2WEBA

Acid proteinase (penicillopepsin) (e.c.3.4.23.20) complex with phosphonate inhibitor: methyl(2s)-[1-(((n-formyl)-l-valyl)amino-2-(2-naphthyl)ethyl)hydroxyphosphinyloxy]-3-phenylpropanoate, sodium salt
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. II. X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues
pubmed rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
molecule tags Hydrolase
total genus 88
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1998-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2webA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2webA01
1HPSA 4CPUA 7UPJA 4AMTA 2PSGA 4Y3JA 2AIDA 5PEPA 5DPZA 1GVUA 1RV7A 4GB2A 3K4VC 2AZ8A 2WF4A 3HLOA 4LXMA 5P1EA 2VIJA 5P6PA 2OHKA 4HEGA 1MRXA 4PEPA 1Z8CA 4I0GA 2VJ6A 3QVCA 5P67A 4Y3XA 3DJKA 3R4BA 4DPFA 3TKWA 5P0CA 2HC0A 1IZHA 2QMDA 4LC7A 1IDAA 3OUCA 5BRYA 2RKFA 3OAGA 4R91A 5P6YA 5P1JA 3QBHA 2J9KA 4YOBA 1FQ5A 2PQZA 4LHHA 5P5YA 4YCKA 5KR2A 2VJ9A 2VA6A 5P7QA 5P04A 4Q5MA 3OXXA 2OHPA 5P8RA 4ZLSA 3LZUA 6UPJA 2AZBA 1E5OE 5I3XA 4M8YA 4EJKA 4I0DA 4MC6A 4Y44A 3OU3A 3LPKA 4XX3A 5DQCA 3SA6A 4I11A 3RU1A 4JECA 4CPWA 5P2ZA 5HD0A 3LZVA 3HVPA 4Y4GA 2AOCA 5P1RA 1HWRA 5P5WA 2WJOA 1HTRB 3KT2A 5OZNA 2BPXA 3SABA 1ZSFA 5P3NA 5P6ZA 1D4HA 2WKZA 3IXJA 3MXDA 2G1RA 1HPXA 4Q1XA 4FRIA 5P4KA 3CICA 4J1CA 5P0NA 1K2BA 4NKKA 4Q1NA 3BGCA 4BFDA 3IGBA 5P4VA 4HLAA 3L58A 2Z54A 2Q55A 5P7ZA 1EPNE 4F75A 1SDUA 3SM2A 1LV1A 5ER2E 5P1VA 4FSEA 2QP8A 5P3IA 5P7WA 2WL0A 5DR8A 5SZ9A 3TPJA 5P4XA 2B8VA 3UQUA 3H0BA 5E5JA 1IBQA 5P6OA 4R5NA 4PPHA 5P5NA 3PM4A 4HDFA 4Y50A 5KR0A 2G1SA 1BXQA 2PWCA 4Y5NA 4GYEA 5P7FA 3G72A 5P3DA 3LIXA 4F76A 5P1MA 3KMXA 5IVQA 4H3IA 4DUSA 5P2WA 4EP2A 4YBIA 4EP3A 1LF4A 1ODWA 5DQ2A 2QCIA 2AZCA 4RVXA 5P3SA 1DAZC 1T7KA 5JFPA 5P1NA 5P5CA 1YTJA 5P55A 1SP5A 2Q63A 2IL2A 5P3PA 3QRVA 4Y3ZA 4QJ8A 5P39A 4Y3NA 2QK5A 4I0EA 1MEUA 3SA9A 4HE9A 3UCBA 5P2NA 1SDVA 3KDCA 5P41A 2FGVA 5DQ1A 3OY4A 2ZHUA 4Y3DA 2V16C 4XKXA 5HCTA 5JG1A 5P48A 4Y45A 3UDMA 1HEFE 1HVLA 5P70A 1W50A 5P85A 1QS8A 4Y48A 1K6PA 3S8IA 5P8AA 3URJA 5OZTA 2VA5A 5P68A 3WSJA 5P8EA 3QROA 3LINA 8HVPA 4AA9A 5P7BA 4OBJA 3R1GB 3O9IA 2ZJHA 4I8ZA 5P6QA 1MUIA 5P75A 5P3JA 1IDBA 2V12C 4FS4A 3URIA 4Y57A 5P0AA 5ER1E 4DJRA 5DR4A 3EKYA 2ZYEA 3D1XA 1A94A 1FQ6A 5P3EA 1FLHA 3FNUA 4RVJA 4Y5EA 1DMPA 1EC2A 5OZYA 4I0JA 5P4GA 2WEDA 5P35A 2R3TA 5P8MA 1ME6A 3ZKXA 1HVRA 2F3KA 4Y3LA 3KDDA 5P22A 2SAMA 2QAKA 3IN4A 3LZYA 5P0DA 4U7VA 2Q54A 1LEEA 1LYBB 2BBBA 2FXEA 2QHCA 2VS2A 5P4TA 6APRE 3JVYA 2OHRA 2PMAA 1FQ4A 4QJ6A 1IZIA 1QDMA 5P8IA 4K4QA 3ZOVA 4Z50A 4KE0A 3FNSA 4AA8A 3PBZA 4YA8A 2QMGA 1G2KA 5P7IA 4WTUA 1QBSA 5P0WA 3O9HA 4PYVA 5OYXA 3OU1A 3LPIA 1B6MA 2P3BA 3PCZA 3TOFA 5P61A 2A1EA 1IZEA 2Q64A 2NXLA 2HB3A 2RENA 1GNNA 1NSOA 1A9MA 5P1OA 5UPJA 4B1DA 2IGXA 3NDXA 4YBFA 4J1HA 4HDBA 4MC1A 2I4XA 1GVWA 1BDRA 2QZKA 3I25A 3F9QA 3BVAA 2ZJJA 5P46A 2RSPA 3VFBA 5P7CA 4HA5A 3UDKA 2ZDZA 3BGBA 5DQ4A 3Q3TA 5P43A 5HU1A 3D20A 3G70A 4Y4ZA 5P3AA 3DV1A 2OHLA 2I4VA 2F80A 1BIMA 3T7QA 4EJDA 4J54A 4GJ6A 2P3CA 4FL8A 5DQ5A 5P4LA 1W5YA 5P78A 5CLMA 4JPEA 4CP7A 3EM3A 4L7GA 3VCMA 3A2OA 3ZKSA 2ER0E 5P8LA 5COPA 4NJUA 2IQGA 5P6EA 5P5ZA 1AXAA 5SY2A 4Y4DA 2QZLA 5P0IA 3OUDA 4TRYA 5P3LA 2XYFA 4D85A 3OU1B 2FIVA 2R5PA 3APRE 5OYTA 1META 3PSUA 3UQPA 3ST5A 1VIJA 3PRSA 2ER7E 5HE7A 1K1UA 2FDEA 5SXNA 4WY1A 1FFIC 3O9DA 2QMPA 3URLA 3IXOA 4H3GA 3WB4A 4DPIA 5P1ZA 3O9LB 5IE1A 5ISKA 1HEGE 3S56A 1G35A 1PSOE 1UPJA 3EKXA 3Q5HA 5P40A 1PFZA 1AIDA 3SO9A 1UH7A 2UY0A 1APVE 4MC9A 5P7TA 1ODXA 4Z4XA 3UPJA 4APEA 2P4JA 4TRZA 3S45A 3LIYA 1SIPA 2HS1A 3EKVA 3VEUA 5P1IA 2ANLA 3EL4A 4RZ1A 2WEAA 4JP9A 3B7VA 5OZBA 1KJFA 1DW6C 4FAFA 3R2FA 1SMRA 4ZPEA 2FLEA 5P8HA 1KJHA 3L5FA 2V11C 5P6UA 2BPWA 4KUPA 1EBWA 5P3XA 3SA3A 5AHBA 5AGZA 3RSXA 2RKGA 5P1TA 5P38A 4OBZA 4GJBA 5OZEA 5HE5A 5P1SA 3EL9A 4QJ2A 2HB2A 7HVPA 1ZTZA 2AVMA 4Y5KA 5AHAA 5P8KA 3TL9A 2BKSA 4Y38A 4ACXA 1FEJC 1MESA 3IA9A 1W6IA 5P31A 5P07A 3APPA 2QI0A 1B5FB 5P3ZA 5P49A 3OTSA 3C9XA 5P2YA 4J17A 3IN3A 5HCOA 5OZRA 1D4JA 5OZUA 3UTLA 2R9BA 2FNSA 5P2EA 4Y3EA 1U8GA 1HSGA 3INHA 5P0VA 3U7SA 3ZPTA 5SY3A 5P8BA 3FIVA 4R93A 3KT5A 5P09A 3OXWA 4Y36A 1RQ9A 2JE4A 5P0XA 4RVIA 4CPTA 3K5CA 1IZDA 1G6LA 4RCEA 3EM4A 4X2LA 1MIQA 5P56A 4CMSA 3G6ZA 2OHUA 5P6WA 3GI5A 4RLDA 5KQYA 4DJWA 1SGZA 5KR1A 2PSVA 2QHYA 4QJ9A 4R8YA 5HDUA 5P34A 5OZIA 2J9JA 3BUHA 4X7IA 3RTHA 4XX4A 1NH0A 4B0QA 5P1BA 5P73A 1SIVA 4J0VA 2R38A 3CIBA 1C70A 2QD6A 3NU6A 4IVTA 4GJCA 3QS1A 3EKTA 5OYSA 4RYCA 5OZQA 3VV7A 5OYYA 5P47A 5P4JA 1C6ZA 5P5FA 1W5VA 5P8SA 5P4EA 5JODA 5P2KA 4GJAA 5P69A 4EXHA 2NR6A 3SKGA 4I12A 4B00A 5DR3A 4AUCA 5OZDA 1XS7D 4J1KA 5P6IA 5P5AA 3PWMA 2P3DA 3OWNA 3GI4A 3OU4A 5P1YA 4A4QA 2RMPA 3TNEA 1FQXA 5P4AA 3VF5A 1ENTE 2O4LA 3DM6A 5P5VA 3S7MA 1T6EX 3D3TA 3ER3E 5P3TA 5P6DA 4Y3QA 5P0UA 5P7RA 4ZSQA 5HDVA 3QN8A 2EWYA 1MSNA 5P8JA 3GI0A 2O4KA 2BJUA 3H5BA 4Y54A 1MRWA 5P5IA 2PK5A 5P1UA 1BVGA 2BPZA 1FQ8A 4Y3FA 1HIHA 3O9BA 4FGXA 5IVRA 4ACUA 4H3FA 5P0OA 3NLSA 5P7HA 1LS5A 5P32A 2ZJNA 1FMUA 4FRJA 1ER8E 5KQXA 3LZSA 4YDFA 2ZJKA 5P6TA 5P6JA 2I4UA 1EPME 4GIDA 5P4WA 1N49A 4U7QA 3HVGA 4Y3HA 3KFPA 1HVJA 5P8VA 2NXDA 4EJLA 2O40A 4ZSRA 5P2QA 2I1AA 3S43A 4EHCA 4WY6A 1TSUA 4Y58A 1W5WA 4RCFA 4D8CA 3VSWA 1HTEA 3QVIA 1G0VA 4LP9A 1D4IA 3VSXA 3T3CA 1XL5A 3SLZA 4Y3GA 5P52A 3GGUA 1EPLE 2ZHVA 1BXOA 1FGCC 5KR8A 5P7PA 3T11A 2FS4A 1QBRA 3T7PA 5OZOA 2IKUA 4EYRA 3LPJA 3HZCA 4NJTA 5DGWA 4OD9A 2WF0A 5P06A 5BWYA 1UH9A 1HBVA 2Z4OA 3MSLA 5P26A 5HDZA 3O9AA 2QI4A 3S54A 3EL1A 3IXKA 3PMYA 3CKTA 3SFCA 1CMSA 3QP0A 1DPJA 5P33A 5EZZA 3HD8A 1APTE 3Q4BA 5P27A 1DP5A 3QI1A 1B6PA 3OAGB 5P3FA 3NU5A 1HVSA 4FLGA 3UDJA 3OADA 5OZ9A 3ECGA 2MIPA 5OYUA 5P5MA 3AUPA 4OBKA 3OXCA 5P17A 3T7XA 5P7JA 2Q11A 2B8LA 2QI6A 4DV9A 4J0TA 3K5GA 3M9FA 2NNPA 5P72A 4ZE6A 1HTFA 3UFNA 2R3WA 3AIDA 1QBTA 1XDHA 5P3HA 5P7YA 5IVTA 2G1NA 3ZKMA 5P63A 4Y3SA 4PHVA 1HOSA 1OHRA 1NPVA 5I3YA 5P44A 3EM6A 3CKPA 5OZGA 2PWRA 4QJAA 5P2BA 5P6BA 2XFIA 1B6LA 5P84A 3ZPUA 3WZ7A 1A30A 5OZ5A 4RYGA 1KJGA 5P66A 2VIZA 5OZ3A 5P89A 3EC0A 5P1LA 3EBZA 5P8FA 5P02A 5P5SA 5P2LA 5P42A 3K4VA 4J1FA 2PYMA 3MXEA 1LF2A 3EKQA 4Y5AA 4Z22A 1FB7A 4LXKA 5P4ZA 4CPQA 1IVPA 5P7GA 3O99A 1B6JA 3NDWA 3OADB 3PI0A 5P7LA 3I2LA 4DJPA 5P6XA 2V10C 5P5KA 2AZ9A 5OZPA 2VJ7A 2AVVA 4QJ7A 5F00A 1FQ7A 1K6VA 2R43A 4I1CA 3JVWA 5P0SA 5P76A 5P0FA 3VG1A 5P5LA 3GGAA 4FRKA 5OZ4A 3DV5A 3RTNA 2QZXA 5P1PA 1KJ7A 1YTHA 3EXOA 4J0ZA 2IKOA 1YTIA 1RPIA 1BWBA 4QLHA 1YM2A 2ZGAA 1A8GA 3ZPSA 2QNPA 2AOHA 2VIEA 1GNMA 1GVVA 2NTRA 1ZP8A 4ZPGA 4DQEA 5P3GA 1A8KA 5IS4A 3PMUA 1K6TA 1K1TA 1TZSA 3BXSA 5P77A 5P18A 4LXAA 4YD3A 4B72A 5P0BA 5P3QA 5P81A 2IS0A 3VLBA 2AOJA 4Y6MA 3O9CA 2ZE1A 5COKA 3PSGA 5P7SA 1MVPA 3OHHA 5OZJA 2PK6A 3ZLQA 5OZWA 2IEOA 4B70A 3MSKA 1Z1RA 5P13A 3L5BA 1XE6A 5P5BA 3PCWA 5P0GA 1NPWA 5P37A 1ODYA 1T7JA 1DIFA 4FE6A 1FMBA 4Y3RA 5P45A 2P8HA 5OZ1A 4GJDA 4OBFA 5P16A 3DUYA 5P88A 5P2VA 4Y51A 5P4YA 1HRNA 2BPYA 2HB4A 5P51A 2OF0A 1HIVA 1JLDA 5P5TA 3VLAA 3PGIA 4I0ZA 5P65A 5P71A 2G21A 4GJ5A 5KOQA 2V0ZC 4ZSPA 3VYFA 2AODA 3PLDA 4NPUA 5P3CA 2ZHSA 3D1ZA 4Y3AA 3RTMA 1HSHA 3NWXA 3GGVA 5P64A 2AOEA 3INDA 3ZMGA 3R0WA 2IGYA 1TSQA 1BAIA 1HPOA 1C6XA 5OZAA 5P1XA 1SGUA 5P4UA 3OGPA 2I4WA 5OZMA 5P2JA 2F3EA 2P3BB 1M0BA 2ER6E 5B18A 3NUJA 4RCDA 2JJIA 3BHEA 5P3RA 1TCXA 2I0AA 3QAAA 5FIVA 5AHCA 4K4PA 4YOAA 1AJVA 2QNQA 3O9EA 4E43A 4FM8A 5P60A 2PYNA 5OZ7A 1EBZA 4Y53A 1FMXA 4GZFA 1W5XA 5P86A 4JOOA 5J25A 2B60A 2JYSA 4J1EA 1HVKA 5I3WA 5P4BA 4FM6A 2G26A 3DCKA 5HVPA 1F7AA 1PSNA 3ZKGA 4DQFA 3BXRA 2NMZA 3QBFA 5JFUA 1AJXA 3NYGA 5P1QA 2VIYA 3FNTA 1EEDP 3NR6A 5P28A 3HAUA 4I0FA 2IENA 2UPJA 2G24A 5C9FA 4R95A 3PI5A 5P83A 2XFKA 5P8CA 4HZTA 3LIQA 5P0TA 5P03A 3OXVA 5OZFA 5APRE 3CMSA 5HU0A 6FIVA 4ER4E 4FM7A 5P05A 5P59A 2QI7A 1MTBA 1OD1A 3OUDB 1BBSA 1RL8A 5P1FA 1CZIE 3TLHA 3KFNA 1QRPE 1T6GA 3CIDA 2I4DA 1FF0C 5P54A 1FG8C 3L3AA 2V00A 2CEJA 3UQRA 5KQZA 4I10A 3INEA 5OYZA 2F3FA 3K5DA 5P79A 4XXSA 5OZXA 3IVHA 4R92A 3HAWA 2WEZA 2VA7A 5P62A 2VKMA 5P2GA 5P5GA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HPS A;  4CPU A;  7UPJ A;  4AMT A;  2PSG A;  4Y3J A;  2AID A;  5PEP A;  5DPZ A;  1GVU A;  1RV7 A;  4GB2 A;  3K4V C;  2AZ8 A;  2WF4 A;  3HLO A;  4LXM A;  5P1E A;  2VIJ A;  5P6P A;  2OHK A;  4HEG A;  1MRX A;  4PEP A;  1Z8C A;  4I0G A;  2VJ6 A;  3QVC A;  5P67 A;  4Y3X A;  3DJK A;  3R4B A;  4DPF A;  3TKW A;  5P0C A;  2HC0 A;  1IZH A;  2QMD A;  4LC7 A;  1IDA A;  3OUC A;  5BRY A;  2RKF A;  3OAG A;  4R91 A;  5P6Y A;  5P1J A;  3QBH A;  2J9K A;  4YOB A;  1FQ5 A;  2PQZ A;  4LHH A;  5P5Y A;  4YCK A;  5KR2 A;  2VJ9 A;  2VA6 A;  5P7Q A;  5P04 A;  4Q5M A;  3OXX A;  2OHP A;  5P8R A;  4ZLS A;  3LZU A;  6UPJ A;  2AZB A;  1E5O E;  5I3X A;  4M8Y A;  4EJK A;  4I0D A;  4MC6 A;  4Y44 A;  3OU3 A;  3LPK A;  4XX3 A;  5DQC A;  3SA6 A;  4I11 A;  3RU1 A;  4JEC A;  4CPW A;  5P2Z A;  5HD0 A;  3LZV A;  3HVP A;  4Y4G A;  2AOC A;  5P1R A;  1HWR A;  5P5W A;  2WJO A;  1HTR B;  3KT2 A;  5OZN A;  2BPX A;  3SAB A;  1ZSF A;  5P3N A;  5P6Z A;  1D4H A;  2WKZ A;  3IXJ A;  3MXD A;  2G1R A;  1HPX A;  4Q1X A;  4FRI A;  5P4K A;  3CIC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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