2WF4A

Human bace-1 in complex with 6-ethyl-1-methyl-n-((1s)-2-oxo-1-(phenylmethyl)-3-(tetrahydro-2h-pyran-4-ylamino)propyl)-1,3,4,6- tetrahydro(1,2)thiazepino(5,4,3-cd)indole-8-carboxamide 2,2-dioxide
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Second Generation of Bace-1 Inhibitors Part 3: Towards Non Hydroxyethylamine Transition State Mimetics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wf4A02
3SKGA 1D4KA 4KE1A 3VFAA 2NMYA 1W6HA 3OUBA 3OU1B 3G6ZA 1TSUA 1MTBA 1YTIA 4CPUA 2QMFA 1HIIA 4RCFA 5P6ZA 4J1KA 4J1FA 2QP8A 3TPJA 2UXZA 2QCIA 1GNMA 5P66A 3OQDA 5JFUA 4FM6A 2CEJA 3KMYA 4HEGA 4I0HA 4Y57A 5E5JA 4Y3ZA 3VYFA 5KQZA 5P74A 3NU3A 4OBDA 1BDRA 2RMPA 1T7JA 3O9FA 1GVXA 1LYWB 3KMXA 1DMPA 4Y3HA 4Y3LA 5P0CA 4PZWA 5OZKA 3RTMA 4JOOA 2QNNA 5DQ4A 3HBOA 5OZJA 4Y53A 3PRSA 5P3PA 1KJ7A 1W6IA 4YCYA 5P7GA 5P2EA 2WF1A 1HEGE 5OYSA 5P4SA 1D4IA 5OYZA 3S8IA 3LPIA 4L6BA 1BDQA 4RRNA 4S1GA 5P40A 4Y3PA 3SA7A 4FLGA 1J71A 2IKOA 1PPLE 5P43A 2Q64A 3KA2A 7UPJA 3IN3A 4R95A 5OZ8A 4Y3EA 4OBJA 1APUE 5P7UA 2QI6A 3ZL7A 5P8VA 4FIVA 4AA9A 2QI0A 1ZAPA 5IVQA 1DIFA 1XL2A 4I0EA 4RGHA 3UFLA 4GIDA 3HD8A 2ER7E 1LZQA 2VKMA 4F75A 5P4PA 4H3JA 3NDTA 4H1EA 5P7XA 2PSVA 3OOZA 2WF4A 1K6TA 1D4HA 1N49A 3K1WA 4Y5NA 4Y3MA 2BKTA 5P8LA 5P5IA 5OZUA 2BQVA 4XXSA 4Q1NA 5P8MA 4D89A 5P59A 5TOLA 3TTPA 3NR6A 4CPXA 2O40A 2XYFA 3VF7A 1EBYA 3N4LA 3PI0A 1FIVA 1XE5A 3INHA 3BRAA 5P4WA 5P1UA 5P3XA 4J0YA 4ER2E 2P3BB 3EMYA 4LL3A 1HTRB 4Y50A 1NPVA 3PGIA 5HU0A 5P1EA 4RRSA 5OZ9A 5P79A 2F80A 3PJ6A 4IVSA 3DM6A 2FGUA 1HRNA 5IVSA 1MRXA 3NUOA 2CEMA 4OBZB 3BGCA 3JVWA 5P7LA 1ZTZA 2NNPA 5P5PA 3BUHA 5P77A 3SLZA 3SA5A 2FXDA 3UPJA 1D4LA 4QGIA 4YHQA 5P5QA 4QLHA 3R0WA 3EL9A 1FB7A 3PB5A 4L1AA 5P38A 4NPTA 3ZKNA 5P35A 3ZKGA 1PPKE 1SMEA 4WTUA 1MEUA 2R5QA 2VA6A 4J0ZA 2OHKA 4FSEA 4CPSA 4APRE 4D83A 2FDEA 2HB2A 5P3BA 5P7KA 5OZZA 3UDJA 4DQHA 2IRZA 3EC0A 3WZ8A 4ZLSA 4EJLA 4B0QA 3QROA 3OXVA 1APVE 5P5HA 4EPJA 3T7PA 1MT8A 4ZSRA 1ZSRA 5OZMA 4LXKA 5P1BA 3ECGA 2F81A 1RPIA 4DJOA 5P06A 1SDVA 5BWYA 1A94A 5P3GA 1YM4A 3JW2A 2ASIA 1EC1A 1ODXA 1MUIA 4CPTA 4GJCA 5OZLA 3O9HA 3NDWA 1XN3A 1SDUA 1KJFA 2AZCA 5HU1A 2QMDA 3HLOA 2HB3A 5P8NA 2B7ZA 4B1CA 3UDPA 3N3IA 3O9CA 5P55A 1ZLFA 3LHGA 5P7VA 3QVCA 2Q63A 2Q54A 5P72A 4OBFA 3AIDA 5P3YA 5P5WA 1GNOA 3OXXA 1A30A 2AIDA 5P4LA 5P7QA 4ZPGA 1XE6A 1SP5A 4Y4UA 3UTLA 5P8UA 4EJDA 5P5SA 3QIHA 4J1CA 2AVOA 5OYVA 3FV3A 5P5YA 3CYWA 5P8TA 1QBTA 4EJ8A 3OY4A 2ER9E 3QBHA 3OTYA 3OQFA 5P49A 5P6EA 5P10A 1EBWA 1EPLE 1DPJA 5P4UA 4JP9A 5P1MA 4DJQA 5DGUA 4K8SA 1ZPAA 4J5JA 4EXHA 5P6CA 3OTSA 4NJVA 2V11C 5P3QA 5P5NA 3R1GB 5P6SA 5P24A 3C9XA 5HCOA 1U8GA 5OYTA 5P3EA 1T3RA 5P36A 3RSVA 1ZBGA 5OZWA 3ZKIA 2QD7A 5P2KA 4DJPA 2IGYA 1TSQA 3VLBA 4OBKA 3FIVA 2BJUA 3GGVA 1AAQA 5P6BA 4K4RA 1FQ4A 3QPJA 4FRJA 5OYWA 2I4UA 1WBMA 1A8GA 4A6BA 1GVWA 4AUCA 5JG1A 5P2GA 5P1OA 3TH9A 5P8HA 5IS4A 5P4RA 5OZ7A 4DJRA 3IGBA 3CKRA 2NR6A 3GI0A 3K5FA 5P7EA 4RVJA 3GGUA 5P2AA 2A1EA 3LZYA 1QS8A 3VUCA 1F34A 4BFDA 3S2OA 1F7AA 3LIVA 5P08A 3QRVA 4IVTA 3PI5A 3B7VA 5P8OA 5P6FA 4J1EA 5P42A 2ER6E 4GJ7A 5P1VA 3S54A 1EBZA 5OZHA 3HAWA 3TPLA 4PZXA 2QNQA 4YOAA 3ZLQA 1B6JA 1C6XA 4Y3DA 3G70A 4Y51A 5AH7A 3O99A 4H3IA 4GB2A 3SO9A 2B8VA 1BXQA 1BV7A 5P88A 5P0MA 4F76A 2QI3A 4Y3JA 5OZNA 4OD9B 5FIVA 3DK1A 3KDCA 3KN0A 5P16A 5P25A 1GVVA 4K4PA 4K4QA 2OHQA 5P5XA 3LPKA 5IVTA 4B05A 2NPHA 4FGXA 1B11A 3PWWA 4EQJA 2OHPA 2OHLA 1HXWA 3U71A 5P3LA 2Q3KA 5P0TA 5DR3A 4HDBA 4TVGA 3LZSA 5P60A 5P34A 2HB4A 3HDKA 5P48A 3OQAA 4Y44A 2Q5KA 5P6JA 5P3OA 5P5JA 4WY1A 3QRSA 3LIXA 5P6RA 2PQZA 1GKTA 5KQYA 4PHVA 2WJOA 4PEPA 4PPHA 5P5VA 4I8WA 5P1FA 5P1IA 4GMIA 1G35A 5P3MA 1K6VA 2QZKA 4WY6A 4EJKA 2VJ6A 1C6ZA 3NUJA 5P41A 3R4BA 3VG1A 3PSUA 5P0ZA 5P5ZA 1KJHA 1G2KA 2QMPA 4ZPFA 3IXKA 1C6YA 4M8YA 1QDMA 4JECA 3S85A 5OYQA 2FIVA 3Q3TA 4Q1XA 5P8AA 4Y48A 5P3WA 4HVPA 4E43A 2R9BA 3QS1A 1IZDA 2V00A 5P70A 5P6XA 5P0SA 2V0ZC 5OZOA 2QK5A 4AA8A 3IXOA 1MERA 3OXWA 3UQPA 5P8JA 5P6LA 3DCKA 3WB5A 3PMUA 1SIPA 2NMZA 3VF3A 1LYBB 3LITA 3SA8A 3T7QA 3CKTA 2F3FA 3PBZA 4LXMA 4HLAA 1UH8A 1E80E 3BUGA 2G24A 3NWXA 5P20A 4DJUA 1LV1A 4ZSPA 1MT9A 3OAGB 3G72A 5KQXA 1M43A 2P3DA 4KE0A 4YD4A 5P85A 5P39A 3LIQA 2XFIA 1IIQA 2FNSA 3INEA 4NJSA 4U8WA 5P01A 2QD6A 5P86A 2IQGA 5P8RA 1B6PA 2QI4A 2HC0A 2J9JB 1B6KA 2VIZA 3UDKA 1LYAB 2IENA 3JVYA 5P0LA 3B80A 7HVPA 3IXJA 3NU4A 5P75A 5KR8A 1E5OE 4HDFA 1T7IA 4Y3TA 3TLHA 2PK6A 3D1ZA 1K2CA 4Y5MA 1W5YA 1TZSA 3DJKA 4ZIPA 2G20A 5P4TA 2PWRA 4L7GA 1HSGA 2ZJJA 4RYCA 2ZHSA 2V12C 5P7BA 5P3DA 2QMGA 2PH8A 5P5AA 1A9MA 5P3ZA 3INDA 3O9DA 4GJ8A 4TRZA 4Y4AA 1FMUA 1SH9A 2IKUA 5OZRA 1M4HA 3SPKA 4B1DA 2VA7A 3L5CA 5OZTA 5P0KA 3PSYA 2V16C 1CMSA 1VIJA 4Y5PA 5OZXA 3PM4A 1ENTE 3QBFA 1MIQA 5OZ5A 2PMAA 2ZJHA 1CZIE 2APRA 4NPUA 5OZQA 4FSLA 5P52A 1YX9A 2JXRA 5P80A 2PYMA 4U7VA 1BBSA 3L5EA 3O9LA 1BWBA 3EKXA 4J55A 5P0YA 3TNEA 1RQ9A 5P2LA 5P3VA 4DH6A 1B6MA 4YE3A 4DJYA 3VV8A 3SM1A 3NXNA 5P1JA 1EAGA 1MTRA 5P0VA 3GW5A 5P6NA 3SQFA 5KR1A 5PEPA 3OGPA 3EBZA 5P6HA 3QP0A 1FQ8A 1MSNA 5J25A 1YTHA 4U7QA 1G0VA 3LIYA 5P47A 5P4XA 2O4KA 2P3CA 5P3CA 4Y5GA 5P4KA 2WEBA 5OZIA 1FFIC 3OWNA 3BC4A 4YDFA 3AUPA 5P2IA 4Y4XA 3RTHA 5I3XA 4Y54A 1K2BA 4FL8A 5P50A 4Y3XA 5COOA 5DGWA 2I0DA 1UH9A 4DUSA 5HE7A 5P5GA 1QBUA 2P8HA 1ME6A 4RVXA 2G1NA 2QD8A 1HVKA 1YG9A 3OXCA 3SACA 5ER1E 1W50A 5EZZA 3VLAA 1B5FA 4EXGA 2ZHUA 1FKNA 5DQ5A 4Y35A 5P3IA 2ZHVA 5DR7A 5P5LA 3I6OA 2V13A 1CPIA 4L7HA 5P5RA 2IEOA 5BS4A 5KR2A 3CICA 2WF2A 2H6TA 4YCTA 3K5GA 3OUDB 2ZJMA 2R5PA 5SY3A 2QZLA 5AGZA 3TOGA 4DQBA 4Z4XA 4Y4BA 3VV6A 2I4DA 1SIVA 2AZ8A 4KB9A 5P1YA 3WSJA 1E82E 3PLDA 2FXEA 3FX5A 5P8GA 3APRE 3UDQA 3NSHA 3GGXA 4Y36A 1OEXA 5OZ4A 1T6GA 3FNTA 4YBFA 5P54A 5P51A 3KYRA 3OHHA 3CKPA 4B00A 1YM2A 1SGUA 3UFNA 1HPOA 5P62A 3EKTA 3D91A 1IZEA 3I7EA 5P65A 3BXSA 5P71A 4DFGA 4KUPA 2NNKA 3UQXA 4A6CA 5P4EA 5P68A 2F3EA 5P8EA 3BGBA 4R8YA 5OZDA 2AVMA 4ER4E 1Z8CA 5P27A 2JYSA 2PSGA 2HIZA 4I1CA 3IVIA 5APRE 1HVCA 4Q1WA 4DPFA 1Z1HA 4RCEA 4YA8A 5P3SA 3EM3A 5P09A 3RSXA 5P45A 5P0HA 5P61A 5I3YA 1IDAA 2IS0A 2WF3A 3TKWA 4DJVA 3EL0A 1ZJ7A 3I25A 5P0GA 2ZJIA 5P6KA 2OHSA 3ZKQA 4RCDA 2QHYA 3DCRA 5I3WA 1XN2A 5P2TA 5P0FA 4J0VA 1LF4A 3Q4BA 1QBRA 4I0GA 4CP7A 2Q15A 1FQ5A 5P7JA 4J1HA 5P44A 4D8CA 3HW1A 3OADA 4I10A 5IE1A 3S43A 3OU3A 5P15A 5P4IA 5P4DA 3LZUA 3ZKSA 1IZHA 4GZFA 5P2JA 3KFNA 5P0OA 4I0IA 2QU3A 6FIVA 4H3GA 5P87A 5P05A 1JLDA 4I12A 3HVGA 2XYEA 3NDXA 2FNTA 5P1HA 5I70A 2IL2A 5P7NA 5P8CA 5P00A 5DQ1A 3EXOA 4F74A 5P33A 3GI4A 1NPWA 2BPYA 5P57A 4BEKA 2ANLA 5OZBA 3EL1A 5HTZA 5P3JA 4UPJA 5ENMA 2QI7A 5P2OA 3CMSA 5P0JA 5P5DA 3OK9A 1IBQA 3ZPUA 4RROA 5P17A 4B72A 3L3AA 1FQ7A 1MRWA 1ZSFA 1EPPE 3OU1A 2G21A 4Y38A 4GYEA 5HDZA 4YD5A 4XX4A 3UDHA 4DJWA 2ZJNA 5OZAA 2NXDA 1DAZC 2WHHA 5JODA 1EPNE 5P5BA 3UHLA 5C9BA 5P5EA 3I2LA 1SBGA 5P0RA 5P46A 3K4VC 1FQXA 3DUYA 3FNUA 5OZPA 1LYWA 4J0TA 4Z2ZA 5AH8A 1GVTA 4RLDA 1FMXA 4M8XA 2R43A 5P6WA 5P22A 4QJAA 2ZHRA 4LC7A 5OZYA 4HA5A 5AHAA 1SGZA 4JPEA 3ER5E 4X2LA 4I11A 1AM5A 5HD0A 3L5BA 2PSUA 5P1XA 5P6IA 3T3CA 2G1OA 1BXOA 5BRYA 4OBHA 1B6LA 5P2UA 3R0YA 2Q55A 3MSJA 5P4JA 2AZBA 4DQCA 2RSPA 5P0UA 5ENKA 2AOCA 3MSLA 3SA4A 5P56A 1K6CA 3OUAA 5P1QA 9HVPA 3ST5A 3BUFA 3NDUA 2VIEA 4QJ9A 1W51A 3RTNA 5KR0A 3S7MA 2RKFA 1HVHA 1HVIA 4Q1YA 5KQFA 3MSKA 3UDYA 2HS1A 1BVGA 1HPXA 2OHUA 2QZWA 1HHPA 3S56A 5P7SA 5P4QA 3K5CA 1ZP8A 5P76A 4FAFA 5OZFA 1PFZA 3VSWA 5CONA 5C9FA 5P4ZA 5P26A 3U7SA 1HTGA 3RU1A 2F3KA 4YD6A 2QAKA 1PPME 3QN8A 5P4BA 3SABA 3URJA 3OOTA 3SA6A 3MXDA 3LZVA 5P1CA 3URIA 3Q70A 1ER8E 3EKVA 4LHHA 5P7IA 5P4YA 4RVIA 5P7WA 3FSMA 5E5KA 3ZPTA 3SA3A 3UDMA 1PSAA 1BIMA 1WKRA 1HOSA 3D1YA 5P1GA 1BDLA 5P0NA 4I8ZA 5P8SA 5P3TA 2VIYA 3VEUA 5P30A 3WB4A 3UQWA 5P7DA 2AVQA 4FM8A 3EKQA 4L1AB 3T11A 2NXMA 1HVLA 3BHEA 3T7XA 4OBZA 4ZEAA 5P7YA 4ER1E 1OHRA 1AZ5A 5ISJA 4LBTA 3UF3A 4D88A 2BPZA 5AH9A 5P7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SKG A;  1D4K A;  4KE1 A;  3VFA A;  2NMY A;  1W6H A;  3OUB A;  3OU1 B;  3G6Z A;  1TSU A;  1MTB A;  1YTI A;  4CPU A;  2QMF A;  1HII A;  4RCF A;  5P6Z A;  4J1K A;  4J1F A;  2QP8 A;  3TPJ A;  2UXZ A;  2QCI A;  1GNM A;  5P66 A;  3OQD A;  5JFU A;  4FM6 A;  2CEJ A;  3KMY A;  4HEG A;  4I0H A;  4Y57 A;  5E5J A;  4Y3Z A;  3VYF A;  5KQZ A;  5P74 A;  3NU3 A;  4OBD A;  1BDR A;  2RMP A;  1T7J A;  3O9F A;  1GVX A;  1LYW B;  3KMX A;  1DMP A;  4Y3H A;  4Y3L A;  5P0C A;  4PZW A;  5OZK A;  3RTM A;  4JOO A;  2QNN A;  5DQ4 A;  3HBO A;  5OZJ A;  4Y53 A;  3PRS A;  5P3P A;  1KJ7 A;  1W6I A;  4YCY A;  5P7G A;  5P2E A;  2WF1 A;  1HEG E;  5OYS A;  5P4S A;  1D4I A;  5OYZ A;  3S8I A;  3LPI A;  4L6B A;  1BDQ A;  4RRN A;  4S1G A;  5P40 A;  4Y3P A;  3SA7 A;  4FLG A;  1J71 A;  2IKO A;  1PPL E;  5P43 A;  2Q64 A;  3KA2 A;  7UPJ A;  3IN3 A;  4R95 A;  5OZ8 A;  4Y3E A;  4OBJ A;  1APU E;  5P7U A;  2QI6 A;  3ZL7 A;  5P8V A;  4FIV A;  4AA9 A;  2QI0 A;  1ZAP A;  5IVQ A;  1DIF A;  1XL2 A;  4I0E A;  4RGH A;  3UFL A;  4GID A;  3HD8 A;  2ER7 E;  1LZQ A;  2VKM A;  4F75 A;  5P4P A;  4H3J A;  3NDT A;  4H1E A;  5P7X A;  2PSV A;  3OOZ A;  2WF4 A;  1K6T A;  1D4H A;  1N49 A;  3K1W A;  4Y5N A;  4Y3M A;  2BKT A;  5P8L A;  5P5I A;  5OZU A;  2BQV A;  4XXS A;  4Q1N A;  5P8M A;  4D89 A;  5P59 A;  5TOL A;  3TTP A;  3NR6 A;  4CPX A;  2O40 A;  2XYF A;  3VF7 A;  1EBY A;  3N4L A;  3PI0 A;  1FIV A;  1XE5 A;  3INH A;  3BRA A;  5P4W A;  5P1U A;  5P3X A;  4J0Y A;  4ER2 E;  2P3B B;  3EMY A;  4LL3 A;  1HTR B;  4Y50 A;  1NPV A;  3PGI A;  5HU0 A;  5P1E A;  4RRS A;  5OZ9 A;  5P79 A;  2F80 A;  3PJ6 A;  4IVS A;  3DM6 A;  2FGU A;  1HRN A;  5IVS A;  1MRX A;  3NUO A;  2CEM A;  4OBZ B;  3BGC A;  3JVW A;  5P7L A;  1ZTZ A;  2NNP A;  5P5P A;  3BUH A;  5P77 A;  3SLZ A;  3SA5 A;  2FXD A;  3UPJ A;  1D4L A;  4QGI A;  4YHQ A;  5P5Q A;  4QLH A;  3R0W A;  3EL9 A;  1FB7 A;  3PB5 A;  4L1A A;  5P38 A;  4NPT A;  3ZKN A;  5P35 A;  3ZKG A;  1PPK E;  1SME A;  4WTU A;  1MEU A;  2R5Q A;  2VA6 A;  4J0Z A;  2OHK A;  4FSE A;  4CPS A;  4APR E;  4D83 A;  2FDE A;  2HB2 A;  5P3B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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