2VIZA

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(((1s)-2-(cyclohexylamino)- 1-methyl-2-oxoethyl)amino)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl)-3-(2-oxo- 1-pyrrolidinyl)-5-(propyloxy)benzamide
Total Genus 99

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
385
structure length
370
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
5010015020025030035035030025020015010050
020406080Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV5 (215-233)AH3 (320-324)TI3 (93-96)TII1 (63-66)S2 (74-81)TI4 (106-109)TIV1 (82-85)S3 (86-93)S6 (136-147)TVIII1 (132-135)TIV2 (109-112)S17 (329-332)TI6 (148-151)TII4 (332-335)O4 (216-420)S18 (344-349)S7 (155-167)TIV3 (166-169)3H5 (338-340)TII2 (171-174)S14 (272-273)O2 (336-338)3H2 (185-187)S8 (178-181)O1 (208-210)TVIb1 (188-191)TIV4 (189-192)AH1 (197-204)S13 (264-269)TIV7 (268-271)TI7 (191-194)AH4 (363-366)S20 (367-369)TI9 (313-316)S9 (211-215)TVIII3 (314-317)S10 (234-237)TII3 (236-239)TVIII2 (254-257)AH2 (299-313)S11 (245-253)TIV6 (257-260)S12 (261-262)TI8 (289-292)TIV8 (282-285)3H4 (278-282)TII5 (352-355)S15 (286-288)S16 (295-298)TI1 (70-73)S4 (99-102)S5 (122-131)3H3 (242-244)S1 (67-70)S19 (355-361)3H1 (115-117)TI5 (118-121)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Bace-1 Inhibitors Part 1: Identification of Novel Hydroxy Ethylamines (Heas).
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
total genus 99
structure length 370
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vizA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vizA02
4EJLA 2FXDA 4GYEA 5P16A 1MEUA 5CLMA 2R43A 5HE7A 5P6KA 5P48A 5P59A 1EPQE 4NJVA 5P30A 3ECGA 4XXSA 1SGUA 5OYRA 4H3FA 2HPFA 5P7SA 1Z8CA 3SO9A 2O4KA 5P0DA 4FS4A 1AXAA 3Q4BA 5UPJA 2J9JA 3VUCA 1C6YA 3VV7A 2UPJA 4DJQA 5P3WA 3OAGA 5P8KA 3GGUA 5P8UA 4DJPA 1AAQA 1GVUA 2PSUA 1W5XA 4R5NA 1HPSA 2B60A 1NPWA 5P4HA 3OXWA 3T7QA 3VSXA 4BFBA 2QI4A 2ZJLA 4Y41A 1TQFA 3IVIA 5F01A 3L5DA 1UH8A 5P53A 1IVPA 5P3VA 2VIJA 5OYUA 3QN8A 1SIVA 5P8LA 4R92A 5BS4A 2OF0A 3AUPA 2O4PA 5P42A 3QBFA 2OAHA 4J1IA 5OZIA 4Z50A 2VA6A 3PWRA 4A4QA 1SP5A 5P3PA 1LS5A 2ZJHA 5EZXA 2P3AA 4Y56A 4YBFA 3QAAA 4Y3AA 3LIQA 5P8SA 3UDKA 1D4KA 4D83A 5P85A 2HS2A 3UDMA 5P5UA 2ANLA 2AVOA 5P7QA 4FSEA 1MT8A 5P1PA 3I8WA 5P0UA 5KQXA 3R0WA 5OZRA 1EBYA 5P8BA 1PPME 4Z4XA 4OC6B 2FDPA 4RVXA 4ZSQA 1KJFA 2O4SA 3BHEA 3D91A 3SA4A 4Y45A 3SA6A 3FKTA 1EC3A 4CP7A 2PYMA 4Q1NA 3Q5HA 3EKYA 4YCYA 3KT5A 3KFPA 5P8VA 2OHQA 4OBJA 5E5KA 4ZSRA 5P8EA 3C9XA 3EL4A 1PPKE 4FIVA 2IKOA 1K2BA 3EL0A 4FGXA 2XYFA 3H5BA 2OHMA 1SMEA 3INEA 3NYGA 1SDTA 2UY0A 1FGCC 4J0TA 1VIJA 5P5ZA 4EJKA 4DH6A 5P5VA 5P4IA 5P8OA 3MSKA 4ACXA 2ZHRA 1GNNA 1BBSA 2QI1A 5OYSA 1RV7A 4M8YA 5P6ZA 2V13A 3NU5A 4I0GA 2I4VA 3PSUA 1GVWA 2FNSA 1LYAB 4OD9A 4YOBA 3KF0A 5P3XA 2PWCA 5DQ1A 3TPPA 5OZCA 5DGWA 5P2XA 5P2CA 3O99A 2IENA 3LPJA 3ZKMA 2EWYA 1RNEA 5P5GA 1LYWB 4RRSA 4B77A 2ZJIA 5P88A 3VF5A 2BQVA 3SA9A 3NU9A 1FQ6A 4GMIA 5C9BA 2QMDA 3I25A 3O9LA 3EBZA 2NTRA 1M0BA 3S43B 4ZPFA 4GJAA 2QI0A 4FCOA 5P39A 4HZTA 5OZEA 5P0KA 1E81E 3LIVA 5P55A 4Y3WA 3QI1A 4EPJA 3WB5A 1BVGA 2I4WA 3U71A 4ER1E 2QI3A 1MT9A 5P3UA 1B5FB 2P3BB 1PSNA 3SA8A 3RTHA 5P86A 4HA5A 1IVQA 4J17A 3PGIA 5OZFA 3HLOA 4PZWA 5P3GA 3OHFA 4DJWA 4FL8A 4J1CA 4Y51A 1FEJC 2QI5A 3OTSA 4LBTA 5P18A 5P8TA 5P8FA 4R91A 5P89A 5DGUA 2V0ZC 5ER2E 4J1EA 5P67A 3VV8A 3ZPSA 3APPA 7HVPA 3PCZA 2BBBA 2NMZA 5P2WA 4Y50A 1XE5A 4I0FA 2HPEA 5P20A 4DQEA 1A8GA 2Z4OA 4Y36A 3LZYA 1BILA 1TCWA 3OOZA 4D8CA 5P6QA 2J9JB 3R1GB 4YDGA 1OD1A 5JFPA 2QNPA 4MC2A 3L5CA 4Y3SA 1ZSFA 3FNTA 3OAGB 2WF0A 5AGZA 5P1LA 1TW7A 2P8HA 2OHSA 3PRSA 4Y3NA 5COKA 5P1HA 3UQPA 5P6SA 2OHPA 4I0JA 4S1GA 1HPXA 2AZ8A 5P83A 3S85A 5P65A 4RRNA 2WL0A 5P7LA 5P8IA 1BV9A 5P1KA 3PWMA 4MC9A 3O9HA 3K5FA 3KDBA 3D1ZA 3CIBA 3URJA 3EKPA 5P2BA 5P3IA 5P28A 1APVE 3VG1A 8HVPA 2AOJA 5PEPA 5P1RA 5P10A 3L3AA 3KT2A 5OZDA 3GI4A 4EQ0A 1HBVA 3HBOA 3OQKA 2QMPA 4DJRA 3DCRA 3OQFA 5OZQA 2Z54A 4FE6A 3OQAA 3PSYA 3QRVA 2ZYEA 2FGUA 5P1JA 2IGYA 5P5TA 1DW6C 2RSPA 4OBGA 2PSVA 4HVPA 4NKKA 3N4LA 5P1EA 3NDTA 3RSXA 5HE5A 4B1DA 5DPZA 5SZ9A 5P5LA 5OYXA 5P7GA 3KDDA 2ZHTA 3NDUA 1ER8E 4Y38A 5P80A 4AUCA 3T7XA 1IBQA 1EPPE 1E82E 1GVXA 2A4FA 1T7JA 5P09A 2ER9E 3FNUA 1FQXA 3OXCA 5P62A 2ER0E 3QS1A 2QNQA 3OY4A 1LYBA 3OXXA 4OBFA 3L58A 3TKGA 1HVCA 2HB3A 2ZJMA 4OD9B 2V10C 1C6ZA 5P5CA 5SY3A 1HTFA 3PJ6A 4LXAA 2AOIA 2JYSA 2AZ9A 3PI0A 3LPIA 3JVYA 4RZ1A 5OZ8A 4X2LA 1AVFA 5P2NA 4R93A 5P40A 3O9EA 3PSGA 3RTMA 3GI5A 2NNKA 5P72A 5P0VA 3GGVA 5P76A 1YTIA 4AMTA 2G26A 3O9CA 5OZTA 3DM6A 2VIEA 3O9LB 4Y4BA 3NU4A 1NPVA 2NR6A 1HOSA 5DQ2A 3INFA 3NXEA 2V12C 5P2AA 3I2LA 4CPWA 3PI5A 4Y5KA 1SMRA 4H3JA 4Y5AA 1QBRA 3BUHA 3F9QA 3TOHA 3EXOA 4EXGA 2P83A 4Y44A 1GKTA 5P7VA 5I3WA 2ZGAA 2QMGA 5P8JA 3U6AA 1EPOE 4Y5CA 5P3HA 3HD8A 2BPXA 4ACUA 5OZ6A 1QBSA 5I3XA 2G1RA 1A9MA 4MC1A 3VEUA 4I10A 2AZBA 5DR1A 4NPTA 1B6MA 2WF2A 3BXSA 3HAWA 1HEGE 1NPAA 1U8GA 1HEFE 3K4VA 5P4FA 3DV1A 3LHGA 3VFAA 3L5BA 4Y3GA 4Q1YA 3KFSA 2R3WA 4Y5LA 3UDPA 3OU1A 3INHA 4Y3HA 5P0RA 4Y3MA 3QIHA 1T6GA 4B00A 5P6MA 1QDMA 2AOCA 2IQGA 1HVIA 2F8GA 2FDEA 2G1SA 5HCOA 2WHHA 5HDXA 4EHCA 1HXBA 5P70A 5OZZA 4RGHA 1GNOA 2QCIA 2CEMA 4L7GA 3KMYA 1T6EX 2XYEA 3KN0A 4QJ9A 2FNTA 5P6RA 5DR7A 5P29A 4FM6A 4OBKA 1ODWA 5P2IA 3PLLA 4JPEA 5APRE 5P33A 2AOGA 2WECA 4YHQA 1YG9A 1A94A 1LF2A 5OZ1A 3QVCA 5P0IA 5P2RA 3PCWA 2JJIA 3SKFA 1MRWA 5E5JA 2VNNA 3OUCA 5P0FA 5AHBA 4DJYA 2AOHA 2XFJA 3UDJA 1BV7A 3UTLA 5OZGA 5P2LA 5OZ2A 1YTJA 2VIYA 3WZ7A 1LV1A 5P3FA 3KA2A 5P37A 1ODYA 5P6LA 3LITA 5P6NA 5P1NA 5P69A 4EJ8A 2JE4A 5SY2A 4RVIA 5P5MA 2WEDA 5KQYA 3O9AA 5P34A 2JXRA 3NDXA 5P1FA 5DQ5A 5P3NA 1G0VA 1EBKC 2O40A 5P7TA 4X7IA 1RPIA 2Q63A 5P1AA 1E5OE 5P0SA 1BIMA 1EC1A 1TSUA 5OZVA 5P7DA 3UCBA 2NXDA 4YOAA 5OZBA 1LYBB 5JFUA 1BDRA 1YTGA 3VFBA 5P54A 2QNNA 4JPCA 2IDWA 1MERA 3DK1A 5P0NA 3QRSA 1SDUA 2MIPA 9HVPA 2BB9A 4L1AB 2H6TA 1T3RA 2QHCA 4EXHA 3K4VC 5HD0A 1AIDA 3Q3TA 4CKUA 4K4RA 4J0YA 1W6IA 2NPHA 3M9FA 2HIZA 3T11A 1ZBGA 2Q5KA 1RL8A 5P41A 5P4AA 3OADA 5P05A 5P4GA 5P1DA 3ZKIA 4I0ZA 1B11A 5P47A 2G22A 2FIVA 3ZMGA 2BKSA 2IS0A 3QP0A 4Y5GA 4NJSA 1MT7A 4BELA 2QP8A 5P4QA 4Y6MA 3OGPA 4Y5PA 5P7PA 5P66A 5P0YA 2Q55A 2VA5A 1PSOE 4Y3YA 5P5EA 3UQWA 1ZPAA 5P07A 4RROA 5P56A 1D4HA 5P8HA 4HLAA 3FX5A 4RCDA 2QU3A 3PLDA 4TRYA 5OYZA 4B70A 5P4KA 2VNMA 4OBZB 3S53A 4CPRA 1HSHA 4E43A 4QJ7A 3IGBA 2G24A 3GI0A 4HDBA 4Y4JA 1FQ8A 1W51A 4J0ZA 5P08A 3UHLA 4CPTA 3UDQA 5P7YA 1LF4A 3L5EA 5P3ZA 4AZYA 5OZLA 3NUOA 4APEA 2B8VA 4Z22A 3D1XA 5P4JA 1OEXA 1HPVA 2QD7A 5P4OA 5P6VA 3AIDA 5KOSA 2B42A 4A6BA 3TH9A 5P1WA 5P6JA 3OU1B 5P24A 5P0PA 2AQUA 1GVVA 5P5OA 3T3CA 4WY1A 5B18A 2ZHUA 4DVFA 3EKXA 5P8GA 2FS4A 1QS8A 4GJ9A 5DQCA 2WF4A 3LZUA 3TPRA 1SIPA 4TRZA 4J5JA 5P7CA 4XX4A 5P23A 2I4XA 2R8NA 1W5WA 5OYVA 4I1CA 3OUDA 2XFIA 1DAZC 1SBGA 1W5VA 1HVSA 4LXMA 4F76A 1RQ9A 3OQDA 1YM2A 4NPUA 1AM5A 5P0GA 3CIDA 4Y3DA 5P4YA 3NWQA 1HIIA 1HIVA 6FIVA 5OZ3A 5HDZA 5KAOA 3O9FA 4FRSA 4I0IA 3UDNA 5P6UA 5P1VA 3UQRA 4J1KA 5P0CA 4QJAA 1MRXA 5P2OA 4D89A 3PMYA 2F3EA 5P15A 1UPJA 3SA7A 5I70A 5T4SA 3SA5A 4NJTA 2ZE1A 5P01A 1CPIA 2A1EA 5ISKA 3O9GA 5P1QA 5I3YA 3T7PA 2APRA 5P7UA 5OZOA 5C9FA 3WZ8A 5KR8A 2QZWA 4Y53A 2HC0A 4Y5NA 5OZSA 3PBDA 3JW2A 2P4JA 4YE3A 2AVMA 4Q5MA 5P57A 2G1OA 4PHVA 4J1HA 3QVIA 5P2HA 1APTE 1MSNA 4GJ7A 3G70A 2RKFA 2J9KA 5C9DA 1BVEA 5P7XA 4ER4E 1BDQA 4YA8A 1CMSA 5P32A 3EL9A 5P38A 4K4QA 3PVKA 4COEA 2ZHSA 2PC0A 4FM8A 5P7FA 3VLAA 5P8AA 1EPME 5P5PA 2CEJA 1VIKA 1W50A 5SXNA 1ZP8A 4U8WA 1C6XA 1SH9A 4H3IA 4GJCA 1BDLA 5P5HA 4Y4XA 5P45A 5P1OA 2VKMA 3GW5A 4RVJA 3OWNA 2HS1A 3S7MA 2ZDZA 3FNSA 5P1TA 2FGVA 1MESA 4APRE 5HDUA 2IKUA 1MUIA 5P2JA 2SAMA 3SFCA 5P4RA 4EWOA 2Q11A 4HEGA 2ASIA 5CONA 3U7SA 2PH8A 5AH6A 1SDVA 3OXVA 5P5QA 2R5QA 5HU0A 1G6LA 3KMXA 1GVTA 1E80E 4Q1XA 5P4TA 1HHPA 4LL3A 4I0DA 5OYTA 1HSGA 4L7HA 3NLSA 5COPA 5ISJA 4QJ6A 5P8PA 4ER2E 2NXMA 2B8LA 4I8ZA 1HIHA 2AVQA 4I8WA 4J0VA 2ZJJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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