2VIE | Genus

Total Genus 104

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	104
sequence length	385
structure length	373
Chain Sequence	EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__057931747679964__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__057931747679964__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2VIE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__057931747679964__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"057931747679964","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2VIE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__057931747679964__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-SECRETASE 1
total genus	104
structure length	373
sequence length	385
ec nomenclature	ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date	2007-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2vieA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2vieA02

1HPVA 4J1EA 5P6UA 5P08A 1DAZC 3OTYA 5OZ8A 5P5PA 5KR1A 5P2SA 4EP2A 4Y5KA 1HRNA 4Y3PA 2QD6A 4MC9A 5OZ7A 2SAMA 6APRE 4EQ0A 1Z1RA 3S54A 5P13A 5P4AA 2Q63A 3K5DA 4GB2A 1FB7A 5P43A 1HIVA 5JFPA 7HVPA 5P36A 1HVRA 1XE5A 2P3CA 3L59A 3TKGA 5P28A 5HDXA 4Y47A 5P2QA 5P3ZA 5P6DA 2NPHA 3URJA 2QU2A 2PYMA 2BPXA 3SKFA 5P06A 3DCKA 3O9IA 4B72A 2I0AA 2QP8A 1SMEA 5KQFA 5P8FA 5P86A 1C6YA 5KR2A 3VYFA 5P4XA 5P4FA 4FRJA 1K2BA 2FDDA 4CMSA 2BKTA 4Y43A 5JODA 3ZKQA 4R91A 5P24A 4X2LA 2NNPA 3PCWA 2XFKA 5P7PA 3ZLQA 3IXOA 3INEA 3OUBA 4ER2E 4RROA 4IVSA 1K6TA 1FFIC 2ZJIA 5OZEA 3NU6A 3DK1A 3MSLA 5OZHA 5P02A 4M8YA 4Y56A 4J1IA 5P40A 5P0KA 1LYBB 3D3TA 5P1XA 4J54A 1B6LA 3IAWA 5P5VA 4Y3LA 2O4PA 1W6IA 3KT2A 3S53A 3R4BA 4I0GA 2QI5A 5C9DA 1EC1A 4Y3SA 5P38A 2ZDZA 4DPIA 5P6GA 1IDAA 2QI7A 3U7SA 4Y3DA 5P25A 4JOOA 4UPJA 4QJ2A 4DJYA 3LPIA 3LITA 5P52A 1SIPA 3GGXA 3EXOA 1RQ9A 3EKYA 5P2GA 5P4HA 5I3YA 1LF4A 1HPXA 4LHHA 1G35A 3QBFA 3VYDA 5OZMA 3OUAA 1EEDP 4Y54A 2F3KA 4Y36A 1QDMA 1TW7A 5P1ZA 2PMAA 3PSYA 5P3WA 2J9KA 5OYUA 2PQZA 4L6BA 1HVHA 3PLLA 1B5FA 4Z50A 2EWYA 5P7EA 4ER1E 5OZZA 4F76A 4Z22A 5P87A 2ZHRA 3KMYA 2WJOA 3I6OA 5P2HA 2F8GA 3ZL7A 2HS2A 5P7FA 1YTJA 5P3FA 5P3DA 1VIKA 4RRNA 5P1RA 5P3MA 3GW5A 2B8LA 5DQ1A 1T7KA 4Y3ZA 2G1OA 2ER9E 2QMPA 4F74A 5P4SA 1FEJC 3NSHA 5OZXA 2O4SA 1W50A 3S43A 2I0DA 1SGZA 3FSMA 3KFPA 4NKKA 1HEFE 2FNSA 3OUDB 2WL0A 3K4VA 4D88A 5P1IA 5OZ2A 5P0FA 1BVEA 2VA7A 3ZPSA 4DJUA 4I0FA 5P35A 3BXSA 1FQXA 3R0WA 2AZ8A 5P2IA 3QN8A 3QS1A 5P58A 3PMYA 1BVGA 1HVIA 1K6VA 1W5YA 4WY6A 4OBZB 3G72A 4RLDA 2G22A 1FF0C 5OZBA 2F3EA 4GZFA 4HEGA 2I4VA 5P5DA 4JPEA 3WB5A 4ZE6A 4E43A 3TOFA 4Y45A 4I0JA 5P1CA 3EKWA 1EBWA 1BIMA 4J1HA 1RL8A 5P4MA 1AJVA 3K5CA 1HPOA 3UDPA 5KQYA 2CEMA 3ZKSA 4HA5A 5OZRA 4J0VA 3SFCA 4B1EA 2PH8A 1LEEA 2J9JB 4R92A 2AODA 3KA2A 4RCDA 5B18A 5DQCA 4FRIA 4DVFA 4RRSA 5P6TA 5P1KA 3S8IA 4DQCA 5P34A 2APRA 3PBZA 3BUHA 2HC0A 3TH9A 3TOGA 2VIJA 5P54A 5HCOA 1SH9A 3ZKMA 5P3OA 2OHQA 2G20A 4K9HA 4N00A 4EQJA 1W6HA 2IEOA 2OHPA 1IVPA 3SQFA 2R8NA 4Y57A 1A8KA 1YT9A 2WKZA 1HSGA 4Y44A 5P81A 2HPFA 5P45A 4I10A 5P7NA 2NR6A 3ER3E 2AOCA 1WKRA 2PC0A 1HTRB 5P09A 5P83A 4GJ9A 2F81A 4J5JA 3OY4A 1U8GA 3NU4A 3PHVA 1HSHA 5OZ1A 4QJ9A 2QZLA 3UHLA 4OC6A 5P5GA 4I8ZA 4LXKA 2G94A 5P4PA 3N3IA 1W51A 4Y51A 5P0AA 2ZHSA 1DPJA 3TPRA 4KE1A 1IZEA 5OZYA 3PWMA 5P69A 2CEJA 1NPAA 4B77A 1T7IA 5P01A 2R5PA 2O4NA 5BWYA 3APRE 4CPQA 5P7TA 3VYEA 5P89A 5P6BA 4Y53A 5P4BA 4CPUA 5P22A 5P26A 5P7ZA 3HZCA 2P3AA 2NXMA 3I8WA 4PZXA 5COKA 2V0ZC 2JYSA 2WEDA 1MSNA 1C6ZA 1M4HA 1QBUA 3OOZA 1PPLE 3ZPTA 4TVHA 1FQ7A 3FNTA 3VV7A 2PWCA 2ZE1A 5P3GA 3KFRA 2P3BA 3LNKA 5P4DA 1HEGE 3QP0A 4DQBA 3SA6A 4DPFA 2P83A 3VF7A 4TVGA 1ME6A 2FNTA 3PVKA 5P6EA 5OZVA 3UQPA 4OBFA 4U8WA 3BVBA 5C9FA 1HIIA 4Y5EA 5P4RA 5OZLA 1EC3A 5P4LA 1YTIA 5P6OA 2HAHA 3M9FA 3HBOA 5P6NA 1META 4HLAA 4OBKA 2V16C 1HVJA 2G1NA 5P33A 3RVIA 5P4YA 2IENA 2WF4A 2VA5A 3PI5A 3LPKA 1SP5A 3O9HA 5P1LA 1HVLA 2VNNA 3KDCA 3K1WA 1OEWA 1RNEA 5P7AA 5P2BA 4OBJA 5P4QA 2AVVA 5P4OA 1B6PA 4B1DA 9HVPA 5P0EA 5P37A 4F73A 3URLA 3LZSA 2AZ9A 5P5FA 2BPZA 4HVPA 3PI0A 5SZ9A 3BXRA 5P16A 4B78A 1SIVA 2UXZA 2AOHA 5OZKA 2Q64A 3O9FA 5DR7A 2I4XA 1LYWA 4QGIA 5P42A 5P8RA 4NJSA 3VG1A 2AOJA 1YTHA 3NWXA 2ZHTA 5P7GA 1IZDA 4YOBA 5P0XA 3T11A 4DJRA 3OQAA 4Q1YA 4Y3TA 2IKUA 4ZEAA 2QNNA 4EHCA 4Y4JA 2QI1A 3RU1A 3ZMGA 3R1GB 5COPA 1GVWA 1T6GA 3NDWA 4JP9A 1YM2A 5SY3A 2A4FA 2OHUA 1LF3A 5P50A 2ZJHA 1QBRA 2QAKA 4YOAA 2XYFA 1HIHA 3INHA 3RTMA 4Q1WA 3IN3A 2AOEA 4FIVA 2FGUA 5HDZA 4NJTA 5P0IA 3OGQA 5P7WA 5P6LA 3S43B 2ER6E 3PBDA 3TPPA 1MERA 1WBMA 5P0PA 2NXLA 4RCEA 5DR8A 4I11A 5P1TA 4R95A 4FM7A 2AOGA 1B11A 5P5IA 3PRSA 4I12A 2BKSA 4GJ8A 3EBZA 3ZKGA 2VJ9A 8HVPA 2AVOA 3QBHA 3WZ8A 4H3IA 5P88A 3UQUA 1LYAA 4DJQA 1SMRA 3B80A 5P41A 1W5XA 3HW1A 5OZIA 3UDMA 2FDEA 1HTGA 5P64A 3OQDA 3VSXA 1MIQA 2V12C 5P0VA 5P1YA 2G1RA 4ZPEA 3IA9A 3UDNA 2V13A 1IIQA 1EPOE 3UFLA 1EBYA 5P1OA 3SA3A 1Z1HA 1BV7A 2AOFA 5DGWA 4AA9A 5E5KA 5P48A 1TZSA 3HAUA 5P4GA 4I8WA 5P6PA 3T7QA 5AH6A 2AOIA 2NMYA 5P29A 4HDBA 3MWSA 5P3CA 3K4VC 5P8HA 3QRMA 4Q1NA 1MRWA 5P5TA 3HAWA 4J1KA 4Y37A 1HWRA 4EPJA 5P1PA 2ANLA 5AH9A 1M0BA 3VV8A 5P4TA 5OYSA 2IS0A 3BHEA 5P46A 4DJWA 2R5QA 4ZSPA 3L5BA 3ZOVA 6UPJA 3HLOA 4DH6A 3IVIA 5P63A 3CMSA 1AJXA 5P8JA 3OAGA 1NPVA 4MC1A 1K6PA 1ZLFA 1DP5A 2HPEA 3EL5A 3SM2A 3ST5A 2BQVA 2IQGA 2V00A 1ZSRA 1FQ5A 4DJOA 4ZLSA 3QVCA 2Q11A 2ZJLA 1KZKA 4EXHA 5DQ2A 5F01A 5I3XA 5P0RA 4B05A 1KJFA 3KFNA 3OADA 3PCZA 2FIVA 5P7QA 4I0EA 5OZNA 3UQXA 3ZKNA 2VIZA 3OXXA 5OZQA 4ZIPA 5P6JA 5P19A 1DW6C 5P4KA 4OC6B 2R38A 1G2KA 5P1GA 3OQFA 3IXJA 4RZ1A 5P3EA 5P7LA 5P2KA 5P5WA 5P74A 5P79A 5P7YA 4Y5PA 4PYVA 5P5RA 4K4RA 4J1FA 5P82A 3VEUA 1TSQA 5P68A 4OBHA 4TRZA 3VF3A 4EYRA 2PSUA 4L7GA 3IXKA 5P10A 1MEUA 5P85A 1W5WA 3KN0A 1FKNA 5P78A 5P6YA 1GKTA 4H3FA 3FKTA 1C70A 5P53A 5OZTA 3NLSA 4XX3A 5HTZA 5P3NA 5P3BA 1OD1A 5P4JA 1XE6A 3PSUA 5P72A 4XKXA 1K1UA 5P7HA 3SLZA 1FLHA 4YCTA 7UPJA 3OU4A 5P8QA 3EL1A 3TL9A 1D4YA 2G21A 1EPPE 3BRAA 1W5VA 2OHRA 4ACUA 3S45A 5P3LA 5DGUA 4EJKA 2Z4OA 5I3VA 5P1FA 5P17A 2AZCA 1UH9A 5P8NA 5KOQA 2R3TA 5P4EA 3VV6A 4Y58A 3NYGA 4Y3YA 2Z54A 3UF3A 3G6ZA 3EKXA 5HU0A 1MPPA 4I1CA 1KJHA 1XN2A 4Y39A 5P1MA 4FCOA 3MSJA 3PWWA 5OZAA 3SA5A 3I25A 4Y4TA 4LBTA 5P8PA 3FNSA 2V10C 1E81E 1EC0A 1FQ4A 4Y3JA 5AH8A 4PPHA 3L5CA 3OK9A 1GVTA 2O40A 3SA9A 2PK6A 2F80A 3NU9A 3HD8A 5APRE 3JVYA 3OWNA 4CPSA 5P1WA 3CIDA 1MRXA 1FQ6A 1FIVA 5P1SA 5P1DA 5P31A 1FQ8A 5P14A 4GJDA 4I0ZA 3QVIA 3D91A 3LPJA 5UPJA 4QJ7A 2PSVA 2PWRA 5P5EA 5P5BA 5P2MA 5HE5A 3OU1A 4XX4A 3S56A 1KJGA 3OXCA 4Y4WA 3LZYA 1FMUA 5P80A 4DJVA 5OYXA 3D20A 1F7AA 1LYWB 4H3GA 4Y3AA 5HDUA 1AM5A 5P2CA 3INDA 1N49A 1HXWA 1MUIA 2P8HA 4YD4A 5P2LA 1HOSA 4GJ6A 4S1GA 2XFJA 5J25A 5P8UA 5OZ3A 5P32A 4Y38A 5P3XA 1NH0A 5P5KA 1HSIA 4FAEA 4QJ8A 5P65A 5P3JA 3GGVA 1Q9PA 4FRSA 5P8GA 5DPZA 1XL2A 3K5FA 5P6VA 2BBBA 2V11C 5AHAA 4L7JA 4AA8A 4MC2A 2BPYA 3ECGA 2FDPA 4DQFA 4EJ8A 4OBDA 2QHYA 5P1NA 1K1TA 4YCKA 1FFFC 5P7BA 5P0MA 5P5OA 4J0TA 3VFBA 3OXVA 5P3QA 5P6QA 1EBKC 2AVQA 5P71A 4YD6A 5JFUA 4HDPA 5KOSA 4ER4E 5P3VA 1HVCA 4YD5A 5OZ9A 2VKMA 5P0CA 2QHCA 3QRSA 1QBSA 4YDFA 3CYXA 4PEPA 1D4HA 5P8IA 4RYGA 2OHNA 5KQXA 1G0VA 2G69A 4I0HA 2VS2A 1CMSA 2FMBA 4RVIA 1QS8A 5HE4A 1OEXA 1QRPE 3D1YA 4Q1XA 1BDLA 5P5MA 4CPRA 3LIZA 5P30A 1OHRA 5P6CA 3LIVA 6FIVA 2BPVA 2O4KA 2A1EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5I70 A;  3VCM A;  2QK5 A;  1AXA A;  5P0O A;  1AZ5 A;  3I2L A;  5P5Z A;  2BPW A;  2RKG A;  2QD8 A;  4JEC A;  4LXA A;  5OZF A;  1BAI A;  3WB4 A;  3OU3 A;  3EKQ A;  2WEC A;  3UFN A;  5P7X A;  2FXD A;  3BUG A;  4BFD A;  3KMX A;  1A94 A;  1G6L A;  1ZBG A;  4KUP A;  3K5G A;  1D4S A;  1ZPK A;  3IN4 A;  3LIN A;  3O9C A;  3UDH A;  1XDH A;  4I0D A;  1MT7 A;  1HVK A;  5DR4 A;  4RVJ A;  1BWA A;  5P1U A;  1CZI E;  3OHH A;  2WF3 A;  5P2O A;  5P0J A;  1ER8 E;  1AVF A;  4YHQ A;  5HVP A;  5P2A A;  2IKO A;  3GGA A;  3S2O A;  5KR8 A;  1PSO E;  4DQG A;  3UDY A;  3D1X A;  1TQF A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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