2XFIA

Human bace-1 in complex with n-((1s,2r)-3-(((1s)-2-(cyclohexylamino)- 1-methyl-2-oxoethyl)amino)-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl)-3-((methylsulfonyl)(phenyl)amino)benzamide
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
385
structure length
372
Chain Sequence
EMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPQVTVRANIAAITESDKFFIQGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTQQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Bace-1 Inhibitors Using Novel Edge-to-Face Interaction with Arg-296
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 372
sequence length 385
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xfiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xfiA02
3PWWA 5P0DA 5HDVA 5P18A 5I3VA 5P8NA 3L59A 5P19A 3O9FA 2VJ6A 5P88A 5CONA 5HE5A 4ZE6A 5JFPA 1HSGA 4FGXA 2HPEA 4J1HA 3DCKA 4D85A 2AVVA 5P83A 5AH6A 3QRVA 1HRNA 3VV8A 2I4UA 1PFZA 4AA8A 5P7FA 3NUJA 4LL3A 4EJ8A 1HTEA 3NU3A 1CPIA 4ZPFA 2AZBA 2F8GA 2RKFA 3L5DA 5P75A 3LZUA 4I0IA 4Y58A 3LIQA 5DR7A 4FRKA 5HD0A 2QD8A 5P4XA 4YHQA 4GIDA 5P31A 2VA6A 4L6BA 3OXCA 2HB3A 5ISJA 4NJSA 5DPZA 1BXOA 2WEBA 4J0VA 5P0WA 4Q5MA 2AVMA 1FQXA 3SA4A 2V13A 1KZKA 3LZYA 5P0JA 3QVCA 5T4SA 4CKUA 2OHUA 2QMDA 3I7EA 1DMPA 5KQFA 2R3WA 1F34A 1TCWA 3EBZA 1CZIE 4MC1A 2OHKA 4Y3MA 1LS5A 2PMAA 1AAQA 3OQFA 4YOAA 3OHHA 5P8IA 3TPRA 2FGVA 1APUE 3FV3A 5P68A 1EBKC 5P1XA 3BXRA 1B6KA 4ZSMA 3MWSA 4GJDA 4MC6A 2ER0E 2OHSA 2HIZA 5P3MA 5P0XA 3VEUA 5OZSA 5AH9A 5BWYA 1XE5A 1E80E 4BELA 3OGQA 3I2LA 1QBUA 4DJXA 3QI1A 4OBZB 4YE3A 1G35A 5P6NA 3PSYA 1K2CA 1SDUA 5P14A 1U8GA 4WY1A 2QD6A 5P8UA 5P49A 2QNNA 3VFAA 3OK9A 4Y3NA 4Y3TA 4Q1XA 4Y47A 3FIVA 4Y4UA 3UPJA 5P87A 4JP9A 3OUCA 4F74A 1K6CA 3TPJA 4AMTA 2V0ZC 5SY2A 3URLA 2OAHA 4I0JA 5P7KA 1UPJA 5P7CA 3EM3A 1KJHA 2BPYA 3VCMA 5P3ZA 2NTRA 5OZBA 1SH9A 3PMUA 3CKPA 4K4QA 3SA8A 1KJ7A 4DJWA 3EL1A 1EC1A 3IAWA 3L58A 2ZHVA 3S56A 4FCOA 4I0GA 3O9LB 4YD3A 3OAGA 2UPJA 2QI7A 5P3TA 2QI4A 4J0TA 4A4QA 3NYGA 5P5HA 3O9DA 4Y4JA 5BRYA 3OU3A 5P0KA 2I4VA 2BPVA 4Y43A 3R1GB 3CYWA 4MC2A 5P23A 4FRSA 1D4HA 3FNTA 3OXVA 5EZXA 1BIMA 5P25A 4X7IA 2NNKA 2A4FA 3D20A 1G2KA 1DW6C 1A9MA 4F75A 3G70A 3BHEA 5P2OA 3EL0A 5P8LA 5P38A 1B5FA 5P76A 1HOSA 3K4VA 5P61A 3UQUA 2A1EA 4FE6A 1B6PA 4GJBA 2VA5A 4OBFA 4XKXA 3UQPA 3GI0A 3TNEA 5P5LA 4M8YA 5P8SA 4FRJA 2OHTA 4Y3WA 3AIDA 4Y3RA 3WZ6A 5P7LA 2WECA 4DPIA 4Y5KA 5P1NA 5P3CA 3GGUA 4QLHA 4PHVA 1RQ9A 2I4DA 1ZSRA 4OBDA 5P3XA 1FB7A 5DR4A 3IN3A 2ZJNA 3ECGA 3TKGA 2IEOA 2QMPA 5KQYA 5P5NA 3T3CA 3SA9A 5OZVA 2XFIA 2NNPA 5P3KA 2IKUA 4D83A 4NJTA 4EQJA 5P01A 5P1RA 5P3SA 5P02A 4Y3ZA 1HPVA 3LIZA 5P1UA 3QRMA 5P1GA 4Y3YA 1DAZC 5P0MA 2O4NA 1EPOE 2AIDA 3SKGA 4L1AB 2Q5KA 1ZP8A 1FIVA 2ZHUA 3EC0A 4NKKA 1BVGA 5P22A 1RPIA 4Y5MA 1FMUA 2FDDA 1ZLFA 4DQHA 1XE6A 2BPZA 1EC3A 3PWMA 5OZRA 1B6LA 2ZGAA 1YG9A 3SA5A 1Z1HA 1GVXA 5P2HA 5P67A 5SZ9A 4RVXA 2F3EA 4GZFA 1MUIA 2ZE1A 4PZWA 1IZHA 4ZLSA 3S7MA 5P4CA 1D4LA 1UH8A 1FQ7A 4EHCA 3D1XA 2BJUA 3RSXA 1EC2A 5OYVA 5OZ5A 5OYXA 5P09A 3K1WA 4I12A 5DQ2A 5P0PA 3HVPA 4UPJA 5P2MA 2APRA 2ZJHA 5P07A 1MSMA 2I4WA 5P1YA 2Q54A 1ODXA 2BKSA 5P12A 3ZPSA 1YX9A 5P8PA 4IVTA 4Y5EA 3ZKNA 1K6PA 2G26A 2ZYEA 4XXSA 4RCDA 4J1KA 4Y4DA 1SP5A 4RYCA 4ZIPA 3KN0A 3JVWA 4YCTA 2XYEA 2AZ9A 5P2UA 5P5VA 4YD7A 2H6SA 3TPPA 6UPJA 3PBDA 4HDBA 2RENA 5P6IA 4HEGA 2G24A 5P2KA 1YTGA 4GJCA 2FGUA 5I3WA 2QZXA 4HE9A 4EP3A 5P8AA 4HVPA 1HVKA 4Y4GA 5P43A 1SDVA 4Z50A 4EYRA 2VJ9A 3LZVA 2WHHA 1D4IA 3WB5A 3OOTA 5IVQA 3L5FA 2AOJA 9HVPA 3OU4A 5P40A 3OQKA 5OZJA 5P16A 3ZPTA 4EP2A 5P0UA 5OZ1A 4QJ7A 4H3FA 2I4QA 4CPWA 5P2TA 3QROA 1TQFA 4RLDA 3EKWA 3PM4A 3Q6YA 3SA6A 2F3KA 4A6BA 5P1TA 5P17A 5P4IA 1ODWA 3DOXA 3MSJA 1WKRA 5P7IA 5AGZA 2BB9A 5P4RA 3VV7A 5ER2E 1WBMA 5P5MA 2NXDA 2AOFA 2WJOA 2Q55A 4OBGA 4B0QA 1C6YA 5P4GA 4LXAA 5UPJA 2FXDA 4J5JA 1SGZA 4J1EA 2ZHTA 4DV9A 5P8GA 3S43A 1ME6A 2IGXA 5P3DA 4K4RA 4DVFA 3NWXA 5P3LA 3LPIA 3UCBA 3Q3TA 1EPLE 1HTGA 5IVRA 1RNEA 1W50A 1MRWA 3IA9A 5P6ZA 4CPTA 5P3FA 5P6PA 4DPFA 5OZXA 4S1GA 3ZKIA 5OZFA 1UH7A 5P4SA 5DR8A 5P70A 5KR1A 5P2VA 2FLEA 5P36A 1MT8A 4A6CA 1YTHA 3CKRA 1YM2A 4LBTA 5P7MA 5P8DA 2NXMA 5P7NA 1K6VA 4DJQA 1C6ZA 4Y5CA 4Y44A 1BDQA 3VSXA 3SPKA 5P3WA 3ZKXA 1W5XA 5P5ZA 1KJGA 4JPCA 4ZPEA 4J55A 5P3IA 4B1CA 5OYTA 4LAPA 5P4QA 5P6SA 5P74A 1VIKA 3VF7A 3WSJA 1APTE 2QNQA 2QAKA 5P4KA 3OGPA 1AVFA 2QU2A 3VLBA 3CYXA 4E43A 4J0PA 5IE1A 3R0WA 3L38A 1M43A 2IS0A 5P5EA 5P4LA 1T7IA 2B8VA 5P4PA 5KOSA 1AM5A 1HEGE 1HVIA 1HBVA 2Q64A 5OZ7A 5P8OA 2IL2A 1AZ5A 2BKTA 5P0GA 3LHGA 1FF0C 3Q70A 5P1DA 3VYEA 5P6KA 3NU9A 3INHA 5P2GA 1XL5A 3KFRA 5P4ZA 3BRAA 1IVPA 3A2OA 3UDQA 3OXWA 2R3TA 4F76A 3KM4A 5OZHA 5P1VA 3KYRA 3CMSA 3OTSA 2SAMA 1FQ5A 3ZMGA 1OD1A 1NPVA 3VG1A 5P7ZA 3UFLA 5P8VA 5P0NA 3PI5A 3DV5A 3BVBA 2AOEA 4RYGA 4CPQA 1A8GA 1BDRA 5AHAA 5P47A 1EAGA 2F81A 5P56A 5P6LA 5ER1E 1LYWB 4YOBA 5P4EA 5P08A 1HVHA 1FMBA 2WF3A 4Y9WA 5OZLA 1Z1RA 2VIYA 2I4XA 2G27A 5P0SA 5P7BA 4I0HA 5P6DA 1QRPE 1C70A 4RVJA 2CEJA 2VNNA 4Y36A 1UH9A 3JW2A 5AHCA 5P1PA 5P5OA 4Z2ZA 4HDFA 4CPSA 5P04A 2QU3A 5P2LA 3PJ6A 2R8NA 5P3JA 2Q3KA 4DJRA 2IGYA 3S53A 2B42A 5JG1A 2PWRA 5P8MA 2PK6A 3K5FA 5P1ZA 5CLMA 4Y6MA 5P1MA 3URJA 3OQAA 4ZSQA 2WEAA 2G1SA 4J1CA 4K9HA 1EBWA 4GMIA 4R93A 1SGUA 3DM6A 4Y56A 2IDWA 2ANLA 2NR6A 3O9LA 5OYZA 5P32A 2AODA 4PZXA 3INDA 3H0BA 1HXWA 4EJDA 1T7KA 3MSKA 4YA8A 5I3XA 2VNMA 5P5AA 5P79A 5P2QA 2JXRA 2Q63A 3O9HA 2G69A 3UQWA 2ER9E 1TCXA 3PMYA 2UXZA 4AA9A 2WEZA 5P8BA 5P7TA 3UDHA 1C6XA 1ZAPA 4OBJA 1YTIA 5P2DA 3L5EA 3ZKQA 3QAAA 2QZKA 1LYBA 5P5TA 2AVSA 2NPHA 2AOGA 3FNSA 5P6VA 4Y5PA 4Y5LA 3NR6A 4CMSA 5P2EA 1Q9PA 3KDBA 5OZOA 5OZ4A 3SM2A 3GGXA 3PHVA 1SDTA 1MRXA 5P6UA 1XDHA 5COOA 1DPJA 5P5WA 2FNSA 3PB5A 3GI5A 2QHCA 5SY3A 3PSUA 5OZ3A 5P8KA 1IBQA 4FM6A 2VKMA 1DP5A 3EM6A 5P6GA 5P63A 3VLAA 1LF4A 3ZPUA 5P6QA 4FRIA 3FNUA 5P6OA 4YCYA 3BUFA 4Y3PA 1K6TA 1ZPAA 3LIXA 1LYAB 3N4LA 2WF0A 5P6WA 4ACXA 4I1CA 5EZZA 3C9XA 4CPXA 2Z4OA 3VYDA 1QBTA 5P7PA 5P1OA 4LHHA 2B7FA 2Q11A 5P8EA 4Q1WA 2VA7A 4IVSA 1W5YA 5APRE 4L1AA 3IXKA 3UQXA 1MVPA 2O4KA 5OZ6A 3R4BA 1BV7A 2OHRA 4U7QA 1NSOA 4J1IA 4BFDA 2QHZA 3APPA 1KJFA 5P69A 3EXOA 1HIVA 1QS8A 2ZJLA 5P8FA 2P4JA 3QVIA 4JOOA 4RCFA 3T6IA 5P27A 2IENA 4ACUA 4B1EA 3Q4BA 5P5JA 5P1EA 3ZKSA 3O99A 3GI4A 4D89A 5P30A 5P48A 5P33A 3ZOVA 3SLZA 5P5RA 4Y3FA 5J25A 5P3YA 1APWE 2B7ZA 5OZ8A 4J1FA 2VS2A 3DK1A 2Q15A 3OUBA 4DQBA 5OYWA 5P00A 4FSEA 2HPFA 3B7VA 4OBHA 1ZPKA 5P8CA 4H1EA 2WEDA 5HE7A 3PRSA 5P1JA 3LZSA 3UDKA 4YCKA 4J0YA 1TSQA 4GJ8A 5KR2A 3BUGA 2QI3A 5OZ9A 5P57A 1GVVA 1K1TA 5P6JA 1SMEA 3GW5A 5P1QA 5AH8A 2AZ8A 4K4PA 2H6TA 2AVQA 4TRWA 1AJXA 5P3GA 3WZ7A 4YBFA 3SA7A 4H3IA 4B00A 5DR1A 3SACA 5HE4A 5P89A 4FAEA 5IVTA 5IVSA 3OAGB 5DR3A 3SA3A 3PGIA 4YD5A 1HIIA 1FQ8A 4ZEAA 5C9FA 3PSGA 5OZEA 4DJUA 1YTJA 3EM4A 3HAWA 5P3OA 2J9JA 3U7SA 1EC0A 5P0LA 4RVIA 3UDPA 1AJVA 1OEXA 5HCTA 3NU4A 4LC7A 3QN8A 3I25A 4EQ0A 2JJIA 4HLAA 2IKOA 1YT9A 3NDUA 2CENA 5P0YA 3QPJA 4RROA 5P0EA 4OC6B 4YD6A 4Y45A 5P5SA 3U71A 2O4SA 1MEUA 3LNKA 1VIJA 3T7XA 4BEKA 3DV1A 3KT5A 3LPJA 4QJ8A 4FM8A 4B77A 2BPXA 4NPTA 1IZIA 4Y48A 3KFNA 4GJ9A 3O9GA 3OWNA 5P3AA 3FSMA 4GJAA 4Y4EA 2HM1A 1XN3A 3HVGA 1ZBGA 2O4LA 1ER8E 4BFBA 3PWRA 2OHQA 5P0TA 5P8QA 3UDNA 1HSIA 5P37A 5SXNA 5P0BA 1LZQA 3K5GA 4RGHA 2R9BA 3HAUA 3OQ7A 5DGUA 4Y35A 5P55A 3GI6A 4DQFA 5OZZA 4Y54A 2VIJA 1EPRE 4B70A 3MSLA 5P39A 1D4YA 5HTZA 2I0DA 3KMXA 5P0HA 4M8XA 3DCRA 2ASIA 1LF3A 5P50A 4DJYA 3D3TA 5P7XA 1OEWA 3ZLQA 5OZQA 5P6TA 5P1LA 3BVAA 1MERA 4KE0A 4Y4AA 2PQZA 4HZTA 3ER5E 1BXQA 5OYUA 2PC0A 1TSUA 5HVPA 5P3PA 2PH6A 1HPOA 4GYEA 5P78A 5ENKA 4CPRA 1BWBA 1PPKE 4B05A 1EEDP 1ENTE 4FL8A 1FFFC 3IXJA 3U6AA 1A8KA 2G22A 5OZKA 4QJ9A 5KR0A 2AOHA 5PEPA 4TRYA 5P44A 3D91A 5P5XA 4HA5A 5P1BA 5P2ZA 2FNTA 4Y57A 2BQVA 2NMZA 2ZJIA 5P7GA 3M9FA 2QCIA 4WY6A 1EBZA 4PPHA 3TOGA 1BDLA 1GNMA 3D1YA 5P0IA 1JLDA 4KB9A 2P3BA 3BUHA 2FS4A 4OBKA 4QJAA 2G1RA 1G0VA 5DQ1A 3DJKA 2QZLA 2HS1A 4R92A 2MIPA 5COPA 2F80A 2OHLA 5F01A 3G6ZA 3EMYA 4YD4A 5P13A 5OZ0A 3NSHA 5DQ4A 1TZSA 5P46A 1OHRA 4I8WA 3EL9A 5P7HA 7HVPA 4MC9A 4Y39A 3SKFA 3HW1A 1EBYA 4Y53A 4Y5BA 5OYRA 5P3VA 1HSHA 2PSGA 5P1SA 3EKQA 3KFPA 4Y3GA 3S8IA 3LIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PWW A;  5P0D A;  5HDV A;  5P18 A;  5I3V A;  5P8N A;  3L59 A;  5P19 A;  3O9F A;  2VJ6 A;  5P88 A;  5CON A;  5HE5 A;  4ZE6 A;  5JFP A;  1HSG A;  4FGX A;  2HPE A;  4J1H A;  3DCK A;  4D85 A;  2AVV A;  5P83 A;  5AH6 A;  3QRV A;  1HRN A;  3VV8 A;  2I4U A;  1PFZ A;  4AA8 A;  5P7F A;  3NUJ A;  4LL3 A;  4EJ8 A;  1HTE A;  3NU3 A;  1CPI A;  4ZPF A;  2AZB A;  2F8G A;  2RKF A;  3L5D A;  5P75 A;  3LZU A;  4I0I A;  4Y58 A;  3LIQ A;  5DR7 A;  4FRK A;  5HD0 A;  2QD8 A;  5P4X A;  4YHQ A;  4GID A;  5P31 A;  2VA6 A;  4L6B A;  3OXC A;  2HB3 A;  5ISJ A;  4NJS A;  5DPZ A;  1BXO A;  2WEB A;  4J0V A;  5P0W A;  4Q5M A;  2AVM A;  1FQX A;  3SA4 A;  2V13 A;  1KZK A;  3LZY A;  5P0J A;  3QVC A;  5T4S A;  4CKU A;  2OHU A;  2QMD A;  3I7E A;  1DMP A;  5KQF A;  2R3W A;  1F34 A;  1TCW A;  3EBZ A;  1CZI E;  4MC1 A;  2OHK A;  4Y3M A;  1LS5 A;  2PMA A;  1AAQ A;  3OQF A;  4YOA A;  3OHH A;  5P8I A;  3TPR A;  2FGV A;  1APU E;  3FV3 A;  5P68 A;  1EBK C;  5P1X A;  3BXR A;  1B6K A;  4ZSM A;  3MWS A;  4GJD A;  4MC6 A;  2ER0 E;  2OHS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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