2WJOA

Human bace (beta secretase) in complex with cyclohexanecarboxylic acid (2-(2-am ino-6-phenoxy-4h-quinazolin-3-yl)-2 -cyclohexyl-ethyl)- amide
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
389
structure length
380
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGALASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNIP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Molecular Shape and Medicinal Chemistry: A Perspective.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 380
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2009-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wjoA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wjoA02
2ER0E 5P1JA 4YDGA 4ZSQA 3NSHA 3R4BA 2QCIA 3K4VA 4DPFA 3S8IA 2SAMA 3NU6A 5P78A 4EWOA 2OHQA 5B18A 4HLAA 3URLA 4J0VA 3BRAA 1XS7D 3WZ6A 5P7VA 5P7LA 3NXEA 1A8GA 4FS4A 3SM2A 5P1QA 5P0KA 1ME6A 5OZZA 3NDWA 1DW6C 2WHHA 4K9HA 5P4BA 5P59A 5P5SA 4KE0A 4OC6A 1EPNE 2BJUA 3EKXA 1FMUA 5P22A 2ZJMA 2UXZA 3QVIA 3OXXA 3NDUA 3PSGA 4JPCA 5P8SA 5OZ2A 4Y3LA 3QPJA 2F8GA 3ZKQA 4U7VA 2WJOA 2HB3A 3OQ7A 5OYXA 2QU3A 5P6HA 1B5FB 3UDPA 3T7PA 1VIKA 1BDLA 1ZSFA 2OHRA 5FIVA 5P4GA 5OYZA 3HAWA 2XFIA 3NDXA 1K1UA 3RVIA 2FDDA 4MC2A 3KFSA 5OZSA 3TPPA 2HM1A 3QIHA 4NPUA 2I0AA 5P7AA 3WZ8A 5OZUA 5P1XA 5P25A 5P06A 1BDRA 1ZTZA 6UPJA 2QMPA 4CPSA 5P3DA 3SA4A 5P6DA 5OZEA 2P3BB 2RENA 5IVRA 4YCYA 3OXVA 5DQ4A 3D20A 2AVSA 2JJJA 8HVPA 4J17A 4R92A 2FGUA 3HDKA 3PLDA 3OU1B 5P0WA 3NUOA 3OQDA 3SACA 4I0HA 4DFGA 5IVQA 5P1RA 5P7TA 3C9XA 3GGUA 4Y5BA 4ZPGA 5P0YA 1K6TA 3EM4A 5DQ2A 3O9FA 5P3IA 3KFPA 3OADA 5P0OA 4J0ZA 5P1GA 5P8OA 5P4WA 1ZPKA 3INFA 2BPYA 2ANLA 1TZSA 5ISJA 2Z4OA 4Z2ZA 4FSEA 2XFJA 2G69A 2FMBA 3WB5A 5P82A 1D4SA 5UPJA 1T6EX 3LZYA 3OUDB 5TOLA 3GI0A 2I1AA 2BPWA 1MSNA 5P3AA 2WEAA 1YM2A 2B60A 3OXCA 1ZSRA 3TPLA 1SDVA 4J5JA 5COOA 3U71A 4B72A 5HVPA 3NU4A 3VF5A 5P2GA 5P4UA 1CZIE 3PCZA 2WF1A 5P3CA 5P3EA 2QMDA 4LAPA 4Y3YA 2RSPA 1FIVA 1T6GA 1NH0A 1KJ7A 1A9MA 3FV3A 3MSLA 3BUFA 5P2AA 7UPJA 4Y4ZA 1OHRA 1XDHA 1MPPA 5P2XA 5P7DA 1HPSA 4YHQA 2FIVA 3SKGA 2NNPA 1EPME 1EPQE 5COPA 3PJ6A 2P8HA 3IXKA 2BPXA 5P3LA 5P72A 5P0QA 3G6ZA 4DPIA 5OYTA 5HD0A 1BV7A 1EBWA 5P8EA 5P0PA 1C70A 1ZLFA 2I4WA 4CPUA 3K4VC 2BQVA 3IN4A 2QHCA 4TRYA 2G22A 5P67A 4LXAA 4GJ6A 4MC6A 3Q6YA 5IS4A 3PHVA 4ZSPA 3PRSA 3UDKA 3AIDA 5P8JA 5BRYA 5P58A 3QP0A 5P8HA 2PH6A 4FIVA 3VYEA 2VJ9A 5P30A 3B80A 1RV7A 3GGVA 5P4ZA 2G26A 1B6LA 1HEFE 3G72A 5P52A 1SIVA 5P02A 5P79A 3OWNA 5P71A 1IZDA 3KN0A 3UDHA 5OZFA 5P28A 1B6JA 3DJKA 2WECA 4RYCA 4EHCA 3L5DA 4DJRA 4FLGA 5OYUA 5DQ5A 2RMPA 3LNKA 4Y53A 5P2JA 1HWRA 5P43A 3OUCA 5ENKA 3MSKA 5P09A 5P04A 1BV9A 4QJ2A 4GJ7A 2NMZA 4PZWA 3RU1A 5P8KA 5P3HA 5SY3A 4WY6A 2AVQA 1LYBA 1HTEA 2QHYA 1RQ9A 4B0QA 2G24A 5OZ3A 4I10A 5P8LA 4AA9A 5KOSA 5P49A 5P3FA 3RTNA 1KZKA 4Z4XA 1OEWA 2ZJNA 3SQFA 3INDA 4QJ9A 5P7RA 1GNNA 3S7LA 5P4XA 5P2DA 3IA9A 5P0DA 5OZAA 3KDDA 4RVJA 3PB5A 2VA6A 5P3PA 5P3XA 3UQRA 4Y4EA 4FCOA 5P1KA 5P56A 1B6KA 5P0ZA 4Y4BA 3UQXA 5P10A 4J0YA 5P6BA 4FE6A 2F3EA 3KA2A 5P2BA 4EJ8A 5P0MA 4M8XA 4AA8A 5P8FA 5HDUA 4B78A 2FNSA 5DPZA 3RTHA 5P1UA 3PCWA 1A94A 5P0FA 3OK9A 2BB9A 3INEA 2P3DA 4WTUA 2O4PA 2IKOA 2OHKA 1GVTA 2AOFA 3UPJA 3ZPUA 4A6CA 3WB4A 3BGBA 5P8IA 5P3JA 3SA7A 4FRJA 5P3NA 2QD6A 4QJ7A 3VSWA 5P0BA 2R3TA 3DUYA 2G94A 1EPOE 1LYAA 5P57A 5P8AA 4DVFA 4EP2A 5P4AA 5HDVA 3CMSA 4OBHA 4PEPA 4TVGA 5P08A 1M0BA 3ZKXA 5P1ZA 1IVQA 2B8LA 4HA5A 1LYWB 4DJYA 3RTMA 4EJKA 1EC2A 1MT7A 5P5LA 3S85A 3NWQA 3LIZA 2OF0A 1QDMA 2HB2A 3MWSA 5P7ZA 1FLHA 3FKTA 3OY4A 3LZSA 3VSXA 3G70A 2MIPA 3S43A 3TPRA 3TPJA 2IEOA 5AH8A 2FXDA 3NDTA 5P19A 3TKGA 4Y3WA 3SA5A 1JLDA 2R9BA 4XX4A 5AHCA 3OOTA 5P5WA 4L1AA 4L7JA 4LP9A 4B05A 1HTGA 1HVKA 3DK1A 1HRNA 5OZTA 1AZ5A 4FRSA 1META 5P8QA 4J1KA 1XL2A 3R0WA 5P8DA 4YCTA 2PWRA 3O9AA 5P0RA 2AZ9A 1PPLE 2F3KA 2F3FA 5P6WA 4GZFA 3CYWA 4Y5EA 5DR4A 2OHTA 3QRVA 2VA5A 2V16C 5P0NA 3IXOA 3VYDA 2B42A 3ZKSA 5P6RA 3PVKA 3I6OA 2OHNA 3KDCA 5P1FA 2XYEA 3PM4A 1RNEA 3L58A 4I0EA 2FS4A 1GVXA 5P54A 5P2MA 5P0JA 5OZYA 3EL9A 5P7SA 5P2SA 5OZMA 3SA6A 4AUCA 3HD8A 1B6MA 3BHEA 1TW7A 4D83A 2J9KA 5P0EA 4Y3XA 4Y3EA 5P6CA 1EBYA 2PYMA 4YD6A 5P1PA 3L5FA 4OC6B 3SKFA 4DH6A 2IKUA 4DJQA 1A30A 5JFUA 1EPPE 1OEXA 2QU2A 5P3ZA 4J1HA 3EMYA 4R91A 5OZOA 4EJLA 1BAIA 5P5FA 2OHLA 2WEZA 1IZEA 4CPQA 1HTFA 2I0DA 3GGAA 3O9CA 5P46A 2J9JA 1SBGA 3QN8A 5P80A 1T7JA 4GJ9A 1PFZA 5P23A 4GJAA 4Y5MA 1MTRA 5P33A 3Q70A 4TVHA 2IGYA 5P2YA 2Q3KA 5SXNA 1HVRA 3O9LA 3PLLA 3EC0A 1FQXA 1YX9A 5OZLA 1ZBGA 2I4QA 2B8VA 1KJGA 3UF3A 2WF4A 4Y5LA 5P45A 3R0YA 3ZKNA 2QNNA 4Q1WA 4J1FA 2UPJA 2QI4A 3IN3A 5JODA 5IVSA 2PSVA 5P1MA 3KDBA 2VKMA 1SIPA 2QAKA 3VFAA 5P5HA 3KMXA 4BFDA 4LHHA 5P7PA 4ER2E 1IZIA 1YTJA 2NR6A 2BBBA 5P2UA 3PSYA 1BDQA 1YTHA 3ZLQA 5P6FA 4Y41A 3KMYA 1SGZA 4DJVA 4J54A 4Y3SA 5P1NA 3UQUA 4JOOA 5EZXA 3NR6A 4Y37A 2ER9E 5OZVA 1E80E 4Y45A 4UPJA 5P6YA 2NXLA 5AH9A 5OZ6A 4GB2A 4J55A 4E43A 2R43A 1W51A 5P7NA 2OAHA 5HDXA 3OAGA 2AVMA 2R5QA 4Y4TA 4Y4XA 2PYNA 5AH6A 3L5EA 2AQUA 5P6VA 5P5TA 3OADB 4CPTA 4K4RA 1EC3A 2P83A 5OZIA 5P1YA 3UFNA 1HBVA 4S1GA 5P7OA 4YA8A 1MSMA 2ZJJA 1D4YA 1HPVA 2G1SA 4B70A 5P1VA 1FKNA 1K6PA 3DV5A 5P24A 1MUIA 2NTRA 3Q5HA 1DPJA 3EKWA 5KR8A 4WY1A 1QBTA 4I0GA 1EAGA 3EL4A 3ER5E 2IQGA 5OZ0A 4FRIA 4D89A 2ER7E 2V11C 5P7EA 1BWAA 1CPIA 3PWRA 4Y4AA 5P32A 4DJOA 4U7QA 4Y3MA 5P2QA 5P76A 4Y39A 2AZCA 3KT5A 4Y3TA 3FNTA 3VF3A 4FGXA 5P05A 2FDEA 3LPKA 1D4KA 5P6LA 3I25A 5P4OA 5DGUA 5P4FA 4XXSA 5P5KA 2AOEA 2PSGA 1AJXA 5P38A 3NU9A 2WEDA 3ZKGA 5HU0A 4APEA 3ZPTA 4CP7A 4EJDA 2ZGAA 3JVWA 2Z54A 5P8CA 5KOQA 5P3TA 3PI0A 5P8VA 4DQCA 3EKPA 2V12C 5P3SA 9HVPA 5OYWA 2AOJA 4Y5NA 5P1AA 3BVBA 4DJWA 4U8WA 4Y35A 1E5OE 1EC0A 4H1EA 1HVIA 1LV1A 4Q5MA 4DJUA 5C9BA 4RLDA 5P2HA 3VCMA 4ACUA 2AOIA 5P6ZA 4MC1A 2O4LA 3OU3A 4NJTA 3QRSA 4Y3HA 1ZP8A 1GKTA 1FMBA 5P74A 3D1ZA 4HZTA 2Q15A 5P41A 2G27A 1PSAA 2Q64A 5P3VA 5KAOA 5PEPA 3TOHA 5P7YA 2P3CA 5P3QA 4YD4A 5P17A 5P5EA 3LITA 2EWYA 5P7XA 4Y3FA 3TH9A 5OZXA 4OD9A 5P4RA 1LYBB 1SH9A 5P5PA 3OHHA 4EP3A 3QROA 3KF0A 1MIQA 1LEEA 5HU1A 3NU3A 5DR7A 1ODWA 1QBUA 1FF0C 1T3RA 2AODA 2PMAA 5P03A 3F9QA 1GVWA 2ZHTA 3EM6A 1HSHA 3EKVA 5P53A 5P4JA 2P4JA 4DJPA 3PWWA 2HC0A 4B1EA 2XYFA 3PBDA 1FQ6A 5P12A 5P2WA 4I11A 5P6SA 5OZGA 4DQBA 4DQFA 3HBOA 1DIFA 4Y54A 4MC9A 1AIDA 1BVGA 3S2OA 3MXEA 3OUBA 4QJ6A 4OBGA 1NPVA 3JVYA 5P5XA 5OZNA 3IVIA 5P2TA 3DCRA 5OYRA 3SM1A 5P3KA 5HTZA 5P2OA 4RRSA 2AIDA 4B1DA 2QI3A 3QBHA 3OTSA 4CPXA 4RCFA 5P1LA 4Y4DA 2JYSA 2VJ6A 4Y3PA 5SY2A 2CENA 1G0VA 2Q54A 4DQEA 4Y3RA 1IIQA 5P07A 2O40A 3UDYA 3JW2A 1IBQA 1PSNA 4F73A 1LYAB 5P1CA 3L59A 3NXNA 1KJ4A 5ER1E 4I1CA 4ZPEA 1MERA 3O9DA 5P1OA 5C9DA 4N00A 3L5BA 3O9IA 5SZ9A 3EL1A 2ASIA 1N49A 1MRXA 3TL9A 5OYYA 1SMRA 2IS0A 5P0SA 4Z50A 5P8UA 4X7IA 3O9GA 4OBDA 3S43B 4RVIA 1SDUA 4B00A 4F74A 5P31A 3DOXA 4GJDA 4GJ5A 1QBRA 1BXQA 2HS1A 1F7AA 5CLMA 5P81A 2ZJIA 3NWXA 4Q1XA 3EBZA 4EYRA 3URJA 2QNQA 3LIVA 3Q4BA 4L1AB 1QRPE 5OZ4A 2NMYA 5IE1A 4Y50A 4H3FA 1FFIC 2JE4A 2NPHA 4D88A 4EQJA 3OQFA 5P2ZA 3UDQA 3APPA 2AOCA 5P5JA 2CEMA 4DQHA 3VLAA 2HB4A 5P0GA 3T7XA 4Y56A 3OU4A 2PH8A 5P63A 4BEKA 1FB7A 3SO9A 3PMUA 2HPFA 3S56A 3I2LA 4Q1YA 5P4NA 1BIMA 2G1YA 3T11A 4CKUA 5P11A 2ZHRA 3EKTA 3CIDA 3HW1A 5AH7A 3UDNA 4R95A 3L5CA 5P3YA 3VG1A 2BPVA 3FSMA 3IAWA 5P3OA 5P0IA 5HDZA 3AUPA 5P64A 3UDMA 2G1OA 3LPIA 1NSOA 2PC0A 4L7HA 4IVTA 4A6BA 5P5BA 5P7IA 5AGZA 5DR1A 5DQ1A 5P7FA 4YCKA 4NJUA 2ZHSA 5F01A 5P73A 4ZSMA 2PK6A 2VIYA 3MSJA 2ZHUA 4R93A 3EL0A 4Y3ZA 3SPKA 1AXAA 3UTLA 2J9JB 1KJFA 1WKRA 4QJAA 4NJSA 5P84A 4FAEA 2VIEA 1M4HA 5OZ7A 3OOZA 1OD1A 1HIVA 1YTIA 3QI1A 5P1BA 3VYFA 2QD7A 4HEGA 5OZHA 3O9LB 2FXEA 5P5IA 5P5NA 1FG8C 5P2RA 1ZPAA 4Y38A 5P0CA 5P13A 1FGCC 3UFLA 2ZYEA 3UHLA 4Y6MA 5P5RA 1Z8CA 2QMGA 1G2KA 3QVCA 1K6CA 3RSXA 5P6KA 5P39A 2Q5KA 5HE5A 3SA9A 5C9FA 5P4MA 5HE4A 5P2LA 4YBIA 3PEPA 1E81E 2QI1A 5P5UA 4OBZA 1ZJ7A 4HDFA 5P7CA 4EQ0A 5APRE 3OQKA 4RGHA 1APTE 5P75A 5P4LA 2QMFA 4Z22A 5JG1A 1GNOA 1QBSA 5P4SA 3GW5A 1HVHA 2I4DA 4R8YA 5P6JA 4PYVA 3K5FA 5KQZA 5CONA 1IVPA 5P3UA 5I70A 2FLEA 5EZZA 2G1NA 3SA3A 1MVPA 3TKWA 1BWBA 1SMEA 5P00A 5P8NA 3R1GB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER0 E;  5P1J A;  4YDG A;  4ZSQ A;  3NSH A;  3R4B A;  2QCI A;  3K4V A;  4DPF A;  3S8I A;  2SAM A;  3NU6 A;  5P78 A;  4EWO A;  2OHQ A;  5B18 A;  4HLA A;  3URL A;  4J0V A;  3BRA A;  1XS7 D;  3WZ6 A;  5P7V A;  5P7L A;  3NXE A;  1A8G A;  4FS4 A;  3SM2 A;  5P1Q A;  5P0K A;  1ME6 A;  5OZZ A;  3NDW A;  1DW6 C;  2WHH A;  4K9H A;  5P4B A;  5P59 A;  5P5S A;  4KE0 A;  4OC6 A;  1EPN E;  2BJU A;  3EKX A;  1FMU A;  5P22 A;  2ZJM A;  2UXZ A;  3QVI A;  3OXX A;  3NDU A;  3PSG A;  4JPC A;  5P8S A;  5OZ2 A;  4Y3L A;  3QPJ A;  2F8G A;  3ZKQ A;  4U7V A;  2WJO A;  2HB3 A;  3OQ7 A;  5OYX A;  2QU3 A;  5P6H A;  1B5F B;  3UDP A;  3T7P A;  1VIK A;  1BDL A;  1ZSF A;  2OHR A;  5FIV A;  5P4G A;  5OYZ A;  3HAW A;  2XFI A;  3NDX A;  1K1U A;  3RVI A;  2FDD A;  4MC2 A;  3KFS A;  5OZS A;  3TPP A;  2HM1 A;  3QIH A;  4NPU A;  2I0A A;  5P7A A;  3WZ8 A;  5OZU A;  5P1X A;  5P25 A;  5P06 A;  1BDR A;  1ZTZ A;  6UPJ A;  2QMP A;  4CPS A;  5P3D A;  3SA4 A;  5P6D A;  5OZE A;  2P3B B;  2REN A;  5IVR A;  4YCY A;  3OXV A;  5DQ4 A;  3D20 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3U7S A;  1W50 A;  2I4X A;  2FGV A;  5P6U A;  1HEG E;  5P4V A;  3D1X A;  1HXB A;  3LZU A;  3I8W A;  3NUJ A;  3QBF A;  1GNM A;  4ZPF A;  3ECG A;  2NXM A;  1EED P;  1XN2 A;  2ZHV A;  2ZJH A;  4Y3D A;  3VV7 A;  3MXD A;  2VNN A;  5P2F A;  3UQW A;  5COK A;  1LF2 A;  1ODY A;  3BXS A;  5OZ5 A;  5KQY A;  5OZD A;  5DR0 A;  2I4U A;  1BXO A;  4BEL A;  1DAZ C;  1TCX A;  3UCB A;  2B7Z A;  1W5V A;  5P86 A;  1NPW A;  4I0J A;  2QHZ A;  5P8G A;  1DMP A;  4Y5K A;  1LF3 A;  5P1T A;  1APV E;  2R5P A;  2A4F A;  5OZQ A;  1NPA A;  5P1D A;  3OGP A;  2QI7 A;  1HPO A;  2R3W A;  3PSU A;  4F76 A;  2Q55 A;  5P3B A;  1ZAP A;  3H0B A;  1HSI A;  2QI0 A;  4RCE A;  4Y5A A;  2JJI A;  5P7J A;  1F34 A;  2B7F A;  4XKX A;  1K6V A;  5KR1 A;  4KE1 A;  5KR2 A;  3GGX A;  2AOG A;  4KUP A;  3GI6 A;  4J0P A;  4OBZ B;  4CPR A;  4K8S A;  5P7W A;  5KQF A;  2PQZ A;  3PI5 A;  5P4P A;  5P42 A;  4AMT A;  4COE A;  1FG6 C;  3FNU A;  3LIY A;  2QD8 A;  5P6N A;  5P1H A;  5ENM A;  2QNP A;  1W6I A;  5OZP A;  5P40 A;  2QK5 A;  4FM8 A;  3UDJ A;  3LZV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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