2Z4OA

Wild type hiv-1 protease with potent antiviral inhibitor grl-98065
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Potent new antiviral compound shows similar inhibition and structural interactions with drug resistant mutants and wild type HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2z4oA00
3D20A 4Y9WA 4J54A 4NJUA 3KN0A 1IVPA 2NNPA 1ZTZA 5OZAA 5JFUA 2VJ6A 4HLAA 4I0GA 3O9IA 2CEJA 3TPPA 4M8XA 3WZ7A 1ZSFA 3U6AA 5P3AA 5JFPA 4FRIA 2O4PA 3DK1A 1AJVA 1ODYA 1AAQA 2P3BA 5P7WA 1K6TA 4OBGA 5APRE 2VA6A 5P2DA 3OY4A 4I11A 2PK5A 5P54A 3OHFA 5P7TA 2AIDA 3S56A 5P15A 3O9LB 1D4YA 3RVIA 4Y4XA 1XE6A 1K1TA 5P3NA 1HIIA 2PYNA 1EPME 1HTGA 5P7UA 5P5LA 5DR0A 2EWYA 5P4SA 2CENA 4IVSA 4YBIA 2QMPA 2RSPA 4YBFA 5P86A 2FLEA 3MXDA 3HVGA 1OEXA 3HBOA 1BWAA 1ZPKA 1HHPA 5P1BA 2R38A 4Y35A 4Y3ZA 4ER4E 5F01A 1XDHA 2MIPA 8HVPA 2O4NA 3GI6A 5HDUA 4RCFA 1QBRA 4RVJA 3K4VA 3OQ7A 2ZJKA 2B7FA 5P6XA 4I0FA 1IDAA 3APPA 4GB2A 5P4TA 2PSVA 1EC0A 2QNPA 4DUSA 2JE4A 3HDKA 1T6EX 2QMGA 1DMPA 3MSJA 3DM6A 3KYRA 3O9GA 3QRSA 1LYAA 5P2NA 5P14A 5P2QA 1SIVA 3L5DA 5IS4A 5P8QA 4EJ8A 3LIXA 5T4SA 2OHLA 5P0OA 2XFIA 1GVVA 5P1SA 2WF2A 4Z22A 2FGUA 1DP5A 5OZYA 5HCTA 2IGXA 2Q55A 5P7NA 2V16C 1HPXA 2WEBA 2FNSA 5P2TA 4Y5AA 4Y48A 3PLDA 5P8GA 2ZHTA 4GJAA 5P7QA 4DJXA 2QD8A 5OZ7A 2H6TA 3R4BA 5P1RA 5P70A 1APWE 4Y5LA 3SABA 1FG8C 3D1ZA 2XFJA 1LZQA 4DJWA 5FIVA 5P23A 5C9DA 3O9CA 1BWBA 4ZSPA 4D85A 3HZCA 2G69A 4Y4DA 1XS7D 5P04A 3TLHA 4Z4XA 5OZZA 2B7ZA 2G26A 3ER5E 5P4GA 5P26A 3PSGA 3IN3A 3EL9A 1W5WA 1M43A 2J9KA 3DCKA 1FQ5A 2P3AA 3HLOA 3G6ZA 4Y4JA 2QHCA 4JPCA 1KJFA 2JYSA 5P60A 3MWSA 5P2WA 4GJCA 2NXDA 3URIA 5P77A 3L5BA 5P69A 5P7JA 4J1FA 5P2XA 3PMUA 1LYBA 3EKQA 1IZDA 5KQXA 3K1WA 3CKRA 5P50A 1D4JA 4Z2ZA 2R5QA 3LPIA 5P7BA 5P7FA 2P3CA 5JG1A 2F8GA 3EKWA 5P17A 5P36A 3QROA 2R8NA 2AVSA 4HE9A 2ZJJA 4Y57A 2AQUA 2BB9A 1UH9A 3NU4A 5P6AA 4DQEA 1FMXA 5P7KA 4HDBA 3VG1A 3UQUA 3QN8A 3C9XA 3EKVA 2PWCA 4OBZB 3PCZA 2I4VA 5P6SA 4HVPA 5P22A 1BAIA 4Y4ZA 4Y37A 4D89A 5P5IA 3T7QA 4GJ7A 3TPJA 5HDZA 4J0PA 3VLAA 2I4XA 4CPWA 3OTYA 3BUGA 2G1SA 4LXMA 2FXDA 1ME6A 2F3FA 1Z1HA 2G27A 3OTSA 5P5ZA 4GMIA 3NU5A 5P4CA 5P64A 4WTUA 5IVTA 3SLZA 1ER8E 5P3CA 2VIYA 1MERA 5P2FA 1HVSA 1RQ9A 5P3RA 4U7VA 3O99A 4OC6A 1EBWA 1BVGA 2QI0A 3OU4B 3BGCA 2WEAA 5DQ4A 4GJ6A 1TCXA 4FGXA 3UDRA 4Y5NA 3NXNA 4CPRA 3VV6A 3IN4A 3BXSA 3D3TA 4LAPA 4B77A 1MVPA 5P0TA 3VYEA 1HVKA 2G21A 3VCMA 2ASIA 3OUCA 1A9MA 4DPIA 2AZ9A 4APEA 1META 5P6OA 4EQJA 2APRA 3QRVA 1B6MA 3UQPA 2B60A 3N3IA 4YDFA 5P85A 3DUYA 5EZZA 5P7ZA 3Q6YA 5OZNA 3MXEA 4DQGA 3LINA 2FDDA 2P3BB 3LPJA 5P3KA 3SA8A 3I6OA 4KUPA 4Y5GA 3M9FA 3SFCA 4YOAA 1B11A 1QBUA 5P6DA 5P3DA 5P6YA 2QZWA 4Y47A 3SA9A 5BS4A 1ZLFA 2I4WA 2VA7A 3NDWA 5P6TA 5P1GA 3VV7A 3G70A 3U7SA 5P27A 3PM4A 5OZBA 5P3GA 3JW2A 1SDVA 4QJAA 3O9AA 3QAAA 5KOQA 4NJVA 3ZLQA 2QNQA 1EPRE 1VIKA 4OBDA 3BC4A 4FIVA 5P1OA 4Y3JA 1JLDA 4RVXA 2IGYA 1AXAA 4Y3TA 3NUJA 1K2CA 1OEWA 3PRSA 5P28A 2NR6A 4GYEA 4DQFA 2HPEA 4D88A 1FQXA 1AZ5A 4Y5BA 5P57A 4DH6A 2G94A 1IDBA 1QBSA 4FM8A 1YX9A 5P4UA 4B1CA 5P7YA 2WJOA 1PROA 5HU0A 1HXWA 2P8HA 5P39A 3ZPUA 5P0ZA 2FNTA 3UFLA 5P4VA 3NLSA 5P1VA 5P84A 5OYTA 2QHZA 2WF1A 2HC0A 4F73A 3EM4A 2V00A 4J5JA 3HW1A 2A1EA 3VFAA 4FAFA 4GZFA 3OHHA 5P8MA 3L38A 3SA4A 5P76A 4AA8A 4I1CA 5P0GA 4BFDA 4Y3PA 5P2YA 1M0BA 5P0XA 5C9BA 2NNKA 3L5FA 3S54A 3UDKA 3QI1A 2BPVA 5HDVA 5P0VA 3PWMA 3UQWA 1B6PA 4F74A 4RYGA 5OZHA 2PK6A 1MT7A 5P3VA 2UY0A 3CIDA 4J1HA 1IZHA 1FQ4A 2A4FA 1N49A 3GGAA 4H1EA 3PB5A 2QI4A 1G6LA 4PPHA 4OD9A 2OHKA 5OZPA 4Y53A 1FIVA 5P0FA 3OUDB 3CYXA 4QJ7A 1TSQA 2Z4OA 4FRSA 5P4XA 4Y3XA 3OU3A 5P87A 1EEDP 1XL5A 1YTHA 4J0VA 4L7JA 5P0MA 3UFNA 4ACXA 3VYDA 3T7PA 5P6GA 1ZPAA 1W5VA 3NWQA 2AVQA 2VA5A 1MIQA 4QJ2A 2NPHA 4E43A 2J9JA 5P40A 4OBHA 5KOSA 3MSKA 5OZ5A 2RMPA 5ENMA 5P48A 3VF3A 5P1MA 4K4QA 4FM7A 5P5PA 2IKUA 3IVHA 2HIZA 4OBZA 2G22A 3PVKA 4LL3A 3QBFA 5P1WA 2ER7E 3KM4A 2UXZA 3SA6A 2OHRA 5P4MA 1FQ8A 1HTFA 5P47A 4L7GA 1OD1A 4DJQA 3EKTA 4L1AA 5BRYA 3BVBA 3UCBA 2VNMA 2JXRA 1FFFC 3WZ8A 5P5KA 5P89A 5P3ZA 2H6SA 4KE0A 4N00A 5P6KA 3QVIA 1TW7A 1W50A 2AODA 4H3GA 1ZJ7A 3CKPA 5P1ZA 3O9BA 1APUE 1HVHA 1D4HA 5P2CA 4KE1A 5UPJA 1RV7A 1AVFA 2O4LA 3FIVA 5P8FA 2F80A 2NTRA 1W5YA 3KF0A 5P3BA 5P2GA 5P53A 4B00A 5P6QA 4A6CA 5P5SA 2NXLA 2R43A 3FV3A 3RTMA 3KDDA 4GJ8A 5P1AA 5P06A 1C6XA 5OZSA 5P8OA 1MRXA 5ER1E 4Y3LA 3DJKA 2V13A 3KFRA 3VF7A 1KJHA 5P1JA 4FM6A 4Y3WA 3AIDA 3NU6A 1GVXA 2OF0A 4NJTA 3DV5A 5P5OA 5P62A 1BV9A 3KFNA 5ISKA 4YOBA 3INEA 4MC9A 5P0EA 2QD7A 3EBZA 5P5GA 2AVVA 5P4BA 4ER1E 3LZYA 5P7GA 3I7EA 3INFA 3D91A 4OC6B 5KR0A 5P3YA 5OZLA 2QZLA 3HD8A 1APVE 3VSWA 5OYSA 5P3QA 3ZKQA 2R9BA 3ZKNA 1EPLE 4K8SA 2HB2A 3TOGA 5OZVA 5P7HA 4J1IA 2OHMA 3ZKIA 1MT9A 3PWRA 4CKUA 3LZUA 3RSXA 5P8KA 2IENA 1DW6C 4H3JA 2IS0A 1IVQA 4QJ9A 6FIVA 1GKTA 1DPJA 1MSMA 1YG9A 5OZMA 3RU1A 2ZHVA 2BKSA 3BXRA 3SACA 1HRNA 5DQ1A 4BFBA 1D4SA 5AHAA 1PPME 4A6BA 2VIJA 1UPJA 3GI0A 1HBVA 3NR6A 9HVPA 4Y3SA 5P1FA 5OZ1A 2AOGA 1EPQE 5P4QA 5P5MA 2I4QA 1F7AA 4Y51A 2IKOA 5P1NA 3L5CA 1SMRA 3NYGA 5P8LA 3VYFA 4PEPA 4AZYA 1SIPA 5P3OA 2IRZA 1FQ7A 3O9FA 2VS2A 1AIDA 5P1PA 4B78A 1EPPE 4Q1XA 4H3FA 5P1CA 4Y3HA 4ACUA 1C6YA 3S85A 5P55A 4ZPFA 4CPQA 1CMSA 1EPOE 5P2OA 4I0IA 4EP3A 3EC0A 2G1YA 3UQRA 4UPJA 5P0JA 2G24A 4FS4A 5SXNA 3A2OA 1HVJA 2ZJNA 1SGZA 3I25A 5P0HA 5P2RA 1MUIA 3UQXA 5P8JA 3IXOA 4JP9A 3CYWA 3SM2A 2XFKA 1NPAA 1HEFE 5P0CA 2IEOA 3OUDA 1TQFA 2ER9E 5P3IA 5DR8A 3OU1A 2B42A 5P52A 3SA3A 1BILA 2IQGA 4Y43A 5DR1A 5SY3A 5OZ4A 3ECGA 3BRAA 2QHYA 1FF0C 2I0AA 4NPUA 2P3DA 5P73A 3FKTA 4I0ZA 5P6VA 4Y36A 3ZKGA 4B05A 4ZLSA 6UPJA 5AH6A 4HDFA 4Y3AA 2ER0E 2QI1A 5P3LA 1Z1RA 5P4FA 5P1HA 5P3MA 3QP0A 5OYQA 5P0QA 5P02A 1RPIA 3VV8A 3UDMA 4I8ZA 1B6JA 4EXHA 1BDQA 5P6CA 1EPNE 2AZCA 5OYZA 5P8EA 5P8CA 1EAGA 4OD9B 1FLHA 1UH8A 3OQAA 3PI0A 2WKZA 3TPRA 5OZ8A 3LZVA 5OYWA 5P7IA 3T6IA 1CPIA 4NKKA 4YD5A 1FKNA 2WF0A 3LHGA 5P7PA 3SKGA 3Q4BA 2VJ7A 2I1AA 5OZFA 1HIVA 2JJJA 3AUPA 5P6JA 2Q15A 1ZAPA 3R2FA 5CONA 1B6LA 3EL5A 2I0DA 1HVCA 4ER2E 1MTBA 5P8AA 3PEPA 2J9JB 2P83A 4J1EA 5P6PA 3MSLA 5OYRA 2QU2A 1B6KA 5P6BA 2FDPA 1FQ6A 5P31A 1KJ4A 4J1CA 5P29A 5KQZA 2Q11A 1QRPE 3LIZA 7HVPA 1HVIA 2PYMA 5HTZA 1XN3A 2QD6A 5P45A 5SZ9A 3WSJA 4L1AB 4DPFA 4DJOA 5P1DA 5P5XA 1D4LA 3ZOVA 3BGBA 2ZHRA 5P3SA 4Y3NA 3EL4A 5P74A 5P0SA 5P30A 3LNKA 5B18A 4Y5PA 1NH0A 4YDGA 2BPZA 3VLBA 3OWNA 4ZE6A 3N4LA 2BKTA 5P7LA 1M4HA 5OZCA 5P8SA 1Q9PA 5P82A 4U7QA 2I4DA 1MTRA 5P59A 4QJ8A 1A8KA 2OHNA 2OHTA 4R92A 5P2LA 5P44A 4Y4UA 4MC6A 1ZP8A 3PI5A 5I3XA 2B8VA 2R5PA 3LIVA 4FRJA 4Y38A 1KJGA 3WB5A 5P2BA 5P3UA 1D4KA 2WF3A 5OYYA 4LBTA 1B5FB 1F34A 2PH6A 3OGPA 4RCDA 4L7HA 5P0YA 5P2JA 4YCYA 4FSLA 2AOFA 2WEZA 1PPLE 1A94A 3R0WA 2WECA 3TL9A 2QI3A 5P2KA 4AMTA 3EM3A 4Y58A 4YHQA 5P83A 3OAGB 1DIFA 1MPPA 5P4RA 3NXEA 5P3XA 5DR7A 3WB4A 5I3WA 2HS2A 2V0ZC 5P2ZA 2PH8A 5P63A 5OZXA 3VEUA 2FS4A 4J0YA 3VF5A 2PMAA 4HA5A 4LXAA 5P7DA 4EPJA 3UF3A 1FGCC 5OZOA 4RGHA 5P6NA 3KFSA 2B8LA 5OZRA 5OZKA 5E5KA 5P7EA 5KQFA 4Y5EA 1XL2A 4I0DA 4HZTA 4J55A 5P1TA 1PSNA 4FLGA 3S45A 1HIHA 2P4JA 3APRE 1MRWA 1HSHA 2G1NA 5P3EA 5IVRA 1GVUA 5DPZA 5P8VA 2HAHA 2QCIA 2Z54A 4RROA 1E5OE 1BVEA 5P5AA 4Y3RA 4I0EA 5ENKA 5P3WA 1IZIA 5P72A 2HB3A 4B1EA 4Y3YA 1YM2A 3LZSA 5P51A 5P6FA 1GNOA 1E82E 3KDBA 5P34A 2I4UA 4OBKA 4RLDA 4ZEAA 3OXVA 2ZGAA 2V12C 5P4DA 3S7LA 3OXWA 5P8UA 2R3TA 4D83A 2QNNA 4K4RA 2WF4A 5HE4A 1IBQA 3CKTA 2AOJA 3GI5A 4CPSA 1HVLA 1BIMA 5P07A 5P0BA 4APRE 3ER3E 2SAMA 4FSEA 4R91A 1HOSA 4AUCA 4OBJA 2ZJIA 2RKGA 4TRYA 1BDLA 2R3WA 5P1QA 4B70A 1EC3A 4X7IA 1IIQA 1PFZA 3RTNA 1ZBGA 2QU3A 4YCKA 3FNSA 5P24A 3OU1B 1AJXA 5P32A 1W51A 2O4KA 5P67A 3SO9A 5P5FA 3QS1A 5KR8A 3O9EA 4HEGA 5P8IA 4J1KA 1K6VA 5P5QA 3IXJA 3PSUA 5I3YA 3BVAA 3OADB 5P7VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D20 A;  4Y9W A;  4J54 A;  4NJU A;  3KN0 A;  1IVP A;  2NNP A;  1ZTZ A;  5OZA A;  5JFU A;  2VJ6 A;  4HLA A;  4I0G A;  3O9I A;  2CEJ A;  3TPP A;  4M8X A;  3WZ7 A;  1ZSF A;  3U6A A;  5P3A A;  5JFP A;  4FRI A;  2O4P A;  3DK1 A;  1AJV A;  1ODY A;  1AAQ A;  2P3B A;  5P7W A;  1K6T A;  4OBG A;  5APR E;  2VA6 A;  5P2D A;  3OY4 A;  4I11 A;  2PK5 A;  5P54 A;  3OHF A;  5P7T A;  2AID A;  3S56 A;  5P15 A;  3O9L B;  1D4Y A;  3RVI A;  4Y4X A;  1XE6 A;  1K1T A;  5P3N A;  1HII A;  2PYN A;  1EPM E;  1HTG A;  5P7U A;  5P5L A;  5DR0 A;  2EWY A;  5P4S A;  2CEN A;  4IVS A;  4YBI A;  2QMP A;  2RSP A;  4YBF A;  5P86 A;  2FLE A;  3MXD A;  3HVG A;  1OEX A;  3HBO A;  1BWA A;  1ZPK A;  1HHP A;  5P1B A;  2R38 A;  4Y35 A;  4Y3Z A;  4ER4 E;  5F01 A;  1XDH A;  2MIP A;  8HVP A;  2O4N A;  3GI6 A;  5HDU A;  4RCF A;  1QBR A;  4RVJ A;  3K4V A;  3OQ7 A;  2ZJK A;  2B7F A;  5P6X A;  4I0F A;  1IDA A;  3APP A;  4GB2 A;  5P4T A;  2PSV A;  1EC0 A;  2QNP A;  4DUS A;  2JE4 A;  3HDK A;  1T6E X;  2QMG A;  1DMP A;  3MSJ A;  3DM6 A;  3KYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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