0EA 3SA9A 4CPTA 5P0LA 5P8AA 4HLAA 1EBWA 3OQ7A 4AZYA 2G69A 2R9BA 5P80A 5SY3A 3HVGA 1ZPKA 3BVAA 1K6TA 2QMPA 1J71A 1FMUA 5OZ8A 3VLBA 1PFZA 1KJHA 1B6JA 2QD6A 2B8VA 3LIVA 2P3CA 5P82A 4F74A 5P1GA 3APRE 2B7ZA 3DV1A 5P2JA 3NU9A 5P3TA 2XYFA 3JVWA 5P2HA 3EM3A 5OZYA 5OZZA 4Y3JA 4JPCA 1MVPA 1D4SA 5P7NA 2I1AA 1HPVA 5P3IA 3EL5A 5P1JA 4ER4E 3QVIA 5CONA 3KF0A 2XFJA 2QNPA 5OZTA 4HDPA 3OAGA 4J0YA 3WB4A 2VIYA 3D1YA 2HC0A 5P27A 5P2TA 3WSJA 4L7HA 3OQFA 3LIYA 5P34A 5P47A 1HVKA 3KYRA 5P8LA 2VIJA 1ER8E 1CZIE 1FFFC 3OADB 5COKA 1HVLA 2IKOA 3G70A 5OYRA 1HIHA 1BV7A 2HB4A 1UH9A 2QD7A 5P0WA 4EXGA 2FDPA 1W5YA 2JE4A 1E81E 5P64A 1GNNA 4HZTA 3TTPA 4Q1YA 4EXHA 4Y3EA 5P19A 1LYAB 2HS1A 5I3WA 4J17A 4X2LA 3UFNA 1BWBA 5KQXA 4FE6A 1W5WA 4ACUA 5P6SA 3QIHA 3B7VA 1F7AA 2G20A 3D3TA 4RCDA 1A94A 2FLEA 3MXEA 3D1ZA 4LXKA 4ER2E 5DR1A 5P3PA 1OHRA 2WF0A 4PZWA 2ZDZA 5P38A 1FFIC 4B78A 3VCMA 4CPQA 3O9IA 5P0KA 4Y53A 2PSVA 1EC0A 3I25A 2AOIA 3NU4A 3INEA 3MXDA 3LZSA 5P65A 3PSUA 3NLSA 5P5AA 3NU3A 2G24A 3A2OA 3VV8A 5AHCA 3FSMA 3HLOA 4OBFA 2I4QA 2ZJMA 5P4AA 5OZKA 4D83A 1XDHA 5OYUA 2NR6A 5P4GA 2BPWA 4JOOA 1K6CA 3QRMA 1C6ZA 5P03A 5P01A 3TH9A 4NJVA 5EZZA 4Y54A 5OZBA 1K1TA 5P89A 5OZ9A 3SM1A 5DR0A 4Y56A 2HS2A 1LZQA 4Y5AA 1APWE 2V0ZC 1SDUA 5P7KA 3PHVA 3ER3E 2OHLA 5P5RA 1QBTA 5KR0A 2WKZA 4ZSRA 3HVPA 2O4KA 2R3WA 2ZHRA 2ZGAA 3KDCA 1LS5A 3RTHA 4TVHA 5P0UA 3AUPA 4Y5EA 3T7XA 4GIDA 5KR2A 2B60A 4DJRA 1EBYA 1TQFA 2IS0A 5AH9A 5P8VA 1BDQA 3PSYA 4Y5PA 1XL5A 2HPFA 3OXCA 2QU2A 1LYWB 2IQGA 1FQ5A 2V16C 4GZFA 3UHLA 3MWSA 5P7JA 2I4WA 5P0YA 5C9FA 2FNSA 1C6XA 5P43A 3U7SA 5P0HA 1YTIA 2PH8A 4RZ1A 4IVSA 2WF3A 3OU1A 4Y3DA 1TCXA 1HVRA 4EJLA 4H1EA 3APPA 5P2DA 2VIZA 5IS4A 2FXEA 4QJ8A 3B80A 4EJDA 5P1TA 5P50A 2G94A 3PCWA 3M9FA 4F75A 3UDJA 3R4BA 4YBFA 2OHPA 1M0BA 3SKGA 1TZSA 2RSPA 2BPVA 5P58A 3ZL7A 5P36A 2VJ7A 5P5DA 5P8GA 4JECA 4F73A 3QPJA 5DGUA 2BPYA 3TPLA 1UPJA 3ZPUA 4EQJA 5HVPA 3KDBA 4FRJA 1YTJA 3BVBA 2EWYA 3INHA 4YOBA 4RYGA 5OZUA 2QI7A 5P2AA 1AJVA 2UXZA 4YHQA 5P3CA 5COPA 1DP5A 1AJXA 5KQZA 2VNMA 3QROA 5P7IA 3CMSA 3K4VC 5P4HA 2OF0A 4B0QA 2WF4A 4A6CA 4WY1A 4H3JA 5AGZA 2G1RA 5DQ5A 2IGYA 5P2ZA 2IEOA 4NKKA 5P3SA 3KFNA 3EMYA 4GB2A 5P83A 3BUFA 5P6QA 5ENMA 1XE5A 5P6GA 3GW5A 1HTEA 5P5PA 4YD6A 4OBKA 1BXOA 4RCFA 5P4KA 5EZXA 3EL0A 2XFIA 4KE1A 3T6IA 2ZJLA 3VFBA 1B5FB 4HEGA 5IVTA 5P53A 1META 3PSGA 5P78A 3HD8A 5P37A 2AOJA 5P72A 4GJ7A 3UF3A 3HBOA 4FSLA 1SGZA 2I4XA 2AVSA 1FGCC 3H5BA 4AMTA 5P8FA 1IZDA 2AOEA 5OZOA 3ZOVA 1XS7D 3FNUA 4J1FA 3RSVA 3WB5A 2BPXA 5P3BA 3BRAA 5P7XA 5P3FA 1M43A 3VEUA 5KAOA 3LPJA 2AOCA 4FM8A 3PLLA 4B05A 4Y43A 2AVMA 5P7TA 1LV1A 3PB5A 2ZJJA 4EP2A 2H6SA 3PMYA 1ODYA 2WJOA 2IDWA 4GJ6A 3L5EA 3S43A 5P74A 5P4WA 3K5GA 4DFGA 3RU1A 5P12A 4Y4XA 3L5DA 4Y3GA 2J9JA 5P39A 1FB7A 2F3EA 3L59A 4Y44A 3UPJA 3OUBA 3KN0A 4RRSA 5P0GA 1MUIA 3L5BA 2RKFA 3BGCA 4Y45A 5P5IA 1SMEA 3UDPA 4FSEA 3O9AA 2QZWA 2SAMA 2PH6A 1ENTE 5P51A 3IA9A 3JVYA 4DPIA 5P2IA 5TOLA 4H3GA 5OZCA 5HU1A 5P6HA 3QS1A 3OQKA 5P8OA 2I0DA 4FRSA 3Q4BA 5P5EA 4Y5MA 5P48A 3I6OA 3EM4A 4EYRA 1TSUA 5KOQA 4NPUA 5P6UA 2MIPA 1NSOA 1BVEA 4TVGA 5P3JA 3MSJA 5P6YA 3WZ8A 4LXMA 4QGIA 1QS8A 1IIQA 1GKTA 5P3KA 3PVKA 1BXQA 5HDUA 5P55A 2P4JA 1HPXA 3OOTA 5P0PA 2QI5A 4CPUA 3K5CA 4PEPA 4Y3LA 5P17A 5P6IA 2F3KA 2JYSA 3OUAA 4RCEA 2Q11A 4Y3HA 4I0DA 5P4QA 1HSHA 5P0ZA 5DR4A 3O9CA 4BELA 1ZSRA 3T3CA 3U71A 2Q15A 5P26A 5OZ1A 4Y3QA 5P1CA 2G26A 4J1HA 5P2UA 5P7BA 2HAHA 3URLA 1MRXA 3AIDA 1GVTA 3DK1A 5HDXA 4LHHA 4FGXA 2JJJA 4EJKA 5P5GA 1HXWA 5P10A 2F80A 1APUE 1ODXA 2PMAA 1Z1RA 5P3VA 3C9XA 5P57A 1KJ4A 4Q5MA 5OZFA 3GGUA 4K4RA 4GJCA 4CPRA 1GNMA 1E5OE 4M8XA 3TPPA 4B70A 2Q5KA 3SA5A 4Z22A 4J0ZA 1D4LA 3KFSA 5P1VA 7HVPA 1UH7A 5P87A 2IL2A 1YTHA 7UPJA 5OZ2A 4EHCA 3UDMA 4I0GA 5OZAA 1OD1A 1BWAA 1B6KA 3VV6A 3TOGA 3VLAA 4YD3A 4Y5BA 1SIPA 5OYQA 1UH8A 3BXRA 5P8CA 3LZVA 1FIVA 3SA8A 2ASIA 4DQGA 5P5YA 1GVVA 5HDVA 3BUHA 3UDQA 5P6VA 2FXDA 4Z4XA 2B8LA 3LIXA 4J55A 4RLDA 3PEPA 5HE7A 4QJ9A 3SAAA 4ER1E 3PI5A 3O9BA 1PSAA 2APRA 3O9EA 4J1EA 3GI6A 5OYSA 4J1CA 2G27A 2VIEA 2WF2A 3CYXA 5P5UA 3UFLA 4FIVA 3R0YA 2AZ8A 1MTRA 1CPIA 2G1SA 4B1DA 5P5ZA 5P3EA 5P6KA 5P7PA 2Q64A 3S2OA 3BUGA 3O99A 5P4RA 4ZSPA 4FM6A 4I8WA 3EC0A 3TKWA 5JFPA 1T7JA 5P3ZA 5P7OA 4QJAA 5P2MA 2ER0E 5P3HA 3NR6A 3GGAA 4J0TA 4I11A 4DVFA 4UPJA 4K9HA 2VA6A 2PK6A 4B72A 3NDTA 2QNQA 1FMBA 1DAZC 5E5KA 3WZ6A 5P22A 4ZEAA 3K5FA 5ER2E 4FRIA 1HOSA 4X7IA 3TOHA 3KMYA 2HB2A 5OYVA 4R91A 4HA5A 1B6MA 1EPLE 1HVCA 4YD7A 4DV9A 3VV7A 3NU6A 2FNTA 4Y50A 2V10C 5HU0A 2VS2A 4I10A 3SA4A 1W51A 4XX4A 1IVQA 1HRNA 3FKTA 4HE9A 4R92A 5P7RA 1EPNE 4Y6MA 5JFUA 5P54A 2NNPA 5P73A 4EWOA 4XKXA 4Y37A 5P6AA 2QP8A 3PJ6A 4OC6A 5P8IA 5P5QA 2IENA 2PYMA 4FAEA 1QBSA 5HCOA 1EPME 1PPKE 3UQPA 3O9DA 3JW2A 3N4LA 2FGUA 5P6EA 2ZHTA 5P4BA 3NU5A 3CKTA 5I70A 5P0FA 5P7DA 2OHRA 5P8KA 3SM2A 5P2SA 5P1RA 4BFDA 4Y39A 5P1PA 3LINA 5JODA 3HDKA 3KDDA 3NYGA 3OU4B 3SQFA 9HVPA 3KMXA 2BKSA 4RYCA 2P3BB 2R5PA 1ZLFA 1YG9A 3NSHA 3NXEA 2XFKA 1WKRA 4RVXA 5P41A 5P3QA 5P5HA 2ANLA 1MSNA 5P61A 2BJUA 5P24A 1AXAA 2G1NA 2QI4A 4Y48A 1LF3A 4I0ZA 4APEA 4DUSA 3T11A 2AOHA 2AIDA 5P6TA 2H6TA 4NPTA 3IVIA 5P46A 1FEJC 3K1WA 5ENKA 3VF7A 4Y58A 3S7LA 1B6PA 4RGHA 4D88A 3L5FA 1HIVA 2QMFA 5P4FA 1SDTA 4PZXA 5P3OA 1MIQA 1YT9A 2VJ9A 1GNOA 2XYEA 5HTZA 5P7WA 4OBZA 4K4PA 3D91A 2V11C 4B00A 5OYWA 3LIZA 1FG6C 2ER7E 3CICA 4Y4GA 5DR3A 3G72A 2G1YA 2ZHUA 5P49A 5P8TA 5P3DA 5P6JA 3IXKA 4EPJA 1NH0A 5BRYA 4Y35A 3QBFA 2P8HA 5P4IA 3MSKA 5P66A 3G6ZA 2R43A 3OAGB 3TKGA 4Y4UA 3UQWA 1CMSA 5OZ6A 4CKUA 4Y5CA 5P1ZA 2BPZA 1OEXA 4GJDA 3SA6A 4U8WA 5P0RA 5OZ0A 5P08A 5P2QA 5P2XA 4OBDA 1HWRA 1T6GA 2RMPA 5P09A 5P1NA 3QBHA 5ISKA 3LPIA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1B A;  2JXR A;  4Y3T A;  3HZC A;  5APR E;  5P6O A;  1SDV A;  2HIZ A;  6UPJ A;  4Y4D A;  5P6D A;  4Y41 A;  2AZC A;  2ZJK A;  3IVH A;  5DQC A;  3EM6 A;  3O9H A;  5OYZ A;  5F01 A;  5P52 A;  1GVW A;  5P1Y A;  3SA3 A;  3VYD A;  2QZL A;  1IDA A;  2G22 A;  3OQD A;  4GJB A;  1T7K A;  3SPK A;  2OHS A;  4DQH A;  5AHA A;  2PK5 A;  1HXB A;  2IKU A;  1LF4 A;  5P2F A;  4J0V A;  5P4X A;  4EJ8 A;  3SAB A;  5JG1 A;  5FIV A;  1KJG A;  4DQB A;  4CP7 A;  5KR8 A;  1IZE A;  5P4Y A;  1SIV A;  1D4H A;  2ZE1 A;  2QMG A;  4FS4 A;  1IZI A;  3UQU A;  1G35 A;  2OHK A;  5P5F A;  3UDY A;  1WBK A;  4J1K A;  4OBZ B;  5P59 A;  5P5V A;  3ECG A;  5OZD A;  5P0C A;  5P84 A;  2Q3K A;  5P1M A;  5BS4 A;  2OHN A;  3DJK A;  1ZPA A;  4CPX A;  4LAP A;  2AVQ A;  2OHU A;  3VSX A;  4DJW A;  2PQZ A;  3Q3T A;  3OGP A;  3TNE A;  5E5J A;  3OUC A;  5DQ2 A;  3PLD A;  1EPO E;  5P1W A;  2OHT A;  4LXA A;  3R2F A;  2F3F A;  2QD8 A;  3LPK A;  2ZYE A;  4A6B A;  1HEF E;  1AM5 A;  5P1E A;  2Z54 A;  3NDX A;  4I0E A;  1GVU A;  1KJF A;  4Y3F A;  5P67 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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