2WF2A

Human bace-1 in complex with 8-ethyl-n-((1s,2r)-2-hydroxy-3-(((3-(methyloxy)phenyl)methyl)amino)-1-(phenylmethyl)propyl)-1-methyl-3,4,7, 8-tetrahydro-1h,6h-(1,2,5)thiadiazepino(5,4,3-de)quinoxaline-10- carboxamide 2,2-dioxide
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
385
structure length
374
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors Part 2: Optimisation of the Non-Prime Side Substituent.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 374
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf2A02
3URLA 2VA6A 3ZKQA 3OU4A 3N4LA 4QJ9A 3VYFA 5P87A 1DIFA 5P69A 5P54A 3B80A 3SM2A 3BGBA 4QJ7A 5P8EA 4HLAA 5P0LA 4I0ZA 5P3QA 1B5FB 5P0WA 5P0JA 2PK5A 3OK9A 3AUPA 3GI5A 3I6OA 4XX3A 4Y5BA 4Y4GA 4NPTA 5P5QA 1TSUA 3D1ZA 3UPJA 4EJDA 5DGWA 5P3RA 2BJUA 2NMYA 1KJGA 5P7YA 4GJ9A 5P28A 4J1HA 3QBHA 1C70A 4EJ8A 4DQGA 5P6LA 4LP9A 4F74A 3A2OA 5OZLA 1B6LA 3M9FA 3INEA 5P23A 5P33A 5P1QA 3OQ7A 3UHLA 2AVSA 1YM4A 3HLOA 5P41A 3UQRA 2OHKA 2O4LA 4RVJA 5P43A 5DPZA 1FG8C 4RCFA 3SAAA 2PMAA 4FM8A 1HBVA 3QN8A 3SACA 1MVPA 3TOFA 5P08A 5P26A 2ASIA 5P07A 5P2YA 4PEPA 3QAAA 5DQ1A 5I3YA 3OUDA 3VYDA 2P4JA 3O9FA 1PPME 5DR3A 5P3YA 4Y4BA 2G69A 3OADA 3QROA 4Y43A 4KE0A 4Z4XA 5OZOA 1W6HA 3SO9A 3I8WA 5P1NA 1XE6A 5IVTA 5P3WA 3NR6A 2ZHUA 1M43A 5T4SA 4J17A 2AVVA 1SMRA 1SIPA 2PK6A 1ZP8A 5P3XA 2O40A 2VIEA 5P5PA 3VLBA 3ZMGA 3FNTA 5P0QA 5P8UA 5HCTA 1KJHA 4Y3MA 4DJXA 2ZJJA 2JYSA 1YG9A 5P4NA 1IDAA 5JG1A 4K4RA 4BELA 2IL2A 3OY4A 5P5HA 3RTNA 2VS2A 1D4HA 1W5WA 5P8CA 3S43B 3SA4A 1EBKC 3ZKIA 4Z22A 1HSGA 5ISJA 3PWMA 2ZHSA 1BDRA 3PRSA 1G6LA 5P7DA 2J9JB 3KDCA 5P4MA 2IRZA 3Q5HA 4DJOA 2B42A 4X2LA 5P3TA 2V12C 4OD9A 5P04A 4ER4E 3OOZA 1HPXA 5P34A 2FDDA 3T6IA 3ZPSA 1META 5P3IA 2WEZA 3BRAA 1FQ5A 4Y4XA 3CKRA 2QD7A 4FLGA 1HIHA 2FLEA 3IXKA 5P0FA 4Y5EA 5HDXA 5AH6A 1D4SA 3U6AA 5JFUA 3QBFA 3UQXA 1ODYA 3BVAA 3SQFA 4X7IA 1LEEA 5OZ5A 2FNTA 5P5UA 3VV7A 5P0ZA 1E80E 2WL0A 5COKA 5P3UA 1APVE 1J71A 5P8SA 3MSKA 1DPJA 5DR1A 1F34A 2P3AA 3PLLA 4DQBA 5P0CA 2RENA 2WF1A 5P2UA 5P59A 4YDFA 4DJPA 5P7HA 5HD0A 5OZFA 5ENMA 4I0DA 3LPJA 5P6KA 2ZHVA 2ZJNA 4YD4A 3K5FA 5HTZA 5P2OA 4DPIA 3K4VC 3PM4A 1QBTA 5P65A 2QMPA 2RMPA 5P3FA 5P6WA 4BFBA 3ZL7A 3R4BA 1APTE 4F76A 4R95A 5HE7A 3ZKMA 5P6CA 5P12A 4K4QA 2F80A 3MWSA 5OZNA 3MXDA 4B78A 3SABA 4COEA 4D83A 4JP9A 2QHYA 4S1GA 4HVPA 1A9MA 2FS4A 1GVWA 1FF0C 4EYRA 1DP5A 4JECA 4EJLA 2QNNA 5P7WA 1ZBGA 4Y5MA 2NNKA 2NPHA 7HVPA 4M8XA 1AXAA 3URIA 4JPCA 1XN3A 1DAZC 1ZTZA 1LYAA 4RRNA 4Y35A 5P8KA 1W5XA 5P7UA 5P57A 1QDMA 3SM1A 4HE9A 3HVGA 3MSLA 1NH0A 1SDVA 1WKRA 4OC6A 1T7KA 2HC0A 4Y4JA 1QRPE 2O4NA 4YD3A 4GMIA 1SDTA 5P8FA 5DQ5A 3OAGA 3WZ6A 2A4FA 4JPEA 3SA3A 4XXSA 5OYWA 5P44A 3NU3A 5CONA 1FMBA 4Y3RA 9HVPA 1HSIA 5P6SA 4Y3WA 4PZXA 4WTUA 3KDBA 5DQ4A 5P5LA 2ER9E 1APWE 2IS0A 4HDBA 5BWYA 3JVWA 3DK1A 4Y4EA 3EKVA 3NU6A 4GZFA 4Q5MA 2I0AA 4Y48A 2F8GA 3NDWA 1PSOE 4B1DA 5JODA 5P8NA 1FG6C 3OHFA 1K6PA 1LYBA 5P1GA 4NPUA 2QP8A 3KT2A 3R1GB 2Q63A 3IVIA 2XFJA 5P77A 5OZ8A 2VKMA 3LZSA 3PWWA 4K8SA 3U7SA 4KB9A 5P7SA 5SZ9A 2ZJKA 1UH9A 3PCWA 1HIVA 1NSOA 2V16C 5OZ7A 2FGUA 3OQDA 2Q54A 3KMXA 5P0BA 5P5IA 5P1OA 4CPTA 1D4JA 5DR0A 5OZVA 2ER6E 1SP5A 2VNNA 3L38A 4Y5GA 5P1ZA 4CP7A 4LXMA 5P4SA 5SXNA 5P36A 2NXLA 5P3EA 1GVTA 2XFIA 3PSUA 3LIQA 3WB4A 5HVPA 1B5FA 2FIVA 3ZKSA 3D20A 5DR7A 2OHNA 4DJYA 1YT9A 2I1AA 4ZE6A 3NDXA 3G70A 5P6AA 3RU1A 1BV7A 1HVRA 5P2KA 2AODA 1W6IA 4FRJA 5P8AA 2CEMA 2PWCA 2OHMA 5ENKA 3IXOA 2AOJA 3ZPTA 5OZ0A 5ER1E 2Q3KA 4NJSA 5HE5A 4OBHA 3ST5A 3OGQA 2QHZA 2QNPA 4MC2A 2OHPA 2IEOA 5P71A 3OU3A 4ZPGA 3LIYA 1C6YA 1MESA 3PI5A 5P75A 3HZCA 5P1BA 4FRKA 3TL9A 5P8TA 3QPJA 2OHRA 3UFLA 5P3GA 1AZ5A 1LYAB 1W50A 4MC6A 3OXVA 3ZKNA 5P1DA 2WF0A 5OZYA 4Y4TA 5P7MA 4GJ5A 1HPOA 1MT7A 3PJ6A 5P3MA 4MC1A 3QRVA 2I4DA 4Y5LA 1EAGA 1HVKA 2F3FA 5P82A 4GIDA 5P38A 4RZ1A 4Y6MA 3PLDA 5OZ2A 5P2VA 5OZXA 4L7HA 2O4KA 1BDQA 5P4AA 4E43A 5ER2E 4I0IA 5P4VA 3KFPA 1EPQE 2G24A 4YD5A 3K4VA 2QI3A 2NXMA 4J0PA 1LF3A 3R0WA 1HTRB 3MXEA 4Y5KA 4ZLSA 3NU5A 5P2QA 1PROA 5P35A 1MT9A 2A1EA 5P0VA 5P6TA 4Y3SA 2HPEA 5OYTA 3L5DA 4ZIPA 5P40A 5P6HA 2WJOA 3L5BA 1Z8CA 4KE1A 4CPRA 2ZHTA 1IVQA 3K5CA 1EC2A 1NPVA 5JFPA 3QS1A 2AVQA 4YCTA 4Z50A 5P67A 5P2EA 2J9JA 5P52A 3FNSA 2R9BA 4Q1WA 3HAUA 1LV1A 1K6TA 1ENTE 5HDZA 3MSJA 3IAWA 2HAHA 5P48A 4OBKA 4L7JA 2VJ9A 4D8CA 2PH6A 2VIZA 5AHCA 1EBWA 3CMSA 1UH8A 2V00A 6APRE 2QMFA 2QNQA 4UPJA 5P62A 5P7TA 4FCOA 5P1MA 3TNEA 5P1RA 5P0HA 4B05A 1EBYA 1AJVA 1NPAA 4Y57A 4A6BA 3QI1A 2EWYA 3ER5E 3TKGA 4BEKA 1GVVA 4EXGA 1TQFA 5P4WA 1HTGA 3IXJA 3ZPUA 3LHGA 3O99A 4B77A 3WZ8A 3GI0A 3VF3A 6FIVA 1BXOA 1UH7A 5P16A 1PFZA 4QJ6A 1QBUA 4Y4DA 1YX9A 5P0EA 1EC3A 3N3IA 5EZXA 4H1EA 2BB9A 3SKGA 3NUJA 2HS2A 3K5DA 5P5RA 5AH9A 5P29A 1SIVA 1FQ6A 1IZHA 1NPWA 5P2CA 4J1KA 5P2SA 4NKKA 5OZUA 5P1VA 1DW6C 5P6ZA 3G6ZA 1XS7D 5P50A 3LPKA 3VSXA 1QBRA 1PSNA 2FXDA 5OYZA 5P8RA 5P56A 4R5NA 1HEFE 3D91A 1SH9A 3Q3TA 2FGVA 5P1HA 4Y38A 3O9DA 2Q64A 2G1YA 5KOQA 2B7FA 5P6FA 4WY1A 2OHLA 2B7ZA 3PSYA 5P5XA 1APUE 4I10A 1FGCC 2F3KA 4DUSA 1BV9A 1FQ8A 4FIVA 5OYSA 1B11A 5KAOA 4APRE 5P0SA 3L5CA 1F7AA 2AZBA 4GB2A 5P4EA 3CYXA 1GNMA 5P8VA 5P88A 3FX5A 5P58A 5P79A 3EC0A 5P6IA 4Y3PA 4DJWA 4F73A 5AHAA 4ZPEA 5E5JA 4RVXA 2Q5KA 5P3OA 5P5GA 1D4YA 4FM7A 5KR0A 5P7OA 2ZHRA 4U8WA 1XE5A 4H3GA 5P27A 5P4UA 1B6JA 1D4LA 2SAMA 3INFA 1W5YA 3UDHA 5P6BA 5P3JA 5P2BA 4EQJA 3O9CA 3S2OA 4RYGA 1EPME 5COOA 1YTGA 3OU1B 5P6EA 3VLAA 1D4KA 2QCIA 1T6GA 2UY0A 5P60A 2PSVA 5P32A 5P1KA 2HM1A 5P5JA 4OBZA 1E81E 5P0XA 5P2JA 2O4SA 5P80A 2O4PA 2UPJA 5P5VA 1BWAA 5P42A 3IN3A 4Y9WA 1ZPKA 4FSEA 5P1CA 1HVJA 3DJKA 3UDRA 1YM2A 1FEJC 2ZYEA 4XKXA 5P5OA 1CMSA 3VV6A 3WZ7A 5P4GA 2G1OA 5P3HA 1IDBA 4I0HA 2QZWA 4FAFA 5OYUA 3PBDA 3SA8A 2IKOA 2APRA 3WB5A 1VIKA 5P73A 4Y36A 3TOHA 2AZ8A 3UQUA 4CPUA 5P6PA 4FSLA 4GJ6A 2WHHA 1FQXA 5HU1A 2I0DA 3NYGA 1E82E 1GKTA 4RRSA 2RSPA 1FKNA 5OZAA 3G72A 3PSGA 4L7GA 2ZJIA 5P17A 4Q1NA 3UQWA 4ER1E 5P01A 1EPLE 3K5GA 4DJQA 2I4WA 4TVHA 3RTMA 1PPKE 5P4KA 1KJFA 2QZKA 3D3TA 3KT5A 5P0AA 5P30A 4TRWA 3EM3A 2HIZA 4Y37A 1ODXA 1IZEA 2AZ9A 4PPHA 3GGUA 1OHRA 1MTRA 3UF3A 5P2FA 1HRNA 3DOXA 2ZE1A 2AVOA 1K6CA 2I4XA 5P1LA 1HVHA 3LINA 4BFDA 2QZLA 5P2AA 3ZLQA 4Y3DA 3DV5A 2H6TA 1T7IA 3JW2A 4DFGA 5P7IA 3FKTA 1EPPE 5P5EA 5P83A 4YE3A 1AVFA 3NLSA 4Y4ZA 4Y5AA 3S56A 4DV9A 1ZSRA 2J9KA 5P7EA 1XL2A 4L1AA 5OZKA 1N49A 1ZPAA 2XYFA 2PQZA 5P8PA 3TPPA 3S7LA 2BPYA 4Q1XA 1HWRA 5P3KA 5P2ZA 4LAPA 5P6NA 1ME6A 4YA8A 3VSWA 2Q11A 3OOTA 5P0TA 3EL0A 3GI4A 3GGVA 4QJAA 2IDWA 3NXNA 1M0BA 5P5NA 1ZAPA 3HAWA 3O9EA 4CMSA 1MRXA 5P55A 5P31A 5IVRA 4Y3YA 4Y39A 5OZ3A 1FMUA 3ZOVA 2WF4A 2VJ7A 4U7QA 3LZUA 1BDLA 1GVXA 4DH6A 1SGUA 3PMYA 1OD1A 5P0UA 2I4QA 2VA5A 4OBZB 1Z1RA 5P09A 3OGPA 5P84A 3U71A 3EL4A 4R93A 1LS5A 5PEPA 4AUCA 4YBIA 3FNUA 3QRMA 4R92A 5P4XA 4Y3JA 5P8IA 4RGHA 1AAQA 5P4IA 5P02A 4FAEA 4HEGA 5DR8A 2AOIA 5P2NA 2AOEA 3OUAA 2VIJA 1FIVA 5P4PA 1BAIA 5P3BA 2B60A 1W5VA 5P5WA 4U7VA 4RVIA 4YOBA 5P85A 2AOHA 1TCXA 1JLDA 5P4TA 4Y3QA 4I0FA 4Y41A 3SPKA 3FV3A 2IKUA 1BWBA 1M4HA 4Y3XA 4PHVA 3EL5A 3NXEA 3LZYA 4ZSRA 1HEGE 5P47A 5P63A 5P2RA 4APEA 2QMGA 2HB3A 3T3CA 1MPPA 3NDUA 3R2FA 1MTBA 3T11A 5OZ6A 1OEXA 3QP0A 3VV8A 4Y5CA 1A30A 2G94A 4ZPFA 2AVMA 4MC9A 3LZVA 3HVPA 3ER3E 4YHQA 2R5PA 5P45A 2BQVA 3NSHA 2IGYA 4YD6A 5P4QA 4EWOA 3R0YA 5I3WA 1MRWA 5P49A 4I0JA 2FMBA 3LIZA 5P06A 5J25A 5P61A 2FDPA 5P6GA 3VYEA 3BXRA 5P1PA 3Q4BA 5IE1A 3INHA 1KJ4A 4J0TA 1AJXA 4PZWA 2AOFA 4KUPA 4NJUA 3S54A 3LITA 2R38A 1WBMA 5IVSA 3I25A 1HIIA 5KQXA 2G1SA 1U8GA 4L1AB 4Y4AA 3UFNA 1FQ7A 3UDJA 5OZRA 1YTHA 3O9BA 2HS1A 2P83A 3PMUA 5P37A 5P72A 3NWXA 1YTJA 3PI0A 1A8GA 3VFAA 1YTIA 1Q9PA 3OUBA 3OTYA 2ZJMA 5C9DA 3GGAA 2JXRA 3JVYA 5OYVA 2IENA 2WEBA 5P1TA 3SA9A 4LC7A 3URJA 5P4OA 5P53A 4J1EA 1LYWB 4AA9A 2HB2A 1G0VA 1BBSA 1IZIA 3RSVA 4J0YA 2BBBA 1G2KA 2F3EA 5P4HA 2VA7A 1K2BA 4YDGA 2QU3A 3HD8A 3OUCA 4B70A 4FE6A 3ECGA 5P3CA 5P8DA 2AOGA 5P6DA 2XFKA 2G27A 3LNKA 2AQUA 1RL8A 4EPJA 3C9XA 3SFCA 5P14A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3URL A;  2VA6 A;  3ZKQ A;  3OU4 A;  3N4L A;  4QJ9 A;  3VYF A;  5P87 A;  1DIF A;  5P69 A;  5P54 A;  3B80 A;  3SM2 A;  3BGB A;  4QJ7 A;  5P8E A;  4HLA A;  5P0L A;  4I0Z A;  5P3Q A;  1B5F B;  5P0W A;  5P0J A;  2PK5 A;  3OK9 A;  3AUP A;  3GI5 A;  3I6O A;  4XX3 A;  4Y5B A;  4Y4G A;  4NPT A;  5P5Q A;  1TSU A;  3D1Z A;  3UPJ A;  4EJD A;  5DGW A;  5P3R A;  2BJU A;  2NMY A;  1KJG A;  5P7Y A;  4GJ9 A;  5P28 A;  4J1H A;  3QBH A;  1C70 A;  4EJ8 A;  4DQG A;  5P6L A;  4LP9 A;  4F74 A;  3A2O A;  5OZL A;  1B6L A;  3M9F A;  3INE A;  5P23 A;  5P33 A;  5P1Q A;  3OQ7 A;  3UHL A;  2AVS A;  1YM4 A;  3HLO A;  5P41 A;  3UQR A;  2OHK A;  2O4L A;  4RVJ A;  5P43 A;  5DPZ A;  1FG8 C;  4RCF A;  3SAA A;  2PMA A;  4FM8 A;  1HBV A;  3QN8 A;  3SAC A;  1MVP A;  3TOF A;  5P08 A;  5P26 A;  2ASI A;  5P07 A;  5P2Y A;  4PEP A;  3QAA A;  5DQ1 A;  5I3Y A;  3OUD A;  3VYD A;  2P4J A;  3O9F A;  1PPM E;  5DR3 A;  5P3Y A;  4Y4B A;  2G69 A;  3OAD A;  3QRO A;  4Y43 A;  4KE0 A;  4Z4X A;  5OZO A;  1W6H A;  3SO9 A;  3I8W A;  5P1N A;  1XE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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