2XYEA

Hiv-1 inhibitors with a tertiary-alcohol-containing transition-state mimic and various p2 and p1 prime substituents
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HIV-1 Protease Inhibitors with a Tertiary Alcohol Containing Transition-State Mimic and Various P2 and P1' Substituents
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1 (z2/cdc-z34 isolate)
molecule keywords PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2xyeA00
3ZKXA 3K4VC 5P1ZA 1LYAB 3TKWA 3I7EA 5P7DA 3S43B 3PLLA 3EKPA 4PZWA 4OBHA 2Q11A 3IA9A 2OF0A 3AIDA 3HBOA 1LF3A 4I8WA 4DPIA 1DPJA 3LPJA 1META 3DV5A 4RYCA 1LYAA 5P1XA 4K9HA 4DJXA 1MERA 4HZTA 5HE5A 1LF4A 1LS5A 5P8NA 5P4PA 5P4WA 2I4QA 4ZPGA 3CIDA 5P0AA 1T3RA 5P6CA 3S2OA 4R93A 1RV7A 4H3GA 5I3XA 1DAZC 1G0VA 3LIVA 1GVTA 5P6AA 3F9QA 1D4KA 6FIVA 5P39A 5OYVA 1FFIC 4QJ7A 1C70A 3VSWA 5P3EA 2QMFA 1SIVA 4WY6A 3FX5A 3OXXA 4HLAA 1T6GA 3UDYA 3VFBA 4XXSA 4I0JA 5P24A 2PH8A 2XYEA 2PYNA 4K8SA 1EC2A 3SA3A 3OXWA 1EBYA 2Q5KA 5P3GA 1TCWA 3OAGB 4D89A 1FQ4A 5P00A 2NNKA 2QZKA 1FLHA 5P5DA 3QBHA 5P2VA 5P81A 5P60A 1AAQA 1BWAA 5P63A 4CKUA 3SM1A 5P37A 1MT7A 5P7RA 4ZLSA 3KMXA 2ER0E 5P7OA 3T7PA 3EKTA 1HVKA 3OAGA 3UFNA 4RCDA 3WZ6A 3NWQA 4B1CA 2OHSA 5P8VA 3KN0A 3EC0A 2CENA 2ER9E 4I0HA 2F80A 5OZCA 5P4SA 2VIJA 3SLZA 1CZIE 5P1KA 4RZ1A 4AA9A 3O99A 2IDWA 2P3BB 3G70A 5P6PA 4EYRA 5OZVA 5P1OA 2RSPA 1E81E 2QI5A 5P3ZA 3EMYA 3MSJA 2WF0A 1W5VA 1KJ4A 4Q1WA 3OK9A 5P08A 3OADA 5P0MA 5P4FA 5P2SA 4APRE 2BPYA 3SACA 2P3BA 5P1IA 5SY2A 5P2FA 5P3NA 2QI3A 3S56A 2WEDA 4M8YA 5P2DA 5JFUA 1SBGA 1FG8C 2G24A 4J0VA 3CMSA 2ZJIA 5P25A 3SPKA 5P2OA 3VG1A 2AOFA 5P64A 4FM8A 5OYQA 1AJVA 5ER2E 1IZEA 3GGUA 5C9BA 4J1CA 1UH9A 4ER1E 5ISJA 1ZJ7A 1RL8A 4Y36A 3NU5A 3OUBA 2QCIA 3NU6A 1NPAA 2Q15A 1A94A 5DGWA 5OZNA 5P80A 1HPSA 1YG9A 1XN3A 3HDKA 2MIPA 1A30A 3U71A 5DR0A 5P5YA 5C9FA 4Y3WA 5P0PA 3PRSA 2QZXA 5P4RA 5P4CA 1SDTA 4Y54A 1FQ8A 5P3YA 1Z1RA 1GNMA 5OZWA 2A4FA 2IGYA 5P2JA 3EXOA 5UPJA 4YCTA 4LP9A 5OYXA 5JODA 2AVQA 4QLHA 4YD5A 5P66A 3TNEA 3L5FA 5F00A 1HVHA 2UXZA 4D83A 2QP8A 2VJ7A 4GJ8A 1LV1A 3TKGA 4CP7A 3TOFA 2VNNA 5OZLA 1QS8A 1K2CA 4Y3XA 2BKSA 5P2MA 3KM4A 5P5UA 5P01A 3IGBA 3T7QA 5OZ3A 3PSYA 4RVIA 5P6NA 4DJRA 3NYGA 4Y3RA 3EL0A 2BPVA 5PEPA 2WJOA 3RVIA 3RSVA 5BWYA 4Y4AA 5CONA 4BFBA 3EL4A 1D4HA 3CYXA 1AJXA 3O9AA 4OBKA 4Y5AA 5OZBA 5P5VA 3OXVA 4YA8A 4COEA 3QP0A 5P2GA 2F3EA 1Z1HA 5BS4A 2G1YA 4JOOA 5P7MA 5P6BA 1W6HA 4Y5KA 4YBFA 5P4ZA 4DQCA 3L5DA 3K5GA 5P1PA 1K1UA 4TRWA 2AZ8A 2ZJKA 4FM6A 4Y38A 1HVRA 2Z54A 3PBDA 2QHZA 1K6VA 2PK5A 2P3CA 3TOHA 2VNMA 5P6OA 3U7SA 5IS4A 3Q5HA 5P7FA 1FG6C 1RPIA 4HDBA 2NXLA 5BRYA 3EKYA 4RCEA 5EZZA 5OZRA 2I4XA 5P1MA 5P7PA 2OHQA 4I8ZA 2O4LA 3LNKA 5P30A 3FV3A 5P0DA 5P0NA 8HVPA 4FAFA 2P3AA 3O9CA 3DV1A 1HIVA 5OZ9A 5SZ9A 1BDLA 5P8PA 3SKGA 5P5OA 2FGUA 2JJIA 5P5HA 1HXWA 1LYWB 2QD7A 5P7VA 1IDBA 5P4JA 1W51A 2QD6A 4OBFA 5P7WA 5P44A 1ENTE 5P0KA 5COPA 5OZPA 1APWE 3R1GB 5P0FA 1SDVA 1FB7A 5P4OA 1XE6A 3OY4A 4I0IA 2HB3A 3K5FA 1HIIA 5ENMA 2VIEA 1LYWA 2OHRA 4CMSA 3O9DA 5HVPA 1IBQA 5P3HA 1FQXA 3L3AA 2BQVA 3O9GA 3Q4BA 4ZSQA 1OHRA 3AUPA 5P0CA 5P5RA 3UQPA 1OD1A 3OU3A 2NXMA 5P3WA 2ZJLA 2VA7A 5OZEA 4Y35A 4OD9B 4YHQA 3ZPTA 2PWRA 3K5DA 5FIVA 3LHGA 3S8IA 3O9BA 3ZKMA 3EM3A 4EXGA 5P0VA 5P6MA 2ZDZA 2RENA 5P2YA 4Y5CA 5P8OA 3QBFA 5P7NA 4J5JA 5P7AA 1HTEA 5P11A 5OZUA 5P7EA 2ZJHA 5P1LA 3T3CA 3VYFA 3BGCA 5P33A 2AODA 3T11A 5DQCA 2PC0A 2CEJA 1XL5A 1UPJA 2Q55A 4EP2A 3LIZA 2B7ZA 1EPME 4H1EA 4E43A 2WF1A 1HRNA 5OYSA 4FRKA 5P34A 5HD0A 4Y3NA 3H0BA 1T7KA 3SA5A 5OZ2A 1K6TA 4KE1A 3FNSA 3NSHA 3OU4B 5P3DA 5DQ4A 1DIFA 1AIDA 5P6RA 5P6WA 1KJ7A 5P14A 1B5FB 5P73A 1HTRB 3WB5A 5OZAA 4DJOA 5P7UA 4Y3MA 2F8GA 4Y3EA 4WY1A 3UCBA 4Z50A 3INDA 4LXMA 2NMYA 4RYGA 3CYWA 4RVJA 5P61A 5P72A 4FSEA 3OQFA 2JE4A 2WF4A 3ZLQA 4GB2A 5P5WA 1EEDP 1U8GA 1SP5A 5P12A 1E80E 4KB9A 5P1RA 5P3RA 2G69A 2NMZA 2IS0A 1G2KA 5P58A 1MT8A 3G72A 4DFGA 3KT5A 5I3WA 3TOGA 2I4VA 3URIA 1BIMA 5P10A 1AZ5A 5AHCA 4Y48A 4GJDA 4GYEA 5P4GA 1EAGA 5OZ6A 3IN3A 5DPZA 5P8MA 1EPQE 2BBBA 1HTFA 2WEBA 5P62A 3KA2A 2VA5A 3O9EA 4NPTA 2ZJMA 4D8CA 4I0ZA 2ZHRA 4DJUA 3PCWA 4FRSA 4Y5MA 4EP3A 4X2LA 4LAPA 3OUDA 2V11C 2QD8A 4I12A 5P04A 2IENA 2AOJA 2R3WA 5P3KA 2QZWA 2ASIA 4NJTA 4EQ0A 4KE0A 1IVPA 5P43A 2V16C 3UDHA 3R2FA 4PPHA 2ANLA 3QIHA 3OGPA 3KFSA 5KQFA 4MC6A 3PSUA 4Y3DA 1LF2A 5OYYA 5P6QA 3VV6A 5P75A 5P4YA 1TSQA 3QVIA 2ZHSA 2AOIA 4Y4JA 4QJ6A 4JPEA 5P5SA 2B7FA 1D4LA 3UQXA 3BVBA 3GI0A 2HC0A 2R38A 1GNNA 1MVPA 3NR6A 2AVSA 3TPLA 4GJCA 1B6LA 3GI6A 3GGVA 2OHLA 4Y3HA 1WBKA 4LC7A 5P32A 3UDQA 9HVPA 5P70A 1BDQA 3MXDA 3EBZA 5CLMA 4Y47A 3PI0A 1EBKC 2OHPA 5P1QA 1WBMA 4YD7A 3I2LA 2WF2A 5P3OA 3SA7A 3ST5A 4WTUA 1AVFA 1PFZA 5AGZA 2R3TA 2UPJA 3NWXA 2IKOA 3ZKQA 2FXDA 7HVPA 5DR8A 2QNQA 3TPPA 2V0ZC 1BILA 2XYFA 2FXEA 1TZSA 5P0TA 1BBSA 4DJVA 5P5CA 3PEPA 3HW1A 2VIYA 5P8RA 5P3LA 1ZPAA 3OQDA 5P57A 2R5QA 4BFDA 3LIXA 2G94A 4Y3YA 3URLA 3D1YA 4NJVA 3LZVA 4Y56A 3PHVA 3NXEA 4MC9A 2V12C 4Y4GA 5P48A 1VIJA 2G1NA 1ZAPA 5AH8A 3HVGA 4F76A 3OUAA 2FLEA 5P87A 5P0IA 3DM6A 4XX3A 5P0LA 3VV8A 2AQUA 3M9FA 5P18A 3OADB 1MPPA 5P7YA 5P1NA 5P0XA 5P2BA 3VYEA 2Q54A 1GKTA 2BB9A 3OQ7A 3UDNA 3K5CA 3IN4A 1BXQA 4Y3AA 3ER5E 1EPOE 2HIZA 3D20A 4B72A 4EJ8A 4ER2E 2V10C 1EC1A 5P5TA 3WZ7A 3PVKA 5IVSA 3PM4A 3VV7A 4H3JA 5P53A 1SMRA 2AOGA 4H3FA 4Y3GA 2ZJJA 5P2CA 1YX9A 5P3AA 5P5NA 2Q3KA 1FIVA 1ODWA 2HB2A 3SAAA 3JVYA 5P8QA 2BPXA 5P8GA 5T4SA 3L38A 3KDDA 3RTNA 3QRMA 3EL9A 3QVCA 4DPFA 3GI4A 5P54A 1YM4A 4R92A 1B6MA 5P3FA 2BPWA 5P88A 5KR1A 2QZLA 2F3KA 5P4IA 1ZSFA 3LZUA 2FIVA 4FCOA 5P8KA 3INFA 4UPJA 3HZCA 3UHLA 1HVJA 1MIQA 2NXDA 4U8WA 5P29A 5P5MA 6APRE 5DQ2A 4FAEA 1GNOA 4GZFA 4BELA 4FLGA 1ER8E 1CPIA 2R9BA 4Y3SA 2Q63A 1B6PA 1TSUA 3PMUA 3LZSA 4Y6MA 3L5EA 4HEGA 1KZKA 4RRSA 1XL2A 2VJ9A 4TRYA 4L6BA 4MC2A 5P22A 5P6FA 3IVIA 5P82A 5P6IA 4CPRA 2J9KA 5P6TA 4KUPA 2RKGA 3URJA 2IKUA 1D4SA 1J71A 5P7QA 1K6PA 1T6EX 5J25A 5P2UA 3JW2A 1KJFA 3PWWA 1M43A 4DJQA 6UPJA 4Y4WA 2AVOA 3FSMA 1BVEA 1E5OE 5OZXA 1M0BA 4IVTA 4LHHA 4Q1NA 5OYUA 4Y51A 5OZQA 3BC4A 4TRZA 2F81A 5P5JA 3ZKIA 4JPCA 5P0QA 3SM2A 5P7XA 3APRE 4EQJA 5P19A 5P7LA 4HVPA 2I0DA 1FGCC 3NDTA 3NLSA 3APPA 3BUHA 1C6YA 5COOA 4D88A 2BPZA 3PLDA 4FRJA 5KQYA 5P1WA 2HAHA 3UDKA 1OEWA 1W5XA 3O9LB 4FGXA 3EM6A 1EC0A 2QI7A 3KF0A 4J1KA 1PPME 1QBUA 3UTLA 2A1EA 3S54A 4Y58A 3TPJA 5P4NA 1KJHA 1M4HA 3FNUA 4S1GA 5OZ0A 5P8FA 1FQ6A 5P7GA 2IRZA 3O9LA 5P7CA 5E5JA 4GMIA 4ZPFA 3ZOVA 4NKKA 1C6XA 5P6EA 4U7VA 1RQ9A 3OQAA 4RCFA 4Y4DA 4Y3ZA 2FDEA 5P4MA 3L59A 3S53A 3BGBA 5P3VA 4LL3A 2G1SA 2F3FA 1FFFC 4ZSPA 5HDVA 5P59A 3OTYA 3IXJA 5DQ5A 2HS2A 5P0BA 4DQGA 1MTBA 5OZYA 4GJ5A 1D4IA 3L5BA 4Y4BA 4R8YA 5P2IA 4DVFA 4Y57A 3KT2A 5P1HA 3UQUA 5P1SA 5P52A 5P50A 4Y3FA 2QU3A 5P40A 1OEXA 1W50A 5P0HA 1SDUA 3NU9A 5P5XA 4DQFA 5P8HA 2P83A 5P3JA 2UY0A 1TQFA 3I8WA 3NDXA 5P4DA 3NDWA 4YDFA 5OYRA 4GIDA 4Y53A 5IE1A 1T7JA 1YM2A 4OBZA 4OBGA 2J9JB 2O4NA 5P67A 3QS1A 5P0RA 4L1AA 3SA8A 4GJ7A 5IVRA 4Y5PA 5P17A 5P2XA 1HIHA 1LYBB 5P2RA 1MEUA 5P6KA 2JJJA 4QJ9A 5P5LA 5I3VA 2PSVA 4N00A 4ER4E 4EJKA 3HVPA 4RRNA 3L58A 1HSGA 4Y4XA 4J1EA 2J9JA 1EPRE 5IVQA 2IGXA 5DGUA 3TPRA 3VFAA 2FGVA 3TH9A 4L7HA 1QBRA 1LYBA 1BDRA 2QMPA 4R91A 5P6JA 5HCTA 5P6VA 4CPXA 5KQXA 2P4JA 3INEA 4RROA 2QHCA 2PSUA 5P4TA 5P8EA 1SGZA 3VF7A 4LXAA 5P79A 2AVVA 2R5PA 4Y5LA 5P1TA 5P0SA 5P8DA 1F7AA 1SMEA 4YD4A 3CIBA 3WSJA 1IZHA 5TOLA 2BKTA 3OXCA 1FKNA 5DR1A 5P3UA 3ZL7A 1FQ7A 1HEFE 3GGAA 2I4WA 4GJ9A 3DK1A 5P1YA 4FSLA 5P0UA 3KFPA 2QNPA 2G1RA 2HS1A 1UH8A 3D91A 1RNEA 3BUFA 2NNPA 5P2EA 3ZKSA 1HPXA 5P4QA 3LPKA 1FMUA 4ZSMA 4Y9WA 1QBSA 4EPJA 5P71A 2I4DA 4Y3LA 3ZMGA 5B18A 2RMPA 3ER3E 5P1VA 2G22A 1K6CA 4Y3PA 2CEMA 3NU3A 2I4UA 1WKRA 1VIKA 1N49A 4TVGA 5P20A 1BVGA 5P1GA 1FF0C 5OZSA 3RTHA 1YTGA 3OTSA 4PYVA 2HB4A 1SIPA 4LXKA 3VCMA 2JYSA 5P3BA 2PH6A 5P77A 5P23A 5P2KA 4R95A 5P7SA 1LEEA 1HVIA 3UF3A 2WF3A 1ODXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKX A;  3K4V C;  5P1Z A;  1LYA B;  3TKW A;  3I7E A;  5P7D A;  3S43 B;  3PLL A;  3EKP A;  4PZW A;  4OBH A;  2Q11 A;  3IA9 A;  2OF0 A;  3AID A;  3HBO A;  1LF3 A;  4I8W A;  4DPI A;  1DPJ A;  3LPJ A;  1MET A;  3DV5 A;  4RYC A;  1LYA A;  5P1X A;  4K9H A;  4DJX A;  1MER A;  4HZT A;  5HE5 A;  1LF4 A;  1LS5 A;  5P8N A;  5P4P A;  5P4W A;  2I4Q A;  4ZPG A;  3CID A;  5P0A A;  1T3R A;  5P6C A;  3S2O A;  4R93 A;  1RV7 A;  4H3G A;  5I3X A;  1DAZ C;  1G0V A;  3LIV A;  1GVT A;  5P6A A;  3F9Q A;  1D4K A;  6FIV A;  5P39 A;  5OYV A;  1FFI C;  4QJ7 A;  1C70 A;  3VSW A;  5P3E A;  2QMF A;  1SIV A;  4WY6 A;  3FX5 A;  3OXX A;  4HLA A;  1T6G A;  3UDY A;  3VFB A;  4XXS A;  4I0J A;  5P24 A;  2PH8 A;  2XYE A;  2PYN A;  4K8S A;  1EC2 A;  3SA3 A;  3OXW A;  1EBY A;  2Q5K A;  5P3G A;  1TCW A;  3OAG B;  4D89 A;  1FQ4 A;  5P00 A;  2NNK A;  2QZK A;  1FLH A;  5P5D A;  3QBH A;  5P2V A;  5P81 A;  5P60 A;  1AAQ A;  1BWA A;  5P63 A;  4CKU A;  3SM1 A;  5P37 A;  1MT7 A;  5P7R A;  4ZLS A;  3KMX A;  2ER0 E;  5P7O A;  3T7P A;  3EKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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