2XYEA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
molecule keywords PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyeA00
2IL2A 5P45A 2PQZA 4RVJA 5P7FA 5P49A 4PZWA 5P66A 5P2JA 5I3YA 2P83A 3IAWA 1BV9A 4GJBA 5P7ZA 1ENTE 5P77A 4K4QA 2ZHSA 3EM4A 5SXNA 3OWNA 1EPLE 1T6GA 2BJUA 3A2OA 5P3IA 1SH9A 3NU9A 2ZDZA 4Y3EA 5BRYA 5P5BA 3DOXA 1YM2A 3DV5A 1W6HA 5P1QA 4Y43A 3ZKXA 2PK5A 2ZYEA 2V00A 5P7EA 4YD7A 5P5GA 3SQFA 4MC1A 2ZJLA 2BPVA 2NNPA 1APVE 4PPHA 5HDZA 3NXNA 3NU3A 2AVSA 3HAUA 3PCZA 3IVHA 5P03A 5P17A 4J0TA 4H3GA 1LS5A 2QI5A 5P1JA 5P3GA 2G21A 5P2MA 4Y3GA 2RKGA 5P1MA 3OGPA 3WB4A 5P08A 3K1WA 4I12A 3HDKA 5OZZA 3PHVA 5P2BA 5P2CA 4BEKA 1MEUA 1B6LA 1W5XA 4K4RA 3OK9A 4I0ZA 5P14A 5P56A 2WHHA 1Z8CA 4HDFA 4J5JA 5P7KA 3SA8A 5JG1A 3ZPUA 3EKVA 4Y5AA 4RRSA 3S56A 4I1CA 4ZSPA 5P4JA 1MSMA 3T7XA 3BVAA 5P7NA 3EKYA 4KE0A 2P3BB 5AH9A 5OZVA 3EKXA 2P3DA 5P4ZA 2P4JA 4I0IA 2ZJHA 5I3VA 4Y35A 4EYRA 4GZFA 5ISKA 1SIVA 3JVYA 1B5FA 2QMGA 2IQGA 4DJOA 1ER8E 5OZ3A 5P76A 1ZAPA 1BWBA 3NDWA 5P8GA 1OD1A 4DJYA 1TCWA 3OAGB 2F81A 1C6XA 3VV6A 3UDMA 4RYCA 2NXDA 4RZ1A 1FKNA 5P2FA 4Y3WA 3ZMGA 1APWE 1FG6C 2QCIA 5P6JA 4Y5GA 4ACXA 4BELA 1EC0A 3LINA 2NXLA 5P0OA 4L6BA 4B0QA 1ME6A 1C70A 2G27A 3AIDA 5P6PA 2QI6A 4EHCA 1HVHA 3D1XA 1HVJA 2P3AA 3UDJA 4CKUA 2QNPA 1FLHA 5P6BA 4EJDA 1T6EX 1LZQA 1N49A 3NUJA 1QBRA 4FIVA 4I10A 4FCOA 2UY0A 5ISJA 3LPIA 3HZCA 4TRZA 3WZ8A 3PGIA 4OC6B 5P61A 5P48A 2Q11A 2XYFA 2G26A 3PSYA 4ZLSA 3NU6A 5C9FA 1MRWA 4R8YA 5P5JA 5AH8A 4B1EA 4B1CA 3BVBA 4JPCA 2WF4A 3IN3A 5E5JA 3MWSA 5P31A 3ZL7A 4YD5A 3O9IA 5P6FA 3MSJA 5P38A 2J9KA 3DJKA 5P23A 5P52A 5P7LA 2I4QA 4UPJA 5IVSA 1EC3A 2ER7E 3EC0A 4EXGA 3T7QA 3S7LA 1APUE 4DJUA 3TTPA 2QK5A 3L59A 4Y41A 4LC7A 3NYGA 1KJ7A 5P1CA 3VFBA 2Q64A 4Z22A 3QIHA 5P58A 4ER2E 4Y6MA 4Y3RA 3G6ZA 4DUSA 5P1EA 3PVKA 4KB9A 4I0DA 4EPJA 2AZ8A 4Y3DA 5P6OA 5P1UA 3O9LA 3I2LA 5P1PA 1W5VA 5P3ZA 4R93A 3IA9A 5P8KA 2R5PA 3Q70A 4FRSA 3U71A 5P2OA 3LIXA 3OOTA 3EXOA 3L5EA 2QZLA 3BUFA 1ODYA 3AUPA 3OHFA 4EJLA 1WKRA 2QI3A 3KMYA 5SZ9A 3EM6A 1QBSA 5P28A 1EC1A 5APRE 4ZSMA 3IN4A 3DUYA 4EJKA 5P3LA 1LF4A 1HIIA 3T6IA 3KT5A 4AA9A 2VIYA 3ER5E 5P4XA 1LF3A 2ER0E 4YE3A 4DPIA 1IZDA 2R9BA 4J1HA 5P3TA 1FIVA 5P8IA 2FXDA 5AH6A 5DQ5A 2ZJKA 3LZSA 2VNNA 1GVTA 3OQAA 5ENMA 2PH6A 1TCXA 4Y4TA 1W5YA 2BKSA 3EL0A 3ZPTA 3UDRA 4MC6A 4OD9B 5AHBA 2V13A 3OQKA 3BUGA 4RVXA 3QVIA 1LYAA 3ZLQA 1LYBA 5P7CA 1W50A 2HIZA 3LITA 3T7PA 3TLHA 5P1KA 5P4IA 1YG9A 4Y5NA 5OYUA 3PSGA 4L7HA 3PSUA 1XN2A 3OADA 5P0XA 2OHQA 5P4NA 3GGAA 4YCYA 3URLA 2FNSA 5P0RA 1YTIA 5P7TA 3FSMA 5P7DA 3NDXA 3NR6A 5P70A 5P6NA 4COEA 5P40A 3KFRA 3L5DA 1YM4A 5P1AA 3RTNA 4JOOA 5KQFA 5P1RA 5P4YA 1BXOA 2G22A 3I25A 1IDBA 3EM3A 5OZXA 1D4YA 4NPUA 5P34A 5P2EA 1UH7A 1HPXA 3H5BA 5P4EA 5UPJA 1EPNE 3S43B 4YOBA 5P0GA 3EL4A 3TH9A 1HSHA 3QROA 3PLLA 2H6TA 3OY4A 5P4BA 4NJUA 5OYSA 4B70A 4LXKA 4RYGA 5HCOA 5CONA 1HTEA 4EQJA 5P4KA 5P5DA 1XL5A 4RGHA 4Y3LA 3LHGA 2BPYA 3EL5A 4ER4E 1RPIA 5P06A 5I3XA 5OZTA 5P54A 3NWXA 4GJAA 1OEWA 1GKTA 2AOEA 5EZXA 4R91A 5P3WA 5P62A 1EPRE 1ZLFA 5P02A 4CMSA 5KR2A 2Q63A 3DM6A 4DJRA 2VKMA 3RTHA 4MC2A 2AQUA 3K4VA 3EKPA 3VV8A 2RSPA 5AH7A 4KUPA 1HRNA 1OEXA 1SDTA 2HB3A 5EZZA 2CENA 5P4DA 3O9EA 5P7IA 4D89A 1BDRA 3DCKA 3SLZA 4L7JA 5P2HA 3ZKNA 2VIEA 5P5IA 3FNUA 4TVGA 4HLAA 2NTRA 2O40A 5P6IA 5P1WA 3SM2A 1BIMA 4Y3PA 4F73A 1NPAA 1ZSFA 5DQ2A 4K4PA 5P6LA 5IE1A 5P1IA 5P30A 1XL2A 5P0JA 2VA5A 5HE7A 5AHCA 3O9AA 5I70A 2IGXA 5P67A 4LAPA 5P8QA 1HEGE 5P53A 2QNNA 1IDAA 5P26A 4DJVA 3N4LA 2OHUA 1SGZA 5P8BA 1K6PA 4CPTA 2B60A 3RTMA 2B8LA 4APRE 3O9BA 5P7WA 1UH9A 1MTBA 1DPJA 2WF0A 5P5VA 3UPJA 2ASIA 5P6TA 2CEMA 2G1NA 4Y4WA 5P01A 1D4SA 3R2FA 5P50A 4AZYA 1APTE 4GJ8A 1OHRA 5P6EA 3M9FA 2AOJA 4Y47A 3KFSA 5P0CA 3VYFA 3S43A 3URIA 5HD0A 4Z2ZA 2NNKA 1G2KA 5P4SA 6APRE 5HTZA 3RU1A 2VS2A 1JLDA 5P0AA 2BPXA 2HAHA 5P1HA 1HBVA 4OBFA 4D85A 5P7GA 1F34A 1ZPAA 2R43A 2FMBA 3B80A 5DGWA 4JP9A 2SAMA 2I4VA 4J1EA 3VF5A 5P7VA 3QAAA 3PRSA 4FM7A 5IS4A 1AZ5A 1B5FB 3L5FA 1Z1RA 3GI6A 3PWMA 5OZYA 5B18A 1FGCC 4TVHA 5OYYA 4HE9A 5DR1A 4FAEA 5P2IA 1J71A 4NJSA 4Y5LA 3UCBA 3RSVA 3OQDA 1HTFA 3U6AA 4YD6A 1SP5A 5F00A 5P1GA 5P5KA 1LYWA 3R0WA 3VFAA 2WKZA 3L58A 5P73A 5P5MA 5P6YA 2ZJMA 3Q5HA 3QVCA 5KOSA 1RQ9A 3I6OA 5KR8A 5P39A 3O9HA 1HPVA 5HE5A 4Q1XA 4M8YA 2I4XA 5C9BA 1C6YA 5P6SA 3BRAA 5P4TA 4HEGA 5P2DA 5P57A 2QHZA 2O4LA 5JODA 5OZ8A 1UPJA 5P3MA 4NKKA 1TQFA 3D3TA 3KA2A 2I0AA 2FIVA 3TPRA 5P33A 2IS0A 3D1YA 1FFIC 2Q55A 5OZNA 1Z1HA 1F7AA 2G94A 3HW1A 3VG1A 4X2LA 4FSLA 4OBJA 1T7IA 4MC9A 3LNKA 1HSGA 1KJ4A 2CEJA 1XS7D 5P15A 2QU2A 1SDVA 5P80A 1E81E 1FMBA 1HVIA 3I7EA 4X7IA 4WY1A 4LHHA 4I0HA 5P78A 3K4VC 4IVSA 3MXDA 5DR8A 5P68A 5P4GA 4I11A 3PWRA 4RCDA 4BFDA 4L7GA 4Y48A 4Y5PA 4EP2A 4Y4EA 5P0IA 1PFZA 1HPSA 4N00A 3OU3A 2B42A 4DI2A 3HVPA 4U8WA 5P4VA 4CPRA 4HA5A 3SA6A 3APRE 5J25A 2HS1A 4JECA 2WF3A 2FDEA 5P82A 2B7FA 5P6GA 3T3CA 5P8VA 3QBFA 5P18A 1EBKC 1IVQA 4EWOA 2FXEA 1K1UA 3SA7A 3CIDA 5P6CA 5P0PA 5OZAA 5JFUA 5OZBA 5P2AA 4CPSA 3K5CA 3WB5A 4Y3NA 4Y54A 4Y5MA 5P5YA 3TPLA 3VV7A 3TL9A 1WBMA 3O9LB 3SAAA 5P5XA 1LV1A 2A4FA 5P3CA 4YHQA 1AIDA 2QI4A 5P3JA 5P3OA 1NPVA 2XFKA 2R8NA 4U7VA 5IVRA 1B6PA 5P5CA 2O4KA 3WSJA 5P3PA 1DAZC 5P7AA 4YDFA 3PMYA 2JJIA 4Y3QA 4S1GA 4D8CA 3JW2A 4F74A 3O9GA 4YOAA 2HC0A 3IXOA 5P3FA 1DIFA 5P41A 3SA9A 1BWAA 3PJ6A 3TPPA 4Y4ZA 2RENA 2JXRA 1SMRA 1QBUA 5P0TA 5P2TA 1W5WA 1LEEA 2F80A 5P0EA 2G20A 1FMXA 3EKWA 3QI1A 3L38A 3OGQA 5P2UA 5IVTA 1FMUA 3KFNA 4FE6A 3B7VA 5P8FA 4ER1E 1LYAB 2VIZA 2ZGAA 5COPA 4XKXA 5OZFA 4FSEA 5P5WA 1LYBB 2AOHA 5P8HA 3SO9A 2NMYA 1ODWA 1MSNA 3UTLA 3KFPA 5OZ5A 5P1XA 3BUHA 1MUIA 3OQ7A 1EBYA 3KF0A 5P4MA 3OADB 1AAQA 4Y3JA 3NLSA 4Q1WA 2FDDA 3D1ZA 5P5OA 1ODXA 2FGVA 3ZPSA 3LIZA 3OUDA 1TSQA 5P2RA 4Z4XA 1G0VA 1FFFC 3CYXA 2Q5KA 4RROA 5P04A 5P3HA 5HCTA 2JJJA 1ZP8A 1E80E 1IVPA 4FRIA 5OZRA 2V16C 4DJQA 1M0BA 4QJ7A 5P5LA 2WEDA 2WF1A 5P2ZA 4DQGA 5P4HA 4FL8A 2RKFA 1EBWA 5ENKA 1GNNA 1EPME 3VLAA 5OYTA 5HU0A 3QS1A 5P86A 4Y3SA 4NJVA 5P5PA 1B6KA 4CPUA 1FF0C 1U8GA 2WEZA 4DQEA 3PCWA 4Y4GA 5P19A 2A1EA 3BGCA 3LIVA 5DQ4A 5P6DA 3PLDA 3L3AA 1DP5A 2O4SA 3SABA 5P7JA 1NPWA 1HSIA 3UQRA 5OYVA 4FRJA 3S7MA 4ACUA 1QS8A 5P8EA 5C9DA 2VA6A 5P71A 4YA8A 4ZSRA 3IGBA 5P7YA 3L5BA 7UPJA 3CKRA 1K6TA 5P2WA 2JE4A 3OU4A 4I0JA 1W51A 5P8DA 2PH8A 5P4AA 3SKGA 3CICA 5HDXA 7HVPA 1VIKA 1FQ7A 4J1FA 4OBDA 1AM5A 5P8NA 2G1RA 5P09A 5F01A 4JPEA 1K1TA 3D20A 5P0SA 3TNEA 3OXXA 2O4NA 4GMIA 1FQXA 3EMYA 4J54A 3SA5A 5DR3A 1TSUA 5OZLA 3DCRA 3BGBA 5P1OA 3BHEA 5P3NA 2OF0A 5P4LA 1DW6C 3TPJA 2PYMA 4GJCA 3OOZA 3PMUA 3FNTA 4K9HA 4K8SA 5P5HA 4Y5EA 5OZIA 4Y4JA 3LZYA 4GIDA 4WY6A 5P4OA 3UQXA 1T7JA 4RLDA 3RSXA 3GGVA 2I0DA 3QP0A 2EWYA 4Y3TA 5P16A 5P11A 4HDPA 2BBBA 4Y4UA 2AVOA 5DGUA 1PSNA 2HPFA 4J1CA 5P7RA 1SMEA 4Y57A 5E5KA 2P3CA 2QD8A 1ZJ7A 2PSUA 3GI4A 5P2VA 3VSWA 1GNOA 5HDUA 5P8TA 2I4UA 3OUAA 4DV9A 5P8MA 4QLHA 5P1ZA 3K5DA 3UDNA 5P3RA 5P1VA 2OHPA 2F3FA 5P7MA 2NMZA 1MPPA 2OHRA 5P4FA 1A94A 5P7UA 4ZPEA 1HXWA 4TRWA 5P3UA 2VA7A 4RCFA 2O4PA 5P3YA 4RCEA 3UQWA 1LYWB 3HD8A 3NXEA 3G72A 1D4LA 4Y5BA 4Y5KA 2WEAA 2AOIA 4I8ZA 3ER3E 1MERA 4Y50A 5P1LA 2ZJNA 4DVFA 3HLOA 4Q1NA 5P4WA 1Q9PA 5COOA 3NU5A 5BWYA 8HVPA 1FQ5A 3QRVA 3O9FA 3QPJA 3WZ7A 3FX5A 4IVTA 4HVPA 3CIBA 5P1NA 3HVGA 4Y5CA 4Y4XA 5P6MA 2Q3KA 1AVFA 4Y58A 5P42A 4J1KA 3R4BA 2XFJA 3S2OA 1B6MA 2V10C 5P83A 3CMSA 4J0YA 4OBZB 1BDQA 3KYRA 5KQZA 1BDLA 3G70A 2G24A 5P55A 3NSHA 1BBSA 3MSKA 5P2KA 3GGXA 4TRYA 5OZJA 5DQ1A 1PPLE 1FB7A 3TOGA 3PM4A 5P88A 4AA8A 4B78A 1FQ6A 3INHA 3WZ6A 1EC2A 3R0YA 4ZIPA 1XN3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IL2 A;  5P45 A;  2PQZ A;  4RVJ A;  5P7F A;  5P49 A;  4PZW A;  5P66 A;  5P2J A;  5I3Y A;  2P83 A;  3IAW A;  1BV9 A;  4GJB A;  5P7Z A;  1ENT E;  5P77 A;  4K4Q A;  2ZHS A;  3EM4 A;  5SXN A;  3OWN A;  1EPL E;  1T6G A;  2BJU A;  3A2O A;  5P3I A;  1SH9 A;  3NU9 A;  2ZDZ A;  4Y3E A;  5BRY A;  5P5B A;  3DOX A;  1YM2 A;  3DV5 A;  1W6H A;  5P1Q A;  4Y43 A;  3ZKX A;  2PK5 A;  2ZYE A;  2V00 A;  5P7E A;  4YD7 A;  5P5G A;  3SQF A;  4MC1 A;  2ZJL A;  2BPV A;  2NNP A;  1APV E;  4PPH A;  5HDZ A;  3NXN A;  3NU3 A;  2AVS A;  3HAU A;  3PCZ A;  3IVH A;  5P03 A;  5P17 A;  4J0T A;  4H3G A;  1LS5 A;  2QI5 A;  5P1J A;  5P3G A;  2G21 A;  5P2M A;  4Y3G A;  2RKG A;  5P1M A;  3OGP A;  3WB4 A;  5P08 A;  3K1W A;  4I12 A;  3HDK A;  5OZZ A;  3PHV A;  5P2B A;  5P2C A;  4BEK A;  1MEU A;  1B6L A;  1W5X A;  4K4R A;  3OK9 A;  4I0Z A;  5P14 A;  5P56 A;  2WHH A;  1Z8C A;  4HDF A;  4J5J A;  5P7K A;  3SA8 A;  5JG1 A;  3ZPU A;  3EKV A;  4Y5A A;  4RRS A;  3S56 A;  4I1C A;  4ZSP A;  5P4J A;  1MSM A;  3T7X A;  3BVA A;  5P7N A;  3EKY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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