2WL0A

Hiv-1 protease inhibitors containing a tertiary alcohol in the transition-state mimic with improved cell-based antiviral activity
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Transition-State Mimic Comprising a Tertiary Alcohol: Improved Antiviral Activity in Cells.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2wl0A00
1QBSA 5P1BA 4ACUA 3CKTA 2ZHRA 4EJLA 5OZEA 5P5QA 3S85A 3C9XA 5HCTA 1G0VA 1FEJC 4YD3A 3SQFA 3QBHA 4OBDA 1BV9A 1W5VA 5P3ZA 4ER4E 2JYSA 3HD8A 3D1ZA 5OZFA 3PMYA 3T7XA 5I3WA 1LS5A 4Y3WA 4QJ7A 3BHEA 5P3JA 2VNMA 3DCKA 5P7AA 5P4WA 4ZE6A 1UPJA 1SIVA 5P3YA 7UPJA 5OYRA 5HE4A 5OZPA 5P23A 5P3SA 4HE9A 1T3RA 3KDBA 5P3OA 5P0VA 4RRSA 1QBTA 3EC0A 3S45A 4EJDA 5B18A 5P0DA 1IVPA 5KOSA 4QJ2A 5OYQA 5P6FA 5P7YA 1HOSA 4BFBA 2RKFA 3SM2A 2FXDA 2P8HA 5C9BA 3SA4A 3INHA 4Q1YA 5DQ4A 5P13A 2HB3A 3O9CA 2IKUA 5P24A 1ZP8A 5P15A 5OZ6A 5P38A 4AUCA 5ISJA 3L5DA 1XE6A 3LZVA 5P1CA 2VA7A 5P7HA 2VJ9A 4PZXA 4RVIA 2RKGA 2WEBA 5P3XA 1A9MA 3EKVA 3OOTA 3TKWA 1AXAA 1EPNE 2B7ZA 4Y3NA 1B6PA 5AHCA 5P2YA 1N49A 5P62A 4LP9A 4ZPGA 3UQPA 2O4LA 2RENA 5P08A 3VG1A 3EL0A 2JE4A 4Y3QA 4L7JA 4DQCA 5P12A 3CICA 5P5XA 2P83A 1HVRA 4COEA 4Y3ZA 5P2BA 2G24A 4N00A 5P5LA 4I0JA 3KT2A 3OU1B 4Y4BA 3CYWA 5P6SA 2SAMA 1K6CA 1KZKA 3MSJA 1ZTZA 4XXSA 3TTPA 3BXRA 4E43A 1IBQA 5P41A 4NKKA 5OZHA 5P8OA 4A6CA 1XDHA 1GVXA 1XN3A 1FFFC 1K6PA 4Z2ZA 5ER2E 4LHHA 5P3NA 4HLAA 5P46A 1HVJA 2Q63A 4FRKA 2PQZA 5P84A 7HVPA 1C6XA 5P1QA 2HM1A 5KR0A 5HDZA 2R8NA 3BVBA 3TNEA 5P1OA 1MIQA 5P4CA 4EP3A 3APPA 4Y4ZA 2PC0A 3GI6A 5P2ZA 4YD5A 4GJ9A 4Y36A 3OXCA 1BDQA 2AZCA 5P1EA 5P6LA 1DP5A 5P0EA 1W6IA 3PWWA 5P1XA 1HSGA 4Y58A 4M8XA 3RVIA 4DJYA 2WF0A 3QPJA 3APRE 1IIQA 1T7KA 2APRA 3EKWA 5OZOA 1HTRB 3EXOA 4Y5CA 2PYMA 1K2BA 4QJ9A 4ZSMA 3KM4A 3PSYA 3UDKA 1HPOA 5P5DA 5HDXA 6UPJA 4RVXA 5P6AA 5P5KA 1PROA 3HAWA 5P0GA 5P8EA 1MUIA 5P2XA 1LF2A 2HPEA 5P1FA 5P7QA 4F73A 5P6KA 3SACA 2VA6A 3URJA 2BPYA 3B7VA 5P4MA 4J55A 3U71A 4OBFA 4B72A 2Q55A 1MPPA 5P0TA 4DJUA 5IVSA 3SA9A 4I8WA 3FSMA 3NDUA 5OZYA 3NXNA 1KJFA 1LF3A 4AZYA 5CLMA 3NU3A 5P7DA 5JG1A 5P3MA 1F7AA 2ER7E 5C9DA 4DQHA 5P4NA 2QP8A 1ZPKA 3K5DA 4UPJA 1XL2A 4I0DA 3OQ7A 4R93A 2HC0A 5P7LA 3D1YA 3DOXA 2FDEA 4EJKA 4YBFA 1RPIA 3KMXA 5P0FA 3CKRA 3LITA 5P6VA 1NPVA 8HVPA 5P8CA 3VV7A 1EPRE 4B1DA 2QMGA 4Y5PA 4NJUA 5P80A 5P2KA 5P17A 5P35A 5P7FA 2OAHA 2NMYA 2ZHSA 5OZMA 4GJBA 4Q1NA 5P54A 1MT9A 5P87A 5DGWA 2IGXA 1IDAA 3R2FA 3H5BA 3VFAA 4B77A 5P7EA 4FRIA 3VSXA 3T6IA 4B78A 5P34A 5P20A 4F75A 5P66A 5P3KA 5P42A 4GJ7A 2AOFA 3QVIA 4M8YA 4EYRA 2HPFA 1NH0A 4J5JA 3OUDB 1YG9A 4I11A 5P3WA 5P09A 5EZXA 4J1HA 2OHUA 2O4NA 5P0WA 3ECGA 4U8WA 4J1FA 5P7IA 5P0YA 3PJ6A 5OZXA 5P10A 4IVSA 3PRSA 3SFCA 3UDRA 2JJJA 3RSXA 5P5UA 4A4QA 4LXMA 2WF3A 3O9EA 4Y57A 5AH6A 6APRE 2QHZA 4LAPA 3UDPA 1GVVA 3T11A 4GYEA 4H1EA 1OD1A 1EPPE 3WZ6A 3QVCA 2ZJHA 3VEUA 5ER1E 4ER2E 2QCIA 1APVE 1IZHA 5IVRA 1WBKA 5P07A 3MSKA 3UDJA 2P3BA 4DQFA 2P4JA 5OZQA 2QI4A 3LZYA 4L1AA 5P6CA 2G20A 2ASIA 4X7IA 5P3HA 3ZKIA 5P5EA 2HIZA 2F81A 3B80A 3KYRA 1EPQE 1MESA 5P0UA 4Y51A 3O9GA 2IRZA 3OAGA 4Y4UA 2F3EA 5P0KA 5OZLA 1AJXA 4Y48A 5P6MA 4RYGA 1W51A 5P43A 3FNSA 2PSUA 1AZ5A 2JXRA 5HU0A 4FSLA 4R92A 5P8KA 4Y4GA 5P2IA 1IZDA 2B60A 1ZJ7A 3ZKSA 3OY4A 5P1NA 4Y3RA 1JLDA 4GJAA 4YD6A 2QZKA 3KFNA 4YDGA 1E82E 5TOLA 4Y54A 3O9BA 3VSWA 1EBZA 3ER5E 3BUGA 5F01A 1GNNA 5DGUA 5P7GA 3G6ZA 2QU3A 2ANLA 2WJOA 3UQRA 1W50A 4GJCA 4YE3A 5OZ2A 5P8QA 5P76A 3R4BA 2B7FA 3EKXA 3KN0A 3LPKA 3SO9A 4DJRA 2OF0A 3K5CA 3PWRA 5P1SA 2Q11A 2R5PA 3QN8A 5P4AA 5BWYA 5SY2A 4CPQA 1BVGA 5P1JA 4J0VA 5P50A 5P30A 4KE1A 3URLA 1MEUA 3HVPA 5KQYA 2NR6A 3PSGA 3VYEA 5P4OA 5P8UA 2IL2A 4Q5MA 4RCFA 4FIVA 4IVTA 3OWNA 5OZ0A 3M9FA 1BDRA 5OZIA 3PI5A 3MWSA 1HIHA 3QS1A 1TW7A 3AIDA 3OGPA 2I0AA 3S43B 1K6VA 3NYGA 5P5HA 5SY3A 5P2RA 3PM4A 4I10A 5I3VA 5P04A 9HVPA 3SM1A 5P53A 5P8DA 1IVQA 5FIVA 2WF2A 1K6TA 1Z1HA 5P81A 4HVPA 4J1EA 3BC4A 5P5GA 5CONA 3ZL7A 3PLDA 4Z50A 5OYTA 3OADA 4YHQA 3Q6YA 4FCOA 5P2EA 2ZHTA 5IVTA 4YA8A 5P39A 2QI7A 2I4DA 5BS4A 1EPLE 5OZ7A 2G1RA 5P3LA 4RROA 4K4RA 3ZKXA 3TOGA 4I1CA 1ZAPA 3JVYA 4DJXA 5P5OA 2VIEA 2F80A 2Z4OA 3U7SA 5P32A 4XKXA 5P86A 5P57A 5P4ZA 2BQVA 4NJTA 2G1OA 4K9HA 4QJAA 1BBSA 5AHBA 4H3IA 5P71A 2UXZA 3CIBA 2WEDA 3U6AA 5P27A 2VA5A 3NSHA 4F74A 1G2KA 5P5RA 5OYUA 3UTLA 5P4FA 3Q3TA 3VF5A 1WBMA 4RYCA 3WZ7A 4FAEA 1E80E 1XL5A 4J17A 1CZIE 5P7SA 5DR7A 3VUCA 4DFGA 2QNQA 1QS8A 5P16A 1ZBGA 5P25A 4Y47A 1PPKE 3LZUA 5OYZA 5DR4A 2ER9E 3ZKMA 3OXXA 4KUPA 5P6PA 2V00A 3NXEA 5P1KA 1IZIA 2O4PA 1QBRA 3CIDA 3WB5A 4J1IA 1MVPA 4D88A 3OUBA 2AIDA 5P0LA 1EAGA 1OEWA 3UFNA 3QP0A 4DJWA 3BGCA 1E81E 5OZAA 3GGVA 4GJ8A 3I25A 3UQXA 4H3FA 1KJ4A 4Y4XA 3L58A 4Y3FA 3L38A 4TRYA 4Y3AA 1EBWA 1SDTA 4GJDA 4Y50A 4GJ5A 3UDYA 3PCWA 4Y3DA 5P75A 4U7QA 2FNSA 3MXEA 1LF4A 3FNUA 5P3VA 4D85A 5P4GA 3IXKA 2AODA 3LHGA 4I0HA 5P02A 5P8JA 1C70A 5P51A 2AVMA 3S53A 1HPSA 1M4HA 1W5WA 2WEZA 2J9JA 5P85A 4OBJA 1EBYA 5OZJA 3VF3A 1A8GA 4TVHA 5P2DA 2PWRA 3GW5A 3UFLA 4R8YA 3TKGA 3ST5A 1ODYA 5P8PA 2BPXA 2G1NA 5P2SA 5P6OA 5ENKA 3OQFA 4BFDA 3SA8A 4TRZA 4Z4XA 4Y3EA 5P4SA 5P1MA 3PBZA 2P3DA 2QU2A 3FX5A 2QD8A 4HEGA 3O9IA 1PSNA 1W5YA 2G94A 3SA3A 5P4UA 5HCOA 5P3CA 1KJHA 3BUFA 3I7EA 3TLHA 4FLGA 1B6JA 5P1WA 1AJVA 2QI0A 4OC6A 4Y5MA 5P3QA 5DQ2A 4PEPA 1SMEA 4K8SA 3UPJA 3FV3A 5P5TA 3HDKA 5P4PA 5P6BA 2A1EA 2HB4A 4OBKA 3K4VA 3PSUA 2ZJKA 1FQ4A 1FQ5A 3O9DA 1TQFA 2Q3KA 4D8CA 5P8GA 1T6GA 1VIKA 1D4JA 2NNPA 2AQUA 4EJ8A 2BBBA 5KOQA 4JPCA 3KFSA 3DCRA 1YX9A 2XFKA 4F76A 3KDDA 5P88A 2V12C 5P3PA 2BB9A 2Q54A 1CMSA 1C6ZA 5P8IA 3OHHA 1NPWA 5P3RA 1T7JA 3UDQA 4Y9WA 5HE7A 1HBVA 2I0DA 4NJVA 4EHCA 3NWXA 5HU1A 1G35A 2VJ7A 4Q1XA 2R43A 3UCBA 4GJ6A 5P55A 5P7VA 3TOFA 3UDNA 2ZJJA 1EPOE 1F34A 1LEEA 2QZLA 2I4WA 5P77A 3OGQA 4HZTA 4FM8A 2OHNA 2QHCA 4DJPA 2P3AA 3H0BA 2QD7A 3HZCA 2WECA 2AVSA 1Z8CA 1HEGE 2G21A 2WF1A 4Y6MA 1BVEA 5P3EA 5P8BA 2NNKA 3EKYA 5P1UA 4OD9A 1ZPAA 4YOAA 2PYNA 5P8LA 3VCMA 3IXOA 3BVAA 5P0CA 1FMBA 3LIYA 1C6YA 5P26A 1OHRA 3BUHA 4RRNA 1FKNA 4Y3MA 5EZZA 2IQGA 2QI1A 3LIVA 5HTZA 1YT9A 4ZEAA 5OZSA 3NR6A 3GI5A 4ZSQA 4ER1E 3ZLQA 3AUPA 4WTUA 3QIHA 3WZ8A 5APRE 3G70A 4Y4JA 3LINA 4Y37A 3CYXA 3FNTA 4X2LA 5P0JA 1SMRA 4GB2A 1HXWA 3K5GA 4GIDA 1K1TA 3SA7A 4GMIA 5P4IA 5P78A 5P1LA 3LPIA 1HTFA 3TPRA 2PH8A 3INFA 1MERA 2H6TA 4FE6A 3Q4BA 4ZPEA 4Y53A 5JFPA 5HE5A 2R5QA 1SGUA 2FNTA 5P7PA 5P2GA 3QI1A 4APRE 5P3IA 4DH6A 2FMBA 5HDUA 3EKTA 1YTHA 5P6DA 3VYFA 5P0ZA 1Q9PA 3EM3A 4ZSRA 3UF3A 3SAAA 1FMUA 4J1CA 2ZJMA 3QRVA 5P14A 5P44A 3KFRA 2OHLA 1SIPA 2ER0E 1W6HA 5P2FA 5P5YA 1Z1RA 5P6EA 5P8HA 5OZGA 3D91A 3OUCA 2A4FA 2P3BB 5I70A 5P3BA 3K5FA 4L1AB 5P7NA 4I0GA 5P6XA 2VS2A 3R0WA 3ZPUA 2VIYA 1MSMA 4I0EA 4Y3PA 3EL4A 3NWQA 3NLSA 3OAGB 3O99A 5P1ZA 3EKQA 2PMAA 2IS0A 5P3FA 1BXOA 5OZ8A 2NTRA 4Y43A 5P01A 4ZIPA 1RNEA 3EM4A 3TPJA 3IAWA 1EC2A 2QK5A 5P4VA 1TSQA 5HVPA 2ZJLA 2AZ9A 2WL0A 3N4LA 3LNKA 5P61A 4QLHA 3HVGA 3PVKA 1LZQA 3LPJA 1HSIA 5P7JA 3UHLA 5P0MA 1AAQA 5P3UA 4J0YA 2ZHVA 2ZHUA 5P05A 5OZRA 2CENA 1FF0C 1HVSA 1MTRA 2MIPA 4OBHA 5IS4A 3O9LB 2QHYA 4CPRA 3INDA 5P60A 3OU4A 5DQ1A 5P4QA 3VFBA 4NJSA 5P19A 1APWE 4EPJA 4D83A 4GZFA 5P7OA 3UQUA 5P49A 4EQ0A 3PCZA 1GVTA 1QDMA 5P6UA 4DV9A 1A94A 1ENTE 4Y5LA 5JFUA 4RZ1A 4Z22A 4APEA 2FDPA 1K1UA 5P68A 3GI4A 2AVOA 4Y3HA 4BEKA 3O9LA 3KFPA 5P0QA 5P2CA 2AZBA 4PYVA 2G22A 5P7BA 4DQEA 1FQ7A 5PEPA 4JOOA 5P6YA 3KMYA 1HRNA 2I4QA 2O4KA 5OZCA 2QNPA 3UDMA 1LYAA 4Y41A 2BKTA 4RCDA 2HB2A 5P3DA 3KDCA 4BELA 3QBFA 3LIZA 2QMPA 5P8NA 4FSEA 3OQAA 4Y5GA 4DJVA 5AGZA 5DQCA 3SKGA 5ISKA 4WY1A 4OBGA 5KQZA 4MC9A 2G1SA 2BPWA 3OADB 1B5FA 3JVWA 5P6QA 1FLHA 4I0ZA 3PB5A 1T6EX 4YDFA 5P74A 3BGBA 3T3CA 3K4VC 5KR2A 2ER6E 3OQDA 2AOIA 4FL8A 5I3XA 3I8WA 4Y35A 2IENA 1BWAA 2NMZA 2AOJA 4CPTA 4RCEA 1YM4A 1XN2A 5P4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBS A;  5P1B A;  4ACU A;  3CKT A;  2ZHR A;  4EJL A;  5OZE A;  5P5Q A;  3S85 A;  3C9X A;  5HCT A;  1G0V A;  1FEJ C;  4YD3 A;  3SQF A;  3QBH A;  4OBD A;  1BV9 A;  1W5V A;  5P3Z A;  4ER4 E;  2JYS A;  3HD8 A;  3D1Z A;  5OZF A;  3PMY A;  3T7X A;  5I3W A;  1LS5 A;  4Y3W A;  4QJ7 A;  3BHE A;  5P3J A;  2VNM A;  3DCK A;  5P7A A;  5P4W A;  4ZE6 A;  1UPJ A;  1SIV A;  5P3Y A;  7UPJ A;  5OYR A;  5HE4 A;  5OZP A;  5P23 A;  5P3S A;  4HE9 A;  1T3R A;  3KDB A;  5P3O A;  5P0V A;  4RRS A;  1QBT A;  3EC0 A;  3S45 A;  4EJD A;  5B18 A;  5P0D A;  1IVP A;  5KOS A;  4QJ2 A;  5OYQ A;  5P6F A;  5P7Y A;  1HOS A;  4BFB A;  2RKF A;  3SM2 A;  2FXD A;  2P8H A;  5C9B A;  3SA4 A;  3INH A;  4Q1Y A;  5DQ4 A;  5P13 A;  2HB3 A;  3O9C A;  2IKU A;  5P24 A;  1ZP8 A;  5P15 A;  5OZ6 A;  5P38 A;  4AUC A;  5ISJ A;  3L5D A;  1XE6 A;  3LZV A;  5P1C A;  2VA7 A;  5P7H A;  2VJ9 A;  4PZX A;  4RVI A;  2RKG A;  2WEB A;  5P3X A;  1A9M A;  3EKV A;  3OOT A;  3TKW A;  1AXA A;  1EPN E;  2B7Z A;  4Y3N A;  1B6P A;  5AHC A;  5P2Y A;  1N49 A;  5P62 A; 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 3PSY A;  3UDK A;  1HPO A;  5P5D A;  5HDX A;  6UPJ A;  4RVX A;  5P6A A;  5P5K A;  1PRO A;  3HAW A;  5P0G A;  5P8E A;  1MUI A;  5P2X A;  1LF2 A;  2HPE A;  5P1F A;  5P7Q A;  4F73 A;  5P6K A;  3SAC A;  2VA6 A;  3URJ A;  2BPY A;  3B7V A;  5P4M A;  4J55 A;  3U71 A;  4OBF A;  4B72 A;  2Q55 A;  1MPP A;  5P0T A;  4DJU A;  5IVS A;  3SA9 A;  4I8W A;  3FSM A;  3NDU A;  5OZY A;  3NXN A;  1KJF A;  1LF3 A;  4AZY A;  5CLM A;  3NU3 A;  5P7D A;  5JG1 A;  5P3M A;  1F7A A;  2ER7 E;  5C9D A;  4DQH A;  5P4N A;  2QP8 A;  1ZPK A;  3K5D A;  4UPJ A;  1XL2 A;  4I0D A;  3OQ7 A;  4R93 A;  2HC0 A;  5P7L A;  3D1Y A;  3DOX A;  2FDE A;  4EJK A;  4YBF A;  1RPI A;  3KMX A;  5P0F A;  3CKR A;  3LIT A;  5P6V A;  1NPV A;  8HVP A;  5P8C A;  3VV7 A;  1EPR E;  4B1D A;  2QMG A;  4Y5P A;  4NJU A;  5P80 A;  5P2K A;  5P17 A;  5P35 A;  5P7F A;  2OAH A;  2NMY A;  2ZHS A;  5OZM A;  4GJB A;  4Q1N A;  5P54 A;  1MT9 A;  5P87 A;  5DGW A;  2IGX A;  1IDA A;  3R2F A;  3H5B A;  3VFA A;  4B77 A;  5P7E A;  4FRI A;  3VSX A;  3T6I A;  4B78 A;  5P34 A; 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 5CON A;  3ZL7 A;  3PLD A;  4Z50 A;  5OYT A;  3OAD A;  4YHQ A;  3Q6Y A;  4FCO A;  5P2E A;  2ZHT A;  5IVT A;  4YA8 A;  5P39 A;  2QI7 A;  2I4D A;  5BS4 A;  1EPL E;  5OZ7 A;  2G1R A;  5P3L A;  4RRO A;  4K4R A;  3ZKX A;  3TOG A;  4I1C A;  1ZAP A;  3JVY A;  4DJX A;  5P5O A;  2VIE A;  2F80 A;  2Z4O A;  3U7S A;  5P32 A;  4XKX A;  5P86 A;  5P57 A;  5P4Z A;  2BQV A;  4NJT A;  2G1O A;  4K9H A;  4QJA A;  1BBS A;  5AHB A;  4H3I A;  5P71 A;  2UXZ A;  3CIB A;  2WED A;  3U6A A;  5P27 A;  2VA5 A;  3NSH A;  4F74 A;  1G2K A;  5P5R A;  5OYU A;  3UTL A;  5P4F A;  3Q3T A;  3VF5 A;  1WBM A;  4RYC A;  3WZ7 A;  4FAE A;  1E80 E;  1XL5 A;  4J17 A;  1CZI E;  5P7S A;  5DR7 A;  3VUC A;  4DFG A;  2QNQ A;  1QS8 A;  5P16 A;  1ZBG A;  5P25 A;  4Y47 A;  1PPK E;  3LZU A;  5OYZ A;  5DR4 A;  2ER9 E;  3ZKM A;  3OXX A;  4KUP A;  5P6P A;  2V00 A;  3NXE A;  5P1K A;  1IZI A;  2O4P A;  1QBR A;  3CID A;  3WB5 A;  4J1I A;  1MVP A;  4D88 A;  3OUB A;  2AID A;  5P0L A;  1EAG A;  1OEW A;  3UFN A;  3QP0 A;  4DJW A;  3BGC A;  1E81 E;  5OZA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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