2VJ7A

Human bace-1 in complex with 3-(ethylamino)-n-((1s,2r)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)-3-(((3-(trifluoromethyl)phenyl)methyl)amino)propyl)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl)benzamide
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
385
structure length
370
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj7A02
3ZPSA 3O9EA 1XS7D 3UDQA 4BEKA 4FRJA 2OHKA 5ENMA 3UFLA 5HDZA 3EKXA 1EPNE 5P5TA 1SDUA 5P2EA 4K4QA 4YD3A 5C9DA 1DIFA 2Q5KA 3PGIA 4EHCA 4J0YA 2V12C 5P44A 3L58A 3KDDA 5OZJA 4M8XA 5P5CA 1K1UA 5P5LA 1FQ6A 3K5CA 4Y3HA 1HXBA 4H3IA 4EP2A 2IEOA 5P07A 4L7HA 2Q64A 3S8IA 1UH8A 5P0SA 1SBGA 2OHQA 2VS2A 2Q54A 5P7JA 3O99A 3INDA 3FV3A 1ZSFA 5EZXA 5P4LA 5P5EA 3I7EA 3NU5A 5OZNA 3SLZA 3OU1B 4RCDA 2PH8A 3UQPA 1MESA 1HBVA 1YM2A 4APRE 5DQ5A 5JODA 5P83A 2QI3A 5P1MA 2OHUA 3OADB 1EC2A 2IRZA 4GJDA 4ACUA 3GW5A 5P4FA 5P3YA 4D8CA 5SY2A 4HLAA 5P6LA 3DUYA 2IKOA 1SH9A 1W5YA 5P7PA 2AOIA 4QJAA 3EKQA 3S2OA 1K1TA 2FDPA 3O9BA 5P3JA 3EM6A 4L1AA 3SA6A 3Q70A 1OEXA 1EBYA 5P2BA 4RYGA 3HVGA 5BRYA 3HDKA 3WB4A 4HDFA 5PEPA 5C9FA 1MT8A 2O4NA 3O9HA 1HSIA 4J54A 5P0HA 5AHBA 4NJSA 3INHA 3K5FA 5P0GA 4FL8A 3Q5HA 5P2VA 3CYXA 5P3UA 2WECA 5OZ8A 7UPJA 3MSJA 2WEDA 3EXOA 3KT2A 2VA5A 2AVQA 4YD5A 5DR7A 1BXQA 3CIBA 2FIVA 1BIMA 5OZVA 5P58A 1K6TA 1B5FB 3PB5A 2G1SA 1T6GA 4R95A 4FRKA 4YA8A 2AOFA 5P18A 5P0XA 4OBKA 3EM3A 5P70A 5P1KA 1G35A 1GNNA 4Y4JA 4CMSA 2BKSA 3GI4A 1PSAA 3QRMA 3LPIA 5P25A 3HAUA 5P6HA 4J17A 5OYWA 3ZPUA 5P7XA 1BWAA 4Y47A 4UPJA 1YX9A 1ZLFA 5HU1A 4K9HA 5P1GA 4CPUA 4QJ7A 5P63A 3HD8A 3OU1A 4Y3ZA 5P0MA 1RPIA 2HS2A 2PYNA 4FRIA 1C6YA 1G0VA 5P0FA 4B05A 1W6IA 4ER2E 1W5XA 5P6YA 5P2OA 5P02A 5P2ZA 3OADA 1HXWA 4U7QA 3B7VA 1FFIC 1HVLA 2RMPA 2F3EA 3I8WA 2ZJIA 1NPWA 1JLDA 1B6JA 1EBWA 1LZQA 2H6SA 3OUCA 4FLGA 5OZ0A 2B7FA 4FGXA 2HB4A 4LXMA 4MC1A 4KE1A 5DR3A 3DV5A 3ZKXA 2P3BB 1BDLA 3VG1A 1VIKA 4I0EA 4U7VA 1KZKA 4EP3A 5OZTA 4RZ1A 5P6UA 5P6CA 4CKUA 1SIPA 2V16C 1HRNA 1IDBA 5P7OA 5HDVA 4BFDA 2A4FA 2APRA 1B5FA 3PMUA 2UPJA 5P8LA 2VA6A 5P57A 3S43B 4I0GA 2PK5A 3N3IA 4LBTA 5P65A 4Y4DA 1IVPA 4Y48A 5P6PA 5HTZA 2B42A 5KQFA 2B8LA 1MTRA 5OYUA 3B80A 5KQYA 2ZDZA 5P3XA 4FSLA 2UXZA 4PPHA 5P01A 4Y4AA 5OZCA 3PLLA 3EBZA 4JECA 5E5JA 1BV7A 2OHSA 1NPVA 4YE3A 5P0LA 4Y5PA 2WF3A 3D1ZA 2Z4OA 1HPXA 2V00A 2AVOA 4Y3NA 3EMYA 4LAPA 4RCEA 5P1LA 4R91A 1RNEA 2BPZA 5P8KA 4DPIA 5I3VA 4Y58A 3VLBA 2ER0E 3SM2A 5P11A 4OBDA 2VNNA 1FLHA 1K2CA 2FXEA 3PRSA 5P6TA 1MSMA 2ZE1A 3KN0A 4Y53A 5OZWA 5OZBA 4I11A 5DR4A 2H6TA 2P3BA 5P5QA 5I3XA 4Y3YA 2QNQA 5HU0A 2QMGA 1ZSRA 5P1HA 5EZZA 4DJRA 1ZP8A 1OD1A 1HPOA 3BGCA 5P3RA 2G20A 1M4HA 1NSOA 1YTGA 2ZJLA 2FMBA 1KJHA 5F00A 5P6KA 3S56A 2RKGA 4L7JA 2P83A 4H3JA 5P8OA 1YG9A 3S45A 3S43A 3UQUA 4Y5GA 5P08A 1FQ4A 5OZ2A 3RTMA 3BUHA 5P1YA 2QU3A 4Y5EA 3LNKA 4Y37A 1PFZA 5SXNA 3KF0A 1IBQA 1SGZA 5P48A 5P6BA 3TPJA 2BKTA 5COOA 5P22A 5SY3A 4Y5CA 2WJOA 2AQUA 3UFNA 4NJTA 5P3MA 4Y43A 5P0BA 2RSPA 5I3WA 3GGVA 1TW7A 2HS1A 5P5YA 3IN4A 5P2QA 4Y4WA 2NR6A 5P5JA 3JW2A 1AVFA 3OXCA 5OZXA 1ZBGA 4QJ2A 3U7SA 3OHHA 3ZOVA 5P1PA 3GI5A 3OU4B 1GVUA 1ZAPA 3KMYA 4Y51A 2QMPA 3BXRA 3TPRA 5P7GA 5DR1A 4J55A 2AVVA 1M0BA 5P89A 5P77A 5P7UA 3LHGA 1LEEA 5DGWA 3VF7A 5P6JA 3QRSA 2UY0A 3SA3A 2OHTA 5P4OA 3IA9A 4B1DA 3IN3A 4ZSPA 5CONA 4B72A 5P4QA 5P7VA 2J9KA 4ZE6A 5P5VA 1DAZC 3VV6A 5P8UA 3L5BA 5HDXA 5P15A 1DP5A 1EPME 3QVCA 5P0OA 3L59A 3T6IA 5P4WA 1FG8C 1ME6A 4Y3MA 5P4CA 1HIIA 5KOQA 2ER9E 5P7TA 2HAHA 5P33A 2QI7A 5DQ1A 4HVPA 5P8AA 4K4RA 5OYSA 1MTBA 2NXLA 2VIZA 3PCWA 3QP0A 5P1UA 4ZSQA 4JPCA 3OY4A 1B11A 5E5KA 3RU1A 3IAWA 3VF5A 2OHRA 1D4IA 2NPHA 3OHFA 4Y4ZA 4QJ6A 4Y3EA 2G21A 2Q3KA 4Z4XA 4CPSA 1G2KA 3UQRA 2PH6A 5HE7A 5P4XA 3QRVA 3T7PA 4ZIPA 4DQBA 4HA5A 2IS0A 1TSQA 5OZHA 2QCIA 5OZYA 4OC6B 5P82A 5AH7A 5P60A 5FIVA 3G6ZA 5P5RA 2XFIA 4J1KA 4OD9A 2WHHA 4Y57A 2P3AA 4Y3TA 3OU4A 3K5GA 3RVIA 2ZJNA 2PC0A 2G94A 3OQFA 5P3OA 3VYEA 5OZSA 3DCKA 3FSMA 1ER8E 5OZDA 5P2WA 2R3WA 2FNTA 4RVIA 3PJ6A 3T11A 4J0PA 5P6EA 5P09A 3H5BA 1U8GA 5DQ4A 2WF2A 1K6PA 3SQFA 1GVVA 3KDBA 3NWQA 5OZAA 3IGBA 3UPJA 2FDDA 5OYQA 5P5ZA 3S54A 5P3AA 3OUDB 3NUOA 2FXDA 2FDEA 3OXWA 5P27A 5P42A 4Y39A 4Y5LA 4JOOA 1F7AA 3BXSA 4YD7A 4RVXA 4B77A 5OYXA 4Y3LA 5P6MA 1QBTA 5P2TA 5P5BA 5P2KA 1LYWA 5P3EA 4OBHA 3L5CA 1C6ZA 5P40A 4FAEA 1PSOE 2B60A 5UPJA 3MSLA 5P5AA 1EC0A 3GGAA 4A6CA 1HHPA 3RTHA 4Y3JA 5P1JA 5KQZA 4Y4UA 4DQGA 1ODYA 3UDPA 4CPRA 4OC6A 1APTE 2OAHA 1GNOA 5P10A 4YDGA 4J5JA 2NTRA 1CPIA 3LZSA 4Y4EA 5P4KA 1T7JA 2AOGA 1Z1HA 4Y3PA 2QHCA 2PSVA 1Z8CA 4ZPEA 5HD0A 5P3NA 5OZ3A 2AOJA 1BVGA 5AH9A 3S7MA 3PCZA 2F80A 3PSUA 5KR2A 4FM8A 4YD4A 3HVPA 5P20A 3ZL7A 5P5FA 2NMZA 2PWCA 4J0TA 1BBSA 3D91A 5OYRA 1T7KA 2WF1A 3EL4A 2ANLA 4PYVA 5DR8A 5P7IA 1B6KA 3PWRA 5P0PA 4Y4TA 4E43A 5P5XA 2ZJJA 3SABA 5KQXA 3AUPA 3QVIA 2XYEA 1AZ5A 4Y45A 3OUDA 5P24A 2V13A 3TKWA 4Q5MA 5P5IA 4J0ZA 2HB3A 3CYWA 1OHRA 3R1GB 5P4ZA 2FGVA 3S7LA 4CPXA 2FLEA 5P4DA 4RYCA 5P3FA 3OWNA 5P4UA 4D83A 5P0ZA 3LIVA 3KYRA 1HPSA 2HPFA 3R0WA 1MRWA 1HSHA 2O4KA 5P1FA 4Y5KA 4ER1E 5P8QA 1FEJC 1A8GA 3ECGA 4K4PA 4B1CA 2A1EA 2HM1A 3GI6A 4Y3FA 1FMXA 2NMYA 5P32A 5KR0A 1GNMA 3EKWA 5P5NA 5P62A 4I8WA 3UDKA 1FMBA 2G22A 1APWE 5P81A 1KJGA 5P0WA 1YTHA 4I0JA 2F3KA 2HC0A 2R8NA 1HVHA 5P5OA 4QJ8A 4YHQA 3RSVA 1MEUA 5OZ5A 3L3AA 5P56A 3T3CA 2QI6A 3BGBA 4RROA 5P61A 4Y36A 1D4SA 3U71A 1MERA 4ZPFA 5ER1E 5P7KA 5BWYA 1WKRA 4DJUA 4TVHA 5P8DA 2O4SA 4TRZA 3U6AA 3TLHA 2Q11A 4X2LA 1QRPE 4GIDA 4EJKA 4YBFA 3TOGA 4Y5MA 3KFSA 3PSGA 4Y3WA 1OEWA 3OTSA 5P0IA 1HSGA 4FE6A 5P37A 1B6MA 2QMDA 5P6QA 1W5VA 1D4LA 5P4NA 5AHCA 5P03A 1T6EX 2AZ8A 4NPTA 4BFBA 2G1OA 5P7SA 4I0ZA 1FFFC 4LP9A 5JFPA 3HW1A 2CEMA 4FM7A 2EWYA 3KT5A 5P2FA 4ACXA 3IXKA 3PSYA 2Q15A 3LINA 4TRWA 5ENKA 3GGXA 1BWBA 4RRSA 4MC2A 4EPJA 4OBJA 1PROA 3JVWA 3AIDA 1WBKA 3WZ8A 5P8TA 3ZKNA 4OBZB 4IVTA 2B7ZA 4FAFA 4CPWA 4Y3DA 4B70A 2R38A 1LF2A 2JXRA 3EKPA 2WL0A 5P3BA 4EJLA 4DVFA 3HLOA 3I2LA 2V10C 5OZ7A 3KDCA 1TCWA 3UDMA 5P0NA 3NU6A 5P3TA 1MRXA 4FIVA 5P3DA 1GKTA 2R5PA 5P31A 4QGIA 3OTYA 3NR6A 4R5NA 3EL5A 3KFNA 4GJ5A 2IDWA 4I8ZA 3FNSA 5P6AA 1T3RA 2R9BA 1TSUA 4GZFA 3VF3A 3HAWA 4PEPA 5P0VA 4D89A 1J71A 4B0QA 3FKTA 4EQJA 2AZCA 5P7ZA 5OZPA 3DOXA 2QI5A 4J1IA 8HVPA 2I1AA 3QIHA 3VFBA 1TQFA 1AJXA 3ZLQA 1BV9A 4Y44A 4Y3RA 1SDVA 2BQVA 3DM6A 1XDHA 3I25A 2ZHSA 4Y35A 3UDYA 2WEAA 5P8FA 4GYEA 5P6IA 4R8YA 6UPJA 3MSKA 3URJA 2PWRA 3EKVA 4Y5BA 4COEA 2IQGA 5OZ1A 4EJDA 1HVIA 5P4VA 5P74A 4RGHA 5ER2E 3LZVA 2QI0A 2P3CA 2OHLA 4HZTA 5P5DA 3SKGA 1WBMA 2MIPA 4YOAA 3SO9A 4OBZA 3L38A 1BDRA 4ZSMA 3BHEA 5BS4A 1FF0C 5P3LA 1W5WA 5P4PA 4K8SA 1C6XA 1APVE 4DJWA 4Z22A 3ER5E 4HEGA 2ZHUA 3K5DA 2I4QA 1C70A 4PZWA 2AIDA 1HWRA 5P54A 1LS5A 4RCFA 4FM6A 1MT9A 2CEJA 5P6NA 1A9MA 1XN2A 5P53A 5I70A 1YTJA 5P72A 5P84A 3VYFA 5P12A 3QI1A 5P7AA 1PPLE 1FGCC 3URIA 4FS4A 1QDMA 5OZEA 3NDUA 4HE9A 5P2SA 5P0DA 6FIVA 3VEUA 1E82E 5P19A 1D4HA 3UF3A 3D3TA 3ZKIA 5P5HA 5P4AA 2I0AA 4Y4GA 1BDQA 2Q55A 5DR0A 5OZ4A 1ODWA 4H3FA 1SIVA 3CKTA 3LPKA 1W51A 5P1SA 4DFGA 2WKZA 1B6PA 2ZYEA 3N4LA 1CMSA 3SA7A 5P1QA 5P06A 5P8IA 5CLMA 5P47A 4YCKA 5P5WA 3EKYA 2QZXA 5P7EA 4AZYA 3O9IA 3KMXA 1EC1A 3WZ6A 3TPPA 5P7QA 1A8KA 1FG6C 2AOHA 1AXAA 5P8JA 3WB5A 3GGUA 5P30A 5P8NA 3R2FA 1UH9A 1FB7A 1FMUA 1FIVA 5KAOA 1BVEA 3M9FA 3EL1A 4OBGA 3QROA 5P3KA 2PMAA 5J25A 2Q63A 5P1DA 2AOCA 3OUAA 5P2DA 2V11C 4XX4A 5P78A 2OF0A 1HTGA 2PQZA 4WY6A 1EPLE 3O9DA 2QZKA 3DJKA 3VV7A 5P59A 3K1WA 2OHNA 2WEZA 5P5UA 3TH9A 2XFJA 2JJIA 3OU3A 2ASIA 2PSUA 5P4IA 4ZEAA 5P1TA 3LIZA 3QS1A 5P55A 1MT7A 1EPOE 2G1RA 1UPJA 2IENA 5P04A 5P8HA 3NU9A 4CP7A 2I0DA 5P51A 3TNEA 5P7YA 5P52A 4R93A 1YM4A 4B78A 4Y38A 2QHZA 3LZUA 2QI4A 1Z1RA 3CICA 2QMFA 5OZLA 5P8PA 2QP8A 5P7BA 5P0EA 1EEDP 1D4YA 4YCYA 4DJYA 3HZCA 3MXEA 5OYYA 5DQCA 4L6BA 2PYMA 5P2IA 3SA5A 4J1FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZPS A;  3O9E A;  1XS7 D;  3UDQ A;  4BEK A;  4FRJ A;  2OHK A;  5ENM A;  3UFL A;  5HDZ A;  3EKX A;  1EPN E;  5P5T A;  1SDU A;  5P2E A;  4K4Q A;  4YD3 A;  5C9D A;  1DIF A;  2Q5K A;  3PGI A;  4EHC A;  4J0Y A;  2V12 C;  5P44 A;  3L58 A;  3KDD A;  5OZJ A;  4M8X A;  5P5C A;  1K1U A;  5P5L A;  1FQ6 A;  3K5C A;  4Y3H A;  1HXB A;  4H3I A;  4EP2 A;  2IEO A;  5P07 A;  4L7H A;  2Q64 A;  3S8I A;  1UH8 A;  5P0S A;  1SBG A;  2OHQ A;  2VS2 A;  2Q54 A;  5P7J A;  3O99 A;  3IND A;  3FV3 A;  1ZSF A;  5EZX A;  5P4L A;  5P5E A;  3I7E A;  3NU5 A;  5OZN A;  3SLZ A;  3OU1 B;  4RCD A;  2PH8 A;  3UQP A;  1MES A;  1HBV A;  1YM2 A;  4APR E;  5DQ5 A;  5JOD A;  5P83 A;  2QI3 A;  5P1M A;  2OHU A;  3OAD B;  1EC2 A;  2IRZ A;  4GJD A;  4ACU A;  3GW5 A;  5P4F A;  5P3Y A;  4D8C A;  5SY2 A;  4HLA A;  5P6L A;  3DUY A;  2IKO A;  1SH9 A;  1W5Y A;  5P7P A;  2AOI A;  4QJA A;  3EKQ A;  3S2O A;  1K1T A;  2FDP A;  3O9B A;  5P3J A;  3EM6 A;  4L1A A;  3SA6 A;  3Q70 A;  1OEX A;  1EBY A;  5P2B A;  4RYG A;  3HVG A;  5BRY A;  3HDK A;  3WB4 A;  4HDF A;  5PEP A;  5C9F A;  1MT8 A;  2O4N A;  3O9H A;  1HSI A;  4J54 A;  5P0H A;  5AHB A;  4NJS A;  3INH A;  3K5F A;  5P0G A;  4FL8 A;  3Q5H A;  5P2V A;  3CYX A;  5P3U A;  2WEC A;  5OZ8 A;  7UPJ A;  3MSJ A;  2WED A;  3EXO A;  3KT2 A;  2VA5 A;  2AVQ A;  4YD5 A;  5DR7 A;  1BXQ A;  3CIB A;  2FIV A;  1BIM A;  5OZV A;  5P58 A;  1K6T A;  1B5F B;  3PB5 A;  2G1S A;  1T6G A;  4R95 A;  4FRK A;  4YA8 A;  2AOF A;  5P18 A;  5P0X A;  4OBK A;  3EM3 A;  5P70 A;  5P1K A;  1G35 A;  1GNN A;  4Y4J A;  4CMS A;  2BKS A;  3GI4 A;  1PSA A;  3QRM A;  3LPI A;  5P25 A;  3HAU A;  5P6H A;  4J17 A;  5OYW A;  3ZPU A;  5P7X A;  1BWA A;  4Y47 A;  4UPJ A;  1YX9 A;  1ZLF A;  5HU1 A;  4K9H A;  5P1G A;  4CPU A;  4QJ7 A;  5P63 A;  3HD8 A;  3OU1 A;  4Y3Z A;  5P0M A;  1RPI A;  2HS2 A;  2PYN A;  4FRI A;  1C6Y A;  1G0V A;  5P0F A;  4B05 A;  1W6I A;  4ER2 E;  1W5X A;  5P6Y A;  5P2O A;  5P02 A;  5P2Z A;  3OAD A;  1HXW A;  4U7Q A;  3B7V A;  1FFI C;  1HVL A;  2RMP A;  2F3E A;  3I8W A;  2ZJI A;  1NPW A;  1JLD A;  1B6J A;  1EBW A;  1LZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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