2ZHSA

Crystal structure of bace1 at ph 4.0
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhsA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhsA02
1EBWA 4Y48A 5P79A 5OYUA 4ZSPA 5OZOA 4IVSA 3KMYA 5P3OA 4DJUA 4B1EA 5P2GA 1RPIA 3OQDA 1MT9A 2XYFA 3BHEA 3OUDA 1SDTA 1SIPA 4L7GA 1FG8C 5OZPA 2QAKA 2F3EA 4I12A 5P5WA 5P5NA 3TPRA 4J5JA 2QHYA 2ZHUA 2IKOA 3SO9A 4DH6A 4YD6A 3UCBA 4RVJA 4YOBA 3DV5A 2OHKA 5DR1A 4B1DA 4N00A 3D1YA 2WF4A 2IQGA 3B80A 3HVPA 5HE4A 2QI5A 3LIQA 4GB2A 3BGCA 3URIA 3OQFA 2P3BB 3KT5A 5P8OA 5P23A 3OUBA 2PSGA 5P3FA 4Y3QA 5P8KA 3NUOA 1IIQA 5P2RA 4LXKA 5P5YA 3ZKGA 4J54A 4KUPA 4Y58A 1CPIA 1EC1A 3ZPTA 5HTZA 4I0JA 3LITA 4OC6A 1ME6A 1K2CA 2I0DA 3BC4A 5IVSA 2BPWA 2J9KA 3EKQA 4H3GA 5P7BA 3UDPA 3QN8A 3ER3E 1HVJA 5P3DA 3C9XA 5P6XA 3KA2A 4AZYA 4CPUA 2VKMA 4OBFA 3UQPA 4RYGA 1A8KA 5P1GA 2Q54A 3EM4A 5BRYA 1LYAA 2B8VA 5OZTA 5P5TA 3NDUA 1MVPA 4NPUA 5P7AA 4HDFA 3NXEA 5P72A 4EJ8A 3TTPA 4I1CA 4DJPA 4XX4A 1VIJA 5TOLA 2BKSA 1LS5A 1MTBA 2RKFA 2G22A 2PWRA 4NKKA 2HPFA 2G27A 3NDTA 3O99A 4Y39A 1FFFC 5P06A 3M9FA 4F75A 1W50A 1BIMA 2OF0A 5P6CA 5P34A 5P0MA 5IS4A 1G2KA 5P1ZA 5OYRA 5HDXA 2VJ6A 2AZ9A 2A4FA 2PSUA 1FG6C 4FCOA 4PYVA 3KMXA 4CPXA 4DPFA 3PCZA 4OBJA 1DPJA 3O9EA 2QZWA 5P6PA 4YD7A 5P89A 5P09A 4I0GA 5P1IA 3NU5A 5P50A 3WZ6A 3RTNA 4Y4WA 3SA8A 3OAGA 5P5VA 5P6HA 2RKGA 2P4JA 3ZKQA 1G35A 3R1GB 3OUCA 5P53A 5ENMA 4B70A 5P8RA 3TPPA 1VIKA 2NR6A 1W5XA 2IEOA 2JE4A 5P8GA 1LF2A 5P0RA 2XFJA 1TSUA 2FNTA 5P73A 2UPJA 1AZ5A 1B6JA 3CKTA 4Y4ZA 4Y3NA 5OZGA 1OEWA 3MXEA 4I0IA 4OBGA 2VNMA 4X2LA 3UF3A 1EPQE 5COPA 2V13A 1EEDP 3OXCA 1TW7A 2VIJA 5OYXA 3NSHA 3VF3A 5OZ8A 3QPJA 2QU2A 1K1UA 5P80A 3EL0A 1FQ6A 5P3MA 5P11A 5P8PA 3QI1A 3EKVA 3RSXA 2ER6E 5JFUA 5P5RA 5EZXA 3UDNA 5P54A 2PK5A 1Z8CA 4DPIA 3OTSA 5P4OA 3PLDA 1W51A 1FQ4A 5P6BA 3SA6A 4YD5A 1SH9A 4Y3PA 4EP3A 3SKGA 5P7VA 1B6LA 1BXOA 1KJ4A 4LBTA 2ZYEA 3SFCA 2AOEA 3IVHA 3U7SA 5ER2E 4Y4BA 2HC0A 3PBDA 6UPJA 5P03A 4AMTA 2AOFA 4GIDA 5P13A 4IVTA 1TCWA 5P19A 1BILA 2F3KA 5P0VA 4D89A 4GJCA 4PPHA 3L5CA 3SA5A 1EPME 3LINA 4MC6A 2AVMA 3UDJA 3IVIA 2VIEA 4GJ5A 2NNPA 4Y3YA 4FS4A 5P22A 1T7IA 4Y3WA 2QD8A 3VSXA 4R93A 5ER1E 1YTHA 2IGXA 3ZKMA 1HVKA 3KN0A 1SIVA 3L5FA 5P16A 3K4VA 3OU4B 5P3AA 5P7SA 5P3KA 3KM4A 1K6CA 1RV7A 3G6ZA 2I4DA 3CKRA 3ZKNA 2ZHRA 3EKWA 5P4KA 1FIVA 1HVSA 4Y4AA 5P0EA 5P1SA 2B8LA 5P1NA 3DJKA 2WKZA 3S43A 5P6MA 5P8HA 2PMAA 4Y53A 1B5FA 4RLDA 3IAWA 4Y3TA 3S2OA 1D4SA 3FIVA 3VYDA 1F7AA 3I25A 5P37A 5P32A 2H6TA 4HDBA 5P5SA 4Y47A 1K1TA 1T7JA 5P43A 5P3VA 1MERA 4Y3DA 5P7JA 5P47A 5OZHA 3PI0A 3S53A 1APUE 2WF1A 2FGUA 2WJOA 5COOA 5P25A 1QBRA 3ZOVA 2ZHVA 1MPPA 5P7RA 5P5AA 5OZRA 4CKUA 1C6ZA 4RCEA 2G24A 3DCKA 1RQ9A 1FGCC 3S85A 4FAFA 5P1VA 1ZAPA 1AJXA 3RSVA 4ER2E 2HPEA 1TZSA 3KDCA 4AUCA 2PK6A 1ENTE 3HAWA 5KQYA 1NPAA 3VLAA 4EQJA 4YCKA 2F8GA 4ZLSA 4Y5BA 4Q1NA 5KR0A 1E80E 2ZGAA 2O4LA 1EBYA 4ZPFA 1FKNA 4APEA 3ZPSA 3O9BA 4OBZA 4AA9A 5KR2A 2AIDA 3KT2A 2FDPA 5OZ2A 2G26A 1EBKC 5P07A 1BDRA 5P51A 5P2VA 1DP5A 1YM2A 4YD3A 1MIQA 2OHQA 1APTE 4L1AB 4AA8A 3SKFA 5KR8A 3RTMA 3QVCA 1T6EX 5IE1A 2WECA 5OZZA 2FLEA 4EJDA 4Y36A 2G94A 2AZ8A 3NWQA 5P5IA 5P77A 5OYYA 1HHPA 1BDLA 4PZWA 5OZDA 3VLBA 1BVEA 1HTEA 1TCXA 2VJ7A 3KFPA 1MESA 2NXLA 4ER1E 1BVGA 4DJXA 4J0VA 1SP5A 2RMPA 3O9LB 5AH9A 5P2IA 5DR0A 5P1TA 4YDFA 3LZSA 4Y3RA 5P64A 2ER9E 4GYEA 1ZBGA 4L6BA 2G1NA 3NU9A 4Y5NA 5P1JA 2FIVA 3DOXA 2A1EA 3APPA 1CZIE 3OGQA 1LF4A 3SA7A 1GVUA 4F74A 3TKGA 3GI4A 1F34A 3UQXA 4Q1YA 4Z22A 5P6YA 5P4SA 3N4LA 5P0AA 3NU4A 4TVHA 3CMSA 1C70A 3FNTA 3FNUA 1MEUA 2HS1A 1IZHA 1BAIA 1KZKA 2QNQA 3UQWA 5P7PA 5DR3A 3GGXA 5P6WA 5P7GA 3TPLA 4ACXA 3QIHA 1B6PA 5HCOA 3IXOA 2R43A 5P6FA 1AIDA 5P2BA 3G72A 5P70A 4EP2A 2IL2A 5P28A 5HDUA 5P4BA 3AUPA 2IGYA 5P29A 4Y3MA 3EMYA 3QP0A 5P1XA 5P67A 4DVFA 3JW2A 1W6HA 5P35A 5P4FA 4Y44A 5OZNA 5P4TA 5DR4A 5P0IA 1FQ7A 5HDZA 5P4RA 1HXWA 3O9CA 2QU3A 5P87A 4B00A 4LAPA 4Y56A 2BPYA 3HZCA 1SBGA 5P2UA 5P88A 3L5BA 3SPKA 3AIDA 3SLZA 3RU1A 5P6KA 5P39A 3L58A 4JPCA 2NXDA 2F80A 4B1CA 5P68A 2MIPA 4Y38A 4Y4UA 1HOSA 5P0DA 2FGVA 4QJ8A 5P2EA 5C9DA 2QI7A 5P1PA 4B05A 1W5WA 5AH6A 3WB4A 1W6IA 5P2CA 3N3IA 3EBZA 3O9IA 5P4NA 4GJ9A 2AOGA 3PSUA 3T7QA 2QCIA 5I70A 2QZLA 1Q9PA 4OD9A 2QMGA 2QZKA 1E5OE 2RENA 1RNEA 5P2YA 4Y3FA 1G0VA 1EAGA 3BUFA 3O9AA 2ANLA 3UHLA 3OHFA 5OZKA 4RRNA 4JPEA 4EXHA 3CYWA 1SDVA 2PH6A 4ZPEA 1C6XA 3URJA 5P0HA 2QI4A 4YCYA 4Y43A 2B42A 1LYWB 4Z2ZA 5P5JA 1APWE 5P85A 1MT8A 2CENA 5P14A 5AH8A 4EYRA 5P2QA 3VFBA 4A4QA 3DCRA 4YOAA 4R8YA 3ZKXA 1FB7A 4NJTA 2BBBA 3UDYA 1MTRA 4L7JA 3OGPA 3L59A 4J55A 5P6JA 5P2MA 3LPIA 1FF0C 4GJ6A 3OADB 4S1GA 4DQCA 5P1UA 4D85A 4EQ0A 2AQUA 5P5BA 4LXMA 1QBUA 5P7EA 1T3RA 4FRSA 5P1LA 3BGBA 3TKWA 1QDMA 1FMBA 3MXDA 4QJ2A 5I3VA 5KQXA 1B6MA 4Y3GA 4D88A 3TL9A 1ODYA 2PSVA 5P4MA 1KJFA 3OU3A 2ZJLA 5P0ZA 1YG9A 4OC6B 2B7FA 4RYCA 2F3FA 5J25A 1NPWA 3D91A 2F81A 5OYVA 5HVPA 2R9BA 5OZMA 4Y5MA 4RROA 5P6EA 1A8GA 5P84A 1HVLA 3NDXA 5P0XA 5OZQA 1LYAB 3GGUA 4KE0A 4ZIPA 1K2BA 4Y54A 1E82E 3RTHA 4GJ8A 3UPJA 1D4YA 3NU6A 4M8XA 3NDWA 3HVGA 2QMFA 2XFIA 4Y4DA 1A94A 5P1YA 3NXNA 2Q64A 5HE5A 5OYQA 2AOIA 4XX3A 1QS8A 3D20A 3LPJA 3CICA 1GVXA 3ZKIA 5DQ2A 5P3QA 1T7KA 5P5LA 2QMPA 5HCTA 5DQ4A 3D3TA 3VG1A 2NMYA 2SAMA 2P3AA 1XE6A 4FM7A 1YTJA 2VA7A 3I8WA 3PSYA 3OY4A 5P6DA 3MSJA 1LYBA 5P4UA 2R38A 1EPRE 3BXRA 1QBSA 4XKXA 1BDQA 3HW1A 3HD8A 3VSWA 5HE7A 1AXAA 1EPOE 4NPTA 5P76A 4DV9A 2ASIA 2G69A 5P3JA 1MT7A 2XYEA 5P60A 3UFLA 5P5HA 3FV3A 4OBKA 1YM4A 5I3XA 5P0TA 5P6QA 1UPJA 2OHNA 1MSNA 3R2FA 5P6OA 5P1BA 2VA5A 2VNNA 3EL9A 5P46A 1C6YA 5KQFA 5P81A 4NJSA 3OAGB 3APRE 4FLGA 1WBKA 5P0CA 4CPWA 4HEGA 5KOSA 4F73A 3QROA 3D1XA 5P8TA 4Y4TA 5P3CA 2VJ9A 5OZ5A 4TRYA 5P3PA 3CIDA 5KOQA 3VV6A 5P20A 5P3BA 2VIYA 5P5FA 3I6OA 2OHSA 5AH7A 4I11A 4TVGA 1N49A 4DUSA 5KAOA 2I4UA 3KDBA 4L7HA 3A2OA 3Q70A 2FMBA 5P5KA 5P66A 5P42A 3BUGA 3MSKA 2FDEA 5OYZA 3EKYA 3UDHA 4ER4E 4LL3A 3BUHA 5P2JA 1LF3A 3PHVA 3Q5HA 3PMYA 1FMUA 2AOHA 3GI5A 1NSOA 5P5CA 4J0PA 3PJ6A 5P61A 3EKTA 3PRSA 2V12C 2ZJHA 3DM6A 4Y3AA 5P2OA 1IZDA 5OZYA 3K5CA 3IA9A 4CPSA 4EJLA 3OQ7A 5P4YA 1HSIA 1PSOE 1ZPKA 5P7XA 4J1IA 3GW5A 3OU4A 5P1DA 4BEKA 4CMSA 2AOCA 2FXEA 1HPOA 3INFA 2ZHTA 2PYNA 3ST5A 3PM4A 5OZJA 3Q6YA 5P4XA 1B11A 3LZUA 5C9BA 5P4VA 2OHLA 5P7YA 1J71A 3BVAA 2H6SA 5P69A 1WBMA 5P27A 1HSHA 4XXSA 4GJAA 2OHRA 3CYXA 1HEGE 4H3IA 4FAEA 4LP9A 5P12A 1OD1A 3PBZA 3BVBA 5COKA 5FIVA 3LNKA 4HLAA 5OZFA 3QRVA 3UTLA 5OZLA 1M0BA 1XS7D 2FXDA 3GGAA 4Y45A 2V0ZC 4GJDA 5P55A 5P78A 1HVHA 1HBVA 5P7HA 5OZ4A 1PSAA 5P2HA 5P8FA 4Y4JA 5P6ZA 4RCDA 5AGZA 5P1CA 4F76A 1BBSA 3SM2A 3QBHA 3JVYA 4Y3JA 1PPME 2AVSA 2HB3A 4Y5LA 5P1QA 4FL8A 4DJYA 4CPQA 1B6KA 1ZLFA 4TRWA 3S43B 3I7EA 3CIBA 1XE5A 5P4ZA 5P4WA 5HDVA 2JXRA 1M43A 1B5FB 5P0GA 1ZSFA 2V10C 2R5QA 5P2XA 5P82A 1HVCA 5CONA 2ZDZA 4K9HA 5P0WA 3ZPUA 5P8MA 3UDMA 3NYGA 2NXMA 2QNNA 4I0EA 5P31A 5DR8A 4DJQA 2IDWA 5UPJA 4I0HA 5P4LA 3ZMGA 3JVWA 2R8NA 2V00A 5P36A 3VF7A 2QD7A 3KFNA 3WZ7A 3OU1A 4D8CA 1DW6C 2HS2A 3BRAA 1UH8A 4I0DA 4J0ZA 5OZ6A 1D4JA 3TNEA 5I3YA 4J1FA 1LZQA 1NH0A 5P49A 4Y41A 1TSQA 3NUJA 2QHZA 4L1AA 3SABA 4YA8A 2Q5KA 4J17A 4WTUA 4HE9A 1HTFA 1DAZC 1LEEA 4FRKA 3HDKA 5P0NA 2NMZA 4JOOA 1HTGA 2G1RA 1ZTZA 4J1KA 3OWNA 3VEUA 3OOZA 3MWSA 5P8CA 4ZSMA 4ACUA 2G1OA 1FQ8A 2PWCA 2JYSA 5P44A 5F01A 2PH8A 1FLHA 1IDAA 4PHVA 4H1EA 4OBZB 5P7LA 5P8UA 3O9LA 4RCFA 1PSNA 2Q3KA 5P0LA 3FX5A 5P4CA 4J1EA 3IXKA 4Y5KA 2P3DA 4YCTA 1HEFE 5P7UA 5P8EA 1SMRA 2HB2A 2AVVA 3EL5A 3PWWA 5P8QA 3S8IA 5P3HA 5P6UA 3UDRA 5P7WA 4GZFA 3INDA 2ZJJA 5DQ5A 3EKPA 4EPJA 3SA3A 2I0AA 5AHBA 5SZ9A 1DMPA 4RVIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EBW A;  4Y48 A;  5P79 A;  5OYU A;  4ZSP A;  5OZO A;  4IVS A;  3KMY A;  5P3O A;  4DJU A;  4B1E A;  5P2G A;  1RPI A;  3OQD A;  1MT9 A;  2XYF A;  3BHE A;  3OUD A;  1SDT A;  1SIP A;  4L7G A;  1FG8 C;  5OZP A;  2QAK A;  2F3E A;  4I12 A;  5P5W A;  5P5N A;  3TPR A;  4J5J A;  2QHY A;  2ZHU A;  2IKO A;  3SO9 A;  4DH6 A;  4YD6 A;  3UCB A;  4RVJ A;  4YOB A;  3DV5 A;  2OHK A;  5DR1 A;  4B1D A;  4N00 A;  3D1Y A;  2WF4 A;  2IQG A;  3B80 A;  3HVP A;  5HE4 A;  2QI5 A;  3LIQ A;  4GB2 A;  3BGC A;  3URI A;  3OQF A;  2P3B B;  3KT5 A;  5P8O A;  5P23 A;  3OUB A;  2PSG A;  5P3F A;  4Y3Q A;  5P8K A;  3NUO A;  1IIQ A;  5P2R A;  4LXK A;  5P5Y A;  3ZKG A;  4J54 A;  4KUP A;  4Y58 A;  1CPI A;  1EC1 A;  3ZPT A;  5HTZ A;  4I0J A;  3LIT A;  4OC6 A;  1ME6 A;  1K2C A;  2I0D A;  3BC4 A;  5IVS A;  2BPW A;  2J9K A;  3EKQ A;  4H3G A;  5P7B A;  3UDP A;  3QN8 A;  3ER3 E;  1HVJ A;  5P3D A;  3C9X A;  5P6X A;  3KA2 A;  4AZY A;  4CPU A;  2VKM A;  4OBF A;  3UQP A;  4RYG A;  1A8K A;  5P1G A;  2Q54 A;  3EM4 A;  5BRY A;  1LYA A;  2B8V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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