2WEC | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	323
structure length	323
Chain Sequence	AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__770687384640975__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__770687384640975__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2WEC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__770687384640975__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"770687384640975","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2WEC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__770687384640975__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfdc5b5c5f9da08f4d06d80/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfdc5b5c5f9da08f4d06d80/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfdc5b5c5f9da08f4d06d80/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfdc5b5c5f9da08f4d06d80/pdb.gz): 418 ms

reading 323 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

323 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:322});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. II. X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues pubmed rcsb
molecule keywords	PENICILLOPEPSIN
total genus	86
structure length	323
sequence length	323
ec nomenclature	ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date	1998-02-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2wecA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	2wecA01

4GIDA 5P4LA 2CEJA 3EL0A 4FSLA 1GVUA 4OBHA 5ISKA 1AAQA 1ODXA 5P0FA 1XE6A 1G6LA 4CPTA 1AJVA 2ZHTA 3HZCA 4RVIA 1UH9A 5P5OA 3EM6A 1HOSA 1LYAA 4FRIA 2B60A 3KMYA 5J25A 4Y3ZA 5P04A 4QGIA 2ER6E 4H3IA 4E43A 5COPA 3A2OA 1D4YA 1MESA 5P4KA 2QZXA 5P8RA 4Y3HA 4YBIA 1PPME 2PYNA 3KT2A 1D4HA 5P3KA 4PPHA 1ZPAA 1FMBA 5OYWA 4DVFA 4F76A 2QCIA 3TPLA 3LIXA 4HE9A 5SXNA 5P2KA 2ZGAA 3DOXA 3OU3A 1B6MA 1XN2A 5P3IA 1W50A 5P41A 3UQWA 2FDDA 2VIEA 5UPJA 5P0HA 2HS2A 1G2KA 5P87A 8HVPA 5P61A 1YM2A 5P1PA 4J1KA 1YX9A 5P4SA 2FGUA 5P12A 5P4TA 5BWYA 5P2DA 2Q55A 2I0DA 1T6EX 1FEJC 5P5NA 5P85A 4TRYA 1HHPA 2FS4A 4DH6A 2PWCA 5P3TA 5P14A 2FNTA 3PI0A 4EQ0A 5SY2A 5P0LA 2NNKA 4ACXA 4YCYA 5E5JA 4WY1A 5P26A 5HE4A 4FRKA 3G72A 2MIPA 1SIPA 3PMYA 1SDTA 2F80A 3OY4A 4Y4XA 3S43A 5P5UA 4Y3DA 2OF0A 1Z8CA 3ZLQA 3EL5A 5P70A 3OUAA 3CKPA 5OZXA 5P1GA 4DJVA 5P1TA 2NPHA 2BKSA 5OZDA 1PSNA 2AQUA 1ZSRA 2BPVA 1DIFA 4H3JA 5P53A 4WTUA 2QZWA 5P08A 4OD9A 4FAFA 5I70A 4ZPEA 5P7TA 3VYEA 1PPKE 4Y4EA 2JE4A 1GKTA 3HAWA 4FRSA 1RL8A 1HVRA 4Q1WA 4J17A 3FIVA 2OHNA 5KR8A 3EKTA 1NPAA 1W51A 1F34A 2IENA 4OD9B 2OHPA 3KA2A 5ENMA 4Y3JA 1LV1A 2AVSA 5P3SA 5P8CA 3S8IA 4APRE 2HB3A 5P01A 1FF0C 4Y35A 5P3EA 3TTPA 1AVFA 1ZJ7A 1D4JA 1BIMA 4J55A 5P7SA 2PMAA 5JFPA 5P5AA 3UHLA 5P5WA 4DQHA 1IVQA 1HIVA 2ZHUA 4OBZA 3VLAA 4K4RA 5P6EA 3LZVA 4YD6A 4YCTA 2ZJKA 1CMSA 5P4JA 5P0UA 2QMPA 2O4PA 3NDXA 2IGYA 3PWWA 5P6FA 1LF3A 1BVGA 2R8NA 2AZBA 5P55A 3ZKSA 3BHEA 2F3FA 4YOBA 4KB9A 3RTNA 5OZJA 5OZ4A 4QJ8A 3ZKNA 4DFGA 4OBZB 2BPZA 4B1DA 3HDKA 3SA4A 5P58A 1JLDA 2F81A 4H3FA 1K1TA 3O9LB 4Y3QA 4RVJA 1HWRA 1HTFA 1HPOA 1FB7A 2OHRA 4B78A 2UY0A 4Y3EA 5P2XA 3EM4A 5P3VA 3EKXA 5AH6A 4QJ9A 2QI5A 2AIDA 2R3TA 1NPWA 2VIZA 3B7VA 3O9GA 5P4ZA 2PK6A 2A4FA 4XKXA 4Y51A 4A4QA 4Y5EA 4DQCA 1IZHA 2FGVA 2ZJJA 5P7EA 3JVYA 2PC0A 5P0AA 4LXMA 4A6BA 5AHBA 3S2OA 2ZJHA 5HU1A 5P6QA 1M4HA 5OYUA 4J0ZA 2R38A 5P8EA 1PFZA 5P5YA 2RKFA 3QBFA 3TOGA 4R95A 3U71A 4JP9A 5T4SA 1C6ZA 1LEEA 4HA5A 3T7PA 3L5CA 5P6XA 5P02A 4Y3PA 3SKGA 3INEA 5P09A 2HS1A 5P1BA 1RQ9A 3S7LA 4GJ7A 5P45A 5P3AA 3PRSA 5P5TA 2V11C 5P2MA 3KM4A 2VA5A 2HAHA 5P8IA 2JJIA 3RTMA 4FM6A 4R8YA 1T7JA 1QBUA 4EHCA 5ISJA 1VIKA 5P4NA 2J9JA 5P5MA 3UF3A 5JODA 5P19A 5P7JA 4DQGA 4HDFA 1SGZA 5P3FA 1RNEA 5P5XA 2BPYA 1K1UA 1PROA 1KJ4A 4EJ8A 1KJHA 1T6GA 5P48A 5DR3A 4YE3A 4ER1E 3CKRA 4D85A 2G1RA 2J9JB 2R5PA 3NYGA 5P59A 3OAGA 2WEDA 2Q15A 3RTHA 5P7PA 2QI4A 1OD1A 5P2EA 2IRZA 4LAPA 1AM5A 5OYQA 4EP3A 1D4LA 4Q1XA 2Z4OA 2EWYA 1HXWA 5P1XA 5P33A 1DPJA 4J1EA 5P1UA 4YD7A 5P1WA 4ER4E 5P7DA 5KR1A 1B6LA 3OAGB 1HVHA 4EQJA 2I4XA 5P86A 1CZIE 3Q70A 4ZEAA 3T3CA 5P8UA 1IZDA 4Y3RA 3ZKXA 5P28A 2B7ZA 5P6VA 3OU4A 1D4KA 3VV8A 3KYRA 5P2CA 1SH9A 1HIIA 3UDNA 1EPLE 5KQYA 1C6XA 5P47A 5P8GA 5P06A 2NNPA 5DQ5A 5P42A 1EPQE 5KR2A 4CP7A 5P88A 3BGCA 3SA6A 5P54A 5DQCA 5P3MA 2FDPA 3T6IA 3OU4B 4J1IA 2HPEA 2G1OA 5P20A 3T7XA 4Y4UA 1BDRA 3SM1A 2WEAA 4DJQA 3UQUA 3BUGA 1HEGE 3PM4A 5P3WA 5P13A 5P82A 3LZYA 3OXVA 2VJ6A 1D4IA 4HVPA 3S56A 1IIQA 5HDUA 2I4UA 3VYDA 1APWE 5P5FA 5P4CA 4RRSA 2G1NA 2O4SA 5P2SA 5P4OA 5KR0A 3RSXA 3EBZA 2ZJMA 3PEPA 5OZHA 4B05A 3SA8A 5P81A 2QMFA 4Y5KA 1GVWA 5P07A 3SA7A 3QRVA 3UDRA 5HDVA 2VJ9A 3ZKMA 3S54A 3D1YA 5AH9A 3SQFA 5P5RA 4U7QA 5P8PA 5P36A 4YD5A 3FNSA 5P1JA 5EZZA 3O9FA 5P0QA 3BUHA 2AOFA 1ODYA 3U7SA 4DJPA 5P3BA 5P78A 4PZWA 4Y58A 3HAUA 1BVEA 5P74A 3QN8A 2WKZA 1D4SA 5P22A 5P35A 4BELA 3UDYA 4GZFA 3L5DA 5OZGA 3D1ZA 4Y3YA 5IE1A 3DUYA 5P2JA 3O9IA 1SP5A 1FQ4A 3EKYA 3G6ZA 4X7IA 3RVIA 3OTSA 4A6CA 3QAAA 5HD0A 5P0BA 1MT9A 5P5EA 1BILA 4EPJA 5P6WA 1K2BA 3PWRA 3B80A 5DGUA 1MIQA 2QI6A 3VUCA 3HVGA 1FG6C 3GGAA 1B6KA 3O9HA 1AXAA 3TKGA 2VKMA 7UPJA 1HIHA 2RENA 3EC0A 2AVMA 5P3QA 1EC2A 4Y57A 4F75A 7HVPA 3UQPA 5P63A 3OQDA 2B42A 3MSKA 5P2WA 4KUPA 5OZZA 4DQBA 1MTRA 3SO9A 4GJ8A 2VIJA 4XXSA 4DJWA 3T7QA 5DR4A 1OHRA 3INDA 5TOLA 2P83A 1T3RA 4FLGA 5P72A 5P05A 3PLLA 2AOIA 4LL3A 1MEUA 3Q4BA 5P4GA 5OZMA 5P49A 3LIZA 1EBYA 1FLHA 3WZ6A 4RCFA 3LPIA 3QVCA 2WEBA 5P2VA 3IXOA 2B8LA 1C6YA 5P15A 2QAKA 4FSEA 2OHTA 4TRZA 3EKVA 1APVE 5OZWA 4Y4AA 4B00A 3NU4A 4Z50A 3CMSA 2APRA 1ZLFA 2QK5A 3EXOA 3OQKA 2P3DA 2WF0A 3D3TA 1K6CA 5P46A 4B72A 2P4JA 4Y3LA 1HBVA 2AVOA 1FFIC 3NU6A 4LBTA 4R93A 4B70A 1FQXA 5P5HA 3TL9A 5KQZA 3MXEA 5P30A 1VIJA 5P03A 2WHHA 5AH8A 4J54A 5B18A 2NXMA 1XN3A 3EL4A 2AOEA 5FIVA 1KZKA 4MC1A 4ZSMA 2ZHRA 5P6KA 2JYSA 1LF2A 1EBWA 3H0BA 2Q54A 3IN4A 3ER5E 4FAEA 3URJA 4Z22A 4I0JA 4OBJA 2SAMA 3IVHA 1SDVA 5ER1E 2F3EA 1FQ6A 4RRNA 2H6SA 3PBDA 5KAOA 4J0YA 4J0VA 4RROA 3O9EA 1EBKC 5P0MA 1KJ7A 5P25A 2IKUA 1CPIA 3ST5A 4R5NA 4PZXA 5P5QA 2FLEA 3HVPA 1ER8E 1XL5A 2FNSA 4RZ1A 5OZ5A 1QRPE 5P3NA 3K4VC 4ZIPA 5HCTA 5P1EA 4IVSA 4EWOA 5P6YA 3SPKA 3ZKQA 3TPJA 3OTYA 4LHHA 3SM2A 3PLDA 5P52A 4RCEA 2FIVA 4B1CA 2QZKA 5OZKA 3SLZA 1FFFC 2PH8A 5OZBA 3DV1A 2QD7A 4PYVA 3O9CA 3QIHA 5P8JA 5P29A 5P5CA 2QHCA 3LITA 5DPZA 3WZ7A 1TSQA 5P43A 4K4QA 4CPQA 5OYZA 3WZ8A 1W5VA 5OZRA 4AUCA 4WY6A 3EKQA 4B1EA 3EL9A 2FXDA 3PMUA 3TOHA 4I0HA 4QJ2A 6UPJA 4YHQA 3R2FA 5OYRA 4I0IA 4DPIA 4Y3XA 5P6LA 4DJYA 2I1AA 3VF5A 5ER2E 1BAIA 5P7OA 2HPFA 5COKA 4Y47A 4ZSRA 2VJ7A 3ZOVA 2O4NA 5P0GA 5P6BA 2BKTA 3PWMA 1APUE 5P5IA 2P3AA 3QP0A 2NXLA 4K9HA 5I3XA 3ZPSA 4EJKA 5P6DA 3OGQA 5I3WA 5P8LA 4D89A 5PEPA 1LS5A 4Y3GA 5AHCA 2QI3A 5P0NA 5DQ4A 4DV9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1SIV A;  4YCK A;  2PWR A;  5E5K A;  3O9B A;  1DP5 A;  2QMG A;  1IDA A;  1IBQ A;  5P89 A;  5P4M A;  1BV7 A;  4J0T A;  4S1G A;  6FIV A;  5P6M A;  2AZ8 A;  3SKF A;  1FKN A;  3HLO A;  4GJA A;  3IN3 A;  4DUS A;  1K2C A;  4Y5L A;  4QJ7 A;  2RKG A;  5P73 A;  2Q5K A;  4FRJ A;  2AOJ A;  4YOA A;  4DPF A;  3IGB A;  1GNM A;  4KE0 A;  1E5O E;  3GI4 A;  5P1I A;  1IZI A;  3LIQ A;  4Y4B A;  3VG1 A;  5OZU A;  2I4V A;  3KDB A;  3K5D A;  4HZT A;  3PVK A;  3WB5 A;  2R5Q A;  1SDU A;  1Z1R A;  4YD4 A;  1NPV A;  5P8M A;  5P1V A;  3OU1 A;  4LXA A;  1HTR B;  3DK1 A;  3S45 A;  3G70 A;  4D83 A;  2R9B A;  4YD3 A;  2I4W A;  3Q3T A;  4DJR A;  1FMU A;  1A8G A;  2OHL A;  5P51 A;  5P8S A;  5P7R A;  3N4L A;  2PQZ A;  3QI1 A;  3VLB A;  1MTB A;  3VFB A;  4Y4T A;  4I0G A;  4AMT A;  3ECG A;  4EJL A;  5OZL A;  5P8O A;  3HW1 A;  3OU1 B;  3R4B A;  5P0W A;  1NSO A;  1HVL A;  4Y5A A;  1YT9 A;  2WL0 A;  3PBZ A;  2QMD A;  4Y37 A;  3INH A;  2PSU A;  2NXD A;  5BRY A;  1SGU A;  2PK5 A;  3DCR A;  3EM3 A;  5P1K A;  2VA6 A;  4Y3N A;  4J1C A;  4CPR A;  1AZ5 A;  1OEX A;  5IVR A;  3NDT A;  5P84 A;  2IQG A;  1XS7 D;  1EPR E;  4Y3M A;  2G20 A;  3VSX A;  4I0Z A;  2QHZ A;  2XYF A;  3NXE A;  3OXW A;  5JFU A;  2IS0 A;  3L59 A;  1KJF A;  2VNM A;  2FDE A;  3PSY A;  5P1D A;  3TPR A;  1E80 E;  1QBS A;  1WBK A;  3FSM A;  2QHY A;  3CYX A;  5P60 A;  2ASI A;  1HVJ A;  2ANL A;  2G21 A;  3KFS A;  4U7V A;  2ER9 E;  5P2F A;  2J9K A;  1QS8 A;  5P7L A;  2UPJ A;  4ZSQ A;  3C9X A;  5P5G A;  5P5D A;  3TLH A;  5P57 A;  3QBH A;  3O9D A;  1MUI A;  5P0J A;  5P83 A;  4CPS A;  4NJU A;  3CIB A;  5P1F A;  5P4Q A;  3GI6 A;  5P2N A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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