2ZHUA

Crystal structure of bace1 at ph 5.0
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA02
5P8CA 2B8VA 2R5PA 4MC1A 4Y39A 4COEA 1CZIE 5P0DA 2HM1A 5DQ1A 5P74A 2JE4A 3GI0A 5P6MA 3NDTA 5P7TA 3VSWA 3IGBA 4Y3AA 5P2UA 3UDQA 5I3XA 5OZDA 3KT2A 5P3RA 3MXDA 3Q5HA 1FGCC 5P1BA 5CONA 2R9BA 5P86A 1SMEA 4ZSPA 5P13A 3SA8A 3ZLQA 1META 4OBHA 2J9JB 4I11A 3PI5A 2Z54A 2AZ8A 3HBOA 5COKA 5P43A 3DUYA 4EWOA 4I0FA 3UDKA 6APRE 5SY2A 5OYXA 5OZVA 1W6HA 2IDWA 2PSUA 2HPFA 3EL4A 5P2XA 1B6LA 3OY4A 5P48A 5OZXA 2HPEA 1BDRA 2G21A 2PH6A 2O40A 2XFJA 2HS1A 3S7LA 4AA8A 3ECGA 1YM4A 2PK5A 3SKFA 1QBRA 5P79A 1K1TA 2XFIA 3VF7A 3NU4A 2OHMA 3HAWA 3LITA 2XFKA 5P57A 2QZXA 1KJFA 1Q9PA 1SMRA 3KYRA 1K6CA 3UTLA 1GVUA 3ST5A 1YX9A 4KE1A 1BWAA 1T7JA 3BRAA 4NJVA 5P3AA 4HEGA 5AH8A 3SKGA 5P1MA 3OQFA 3SFCA 1G2KA 4OBGA 5P6HA 2I0DA 8HVPA 5P1NA 2P83A 2AOJA 5P07A 2AZBA 3GGVA 1D4JA 4B1CA 5P3ZA 5P1JA 2QD6A 2NTRA 3S53A 3OU4B 5P75A 3EXOA 1E82E 5P4KA 1APVE 2FS4A 1XN3A 1YTIA 3NDUA 4Y3MA 4F73A 1T7IA 4MC9A 1WBMA 1PSOE 3QVCA 3OXWA 4RVJA 2OHKA 4AZYA 2R3WA 5P7EA 3IN3A 3K4VC 3T7XA 2PYMA 1W5YA 3OQAA 1FMUA 1YM2A 5P5UA 5BS4A 4GZFA 4QJ8A 5P5OA 3S8IA 1RPIA 4Y48A 1MTRA 2QD7A 6FIVA 2AVQA 3M9FA 2O4KA 4Y3WA 5P5NA 4DI2A 5P8LA 3UDJA 3KA2A 4Y5GA 3VUCA 2FDDA 5P3LA 2R5QA 4YD3A 5KQXA 1ZSFA 4GJ5A 2FXDA 2Q55A 3TPRA 4UPJA 5P7FA 4L7HA 4GJBA 2IENA 5AHAA 1W51A 5P8OA 4RCEA 5P0TA 4Y9WA 5P20A 5P49A 1PPKE 4FIVA 4Y5BA 5P1UA 1MRXA 5P6YA 4BEKA 5P61A 5P7AA 4HE9A 4Y36A 5P3VA 3TNEA 5P6CA 5P5HA 4MC6A 4A4QA 1WBKA 2AOFA 5P8QA 3SQFA 5P2KA 4I1CA 3SA4A 3SM2A 4HDFA 4DQCA 5ENMA 3VFBA 4DJRA 3QI1A 1MVPA 5P60A 5P01A 4DJPA 4EYRA 4R95A 1W5WA 5DQ4A 5HDVA 3ZL7A 1QBSA 3PI0A 4I8WA 1ODWA 5P3UA 1Z1HA 1EBWA 1AJVA 2V10C 5P7PA 1IVQA 5P0CA 5F01A 4CPWA 3PWWA 5SY3A 3ZKMA 2IEOA 5OZ8A 3VG1A 5HCOA 4EPJA 1E5OE 1T7KA 4KUPA 5P8JA 5OZGA 1HWRA 3CIDA 2VNMA 5P8NA 1BXQA 1FQ8A 1SIVA 5P40A 1EPME 5P5MA 1EEDP 5HDUA 5P05A 1GVXA 3PBZA 4Y3EA 4Y5MA 5P3QA 2IQGA 5OZUA 2WF4A 3PCZA 1APUE 3L5CA 2QP8A 4Z22A 2BPVA 4GB2A 2I4VA 2MIPA 5ER1E 4BFBA 1HPVA 5P8SA 4LAPA 1HHPA 4H3GA 2PSGA 5P1WA 2Q11A 1TW7A 2G1SA 5P2ZA 5P4TA 5KQZA 2JYSA 1AXAA 3T11A 4B70A 2QCIA 3QRMA 4GJCA 3GI6A 1GNNA 2P3DA 1SH9A 5OZKA 3KM4A 4EJDA 5DQCA 4H1EA 5P5LA 4PHVA 3O9DA 1U8GA 4DJQA 3B80A 4Y56A 4Y3HA 2XYFA 5P4JA 5P7SA 3HZCA 3OQ7A 3N3IA 5P02A 5I3VA 1C6YA 2QI7A 1NPAA 3BUFA 5P45A 5P8MA 1XL2A 3FNSA 4U7QA 1MT7A 3SABA 4B78A 4PEPA 4Y5NA 3UPJA 5P5DA 4Q5MA 5P2IA 3UQRA 4M8YA 2UY0A 2NNKA 1LZQA 3HAUA 4J17A 5P8BA 4J1EA 1BBSA 2QU3A 2V13A 3DOXA 1HVHA 5P89A 3JVWA 3D1YA 5P4ZA 1ZAPA 3T7QA 3S85A 1KJGA 5P0KA 4Q1YA 1K6TA 1K2CA 4J1KA 5P84A 2ZGAA 3MSKA 3U6AA 9HVPA 5P4DA 1TSUA 1B6MA 1AM5A 2AOGA 1K2BA 1AJXA 1DPJA 4OC6A 5OZQA 5OYSA 3HD8A 3APRE 4Y51A 3OAGA 5P3XA 5OZ2A 3PWMA 2UPJA 5P5QA 3UDMA 4Y3DA 3RTNA 3SO9A 3ZKGA 4FLGA 3URIA 3UHLA 3CKRA 2HB4A 5P18A 5HU1A 5P09A 1BWBA 2G1OA 1A8GA 3ZOVA 4Y3QA 4FRKA 2AVSA 4ZE6A 5P4XA 5P59A 2P8HA 1PSNA 2G24A 4Y58A 5P0QA 2XYEA 5E5JA 4F74A 4DUSA 2I4DA 2QZWA 5P38A 3K1WA 3CMSA 5P16A 2PWCA 3OK9A 3R4BA 5HDXA 3O9LB 4FRSA 4CPXA 4HA5A 3D1XA 3QN8A 3ZKIA 1M4HA 2FXEA 5P11A 3S43B 3SLZA 3R1GB 4B1DA 1N49A 5P3NA 4QGIA 2OHNA 2H6SA 5P0ZA 4D8CA 4DJWA 1FQ7A 3JVYA 4OC6B 5P6EA 5P6QA 5P4AA 1EPQE 3KDCA 3R2FA 2FMBA 5P6AA 3SA7A 4XX3A 3DCKA 3OTSA 5P2HA 3O99A 4Y3YA 1HBVA 3Q3TA 5OYUA 4YCYA 3EC0A 4Y3GA 2VIZA 4ER1E 4FAFA 3OGQA 5P1QA 3RTMA 5P7BA 5P7NA 2HB3A 2PK6A 3INFA 5P8GA 5DGUA 3QAAA 4RRSA 5P5AA 1E81E 3INDA 1LF4A 1MRWA 5KOSA 4GIDA 3UFLA 5P6FA 1IBQA 1B11A 1FLHA 1MEUA 2I1AA 3VYEA 5P5TA 5CLMA 1VIJA 2IRZA 5C9BA 4DVFA 1HVCA 5P4YA 3OU1A 1MPPA 4R5NA 5JFUA 5P46A 2ZE1A 3TLHA 2HAHA 3DCRA 4PZWA 1BDQA 3C9XA 4QJ6A 4ZSQA 1FMXA 2NPHA 1HSHA 4Y4WA 1HPXA 4I0HA 1SDTA 3PEPA 3LZYA 4D85A 2I4XA 3NDXA 2ZHVA 4ZEAA 2ZJIA 4Y5KA 2F80A 4TRZA 3PMYA 5DGWA 1BILA 1G6LA 4B0QA 5P7MA 2VJ7A 1FQ5A 2RKGA 5OYTA 1OHRA 3IN4A 5P58A 5P7LA 3QS1A 5OYVA 3B7VA 5P6JA 1HTRB 3QP0A 3KFRA 1A9MA 3JW2A 4GJ8A 5P3MA 5P8FA 4DQEA 3S2OA 5P65A 3PBDA 5P4OA 5P5JA 2NXMA 4OD9A 5P3EA 2VS2A 4D83A 2R38A 1ZJ7A 2QHYA 4J1FA 1IDAA 1F34A 4Y38A 1C6XA 5OZWA 1W5VA 2B60A 4FE6A 4I0IA 2RSPA 1SDVA 4DQHA 2CEJA 4YD4A 1CPIA 3SA3A 4RCFA 4Y3XA 5APRE 2IS0A 5P1GA 5OZ5A 4DJUA 2QD8A 5P4RA 1FFIC 5ER2E 1YTGA 2FLEA 2BPXA 2G1YA 4YD5A 5P1XA 1OEXA 4Y3LA 5OZHA 3EKVA 1AZ5A 1D4SA 1PFZA 3I8WA 3IXOA 3KDBA 2QNPA 5P5IA 5P83A 2CENA 2ZDZA 4L7JA 3PVKA 4OBFA 1HEGE 2IGYA 5ISJA 5OZ1A 2ZJMA 4GJ9A 1EC0A 1ZPAA 1DMPA 3HW1A 3T3CA 4Y3PA 1LYWA 4Y4ZA 5BWYA 4DJOA 5P8IA 1B5FA 5P66A 3PSGA 2V0ZC 4R93A 4Y44A 3ZKXA 3EL9A 4Y47A 5P6NA 1YTJA 3OHFA 5P1CA 1B6KA 2G22A 3PHVA 5P2QA 5P4GA 2AOCA 4Y4BA 1TZSA 4Y37A 5P6OA 5P54A 1DAZC 4Y5PA 5P2SA 4EP2A 1DW6C 4KE0A 5EZZA 4J1CA 4Y4XA 5OZEA 1UPJA 1DP5A 3PRSA 5HE5A 4K8SA 3KF0A 2NXLA 5P8DA 2BPYA 5P4QA 4HLAA 1GVVA 2VKMA 2Z4OA 5P2FA 2BPZA 3WZ7A 1EC2A 3L3AA 2FDEA 3VV6A 2QNQA 5P0AA 4CPQA 3DK1A 5P85A 2G94A 4HVPA 5OZLA 4Z2ZA 2AVVA 1E80E 3VSXA 3QBFA 5P52A 4EQJA 5P29A 5P0RA 4YCTA 5P15A 5OZBA 4DQBA 1BXOA 1FFFC 1LYWB 1BAIA 5IVRA 5P2LA 1B5FB 2RMPA 5P3KA 4Y5AA 2G27A 4OBZA 4LP9A 3PLLA 2WEDA 2VA6A 2VNNA 1HRNA 3NU9A 2VA7A 1AIDA 4QJ2A 5P0UA 2QMGA 3CYWA 3NR6A 4F75A 2B7FA 5P3WA 5P4SA 1APTE 1SGZA 4RCDA 4DV9A 3EKXA 4FL8A 2QI1A 4TRYA 5P2RA 3TL9A 3PB5A 2PSVA 4NKKA 1ZTZA 5P1PA 5OZOA 5P6DA 3Q6YA 5P0SA 5P0VA 2PMAA 3OTYA 3K5CA 1HXBA 1IZEA 5P27A 5P6VA 1LS5A 4LBTA 3MSLA 3INHA 3RSVA 5P5YA 3IXJA 3O9GA 3PCWA 4DPFA 1AVFA 2H6TA 4LL3A 5IS4A 3S54A 3OADA 1XS7D 3TPPA 4Y50A 5DQ5A 4RVIA 5P3SA 3PGIA 5P2VA 1YTHA 3G72A 3BXRA 5P4VA 2VA5A 3IA9A 5P8HA 2ZHUA 2AVMA 4RROA 2BKTA 3IXKA 2F8GA 5P3YA 1HOSA 1GNOA 3RTHA 3CKTA 5P1FA 1DIFA 3IVIA 4J1HA 5P26A 4DJYA 5P67A 4I10A 5OYRA 4Z4XA 4M8XA 5IE1A 3LNKA 5DR0A 4RYGA 5OZ4A 2Q3KA 1G0VA 1PROA 4Q1WA 5P3OA 2VIEA 2AOIA 1A94A 4GJ6A 3DV5A 4QJAA 1NPVA 2AOHA 5E5KA 3DJKA 5P0EA 3ZMGA 2G1NA 5SXNA 2PYNA 4J0ZA 4Y4TA 5P7HA 2ZJJA 5OZCA 3T6IA 2HC0A 3OADB 3G6ZA 1F7AA 4HDBA 5OZ9A 3NDWA 3D91A 1T6GA 2ZJLA 5P37A 2B42A 5DR7A 3PJ6A 2F3KA 4CPUA 1GKTA 1TCXA 5KR8A 3I6OA 3URJA 5P4MA 4GMIA 5P2NA 2AQUA 2ZJHA 4QJ7A 2AIDA 4FGXA 4FSLA 4TVGA 2F3FA 3QRSA 4OBKA 3KT5A 5C9FA 3NLSA 5JFPA 5P1HA 4MC2A 2WEBA 5P73A 3OUAA 5P03A 3MWSA 4Y35A 3BUHA 1HIIA 3KFSA 4L1AA 1SIPA 5P8EA 4Y5CA 3TKGA 2B7ZA 1BDLA 4RZ1A 3FKTA 2QHZA 3KFNA 5P63A 5P4IA 3O9HA 5OZRA 4CP7A 4U8WA 4E43A 5DQ2A 5P2CA 3WZ6A 5P42A 5P33A 2Q15A 1EBKC 5P5XA 5P3FA 4D89A 5P3CA 1PSAA 2BKSA 3QRVA 3EKTA 5P3IA 4S1GA 4K9HA 2Q64A 1W5XA 5I70A 1YT9A 3GI5A 2WKZA 3OUBA 3VLAA 3VV7A 4B72A 5IVTA 5KOQA 5EZXA 1A8KA 5P51A 4TRWA 3LIYA 1HTGA 3UQXA 2G26A 1PPME 4GYEA 3BGCA 2WEZA 1RL8A 3OOTA 5P0NA 1Z1RA 4A6CA 4ZIPA 4EQ0A 5P12A 1T6EX 3EKQA 4JP9A 4K4RA 3SACA 4J55A 5OZ3A 2BB9A 4L1AB 1MSNA 3GGXA 4H3FA 4FM8A 3EL1A 5P32A 1FB7A 4JPEA 4Y5LA 3FX5A 2NXDA 3NU6A 4Y4GA 5IVSA 3QROA 5P36A 5P6BA 5P44A 5AH6A 5P04A 3NWQA 2ER7E 3I2LA 3FNTA 4JECA 1NPWA 2R3TA 5P4FA 4Y3RA 4LHHA 1AAQA 4CMSA 1HVRA 1HTFA 4Y4AA 5P5GA 5P4EA 4OBJA 5BRYA 1D4LA 5P8KA 5P7JA 4DJXA 4L6BA 3VLBA 3PSYA 4DJVA 3SA6A 4GJ7A 2OHLA 5P1OA 3N4LA 1W50A 4Y5EA 5OYZA 5P7OA 2BQVA 5F00A 3K5DA 4CPTA 3VEUA 3I25A 4LC7A 4RVXA 1MIQA 2RKFA 5P2MA 5HVPA 4NPUA 5P4UA 3O9CA 4PYVA 5P53A 5P69A 5P6TA 5P17A 5P5KA 1KJ7A 3Q4BA 5DR1A 3OAGB 4TVHA 3EKWA 3DV1A 1D4IA 3EKPA 5OZZA 5P24A 4QJ9A 2QMFA 3VYDA 5P6KA 5OZTA 3ER3E 2JJIA 3RU1A 5P22A 3O9FA 5P2BA 4I12A 5OZ0A 1M0BA 3EMYA 1EC1A 1BV9A 1WKRA 1LF3A 1HVSA 5P64A 3ZPSA 3FNUA 4R8YA 3KFPA 5P6XA 2WECA 3UFNA 1MT8A 5OYYA 5P2DA 3GGUA 3HDKA 5P5WA 5P8RA 2FDPA 5P7RA 3FV3A 4ZPFA 3CIBA 3QBHA 4APRE 5P6SA 3OGPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8C A;  2B8V A;  2R5P A;  4MC1 A;  4Y39 A;  4COE A;  1CZI E;  5P0D A;  2HM1 A;  5DQ1 A;  5P74 A;  2JE4 A;  3GI0 A;  5P6M A;  3NDT A;  5P7T A;  3VSW A;  3IGB A;  4Y3A A;  5P2U A;  3UDQ A;  5I3X A;  5OZD A;  3KT2 A;  5P3R A;  3MXD A;  3Q5H A;  1FGC C;  5P1B A;  5CON A;  2R9B A;  5P86 A;  1SME A;  4ZSP A;  5P13 A;  3SA8 A;  3ZLQ A;  1MET A;  4OBH A;  2J9J B;  4I11 A;  3PI5 A;  2Z54 A;  2AZ8 A;  3HBO A;  5COK A;  5P43 A;  3DUY A;  4EWO A;  4I0F A;  3UDK A;  6APR E;  5SY2 A;  5OYX A;  5OZV A;  1W6H A;  2IDW A;  2PSU A;  2HPF A;  3EL4 A;  5P2X A;  1B6L A;  3OY4 A;  5P48 A;  5OZX A;  2HPE A;  1BDR A;  2G21 A;  2PH6 A;  2O40 A;  2XFJ A;  2HS1 A;  3S7L A;  4AA8 A;  3ECG A;  1YM4 A;  2PK5 A;  3SKF A;  1QBR A;  5P79 A;  1K1T A;  2XFI A;  3VF7 A;  3NU4 A;  2OHM A;  3HAW A;  3LIT A;  2XFK A;  5P57 A;  2QZX A;  1KJF A;  1Q9P A;  1SMR A;  3KYR A;  1K6C A;  3UTL A;  1GVU A;  3ST5 A;  1YX9 A;  4KE1 A;  1BWA A;  1T7J A;  3BRA A;  4NJV A;  5P3A A;  4HEG A;  5AH8 A;  3SKG A;  5P1M A;  3OQF A;  3SFC A;  1G2K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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