2VJ9A

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxy- 1-(phenylmethyl)propyl)-3-(ethylamino)-5-(2-oxo-1-pyrrolidinyl) benzamide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
389
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIPQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bace-1 Inhibitors Part 2: Identification of Hydroxy Ethylamines (Heas) with Reduced Peptidic Character.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 374
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2007-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2vj9A02
4Y57A 1HVCA 1HXWA 2AVSA 5DR0A 1LYWB 4FRSA 3FX5A 4DJXA 5P83A 4WY1A 1E81E 2PYMA 4OD9B 5P7UA 5KR1A 2Q5KA 2QZWA 3FNTA 1FQ4A 4Y6MA 5P2MA 2MIPA 4OC6A 1G6LA 2QD6A 3LITA 4GJ7A 5OZCA 1D4SA 1WBKA 4LXMA 5P47A 3S85A 5P2EA 5P1QA 4GJDA 2V16C 5OYZA 2Q63A 4EQJA 2OHLA 4KUPA 3ZKMA 3CKRA 1HHPA 5OZ9A 3GI6A 5DR3A 2J9JB 3SM2A 3S7LA 1HIHA 3K5DA 5P1HA 3VSWA 5P7KA 4KE0A 3JW2A 3R1GB 3JVYA 5P4KA 1GVUA 3VG1A 1BIMA 4J0ZA 4HZTA 5P7JA 5P4GA 2FS4A 4AA8A 1BV9A 2QMGA 3OQDA 5COKA 4BEKA 2G1NA 2AOJA 5KQXA 5HDVA 4Y9WA 5P6LA 1K1UA 1ZAPA 1MT7A 3L5FA 3UPJA 3O9AA 5P4ZA 3QBHA 4S1GA 2HPEA 4X2LA 3Q5HA 2CENA 4CP7A 4FL8A 4J5JA 5P8LA 5AGZA 4YCTA 4I12A 3LINA 4ER2E 5P1WA 3SPKA 4NPTA 4I0GA 5P75A 4ZEAA 5DGUA 2PC0A 4ZSRA 1OEWA 2FLEA 2B7FA 3KT5A 1VIKA 5IVSA 4DFGA 3TL9A 2I4XA 4ZSQA 4HDFA 1HVKA 3R4BA 4LBTA 1HEFE 5OZQA 4Y3FA 5P40A 3CKTA 4J1IA 1QBSA 5AH8A 2QMFA 4R92A 4QJ2A 3AUPA 3BVAA 3CYWA 3NU3A 2RMPA 3VF3A 2NNKA 5P54A 3FSMA 3D1YA 1IZIA 3UQUA 5OZEA 5P5QA 5P4JA 5CLMA 4AUCA 4NJSA 3D1ZA 4Z50A 3SM1A 3L59A 5P7XA 4NJVA 5P7HA 5P45A 3DK1A 4EJDA 2G1SA 5OZ8A 2QI0A 1DW6C 3EL0A 5SXNA 5P69A 1QDMA 4I0ZA 5P6FA 3GGXA 4OBZA 3R2FA 5P2UA 1FG6C 1GVTA 4WTUA 5AHCA 3EKVA 4I8ZA 5P06A 1LYAB 4HA5A 1W5XA 5P1MA 2BKTA 5P4RA 1T6EX 3L3AA 4RYGA 3OU1B 2NXMA 1LF2A 1SIVA 5P00A 1MPPA 2VIEA 5E5JA 4R5NA 5OZFA 2BB9A 3SKFA 3IN3A 3TPRA 1DMPA 5P2CA 4FAEA 1E82E 2ZJNA 1C6ZA 3ZKNA 2XYEA 4GYEA 5P1JA 4FE6A 4ZLSA 3OUDB 1MTBA 4PZXA 2WF3A 5P4BA 5P0VA 1EPNE 2FXDA 2BQVA 3NUJA 5P0XA 3O9CA 1EPME 3KDDA 4J0PA 4MC2A 5P7BA 3OOZA 1HEGE 4Y47A 3PB5A 1XN2A 5P43A 5P1UA 1EPQE 1LZQA 4RVXA 4GJ9A 1SGUA 5P8KA 3EKWA 1B6PA 1IBQA 2FDDA 3OXCA 2IRZA 2A4FA 1HTEA 5P2GA 2HPFA 5P3BA 3UQWA 3DUYA 5P65A 5P59A 5P1OA 4F73A 5P0HA 5P1LA 5BWYA 5P3RA 3TPPA 1MSMA 5OZPA 2IENA 1D4HA 1NH0A 5P05A 2V11C 3GI4A 5OZUA 5P18A 5P2RA 4DH6A 5F01A 2FDEA 2FDPA 4WY6A 5ER2E 3UCBA 4EYRA 2Q64A 4Y54A 4I0JA 2IDWA 2P3CA 3PGIA 1HIVA 3NU5A 3ZPTA 5OZLA 5P56A 2B7ZA 1AZ5A 1QBUA 5P8OA 4I0FA 1ZLFA 1TW7A 1XL5A 4RRSA 3VFAA 4I1CA 3OQAA 2QHYA 1KJ4A 1AAQA 3FNSA 1MRXA 1YTIA 1HVJA 2IEOA 4FAFA 2WEBA 4Y3ZA 3EKTA 5P6WA 4DPFA 5C9BA 3INHA 3RSVA 4B00A 4A6BA 3TOHA 4COEA 5EZZA 2ZJHA 5P53A 1KJHA 2AVVA 5P6VA 1BDLA 2F8GA 4GZFA 1B5FB 1SBGA 1HPVA 3UHLA 2ZJJA 2P3BB 5P27A 3UDMA 5P0DA 2HC0A 5P2VA 3TOFA 2R3WA 5P7FA 3LZUA 3QRVA 3UQXA 3IA9A 2UPJA 1G2KA 3PLLA 5P3ZA 3U6AA 4Y44A 3MSJA 3NXNA 5P5RA 7HVPA 5OZ1A 1EPRE 4I0EA 5P3EA 4Q1WA 4DPIA 4EQ0A 5P3MA 1IVQA 1ODWA 4XKXA 3EL5A 4Y3JA 5P46A 3H5BA 1K2CA 4BFDA 3GI5A 1T7IA 1ODYA 1DPJA 2FGVA 3OU4A 2G94A 2VS2A 3L58A 3K4VA 5P6QA 3LZYA 1F7AA 3ZPSA 1HVSA 1BVEA 5B18A 3O9BA 3D3TA 5P8NA 5ER1E 1FB7A 5HCTA 2P3AA 1A9MA 5SZ9A 3JVWA 4YD7A 5KOQA 5P4IA 2UY0A 4Y4BA 2P83A 1C6YA 3OGPA 6APRE 4L1AA 1YM4A 2HM1A 3AIDA 2QI4A 4TVGA 4MC6A 3I6OA 5P04A 5P42A 2ER7E 2QD8A 5I3XA 4OBHA 2VJ6A 4MC1A 5P17A 2BPZA 5P7DA 5P36A 3FV3A 5P38A 2I1AA 4Y3RA 4NJUA 1GNOA 3KFRA 4GJ5A 1SDUA 2PWCA 5P01A 1D4JA 2G69A 2WEZA 3PWRA 5P48A 3SA7A 3EBZA 3LPIA 1SGZA 5P03A 5P3KA 3IAWA 3S7MA 3TPJA 3EKQA 1GNNA 3KFNA 1W5VA 1SP5A 5P79A 4DQEA 4Y5GA 5OZ6A 5P4CA 4FGXA 5P3YA 5P87A 5P0JA 2V12C 3VCMA 2XFJA 3GGVA 3HLOA 5P6UA 4D83A 3OUBA 5P2AA 4Y3TA 4DJQA 1Q9PA 3UDRA 5OZ5A 3TKWA 3QVIA 1ME6A 2NTRA 4YOBA 5P57A 2I4DA 1LYBA 5P50A 2AZCA 5P1BA 3CYXA 5P4LA 2VA6A 4H3FA 5F00A 5P4UA 5P6MA 1ER8E 2VIJA 5P1NA 4J0TA 1HSHA 1LF4A 3S56A 3URLA 1FMXA 4EWOA 1ZP8A 2BPXA 3L5CA 3EXOA 4DJVA 5OZ3A 3NDXA 5P3XA 2HB4A 5P5UA 5P35A 2PH6A 2QK5A 4Y5CA 2P8HA 4YD6A 5P61A 3NXEA 3EM3A 2UXZA 5P3LA 5P60A 4GJ6A 3OADB 1IZHA 5DR4A 2IQGA 3QRSA 1FF0C 1HSGA 5P1IA 3KT2A 3PEPA 4OBDA 5P7NA 2PH8A 3DV5A 3HBOA 4ACXA 3GI0A 3OHHA 3NDUA 4ZPFA 2BKSA 1MUIA 5P5GA 1ZPKA 2AQUA 1FQ7A 5HVPA 3SA3A 3UFLA 5P0SA 5BRYA 5AH9A 3LNKA 3UQPA 1F34A 5HCOA 3SO9A 4FSEA 5OYXA 4LAPA 4RCDA 1APTE 5P1CA 1MTRA 4TRYA 5P8RA 2Z54A 2HAHA 6FIVA 2V10C 2HS1A 3FIVA 4TVHA 4GB2A 5P7CA 5P28A 3TH9A 1ZBGA 5P0UA 5P8QA 5FIVA 1XDHA 3Q3TA 4J1CA 4XXSA 4ZSPA 5P6BA 4K8SA 5P1XA 2R38A 5HD0A 5P08A 3MSKA 4QLHA 3QAAA 5P76A 2I4QA 4Y3XA 5DR1A 4Q1XA 4LHHA 2AODA 5E5KA 1K2BA 2Z4OA 5P2SA 3RTNA 4PHVA 2NMYA 2QMDA 2QU2A 5DR8A 5P70A 1GVVA 2AVQA 2G1OA 1DP5A 1TCWA 5P3DA 5OYUA 3D91A 5UPJA 3G72A 4APRE 4CMSA 4B72A 3BVBA 3ZKSA 4TRZA 5P4VA 2NMZA 3U71A 3DCKA 1BDRA 3LHGA 3O9EA 5P22A 4Q1NA 2APRA 3KA2A 4BFBA 1MVPA 5P68A 4J1HA 3L5BA 1AVFA 2H6SA 5OYQA 1VIJA 3DOXA 2FMBA 4YE3A 4A4QA 5P39A 5OYRA 5DR7A 5AHBA 3QIHA 2OHSA 4M8YA 5C9DA 5KR0A 2HB2A 1FQ5A 4Y39A 3LIVA 2G21A 9HVPA 5OZOA 1BILA 5P1TA 3PSGA 5CONA 4CPWA 2O4PA 4FRIA 1B6MA 5P7OA 1LS5A 1HVIA 5P3OA 2VNNA 2BPYA 4U7VA 4Y3LA 3VUCA 4ZPGA 2R5QA 3PMUA 5P1AA 4IVSA 3TNEA 2G1YA 5P09A 4FM7A 4Y5BA 5T4SA 3VEUA 5PEPA 1SMRA 3FNUA 3O9GA 4RVIA 5P7SA 3UTLA 1HIIA 3EKYA 4JECA 3HW1A 1EBKC 4DQGA 3S8IA 3VFBA 1HTGA 4U7QA 2AZ9A 5P5NA 2PQZA 5P72A 4LC7A 3G70A 3FKTA 5P4SA 4Y3GA 2ZGAA 3BUHA 5P3AA 2XYFA 3HVGA 5OZ2A 5P3HA 4YBIA 1GKTA 4I8WA 4YDGA 5P4DA 4J55A 2AOCA 5P3JA 2OHUA 4PZWA 1SIPA 2AOIA 5P1PA 4YD4A 5DQCA 3VYEA 5P1RA 2O4LA 4Y5LA 4ZPEA 3ZKQA 4Y5EA 2OHTA 5P77A 3EM4A 5P8BA 3SABA 1FLHA 4OBJA 3EKXA 5P20A 3OGQA 5P7QA 4OC6B 3PVKA 4Y58A 3S54A 1PFZA 3Q4BA 5OZDA 3IVHA 5P26A 4H1EA 1SDTA 1EBYA 1M0BA 3PCWA 3PHVA 5P6PA 2AZ8A 2WHHA 4K9HA 1EPOE 1T3RA 3INEA 1A8GA 4GJBA 3RTHA 1IZDA 1QBRA 2ZHUA 1D4KA 4NJTA 5P7TA 4EJ8A 3DCRA 4ER1E 2VKMA 2JJIA 4GMIA 5P5EA 5OZ7A 3T7XA 6UPJA 5P52A 5P25A 1TSUA 5P3WA 1D4YA 1EBZA 3VV8A 5P88A 5P7YA 2BPVA 2JYSA 5P4WA 5P5YA 1T6GA 2G1RA 1HXBA 5P81A 5COOA 4Y4UA 5AH7A 5P0ZA 5I3VA 2JJJA 2B8VA 5P6HA 5EZXA 5OZRA 4Y4EA 1XS7D 3APRE 1AIDA 1TQFA 4PYVA 2OHRA 5P4OA 5HTZA 5I3WA 5P6XA 1YG9A 5P4EA 3O9HA 2F3KA 3O9DA 4F75A 3EL4A 4NKKA 1BXOA 5P7RA 3UDHA 3K1WA 4UPJA 3UDPA 3I8WA 5P7WA 4CPXA 5P7PA 2ZJIA 1YM2A 2Q15A 1HVLA 1HPSA 3O9LA 4Q5MA 4QJ6A 5OZAA 3EM6A 4FLGA 2Q3KA 4Y5AA 4D85A 3O99A 5P11A 4Y51A 5JODA 2IKOA 4Y4XA 2NNPA 5P5MA 3NDTA 5OZIA 2QZKA 5OYTA 1ZPAA 5P2QA 5P8PA 2FGUA 5P8DA 3PM4A 3KFSA 5DQ4A 4Y5KA 2BBBA 1HPXA 2AOHA 4HDPA 4Y3NA 2F80A 3LIZA 2XFIA 1BVGA 4FRKA 2QI7A 2VA5A 1W5WA 2WF0A 1A94A 2QI1A 3UDQA 3UFNA 5ISJA 1PSAA 3WB4A 4HE9A 5P34A 4EP2A 4E43A 3G6ZA 4OBZB 5P6YA 2ZJMA 3OY4A 3PCZA 5P7AA 3KM4A 4Y43A 5P32A 3PLDA 1AJXA 5P2IA 3NWXA 3TOGA 5OYSA 5P7ZA 5P2TA 3MXDA 4R95A 3PJ6A 5P8IA 4H3GA 3HZCA 2OHNA 3CMSA 1QS8A 1G0VA 5P74A 2OAHA 3QS1A 3UDYA 3N4LA 4CPSA 5P49A 4EXGA 2P4JA 2JXRA 2I4VA 3NUOA 3IVIA 3SAAA 3KF0A 5JFPA 3VYFA 5TOLA 1K6CA 4XX3A 4DI2A 5P2YA 5P6OA 3OHFA 4APEA 5P8AA 1HOSA 1BWAA 5P6KA 5HDXA 3SACA 1GVWA 4DV9A 5P33A 3BGBA 2QI6A 3LZVA 1M4HA 2CEJA 5P0QA 5P4NA 3K5CA 5HU1A 1CZIE 1FMBA 3UDNA 5P5OA 5P5CA 5P1ZA 5P8MA 3SA6A 5P0EA 4DQCA 2FNSA 5P5JA 5P86A 5HDZA 3GW5A 5P8CA 3RSXA 4FM6A 5P5KA 1YTHA 4J1KA 2O4SA 3SA5A 4RGHA 5P6IA 5P0PA 5I3YA 4I10A 3TLHA 2G27A 5P4TA 3O9LB 3BXSA 4I0HA 1K6TA 5P1KA 5P5XA 2BJUA 1BBSA 5P8SA 1B6KA 3BC4A 5P41A 2PSGA 1TZSA 2R5PA 1UH8A 5P3QA 5P44A 2P3DA 5P1FA 5P8HA 1MESA 3QROA 3B80A 5OZBA 2B8LA 1WBMA 3OQKA 4EP3A 3BHEA 3DM6A 2JE4A 5HE4A 4L7HA 2J9JA 2O40A 3LIQA 3PSYA 5P0LA 2Q11A 5P5WA 5P8JA 3EC0A 5DGWA 1MIQA 2WJOA 3A2OA 1HPOA 2PK5A 5P3UA 4RCFA 3OXXA 1EC2A 3ZKIA 2QCIA 3TKGA 4AZYA 2QP8A 5J25A 5P8FA 1Z1RA 3PI0A 2OHMA 5P0CA 5OZYA 3MSLA 1XL2A 2CEMA 5P0WA 5P2JA 4CPUA 3CIBA 2B60A 5DQ1A 2WEAA 4EPJA 5P5VA 1C70A 1PROA 5P5SA 3S2OA 4QJAA 3NYGA 4I0DA 4R91A 2V00A 1K6VA 4YHQA 3OU4B 5DQ5A 4FSLA 4LP9A 7UPJA 1NPWA 1UPJA 5P64A 5P55A 1MRWA 1ZSRA 3KMYA 5OZHA 5ISKA 4HLAA 4JOOA 4L7JA 3UDJA 3NU4A 4DQHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y57 A;  1HVC A;  1HXW A;  2AVS A;  5DR0 A;  1LYW B;  4FRS A;  3FX5 A;  4DJX A;  5P83 A;  4WY1 A;  1E81 E;  2PYM A;  4OD9 B;  5P7U A;  5KR1 A;  2Q5K A;  2QZW A;  3FNT A;  1FQ4 A;  4Y6M A;  5P2M A;  2MIP A;  4OC6 A;  1G6L A;  2QD6 A;  3LIT A;  4GJ7 A;  5OZC A;  1D4S A;  1WBK A;  4LXM A;  5P47 A;  3S85 A;  5P2E A;  5P1Q A;  4GJD A;  2V16 C;  5OYZ A;  2Q63 A;  4EQJ A;  2OHL A;  4KUP A;  3ZKM A;  3CKR A;  1HHP A;  5OZ9 A;  3GI6 A;  5DR3 A;  2J9J B;  3SM2 A;  3S7L A;  1HIH A;  3K5D A;  5P1H A;  3VSW A;  5P7K A;  4KE0 A;  3JW2 A;  3R1G B;  3JVY A;  5P4K A;  1GVU A;  3VG1 A;  1BIM A;  4J0Z A;  4HZT A;  5P7J A;  5P4G A;  2FS4 A;  4AA8 A;  1BV9 A;  2QMG A;  3OQD A;  5COK A;  4BEK A;  2G1N A;  2AOJ A;  5KQX A;  5HDV A;  4Y9W A;  5P6L A;  1K1U A;  1ZAP A;  1MT7 A;  3L5F A;  3UPJ A;  3O9A A;  5P4Z A;  3QBH A;  4S1G A;  2HPE A;  4X2L A;  3Q5H A;  2CEN A;  4CP7 A;  4FL8 A;  4J5J A;  5P8L A;  5AGZ A;  4YCT A;  4I12 A;  3LIN A;  4ER2 E;  5P1W A;  3SPK A;  4NPT A;  4I0G A;  5P75 A;  4ZEA A;  5DGU A;  2PC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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