2VJ6A

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(((1s)-2-(cyclohexylamino)- 1-methyl-2-oxoethyl)amino)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl)-3-(ethylamino)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl)benzamide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
385
structure length
370
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 370
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj6A02
5P1RA 5P7AA 1HPVA 5P7GA 2HC0A 4JPEA 3SA9A 3SLZA 2QHZA 3QBFA 2Q63A 2Q5KA 4DJXA 2OHKA 5P6HA 4DJUA 5DGUA 5P07A 5P4SA 1LYBA 3IVIA 1GNMA 1W6IA 1YTHA 3SACA 2H6TA 3DCKA 1T7KA 4I0GA 2WEDA 5OZKA 1HPSA 3TPPA 3NR6A 4QGIA 3BVAA 1HVCA 5IVRA 1EPQE 5I3XA 5P2TA 1W6HA 5OYQA 4F75A 3T7XA 6APRE 4LC7A 4OBDA 1MVPA 2UXZA 3ZOVA 4S1GA 5P3RA 4B1CA 3L3AA 3UDHA 3R0YA 4OBGA 5P06A 5P31A 2O4LA 1TQFA 3PMYA 5P8IA 4L1AA 5OZJA 5P7NA 1BIMA 5DR8A 4DQFA 5P3XA 2XYFA 3I7EA 4FCOA 5OZ9A 4B05A 3BXRA 1AXAA 5P58A 4OC6B 5P3OA 2WEZA 3D91A 4EHCA 4EQJA 4D83A 5P0OA 4OBKA 5OZ6A 1IZDA 3FIVA 2RSPA 1EPOE 2OHTA 3N4LA 4RRNA 2ANLA 2NXLA 1TW7A 4OBHA 1ENTE 4ZSMA 5P3JA 5P45A 4Y3FA 4ZE6A 2ZGAA 1HVHA 5P29A 3Q3TA 1WBMA 2IS0A 4Y4EA 5P6VA 1T6EX 5P1UA 3OUAA 3D1ZA 1HIHA 3A2OA 4WY1A 5P73A 4J0ZA 2QHCA 1T6GA 2I4DA 1E81E 3NDUA 4LAPA 4K4RA 4DVFA 4EPJA 4OD9A 2FNSA 3BUHA 4DJOA 3Q5HA 3T7QA 2AZ8A 3DUYA 4Y3PA 3L5BA 2WF1A 2AODA 2R38A 2G1NA 5P7UA 5P8EA 2BPZA 1FMXA 3ZKXA 1HOSA 3UDQA 3O9LB 2HS1A 3S54A 1MESA 4HE9A 5P25A 5P0DA 4H3IA 3UFNA 5OYUA 5P1TA 2G1RA 4HEGA 4PPHA 4COEA 3EKXA 1C6ZA 5P6WA 3ZKMA 3NXNA 5P0UA 5P4ZA 4Y5BA 5P7CA 5P0BA 1PSNA 3G70A 5P68A 4X7IA 4H3FA 5CONA 2G1OA 2QMGA 1ZLFA 5P2IA 2PSUA 1LYAA 3KDDA 1PSAA 4MC9A 4K4PA 1YTGA 1XE5A 2G1YA 4Z22A 4FGXA 3S53A 3BGBA 2WF2A 5KR2A 2VIJA 4FSLA 3TKGA 4EWOA 5OZMA 4Y36A 2QZLA 4MC6A 1K6TA 2NMYA 4Y3EA 5P16A 4CPSA 4I0ZA 5OZ1A 3PCZA 4I0HA 5P28A 2P3AA 4Q1NA 2CEJA 5P61A 5P15A 5P3UA 1MT9A 3NU9A 5P22A 2OHNA 2WHHA 5KAOA 5OZDA 4F76A 2O4PA 4Y38A 4A6BA 1YM4A 5P3CA 1B5FB 1F7AA 3D1YA 1HIIA 4J1KA 3PRSA 5P4BA 5P5LA 4DJVA 1EBKC 3DV5A 2P3BB 4Y37A 5P27A 5P10A 5OZNA 1APVE 1YT9A 2Q54A 2V0ZC 1ME6A 4H3JA 5OYZA 1FLHA 4CP7A 1GNNA 4D8CA 5P0IA 5P8QA 5P02A 5P69A 1HTGA 4JOOA 2I4VA 4CPUA 3SQFA 1D4JA 2B7ZA 4B1EA 4BFBA 4GJ7A 5C9DA 2PSGA 3MSKA 5HCOA 1ODYA 4FRSA 2V10C 3KF0A 4NJVA 5P1HA 4FE6A 5HCTA 5P1OA 3RTMA 1A9MA 2QP8A 4XX4A 5P50A 1NPAA 3D3TA 2B8VA 5P4PA 4GJBA 5P5JA 4JP9A 1A8GA 3HLOA 3UFLA 4Y3LA 5OYTA 3NXEA 3WZ6A 2QD7A 5OZBA 1KJFA 3DOXA 4TRWA 3O9BA 2AZ9A 2B60A 4ZSPA 2VIEA 4Y50A 5P5OA 2R3TA 5P8OA 1NH0A 5KQXA 5P3EA 3TOGA 2XFKA 5P6JA 2PMAA 3KT5A 3NYGA 2WJOA 3UQWA 3WB5A 4A6CA 4JECA 5OZAA 5P0TA 5P77A 4Y4WA 1EPME 5P74A 5P7JA 5P5AA 3I6OA 1XDHA 5P6SA 5P76A 4FLGA 3KT2A 5P6ZA 5P53A 4DQBA 1HVJA 2I0AA 2Q64A 3INDA 4HVPA 5OZYA 2NXMA 3K5DA 4Y6MA 2Q11A 1ODXA 4MC2A 5P04A 3VYEA 3QROA 3GGUA 3EKQA 5P2UA 2VIZA 4YOAA 5P7QA 5P54A 5P8MA 3O9AA 1HTEA 3TH9A 1Z1RA 4J1FA 2AZCA 5OZWA 3TPRA 3S43A 5P0GA 4I8ZA 4BELA 1ZBGA 5OZCA 5P0ZA 4Y5AA 5P8BA 1ODWA 4I0IA 3LITA 3INHA 4PYVA 5P7XA 5P1CA 4QJ7A 3FNTA 5HDUA 2HM1A 5P0AA 2R3WA 5P4IA 5P4VA 2CENA 5P78A 3OAGB 3O9IA 4NJUA 3LPJA 3NU5A 5B18A 2P83A 2V13A 1GVUA 4Y3NA 3SM1A 1HHPA 4PHVA 5P3QA 1SDUA 3TLHA 5P8DA 3UDRA 3QRVA 1T3RA 2O4KA 3UTLA 1EC1A 1SH9A 4E43A 1APUE 3NDTA 5AGZA 4OBZB 3JW2A 4Q1XA 1BDRA 3QP0A 1LV1A 1ZPAA 5JODA 3GI0A 1E80E 2BPVA 5P4CA 2AVOA 5I3VA 2PK5A 1AJVA 3NWQA 3EKYA 5OZ8A 5HE7A 4PZXA 3OU4B 4Y3XA 4HDFA 5P3HA 3RTHA 5P7DA 4Q5MA 2F8GA 4IVSA 2IRZA 4FRJA 5P0MA 4EP3A 1LYWB 5KR1A 4ZLSA 1FFFC 1D4SA 3QAAA 2PH8A 1ZTZA 3TTPA 2AOJA 2OHRA 2QNPA 5P55A 2O40A 3SA7A 4Y3TA 4YD6A 4EYRA 1T7IA 5HE5A 4J1EA 4FAFA 3U71A 5P87A 4PZWA 5P1EA 5P4FA 1TCXA 1KJ7A 2AVQA 4YBIA 1NSOA 4U8WA 3OU3A 4YCKA 5P63A 4GJ6A 3O9EA 2XYEA 3S8IA 4H3GA 2ZJIA 3D20A 3GGXA 2QZKA 3HBOA 4DJQA 3BXSA 5P6LA 3KMYA 5AHAA 3S45A 1YTIA 3IXKA 4L7GA 4HDBA 1HVSA 3URJA 3KFRA 3MWSA 2R9BA 3L5FA 1EBZA 4J1CA 5P7KA 3EL9A 3TNEA 5P39A 5P4KA 5AH8A 1IZHA 3ZPUA 3VG1A 2QI0A 1PROA 1MUIA 3PSUA 1NPVA 3OXXA 1K1TA 4CMSA 2G27A 4ER4E 5ISJA 5KOSA 1UPJA 2PYNA 2WEAA 3R2FA 1HXBA 4Y5MA 1TCWA 5P2FA 5P1GA 2AOGA 3L5CA 4L1AB 2BKSA 2QI4A 5P24A 5P7BA 4FSEA 3AUPA 3SA6A 3VYDA 3ZMGA 3UQPA 2NTRA 3BUGA 4AA9A 5P6OA 3CICA 2QZWA 5P64A 2G20A 2QMFA 4Y9WA 3WB4A 5P2AA 3OOZA 2P3CA 1HPXA 5P2RA 5E5JA 4EJLA 1W51A 5IS4A 2VJ7A 4FM8A 5ENKA 2G22A 3PHVA 1PSOE 1MRXA 5P1XA 5OZ7A 4J0VA 5P5HA 3O99A 3L5EA 4RCFA 3LIQA 1BAIA 3D1XA 4R93A 1ZJ7A 1HRNA 2QK5A 4Y43A 4RVJA 2F81A 3G6ZA 2FDEA 2AOIA 2J9JA 3Q6YA 2PH6A 3O9HA 5P0WA 4DJWA 2VA5A 5IE1A 5P6GA 1KJHA 5P46A 2ZJNA 3G72A 5OZSA 2V00A 5P4JA 3KN0A 3PSGA 3MXDA 5DPZA 4QJ8A 3UQRA 3OQKA 4YA8A 2NPHA 5AH7A 1SDTA 3AIDA 2ZJJA 4Y48A 5ISKA 5P1AA 5P80A 5FIVA 5P3FA 5OZZA 3FNSA 5HDZA 5OZ5A 4B1DA 5P14A 3DV1A 5P5QA 1W5XA 3NUJA 2IGYA 2ER9E 5COOA 2UPJA 5P26A 4EXGA 4QJ6A 1RL8A 1W5VA 5P5WA 5KQYA 5SXNA 1FFIC 5JFUA 2FGUA 4UPJA 4LP9A 1M4HA 2BPYA 3PCWA 1LEEA 5P1KA 3EKVA 4Y4JA 5P2MA 5P75A 1AIDA 4F74A 1HXWA 5AH9A 5P0NA 5P6BA 2ZE1A 5HVPA 3NDWA 2I4QA 1GKTA 1HEFE 4K8SA 3GI5A 5P0YA 5P0VA 1HSGA 3EM4A 5P72A 4RZ1A 1QBRA 4I0JA 4Y45A 5DQ1A 4NJSA 2IDWA 1MPPA 5P05A 1BXQA 3HVPA 5P6PA 1G6LA 2HPFA 1QBUA 4J17A 2Z4OA 1EBWA 2FDPA 4L7JA 5DQ5A 2OAHA 5P0HA 1SDVA 3LIVA 1C70A 4LXKA 1B6MA 1K1UA 5HTZA 3OTYA 4DQGA 4H1EA 3TKWA 5P8VA 1B6LA 4KE1A 5P47A 3PLLA 2JJIA 3C9XA 1DW6C 2WF3A 4APRE 2NMZA 2AQUA 4XKXA 5DR1A 4AMTA 5P86A 2AVVA 1KJGA 2PQZA 5P3DA 5P8UA 3SKGA 2QI5A 5P33A 2VKMA 3QIHA 4OC6A 4Y41A 5P8LA 4Y56A 3S56A 5P2HA 2VJ6A 3QI1A 2QU2A 3KDBA 4QLHA 1KZKA 3HZCA 3OXCA 3ZKNA 4YOBA 1ZSRA 1BVEA 3RU1A 1SMRA 4Y5KA 1HIVA 5P3TA 1HTFA 3B80A 1FQ8A 4X2LA 2B42A 2G94A 2G24A 2PK6A 3GW5A 4RROA 3EL0A 3OUDB 5P8TA 1YX9A 5P12A 3OUCA 4YD4A 4A4QA 2ASIA 5P0XA 4KE0A 5P0JA 1FKNA 5OYVA 5DQ2A 4RVXA 1G2KA 5CLMA 5P2XA 2IGXA 2WF0A 2PC0A 3NU3A 5P7LA 2BQVA 4B00A 1FMBA 1CMSA 3DCRA 3DJKA 5P32A 2WKZA 4Y5CA 1YM2A 1BVGA 5P3PA 4L6BA 5P23A 4Y4BA 5P2QA 2ZHSA 2F3KA 3PI0A 3WSJA 1HVLA 5OZRA 2ER6E 5P4OA 1EC2A 2I4XA 1J71A 4YCYA 1BWBA 4F73A 4R5NA 4Y57A 3OQ7A 5P2EA 5AH6A 3O9LA 5DR3A 3NU6A 3DM6A 3KFNA 5P7YA 4RYGA 4Y3HA 1MERA 5AHBA 5HD0A 3O9FA 2FMBA 3GGVA 1B6JA 1UH8A 5P79A 5C9FA 2A1EA 5P2NA 4D89A 4QJAA 1IVPA 5JG1A 1K6CA 2HB3A 5P4RA 3OADA 4Y3ZA 2AOFA 1FB7A 3ZKSA 4YD3A 1FQ6A 5OZIA 1MTBA 1BDLA 5P1ZA 4DUSA 2JJJA 3S43B 2IEOA 5P2BA 1DMPA 3CKTA 1FQ4A 5P8RA 4DQEA 5SY2A 2ZHVA 5HE4A 5P83A 5P6AA 3ECGA 5OYYA 5P7SA 4TRZA 3GI6A 1QDMA 5P3YA 2VA6A 3VFAA 5P1FA 2NNKA 2FIVA 5P2YA 2OHQA 1UH7A 4GJ9A 3L58A 5HU1A 2ER0E 3L59A 3SA3A 2ZJLA 4Y5GA 1FQ5A 3HVGA 4RLDA 4HDPA 4GIDA 2P4JA 3NDXA 4MC1A 5P2WA 1B5FA 3UDKA 3R1GB 4FM7A 2VIYA 5P4XA 5P8PA 5P7VA 5P2SA 1KJ4A 5P85A 1CPIA 5P00A 5KOQA 1IVQA 3UDNA 1ZAPA 4DFGA 2ZDZA 2H6SA 4FRIA 5P6UA 2V12C 2BKTA 3QRSA 2B8LA 3OY4A 5P84A 4ACUA 3SPKA 5P1QA 3NLSA 3K4VA 4I0DA 2FGVA 3UCBA 1HVKA 4J5JA 5ER1E 1ER8E 1AZ5A 4LL3A 5P5ZA 1G35A 3OGQA 1BBSA 2QI7A 1XE6A 5P1SA 3Q4BA 5P82A 1LF3A 4DPIA 3INEA 4AUCA 3SA5A 1HVRA 3U6AA 2I4WA 5P20A 3LNKA 4DJYA 3PJ6A 2OHMA 4Y47A 3URIA 3SA4A 5P44A 1YG9A 5P5VA 2HS2A 1Z1HA 1T7JA 2NNPA 2XFIA 5P52A 3ST5A 1K2CA 1DP5A 2AOEA 5P7PA 4GJDA 1IBQA 2QD8A 4Z2ZA 5P4WA 1JLDA 3Q70A 2J9KA 3VV8A 1EBYA 5P5UA 1RV7A 2BB9A 5P3VA 5P8AA 3BUFA 1GNOA 1VIKA 2Q15A 4WTUA 3EL4A 4AA8A 4DPFA 5P4UA 4NKKA 5P11A 3VF5A 4CPTA 2FDDA 4ZPFA 5P5NA 2RKGA 3QVCA 5P5SA 5P8GA 1N49A 5P1JA 5OZFA 2BPXA 4M8YA 4Y5PA 4B72A 3OQAA 5P40A 4Y5EA 3PWRA 5P4MA 5P3BA 4Y3AA 5OYXA 4Y4ZA 5P5YA 1AAQA 3ER5E 1OEWA 1EC3A 4CPRA 1E82E 4GZFA 3S2OA 2WF4A 5P6IA 5OYWA 5P5TA 3HDKA 3B7VA 5UPJA 5P1BA 3UQXA 5I70A 5P70A 5P1DA 9HVPA 1MIQA 1K6PA 3CYWA 4HZTA 5COKA 5SZ9A 5P66A 3MXEA 1WKRA 3LZUA 4YD5A 5P5EA 2QCIA 4Y3QA 5P2VA 1D4IA 5E5KA 5OZXA 1AVFA 1IIQA 5P36A 3OWNA 3OAGA 1QS8A 3O9CA 5P7ZA 3EBZA 1TSUA 4Y3MA 3I8WA 5P8HA 1UH9A 1W5YA 5HDVA 4YCTA 5HDXA 4CPQA 3EL5A 2XFJA 1SP5A 1LYBB 4Y4AA 3SKFA 5OZ0A 3OK9A 3VLBA 4OBZA 2VA7A 2JE4A 3M9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1R A;  5P7A A;  1HPV A;  5P7G A;  2HC0 A;  4JPE A;  3SA9 A;  3SLZ A;  2QHZ A;  3QBF A;  2Q63 A;  2Q5K A;  4DJX A;  2OHK A;  5P6H A;  4DJU A;  5DGU A;  5P07 A;  5P4S A;  1LYB A;  3IVI A;  1GNM A;  1W6I A;  1YTH A;  3SAC A;  2H6T A;  3DCK A;  1T7K A;  4I0G A;  2WED A;  5OZK A;  1HPS A;  3TPP A;  3NR6 A;  4QGI A;  3BVA A;  1HVC A;  5IVR A;  1EPQ E;  5I3X A;  5P2T A;  1W6H A;  5OYQ A;  4F75 A;  3T7X A;  6APR E;  4LC7 A;  4OBD A;  1MVP A;  2UXZ A;  3ZOV A;  4S1G A;  5P3R A;  4B1C A;  3L3A A;  3UDH A;  3R0Y A;  4OBG A;  5P06 A;  5P31 A;  2O4L A;  1TQF A;  3PMY A;  5P8I A;  4L1A A;  5OZJ A;  5P7N A;  1BIM A;  5DR8 A;  4DQF A;  5P3X A;  2XYF A;  3I7E A;  4FCO A;  5OZ9 A;  4B05 A;  3BXR A;  1AXA A;  5P58 A;  4OC6 B;  5P3O A;  2WEZ A;  3D91 A;  4EHC A;  4EQJ A;  4D83 A;  5P0O A;  4OBK A;  5OZ6 A;  1IZD A;  3FIV A;  2RSP A;  1EPO E;  2OHT A;  3N4L A;  4RRN A;  2ANL A;  2NXL A;  1TW7 A;  4OBH A;  1ENT E;  4ZSM A;  5P3J A;  5P45 A;  4Y3F A;  4ZE6 A;  2ZGA A;  1HVH A;  5P29 A;  3Q3T A;  1WBM A;  2IS0 A;  4Y4E A;  5P6V A;  1T6E X;  5P1U A;  3OUA A;  3D1Z A;  1HIH A;  3A2O A;  4WY1 A;  5P73 A;  4J0Z A;  2QHC A;  1T6G A;  2I4D A;  1E81 E;  3NDU A;  4LAP A;  4K4R A;  4DVF A;  4EPJ A;  4OD9 A;  2FNS A;  3BUH A;  4DJO A;  3Q5H A;  3T7Q A;  2AZ8 A;  3DUY A;  4Y3P A;  3L5B A;  2WF1 A;  2AOD A;  2R38 A;  2G1N A;  5P7U A;  5P8E A;  2BPZ A;  1FMX A;  3ZKX A;  1HOS A;  3UDQ A;  3O9L B;  2HS1 A;  3S54 A;  1MES A;  4HE9 A;  5P25 A;  5P0D A;  4H3I A;  3UFN A;  5OYU A;  5P1T A;  2G1R A;  4HEG A;  4PPH A;  4COE A;  3EKX A;  1C6Z A;  5P6W A;  3ZKM A;  3NXN A;  5P0U A;  5P4Z A;  4Y5B A;  5P7C A;  5P0B A;  1PSN A;  3G70 A;  5P68 A;  4X7I A;  4H3F A;  5CON A;  2G1O A;  2QMG A;  1ZLF A;  5P2I A;  2PSU A;  1LYA A;  3KDD A;  1PSA A;  4MC9 A;  4K4P A;  1YTG A;  1XE5 A;  2G1Y A;  4Z22 A;  4FGX A;  3S53 A;  3BGB A;  2WF2 A;  5KR2 A;  2VIJ A;  4FSL A;  3TKG A;  4EWO A;  5OZM A;  4Y36 A;  2QZL A;  4MC6 A;  1K6T A;  2NMY A;  4Y3E A;  5P16 A;  4CPS A;  4I0Z A;  5OZ1 A;  3PCZ A;  4I0H A;  5P28 A;  2P3A A;  4Q1N A;  2CEJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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