2ZHUA

Crystal structure of bace1 at ph 5.0
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-secretase 1
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA02
5P00A 5P4YA 5P3IA 3L5DA 4BFBA 1FQ7A 2ZJNA 5DPZA 3SO9A 4DJQA 2PSUA 1FQ6A 3UQRA 5DR1A 1BWAA 2H6TA 4X7IA 3OTSA 1DPJA 4LHHA 5P0DA 5P71A 3TPRA 4EP2A 5P6CA 1LYWA 5P0UA 5P35A 3KFPA 2QMFA 5P6VA 4WY1A 5P3WA 2CENA 5OZDA 4XXSA 5P37A 1HHPA 5OZCA 2JJJA 1NPWA 3L3AA 5P1SA 5P78A 5P48A 5P5VA 1GNOA 2NTRA 2ZJHA 1HRNA 1UH7A 1FMUA 2HPFA 5JODA 3BVAA 5IE1A 2V12C 3O9IA 3DV1A 4D83A 1SGUA 2AVVA 3RVIA 1SMEA 5P11A 2WEDA 3NLSA 3HD8A 4OBKA 2VA6A 5P75A 2Q63A 1IBQA 5P6FA 3TNEA 4EHCA 4HDPA 3UDJA 2OAHA 5EZZA 5OYQA 3QROA 1XS7D 3NSHA 5P2JA 5P0MA 3EC0A 5F00A 4R93A 4HVPA 1SP5A 4Y5CA 3OADB 3GI6A 3K4VC 3BVBA 2V11C 4Q1NA 5P3VA 4Y4BA 5P4XA 3SPKA 5P16A 5P2WA 4AUCA 4ZPGA 4I8WA 3UF3A 4OBZA 3EKPA 1Z1HA 5P5SA 2AVSA 5P39A 1SDVA 4D8CA 1LS5A 1YG9A 5P53A 4Y37A 5P6WA 2ZJJA 3QVIA 1LYWB 5P4ZA 4ZSQA 2ER7E 3TKGA 5P7AA 3JVYA 1OD1A 2NMZA 4Y41A 3EMYA 5P1UA 4GJCA 5P6QA 2FIVA 3NDXA 5P3UA 1GKTA 1FGCC 4EPJA 3CIDA 5P5DA 3GW5A 1LF4A 4D89A 1DMPA 3BC4A 1TSUA 3NUOA 1HSGA 5P28A 5P0GA 3PMYA 3URJA 3S53A 1T6EX 4FS4A 2AOHA 5P2IA 1BILA 3OWNA 5P67A 3SA5A 3OOZA 5CLMA 4OD9A 3FV3A 3GGUA 5P7VA 4A6BA 4LXMA 1FFFC 4I12A 5OYWA 4JPCA 3K4VA 4ZE6A 3L38A 3ZKMA 5OZZA 5OZ5A 5P6AA 3INEA 4Y48A 1MRXA 3NDWA 4OBZB 4TVHA 5P0KA 5OZAA 5AH8A 5P6YA 5P44A 3TPPA 5I3WA 2G1OA 5AHAA 1HPOA 5HE4A 5P1RA 5P36A 3IXKA 5OZSA 2I4VA 5P06A 2Z54A 4WY6A 4Y5AA 4FE6A 1BDQA 2I4XA 5P5LA 1UPJA 2Q55A 1MESA 4PHVA 4Y38A 1BVGA 5P4BA 4OBFA 2HC0A 2G1SA 4CPWA 2VA7A 3VCMA 4QJ8A 2QMDA 1KJHA 5P6IA 3SA4A 4TVGA 3CYXA 1D4IA 4OBGA 3C9XA 4YOAA 1K2BA 2JE4A 5P5WA 1D4HA 3NU6A 5OYSA 1KJGA 1DP5A 2XFJA 2IL2A 3TL9A 5KR0A 5P3CA 3O9HA 2OHQA 3WB5A 4K4PA 4CPRA 5P69A 4I0HA 1CMSA 3FSMA 5P45A 3S56A 3I25A 3APRE 2WEBA 5OZ4A 3R1GB 4OD9B 3PCWA 3OU4A 3OU3A 2AQUA 5P7HA 4K8SA 3KDCA 5P1LA 1HTFA 5DQ2A 1HPSA 3LZSA 3S45A 3SAAA 4QJ9A 5P43A 1VIKA 5P49A 4EQJA 5AGZA 3AUPA 3PJ6A 3VLBA 4DJYA 5P6TA 5P0HA 4Q5MA 3LHGA 4CPXA 4ER1E 5DR7A 2G24A 1G2KA 4LXAA 3Q3TA 1SBGA 4NJSA 5P4VA 5P1EA 5HU1A 4CPSA 3VEUA 3NXNA 3S43A 4EP3A 1HVKA 4R8YA 5P2DA 3QP0A 4B1CA 1TCXA 3L5FA 4HE9A 1TZSA 4I0JA 5P1KA 3D91A 3GGXA 1EBZA 5P27A 3CIBA 5P72A 1SDUA 3LIVA 1HVJA 4Y5NA 1K1UA 4Y4TA 5KAOA 5P7UA 4Y5BA 4RYCA 4Y4XA 3L58A 3UDNA 5P8AA 2WF3A 1LF2A 2WF0A 2WF4A 1B11A 1YTIA 2I4QA 3RU1A 4FSEA 4HA5A 4Y45A 5P6PA 1A8KA 1GVVA 4GJBA 5P5PA 5P6JA 1WBMA 4Y36A 2SAMA 1XE6A 5OZMA 4AMTA 3OHFA 1FB7A 2G20A 4Y43A 1ME6A 5P0RA 5DQ4A 3OU4B 3Q70A 1IZIA 4J0YA 5OZHA 3LIZA 1T3RA 2QI5A 3OQAA 1SH9A 4Y3DA 5P0YA 5P7XA 2Z4OA 4IVTA 5P8VA 4Y3EA 2VNMA 3OTYA 4I11A 1ZTZA 2OHTA 3R0YA 1AXAA 1FEJC 5DR0A 1BDRA 3FKTA 1NPVA 4Y5GA 1HIVA 6APRE 2P3AA 3Q5HA 1HVLA 3UDRA 4Y3HA 3I8WA 3ZPTA 3T6IA 3PBZA 1W6HA 4A4QA 5P73A 3S43B 4KE1A 1QBRA 1HTGA 3PEPA 1IDBA 1XN3A 5P3GA 4F74A 4RCEA 1HEGE 5OYRA 1JLDA 4RRNA 5ER2E 1MTBA 4B0QA 1B6MA 2QD8A 5P05A 2FDPA 4F73A 4UPJA 4ZPEA 5OZFA 5FIVA 5P2BA 4EJKA 5DR4A 5OYYA 1K1TA 5P83A 2PK6A 3IXJA 2ZGAA 1MEUA 5P14A 2VS2A 2BPZA 1QS8A 3QVCA 1EPNE 1MERA 5P65A 4J1HA 3UHLA 2IRZA 1HIHA 5OZ7A 2O4KA 5P4GA 3PVKA 5P7JA 4DJWA 1OEWA 2FNTA 4Y53A 2IKOA 2B8VA 4ZPFA 3EM3A 1QBTA 4X2LA 4Y3PA 3VFBA 2WKZA 1LEEA 3BGCA 1FMXA 5P08A 4L1AA 3CKTA 5P6EA 3ZLQA 3LZUA 2AOFA 1MPPA 5P7ZA 1EC3A 3INDA 5P4CA 5P5XA 3S2OA 3KT2A 1EPQE 2QD7A 3UDPA 2QHYA 4PYVA 2RKFA 1MUIA 4MC9A 3BUGA 3S8IA 1E81E 2F80A 4QJAA 2WJOA 3HLOA 5OZNA 1IZEA 5OZGA 4QJ6A 2IGYA 1LF3A 3PWWA 1K6TA 3GI4A 5OYUA 5P42A 3SA7A 3EKQA 2QP8A 2XFIA 4LAPA 1UH8A 4Y3JA 4ACUA 2XYEA 2I4UA 5P2AA 5P7QA 1B6JA 4A6CA 3S85A 3TPJA 1YM4A 4QGIA 5P33A 4Y3ZA 1GVTA 1Q9PA 1BV7A 2I1AA 4K9HA 1BV9A 5P5RA 2PYMA 4FGXA 1BWBA 5OZPA 5JG1A 4Y4JA 5P0WA 5P8CA 4EJ8A 5P3YA 2AZBA 3T7QA 1EPRE 5P1QA 1HXWA 4Y4UA 5P5IA 3UDYA 4LXKA 1FLHA 5OYVA 2QI6A 5P7GA 3O99A 5P2FA 5P76A 3VV6A 2QZXA 1BDLA 1RV7A 2AZ8A 2QU2A 1T6GA 3OOTA 4OBDA 5P0OA 5KOQA 1EC1A 3Q4BA 2NPHA 2RKGA 3K5GA 4I10A 3KMXA 3KMYA 5ISJA 5AH6A 2J9KA 1MTRA 1Z1RA 4OBJA 2VKMA 5P3LA 1FFIC 3UQWA 4DJXA 1PPME 2HM1A 3ZL7A 2HB3A 1TQFA 5P7WA 3R2FA 1TSQA 5JFPA 2Q11A 3HDKA 5ISKA 4Y3GA 3SA9A 1W51A 1F7AA 2IKUA 2P3CA 5P8GA 3BXSA 4Y3FA 5P5JA 1BVEA 3PSYA 4CPQA 4GJ9A 1PPLE 3U6AA 1B5FA 2WF2A 2RENA 3KDBA 3TKWA 5P6KA 5P4MA 4ZEAA 5E5JA 1YTGA 1KZKA 4Y4DA 3SKFA 5P1HA 5HCOA 1EBKC 5P0EA 2G69A 4J1CA 2XYFA 1IDAA 1YM2A 1HVIA 5P3AA 4GJ8A 3PBDA 3EL5A 1BAIA 3URLA 5P1WA 4B70A 5P5OA 5P8KA 6FIVA 2QI3A 5P1JA 5P3ZA 4Y3MA 2FDEA 3EM4A 4KB9A 1E82E 4YCYA 4M8YA 4GYEA 5P6NA 1IIQA 5P3KA 4ER4E 3NUJA 1XN2A 5OZLA 5P1OA 2IS0A 3L59A 3QI1A 1B6PA 3BHEA 3FX5A 5TOLA 4F75A 4B78A 3QN8A 2WEAA 4YCTA 1M4HA 3EL4A 4RVJA 3ER3E 5COKA 3GI5A 5P5FA 4Y4EA 5P12A 4YA8A 4OC6A 4CP7A 5P09A 4L6BA 3LIYA 1K2CA 2AOIA 2ZHVA 4YD6A 5BRYA 5P0IA 1W6IA 3ECGA 5P4TA 3D3TA 1W5VA 3OXVA 3A2OA 1B5FB 3BRAA 4DV9A 1IZDA 1EC2A 5HU0A 5HDUA 3CKRA 4FLGA 4QJ7A 4XX4A 2FGVA 4WTUA 1ZSRA 3PWMA 1KJ7A 5COPA 4XX3A 3S54A 1EC0A 2PWCA 3B7VA 3I7EA 1IVQA 1D4LA 1C70A 2Q64A 5P4SA 2G21A 3BXRA 3EXOA 3MSJA 5P68A 3ZPSA 4TRWA 5P1MA 5OZ3A 1U8GA 4ZSMA 1G35A 1PSOE 4Y5LA 1K6PA 2UXZA 2CEJA 5P6XA 2O4PA 5P3SA 3ER5E 5P0ZA 2IQGA 2V16C 1XE5A 4I0IA 1EEDP 3LPIA 5P2YA 1AJXA 3PMUA 5P55A 1C6YA 3AIDA 3LIQA 3KF0A 2VIEA 1A9MA 2NNKA 4Y9WA 4Y3AA 3ZOVA 2HIZA 4J0TA 3UDHA 5KQXA 5P0QA 3O9LA 4EXGA 3D1YA 5P7SA 4FRSA 5P8FA 1HIIA 1RPIA 5P7DA 4GMIA 2BPVA 3UDMA 1KJFA 4I1CA 3VV8A 1XL2A 3CICA 5P82A 4R92A 5P5CA 2ER9E 4Y56A 4OC6B 3PHVA 4B05A 4NJUA 3WZ7A 1D4JA 4Y3XA 2QCIA 5P7NA 5P25A 4YDFA 3QPJA 4GJ7A 4FAFA 2ANLA 2ZYEA 2B42A 2QI7A 3RSXA 4Y35A 5SY2A 2AOCA 5P4WA 5P4DA 5P8PA 3JVWA 5E5KA 1AIDA 4FM8A 3I2LA 2P4JA 4H3IA 4RGHA 1AM5A 2Q15A 5P23A 1CZIE 4COEA 3TH9A 2AVMA 3APPA 2OHPA 4MC6A 5F01A 3VYEA 4BELA 1MRWA 5P4JA 2QI0A 3VYDA 1E5OE 2QI4A 5P3EA 5P86A 1ODWA 4GB2A 1D4YA 1KJ4A 3OXWA 5OZQA 4JP9A 1IVPA 5P1FA 3UQPA 3T11A 3PSGA 2V10C 5SZ9A 4J0VA 5OZTA 4RZ1A 5IS4A 4J1EA 4J54A 2WEZA 1GNMA 4JOOA 3WZ6A 1GVXA 5P6DA 3O9LB 5P1CA 3UFLA 5P88A 2PYNA 3NWXA 5J25A 1CPIA 1HPVA 5P20A 1WKRA 1VIJA 5P8SA 3KYRA 4Y3SA 3EKVA 2ER6E 5P2RA 2QU3A 2V0ZC 4TRYA 5P5BA 5OZYA 1ZLFA 1FMBA 5P02A 1YTHA 1GVWA 4YBIA 2NXMA 2OHUA 3EL1A 3N3IA 4DQHA 3OXXA 4RCFA 1ZPAA 5OZ2A 2P83A 2RSPA 4FAEA 1D4KA 3PI5A 2I0DA 5HE7A 5P6GA 3S7LA 5P5ZA 5P3DA 2G22A 3MSKA 4H3GA 4Z50A 5P6RA 5IVSA 5JFUA 4DJRA 1A8GA 2I0AA 5P8UA 2G1NA 5T4SA 3UTLA 1MT7A 2BPYA 1T7KA 1META 5HE5A 3SA6A 3UFNA 4PPHA 5P17A 3RTNA 5P3JA 4GJAA 3IVHA 3FIVA 1AVFA 5P5HA 1FIVA 1D4SA 3FNTA 2OHKA 1QDMA 2NR6A 5P77A 4RROA 3KFNA 2CEMA 5P1AA 4Y4GA 1HVRA 2RMPA 3VSXA 1LZQA 1HXBA 1EAGA 3DUYA 3PWRA 5P01A 3UQXA 4ZSPA 1FQ4A 5P4UA 1HTRB 5P2MA 5P7OA 2PH6A 2QI1A 3NDUA 1RQ9A 4J17A 5P5UA 3UPJA 5AH9A 4RVXA 4DQEA 1HSIA 4Y3NA 1SGZA 3DJKA 4Z2ZA 5P1DA 5KQYA 2QNPA 5P8TA 3IVIA 1SMRA 4H3FA 2VIJA 4JECA 4I8ZA 4ZSRA 2QZKA 5P0XA 5P2GA 5P15A 4R95A 4U7QA 5OZRA 2V00A 4YCKA 3TPLA 2HPEA 3VF3A 5OYXA 4ZIPA 3U7SA 4EYRA 5P63A 3NU4A 1OHRA 5HDXA 5P61A 2AVOA 1C6XA 5P7KA 3OGPA 1SDTA 3OQ7A 3OY4A 5P0NA 4QLHA 2OHRA 4RYGA 1HTEA 4K4QA 2BKTA 5P1BA 4YD4A 3IA9A 4I0EA 3N4LA 3PLLA 3LITA 3LPKA 2O4SA 1TCWA 5P38A 3LPJA 5P7BA 1PFZA 4DI2A 5P2LA 5P4QA 4GIDA 4HLAA 1W5YA 3DCKA 5P26A 1ZBGA 3IXOA 1RL8A 2PH8A 2JYSA 5P7RA 5I3YA 3PSUA 3LIXA 5P4RA 4HEGA 5P7LA 2VIYA 2QMGA 5DQ5A 4NJTA 5P4KA 5P85A 4NJVA 2QHCA 3OQDA 4FL8A 2JXRA 2F3EA 4DQCA 2BJUA 1FQ5A 3QRSA 1NPAA 2BKSA 4DFGA 3SQFA 2IENA 1B6KA 3R0WA 3DCRA 4EXHA 5P5TA 5P6BA 5P60A 4B77A 2QZLA 5P3QA 2B60A 1ZP8A 1MSMA 4GJ5A 2ZE1A 5P3FA 3R4BA 3ZKIA 5P8OA 5P24A 1APUE 4EQ0A 5P13A 3IGBA 4RRSA 3G72A 2NXDA 3SM1A 4Y3YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P00 A;  5P4Y A;  5P3I A;  3L5D A;  4BFB A;  1FQ7 A;  2ZJN A;  5DPZ A;  3SO9 A;  4DJQ A;  2PSU A;  1FQ6 A;  3UQR A;  5DR1 A;  1BWA A;  2H6T A;  4X7I A;  3OTS A;  1DPJ A;  4LHH A;  5P0D A;  5P71 A;  3TPR A;  4EP2 A;  5P6C A;  1LYW A;  5P0U A;  5P35 A;  3KFP A;  2QMF A;  5P6V A;  4WY1 A;  5P3W A;  2CEN A;  5OZD A;  4XXS A;  5P37 A;  1HHP A;  5OZC A;  2JJJ A;  1NPW A;  3L3A A;  5P1S A;  5P78 A;  5P48 A;  5P5V A;  1GNO A;  2NTR A;  2ZJH A;  1HRN A;  1UH7 A;  1FMU A;  2HPF A;  5JOD A;  3BVA A;  5IE1 A;  2V12 C;  3O9I A;  3DV1 A;  4D83 A;  1SGU A;  2AVV A;  3RVI A;  1SME A;  5P11 A;  2WED A;  3NLS A;  3HD8 A;  4OBK A;  2VA6 A;  5P75 A;  2Q63 A;  1IBQ A;  5P6F A;  3TNE A;  4EHC A;  4HDP A;  3UDJ A;  2OAH A;  5EZZ A;  5OYQ A;  3QRO A;  1XS7 D;  3NSH A;  5P2J A;  5P0M A;  3EC0 A;  5F00 A;  4R93 A;  4HVP A;  1SP5 A;  4Y5C A;  3OAD B;  3GI6 A;  3K4V C;  3BVB A;  2V11 C;  4Q1N A;  5P3V A;  4Y4B A;  5P4X A;  3SPK A;  5P16 A;  5P2W A;  4AUC A;  4ZPG A;  4I8W A;  3UF3 A;  4OBZ A;  3EKP A;  1Z1H A;  5P5S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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